Hipotiroidisme pada beberapa kasus disebabkan oleh autoimunitas terhadap kelenjar
tiroid sendiri, namun imunitasnya lebih merusak kelenjar daripada merangsang kelenjar. Mula-mula kelenjar mengalami tiroiditis autoimun, yakni adanya peradangan pada kelenjar. Kerusakan seluler terjadi karena limfosit T tersensitisasi (sensitizedT-lymphocyte) dan/atau antibodi antitiroid berikatan dengan membran sel tiroid, mengakibatkan lisis sel maupun autoapoptosis dan reaksi inflamasi. Sedangkan gangguan fungsi terjadi karena interaksi antara antibodi antitiroid yang bersifat stimulator atau blocking dengan reseptor di membran sel tiroid yang bertindak sebagai autoantigen. Keadaan ini menyebabkan timbul kemunduran atau disfungsi kelenjar sehingga akhirnya timbul fibrosis pada kelenjar. Keadaan ini mengakibatkan sekresi hormon tiroid berkurang bahkan dapat sampai tidak ada sama sekali. Hipotiroidisme lain yang seringkali berkaitan dengan membesarnya kelenjar tiroid disebut sebagai goiter tiroid. Kekurangan yodium mencegah berlangsungnya produksi hormon tiroksin dan triiodotironin. Akibatnya, tidak tersedia hormon yang dapat dipakai untuk menghambat produksi TSH oleh hipofisis anterior, hal ini menyebabkan kelenjar hipofisis menyekresi banyak sekali TSH. Selanjutnya TSH merangsang sel-sel tiroid menyekresi banyak sekali koloid tiroglobulin ke dalam folikel, sehingga kelenjarnya tumbuh semakin besar. Tetapi karena yodiumnya kurang, produksi tiroksin dan triiodotironin tidak meningkat dalam molekul tiroglobulin, dan oleh karena itu tidak ada penekanan secara normal pada produksi TSH oleh kelenjar hipofisis. Ukuran folikel dapat menjadi sangat besar sekitar 10-20 kali besar ukuran normal. Pada beberapa pasien hipotiroid, di dalam tiroidnya timbul kelainan pada sistem enzim yang dibutuhkan untuk pembentukan hormon tiroid. Di antara kelainan-kelainan yang dapat dijumpai adalah : a) Defisiensi mekanisme penjeratan iodida, sehingga yodium yang dipompakan ke dalam sel jumlahnya tidak adekuat; b) Defisiensi sistem peroksidase, suatu keadaan ketika iodida tidak dioksidasi menjadi yodium; c)Defisiensi penggandengan/ coupling tirosin teriodinasi di dalam molekul tiroglobulin, sehingga bentuk akhir dari hormon tiroid tidak terbentuk; d)Defisiensi enzim deiodinase, yang mencegah pulihnya yodium dari tirosin teriodinasi, yang tidak mengalami penggandengan untuk membentuk hormon tiroid, sehingga mengakibatkan defisiensi yodium Apakah kelainan hipotiroidismenya disebabkan oleh tiroiditis, defisiensi yodium, idiopatik, rusaknya kelenjar tiroid oleh karena radiasi atau operasi, efek fisiologisnya sama pada semua keadaan. Efek ini termasuk rasa capai dan mengantuk yang berat, kelemahan otot, denyut jantung yang lambat, penurunan curah jantung, volume darah yang berkurang, konstipasi, kelambanan mental, gagalnya sebagian besar fungsi tropik yang ditandai dengan kurangnya pertumbuhan rambut dan kulit bersisik, suara parau, dan pada kasus yang parah timbul bengkak di seluruh tubuh.