Professional Documents
Culture Documents
Prsente par :
Thme
Je remercie mes collgues et toute lquipe du laboratoire LBPAP pour leur sympathie. .
Rsum
Les lgumineuses alimentaires sont considres depuis longtemps comme les plantes
graines les plus cultives par lhomme. Elles jouent un rle important dans le dveloppement
de lconomie nationaledes pays du Maghreb.La fve (Vicia fabaL) est parmi les
lgumineuses alimentaires les plus cultives pour lalimentation humaine et joue aussi un rle
important dans la fertilisation des sols. Dans le but damliorer la production de cette culture
stratgique pour la scurit alimentaire dans le pays, nous avons entrepris une tude de
caractrisationphnotypique desrhizobia associes la fve dans louest algrien afin de
slectionner par la suite en serre et au champ les souches potentiellementintressantes
proposer comme inoculum biologique.Pour raliser ce travail, plusieursmissions
deprospection ont t menes dans louest algrien au cours desquellesnous avons rcolt des
plantes et desnodules de (Vicia fabaL). Les nodules ainsi rcolts nous ont servi lisolement
direct de souches de rhizobia. Une collection de 140 isolats a t obtenue et caractrise par
des tests phnotypiques.Quarante isolats prsentent une morphologie comparable celle des
rhizobia connus, les colonies obtenues prsentent une forte mucosit et nabsorbent pas du
rouge Congo.
Les essais ont t mens au champ durant la saison pluvieuse dans le centre de formation de
Misserghine lOuest algrien. Cinq traitements ont t appliqus : une inoculation avec trois
souches de Rhizobiumsp. reprsentant la souche la plus effective (la souche FM.24),
moyennement effective (la souche FR36) et la moins effective (la souche FR26.4.2), un
tmoin azot et un sans azote sont inclus. Les rsultats obtenus montrent que la fertilisation
azote entraine une augmentation de la biomasse arienne et une diminution de la biomasse
nodulaire contrairement linoculation avec les souches de Rhizobium sp.quientraine une
augmentation de la biomasse racinaire et arienne,et une augmentation significative du
rendement en gousses et en graines ce qui encourage lutilisation des souches de Rhizobiums
comme inoculum biologique. Dans cet essai, la souche FM20.4 originaire de la rgion de
Mostaganem est la plus efficiente par rapport aux autres souches slectionnes et qui se sont
avres nettement moins comptitives et moins effectives que les souches indignes.
Food legumes have been considered since a long time as the most cultivated seed plants by
man. They play an important role in the development of the Maghreb countries economy.
Bean (Viciafaba L.) is among the most cultivated grain legumes for food and also plays an
important role in soil fertilization. In order to improve thisstrategic crop production for food
security, we have undertaken a study of rhizobial strains phenotypic characteristics associated
with bean in western Algeria to select afterwards in the greenhouse and field potentially
interesting strains as biological inoculum. To make this work, several exploratory missions
have been conducted in western Algeria whereweere collected plants and nodules (Viciafaba
L.). The nodules were harvested and served us for direct isolation of rhizobial strains. A
collection of 140 isolates was obtained and characterized by phenotypic testing. Forty isolates
show morphology comparable to that of known rhizobia, the obtained colonies showed mucus
production and the absence of congo red absorption.
In vitronodulationtestunder controlled conditionsconfirmedinfectivityand efficiency
ofthirtystrains with their plant host and they have been selectedfor physiologicaland
biochemical tests. The majority ofstrains were distinguished bytheir particularsalinity
tolerance(600mm NaCl) at pH ranging from 5 to11andat maximum temperaturesbetween
15to40 C. They evenfound to be resistanttosome antibiotics.
Threerhizobialstrainsfrom our collectionwere selected onthe basis of theirefficiency(a
measureof the dry weightofaerial androotparts)in a greenhouseundercontrolled conditionsand
physiologicalcharacteristicforinoculationfield trials.
The tests were conducted in the field during the rainy season inMisserghine training center in
western Algeria. Five treatments were applied: inoculation with three strains of Rhizobium sp.
(FM.24, FR36, FR26.4.2) previously selected in the greenhouse as being the most effective
(FM.24 strain), slightly effective (strain FR36) and less effective (FR26.4.2 strain), a nitrogen
and a nitrogen-free controls. The results showed that nitrogen fertilization resulted in an
increase in aboveground biomass and a decrease in biomass nodular unlike inoculation with
Rhizobiumsp strains which leads to an increase in root and stem biomass, and a significant
increase in pods and seeds yield. In this test, the strain FM20.4 native of Mostaganem region
was more efficient compared to other selected strains that have proven much less competitive
and less effective than native strains.
Keywords;Viciafaba L - rhizobia- symbiosis-Phnotypique Diversity. Inoculation.
Table des matires
Introduction gnrale ................................................................................................................. 1
1. Introduction ................................................................................................................ 27
2. Matriel et Mthodes ......................................................................................................... 28
2.1. Prospection et chantillonnage ......................................................................................... 28
2.1.1. Sites dchantillonnage ................................................................................................ 28
2.1.2. Collecte des nodules ...................................................................................................... 30
2.1.3. Conservation des nodules .............................................................................................. 31
2.2. Isolement et purification des isolats bactriens ............................................................... 31
2.3. Vrification de la puret des isolats ................................................................................. 31
2.3.1. Observation macroscopique .......................................................................................... 31
2.3.2. Observation microscopique ........................................................................................... 31
2.3.3.Absorption du rouge Congo ....................................................................................... 31
2.3.4.Conservation des souches ............................................................................................... 32
2.4.Test dinfectivit des souches vis--vis de leur plante hte en hydroponie ...................... 32
2.4.1.Strilisation, germination et mise en culture de la fve ................................................. 32
2.4.2. Inoculation des plantes in vitro ..................................................................................... 33
2.4.3. Estimation de la croissance ............................................................................................ 33
2.4.2. Analyse statistique.......................................................................................................... 34
2.5. Caractrisation physiologique des isolats ........................................................................ 34
2.5.1. Sensibilit des souches la salinit .............................................................................. 34
2.5.2. Sensibilit des souches la temprature .......................................................................... 34
2.5.3. Sensibilit des souches au pH ..................................................................................... 34
2.5.4. Croissance sur milieu YEM contenant du Bleu de Bromothymol ............................... 34
2.6. Rsistance aux antibiotiques ............................................................................................ 35
2.7.Capacit dassimilation de substrats carbons ................................................................... 35
2.8. Analyse numrique ........................................................................................................... 35
3.Rsultats et discutions ........................................................................................................ 36
3.1. Isolement des rhizobiums ................................................................................................. 36
3.2.Caractristiques morphologiques ....................................................................................... 36
3.2.1.Caractristiques macroscopiques ............................................................................ 36
3.2.2.Caractristiques microscopiques ............................................................................. 36
3.2.2.Croissance sue YEM + rouge Congo ....................................................................... 37
3.3.Test de nodulation ............................................................................................................. 39
3.3.1.Morphologie des plantes inocules ......................................................................... 40
3.3.2.Nombre de nodules .................................................................................................. 42
3.3.3.Mesure de la hauteur des tiges ................................................................................ 42
3.3.4.Comparaison des poids secs des parties ariennes et racinaires des plantes ........... 43
3.4. tude des caractristiques physiologiques ........................................................................ 45
3.4.1Sensibilit la temprature ...................................................................................... 45
3.4.3.Sensibilit au pH ..................................................................................................... 46
3.4.4.Croissancesur milieu YEM contenant du Bleu de Bromothymol .......................... 47
3.4.5..Rsistance intrinsque des souches aux antibiotiques ............................................ 49
3.4.6..Assimilation de substrats carbons ........................................................................ 50
3.5. Analyse numrique .......................................................................................................... 53
4.Conclusion ........................................................................................................................... 55
1.Introduction ......................................................................................................................... 56
2. Matriels et Mthodes ........................................................................................................ 57
2.1.Prsentation du site exprimentale .................................................................................... 57
2.2. Analyse du sol .................................................................................................................. 59
2.2.1. Analyses physiques ....................................................................................................... 59
2.2.2. Analyses chimiques ....................................................................................................... 59
2.3. Essaiau champ ................................................................................................................... 62
2.3.1. Mise en place de lessai ....................................................................................................62
4.Conclusion ........................................................................................................................... 79
Figure 6 : Aspects des nodules de Vicia faba L (A) bilobs, (B) polylobs, (C) forme
indtermin ... 30
Figure 7 : Aspect des graines de Vicia fabaL .. 32
Figure 8 : Aspect des plantes de Vicia faba L aprs une semaine dinoculation dans la
chambrede culture
... 33
Figure 9 : Aspect macroscopique de la souche de la souche FT16 sur milieu YEM aprs 72H
dincubation .. 38
Figure 11 : Aspect macroscopique de la souches FM24 sur milieu YEM contenant le rouge
Congo aprs 72H 48
Figure 13 : Aspect des racines des plantes inocules par la souche FR36 (A), FM24 (B) et le
tmoin (C) aprs 6 semaines de croissance en chambre de culture et en conditions contrles
. 41
Figure 14 : Infectivit des souches de rhizobia isoles de Vicia fabaL estime par le nombre
de nodules aprs 6 semaines de croissance en chambre de culture en conditions
contrles
. 44
Figure 15 : La hauteur des parties ariennes des plantes inocules aprs 6 semaines de
croissance en conditions contrles.44
Figure 16 : biomasse des parties ariennes et racinaires de plantes inocules aprs 6 semaines
de croissance en chambre de culture . 44
Figure 19 : La croissance des souches FO4.1 et FR29.3 en milieu YEM contenant du Bleu de
Bromothymol .. 52
Figure 21 :Assimilation des substrats carbons (Galactose) par par diffrentes souches
tudies . 52
Figure 26 : Photos des blocs pour chaque traitement aprs 3 semaines de croissance,A :
Tmoin sans azote, B : bloc inocul par la souche FM24, C :Tmoin azot, D : bloc inocul
par la souche FR36, E : bloc inocul par la souche FR26.4.2 70
Tableau 10 :Les rsultats des analyses physiques dchantillons de sol prlev de la rgion de
Misserghine, Ralis LINA dAlger..68
Tableau 11 :Les rsultats des analyses chimiques dchantillons de sol prlevs de la rgion
de Misserghine, Ralis LINA dAlger... ....68
Introduction gnrale
La forte croissance dmographique des dernires annes a entran une forte pression sur les
ressources en terres cultivables. Laugmentation de la population a entrandu mme coup une
augmentation de la demande en produits vgtaux utiles lhomme et lanimal. Cette forte
pression sur le couvert vgtal influence la capacit des sols produire la biomasse ncessaire
aux besoins dune population de plus en plus nombreuse. Dans un tel contexte, la jachre qui
tait le moyen traditionnel de restauration de la fertilit des sols est moins pratique cause
de la forte demande en terres cultivables. De nombreuses exprimentations de longue dure
ont montr quune gestion rationnelle des engrais minraux et des amendements organiques
permettait daugmenter les rendements des cultures et de maintenir durablement la fertilit
des sols (Sdogo, 1981, 1993 ; Pichotetal., 1981 ; Berger etal., 1987 ; Pieri, 1989
;BationoetMokwunye, 1991 ; Badoetal., 1997).
Lutilisation des engrais organiques est galement faible car lagriculture nest pas
systmatiquement intgre avec llevage. Il sagit de deux types dactivits distinctes
pratiques par des acteurs diffrents. Lagriculteur ne pratique pas systmatiquement
llevage de sorte quil dispose des amendements organiques comme le fumier pour fertiliser
son champ. Aprs les rcoltes, les rsidus de plantations sont principalement consomms
durant la saison sche par les animaux transhumants, ce qui correspond une exportation
dlments nutritifs des champs.
Cette agriculture extensive trs faibles intrants sans recyclage des rsidus de rcolte entrane
des bilans ngatifs en lments nutritifs et ne permet pas dentretenir la fertilit des sols long
terme. Caractrise dagriculture minire par la FAO, ce type dagriculture a
progressivement diminu loffre en lments nutritifs des sols (Bationoetal., 1998), Face
une telle situation, il devenait urgent de dvelopper des techniques de fertilisation accessibles
aux producteurs et permettant daugmenter la production par unit de surface tout en
maintenant la fertilit des sols long terme.
Lazote et le phosphore sont les deux premiers facteurs limitant les rendements des cultures
sur les sols des zones semi-arides dAfrique de lOuest. Hien (1990), Sdogo (1981) et
Badoetal. (1997) indiquent que les teneurs en matire organiques et en azote influencent
fortement la fertilit des sols et la productivit des cultures.
Pourtant, la prsence des lgumineuses dans les systmes de culture est une opportunit pour
amliorer la fertilit des sols et les rendements des cultures. Rappelons que 79.08% du
1
Introduction gnrale
La quantit dN2 fixepar la fve est estime entre 240 et 325 kg ha-1 (Somasegaran et
Hoben, 1994), avec un pourcentage d'efficience (66% Ndfa; azote driv de l'air) (Jensen,
1986) et rpond 80% de ses besoins en azote (Zaptaet al., 1987). Pour cette raison, elle est
2
Introduction gnrale
incorpore dans l'agriculture mixte traditionnelle offrant une pratique agronomique moins
chre et plus efficace en assurant une offre suffisante en N.
58 000 hectares soit 44,3% de la superficie totale agricole est rserve la culture de cette
lgumineuse en Algrie (Boussadaetal., 2004). Selon le Ministre de lAgriculture et du
Dveloppement Rural (MADR, 2010) la production de la fve dans lEst Algrien atteint
617690 quintauxalors que dans louest elle nest que de 374085 quintaux,ceci est d
principalement aux facteurs climatiques. Selon Nutman (1976) la capacitdela fve fixer
l'azotedpend de nombreux facteurs, dont les facteurs environnementauxet agronomiques.
La fve peut fixer lazoteatmosphrique grce une association symbiotique avecles rhizobia
(bactries vivant dans les nodules racinaires de cette plante)Le premier microsymbiote
identifi de cette lgumineuse est Rhizobiumleguminosarumbv. viciae(Jordan, 1984;
Shamseldinet al., 2009), dautres espces ont t dcrites par la suite dans le monde par
diffrentes techniques phnotypiques et gnotypiques mais trs peu dtudes taxonomique ont
t ralises en Algrie.
Le premier chapitre correspond une tude bibliographique ayant pour but de situer le travail
dans son contexte scientifique. Elle comporte une partie sur la plante hte Vicia fabaL et les
rhizobiaassocis et une partie sur lutilisation des engrais azots en Algrie et linoculation
biologique.
3
Introduction gnrale
4
Chapitre I
Synthse bibliographique
Chapitre I
Les lgumineuses prsentent toutes une particularit dans leur systme racinaire, une
symbiose avec une bactrie du sol les rhizobia, qui leur permet de bnficier de l'azote de l'air
pour leur croissance. Cela constitue en outre un apport azot non ngligeable pour la culture
(Hamadache et al., 1997 ; Solomon et Fassil Assef, 2014).
En Algrie, elles sont cultives sur les zones littorales jusquaux hauts-plateaux, on trouve de
nombreuses espces potagres comme le pois chiche, le haricot, la fve, le pois et la lentille
(Lazali, 2014).
2. La fve
4
Chapitre I
Selon Mathon (1985), la fve est une plante cultive par lhomme depuis le Nolithique (7000
ans avant J.C), elle est originaire des rgions mditerranennes du Moyen-Orient. Selon Peron
(2006), la fve, le pois et la lentille sont les plus vieilles espces lgumires introduites en
agriculture (10000 ans). Cette plante figure parmi les lgumineuses les plus anciennement
cultives, elle est cite dans la Bible comme tant dun usage frquent pour les offrandes
funraires (Laumonnier, 1979). A partir de son centre dorigine, elle sest propage vers
lEurope, le long du Nil, jusquen Ethiopie et de la Msopotamie vers lInde. LAfghanistan et
lEthiopie deviennent par la suite, les centres secondaires de dispersion (Zaidi et Mahiout,
2012). En Egypte des graines de fve ont t trouves dans les tombes de la XXIIe dynastie
des Pharaons (2002-2004 avant J.C).
2.2. Position systmatique de la fve
Daprs Dajoz (2000) la fve est classe comme suit :
Embranchement : Spermaphytes
Sous-embranchement : Angiospermes
Classe : Dicotyldones
Sous-classe : Dialyptales
Srie : Caliciflores
Ordre : Rosales
Famille : Fabaces (Lgumineuses)
Sous-famille : Papilionaces
Genre : Vicia
Espce : Vicia faba L.
La fve possde des fleurs qui sont gnralement blanches avec des ailes noires, par deux
cinq petites grappes pdoncules (Guinoolhet et De Vilmorin, 1984).
5
Chapitre I
Les fruits sont de longues gousses vertes, paisses, contenant de grosses graines ovales
(Couplen et Marm, 2009) (Figure 1).
6
Chapitre I
Aspect des fleurs et des feuilles (a) Forme des graines (c)
7
Chapitre I
Elles ont une hauteur moyenne de 85cm, elles produisent de nombreuses gousses contenant 4
graines.
2.5. Intrts culturaux de la fve
Elle contribue lenrichissement des sols en lments fertilisants (Khaldi et al., 2002). Elle
est introduite en rotation avec les crales, ou elles jouent un rle non ngligeable dans
8
Chapitre I
lenrichissement des sols en azote (Rachef et al., 2005), et grce son systme racinaire
puissant et dense elle amliore la structure du sol (Hamadache, 2003).
La fve est lune des lgumineuses graines utilise pour la consommation humaine et
animale (Goyoaga et al., 2011). Elle constitue un aliment nutritif trs important surtout pour
les populations faible revenus, qui ne peuvent pas toujours sapprovisionner en protine
dorigine animale (Daoui, 2007)
Selon Gordon (2004), cette lgumineuse est une excellente source de fibres solubles et
insolubles, de glucides complexes, de vitamines (B9 et C) et de minraux (en particulier le
potassium, le phosphore, le calcium, le magnsium, le cuivre, le fer et le zinc) et elle a une
teneur en protine trs leve (Tableau 2).
Tableau 2 : Composition chimique moyenne pour 100 g de fve (Fachmann et Kraut, 2006).
Lumire
Daprs Laumonier (1979), la fve se comporte comme une plante de jour long qui se traduit
par une exigence importante en luminosit.
2.6.3. Exigences agronomiques
Prparation du sol
Afin dassurer la plante une bonne autonomie vis- -vis de ses besoins en eau, et en raison
de son enracinement pivotant, un labour profond est conseill (Chaux et Foury, 1994).
Semis
Selon Laumonier (1979), le semis dpend des rgions et des varits, il peut seffectuer
partir du mois doctobre jusqu la fin du mois de fvrier et dbut du mois de mars. En
Algrie, le semis est ralis au mois de novembre afin dviter la scheresse printanire.
2.7. Production mondiale de la fve
10
Chapitre I
La fve reprsente une production mondiale de 3515748 tonne. La chine est le plus grand
pays producteur avec1650000 T pour la campagne 2009/2010, puis vient lEthiopie en
deuxime position avec une production de 610845T. La France est classe en troisime
position (FAO, 2010) (Tableau 3).
Tableau 3 : La production mondiale de fve, campagne 2009/2010.
Position Pays Production (T)
1 Chine 1650000
2 Ethiopie 610845
3 France 438338
4 Egypte 297620
5 Maroc 153040
6 Australie 192000
7 Soudan 112500
8 Royaume-Uni 100000
9 Italie 97408
10 Tunisie 70210
11 Prou 69634
11
Chapitre I
seffectue au mois de novembre puis, la deuxime priode de semis au printemps pour les
zones du nord.
La zone de production de la fve en Algrie, en plus des plaines ctires, est reprsente par :
Les plaines dintrieur : Wilaya de Tlemcen, Guelma, Mascara, Boumerds et
Constantine.
Les hauts plateaux : Mda, Relizane, Ain Defla, Msila et Bouira.
Les zones du sud du pays : Biskra, Adrar et Ghardaa.
La production de la fve dans quelques rgions de louest Algrien est prsente dans le
tableau (4).
Tableau 4 : Production de la fve verte dans louest algrien au cours des campagnes :
2008/2009 ; 2009/2010 et 2010/2011 selon le Ministre de lAgriculture et du Dveloppement
Rural.
Ain
668 32112 947 44939
Timouchent 1196 148900
12
Chapitre I
Les rhizobiums ou rhizobia, sont les bactries arobies du sol. Leur nom signifie
tymologiquement ce qui vit dans les racines. Les rhizobia sont les partenaires symbiotiques
des lgumineuses, ils induisent la formation des nodules lintrieur desquels ils fixent
lazote atmosphrique en Ammoniac forme utilisable par les plantes (Schultze et Kondorosi,
1998 ; Albrecht et al., 1999) en change, la plante hte fournit la bactrie un micro-habitat
favorable et les substrats carbons issus de la photosynthse (Dommergues et al., 1999).
13
Chapitre I
La capacit des rhizobia former des nodules repose sur la prsence dans leur gnome dun
ensemble de gnes de nodulation indispensables la symbiose. Les gnes nod sont impliqus
dans la biosynthse de facteurs Nod, qui sont des lipochitooligosaccharides qui agissent
comme molcules signal et induisent la formation des nodules (Parniske et Downie, 2003 ;
Perret et al., 2000).
Pendant longtemps, les proprits symbiotiques sont restes la seule base de la caractrisation
des rhizobia mais actuellement l'on a complt l'tude classique des caractres phnotypiques
par celle de la structure gnomique (Krishnan et Bennet, 2007). La classification des rhizobia
est en constante modification et les propositions de remaniements futurs seront nombreuses
(Wang et Martinez-Romero, 2001 ; Hewedy et al., 2014),
14
Chapitre I
de long (Dommergues et Mangenot, 1970 ; Vincent, 1974 ; Jordan, 1984), arobies strictes
(Pelmont, 1993), Gram ngatifs et asporuls (Jordan, 1984 ; Bekki, 1983), gnralement trs
mobiles quand ils sont jeunes grce la prsence dun seul flagelle polaire ou 2 6 flagelles
pritriches (Bergeys, 1984). Quand ils sont gs, ils possdent un ou plusieurs granules
rfringents de poly--hydroxydurate (Duhoux et Nicole, 2004).
Ces bactries se trouvent soit ltat libre ou ltat symbiotique sous forme de bactrodes
avec une taille dix fois plus grande. Ces derniers ont une forme en X, Y et T (Dommergues et
Mangenot, 1970). Sur milieu YEM glos (Vincent, 1970), ces bactries forment des colonies
de 2 4 mm de diamtre aprs 3 5 jours dincubation, de couleur blanchtre ou beige,
circulaires, convexes, semi translucides ou opaques, leves et mucilagineuses (Duhoux et
Nicole, 2004). Les rhizobiums sont des bactries msophiles, leur temprature optimale de
croissance se situe entre 25 et 30 C (Elkan, 1992), cependant certaines espces de S. meliloti
peuvent se dvelopper une temprature de 42,5C (Affiana et Alexander, 1992).
inconvnient de la technique est li la nature mme du gnome des rhizobia, qui peut tre
compos pour une grande part jusqu 50 % dADN plasmidique, par dfinition non stable
dans la cellule et qui pourrait grandement influencer les rsultats des hybridations. Ces
inconvnients laissent penser que les hybridations ADN-ADN sont appeles jouer un rle
moins prpondrant lavenir pour la description despce et plus de poids devrait tre donn
lavenir aux analyses de gntique des populations et de phylognie, bases sur des donnes
de squences de plusieurs gnes situs le long du gnome (Zakhia et de Lajudie, 2006).
Le squenage de lADNr 16S est devenu le critre le plus prcieux dans la classification
bactrienne. Les squences codant pour lARNr16S sont constitues de zones trs conserves
et de parties de squences trs variables (Woese, 1987 ; Schleifer et Ludwig, 1989 ;
Stackebrandt et Goebel, 1994). La mthode connat son extension avec la constitution de
banques de donnes rassemblant les squences de trs nombreuses espces bactriennes et qui
sont disponibles dans des bases de donnes consultables sur Internet. Il en va de mme pour
les programmes informatiques indispensables lalignement des squences, au traitement des
donnes et la construction darbres phylogntiques. Les tudes phylogntiques qui
permettent laffiliation dune espce un genre sont essentiellement bases sur la
comparaison des squences dADNr 16S.
Nanmoins, La classification actuelle des BNL repose encore sur le squenage de lADNr
16S. Cette classification est nanmoins satisfaisante car elle permet la sparation des
diffrents genres dcrits jusqu ce jour, mais tenant compte des limites cites plus haut, il
devient clair que les arbres phylogntique bass sur un seul gne ne refltent pas la relation
phylogntique et volutive entre taxons en raison de la possibilit de transferts horizontaux
de gnes, et de phnomnes de recombinaison donnant des squences mosaques (Coenye et
al., 2005 ; Vinuesa et al., 2005 ; Eardly et al., 2005).
Le squenage des gnomes entiers constitue une vritable rvolution dans le domaine
bactriologique en gnral et taxonomique en particulier, de nouveaux outils sont
actuellement dvelopps en gnomique et qui permettent ltude de la diversit des rhizobia.
Les plus utilises sont la technique MLSA et les puces ADN (DNA microarrays) (Coenye et
al., 2005).
Zhang et al.(2015) ont propos une nouvelle espce Rhizobium anhuiense sp. nov. regroupant
quatre souches isoles de nodules racinaires de Pisum sativum et Vicia faba cultivs dans
l'Anhui et du Jiangxi provinces de Chine. Ces souches appartiennent au genre Rhizobium mais
17
Chapitre I
taient distinctes de toutes les espces de Rhizobium connus par analyse phylogntique des
ARN ribosomique 16S et des gnes de mnage. Les gnes symbiotiques de ses souches
savoir les gnes nodC et nifH indiquaient quelles pourraient former des nodules efficaces
avec Pisum sativum et Vicia faba, et des nodules inefficaces avec Phaseolus vulgaris.
Figure 2: arbre phylogntique bas sur la sequence du gene r RNA 16S (1317pb) montrant les
relations entre les Rhizobium laguerreae sp. nov. et les especes lies troitement. La signification
de chaque branche est indique par une valeur (Saidi et al., 2014).
18
Chapitre I
Dune manire gnrale, les tudes agronomique et cologique des rhizobiums portent non
seulement sur leurs proprits symbiotiques (pouvoir de nodulation, efficience, spcificit et
spectre dhte) mais aussi sur leur capacit dadaptation aux contraintes environnementales
qui affectent la fixation de lazote. Selon Hungria et Vargas (2000) les principaux facteurs
environnementaux limitant la relation symbiotique Rhizobium-lgumineuse sont la scheresse,
la salinit, les hautes tempratures, les pH acides extrmes. Diverses tudes ont montr que la
diversit de lespce R. leguminosarum peut tre influence par dautres facteurs biotiques et
abiotiques tels que le type de sol, le gnotype de l'hte, les pratiques agricoles, laugmentation
du taux de nitrate dans le sol, les mtaux lourds et les biocides (Palmer et Young, 2000 ;
Mutch et Young, 2004 ; Bourion et al., 2007 ; Lakzian et al., 2001 ; Depret et al., 2004).
Les rponses la temprature varient considrablement suivant les souches. La croissance des
microorganismes dans la rhizosphre, l'infection, le dveloppement du nodule et le
fonctionnement de la symbiose seraient plus affects aux tempratures infrieures de 20C
(Reddell, 1993). De mme les fortes tempratures inhibent la nodulation (Dommergues et al.,
1999) et rduisent l'activit fixatrice de N2 (Dommergues et al., 1999, Kichou et Sahraoui,
2001 ; Mafongaya, 2004). Lorsque les tempratures du sol sont leves en surface, la
nodulation a tendance tre localise dans les horizons plus profonds (Graham, 1992).
Un excs dhumidit ou une scheresse prolonge affecte ngativement les deux partenaires
et toutes les tapes de l'tablissement et de fonctionnement de la symbiose Rhizobia-
lgumineuse (Serraj et al., 1999 ; Reddy et al., 2003). De nombreux auteurs ont travaill sur
ladaptation des rhizobiums aux conditions de scheresse, et ont montr quil existe une
variabilit de leur tolrance face au stress (Athar et Johnson, 1997 ; Rehman et Nautiyal ,
2002 ; BenRomdhane et al., 2009). Le manque deau affecte la diversit des rhizobiums et
19
Chapitre I
induit une diminution significative dans le nombre et le rendement des nodules (Mnasri et al .,
2007 ; BenRomdhane et al., 2009).
Les fumiers et les composts sont avant tout des amendements de sol. Ils amliorent la
structure, augmentent lactivit biologique et contribuent maintenir lhumus du sol. En
marachage, ces matriaux ne sont pas seulement utiliss comme amendements, mais sont
souvent utiliss comme fertilisants. En effet, le sol a beau tre en bon tat, il faut apporter de
lazote aux lgumes et aussi du phosphore et de la potasse pour obtenir un bon rendement.
Toutefois, une fertilisation base uniquement sur les composts et les fumiers nest pas
toujours cologique ou quilibre, car les quantits de phosphore apportes au sol sont
souvent trop leves par rapport aux besoins des lgumes.
L'Algrie, malgr ses richesses, ses potentialits et ses capacits, utilise peu dengrais
comparativement au Maroc (Asmidal, 2004) (figure 3). L'utilisation semble se stabiliser
autour de 45 units d'lments nutritifs/ha. Ces dernires annes l'agriculture algrienne ne
consommait que 100000 tonnes d'lments fertilisants environ par an alors que, selon la
moyenne mondiale, la consommation devrait se situer 850000 tonnes par an (Asmidal,
2004).
Lutilisation des engrais minraux en Algrie est faible, lagriculteur des pays dAfrique
utilise moins de 10Kg / ha dengrais minraux comparativement aux pays dvelopps ou les
doses annuelles dengrais minraux appliqus peuvent atteindre 500 Kg/ ha (Van Reuler et
Prins, 1993).
Lvolution de la consommation dengrais (N, P, K) nest pas rgulire. Elle a t, durant les
40 dernires annes, modifie suite aux diffrentes politiques agricoles et aux diffrentes
phases et tapes ayant marqu la restructuration du secteur agricole (FAO, 2005).
21
Chapitre I
L'utilisation des engrais par l'agriculture nest pas connue exactement, sauf pour les
agriculteurs chargs du programme d'intensification des crales et pour les agriculteurs
cultivant la pomme de terre. (FAO, 2005). Le tableau (5) prsente les doses d'azote et de
phosphore recommandes en fonction de la pluviosit de la rgion concerne.
Lazote est lun des facteurs les plus limitant pour la croissance des plantes, lvolution de la
consommation dengrais azot est reprsente dans la figure (4).
22
Chapitre I
De nombreux sols contiennent 3 5 tonnes dazote par hectare, pratiquement sous la forme
exclusivement organique et essentiellement dans la couche laboure (25 30 cm de
profondeur).
-
Lazote minral est prsent dans le sol sous trois formes dions : nitrique (NO ou azote
2
+ -
nitreux), ammonium (NH ou azote ammoniacal), nitrate (NO ou azote nitrique). La
4 3
6. Inoculation rhizobiennne
Linoculation des lgumineuses est le processus d'introduction dans le sol d'une souche de
Rhizobium spcifique, slectionne pour son efficacit symbiotique et son pouvoir comptitif
23
Chapitre I
pour la nodulation. L'inoculation assure donc la prsence d'un grand nombre de rhizobia
slectionns (Sanginga et al., 1994 ; Date, 2000) qui favorise l'infection des racines, la
nodulation, la fixation de l'azote atmosphrique (Dufresne, 2004), stimule les racines et
amliore la croissance.
L'inoculation des lgumineuses avec des souches effectives provoque une amlioration du
bilan azot du sol et du rendement de croissance des lgumineuses et rduit l'utilisation de
fertilisants azots chimiques qui sont nergtiquement dispendieux et polluant. Les premiers
inoculums, constitus de bactries telluriques, qui, introduits dans les lgumineuses,
apportaient celles-ci de lazote, ont t commercialiss en 1898.
6.1. Slection des souches rhizobiennes appropries
Un inoculum est un produit contenant des microorganismes qui permettent de fixer lazote
atmosphrique.
La production dinoculum ncessite lutilisation de souche de rhizobiums spcifiques de la
lgumineuse cultiver (Cleyet - Marel, 1988 ; Vincent, 1970). Trois conditions doivent tre
remplies pour produire un inoculum avec la souche rhizobienne slectionne :
La souche de Rhizobium doit tre trs efficiente, capable de fixer l'azote avec la
lgumineuse pour laquelle l'inoculum est recommand (Kannaiyan et al., 2000),
rsistante laction ltale de divers facteurs physiques (temprature leve,
dessiccation, salinit) (Baraibar, 2000 ; Jebara et al., 2001 ; Cacciari et al., 2003 ;
Maougal, 2004) ; chimiques (pH, substances toxiques) (Cacciari et al.,2003) ou
biologiques (bactries, champignons) (Cacciari et al.,2003).
La souche de Rhizobium doit tre comptitive (Cacciari et al.,2003 ; Thiao, 2005), elle
doit tre capable de former des nodules sur le systme racinaire de la plante hte en
prsence d'autres souches de Rhizobium, et les empcher dinfecter les racines
(Catroux et al., 2001 ; Deaker et al., 2004).
La souche de Rhizobium doit prsenter un taux de survie trs lev dans le sol
(Vincent, 1970 ; Thiao, 2005), mme en absence de la plante hte et tre capable de
coloniser la rhizosphre de la plante (Laguerre et al., 2003).
Il est toujours souhaitable de tenir compte lors de la slection des souches, du niveau
de fertilit des sols o elles seront utilises. En effet, il a t dmontr que certaines
souches sont plus aptes que dautres la fixation en prsence de fortes doses dazote
combin ou dans des sols carencs en potassium (Dommergues et Mangenot, 1970).
24
Chapitre I
Inoculum granul
Cet inoculum permet de sparer les rhizobiums de la graine si cette dernire est traite par des
insecticides. Il est constitu par des micros granules obtenus partir dun inoculum en poudre
agglomr avec des paillettes dargile (Graham-Weiss et al., 1987).
Inoculum liquide
Linoculum est constitu par la culture liquide de rhizobiums qui est dilue au moment de
lemploi. Ce produit doit tre conserv 4C (Tittabutr et al., 2007). Il peut tre ajout aux
graines avant le semis ou appliqu directement dans la raie de semis.
6.3. Conservation et emploi de linoculum
Linoculum est un produit biologique vivant qui ne peut tre stock et utilis comme un
engrais inerte, il ncessite donc certaines prcautions pour sa conservation et son emploi : La
conservation de linoculum doit se faire 4C et la temprature ne doit jamais dpasser 30C
(Maougal, 2004). Au moment de linoculation il est recommand de travailler dans un local
frais, labri du soleil. Dans tous les cas, bien lire ltiquette qui prcise le mode demploi de
linoculum, et la date limite dutilisation.
6.4. Techniques dinoculation
On distingue deux modes dinoculation :
Linoculation Directe : les graines sont enrobes dans linoculum avant le semis
(enrobage) (Kannaiyan et al.,2000).
Linoculation Indirecte : linoculation est ralise dans le sol au moment du semis
(microgranuls-inoculum liquide) (Kannaiyan et al., 2000).
25
Chapitre I
Linoculation des plantes avec des rhizobiums slectionns ne donne pas toujours leffet
positif sur les lgumineuses fixatrices dazote sur lesquelles elle a t applique (Slattery et
Pearce, 2002).
La rponse positive ou labsence de rponse linoculation peuvent dpendre soit de la
qualit de linoculum lui-mme, soit des caractristiques symbiotiques de la plante ou des
proprits du sol (Heijnen et Van Veen, 1991), soit encore dune ou plusieurs des
composantes du systme sol-plante-microorganismes (Slattery et Pearce, 2002).
26
Chapitre I
27
Chapitre II
Diversit phnotypique et symbiotique des
rhizobianodulant la fve (Vicia fabaL) dans
louest algrien.
Chapitre II
1. Introduction
Les associations symbiotiques fixatrices dazote sont trs diversifies et sont responsables de
prs de la moiti de la fixation biologique dazote molculaire du globe ; les plus connues et
les mieux tudies sont tablies entre des bactries du sol de type rhizobia et des plantes de la
famille des lgumineuses (de Faria et al., 1989).
Les critres dterminants la slection de bactries symbiotiques dans un cosystme reposent
non seulement sur la compatibilit avec la plante-hte, mais galement sur la capacit
dadaptation aux sols et la comptitivit vis vis des autres souches pour linfection. Cette
compatibilit est dtermine par linfectivit et lefficience qui varient en fonction de lespce
bactrienne. Elle repose aussi sur la capacitdela plante fixerla quantit dsire del'azote qui
dpend denombreux facteurs tels quel'efficacitde la souchedesymbioteet d'autres
facteursdaphiqueset environnementaux (par exemple : salinit, lacidit des sols)
Nanmoins, il est ncessaire didentifier linoculum biologique avant de lappliquer au
champ. Lidentification microbienne repose actuellement sur une approche polyphasique
(Graham et al., 1991 ; Wayne et al., 1987 ; Vandammeet al., 1996 ;Stackebrandtet al., 2002 ;
Gilliset al., 2005) faisant intervenir des caractristiques phnotypiques, gnotypiques et
phylogntiques. Jusqu la fin des annes 60, la taxonomie bactrienne tait base sur une
analyse phnotypique. Cette analyse reposait essentiellement sur ltude de la morphologie de
la cellule bactrienne; des caractristiques physiologiques et biochimiques, notamment celles
du mtabolisme des sources de carbone par emploi de galeries miniaturises (BIOLOG,
BIOTYPE, API) ; lanalyse des acides gras cellulaires (Jones et Krieg, 1984 ; Suzuki et al.,
1993) ; tude du profil protique total par SDS-PAGE (Laemmli, 1970 ; Roberts et al., 1980 ;
de Lajudie et al., 1994) et la technique de Multilocus Enzyme Electrophoresis (MEE)
(Selanderet al., 1986 ; Wang et al., 1999 ; Jebaraet al., 2001).
Dans notre tude nous avons slectionn des souches de rhizobia isols de Vicia faba L. de
diffrentes rgions de louest algrien. Ces souches ont t caractrises phnotypiquement
par tude de leur tolrance et sensibilit diffrents facteurs physiologiques et leur
mtabolisme des carbohydrates. Ces souches ont t galement testes pour leur pouvoir
infectifs vis--vis de leur plante hte en hydroponie sous conditions contrles. Ce pouvoir
infectif est ncessaire pour pouvoir classer les isolats parmi les BNL (bactrie nodulant les
lgumineuses) (Zakhia et delajeudie, 2006). Les rsultats de la caractrisation phnotypique et
27
Chapitre II
La slection et lchantillonnag
llonnage des nodules doivent tre raliss durant
urant une priode bien
prcise, o la plante est enn phase
phas de floraison ; la rcolte est effectue en hiv
hiver durant le mois
de dcembre et janvier. A cette priode de lanne les nodules sont bienn dvelopps
dve et visibles
au niveau des racines et ddune couleur rougetre qui indiquee la prsence de la
Lghmoglobine ncessaire
ire la fixation active de lazote.
28
Chapitre II
Au laboratoire, les raciness sont rinces leau courante ; les nodules sont eensuite dtachs
1-2 cm de leur point dattache,
tache, puis rincs et schs avec du papier filtre
ltre selon
se la mthode de
Gourret et Rubulier (1985).
985). Une partie des nodosits est utilise
lise ddirectement pour
lisolement ; et lautre partie
rtie a subi
s une conservation.
Les nodules sont de diffrentes
rentes formes de type indtermin, Bilobs et polylo
polylobs(Figure 6).
A B
C
I
30
Chapitre II
Pour une conservation de longue dure, nous avons utilis un dessiccateur spcial : le chlorure
de calcium (CaCl2) anhydre qui permet une longue conservation (6 12 mois) (Vincent.,
1970).
La dessiccation est ralise dans des tubes essai rempli au de leur volume, par du CaCl2
anhydre recouvert dune couche de 1 cm de coton card, sur lequel sont dposs les nodules.
Les nodosits ainsi conditionnes sont conserves au rfrigrateur.
2.2. Isolement et purification des isolats bactriens
Les nodules sont dsinfects en surface par immersion dans de lhypochlorite de sodium 3
% (m/v) pendant 3 min. Ensuite, ils sont rincs 10 fois avec de leau distille strile pour
liminer toute trace dhypochlorite de sodium commerciale. Chaque nodule est cras dans un
tube Eppendorf contenant deux gouttes deau distille strile. Une goutte du broyat obtenu est
tale laide dune anse sur milieu YEM en bote de Ptri (Vincent, 1970) (Annexe 1).
La puret des souches est vrifie par puisement sur milieu YEM jusqu lobtention de
colonies isoles.
31
Chapitre II
Figure
igure 7 : Aspect des graines de Vicia fabaL.
32
Chapitre II
Linoculation des jeunes plants de Vicia fabaLest ralise 48 heures aprs leur transfert en
flacons opaques, avec 1 mL de culture bactrienne en phase exponentielle
ntielle de croissance, en
effectuant trois rptitionss par ssouche. Des tmoins ngatifs non inoculs
culs sont
s paralllement
considrs. Les plantes sont
ont tra
transfres dans une chambre de culturee un
une temprature de
25C, une intensit lumineuse
euse de
d 2000 lux et une photopriode de 16H (Figu
(Figure 8).
Figure 8 : Aspect
Aspe des plants de Vicia fabaL aprs une semaine
semai de
lin
linoculation dans la chambre de culture
33
Chapitre II
(PSR) des plantes sont mesurs ; le poids sec est obtenu par un schage des racines et des
parties ariennes (tiges et feuilles) 70C pendant 48h.
Cette mthode permet de comparer lefficience des souches inocules sur des plantes poussant
sur un milieu sans azote (Domenach et Wery, 1989).
2.3.4. Analyse statistique
Toutes les valeurs du test dinoculation reprsentent la moyenne de trois rptitions. Les
rsultats ont fait lobjet dune analyse de variance un seul facteur (effet souche). Le seuil de
la probabilit utilis pour dterminer la signifiance est P < 0.05, quand le logiciel
STATISTICA indique un effet significatif.
2.4. Caractrisation physiologique des souches
Les facteurs environnementaux affectent fortement la croissance des rhizobiums, leur survie
dans le sol et tous les aspects de la fixation symbiotique de lazote. Parmi les facteurs les plus
importants figurent le pH, la salinit et la temprature.
Ce test permet dtudier leffet du sel sur la croissance des souches. Lvaluation de la
tolrance au sel est effectue par culture des souches sur du milieu YEM glos renfermant
des teneurs croissantes en NaCl (0, 3M, 0,4M, 0,6M, 0,8M, 1M, et 1,5M). Lincubation dure
72 heures 28C. Trois rptitions sont ralises pour chaque traitement et la croissance des
souches est value par lapparition de colonies dans les boites de Ptri.
2.4.2. Sensibilit des souches la temprature
Afin de dterminer leffet de la temprature sur la croissance des souches, nous avons
cultives les souches sur milieu glos YEM et incubes diffrentes tempratures 5C,
10C, 15C, 35C, 40C et 45C (Lupwayi et Haque, 1994) pendant 72 heures.
2.4.3. Sensibilit des souches au pH
Le milieu YEM prpar est tampon quatre valeurs de pH (4, 5, 9,11). Les boites sont
ensemences avec les diffrentes souches et incubes 28C pendant 72H.
2.4.4. Croissance sur milieu YEM contenant du Bleu de Bromothymol
Chacune des souches testes est mise en culture dans des boites de Ptri contenant du milieu
YEM glos additionn de Bleu de Bromothymol (annexe 4) qui est un indicateur color de
pH. Aprs cinq jours dincubation 28C, on note si la souche a acidifi (couleur jaune) ou
alcalinis le milieu de culture (couleur bleu). Dans le cas dune acidification on parle de
34
Chapitre II
Lassimilation de substrat carbon est dtermine sur le milieu (Hugh et Leifson, 1953)
(Annexe 5). Un indicateur de pH qui est le pourpre de Bromocresol 0,2% est ajout ce
milieu. Une solution glucidique de 10% de chaque sucre (Manitol, Sorbitol, Cellobiose,
Saccharose, Maltose, Galactose, Raffinose et Glucose) est ajoute dans 100 ml de milieu. Le
mtabolisme des sucres provoque une acidification du milieu qui se traduit par le virage de
lindicateur color vers le jaune.
2.5. Analyse numrique
Les rsultats de la caractrisation phnotypique et physiologique sont codifis sous forme
binaire et un dendrogramme phnotypique est construit par le logiciel STATISTICA7 sur la
base de 34 de caractres.
35
Chapitre II
3. Rsultats et discussion
Tableau 6 : Nombre disolats bactriens obtenu partir des nodules rcolts in natura dans
louest algrien
6 4 6 144
Selon Upchurch et Elkan (1977), Bekki (1992), Zahranet al. (1994), la viscosit des colonies
est due une production massive dexopolysaccharides qui peuvent avoir un rle dans la
tolrance des souches la salinit.
36
Chapitre II
Laspect microscopique est visualis aprs coloration de Gram : 40 isolats prsentent une
forme coccobacille Gram ngatif (figure 10) le reste des isolats sont gram positif. Ces
caractres morphologiques observs sont en accord avec ceux dcrits pour des rhizobiums
(Vincent, 1970 ; Dommergues et Mangenot, 1970 ; Jordan,1984 ; De Lajudiet al.,1994 ;
Rome et al., 1996) et ce sont ces isolats que nous avons gards pour la suite du travail.
37
Chapitre II
1m
Figure 11 : Aspect
Aspec macroscopique de la souchesFM24 sur milieu YEM contenant
le rouge Congo
go aprs
apr 72H
38
Chapitre II
Aprs six semaines de croissance en chambre de culture, nous avons mesur la longueur des
tiges de chaque plante, compter le nombre de nodules forms et compar les poids secs des
parties ariennes et racinaires de toutes les plantes. Lanalyse statistique des rsultats obtenus
a t effectue laide du logiciel Statistica (Annexe 3).
Les rsultats obtenus partir du test de nodulation montrent que 30 souches sur les 40
souches testes ont renodul leur propre plante hte aprs quatre semaines de croissance.
Linfectivit des souches est un critre cl dans lauthentification des rhizobia(Ouartsi et al.,
2011), Cest pour cette raison que nous avons slectionn les souches renodulantes pour la
suite du travail. Les 10 autres souches qui nont pas rinfect leur plante hte ont t
conserves pour des tudes ultrieures notamment en biologie molculaire afin didentifier
avec prcision leur position taxonomique. Il est utile de rappeler que chez la majorit des
rhizobia les gnes symbiotiques ncessaires linfection sont ports sur des plasmides qui
peuvent tre perdus (Zhang et al.,2001).
La souche FM 24 anodul prcocement sa plante hte (20 jours aprs linoculation). Dans une
tude ralise par Heinrich et al. (2001), certaines souches de E. meliloti et R.
leguminosarumbv. viciae capables de mtaboliser la rhizopine L-3-O-methyl-scyllo-
inoasamine (3-0-MSI) profitaient dun avantage considrable dans la nodulation qui survient
14 jours aprs inoculation, les autres souches ont infect leur plante hte aprs 20 jours.
39
Chapitre II
FR36
FM24
Tmoin
oin
40
Chapitre II
Nodules
Nodules
Lvaluation de linfectivit est dfinie par le nombre moyen de nodosits formes sur chaque
plante et par chaque souche (Legesse et Assefa, 2014). Lvaluation du taux de nodulation
consiste compter le nombre de nodules. Dans notre tude, sur les 40 souches testes en trois
rptitions/plante, 30 isolats ont renodulVicia fabaL mais avec une variation dans le niveau
de nodulation entre 3 et 27 nodules par plante suivant la souche inoculum.
Ainsi, la souche FM24 isole de la rgion de Mostaganem est la plus infective, avec 28
nodules/plante ; suivie par la souche FZ 7.1 provenant de Relizane avec 23 nodules. Les
souches FM24.5 et FR26.4.2 sont les moins infectives elles proviennent respectivement de
Mostaganem et Mascara (Figure14).
Le nombre moyen de nodules produit dans cette tude est infrieur celui obtenu dans
dautres tudes. Zerhou, (2006) ;Getaneh (2008) et AlemayehuWorkalemah, (2009), ont
observ un nombre de nodules suprieur 87 nodules chez la mme plante Vicia fabaL.
Selon Belay et Assefa (2011) la variation du nombre de nodules peut tre due une faible
densit de rhizobium (inoculum) ou bien l'incompatibilit des souches ou aux facteurs
daphiques qui influencent leur efficacit.
La mesure de la hauteur des tiges est un indicateur de croissance des plantes. Dans notre
tude, les plantes inocules ont un meilleur dveloppement que le controle. Ceci se traduit par
une hauteur de tige allant de 79 90 cm chez les plantes inocules avec les souches FM24 ;
FM19.4, FZ28.4 et FR14.2 contre 52cm chez le tmoin(Figure 15).
Leffet de linoculation sur la hauteur des tiges a t observ par plusieurs auteurs.
(Merabetet al., (2007) ont obtenu une meilleure croissance de Medicago (M. ciliaris et M.
polymorpha) inocules avec des souches de Ensifer (E. meliloti et E. medicae) compare au
tmoin.
La souche FM24 est celle qui a induit la meilleure croissance arienne et cest la mme qui a
t la plus infective avec un nombre lev de nodules compar aux autres souches inoculums.
Dans la littrature certains auteurs,Aouani et al. (2003) suggre une corrlation significative
entre le nombre de nodules et la croissance vgtale chez le pois chiche (Cicer artietinum).
Drevonet al., (2003) font les mmes observations entre la croissance de lharicot et sa
nodulation en Lauragais (Tunisie).
42
Chapitre II
3.5.4. Comparaison des poids secs des parties ariennes des plantes
De nombreuses tudes ont montr que le poids sec est un bon indicateur de l'efficacit de la
souche de Rhizobium, car il existe une relation entre la production de matire sche et la
capacit des lgumineuses fixer l'azote (Somasegaran et Hoben, 1994 ; Sorwil et Mytton,
1986 ; Pepleset al., 2002).
La matire sche des plantes inocules par les diffrentes souches est illustre dans la figure
(16). Les plantes inocules ont montr des effets significatifs en poids sec des parties
ariennes en comparaison avec le tmoin. Toutes les souches ont augment la biomasse
arienne des plantes en comparaison avec le tmoin lexception des souches FR31.4 et
FM20.4 originaires respectivement de Mascara et Mostaganem. La biomasse des parties
ariennes des diffrentes plantes inocules varie de 1.53g 0.48g. Les plantes inocules avec
la souche FC12.3.2 sont celles qui ont prsent la meilleure biomasse arienne bien que le
nombre de nodules soit faible compar aux autres plantes inocules.
Ces valeurs de la biomasse des parties ariennes sont quivalentes celles obtenues par
Solmon et Fassil (2014) en Ethiopie chez des plants de Vicia faba L dans les mmes
conditions de culture en pot, et infrieures celles obtenues par Mouafek, (2006) sur des
cultures de Vicia faba L au champ dans la rgion de Biskra. Une telle diffrence peut tre due
aux conditions de culture des plantes en pots ou en hydroponie qui semble tre limite par le
volume rduit explor par l'appareil racinaire.
Le nombre de nodules form chez une lgumineuse indique linfectivit de la souche vis--vis
de sa plante hte, nanmoins la russite de la symbiose rhizobia/ lgumineuse dpend de
lefficience de cette mme souche vis--vis de son hte. Ainsi, certaines bactries induisent
peu de nodules effectifs sur le systme racinaire de leur plante hte compar dautres
souches ineffectives mais qui induisent un grand nombre de nodules rudimentaires chez leur
hte. Dans la littrature, cette exemple est bien illustr chez Medicagopolymorpha qui
prsente une meilleure rponse linoculation par Ensifermedicae quavec Ensifermelilotiqui
induit la formation de plus de nodules mais moins efficientes (Rome et al., 1996 ; Brunel et
al., 1996 et Merabet, 2007).
43
Chapitre II
45
40
Nombre de
35
nodosit
30
25
20
15
10
5
0
FR83
FR7.1.2
FR14.2.3
T
F0 4.1
FM 9.2
FR 26.4.2
FR 36.2
FR 81
FT 17
FZ 7.1
FC 12.3.2
FZ 28.4
FR 14.2
FT 16
FR 14.2.4
FM 20.4
FM 24
FM 19.4.2
FZ 33.4
FR 7.1
FR 7.5
FR 8
FR 29.3
FR31.4
FM20.4.2
FR26.4
FM19.4
FR36.1
FM 24.5
FR 36
-5
souche
100
90
80
la hauteure 70
de la 60
partie 50
arienne 40
(cm) 30
20
10
0
FR 26.4.2
FR 81
FT 17
FT 16
FR 14.2.4
FR83
FR 8
FR31.4
FR7.1.2
FR26.4
FM19.4
FR36.1
FR14.2.3
FR 36
T
F0 4.1
FM 9.2
FR 36.2
FZ 7.1
FC 12.3.2
FZ 28.4
FR 14.2
FM 20.4
FM 24
FM 19.4.2
FZ 33.4
FR 7.1
FR 7.5
FR 29.3
FM20.4.2
FM 24.5
souche
Figure15 : La hauteur des parties
rties ariennes
a de plantes inocules aprs 6 semaines de croissance
cro en conditions
contrles.
2
1,8
1,6
Poids sec de la 1,4
partie 1,2
arienne (g) 1
0,8
0,6
0,4
0,2
0
F0 4.1
FM 9.2
FR 26.4.2
FR 81
FT 17
FZ 7.1
FZ 28.4
FT 16
FR 14.2.4
FM 20.4
FM 24
FM 19.4.2
FZ 33.4
FR83
FR 8
FR31.4
FR7.1.2
FM20.4.2
FR26.4
FM19.4
FR36.1
FR14.2.3
FM 24.5
FR 36
T
FR 36.2
FC 12.3.2
FR 14.2
FR 7.1
FR 7.5
FR 29.3
souche
Figure 16 : Biomasse
masse des parties ariennes sches de plantes inocules
es apr
aprs 6 semaines
44
de croissance en chambre
cham de culture
Chapitre II
Le seuil de tolrance de 30 souches renodulantes des racines de Vicia fabaL aux diffrents
facteurs abiotiques a t valu. Les rsultats sont regroups dans le tableau (7).
La croissance des bactries est influence par la temprature car, les tempratures leves
engendrent la dshydratation et la dgradation des enzymes de la voie mtabolique des
bactries, elle affecte galement la diffrenciation des rhizobia en bactroides ainsi que le
fonctionnement de la nodosit. Par contre, les basses tempratures entranent la glification de
leau cellulaire et linactivation irrversible des enzymes et elles inhibent lexpression des
gnes nodet donc linfection et la nodulation (Young et al.,2011).
La majorit de nos souches (tableau 7) se dveloppent des tempratures comprises entre 15
40 C lexception de deux souches FC12.3.2 et FR14.2.3 originaires respectivement de
Tlemcen et Mascara qui ont prsent une bonne croissance sur YEM solide 10C. Ceci est
probablement d aux conditions climatiques prsentes dans ces deux rgions situes dans
ltage bioclimatique semi-aride, caractris gnralement par des tempratures autour de 10
avec une temprature minimale absolue pouvant aller jusqu moins 6C (Anonyme 1). Dans
la littrature, les rhizobia, comme toutes les bactries du sol, peuvent tre inhibs par
l'lvation ou la diminution de la temprature d'incubation (Jordan, 1984). Dans une autre
tude, Zahran (1999) rapporte quune adaptation des tempratures leves des souches de
rhizobia pourrait tre observe et serait lie au climat d'origine, ce qui explique la croissance
de certaines souches des tempratures extrmes telle que les souches FR.26.4.2 et FM24 qui
peuvent se dvelopper 40C.
45
Chapitre II
Les souches de notre tude sont majoritairement msophiles ceci est en accord avec les
rsultats de Belay et Assefa (2011) etLindstromet Lehtomaki (1988) qui ont montr que les
rhizobiums isols de Vicia faba L sont msophiles et capables de crotre des tempratures
allant de 10 et 37 C avec une temprature optimale de croissance de 28 C.
3.6.3. Sensibilit au pH
Lacidit du sol menace la survie des rhizobiums et affecte les signaux molculaires entre les
deux partenaires et par consquent limite la nodulation (Graham et al., 1994 ; Hungriaetal.,
2000). La fixation dazote dpend en premier lieu de ltat physiologique de la plante
(Zahranetal.,1999) et en second lieu, de lefficience des microsymbiotes (Somasegaranetal.,
1994) et en dernier de la raction entre les deux partenaires.
Nos rsultats montrent que nos souches peuvent crotresur un large intervalle de pH allant de
valeur acide alcalin modr (pH 4 11) (tableau 7) avec un optimum observ pH 7. Une
majorit des souches (90%) ont pu crotre pH 5 contre 56% tolrants un pH plus acide 4
(figure 18).
alimentaires dont le pois chiche et certaines lgumineuses fourragres de la rgion de Fez ont
pu tolrs des pH de 4,8 8,8.
Les rsultats rejoignent ceux de Adamuetal. (2001) qui ont montr que les rhizobia associes
la fve du nord de Shoa taient producteurs dacide.
47
Chapitre II
FM19.4.2
FM20.4.2
FC12.3.2
FR14.2.4
FR14.2.3
FR7.1.2
FM .9.2
FM20.4
FM19.4
FM24.5
FR36.2
FR14.2
FR29.3
FR31.4
FR26.4
FR36.1
FZ28.4
FZ33.4
F0.4.1
FR8.1
FR7.1
FR7.5
FR8.3
FR 36
FM24
FZ7.1
FT17
FT16
FR8
Temprature
5C + - - + + + + + + + + - + + + + + + + - - - + - + - + + - +
10C + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - + - + + + + - +
15C + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + +
35C + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + +
40C + - + + - - - - - + + + + + + + + + - - + + - + + - + - + -
Tolrance la salinit
0,1% + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
0,3% + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
0,5% + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
0,6% + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
0,7% + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + +
0,8% - - + + + + + - + + + + + + + + + + + + + - + + - + + + + +
1% - - + - - + + - + + + + + - - + - + + - + - - + - - - + - +
Tolrance au pH
5 + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + - + - + + + + + + +
9 + - - + - + + - - - + - - + + + + + + + + + + + + - + - -
7 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
11 + - + + - + + - - + + - - - + + + + + + + - + + + - + - - -
4 + - - + + - - - + + - - - - + + + - + + - - + + + - + - + +
+ : Bonne croissance, - : pas de croissance,
48
Chapitre II
49
Chapitre II
FM19.4.2
FM20.4.2
FC12.3.2
FR14.2.4
FR14.2.3
FR7.1.2
FM .9.2
FM20.4
FM19.4
FM24.5
FR36.2
FR14.2
FR29.3
FR31.4
FR26.4
FR36.1
FZ28.4
FZ33.4
F0.4.1
FR8.1
FR7.1
FR7.5
FR8.3
FR 36
FM24
FZ7.1
FT17
FT16
FR8
Am + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + - + + + +
C - + + + + + - + - + - + - + + + + + + + - + + + + - + + + +
E + + + + + + + + - + + + + + + + + - + + + + + + + - + + + +
TE - + - - - - - - - - + - + + - - + - + + + - - - - - - + + -
Na + + - + + + + + - - + + - + - + + + - - - - - + + - + + + +
R - - - - + + - - - - - - + - - + - + - - + - - + + - - - - +
S - + + + + + + + - + + + - + + + + + + + - - + + + + + + + +
+ : rsistante, - : sensible,
Ampicilline (Am), acide Nalidixque (Na), Streptomycine (S), Erythromycine (E), Ttracycline (TE),
Chloranphnol (C) et rifamycine (R)
Le mtabolisme des glucides est effectu afin de dterminer la source de carbone permettant
une bonne croissance pour les diffrentes souches tudies. Toutes les souches testes ont une
bonne croissance sur le milieu hugh et leifson additionn de glucose et mannitol. 40-63% des
souches se sont dveloppes en prsence de sorbitol, cellubiose et de maltose, 20% des
souches ont utilis le saccharose et deux souches FR14.2 et FR7.1.2 ont pu croitre en prsence
du galactose (figure 21) et seulement une souche la FR8.3 a pu croitre en prsence du
raffinose (tableau 9).
Ces rsultats sont en accord avec ce Stowers (1985), qui rapporte que tous les rhizobiums
croissance rapide, y compris Rhizobium leguminosarumbv.viceae utilisent un large ventail de
glucides comme source de carbone.
50
Chapitre II
FM19.4.2
FM20.4.2
FC12.3.2
FR14.2.4
FR14.2.3
FR7.1.2
FM .9.2
FM20.4
FM19.4
FM24.5
FR36.2
FR14.2
FR29.3
FR31.4
FR26.4
FR36.1
FZ28.4
FZ33.4
F0.4.1
FR8.1
FR7.1
FR7.5
FR8.3
FR 36
FM24
FZ7.1
FT17
FT16
FR8
Assimilation des carbohydrate
manito + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
l
sorbito - - + + + - - - - + - - - - - - + - - - + + + - + - + + + +
l
cellobi - - + + + + + - - + + - - + - + + - - - + + + + + + + + - +
ose
sacchar - - + - + - - - - + + - - - - - - - - - - - - + - - - - - +
ose
maltos + - + - + + + - + + - - - - - + + - - - - - + + - + - - - -
e
galacto - - - - - - - - - + - - - - - - - - - - - - + - - - - - - -
se
raffino - - - - + - - - - - - - - - - - - - - + - - - - - - - - - -
se
glucos + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
e
+ : Bonne croissance, - : pas de croissance, +- : croissance intermdiaire
51
Chapitre II
s
Na
Figure 19 : La croissance
ce des
de souches Figure 20 : Exemple dee rsi
rsistance et de sensibilit aux
FO4.1 et FR29.3 en milieu mili YEM diffrents antibiotiques de la souche FR31.4 aprs une
contenant du Bleu de Bromothym
othymol semaine dincubation. Suivant
Suivan lorientation : 1 : Rsiste
lAmpicilline (A) ett sensible
sens Streptomycine (S)
(10g) et acide Nalidixque
que (Na)
(N (30g),
FR14.2
FR712
52
Chapitre II
Les tudes physiologiques et biochimiques sont la base pour une taxonomie polyphasique
dtaille, mais ils ne peuvent pas tre utilises seuls dans l'analyse taxonomique. Cependant,
les rsultats concernant les sources de carbone, la salinit et la temprature de croissance
peuvent donner des indications sur la position taxonomique des souches (Legesse et Assefa,
2014).
Lanalyse de 34 caractres phnotypiques rsultats des tests phnotypiques raliss
(sensibilit la temprature, tolrance la salinit, sensibilit au pH du milieu de culture)
par le logiciel statistica 7 a permis dtablir un phnodendrogramme (figure 22).
A B C D
Figure 22 : Dendrogram
ogramme des caractres phnotypiques aprs analyse
analy
numrique par le logiciel
ogiciel statistica 7.
54
Chapitre II
4. Conclusion
Les souches slectionnes pour les tests au champ, vont etre considrs provisoirement
comme Rhizobiumsp. car elles ont une croissance rapide sur milieu YEM. Cependant, la
position taxonomique de ces souches doit tre ultrieurement confirme par une
caractrisation gnotypique.
55
Chapitre III
Effets de la fertilisation azote, de linoculation par
Rhizobium sp. sur la production de la biomasse, la
teneur en azote et le rendement de la fve dans la
wilaya dOran, Algrie.
Chapitre III
1. Introduction
Lassociation symbiotique entre les rhizobia et les lgumineuses bnfices rciproques
fournit la bactrie les ressources carbones ncessaires sa croissance, et la plante la
fixation de lazote atmosphrique essentielle son dveloppement. Cette fixation biologique
de lazote atmosphrique constitue la seule voie dentre dazote combin dans le sol, elle
reprsente aujourdhui lchelle mondiale un apport suprieur celui des engrais (Herridge
et al., 2008).
La premire application agronomique date du dbut du XX sicle, ds quil a t possible de
cultiver les rhizobia, ces bactries symbiotiques fixatrices dazote ont t apportes aux
graines des lgumineuses lors du semis. Cette inoculation reprsente la plus ancienne
application des bactries en agriculture. Utilise dans le monde entier, elle est devenue une
pratique agricole commune (Werner et Newtan, 2005 ; Lindstrom et al., 2010). Diffrentes
cultures sont inocules avec des microorganismes, les fourrages comme la Luzerne, et les
lgumineuses graine comme la fve.
La fve est une des lgumineuses alimentaires qui reprsentent une source de protine
importante la fois, pour lhomme et le btail, en particulier dans les pays pauvres, ou les
protines animales sont chres (Hubbell et Gerald, 2003). Elles fournissent galement des
matires grasses et des hydrates de carbone. En outre les lgumineuses sont riches en
minraux pour la construction des os et des vitamines essentielles pour tre en bonne sant
(Porres et al., 2003). La fve est lune des principales lgumineuses cultives en Algrie avec
58000 hectares soit 44,3% de la superficie totale rserve cette culture (Bousaad et al.,
2004).
Dans ce prsent chapitre, nous avons test leffet de diffrents traitements (apport azot,
inoculum biologique et tmoin sans azote) sur la croissance de Vicia faba var. aguadulce.
Nous avons choisi trois souches de Rhizobium sp. Caractrises phnotypiquement et
slectionnes pralablement en chambre de culture sous conditions contrles pour leurs
proprits symbiotiques avec la plante hte.
Le but vis est dvaluer les capacits symbiotiques de trois souches deffectivit diffrente en
grandeur nature.
56
Chapitre III
2. Matriel et mthodes
2.1. Prsentation du site exprimentale
Le centre est localis dans la localit de Misserghine (Latitude : 35 37' 12'' Nord Longitude
: 0 43' 48'' Ouest.) situ dans la Wilaya dOran. Cette dernire est la deuxime ville
dAlgrie. Elle stend sur une superficie de 2144 km2. Elle est limite au Nord par la
mditerrane, et lOuest par Ain Temouchent, lEst par les wilayas Mostaganem et au Sud
par les wilayas de Sidi Bel Abbes et Mascara.
Les caractristiques climatiques, notamment les tempratures et les prcipitations, sont
importantes pour notre tude et mritent quon y accorde une attention particulire.
La Wilaya dOran est une rgion climat mditerranen chaud. Daprs Aschmann (1973) les
rgions climat mditerranen dans le monde ont t identifies comme des zones dans
lesquelles au moins 65% des prcipitations tombent en hiver, les prcipitations annuelles
oscillent entre 275 et 900 mm et la temprature moyenne en hiver est infrieure 15C.
Dans les rgions mditerranennes, indpendamment de la quantit de prcipitations
moyennes annuelles, il existe toujours une priode daridit ou de scheresse estivale (Rivas-
Martinez, 1981 ; Godard et Tabeaud, 2004), et elles sont caractrises par des hivers humides
et temprs et des ts chauds et secs.
Le site dexprimentation de Misserghin possde une exploitation agricole dune superficie de
46,747 Ha rpartie en plusieurs parcelles ; parcelles pdagogiques, parcelles
dexprimentation (rserver luniversit dOran), parcelles de collection, arboretum, jardin
botanique et une parcelle de production en vraie grandeur.
57
Chapitre III
Missreghin
58
Chapitre III
Avant la mise en place des essais, un certain nombre dinformations sur le milieu taient
ncessaire pour la bonne conduite de lexprimentation notamment la composition du sol.
59
Chapitre III
Le conductimtre est rgl la valeur et la mesure de la C.E. est effectue ; cette dernire
sexprime en milli Siemens (mS).
B. Dosage du calcaire total
Le calcaire joue un rle important dans la structure du sol et la nutrition minrale de la plante
mais il nest pas un constituant toujours prsent dans le sol. Par contre pratiquement tous les
sols contiennent du calcium si peu soit-il, cet lment se trouvant en particulier fix sur
largile sous forme dion calcique ou en solution sous forme de sels solubles de calcium.
Le calcaire ou carbonate de calcium, CaCO3, est un sel insoluble. Mais leau charge de gaz
carbonique peut le dissoudre lentement le transformant en un sel soluble, le bicarbonate de
calcium. Cest ainsi que peu peu le calcaire disparat dun sol donn. Mais la solution du sol
et largile gardent trs longtemps du calcium provenant de la dissolution du calcaire.
On utilise la proprit du carbonate de calcium qui se dcompose sous laction dun acide
(HCl) en eau et gaz carbonique, ce dernier est recueilli dans un tube gradu en ml (Callot-
Dupuis, 1980).
CaCO3% = (p x V) x100 / (P x v)
p : poids du CaCO3 pure utilis pour ltalonnage.
V: volume du gaz carbonique dgag par lchantillon du sol.
P : poids de lchantillon du sol.
v : volume de gaz carbonique dgag par le CaCO3.
C. Dosage du calcaire actif
60
Chapitre III
Une partie plus ou moins importante de calcaire total se trouve ltat de fines particules
actives pour les vgtaux dans le sol, cette fraction est facilement solubilise par les eaux
riches en gaz carbonique.
On utilise la technique de Drouineau (1942) pour le dosage du calcaire actif, qui prend en
considration la proprit du calcium se combiner aux oxalates dammonium pour donner
de loxalate de calcium insoluble.
Lexcs de solution doxalate dammonium est ensuite dos par une solution de permanganate
de potassium en milieu sulfurique.
Le dosage se fait selon la mthode de (Kjeldahl, 1882), Le dosage se fait par la minralisation
de lchantillon en milieu acide sulfurique en prsence de cuivre et dun catalyseur. Dans les
conditions de minralisation, lazote organique est retrouv sous forme dammonium. Les
ions ammonium sont transforms en ammoniac par passage en milieu alcalin. On entrane le
NH3 la vapeur deau et on dose le condenst recueilli par dosage volumtrique acide/base.
F. Carbone total et matire organique
61
Chapitre III
La solution alcaline d'hydrognocarbonate peut abaisser la concentration des ions calcium par
prcipitation sous forme de carbonate de calcium et celle des ions aluminium et ferriques par
prcipitation sous forme d'hydroxydes.
La concentration des ions phosphate ( = (CT' -CT) x 100 / (T-T) x CT) augmente en
consquence et le phosphore assimilable peut tre extrait de lchantillon de terre par la
solution d'hydrognocarbonate de sodium et filtration. Cette solution d'extraction tendance
dissoudre les matires organiques, elle donne parfois des extraits colors. Aussi avant de
procder la formation du bleu de molybdne, on utilise du charbon activ pour adsorber les
matires organiques solubles (le carbone activ doit tre exempt de phosphate et n'avoir
aucune action sur les ions phosphate) (Olsen, 1945).
62
Chapitre III
63
Chapitre III
1m 0,5 m
1m
Souche 1 : FR36
Souche 2 : FM24
Souche 3 : FR26.4.2
64
Chapitre III
65
Chapitre III
Nombre de nodosits : Les racines sont rapidement rinces leau, les nodules sont
ensuite dtachs la main et le nombre de nodosits par plante est enregistr.
Biomasse sche des parties ariennes : la matire sche des deux parties est
dtermine aprs schage l'tuve rgle 70C. Une fois les chantillons
compltement secs (on vrifie cela par une constance du poids), leur poids sec est
dtermin l'aide d'une balance de prcision lectronique.
La hauteur des parties ariennes : au stade de la floraison nous avons mesur la
longueur des tiges de chaque plante.
Calcul du rendement :
Le nombre de gousses et de graines : la rcolte les gousses sont dtaches de chaque
plante pour dterminer le rendement de chaque traitement, le nombre de graines par
gousse et galement dtermin.
2.5. Analyse statistique des donnes
66
Chapitre III
3. Rsultats et discussion
Dans cette partie nous prsenterons successivement lessentiel des rsultats obtenus : les
analyses, les mesures et les observations des effets des traitements sur la croissance des
plantes et le rendement en gousses et en graines.
3.1. Analyses physico-chimiques du sol
Les analyses pdologiques et physico-chimiques dun sol donn permettent dapprcier la
fertilit naturelle dun sol, dexpliquer les dficiences de rendements et dorienter vers le
choix des cultures (Soltner, 2005). Elles permettent aussi de rechercher dventuelles
corrlations entre la prsence ou labsence des rhizobia.
A. Analyse physique
Dans la ferme exprimentale o se trouve la parcelle dessai, le type de sol est argilo -
limoneux. La teneur en argile est de 39,66 %, daprs le triangle de texture, ce type de sol est
class parmi les textures quilibres (Annexe 7) (tableau 10).
Tableau 10 : Rsultats des analyses physiques des chantillons de sol prlevs dans la
parcelle dessai. Les analyses ont t effectues lINA dAlger.
Les sols qui contiennent une grande quantit dargile ou dhumus peuvent bnficier dun
effet tampon contre le changement de pH cause de leur capacit dchange cationique
(CEC). Cet effet tampon signifie que, lorsque le sol devient acide, la capacit tampon permet
au pH de demeurer dans la marge de neutralit pour une plus longue priode (Soltner, 2005).
Selon Jules, (1996) les terres loans argileuses constituent les meilleurs sols pour la culture de
la Vicia faba L cause de leur bonne capacit de rtention dhumidit et des lments
nutritifs.
des rponses varies face aux variations du pH (Jordan, 1984 ; Glenn et Dilworth, 1994). Nos
rsultats montrent que le sol test est pH basique 7,90 et qui est daprs Jules (1996)
favorable la culture de la fve (Annexe7).
Cette valeur de pH est approprie la survie des rhizobiums (Tate III, 2000). Selon Jordan
(1984) la majorit des rhizobia peuvent tolrer des pH allant jusqu 9. Le mme rsultat a t
rapport par (Zerhari, 2000 ; Matallah et al., 2002) chez des rhizobia nodulant lAcacia et le
pois chiche. Nanmoins, ce pH alcalin bien quil naffecte pas directement la survie des
rhizobia, prsente un effet ngatif par lindisponibilit de certains minraux important pour la
croissance des rhizobia et de la plante hte comme le fer et le manganse (Bordeleau, 1994).
b) Analyse chimique
Les analyses chimiques montrent que le sol de la parcelle dessai est un peu calcaire (tableau
10). Ce type de sol se caractrise par une structure dure rduisant sa capacit de rtention
deau (Aubert, 1978).
Lazote est llment le plus variable et le plus dficient dans le sol, sa teneur dpend du
pourcentage de la matire organique, des amendements dengrais mais galement des espces
bactriennes fixatrices dazote. Dans notre cas, les teneurs en azote et en matire organique
(tableau11) sont favorables pour une production optimale des cultures en plein champ
(Berhanu, 1980), en outre la concentration du phosphore est adquate pour la croissance et la
culture des lgumineuses (Cottenie, 1980), et suffisante pour lamlioration de la nodulation
et la fixation dazote par les lgumineuses.
Tableau 11 : Les rsultats des analyses chimiques des chantillons de sol prlevs dans la
rgion de Misserghine. Analyses faites LINA dAlger.
68
Chapitre III
Aprs deux mois de culture correspondant la pleine floraison lorsque la nodulation est
potentiellement optimale (Drevon et al., 2003), nous avons dterr au hasard douze plantes
par traitement. Nous avons compt le nombre de nodules, et mesur la hauteur des parties
ariennes et la biomasse sche des parties ariennes et racinaires aprs un schage 70C
pendant 72 heures.
Visuellement, des plantes inocules et tmoins ont presque le mme aspect phnotypique
(figure 26, 27). Les plantes prsentent des feuilles de couleur verte et un tallage bien
dvelopp. Les plantes prsentent des feuilles de couleur verte avec une diffrence de la
hauteur des parties ariennes qui ntait pas remarquable visuellement.
69
Chapitre III
A B
C D
Leffet de linoculation sur la croissance des plantes htes varie en fonction des souches
bactriennes.
Les rsultats de variation de la hauteur de la tige en fonction des traitements sont prsents
dans la figure (28). Cette figure montre que lapplication de linoculation est bnfique pour
le dveloppement et la croissance des plantes par rapport la fertilisation azote, la hauteur
des tiges des plants inoculs varie de 107 cm 127.66 cm. Les plantes inocules avec les
souches FM 24 et FR.26.4.2 ont prsent la meilleure croissance avec une hauteur des tiges de
122.25cm et 127.66 cm respectivement suivies par les deux tmoins (avec et sans azote).
Il apparait ainsi un effet favorable du nitrate (starter) sur la croissance des plantes qui sest
exprim par une meilleure croissance de la partie arienne.
Nanmoins, lanalyse de la variance (Tableau 12) na pas montr une diffrence significative
au seuil de 5 % entre les diffrents traitements tudis.
71
Chapitre III
Figure 28 : Effet de la fertilisation azote et de linoculation par Rhizobium sp.sur la hauteur des
parties arienne des plantes de Vicia faba var. aguadulce, (TA : tmoin azot, TSA : tmoin sans
azote).
La diffrence entre les traitements pour la variable des tiges nest pas significative (Pr>0.05).
Ces rsultats rejoignent ceux de Hadou et al., (2015) sur le nib qui ont montr que
linoculation rhizobienne na pas augment de faon significative la hauteur des plants Ceci
peut sexpliquer par la prsence des rhizobia indignes prsentant un nombre plus leve que
des souches de collection dont une bonne partie est d'origine trangre (Rodrguez-Navarro et
al., 1999) ou par une quantit dazote organique disponible.
Plusieurs tudes ont montr que le poids sec des parties ariennes est un bon indicateur de
l'efficacit relative de la souche, il y a une bonne corrlation entre la production de matire
sche et la capacit des lgumineuses fixer lazote atmosphrique (Somasegaran et Hoben
1994 ; Sorwil et Mytton 1986 ; Peuples et al., 2002 ; Unkovich et al., 2010).
La matire sche arienne obtenue des cultures tmoins et ensemences est illustre dans la
figure (29) et montre que ce paramtre varie en fonction des traitements. Selon
lhistogramme, le traitement azot et linoculation par la souche FM 24 ont donn une
72
Chapitre III
meilleure biomasse estime respectivement 50.6 g 45.6 g par rapport aux autres
traitements. Cependant lanalyse statistique des donnes (tableau 13) na pas rvl une
diffrence significative entre les traitements. Ces valeurs sont suprieures celles mesures
par Mouafek (2006) sur la biomasse des parties ariennes de (Vicia faba L) inocule au
champ dans la rgion de Biskra. Une telle diffrence peut tre due aux gnotypes utiliss ou
la nature du sol et aussi la population teste.
Figure 29 : Effet de la fertilisation azote et de linoculation par Rhizobium sp. sur le poids
sec des parties ariennes de la varit de Vicia faba var. aguadulc.
Source de
variation DDL SCE CM Test F Pr
Traitements 4 2570,51 642,63 1,30 0,28
Rsidus 55 27195,27 494,46
Total 59 29765,78
La diffrence entre les traitements pour la variable du poids sec des parties ariennes nest pas
significative (Pr>0.05).
Les analyses des diffrents paramtres de croissance (hauteur des tiges, biomasse des parties
ariennes .) des diffrents traitements montrent un effet lgrement positif de linoculation
avec la souche FM24 compare au reste des traitements, mais qui reste faible par analyse de la
73
Chapitre III
variance. Ceci suggre la prsence des souches de rhizobia indignes comptentes vis--vis de
lgumineuse considre.
Les bactries nodulant les racines de lgumineuses constituent un groupe trs diversifi et
ubiquiste dans les sols (OHara, 2001). Dans le cas de la fve, assez souvent, les souches ont
un pouvoir propre d'infectivit faible ou trs sensible aux contraintes environnementales, ce
qui ne permet pas une symbiose efficace fournissant des quantits substantielles d'azote la
plante hte et au sol. Mais la grande diversit des rhizobia nodulant la fve offre une
importante ressource de germoplasme naturel exploiter pour les caractristiques dsires
(Sadowsky et Graham, 1998 ; Dilworth et al., 2001), ce qui pourrait assurer le succs de
l'inoculation.
3.3. La nodulation
Les nodules observs sur le systme racinaire des plantes examines sont tous de couleur
rouge, indiquant leur richesse en leghmoglobine et donc prsentant une activit fixatrice
dazote ((Legesse et Assefa, 2014).). La forme des nodules est de type indtermin Hirsch,
(1992) ; Dommergues et al., (1999) ont signal que le type des nodosits racinaires des
lgumineuses est dtermine par la plante hte et non par la souche de rhizobia (Hirsch,1992 ;
Dommergues et al.,1999). Ainsi chez la fve, la forme de nodules gnralement observe est
de type indtermin (Corby, 1981).
74
Chapitre III
Figure 30 : Effet de linoculation sur la masse nodulaire de Vicia faba var. aguadulce
(TA : tmoin azot, TSA : tmoin sans azote, inoculums bactriens : FM.24, FR.36,
FR.26.4.2)
Il apparait, dune part, que la culture sur sol tmoin non inocul a initi la formation de
nodules sur les racines des plantes. Par comparaison avec le traitement tmoin, le traitement
azot a entrain une diminution nette de la formation et de la croissance nodulaire plus ou
moins importante.
Hadou et al., (2015) nont pas observ daugmentation de la biomasse nodulaire chez le Nib
prs linoculation. Ceci peut sexpliquer que la plupart des lgumineuses hbergeant des
rhizobiums possdent un mcanisme de rgulation strict du nombre total de nodosits portes
par leur systme racinaire. Ainsi, la formation des toutes premires nodosits dclenche une
activit systmique inhibant la formation ultrieure de nodosits (Campbell, 1991 ; Hadou et
al., 2015).
75
Chapitre III
La diffrence entre les traitements pour la variable croissance nodulaire nest pas significative
(Pr>0.05).
Les souches ayant une aptitude leve survivre et une grande efficience sous les divers
stress daphiques suscitent de plus en plus d'intrt. Le type de sol peut tre lorigine de
telles diffrences, comme il a t suggr par Tellawi et al. (1986) qui ont constat que ce
facteur affecte significativement le nombre, la biomasse des nodules et labsorption de
lazote. Ou peu comptitive par rapport aux souches indignes. En effet, les producteurs ont
besoin de souches aptes survivre dans des sols contraignants, en nombre suffisant pour
fournir une population capable de bien noduler malgr les stress daphiques. Mme si
l'introduction de rhizobia performants d'origine trangre a prsent un certain succs, la
recherche de souches indignes, adaptes aux conditions locales, demeure l'approche la plus
potentiellement efficace. En effet, Rodrguez-Navarro et al., (1999) ont montr que des
rhizobia indignes prsentent une fixation d'azote plus leve que des souches de collection
dont une bonne partie est d'origine trangre. Selon ces auteurs, il existe encore une bonne
marge d'amlioration de la fixation d'azote par la slection de souches indignes appropries.
Dans la mme ide, nos rsultats montrent quen plus de la souche FM24 qui est performante,
les souches indignes mritent dtre tudies.
76
Chapitre III
deux paramtres tudis, lanalyse de la variance (tableaux 15 ,16) a rvl une diffrence
significative au seuil de 1 % entre les diffrents traitements tests. Ainsi, le test de Newman-
Keuls (tableaux 17, 18) au seuil de 5 % fait ressortir deux groupes homognes. Le premier
groupe comporte la souche FM.24 avec un nombre de gousses et nombre de graines le plus
lev. Les autres traitements font partie du deuxime groupe.
77
Chapitre III
Dans la littrature, plusieurs travaux ont rapport un effet positif de linoculation conduisant
une amlioration significative du rendement en grains (Abdel-Ghaffar et al., 1981 ; Moawad
et al., 1994 ; Mpepereki et Makonese, 1994). Linfectivit des souches FR.36 (origine de
Mascara) et FR.26.4.2 (de Mascara) est diminue probablement en raison des conditions
pdoclimatiques (type de sol, temprature et pluviomtrie) ou la comptitivit avec les
souches indignes.
Des rsultats similaires ont t rapports par Osman et Mohamed (1994) ; Rugheim et
Abdelgani, (2009) et Osman et al., (2010) qui ont montr que linoculation de Vicia faba L
78
Chapitre III
4. Conclusion
Linoculation in natura avec des souches slectionnes en serre pour leur infectivit est
important pour obtenir de bons rsultats au champ. Cependant les souches slectionnes
doivent tre comptitives avec les souches indignes et doivent tre aussi rsistantes aux
contraintes biotiques et abiotiques de la rgion.
La souche FM24 isole partir des nodules de Vicia faba L de la rgion de Mostaganem a
montr de bons rsultats en particulier en rendement des gousses et des graines. La FM24peut
tre propose comme un inoculum biologique pour la fve.
79
Conclusion gnrale
Conclusion gnrale et perspectives
Les travaux prsents dans cette tude sinscrivent dans le cadre de lamlioration de la
production des lgumineuses alimentaires en Algrie sous contraintes environnementales et
climatiques. La fixation biologique de lazote atmosphrique par la symbiose Rhizobium-
lgumineuse reprsente un intrt conomique et agronomique considrable.
Pour atteindre cet objectif, nous avons men une campagne de prospection dans six rgions de
louest algrien connues pour leur culture de Vicia faba L. Nous avons rcolt quatre
chantillons de la plante dintrt de chaque site et isol 144 souches bactriennes des nodules
racinaires de ces plantes, seules quarantesouches ont t retenues daprs leur aspect
morphologique.Nous avons tudi quelques caractristiques phnotypique et physiologique de
ces souches.
Les souches slectionnes in vitro doivent confirmer leur infectivit et efficience au champ en
grandeur nature. Trois souches ont t slectionnes sur la base de leur efficience (mesure du
poids sec des parties ariennes et racinaires) sur Vicia fabaL en serre avec
lavaritaguadulcde Vicia faba L. Les souches choisies sont pouvoir effective diffrent
(souche FM 24 la plus effective) ceci dans le but dtudi leur comportement vis--vis de la
plante hteVicia fabavar. aguadulce, des conditions environnementales et des souches
80
Conclusion gnrale et perspectives
Nous avons inclus dans cet essai un tmoin sans inoculum et un recevant de lazote.
Les rsultats de croissance aprs deux mois de culture semblent au profit de la souche FM24
qui sest distingue par rapport lensemble des souches et sest avre la meilleure par la
nodulation, le rendement en biomasse de la partie arienne, racinaire et au stade de la maturit
physiologique par une valeur significative du rendement en gousses et en graines. Les deux
autres souches moyennement et peu effective en serre se sont avres peu comptitives au
champ vis--vis des souches indignes et ont induit un dveloppement proche de celui du
tmoin. Quant lapport azot bien quil augmente la biomasse arienne des plantes, il
diminue la biomasse racinaire en empchant la formation de nodules.
Bien que la souche FM24 ait t slectionne pour ses proprits symbiotiques et
physiologiques, elle doit tre bien identifie avant dtre utilise comme inoculum biologique.
Les perspectives envisages pour complter cette tude sont les suivantes :
* Complter ltude taxonomique des souches par ltude des caractristiques gnotypiques :
squenage des gnes dintrt (ARNr 16S, gnes de mnage)
* Etude des flores indignes prsentes dans le site dessai.
* Inoculation dautres champs potentiels pour la culture de la fve.
* Lapplication des rsultats obtenus dans les cultures en association et en rotation.
* Production dinoculum slectionn grande chelle.
Les rsultats de croissance aprs deux mois de culture semblent au profit de la souche FM 24
qui sest distingue par rapport lensemble des souches et sest avre la meilleure par la
nodulation, le rendement en biomasse de la partie arienne, racinaire et au stade de la maturit
physiologique par une valeur significative du rendement en gousses et en graines. Les deux
autres souches moyennement et peu effective en serre se sont avres peu comptitives au
champ vis--vis des souches indignes et ont induit un dveloppement proche de celui du
tmoin. Quant lapport azot bien quil augmente la biomasse arienne des plantes, il
diminue la biomasse racinaire en empchant la formation de nodules.
Bien que la souche FM24 ait t slectionne pour ses proprits symbiotiques et
physiologiques, elle doit tre bien identifie avant dtre utilise comme inoculum biologique.
81
Rfrences
bibliographiques
Rfrences bibliographiques
Rfrences bibliographiques
Abdel-Wahab, S.H., and Zahran H.H. (1979). Salt tolerance of Rhizobium species in broth
culture. Z. Allg. Mikrobiol, 19:681-685.
Abdel-Wahab, A.M., Zahran, H.H., and AbdAlla, M.H. (1996). Root-hair infection and
nodulation of four grain legumes as affected by the form and the application time of nitrogen
fertilizer. Folia Microbiol, 41: 303-308.
Adamu, A., Hailemariam, A., Assefa, F., and EndeshawBekele, E. (2001). Studies of
Rhizobium inoculation and fertilizer treatment on growth and production of faba bean
(ViciafabaL.) in some Yield-Depleted and Yield- Sustained regions of Semen Shoa. Ethiop J
Science, 24: 197-211.
Affianha, T.,and Alexander, D. (1992). Difference among cowpea, Rhizobia intolerance to high
temperature and dissication. soil Appl Environ Microbiol,43: 435-439.
Alemayehu, W. (2009). The effect of indigenous root nodulating bacteria on nodulation and
growth of faba bean (Vicia faba) in the low-input agricultural systems of Tigray highlands,
Northern Ethiopia. MEJS, 2 :30-43.
Anne, P. (1945).Le dosage rapide du carbone organique dans les sols. Ann. Agron. Avril, Mai,
Juin, 1945, 5 me anne, no 2, 161-172 pp.
82
Rfrences bibliographiques
Aoki, S., Kondo, T., Prvost, D., Nakata, S., Kajita, T., and Ito, M. (2010).Genotypic and
phenotypic diversity of rhizobia isolated from Lathyrus japonicus indigenous to Japan. Syst Appl
Microbiol, 33: 383397.
Aouani, M. E., Mhamdi, R., Jebara, M., and Amarger, N. (2001). Characterization of rhizobia
nodulating chickpea in Tunisia. Agron J,21 : 577-581.
Athar, M., and Johnson, D.A. (1997). Effect of drought on the growth and survival of
Rhizobium meliloti strains from Pakistan and Nepal. J Arid Environ,35 : 335340.
Aurag J., and Brhada, F. (2005). Dynamique des populations de Rhizobium introduites dans le
sol : influence du stress hydrique, de lacidit et de la texture du sol. In : INRA (eds) Facteurs
limitant la fixation symbiotique de lazote dans le Bassin Mditerranen. Paris, 149-158
Bationo, A., and Mokwunye, A.U. (1991). Role of manures and crop residue in alleviating soil
fertility constraints to crop production with special reference to the sahelian and sudanian zones
83
Rfrences bibliographiques
Bationo, A., Bielders, C.L., van Duivenbooden, N., Buerkert, A.C., and Seyni, F. (1998). The
management of nutrients and water in the West African semi-arid tropics. In: Management of
Nutrients and Water in Rainfed Arid and Semi-Arid Areas. Proceedings of a Consultants Meeting.
FAO/IAEA Division of Nuclear Techniques in Food and Agriculture, Vienna, International
Atomic Energy Agency, 15-35 pp.
Bado, B. V., Sedogo M. P., Cescas, M. P., Lompo, F., and Bationo, A. (1997). Effet long
terme des fumures sur le sol et les rendements du mas au Burkina Faso. Cahiers Agricultures,
6 (6): 571 575.
Berkum, V. P., Beyene, D., Vera, F.T., and Keyser, H.H. (1995). Variability among Rhizobium
strains originating from nodules of Viciafaba. Appl Environ Microbiol, 6: 2649-2653.
Berrada, H., Nouioui, I., Houssaini, M. I., Elghachtouli, N., Gtari, M., and FikriBenbrahim,
K. (2012). Phenotypic and genotypic characterizations of rhizobia isolated from root nodules of
multiple legume species native of Fez, Morocco.Afr J Microbiol Res, 6 (25): 5314-5324.
84
Rfrences bibliographiques
Berhanu, D. (1980). The physical criteria and their rating proposed for land evaluation in the
highland region of Ethiopia. FAO,30-71.
Berger, M., Belem P. C., Dakouo D., and Hien, V. (1987). Le maintien de la fertilit des sols
dans l'Ouest du Burkina Faso et la ncessit de l'association agriculture-levage. Cot. et Fib.
Trop.; vol.XLII Fasc, 3: 10.
Bergeys. (1984).Manuel of systematic bacteriology. Vol. 1 (Ed) Noel, R., Krieg. Paris. 122 pp.
Ben Romdhane, S., Trabelsi, M., Aouani, M.E., de Lajudie, P.,and Mhamdi, R. (2009). The
diversity of rhizobia nodulating chickpea (Cicer arietinum) under water deficiency as a source of
more efficient inoculants. Soil Biol Biochem, 41: 25682572.
Beck, D., and Duc, G. (1991). Improving N2- fixation in faba bean: Rhizobium inoculation and
N nutrition. CIHEAM-options mediterraneennes, 10 :97-103.
Bouzar, H., Jeffrey, B.J., and Bishop, A.L. (1995). Simple Cultural Tests for Identification of
Agrobacterium Biovars. AgobacteriumProtocols; Ed:Kevan MA. Gartland and Michael R. Davey,
9-15.
85
Rfrences bibliographiques
Bourion, V., Laguerre, G., Depret, G., Voisin, A.S., Salon, C., and Duc, G. (2007).Genetic
variability in nodulation and root growth affects nitrogen fixation and accumulation in pea.
Annals of Botany, 100 :589598.
Boussad, F., and Doumandji, S. (2004) La diversit faunistique dans une parcelle de Vicia faba
(Fabaceae) linstitut technique des grandes cultures dOued Smar. Journe protec. Vg.,15 mars
2004, Dp. Zool. agro. for., Inst. nati.agro, El Harrach, 19p
.
Brahda, F., and le Rudulier, D. (1995). Osmorgulation chez les bactries et chez rhizobium en
particulier : rle de la glycine-btaine dans l'osmorgulation chez R.I. viciae. In : Drevon J.J (Ed)
: Facteurs Limitant la fixation symbiotique de l'azote dans le bassin Mditerranes. INRA. Paris.
Les colloques ,77: 127-137.
Brockwell, J. (1998). Matching rhizobia and temperate species of Acacia. Recent Development
in Acacia planting. Australia: J.W. Tumbull. H.R. Crompton and K. Pinyopusarerk,264-273.
Broughton, W.J., and Dilworth, M.J. (1971). Control of leghemoglobin synthesis, snakebean.
Biochem J,125: 1075-1080.
86
Rfrences bibliographiques
Brunel, B., Rome, S., Ziani, R., and Cleyet-Marel, J. C. (1996). Comparison of nucleotide
diversity and symbiotic properties of Rhizobium meliloti populations from annual Medicago
species. Fems MicrobioL Ecol, 19: 71-82.
Brigido, C., Alexandre, A., Laranjo, M., and Oliveira, S. (2007). Moderately acidophilic
mesorhizobia isolated from chickpea. Letters Appl. Microbiol, 44: 168-174.
Catroux, G., Hartmann, A., and Revellin, C. (2001). Trends in rhizobial inoculant production
and use. Plant Soil, 230 :2130.
Cacciari, I., Dimattia, E., and Quatrini, P. (2003).Rponses adaptatives des isolats de
Rhizobium aux stress. In, Grouzis M ; le Floch. Un arbre au dsert, Acaciaraddiana. IRD.
Paris,183-200 .
Callo, G., and Dupuis M. (1980).Le calcaire actif des sols et sa signification. Dull. Afes. 17-26.
Campbell, WC. (1991). Ivermectin as an antiparasitic agent for use in humans. Annu. Rev.
Microbiol, 45(1): 445-474.
Cleyet., and Marel, J. C. (1988). Seed inoculation and inoculants technology. In: Beck D. P. and
Materon L. A. (ed), Nitrogen Fixation by Legumes in Mediterranean Agriculture, 251-258pp
Chafi, M., and Bensoltan, A. (2009). Vicia faba (L), source of organic and biological Manure
for the Algrian Arid Region. World J. Agric. Sci, 5(6):698-706.
87
Rfrences bibliographiques
Chaux, C., and Foury, C.L. (1994). Production lgumire : lgumineuses potagres, lgumes
fruits. Ed. TEC et DOC. Lavoisier, 563pp.
Cheminingwa, G.N., and Vessey, J. K. (2006). the abundance and efficacy of Rhizobium
leguminosarum bv. Viciae in cultivated soils of the eastern Canadian prairie. Soil. Biol. Biochem,
38: 294-302.
Coenye, T., Gevers, D., Van de Peer, Y., Vandamme, P.,and Swings, J. (2005). Towards a
prokaryotic genomic taxonomy. FEMS Microbiol Rev, 29: 147-167.
Cottenie, A. (1980). Soil and plant testing as a basis of fertilizer recommendation. FAO soil
Bulletin 38/1. Soil Plant, 250pp.
.
Cottenie, A. (1980). Soil and plant testing as a basis of fertilizer recommendations, FAO. Soil
Bulletin. FAO, Rome, 38pp.
Couplen, A.,and Marm,C. (2009).Jardinez au naturel. Le jardin plus bio facile, 249 pp.
Craig, G.F., Atkin C.A., and Bell D. T., (1999).Effect of salinity on growth of four strains of
rhizobium and their infectivity and effectiveness on two species of Acacia. Plant Soil, 133: 253-
262.
Date, R.A. (2000). Inoculated legumes in cropping systems of tropics. Field Crops Res, 65 : 123-
136.
88
Rfrences bibliographiques
David, F., Herridge, D.F., Peoples, M.B, and Boddey. R.M.(2008). Global inputs of biological
nitrogen fixation in agricultural systems. Plant Soil, 311:118
Deaker, R., Roughley, R.J., and Kennedy, I.R. (2004). Legume seed inoculation technology a
review. Soil BiolBiochem, 36:12751288.
Depret, G., Houot, S., Allard, M.R., Breuil, M.C., Nouam, R., and Laguerre, G. (2004).
Long-term effects of crop management on Rhizobium leguminosarumbv. viciaepopulations.
FEMS Microbiol Ecol, 51: 87-97.
Depret, G., and Laguerre, G. (2008). Plant phenology and genetic variability in root and nodule
development strongly influence genetic structuring of Rhizobium leguminosarum biovar viciae
populations nodulating pea. New Phytol, 179: 224235.
de Lajudie, P., Willems, A., Pot, B., Dewettinck, D., Maestrojuan, G., Neyra, M., Collins,
MD., Dreyfus, B., Kersters, K., and Gillis, M. (1994). "Polyphasic Taxonomy of Rhizobia:
Emendation of the Genus Sinorhizobium and Description of Sinorhizobiummeliloti comb. nov.,
Sinorhizobiumsaheli sp. nov., and Sinorhizobiumteranga sp. nov". Int J Syst Bacterial, 44 (4):
715733.
89
Rfrences bibliographiques
Dilworth, M.J., Howieson, J.G., Reeve, W.G., Tiwar, R.T., and Glenn, A.R. (2001). Acid
tolerance in legume root nodule bacteria and selecting for it. Aust J Exp Agric,41 : 453-446.
Domergues, Y. and Mangenot, B. (1970). Ecologie microbienne du sol : (Ed). Masson et Cie
Paris, 796 pp.
Dommergues, Y., Duhoux, E., and Diem, H.G. (1999). Les arbres fixateurs de lazote :
caractristiques fondamentales et role dans l'amnagement des cosystmes mditerranens et
tropicaux avec rfrence particulier aux zones subhumides et arides. Ed. CIRAD, Editions
Espaces, FAO, IR. Montpellier. France,499 pp.
Drouineau, G. (1942).Dosage rapide du calcaire actif des sols. Nouvelles donnes sur la
rpartition et la nature des fractions calcaires. Annales Agron,12 :44 1-450.
Drevon, J.J., Deransart, C., Irekti, H., Payre, H., Roy, G., and Serraj, R. (1995).La salinit
(NaCl) abaisse la conductance des nodosits de lgumineuse la diffusion de l'oxygne. In :
Drevon J.J., (Ed) : Facteurs limitant la fixation symbiotique de l'azote dans le bassin
Mditerranen. INRA. Paris. Les colloques ,77 : 73-84.
Drevon, J.J., Boyer, G., Metral, R., Payre, H., and Pouliquen, R. (2003). Enqute
agronomique sur la nodulation du haricot en lauragais. In : Drevon J.J. et Sifi B. (Eds) : Fixation
symbiotique de l'azote et dveloppement durable dans la Bassin mditerranen. INRA. Paris.
Colloques, 100 : 59-68.
Duhoux, E. and Nicole, M. (2004). Biologie vgtale : Associations et interactions chez les
plantes. Atlas, Dunod, Paris, 166pp.
90
Rfrences bibliographiques
Eardly, B. D., Nour, S. M., van Berkum, P., et Selander, R. K. (2005). Rhizobial 16S rRNA
and dnaK genes: mosaicim and uncertain phylogenetic placement of Rhizobium galegae. Appl.
Environ. Microbiol, 71: 1328-1335.
Fachmann, K., and Kraut, M.L. (2006). L'intr rt de la fve. Ed. Bourde. Paris, 74pp
Fhreus, A. (1957). The infection of clover root hairs by nodule bacteria studied by a simpleglass
slide technique.J.Gen.Microbiol, 16 : 354-381.
91
Rfrences bibliographiques
Figueiredo, M.V. B., Burity, H. A., and De Frana, F.P. (1998). Water deficit stress effects on
N2 fixation in cowpeainoculated with different Bradyrhizobium strains. Can J Plant Sci, 38:311-
321.
Foth, H. D. (1990). Fundamentals of soil science. Henry, D. Foth (ed), John Wiley & sons,
New York, 336pp.
Galibert, F., Barloy-Hubler, F., Capela, D., and Gouzy, J. (2000). Sequencing the
Sinorhizobium meliloti genome. DNA sequence, 11 (3-4) : 207-210.
Gallais, A., and Bannerot, H. (1992).Amlioration des espces vgtales cultives : objectifs et
critres de slection. Paris: INRA, 768 pp.
George, R.A.T. (1999). Vegetable and Seed Production, second ed. CABI Publishing,
Wallingford, 275205.
Gentili, F., and Huss-Danell, K. (2003). Local and systemic effects of phosphorus and nitrogen
on nodulation and nodule function in Alnus incana. J. Exp. Bot, 54: 2757- 2767.
Gentili, F., Wall, L.G., and Huss-Danell, K. (2006). Effects of phosphorus and nitrogen on
nodulation are seen already at the stage of early cortical cell divisions in Alnus incana. Ann Bot,
98:309315.
Getaneh, T. (2008). Symbiotic and phenotypic diversity of rhizobial isolates nodulating faba
bean (Vicia fabaL.) from Western Shoa and Western Hararghe, Ethiopia. An MSc Thesis, School
of Graduate Studies, Addis Ababa University, Addis Ababa. 150 pp
92
Rfrences bibliographiques
Girmaye, K. (2009). In vitro characterization and symbiotic effectiveness of faba bean (Vicia
faba) rhizobia isolated from acidic Soils of Wollega, Ethiopia. M.Sc. Sci. Technol. Arts Res.J,
3(3): 11-17.
Gillis, M., Vandamme, P., De Vos, P., Swings, J., and Kersters, K. (2005). Polyphasic
taxonomy. In Brenner, D.J., Krieg, R.K., Staley, J.T., Garrity, G.M., editors, PartA, Introductory
essays, Bergeys Manual of Systematic Bacteriology. Springer, New York, 2 : 43-48.
Giller, K.E. and Wilson, K.J. (1991). Nitrogen fixation in tropical cropping systems.
Wallingford. U.K: CAB International, 178-196 .
Giller, K.E. (2001). Nitrogen fixation in tropical cropping systems. Second Edition. CABI, 441p.
Giove, R., and Abis, S. (2007). Place de la mditerranedans la production mondiale de fruits et
lgumes. Les notes danalyse du CIHEAM.23:1-21
Glenn, A. R., and Dilworth, M. J. (1994). The life of root nodule bacteria in the acidic
underground. FEMS Microbiol, 123:1-10.
Gomez, K.A., and Gomez, A.A. (1984). Statistical Procedures for Agricultural Research. John
Wiley and Sons, New York. 2nd edition, paperback, 680 pp.
Goyoaga, C., Burbano, C., Cuadrado, C., Romero, R., Guillamone, D., Varela, A.,
Pedrosam,M., and Muzquiz, M. (2011). Content and distribution of protein, sugar and inositol
phosphates during the germination and seedling growth of two cultivars of Vicia faba.J Food
93
Rfrences bibliographiques
Compost Anal,24:391-397.
Graham, P.H., and Parker, C.A. (1964). Diagnostic features in the characterization of the
rootnodulebacteria of legumes. Plant Soil,20:169-231.
Graham, P.H., Sadowsky, M.J., Kersters, H.H., Barnet, Y.M., Bradley, R.S., Cooper, J.E.,
DeLey, D.J., Jarvis, B.D.W., Roslycky, E.B., Strijdom, B.W., and Young, J.P.W.
(1991).Proposed minimalstandards for the description of new genera and species of root-and
stem-nodulating bacteria. Int J Syst bacteriol, 41 : 582587.
Guinochet. M., andDe Vilmorin., R. (1984). Flore de France, Editions du CNRS. Paris.1879 pp
Hamadache A., Boulafa H., and Aknine M. (1997). Mise en vidence de la priode de
sensibilit maximale du pois chiche dhiver envers les mauvaises herbes annuelles dans la zone
94
Rfrences bibliographiques
Haynes, R. J. (1986). Origin, distribution and cycling of nitrogen in terrestrial ecosystems. In:
Mineral nitrogen in the plant-soil system. Academic Press, Orlando,1-5 .
Hadou, H., Kadidia, B., SANON., Tatiana, K.W., Aboubacry, K., Ibrahima, N., and Alfred,
S. T. (2015). Rponse la double inoculation mycorhizienne et rhizobienne du nib (varit,
KVX396-4-5-2D) cultiv au Burkina Faso. Int. J. Biol. Chem. Sci, 9(3) : 1485-1493
Hewedy, O.A., Eissa, R.A., Elzanaty, A.M., Nagaty, H.H., and Abd Elbary, M.I.
(2014).Phenotypic and Genotypic Diversity of Rhizobia Nodulating Faba Bean from Various
Egyptian Locations. J Bioproces Biotechniq, 4 :2155-9821.
Heinrich, K., Ryder, M. H.,and Murphy, P. J. (2001). Early production of rhizopine innodules
induced by Sinorhizobium meliloti strain L5-30. Can. J. Microbiol, 47: 165-171.
Heijnen, C.E., J.A. and van Veen. (1991). A determination of protective microhabitats for
bacteria introduced into soil. FEMS Microbiol. Ecol, 85 :7380.
Hien, V. (1990). Pratiques culturales et volution de la teneur en azote organique utilisable par
les cultures dans un sol ferralitique du Burkina Faso. Thse de doctorat; INPL Nancy, 131 pp.
95
Rfrences bibliographiques
Hirsch, A.M., Lum, M.R., and Downie, J.A. (2001). What makes the rhizobia-legume
symbiosis so special. Plant Physio,127: 1484-1492.
Hubbell, D.H., and Gerald, K. (2003). Biological nitrogen fixation. Fact sheet of the soil and
water science department of food and agricultural sciences, University of Florida 4pp.
Hungria, M., and Vargas, M.A.T. (2000). Environmental factors affecting Nitrogen fixation in
grain legumes in the tropics, with an emphasis on Brazil. Field Crops Research, 65 : 151-164.
Irekti, H., and Drevon, J.J. (2003).Acide abcissique et conductance la diffusion de l'oxygne
dans les nodosits de haricot soumises un choc salin. In: Drevon J.J.,et Sifi B. (Eds): Fixation
symbiotique de l'azote et dveloppement durable dans le Bassin mditerranen. INRA. PARIS ;
Les Colloques, 100 : 371-380.
INRA. (2007). Contribution ltude des principales maladies, parasites et ravageurs des fves et
fveroles. Institut Technique Des Grandes Cultures, Tiaret. SminaireN, 10 : 123-125.
Jensen, H. L.,andSchroeder, M. (1965). Urea and biuret as nitrogen sources for Rhizobium spp.
J. Appli. Bacteriol, 28:473-478.
Jensen, E.S. (1996). Grain yield, symbiotic N2 and interspecific competition for inorganic N in
pea-barley Intercrops. Plant Soil, 182: 25-38.
96
Rfrences bibliographiques
Jebara, M., Drevon, J.J., and Aouani, M.E. (2001). Effects of hydroponic culture system and
NaCl on interactions between common bean lines and native Rhizobia from Tunisian soils,
Agron J, 21: 601-605.
Jones, D., and Krieg, N. R. (1984). Serology and Chemotaxonomy. In Bergeys manual of
systematic bacteriology. Vol 1. Sous la direction de: Krieg, N. R., et Holt, J. G. Williams and
Wilkins Co., Baltimore, Maryland: 15-18.
Jordan, D.C. (1984). Family III. Rhizobiaceae. In: Bergeys Manual of Systematic Bacteriology,
(Krieg, N.R. and Holt, J.G. eds). The Williams and Wilkins, Baltimore, 1:234-254.
Josey, D.P., Beynon, J.I., Johnson, A.W.B., andBohlool, B.B. (1979). Strain identification in
Rhizobium using intrinsic antibiotic resistance. J ApplBacteriol,46:343-350.
Kannaiyan S., Govindarajan K., Kumar K., and Chendrayan K., (2000). Use of biofertilizers
for increasing pulse production. . In: Pulses Production Strategies in Tamil Nadu. Centre for
Plant Breeding and Genetics, Tamil Nadu Agricultural University, Coimbatore, 8-23.
Kaneko, T., Nakamura, Y. Sato, S., Minamisawa, K., Uchiumi, T., Sasamoto, S., Watanabe,
A., Idesawa, K., Iriguchi, M., Kawashima, K., Kohara, M., Matsumoto, M., Shimpo, S.,
Tsuruoka, H., Wada, T., Yamada, M., and Tabata, S. (2002). Complete genomic sequence of
nitrogen-fixing symbiotic bacterium Bradyrhizobium japonicum USDA110. DNA Res, 9
(6):189-197.
97
Rfrences bibliographiques
Kaneko, T., Nakamura, Y., Sato, S., Asamizu, E., Kato, T., Sasamoto, S., Watanabe, A.,
Idesawa, K., Ishikawa, A., Kawashima, K., Kimura, T., Kishida, Y., Kiyokawa, C., Kohara,
M., Matsumoto, M., Matsuno, A., Mochizuki, Y., Nakayama, S., Nakazaki, N., Shimpo, S.,
Sugimoto, M., Takeuchi, C., Yamada, M., and Tabata, S. (2000). Complete genome structure
of the nitrogen-fixing symbiotic bacterium Mesorhizobium loti. DNA Res, 7 (6): 331-8.
Kjeldahl,J. (1883). Neue mthode zur bestimmung des stickstoffs in organischen krpern. Zanl.
chem, 22 :366-382.
Khadiri, M., Pliego, L., Soussi, M., Ocana, A., and Lluch, C. (2003).Assimilation de
l'ammonium et mtabolisme des urides chez Phoseolus vulgaris: effet de la contrainte saline. In :
Drevon J.J. et Sifi B.(Eds) : fixation symbiotique de l'azote et dveloppement durable dans le
Bassin mditerranen. INRA. Paris. Les Colloques,100 :303-312.
Khaldi, R., Zekri, S., Maatougui, M.E.H., and Ben Yassine, A. (2002). LEconomie des
Lgumineuses Alimentaires au Maghrebet dans le Monde. Proceedings du 2me sminaire du
rseau REMAFEVE/REMALA, Le devenir des Lgumineuses Alimentaires dans le Maghreb
, Hammamet, Tunisie, 100pp.
Khaldi, F., Djebar, H., Rouabhi, R., and Djebar, M. R. (2009).Cellular Response of a Pollution
Bioindicator Model (Ramalina farinacea) Following Treatment with Fertilizer (NPKs).Aejts,2:
69-73.
Kichou, T., and Sahraoui, H. (2001). Effet de la temprature sur la fixation et L'assimilation de
l'azote chez le pois chiche. Craliculture. N36. Ed. A.C.T.E.S Rabat, 37-43.
98
Rfrences bibliographiques
Mycorrhiza,14:145-163.
Kondorosi, A., and Hooykaas, P.J.J.(1998). The Rhizobiaceae: Molecular Biology of Model
Plant-Associated Bacteria. Springer Science & Business Media. USA,566 pp
Corby, H.D.L.(1988). Types of rhizobial nodules and their distribution among the leguminosae.
Kirkia,13: 53-123.
Krichnan, H.B., and Bennett, J.O. (2007). Rhizobia that is important for nodulation. In:
Gnamanickam S.S. (Ed): Plant-Associated Bacteria. Springer, 25-75.
Lakzian, A., Murphy, P., Turner, A., Beynon, J.L., and Giller, K.E. (2002).Rhizobium
leguminosarum bv. viciae populations in soils with increasing heavy metal contamination:
abundance,plasmid profiles, diversity and metal tolerance. Soil Biol Biochem, 34: 519529.
Laumonnier, R. (1979) culture lgumire et mari chaires, tome iii. ed.j.b . baillier, 276 pp.
Lindstrom, K., Lehtomaki, S. (1988) Metabolic properties, maximum growth temperature and
phage sensitivity of Rhizobium sp. (galega) compared with other fast-growing rhizobia. FEMS
Microbiol. Lett, 50: 277-287.
99
Rfrences bibliographiques
Lindstrm, K., Murwira, M., Willems, A., and Altier, N. (2010). The biodiversity of
beneficial microbe-host mutualism: the case of rhizobia. Res Microbiol,161:453-463.
Labes, G., Ulrich, A., and Lentzsch, P. (1996). Influence of bovine slurry deposition on the
structure of nodulating Rhizobium leguminosarum bv. vicia soil populations in a natural habitat.
Appl Environ Microbiol, 62 :62: 1717-1722.
Laemmli, U. K. (1970). Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of
bacteriophage T4. Nature, 680-685.
Mary, B., Justes, E. (2001). La fourniture dazote par les matires organiques du sol.
Cinquimes rencontres de la fertilisation raisonneet de lanalyse de terre. GEMAS-COMIFER.
Blois, France. 27-29Novembre.
100
Rfrences bibliographiques
Mafongoya, P.L., Giller, K.E., Odee, D., Gathumbi, S., Ndufa, S.K., and Sitompui, S.M.
(2004).Benefiting from N2-fixation and Managing rhizobia. In: Noordwijk M.V., Cadisch G.,
Ong C.K. (Eds): Below-ground interaction in tropical agro ecosystems: concepts and models with
multiple plant components. CARI,227-241.
Maougal, R.T. (2004). Techniqus de production dinoculum Rhizobial. Etude de cas chiche
(Cicer arietinum.L) : Inoculation et nodulation. Mmoire de magister en biotechnologies
vgtales. Universit de Canstantine, 39-163
Mathon, C. (1985).liste de plantes utiles avec indication de leur aire probable de primo
domestication. Facult des sciences de luniversi de Poitiers,17pp.
McVicar, R., Panchuk, k., Brenzil, C., Hartley, S., and Pearse, P. (2005). Faba bean in
Sasktchewan. Saskatchewan Agriculture, Food and Rural Revitalization. A. Vandenberg,
University of Saskatchewan, 11pp.
Mckay, I.A., and Djordjevic, M.A. (1993).Production and excretion of Nod metabolites by
Rhizobium Leguminosarum bv. Trifolii are disrupted by the same environmental factors that
reduce nodulation in the field. App Environ Microbiol, 59 : 385-392.
Merabet, C., (2007). Diversit et rle des rhizobia des rgions sales et arides dAlgrie. Thse
de Doctorat en Microbiologie, Universit dOran ES-SENIA, 214pp.
101
Rfrences bibliographiques
Mnasri B., Aouani E., Mhamdi R. (2007). Nodulation and growth of common bean (Phaseolus
vulgaris) under water deficiency. Soil Biol Bioch, 39: 17441750.
Moschetti, G., Peluso, A.L., Protopapa, A., Anastasio, M., Pepe, O., and Defez, R. (2005).
Use of nodulation pattern, stress tolerance, nodC amplification, RAPD-PCR and RFLP- 16S
rDNA analysis to discriminate genotypes of Rhizobium leguminosarumbiovarviciae.
SystApplMicrobiol, 28 :619631.
Mouafek A., (2006). L'effet de la salinit sur la nodulation chez la fve "Vicia faba L.". Mmoire
d'Ingnieur. Universit Biskra. 40pp.
Moawad, H., Badr El-Din, S.M.S., Radwan, S.M.A. (1994). Assessment of need to inoculate
for widely cultivated legume crops in Egypt. In: Recent Developments In: Biological Nitrogen
Fixation Research in Africa. Proceedings of the fifth International Conference of the African
Association for Biological Nitrogen Fixation (AABNF), Rabat, Morocco, Edited by M. Sadiki
and A. Hilali 1994 IAV Hassan II.
102
Rfrences bibliographiques
Nutman, P.S. (1965). Symbiotic nitrogen fixation. M.V. Bartholomew and F.E. Clark (eds.). Soil
Nitrogen. Wisconsin, 123-131.
Nutman, P.S. (1976). IBP field experiment on nitrogen fixation by nodulated legumes. Symbiotic
Nitrogen Fixation in Plants,211-237.
OdeeD, W., Sutherland, J. M., Makatiani, E. T., Mc Inroy, S. G., and Sprent J. I. (1997).
Phenotypic characteristics and composition of the rhizobia associate with woody legumes
growing in diverse Kanyen conditions. Plant & Soil, 188 :65-75.
OHara, G.W. (2001). Nutritional constraints on root nodule bacteria affecting symbiotic
nitrogen fixation: a review. Aust J Exp Agr, 41: 417433.
Ollivier, J., We, S.T., Bannert, A., Hai, B., Kastl, E.M., Meyer, A., Su, M.X., Kleineidam, K.,
and Schloter, M. (2011).Nitrogen turnover in soil and global change. FEMS Microbiol Ecol, 78:
316.
Olsen, S.R., Cole, C.V., Watanabe; F.S., and Dean, L.A. (1945).Estimation of available
phosphorusin soils by extraction with sodium bicarbonate. USDA Circ. 939. U.S. Gov. Print.
Office,Washington, DC
Olsen, P. E., Rice, W. A., and Collins, M. M. (1995) Biological contaminants in North
American legume inoculants. Soil Biol. Biochem, 27: 699-701.
103
Rfrences bibliographiques
Osman, A.G. and Mohamed, S.S. (1994). Effect of inoculation with Rhizobium strain TAL 1400
on symbiotic properties of faba bean in two different locations in Khartoum State. Albuhuth J., 5:
126- 139.
Ouhmane, L., Hafidi, M., Kisa, M., Boumerzouch, A., Thioulouse, J., and Duponnois, R.
(2006).Lavandula species an accompanying plants in Cupressus replanting strategies: Effect on
plantgrowth, Mycorhizal soil infectivity and soil microbial catabolic diversity. Appl.
Soil.Ecol,34:190-199.
Ouartsi A., Saoudi, A., and Chekireb, D. (2011). Etude des efflorescences toxiques a
cyanobactries dans le barrage Mexa, Algerie. Rev. Microbiol. Ind. San et Environn, (5): 81-100.
Parniske, M. and Downie, J. A. (2003).Plant biology: locks, keys and symbioses. Nature,
425:70-569.
Peoples, M.B., Giller, K.E., Herridge, D.F., and Vessey, J. K. (2002). Limitations to biological
nitrogen fixation as a renewable source of nitrogen for agriculture.Nitrogen Fixation Global
Perspectives,356-360. publishing, Walling Ford, UK, 448pp.
104
Rfrences bibliographiques
Perret, X., Staehelin, C., and Broughton, W. J. (2000). Molecular basis of symbiotic
promiscuity. Microbiol. Mol. Biol. Rev, 64:180-201.
Pliego, L., Khadri, M., Soussi, M., Ocana, A., and Lluch, C. (2003).Mtabolisme du carbone
dans les nodosits de Phasealus vulgaris var. Coco en conditions de Stress Salin. In : Drevon J.J.
et Sifi B. (Eds) : Fixation symbiotique de l'azote et dveloppement durable dans le Bassin
mditerranen. INRA. Paris. Les Colloques, 100 :313-320.
Pichot, J., Sdogo, M. P., and Poulain, J. F. (1981). volution de la fertilit d'un sol
ferrugineux tropical sous l'influence des fumures minrales et organiques. Agron Trop, 36 : 122-
133.
Porres, J.M., Jurado, M. L., Aranda, P., and Urbano, G. (2003). Effect of heat treatment and
mineral and vitaminsupplementation on the nutritive use of protein andcalcium from lentils (Lens
culinaris M.) in growingrats. Nutrition, 19 (5): 451-456.
Poth, M., Lafavre, J.S., and Focht, D.D. (1986). Quantification by direct N dilution of fixed N2
15 incorporation into soil by pigeon pea (Cajanus cajan). Soil. Biol. Biochem,189: 125-127.
Prvost, P. (1999). Les bases de l'agriculture. 3eme Ed. Tec & doc Lavoisier. Paris, 290 pp.
Priefer, U.B., Aurag, J., Boesten, B., Bouhmouch, I., Defez, R., Filali-Maltouf, A., Miklis,
M., and Moawad, H. (2001). Characterisation of Phaseolus symbionts isolated from
105
Rfrences bibliographiques
Mediterranean soils and analysis of genetic factors related to pH tolerance. J.Biotech, 91: 223-
236.
Purcell, L.C., and Sinclair, T.R. (1990). Nitrogenase activity and nodule gas permeability
response to rhizospheric NH3 in soybean. Plant Physiol,92 : 268-272.
Rachef, S.A., Ouamer., and Ouffroukha, F.A. (2005). Inventaire des ravageurs de la feve en
algrie (identification et caractrisation). I.N.R.A.,16: 36-41.
Rehman, A., and Nautiyal, C.S. (2002).Effect of drought on the growth and survival of the
stresstolerant bacterium Rhizobium sp. NBRI2505 sesbania and its drought-sensitive transposon
Tn 5 mutant. Current Microbiol, 45: 36877.
Reeve, W., OHara, G., Chain, P., Ardley, J., Bru, L., Nandesena, K., Tiwari, R.,
Malfatti, S., Kiss, H., Lapidus, A., Copeland, A., Nolan, M., Land, M., Ivanova, N.,
Mavromatis, K., Markowitz, V., Kyrpides, N., Melino, V., Denton, M., Yates, R., and
Howieson,J.( 2010) .Complete genome sequence of Rhizobium leguminosarum bv trifolii strain
WSM2304, an effective microsymbiont of the South American clover Trifolium polymorphum.
Sigs, 2(1): 6676.
Reddy, T.Y., Reddy, V.R., and Anbumozhi, V. (2003). Physiological responses of groundnut
(Arachis hypogaea L.) to drought stress and its amelioration: acritical review. Plant Growth
Regul, 41: 75-88.
106
Rfrences bibliographiques
Rochester, I.J., Peoples, M.B., Hulugalle, N.R., Gault, R.R., and Constable, G.A. (2001).
Using legume to enhance nitrogen fertility and improve soil condition in cotton cropping
systems. Field crop Res, 70: 27-41.
Rodelas, B., Gonzalez-Lopez, J., Salmero, N.V., Martinez-Toledo, M.V., and Pozo, C. (1998).
Symbiotic effectiveness and bacteriocin production by Rhizobium leguminosarumbv.
iceaeisolated from agricultural soils inSpain. Appl Soil Ecol, 8 :5160.
Rome, S., Fernandez, M.P., Brunel, B., Normand, P., and Cleyet-Marel, J.C. (1996).
"Sinorhizobiummedicae sp. nov., isolated from annual Medicagospp". Int J SystBacteriol,46 (4):
972980.
Rodriguez, D.N., Santamaria, C., Temprano, F., and Leidi, E.O. (1999). Interaction effects
between Rhizobia strain and bean cultivar on nodulation, plant growth, biomass partitioning and
xylem sap composition. European J. of Agron, 11: 131-143.
Rogel, M.A., Ormeo-Orrillo, E., and Martinez, R.E. (2011). Symbiovars in rhizobia
reflectbacterial adaptation to legumes. Syst App Microbiol, 34: 96104.
Roberts, G. P., Leps, W. T., Silver, L. E., and Brill, W. J. (1980). Use of two-dimentional
polyacrylamide gel electrophoresis to identify and classify Rhizobium strains. Appl. Environ.
Microbiol., 39 : 414-422.
Rouiller, J., Souchier, B., Bruckert, S., Feller, C., Toutain, F., and Vdy J. C.
(1994).Mthodes danalyses des sols. 619652 pp. In : M. Bonneau et B. Souchier,
eds.Pdologie. 2. Constituants et proprits du sol. Masson, Paris, France.
107
Rfrences bibliographiques
Rugheim, A.M.E. and M.E. Abdelgani, M.E.(2012). Effect of microbial and chemical
fertilization on yield and seed quality of faba bean (Vicia faba). Int food res J, 19(2): 417-422.
Rugheim, A.M.E., and Abdelgani, M.E. (2012). Effect of microbial and chemical fertilization
on yield and seed quality of faba bean (Vicia Faba). Int Food Res J, 19(2): 417-422.
Sadi, S., Ramirez-Bahena, M., Santillana, N., Zuniga, D., Alvarez-Martnez, E., Peix, A.,
Mhamdi, R., and Velzquez, E. (2014). Rhizobium laguerreae sp. nov. nodulatesViciafaba on
several continents. Int. J. Syst. Evol. Microbiol, 64: 242247.
Sanginga, N., Wirkom, L.E., Okogun, A., Akobundu, I.O., Carsky, R.J., and Tian, G. (1996).
Nodulation and estimation of symbiotic nitrogen fixation by herbaceous and legumes in Guinea
savanna in Nigeria. Biol Fert Soils, 23: 441-448.
Sawada,Y., Miyashita, K., and Yokoyama, T.(1990). Diversity within serogroups of Japanese
isolates of Bradyrhizobium as indicated by intrinsic antibiotic resistance. Soil Sci.Plant Nutr, 30:
501-504.
Sadowsky, M.J., and Graham, P.H. (1998). Soil biology of the RhizobiaceaeIn: (Spaink, H.P.,
Kondorosi, A. and Hooykaas, P.J.J. ed. The Rhizobiaceae, (Kluwer: Dordrecht,
TheNetherlands).155-172.
Sadiki, M., and Hilali, A. (1994). Research in Africa. Proceedings of the fifth International
Conference of the African Association for Biological Nitrogen Fixation(AABNF), Rabat,
Morocco, 14-19 Sept. 1992. Edited by M. Sadiki and A. Hilali 1994 IAV Hassan II.
108
Rfrences bibliographiques
Schleifer, K. H., and Ludwig, W. (1989). Phylogenetic relationships of bacteria. The hierarchy
of life. Sous la direction de: Fernholm, B., Bremar, K., Jrnvall, H. Elseiver Science Publishers,
Amsterdam, 103-117.
Schultze, M., Kondorosi, E., Rater, P., Buir, M., and Kondorosi, A. (1994).Cell and
molecular biology of rhizobium-plant interactions. Int. Rev Cytol, 156: 1-75.
Serraj, R., Roy, G., and Drevon, J.J. (1994)Salt stress induces a decrease in the oxygen uptake
of soybean nodules and their permeability to oxygen diffusion. Physiol. Plant,91: 161-168.
Serraj, R., Fleurat, L.P., Jaillard, B., and Drevon, J.J., (1995). Structural changes in the inner-
cortex of soybean root-nodules are induced by short-term exposure to high salt or oxygen
content. Plant Cell Environ,18: 455-462.
Serraj, R., Vasquez, D.H.,and Drevon J.J.(1998). Effects of Salt Stress on nitrogen fixation,
oxygen diffusion and ion distribution in soybean. Common bean and alfalfa. J. Plant Natr, 21:
475-488.
Serraj, R., Sinclair, T.R., and Purcell, L. C. (1999). Symbiotic nitrogen fixation response to
drought. J Exp Botan, 50 : 143- 155.
109
Rfrences bibliographiques
Sedogo, M. P. (1993). volution des sols ferrugineux lessivs sous culture : incidence des modes
de gestion sur la fertilit. Thse de Doctorat Es-Sciences. Universit National de Cte dIvoire,
295 pp.
Selander, R. K., Caugant, D. A., Ochman, H., Musser, J. M., Gilmour, M. N., and Whittam,
T. M. (1986). Methods of multilocus enzyme electrophoresis for bacterial population genetics
and systematics. Appl. Environ. Microbiol., 51: 873-884.
Slattery, J., and Pearce, D. (2002). Dveloppement and evaluation of liquid inoculants and
nitrogen fixation of legumes in vietnam (Ed). Herridge, D. ACIAR proceedings, 109e, 86-94.
Shamseldin, A., El-Saadani, M., Sadowsky, M. J.,and Sun A., C. (2009). Rapid identification
and discrimination among Egyptian genotypes of Rhizobium leguminosarumbv. viciae and
Sinorhizobiummelilotinodulatingfaba bean (Viciafaba L.) by analysis of nodC, ARDRA, and
rDNA sequence analysis. Soil BiolBiochem, 41:4553.
Shishido M., Pepper, I.L. (1990). Identification of dominant indigenous Rhizobium meliloti by
plasmid profiles and intrinsic antibiotic resistance. Soil Biol. Biochem, 22 :11-16.
Skerman, P.J. (1982). Les Lgumineuses fourrages tropicales. Ed. FAO. Rome, 666pp.
Somasegaran, P.,and Hoben, H.J. (1994). Handbook for Rhizobia. Springer- Verlang, New
York, 1-138.
Sorwil, F.K., and Mytton, L.R. (1986). The nitrogen fixing potential of Viciafabarhizobia (R.
Leguminosarum) from different agricultural locations. SoilBiolBiochem, 92:249-254.
110
Rfrences bibliographiques
Stowers, M.D. (1985). Carbon metabolism in Rhizobium species. Annu. Rev. Micrbiol, 39:89-
108.
Soltner, D. (2005). Les Grandes productions vgtales 20 emeEd : coll.sci et Tec Agri, 21-140
Soltner,D. (2005). Les bases de la production vgtale 24eme Ed : coll.sci et Tec Agri, 77pp.
Strullu, D.G. (1991).Les mycorhizes des arbres et des plantes cultives. Ed. Lavoisier. Paris,
250pp.
Stackebrandt, E., Frederiksen, W., Garrity, G.M., Grimont, A.D., Ka, P., Maiden, M.C.J.,
Nesme, X., Swings, J., Tru, H.G., and Ward, A.C. (2002).Report of the ad hoc committee for
the reevaluationof the species definition in bacteriology. Int J Syst Evo Microbiol, 52: 1043
1047.
Subba, N.S. (1977). Soil Microorganisms and Plant Growth. Oxford and IBH Publishing Co.,
New Delhi, India. 289pp.
Subbarao, G. V., A., N., and Otani, T.(1997). Genotypic variation in iron and aluminium-
phosphate solubilizing activity of pigeonpea root exudates under P deficient conditions. J. Soil
Sci.43 (2):295- 305.
111
Rfrences bibliographiques
Suzuki, K., Goodfellow, M., and ODonnell, A.G. (1993). Cell envelopes and classification.
Handbook of new bacterial systematics. Sous la direction de: Goodfellow, M., et ODonnell, A.
G. Academic Press, Ltd., London, 195-250.
Tate III, R.L. (2000). Soil microbiology. Second Edition. John Wiley & Sons 201-202.
Tan, I.K.P., and Broughton, W.I. (1981). Rhizobia in tropical legumes. XIII. Biochemical basis
of acid and Alkali reactions. Soil Biol. Biochem. 13 :389-393.
Tillard, P., and Drevon, J. J. (1988). Nodulation and nitrogenase activity of chickpea cultivar
INRA199 inoculated with different strains of Rhizobium ciceri. Agron,8:387-392.
Tian, C.F., Wang, E.A., Wu, L.J., Han, T.X., Chen, W.F., Gu, C.T., Gu, J.G., and Chen, W.X.
(2008). Rhizobium fabae sp. nov., a bacterium that nodulatesViciafaba.Int. J. Syst. Evol.
Microbiol, 58, 28712875.
Tiwary, B.N., Prasad, B., Ghosh, A., Kumar, S. and., and Jain, R.K. (2007). Characterization
of two novel biovar of Agrobacterium tumefaciens isolated from root nodules of Viciafaba. Curr
Microbiol, 55(4):328-33.
112
Rfrences bibliographiques
Tellawi, A., Haddad, N., Hattar B. (1986). Effect of several Rhizobium strains on nodulation,
nitrogen uptake and yield of chick peas (Cicer arietinum L.). Z. Pflanzenernaehr. Bodenkd, 149 :
314-322.
Thomas, F. (2008). La fevrole confirme ses intrts techniques culturaux simplifis N48. 4eme
dition,102pp.
Unkovich, M.J., Baldock J, and Peoples, M.B. (2010). Prospects and problems of simple linear
models for estimating symbiotic N2fixation by crop and pasture legumes. PlantSoil, 329: 75-89.
Upchurch, R. G., and Elkan, G. H. (1977). Comparison of colony morphology, salt tolerance
and effectiveness in Rhizobium japonicum. Can. J. Microbiol., 23: 1118-1122.
Van Reuler, H. and Prins, W. H. (1993). The role of plant nutrients for sustainable food crop
production in Sub-Saharan Africa. H. Van Reuler and W. H. Prins (eds). Ponsen & Looijen,
Wageningen, The Netherlands: Ponsen & Looijen, 231 pp.
Vandamme, P., Pot, B., Gillis, M., De Vos, P., Kersters, K., and Swings, J. (1996). Polyphasic
taxonomy, a consensus approach to bacterial systematics. Microbiol Res, 60:407438.
Vinuesa, P., Leon-Barrios, M., Silva, C., Willems, A., Jarabo-Lorenzo, A., Prez Galdona,
R., and Martinez-Romero, E.(2005). Bradyrhizobium canariense sp. nov., an acid-tolerant
endosymbiont that nodulates endemic genistoid legumes (Papilionoideae :Genisteae) growing in
the canary Islands, along with B. japonicum bv. Genistearum, Bradyrhizobium genospecies a and
Bradyrhizobium genospecies b. Int. J. Syst. Evol. Microbiol, 55: 569-575.
113
Rfrences bibliographiques
Velagaleti, R.R., Morsh, S., and Kramer, D. (1990).Genotypic differences in growth and
nitrogen fixation among soybean (Glycine max (L.) Merr.) cultivars grown under salt stress.
Trop. Agric, 67: 169-177.
Vincent, J.M. (1970). A manual for a practical study of root nodule bacteria. I. B. P, Handbook
n 15, Blackwell (Ed). Oxford. Edingbourgh, 164 pp.
Wang, E. T., Rogel, M. A., Garcia-de los Santos, A., Martinez-Romero, J., Cevallos, M. A.,
and Martinez-Romero, E. (1999a). Rhizobium etli bv. mimosae, a novel biovar isolated from
Mimosa affinis. Int. J. Syst. Bacteriol., 49: 1479-1491.
Wang, E.T., Van Berkum, P., Sui, X. H., Beyne, D., Chen, W. X., and Martinez- Romero, E.
(1999b). Diversity of rhizobia associated with Amorpha fructicosa isolated from chines soils and
description of Mesorhizobium amorphae sp. nov. Int. J.Syst. Bacteriol., 49: 51-65.
Wani, S. P., Rupela, O. P., and Lee, K.K. (1995). Sustainable agriculture in the semi-arid
tropics through biological nitrogen fixation in grain legumes. Plant Soil,174 :29-49.
Wery, J. (1987). Relation entre la nutrition azote et laproduction chez les lgumineuses. In :
Actes du colloque, Nutrition azote des lgumineuses, 19-21 novembre 1985, Versailles, France.
114
Rfrences bibliographiques
Paris: INRA.
Werner, D., and Newton, W. (2005) Preface. In: Nitrogen Fixation in Agriculture, Forestry,
Ecology and the Environment (eds. D. Werner and W.E. Newton). Springer, Berlin, Heidelberg,
New York, 103-151.
Yan, A.M., Wang, E.T., Kan, F.L., and Tan, Z.Y. (2000). Sinorhizobiummeliloti associated with
Medicago sativa and Melilotus spp. in arid saline soils in Xinjiang, China. Int J
SystEvolMicrobiol,50: 18871891.
Young, J.P.W. (2000). Taxonomy and evolution of diazotrophs in: Nitrogen fixation: from
molecules to crop productivity. Brazil, Kluwer Academic Publishers,153-154.
Zahran, H.H. (1999). Rhizobium-Legume symbiosis and nitrogen fixation under severe
conditions and in an arid climate. Appl. Environ. Microbiol,63: 968-989.
Zapta, F., Danso, S.K.A., Hadarson, G., and Fried, M. (1987). Nitrogen fixation and
translocation in field-grown faba bean. Agron J.79: 505-509.
115
Rfrences bibliographiques
Zakhia, F., and de Lajudie, P. (2006). Modern bacterial taxonomy: techniques review-
application to bacteria that nodulate leguminous plants (BNL). Can J Microbiol, 52:169181.
Zaghouane, O. (1991). The situation of faba bean (Vicia faba L.) in Algeria.Options
Mediterranennes. Srie Sminaires, 10: 123-125.
Zhang, X.X., Kosier, B., and Priefer, U.B. (2001).Genetic diversity of indigenous Rhizobium
leguminosarum bv. viciae isolates nodulating two different host plants during soil restoration
with alfalfa. Mol. Ecol, 10: 22972305.
Zhang, Y.J., Zheng, W.T., Everall, I., Young, J.P.W., Zhang, X.X., Tian, C.F., Sui, X.H.,
Wang, E.T., and Chen, W.X. (2015). Rhizobium anhuiense sp. nov., isolated from effective
nodules of Vicia faba and Pisum sativum grown in Southern China. Int J Syst Evol Microbiol, 65:
2960-2967.
Zehari, A., Aurag, J., Khbaya, B., Kharchat, D., and Filali-Maltouf, A. (2000). Phenotypic
characteristics of rhizobia isolate nodulatingAcacia species in the arid and Saharan regions of
Moroco. Lett. Appl.Microbiol, 30:35-35.
References internet:
116
Rfrences bibliographiques
117
Annexes
Annexes
Annexe 1
Annexe 2
Coloration de Gram
118
Annexes
Annexe 3
Eau glose (0.8%)
Agar-agar....0.8 g
Eau distille....100 ml
La solution est autoclave pendant 20 min 120C.
Annexe 4
CaCl2 0.100g
MgSO4. 7H2O 0.120g
KH2PO4 0.100g
Na2HPO4.2H2O 0.150g
Citrateferrique0.005g
Solutionstockdesoligolments1.0ml
Annexe 5 :
- Tryptone ......................................................... 2 g
- Bleu de bromothymol ...................................30 mg
- Chlorure de sodium .......................................5 g
- Hydrognophosphate de potassium ............... 0,3 g
- Agar-agar ...................................................... 2,5 g
Ces quantits sentendent pour 1 Ldeau distille.Ramener le pH final 7 - 7,2.
Annexe 6
120
Annexes
Annexe 7
Analyses physicochimiques du sol
a. Analyse granulomtrique :
122
Annexes
Le triangle de texture
Permet de classer les sols daprs leur composition granulomtrique
Dposer 1g de sol sch lair, dans un flacon puis remplir lappendice latrale duflacon avec
5 ml de HCl 0.5N, aprs avoir lier le flacon au calcimtre de Bernardamener au zro les
niveaux de leau dans la colonne et dans lampoule, verserlacide sur lchantillon, ensuite
laide de lampoule, rtablir le niveau et lire levolume de CO2 dgag (en cm3), une foie le
dgagement du CO2 termin, baisserlampoule du calcimtre jusqu ce que le niveau de cette
dernire soit dans unmme plan horizontal que celui dans la colonne, enfin dposer 1g de
CaCO3 purpour ltalonnage de lappareil tel quil provoque un dgagement gazeux.
On dtermine ainsi le taux de calcaire selon les normes proposes par (Baize, 1998).
123
Annexes
Peser 10g de sol sch lair, les introduire dans un flacon de 500ml et y ajouter250 ml de la
solution doxalate dammonium (NH4)2C2O4 0.2N, agiter durant2h, ensuite filtrer la
solution en rejetant les premier ml du filtrat.Prlever 10ml du filtrat qui sera vers dans un
bcher de 100ml, ajouter cedernier 10ml de H2SO4au 1/10, ensuite porter le contenu du
bcher unetemprature de 60C, puis placer le bcher sur un agitateur magntique
surmonterdune burette gradue contenant le permanganate de potassium KMnO4 ensolution
dcimale, le titrage par le permanganate se fait jusqu lobtention dunecouleur rose
persistante, soit n le nombre de ml de KMnO4 vers.Titrer de la mme faon 10ml de la
solution doxalate dammonium utilise, soitN le nombre de KMnO4 vers pour le tmoin.
124
Annexes
Le phosphore est extrait par agitation avec une solution d'hydrognocarbonate de sodium
pH = 8,5. La solution alcaline d'hydrognocarbonate peut abaisser la concentration des ions
calcium par prcipitation sous forme de carbonate de calcium et celle des ions aluminium et
ferriques par prcipitation sous forme d'hydroxydes. La concentration des ions phosphate
augmente en consquence et le phosphore assimilable peut tre extrait de l'chantillon de
terre par la solution d'hydrognocarbonate de sodium et filtration. Cette solution d'extraction a
tendance dissoudre les matires organiques, elle donne parfois des extraits colors. Aussi
avant de procder la formation du bleu de molybdne, on utilise du charbon activ pour
adsorber les matires organiques solubles (le carbone activ doit tre exempt de phosphate et
n'avoir aucune action sur les ions phosphate).
Ractifs :
Eau dminralise
Solution d'hydroxyde de sodium (NaOH), 2 %: Dissoudre 20 g d'hydroxyde de sodium
dans une fiole jauge de 1000 ml contenant environ 800 ml d'eau dminralise.
Ajuster au volume et homogniser.
Solution d'extraction (NaHCO3) 0,5 mol.L-1:Dissoudre 42,01 g d'hydrognocarbonate
desodium p.a. scheune nuit ltuve, dans une fiole jauge de 1000 ml contenant
environ 900 ml deau dminraliser. Ajuster au pH = 8.5 avec la solution dhydroxyde
de sodium avant dajuster au volume, homogniser. Prvoir des quantits suffisantes.
Solution de molybdate d'ammonium (NH4)6Mo7O24, 4H2O), 2,5 % dans l'acide
sulfurique(H2SO4) 5 mol.L-1:Dissoudre 25 g de molybdate d'ammonium ttra hydrat
dans une fiole jauge de 1000 ml contenant 300 ml d'eau dminralise tide. Laisser
refroidir.
Ajouter lentement 282 ml d'acide sulfurique (95 %, d = 1,83) et laisser refroidir.
125
Annexes
126
Annexes
<0.05 Pauvre
127
Annexes
La minralisation est conduite bullition douce en milieu acide sulfurique charg de sulfate
de potassium et en prsence de catalyseurs (les plus employs sont le slnium ou le dioxyde
de titane sous forme cristalline anatase mlangs du sulfate de cuivre. Ces conditions de
minralisation conduisent :
Lazote organique et (videmment) les formes NH4+sont retrouves sous forme
NH4+, NO2-et NO3-ne sont que partiellement rduits enNH4+. Leur rduction totale
implique un traitement pralable supplmentaire en milieu acide en prsence des
rducteurs acide salicylique et thiosulfate desodium;le carbone organique est retrouv
sous forme de carbone (noir) puis CO2; l'hydrogne et l'oxygne sont combins en
H2O.
Au cours de la minralisation, l'acide sulfurique se dcompose partiellement en
dioxyde et trioxyde de soufre (SO2et SO3, gaz toxiques irritants). Il y a ainsi
apparition de vapeurs blanchtres trs irritantes. La minralisation est donc conduite
avec un appareillage aspiration puis traitement des vapeurs avant rejet.
2. Alcalinisation du milieu minralis et entranement la vapeur de lammoniac
form :
1 1.5 satisfaisant
129
Annexes
Annexe 8
Analyse statistique avec le logiciel Statisticade leffet souche sur la croissance (Poids Sec
des Parties Ariennes et Poids Sec des Parties Racinaires, nombre de nodules et la hauteur
des parties ariennes) des plantes en serre
130
Annexes
131