BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar belakang
Perkembangan teknologi rekombinan saat ini telah banyak

digunakan dalam bidang bioteknologi. Teknik DNA rekombinan adalah

rekayasa genetik untuk menghasilkan gen tertentu dengan cara

merekombinasikan gen tertentu dengan DNA genom. Teknik DNA

rekombinan merupakan teknik yang bertujuan untuk

mengkombinasikan gen dalam tabung reaksi. Teknik rekombinan

tersebut meliputi tekhnik isolasi DNA, tekhnik memotong DNA, tekhnik

menggabungkan DNA, dan juga tekhnik memasukan DNA kedalam sel

hidup. Hal yang menarik dalam teknik ini ialah pada proses

pemotongan DNA yang dilakukan menggunakan Enzim endonuklease

restriksi yang diperoleh dari bakteri.

Enzim-enzim restriksi (restriction enzymes) adalah suatu jenis enzim

yg memiliki kemampuan untuk memotong pita nukleotida tanpa

merusak basa nitrogen. Enzim restriksi endonuklease adalah enzim-

enzim bakteri yang dapat mengenali dan memotong sekuens

nukleotida tertentu didalam nukleotida DNA beruntai ganda. Enzim-

enzim tersebut memotong DNA menjadi fragmen-fragmen dengan

panjang yang bervariasi, bergantung berapa banyak situs enzim yang

dikenali enzim tersebut berada didalam molekul DNA

Berdasarkan uraian diatas maka dibuatlah makalah ini dengan

tujuan untuk memberikan informasi serta penjelasan mengenai enzim

restriksi, jenis-jenis enzim restriksi, serta mekanisme kerja dari enzim

tersebut

B. Rumusan masalah
Rumusan masalah pada makalah ini adalah:
1. Apa itu enzim restriksi?
2. Bagamana jenis-jenis enzim restriksi?
3. Bagaimana mekanisme kerja dari enzim restriksi?
C. Tujuan
Tujuan pada makalah ini adalah :
1. Untuk mengetahui apa itu enzim restriksi
2. Untuk mengetahui bagamana jenis-jenis enzim restriksi
3. Untuk mengetahui bagaimana mekanisme kerja dari enzim

restriksi

BAB II
PEMBAHASAN
 A. Enzim Endonuklease

Enzim-enzim restriksi (restriction enzymes) adalah suatu jenis enzim

yg memiliki kemampuan untuk memotong pita nukleotida tanpa

merusak basa nitrogen.1 Secara alamiah bakteri menghasilkan enzim

endonuklease untuk mempertahankan diri dari keberadaan DNA asing

yang masuk ke dalam sel bakteri. Jika ada DNA masuk ke dalam sel

bakteri melalui proses transfer genetik yang terjadi secara alamiah,

misalnya virus bakteriofag, maka untuk memperahankan dirinya dari

keberadaan DNA asing tersebut, sel bakteri melepaskan enzim

endonuklease yang dapat memotong DNA asing pada situs yang

sangat spesifik dan restriktif. Oleh sebab itu enzim tersebut dikenal

dengan enzim endonuklease restriksi2

Enzim restriksi endonuklease adalah enzim-enzim bakteri yang

dapat mengenali dan memotong sekuens nukleotida tertentu didalam

nukleotida DNA beruntai ganda. Enzim-enzim tersebut memotong DNA

menjadi fragmen-fragmen dengan panjang yang bervariasi,

bergantung berapa banyak situs enzim yang dikenali enzim tersebut

berada didalam molekul DNA. Sebagian enzim restriksi endonuklease

yang diguanakan untuk pengklonaan biasanya mampu mengenali

sekuens pasangan basa 4-8 nukleotida dan melakukan pemotongan

didalam nukleotida tersebut. Banyak pula enzim restriksi yang dapat

mengenali sekuens yang disebut palindrom. Palindrom adalah sekuens

1 Bambang irawan, genetika molekuler,2008. Hal: 222

2 Cut muhtadin, pengantar rekayasa genetika, 2014. Hal: 31

 yang identik jika dibaca dalam arah 5-3 pada kedua untai molekul

DNA3

Enzim restiksi pertama dikenali pada E. Coli dan tampaknya

digunakan untuk merusak bahan genetik bakteriofag tertentu yang

menginfeksinya dengan cara memotongnya. Mekanisme ini dianggap

sebagai usaha mempertahankan diri dari serangan bakteriofag. Enzim

ini tidak memotong plinukleotida disembarang posisi melainkan di

posisi yang memiliki urutan nukleotida tertentu. Tempat yang dipotong

4
ini disebut restriction side.

Enzim endonuklease restriksi yang berbeda, memiliki situs

pemotongan yang berbeda, namun ada beberapa jenis enzim

endonuklease restriksi yang diisolasi dari sumber yang berbeda meiliki

situs pemotongan yang sama. Enzim-enzim endonuklease restriksi

5
yang memiliki situs pemotongan yang sama disebut isoschizomer.

Enzim endonuklease tidak selamanya memotong DNA menjadi

fragmen yang ujungnya simetris (blunt ends), namun ada juga yang

ujungnya asimetris (sticky ends), pola potongan simetris atau tidaknya

tergantung kinerja enzim endonuklease.6 Pada dasarnya hasil

pemotongan enzim ini dapat dibagi dua kelas yaitu hasil dengan ujung

3 William D. Stanfield, Jaime S. Colome, dan Raul J. Cano, biologi molekuler

dan sel, 2006. Hal: 75

4 Bambang irawan, genetika molekuler,2008. Hal: 222

5 Cut muhtadin, pengantar rekayasa genetika, 2014. Hal: 39

6 Maksum radji, Rekayasa genetika, 2011. Hal:31

 tumpul (blunt end) dan hasil dengan ujung runcing (sticky end).

Disebut ujung tumpul karena kedua pita ADN pada fragmen hasil

potongan memiliki panjang yang sama, sedangkan disebut ujung

runcing karena kedua ujung hasil potongan tidak berakhir dengan

panjang yang sama7

B. Jenis-jenis Enzim Endonuklease Restriksi dan Sekuen

Pengenal Situs Pemotongannya

1. Enzim restriksi tipe I
Enzim restriksi tipe I enzim nuklease yang kompleks, misalnya

enzim yang ada pada E.coli B (disebut enzim EcoB), dan E.coli

K12 (disebut enzim EcoK). Enzim ini mempunyai aktivitas

endonuklease sekaligus metilase dan memerlukan ATP, Mg 2+,

dan S-adenosil metionin sebagai kofaktor. Aktivitas restriksi dan

modifikasi (metilasi) terletak pada sub unit yang berbeda. Enzim

endonuklease restriksi tipe I juga mempunyai aktivitas Atpase.

Enzim ini mengenali urutan nukleotida tertentu.

2. Endonuklease tipe II
Endonuklease tipe II mempunyai perbedaan mendasar dengan

tipe I karena enzim tipe II pempunyai spesifitas. Daerah yang

dikenali dan daerah yang dipotong enzim tersebut bersifat

spesifitas dan terletak pada bagian yang sama. Enzim ini sangat

stabil dan hanya memerlukanMg2+ sebagai kofaktor. Enzim

7 Bambang irawan, genetika molekuler,2008. Hal: 222

 restriksi endonuklease tipe II dapat dibedakan atas urutan

nukleotida yang dikenali yaitu berupa urutan empat, lima atau

enam basa yang spesifik, sampai saat ini telah ratusan macam

tipe II yang berhasil diisolasi dari bermacam-macam bakteri.

Contohnya enzim EcoRI yang diisolasi dari bakteri Escherichia

coli RY13. Enzim endonuklease restriksi tipe II merupakan

kelompok enzim yang banyak digunakan dalam teknologi DNA

rekombinan (rekayasa genetik) untuk memotong DNA secara

spesifik.
3. Endonuklease tipe III
Endonuklease tipe III juga memotong DNA pada bagian yang

spesifik tetapi pada daerah yang bedekatan dengan daerah

pengenalannya. Enzim ini juga memerlukan ATP dan Mg2+ untuk

aktivitasnya, tetapi tidak mempunyai aktifitas Atpase serta tidak

memrlukan S-adenosil metionin sperti enzim endonuklease

restriksi tipe I. Salah satu contoh endonuklease restriksi tipe III

adalah enzim Hgal, yang mengenali basa nukleotida 5-GACGC-

3, tetapi memotong urutan basa pada urutan kelima atau urutan

kesepuluh yang dikenali tersebut. Enzim tipe ini sangat jarag

digunakan dalam teknologi DNA rekombinan8

Beberapa jenis enzim endonuklease yang didasarkan dari

mikoroorganisme asal pengisolasiannya serta sekuen pengenal

situs pemotongannya:

Nama Enzim Mikroorganisme asal Sekuen pengenal situs

pemotongannya
Eco RI Escherichia coli G| A A T T C

8 Tribowo yuwono, biologi molekuler, 2008. Hal: 72

 C T T A A| G
Hind III Haemophilus A| A G C T T

influenza T T C G A| A
Bam HI Bacillus G| G A T C C

amyloliquefaciens C C T A G| G
Bal I Brevibacterium TGG|CCA

albidum ACC|GGT
Sma I Serratia C C C| G G G

marcescens G G G| C C C
Pst I Provudencia stuartii C T G C A| G

G |A C G T C
Bsu RI Bacillus subtilis G G| C C

C C| G G
Hha I Haemophilus G C G |C

haemolyticus C| G C G

Beberapa jenis enzim antara lain misalnya Sma I menghasilkan

fragmen restriksi yang tumpul karena memotong molekul DNA heliks

ganda tepat ditengah antara basa C dan G. Dewasa ini banyak enzim

endonuklease restriksi yang telah dimurnikan dan diroduksi secara

komersial yang dapat mengenali sekuen nukleotida yang berlainan. 9

C. Mekanisme kerja enzim restriksi

cara kerja enzim endonuklease tersebut berbeda-beda. Enzim

endonuklease tipe II telah diketahui strukturnya yang sisi katalitiknya

tersusun atas 5 macam protein sekunder dalam bentuk -sheet yang

diapit oleh 2 protein sekunder dalam bentuk -heliks enzim

endonuklease tersebut dapat melakukan scanning pada untaian

9 Maksum radji, Rekayasa genetika, 2011. Hal:33-34

 molekul DNA jika tidak menemukan restriction yang spesifik. Peristiwa

tersebut dinamakan mekanisme sliding. Mekanisme sliding tersebut

melibatkan pergerakan dispanjang lekukan DNA. Namun enzim restriksi

endonuklease tersebut akan mengubah konformasinya ketika telah

sudah mengenali daerah spesifik, maka enzim tersebut akan

memotong dua ikatan gula dioksiribosa dengan fosfat dari double helix

DNA yang berbeda dan menghasilkan gugus 3 hidroksil (OH) dan

gugus 5 fosfat (PO4). Selanjutnya DNA tersebut menjadi fragmen-

fragmen yang sesuai dengan daerah pemotongannya.10

Untuk mekanismenya dapat lebih dipahami berdasarkan gambar

dibawah:

Gambar C.1: mekanisme dasar enzim restriksi

Fragmen-fragmen DNA heliks ganda yang telah dipotong oleh enzim

endonuklease restriksi tidak dapat dengan sendirinya bereaksi kembali

membentuk ikatan fosfodiester menjadi untai DNA, sehingga diperlukan

10 Maksum radji, Rekayasa genetika, 2014. Hal: 38-39

 suatu katalisator yang dapat mereaksikan kembali potongan fragmen

DNA tersebut. Enzim yang dapat mengkatalisis reaksi potongan

fragmen DNA yang telah dippotng oleh enzim endonuklease restriksi,

adalah enzin DNA ligase, yaitu enzim yang terdapa pada sistem biologis

yang dapt mengkatalisis pembentukan ikatan kovalen yang merekatkan

kembali fragmen-fragmen DNA.11

BAB III

PENUTUP

A. Kesimpulan
1. Enzim restriksi endonuklease adalah enzim-enzim bakteri yang

dapat mengenali dan memotong sekuens nukleotida tertentu

didalam nukleotida DNA beruntai ganda

2. Enzim restriksi dapat dikelompokkan berdasarkan tipe yang

dimilikinya yakni Enzim restriksi tipe I, Enzim restriksi tipe II,

Enzim restriksi tipe III

3. Mekanisme enzim restriksi dengan melakukan scanning pada

untaian molekul DNA jika tidak menemukan restriction yang

spesifik. maka enzim tersebut akan memotong dua ikatan gula

dioksiribosa dengan fosfat dari double helix DNA yang berbeda

11 Maksum radji, Rekayasa genetika, 2014. Hal: 39

 dan menghasilkan gugus 3 hidroksil (OH) dan gugus 5 fosfat

(PO4). Selanjutnya DNA tersebut menjadi fragmen-fragmen

yang sesuai dengan daerah pemotongannya

DAFTAR PUSTAKA

Irawan, Bambang, Genetika Molekuler. Jakarta : Airlangga university

press, 2008

Muhtadin, Cut, Pengantar Rekayasa Genetika. Makassar : Alauddin

university press, 2014

Radji, Maksum, Rekayasa Genetika. jakarta : CV sagung seto, 2011

Stanfield, William D., Jaime S. Colome, dan Raul J. Cano, Biologi Molekuler
dan Sel. jakarta : erlangga, 2006