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RyR2
Resumen
En el corazn, la estimulacin elctrica de los miocitos cardacos aumenta la
probabilidad de apertura de los canales de Ca 2 + sensibles al voltaje de
sarcolema y flujo de Ca 2 + hacia las clulas. Esto aumenta la unin de Ca
2+ a los canales activados por ligando conocidos como receptores de
rianodina (RyR2). Sus aberturas causan liberacin de toda la clula de Ca 2
+ , que a su vez provoca la contraccin muscular y la generacin de la
fuerza mecnica requerida para bombear la sangre. En los miocitos que
descansan, RyR2s tambin pueden abrir de forma espontnea dando lugar a
los eventos de liberacion de Ca2+ confinado espacialmente conocidos como
"chispas". RyR2s se organizan en una red para formar grupos en la
membrana del retculo sarcoplsmico de la unin. Nuestro trabajo reciente
ha demostrado que la disposicin espacial de RyR2s dentro de las
agrupaciones influye fuertemente en la frecuencia de las chispas de Ca 2+.
Hemos demostrado que la probabilidad de que una chispa de Ca 2+ se
produzca cuando un solo RyR2 en el grupo se abra espontneamente puede
predecirse a partir de las disposiciones espaciales precisas de RyR2s. Por lo
tanto, la "funcin" sigue de la "estructura". Esta probabilidad est
relacionada con el valor propio mximo (1) de la matriz de adyacencia de la
red de grupo RyR2. En este trabajo, desarrollamos un marco terico para la
comprensin de esta relacin. Se presenta un modelo de red de contactos
estocstico del proceso de iniciacin de chispa de Ca 2+. Se demuestra que
1 determina un umbral de estabilidad para la formacin de chispas de Ca
2+ en trminos de las tasas de transicin de compuerta RyR2. Nosotros
recapitulamos estos resultados por la aplicacin del modelo a las estructuras
de grupo realistas RyR2 informados por super-resolucin estimularon el
agotamiento de emisin de microscopa (STED). La Eigendescomposicin del
modelo de red de contactos de campo medio linealizado revela subdominios
funcionales dentro de las agrupaciones RyR2 con sensibilidades distintas a
Ca 2+. Este trabajo proporciona nuevas perspectivas sobre el proceso de
liberacin de Ca 2+ cardiaco y un mtodo general para inferir las
propiedades funcionales de los grupos de receptores transmembrana de su
estructura.
Introduccin
La contraccin mecnica del corazn se produce como resultado de la
liberacin intracelular de Ca 2 + en miocitos cardiacos. Los canales de Ca 2
+ de tipo L (LCC) y un racimo compacto de hasta 100 canales de liberacin
de Ca 2+ -sensible Ca 2+ [ 1 , 2 ], conocidos como receptores de rianodina
(RyR2s), son co-ubicadas en uniones subcelulares discretas dentro de la
clula ( Fig 1A ). Estas unidades de liberacin de Ca 2+ (CRU) estn
formados por profundas invaginaciones de la membrana celular que
contiene los LCC, conocidos como tbulos transversales (TTS), y la
membrana de unin del retculo sarcoplsmico (JSR), una hoja que contiene
la cisterna RyR2s las que se envuelve alrededor de la TT para formar un
estrecho subespacio ~ 15 nm de ancho. Durante el acoplamiento de la
excitacin-contraccin (ECC), la estimulacin elctrica aumenta la
probabilidad de aberturas LCC y afluencia de Ca 2 + en estos subespacios.
La unin de Ca 2+ a los RyR2s de aposicin estrecha [ 3 ] aumenta su
probabilidad de apertura y liberacin de Ca 2+ de almacenamientos de JSR
en un proceso conocido como liberacin de Ca 2 + inducida por Ca 2 +
(CICR). Adems la liberacin de Ca 2 + de RyR2s activa los RyR2s alrededor
a travs de un aumento local en el subespacio de concentracin de Ca 2 +.
La comprensin de este proceso es crtica para nuestra comprensin de la
fisiologa cardiaca en salud y enfermedad.
Resultados
Modelo de red de contacto
En esta seccin, se presentan los resultados utilizando un modelo de red de
contactos (NC) de la activacin del grupo RyR2 donde los canales se acoplan
a travs de interacciones locales con sus vecinos. Los modelos de red de
contactos son ampliamente utilizados para estudiar la propagacin de
enfermedades debido al contacto entre individuos infectados y susceptibles
[ 28 ]. En nuestro modelo, las interacciones en lugar de surgir de la
activacin de Ca 2+ dependiente debido a la afluencia local y difusin de Ca
2 + , que hace que los canales vecinos se abran. Por simplicidad, se supone
que el gradiente de concentracin local de Ca 2+ cerca de un RyR2 abierta
disminuye rpidamente lo suficiente en el espacio de tal manera que slo
RyR2s adyacentes interactan [ 4 , 29 , 30 ]. Cada canal cambia
estocsticamente entre estados abierto y cerrado ( Figura 2A ). Si un canal i
de RyR2 tiene Yi(t) al lado de canales RyR2 que estn abiertos, su tasa de
apertura es Yi( t ), donde es un parmetro constante. Por lo tanto es la
tasa de apertura RyR2 cuando un vecino ms cercano RyR2 est abierto.
Tenga en cuenta que en el modelo biofsico completo de chispa 3D, la tasa
de apertura RyR2 cuando todos los vecinos estn cerrados es muy pequeo
(~ 9 10 -7 ms -1 ). Por lo tanto hemos tomado esta tasa que sea cero en
esta formulacin. El valor de es variado en nuestros anlisis. La tasa de
cierre RyR2, , se supone que es una constante de 0,5 ms -1 . Derivacin del
modelo y parmetros se da en Mtodos y modelos .
(1)
Difusin de Ca 2+ en el modelo CN
La liberacin cardiaca de Ca 2 + se regula activamente en condiciones
normales y modulada en diversas enfermedades. Para estudiar esta
regulacin, hemos ampliado el modelo CN mediante la derivacin de un
modelo simple de difusin de Ca 2+ entre fuentes de RyR2 Ca 2+. El
parmetro se estima a travs de este modelo de difusin y un modelo
gating de RyR2. Todos los parmetros se tomaron de Walker et al. [ 4 ], a
excepcin del coeficiente de difusin de Ca 2+ ( dC ), que se ajust para dar
= 0,115 como se indica en la seccin anterior.
(2)
donde los pesos bi(T) = e(yo-)t uTvi, con u siendo el vector todo en uno. Una
expresin similar para E [ N O ] est dada por
(3)
El anlisis de perturbacin
No est claro cmo se puede determinar si un grupo se caracteriza por un
nico modo propio o pareja dominante-subdominante de modos propios sin
realizar los clculos de descomposicin propia (eigendescomposicin). Por
ejemplo, los grupos de comparacin (6) y (8) en la figura 5 , no es
inmediatamente evidente por qu (8) requiere que ambos modos y (6) no lo
hace. Para entender mejor esta relacin, cercenamos progresivamente la
conexin entre dos subdominios funcionales en la parte superior e inferior
del grupo (6). En la figura 6A , retiramos los canales de este grupo
procediendo de izquierda a derecha a lo largo de la fila de canales indicados
por la lnea de puntos en el cuadro de la lnea de base. Un modo propio
subdominante surgi al eliminar los canales. El modo propio dominante se
mantuvo en el subdominio inferior, mientras que el modo propio
subdominante formado en la regin superior. Tenga en cuenta la formacin
de dos subgrupos disjuntos en el grupo (A4), que tienen modos propios
similares a cuando se conectan por un solo canal en (A3). La formacin de
un subdominio secundaria se demuestra adems por un incremento en el
valor de c i para el modo propio subdominante ( Fig 6B ). En este ejemplo, el
modo propio subdominante apareci despus de la eliminacin de un solo
canal y poco a poco se hizo ms prominente con la eliminacin de canales
adicionales. Por lo tanto, la formacin de un modo propio subdominante
puede ser bastante sensible a las reducciones en la regin de divisin de dos
subdominios posible, cada uno distinguido por diferentes propensiones de
chispas.
Discusin
Hemos demostrado en trabajos anteriores que la estructura precisa de las
agrupaciones de canales RyR2 influye en las propiedades de liberacin de Ca
2+ [ 4 ]. En particular, la probabilidad de una chispa de Ca 2+ que se
produce cuando un RyR2 se abre de forma espontnea depende en gran
medida de la disposicin de los RyR2s en el subespacio. Esto tiene
implicaciones para el ciclo de Ca 2+ en la clula, como la probabilidad de
encendido de Ca 2+ controla la frecuencia de las chispas de Ca 2+ y la
excitabilidad de la agrupacin [ 5 ]. Una propiedad emergente de este
modelo biofsico-detallado fue que 1 es un fuerte predictor de probabilidad
de chispa de Ca 2+.
No se consideraron las interacciones dbiles entre RyR2s tales como las que
existen entre vecinos en diagonal adyacentes. Esto da lugar a una
subestimacin de las probabilidades abiertas. Asimismo, no consideramos
las agrupaciones con separacin heterognea entre canales como se
observa en Asghari et al. [ 45 ]. Tambin slo se consideran grupos
conectados individuales que no contienen brechas que dividen el grupo en
subgrupos separados. Asumimos que el gradiente de concentracin de Ca
2+ que rodea a un RyR2 abierta declina con la suficiente rapidez tal que una
insignificante concentracin de Ca 2 + se detecta en subgrupos cercanos, y
por lo tanto provoca la chispa que se produce de forma independiente. Estas
limitaciones podran superarse mediante el uso de una matriz de distancia o
modelo de difusin como en [ 47 ] para calcular el acoplamiento entre entre
RyR2-Ca 2+. Adems, el modelo de LCN es conocido que se desva ms del
modelo exacto cerca del umbral de estabilidad ( / lambda 1 ) [ 48 ]. Se
ha demostrado que la solucin de la media-modelo CN de campo es un
lmite superior determinada sobre las verdaderas probabilidades [ 49 ], y
aunque existen aproximaciones de orden superior [ 42 ] elegimos la
aproximacin de primer orden de campo medio para su sencillez y
manejabilidad analtica.
Mtodos y modelos
Declaracin de tica
Todos los procedimientos animales fueron revisados y aprobados por el
Comit Institucional de Cuidado y Uso de Animales de la Universidad de
Medicina de Gttingen Zentrale Tierexperimentelle Einrichtung (ZTE). Se
aplic sacrificio de animales como se describe en Wagner et al. [ 24 ].
(4)
Todo el sistema puede ser representado de forma ms compacta como la
ecuacin matricial
(5)
dnde p( T ) = [ p1( t ) , . . . , Pn( t ) ], u es el vector todo en uno, x(t) =
[ X1(t) , . . . , Xn(t) ] e I es la matriz identidad. Por consiguiente, el sistema
se describe mediante un conjunto de n ecuaciones diferenciales estocsticas
acopladas, cuya solucin es analticamente intratable. Hemos simulado el
modelo CN usando el algoritmo de Gillespie [ 31 ]. La probabilidad de chispa
en el modelo CN se estim mediante la ejecucin de un conjunto de 10.000
simulaciones por punto de datos.
Ca 2+ modelo de difusin
A continuacin incorporamos un modelo simple de difusin de Ca 2+ que se
refieren al modelo CN a la comunicacin basada en Ca 2+ entre RyR2s.
Nosotros usamos la ecuacin de difusin en estado estacionario para una
fuente puntual continua en un volumen semi-infinito para obtener la
concentracin de Ca 2+ detectada por un RyR2 vecino de un solo canal
abierto [ 63 ]
(6)
donde iRyR = 0,15 pA es la corriente unitaria de un solo canal, z = 2 es la
valencia de Ca 2 + , F es constante de Faraday, d C es el coeficiente de
difusin eficaz de Ca 2+ en el subespacio del lugar de liberacin, y r = 31
nm es la distancia entre el poro del canal abierto y el sitio de unin cercano
de Ca 2+.
(7)
dnde p( T )ahora es el vector de probabilidades abiertas de campo medio.
Este sistema no lineal es difcil de analizar analticamente [ 48 ].
Simplificamos ms el modelo al linealizar las ecuaciones sobre p= 0[ 28 ]
(8)
Nos referimos a esto como el modelo CN de campo linealizado de media
(LCN), que se presta a las herramientas de la teora de sistemas lineales.
Tenga en cuenta que el sistema es estable si y slo si el mximo
(dominante) valor propio de A - I , dada por 1 - , es menor que 0,
(9)
donde 1 es el mximo valor propio (dominante) de A . Por lo tanto, si 1 <
/ , las probabilidades abiertas en la decadencia LCN a 0. De lo contrario,
p( T ) es ilimitada como t . Aunque fsicamente sin sentido, este
resultado implica que las probabilidades abiertas aumentan cuando la
mayora de los canales estn cerrados, o p( T ) 0 (Cerca del origen de
linealizacin).
(11)
que puede ser reescrito como la suma
(12)
La solucin de este sistema viene dada por
(13)
Nos referimos a los modos propios como los pares de valores propios,
vectores propios i- vi. Tenga en cuenta que p( T )es esencialmente una
suma de los modos propios. Si la distribucin de probabilidad inicial p( 0 ) =
vi para alguna constante , entonces p( T ) vi para todos t . En otras
palabras, la trayectoria del sistema se caracteriza en su totalidad por la
inesima del modo propio. En general, la contribucin de la inesima de modo
propio se determina por el peso y un factor exponencial dependiente
del tiempo con constante de tiempo 1 / ( i - ).
(14)
Suponemos que en un grupo RyR2 de reposo, cada canal experimenta la
misma concentracin de Ca 2+ y por lo tanto es igualmente probable que
inicie una chispa. El nmero total esperado de canales abiertos cuando el
primer canal abierto es elegido al azar se puede calcular mediante el
establecimiento de p( 0 ) para la distribucin uniforme y otra vez sumando
todos los elementos de p( T )
(15)
Fig 1. Las chispas de Ca2 + son eventos fortuitos que ocurren en los
sitios de liberacin en el miocito cardiaco. (A) Seccin transversal de la
estructura del sitio de liberacin. Invaginaciones profundas en la membrana
celular conocido como tbulos transversales se renen con el JSR para formar
un subespacio estrecho que contiene un grupo de RyR2s (azul), que liberan
Ca 2 + dentro de la clula. Las flechas indican la direccin de flujo de Ca 2+. (B)
Grupo de ejemplo RyR2s que forman un entramado lleno. (C) simulaciones
representativas del modelo de chispa 3D que muestra el nmero de canales
abiertos ( N S ) de un total de 49. Despus que un solo canal se abre en t = 0,
se tiene xito probabilsticamente ( azul ) o no ( rojo ) para desencadenar una
chispa . El recuadro muestra la fase de iniciacin de la chispa. (D) Relacin
del tamao de grupo ( n , tringulos ) y el valor propio mximo
( 1 , crculos ) con probabilidad de chispa de Ca 2+ en el modelo 3D chispa
[4]. Dos redes de racimo incrustados se muestran para ilustrar que las
agrupaciones RyR2 pueden exhibir iguales probabilidad de chispa de Ca 2+ a
pesar de las diferencias en el nmero de canales debido a las diferencias en
la forma.
Fig 2. El modelo de red de contactos reproduce el canal gating RyR2
durante la iniciacin de chispa de Ca2 +. (A) modelo de red de contacto
esquemtico que muestra (i) un diagrama de la estructura de la red RyR2 a
partir de la fig. 1 (B) con lneas de conexin de canales adyacentes y (ii) el
modelo de Markov que representa cada canal con estados cerrados (C) y (O)
abiertos. La tasa de apertura de cada canal i escala con el nmero de canales
adyacentes abiertos Yi (t). (B) Simulaciones de ejemplo que muestra el
modelo CN ( rojo ) y el modelo 3D de chispa ( azul ) comportamiento gating
de RyR2 durante la fase de iniciacin de la chispa. La generacin de chispa
se considera exitoso si N O 4 (lnea discontinua). (C) Probabilidades de
chispa para una coleccin de clsteres RyR2 107 STED informadas para el
umbral (en el centro), sub-umbral (inferior), y supra-umbral de los valores
(superiores) de . (D) Probabilidades de chispa cuando el valor de se
establece en valores constantes en todos los grupos. (E) se ajust al valor
nominal de 0.115ms-1 para maximizar la correlacin con probabilidades de
encendido del modelo 3D de chispa |para una coleccin de 15 grupos
representativos ( R 2 = 0,939). (F) la probabilidad de chispa ( p S ) de una
celosa de 7 x 7 de RyR2s en funcin de / en la NC ( rojo ) y los modelos
3d de chispa ( azul ) (vase el texto para ms detalles). El modelo CN est en
el rgimen de sub-umbral cuando / est a la derecha de 1 (lnea de
puntos negro).
Fig 3. La dependencia de / en las propiedades biofsicas del sitio
de la liberacin de Ca2 + cardiaca
La dependencia (A) del rango constante de apertura RyR2, (B) la corriente
unitaria RyR2, (C) coeficiente de difusin de Ca 2+ efectivo, y (D) distancia
entre poro del canal y el sitio de unin cercano a Ca 2+. Las lneas de puntos
rojos indican los valores nominales de los parmetros de Walker et al. [4], a
excepcin de dC , que se ajust para dar = 0,115 como se determina en la
Fig 2E.
Fig 4. El nmero previsto de canales abiertos en el modelo CN de
campo de media linealizada (LCN) predice la probabilidad de chispa.
(A) Nmero previsto de canales abiertos (E [ N O ]) del modelo LCN en t = 8
ms fuertemente correlacionado con p S del modelo 3D de chispa ( R 2 =
0,934). Los datos mostrados para una coleccin de 15 grupos. (B) E [ N O ]
tambin se correlacion con 1 ( rojo ), pero no con el nmero de canales en
el grupo ( n , negro ). Los puntos de datos son de la coleccin de 107
agrupaciones. (C) Dependencia del tiempo de la cantidad esperada de