COMPUTACIONAL I

DINMICA MOLECULAR
JESUS MANUEL DURANGO GALEANO

La dinmica molecular (MD, Molecular dynamics) es un tipo de simulacin molecular

computacional que permite analizar el comportamiento o evolucin de un sistema
(fsico, qumico o biolgico) a travs del tiempo, calculando las fuerzas entre los tomos
que lo conforman mediante las ecuaciones del movimiento de Newton.
Operacionalmente, es un mtodo para generar las trayectorias de un sistema compuesto
de N partculas por integracin numrica directa de las ecuaciones de movimiento de
Newton, con especificaciones de un potencial de interaccin interatmico de
condiciones iniciales y de frontera adecuadas. MD es un mtodo de modelado y
simulacin a nivel atomstico cuando las partculas en cuestin son los tomos que
constituyen el material o sistema de estudio.
La Dinmica Molecular es un algoritmo que intenta simular el comportamiento de un
sistema sometiendo sus tomos a las leyes de la Mecnica Newtoniana. La trayectoria
de la simulacin se efecta integrando las ecuaciones de Newton del movimiento a lo
largo del tiempo para todas las partculas del sistema.
Fi(t) = miai(t) = mid2ri(t)/dt2
Donde Fi(t), ai(t) y ri(t) son, respectivamente, la fuerza sobre el tomo i, su aceleracin y
su posicin el tiempo. La fuerza se calcula como la primera derivada de la energa
potencial:
Fi(t) = -V(r1, r2,....rN)/ri
Una vez se ha obtenido la fuerza que ejerce el sistema sobre una de las partculas, se
divide por su masa y as se calcula la aceleracin que experimenta esa partcula. A partir
de la posicin y velocidad actuales de las partculas del sistema y conociendo la
aceleracin es posible calcular nuevas posiciones y velocidades un instante de tiempo
despus mediante un algoritmo de integracin. De esta forma se obtiene la trayectoria
que describe el sistema a lo largo del tiempo

La dinmica molecular se aplica para el anlisis de prcticamente cualquier sistema

fisicoqumico de inters, siempre y cuando se disponga de una configuracin inicial
adecuada. Ejemplos de esto son el estudio de cambios de fase, solubilidad de molculas,
viscosidad de lquidos, pegamentos, tambin se pueden calcular diferentes propiedades
fisicoqumicas del sistema como la energa libre, entropa, solubilidad, viscosidad,
presin, temperaturas de cambio de fase, pero quizs el mayor inters que est
surgiendo es su aplicacin a la biologa. Permite establecer la conformacin de menor
energa de protenas, ADN y molculas pequeas (optimizacin de geometra), por lo
que est siendo aplicada al modelado molecular. Posibilita el estudio del
comportamiento de un ligando (molcula pequea con potencial farmacolgico) frente a
su diana biomolecular, resultando crucial en el diseo de nuevos frmacos. Se puede
estudiar un fluido y establecer su temperatura de fusin o evaporacin. Facilita el
estudio de solubilidades y el paso de molculas a travs de membranas celulares. En
sistemas biolgicos, permite medir la fuerza de interaccin entre posibles frmacos y
sus dianas biomoleculares o receptores, e incluso, describir el comportamiento de una
protena y molculas complejas bajo ciertas condiciones, por mencionar algunas de sus
capacidades. Si bien, las ecuaciones del movimiento no describen el sistema a nivel
cuntico (lo cual requerira una capacidad de clculo extremadamente grande), este tipo
de estudios han mostrado buena correlacin con resultados experimentales, y se pueden
realizar con equipos de cmputo ciertamente convencionales, pero que cumplan ciertas
especificaciones tcnicas.

Las diferentes etapas de una simulacin por dinmica molecular se pueden resumir en el
siguiente esquema.

- Preparacin del sistema. Se establece o elige la configuracin inicial (CI) a utilizar

compuesta de N tomos y se definen las condiciones de equilibrio (CE).
- Equilibramiento. Mediante diferentes esquemas o ensambles de simulacin
(microcannico, cannico, isotrmico-isobrico), se lleva el sistema al equilibrio donde
la energa permanece casi constante. Dependiendo del esquema a utilizar, se pueden
definir condiciones constantes de energa, presin (P) y/o temperatura (T).
- Simulacin MD. Se define el tiempo de ejecucin (L pasos de ejecucin -runs-) y se
corre la dinmica molecular. Este es el paso que requiere el mayor tiempo, pues puede ir
de pocos picosegundos a nanosegundos (horas a semanas). Se realiza el clculo de
fuerzas del sistema con lo que se pueden obtener las propiedades fisicoqumicas de
inters.
- Resultados. Finalmente, se analizan los resultados y se obtiene la informacin deseada.
Dependiendo del paquete utilizado, se puede hacer el clculo de un muchos parmetros,
adems, se puede analizar la trayectoria o comportamiento del sistema (animacin o
pelcula) por medio de visualizadores moleculares con interface grfica.
La tcnica de Monte Carlo, es una metodologa estocstica en la que los hechos
estructurales y las propiedades termodinmicas se obtienen a partir de promedios. As,
el mtodo de Monte Carlo intenta obtener un muestreo de Boltzmann de un sistema
segn un algoritmo que consiste en generar estructuras al azar, evaluar su energa y
decidir a partir de un criterio adecuado si la nueva estructura generada se acepta o se
descarta. El formalismo de Monte Carlo ms simple es el algoritmo de Metrpolis, en el
que la generacin de nuevas estructuras tiene lugar de forma aleatoria, asegurndose la
reversibilidad microscpica del sistema. Sin embargo, en sistemas qumicos muy
densos, como son los polmeros, el mtodo de Metrpolis resulta poco eficiente y es
preciso emplear algoritmos ms sofisticados.
Muchos de los programas y paquetes para dinmica molecular estn disponibles de
forma gratuita, lo cual en si ya es una ventaja. Algunos de ellos, se pueden usar bajo el
ambiente Windows, aunque en su mayora, estn diseados para los sistemas
operativos Unix y Linux. Algunos programas como NAMD, pueden ejecutarse en
interface grfica, con un manejo amigable. Otros como LAMMPS o Gromacs se
ejecutan desde una ventana de lnea de comandos o terminal, por lo que requieren del
conocimiento de ciertas instrucciones y comandos para facilitar su uso.
Hoy en da, es comn el uso de GPUs (Graphics processing unit) ya que ciertos
clculos los realiza la tarjeta grfica del ordenador, lo cual ahorra tiempo.
 ENSAYO QUMICA COMPUTACIONAL I

JESS MANUEL DURANGO GALEANO

Resumen:

Con la creacin, aparicin de las computadoras y su desarrollo surgieron nuevas ramas

en el mbito de las Ciencias en el caso de la qumica apareci una de ellas llamada
qumica computacional con varios grupos de estudio e investigacin que cultivan dicho
desarrollo tecnolgico en pocas palabras la qumica computacional es una disciplina que
exige dominio en una gran parte de reas de conocimiento en la que slo qumicos
experimentados o investigadores noveles son los expertos nicamente.

La qumica computacional propone la creacin de grupos interdisciplinarios que

generen condiciones para acelerar el avance de esta nueva Ciencia que se encarga del
uso de modelos matemticos para simular las interacciones entre los tomos de las
sustancias y as resolver problemas de la ndole qumica. Por ello la qumica
computacional es un captulo y segmento de la qumica terica que tiene como
propsito y objetivo la creacin de programas computacionales que calculen las
propiedades de las molculas por ejemplo: (momento bipolar, energa total, frecuencias
vibracionales, etc.) Y adems la aplicacin de dichos programas al estudio de entidades
qumicas concretas. Los programas de la qumica computacional estn basados
bsicamente en varios mtodos de la qumica cuntica para resolver la ecuacin de
Schrdinger (Leszczynsky, 1999).

En principio todas las soluciones a problemas podran encontrarse resolviendo

ecuaciones sin embargo no sucede as pues el comportamiento de muchos modelos no
es consecuencia exclusiva de las leyes que gobiernan el mundo fsico sino que tambin
intervienen otras leyes que emanan de la compleja composicin de los mismos as como
alguna vez lo explic Thomas Kuhn en la estructura de las revoluciones cientficas la
Ciencia est en un constante cambio generado como un conjunto de conocimientos
lineales que progresan partir de uno anterior por ello en la vida de la qumica sus
estudios han ido construyendo conceptos que de acuerdo con Kuhn han aparecido
fructificado y sustituidos por nuevas nociones. Por otro lado la qumica computacional
introduce la mayor complejidad posible en sus clculos e intenta predecir los valores de
las propiedades observadas experimentalmente. Es decir procura obtener resultados con
valor predictivo. En algunas situaciones es camino es mejor que realizar un experimento
dado que este puede resultar imposible o muy complicado de realizar o las propiedades
de inters pueden ser muy difciles de medir.
Por otro lado la qumica computacional tiene gran variedad de ventajas que pueden
sustituir o al menos complementar, horas o das de trabajo del llamado laboratorio
hmedo el de la qumica tradicional de aquel que emplea matraces, tubos de ensayo,
pipetas, reactivos, equipo instrumental y enseres semejantes esto se logra y es posible
haciendo docencia qumica capaz de hacerse en las computadoras comunes mediante el
uso del paquetes computacionales. Logrando en efecto sus procesos de investigacin
para lograr generar o explicar fenmenos tales como: dilucidar mecanismos de reaccin,
determinar estructuras atmicas o moleculares, relacionar propiedades fsicas y
estructuras qumicas de las sustancias, predecir reactividad de las sustancias, definir los
componentes de una sustancia. La qumica computacional puede omitir en buena
medida el empleo de reactivos, instrumentos y equipo de laboratorio. Algunos de estos
paquetes computacionales son sencillos y muy tiles como lo son el Isis Draw y el
Chemsketch que permiten dibujar estructuras qumicas y obtener datos de los
compuestos qumicos tales como sus nombres sistemticos, su composicin porcentual,
las longitudes de los enlaces de sus tomos, la magnitud de ngulos y otra
caractersticas evitando as trabajar de forma tradicional laboratorio hmedo tal como
lo hacan los alquimistas de la antigedad.

La qumica computacional tambin se puede aplicar en diferentes ramas de las Ciencias

de la investigacin algunas de ellas como la nanotecnologa, la electrnica molecular y
la biologa molecular. En el caso de la nanotecnologa su inters radica en que es posible
manipular casi a discrecin sus propiedades fsicas, qumicas, electrnicas y mecnicas
variando la composicin, el tamao o el ordenamiento espacial de sus tomos y
molculas abriendo puertas al diseo de nuevos materiales lo mismo que a aplicacin
esa novedosas en catlisis, medicina, y electrnica por otro lado en el caso de
electrnica molecular la idea central es generar circuitos de una molcula para los que
se pueda variar el flujo de corriente que los atraviesa cambiando los potenciales
elctricos que les son aplicados. En el caso de biologa molecular la qumica
computacional tambin ha realizado aportes significativos en especial en el estudio de
sus aspectos estructurales, dinmicos y reactividad qumica.

Qumica computacional ha evolucionado hasta convertirse en una potente herramienta

que no solo permite a los investigadores racionalizar los resultados extrados de la
experimentacin, sino tambin obtener un tipo de informacin absolutamente
inasequible para las metodologas experimentales. La calidad de los resultados
obtenidos ha permitido que las tcnicas computacionales se hayan generalizado a
diversos campos de la Qumica, por ejemplo la Qumica Orgnica e Inorgnica, la
Farmacologa. Recientemente ha sido la Ciencia de los Polmeros la que de forma
decidida ha incorporado su uso al estudio de los polmeros sintticos.

En conclusin entendemos el papel a cumplir por la qumica computacional ya que es

una alternativa gil y sencilla para el desarrollo de la qumica en si en sus procesos de
desarrollo y entendimiento con la ayuda de paquetes computacionales que realicen
funciones que anteriormente se lograban a travs del trabajo experimental por un lado
sus herramientas permiten explicar comportamientos observados experimentalmente el
papel a cumplir por la qumica computacional es adaptable a muchas ramas de la
qumica logrando agilidad en procesos y resultados adems del ahorro de reactivos y
materiales de laboratorio siendo una solucin a largas horas o das del llamado
laboratorio hmedo usado por la qumica tradicional. Por otro lado la simulacin
computacional proporciona instrumentos productivos, lo que permite generar nuevo
conocimiento en situaciones en situaciones en que no se podra hacerlo por el camino de
realizar experimentos.

Bibliografa

RATNER M & RAPNER D, 2002, Nanotechnologhy A Gentle introduction to the Next

Big Idea, Prentice Hall, Harlow

LEIVA EPM, 2006, Nanoelectrochemistry, en BAGOTSKY VS, Fundamental of

Electrochemistry, Jhon Wiley & Sons, Nueva York