MAKALAH BIOANORGANIK

DISMUTASE Cu, Zn & SUPEROKSIDASI LAINNYA

NAMA ANGGOTA KELOMPOK:

EKA CHLARA BUDIARTI 24030113120048

FAUZAN MUSTHAFA 24030113130000

DEPARTEMEN KIMIA
FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
2017
 BAB I
PENDAHULUAN

I.1 Latar Belakang

Radikal bebas merupakan senyawa yang memiliki pasangan elektron
bebas yang tidak berpasangan. Radikal bebas ini akan berikatan dengan molekul
yang ada di sekitarnya untuk mencapai kestabilan. Di dalam tubuh, reaksi ini
akan berlangsung terus menerus dan bila tidak dihentikan akan menimbulkan
berbagai penyakit berbahaya seperti kanker (Permata, 2014). Sehungga diperlukan
penangkal radilal bebas untuk menghentikannya yaitu senyawa yang bersifat
antioksidan.

Antioksidan adalah zat penghambat reaksi oksidasi akibat radikal bebas

yang dapat menyebabkan kerusakan asam lemak tak jenuh, membran dinding sel,
pembuluh darah, basa DNA, dan jaringan lipid sehingga menimbulkan penyakit
(Subekti.1998). Untuk mengatasi bahaya yang timbul akibat radikal bebas, tubuh
mengembangkan mekanisme perlindungan yaitu antioksidan endogen yang terdiri
dari enzim-enzim dan berbagai senyawa yang disintesis tubuh (Asikin, 2001)
salahsatunya Superoksida dismutase (SOD) yang merupakan antioksidan endogen
yang dapat ditemukan pada berbagai jaringan tubuh (Gitawati,1995).

Superoksida dismutase merupakan enzim yang mengkatalisis dismutase

ion superoksida radikal (O2.) menjadi hydrogen peroksida (H2O2) dan molekul
oksigen (O2). Berdasarkan kofaktor logam dan distribusinya di dalam tubuh, SOD
terbagi atas 3 macam yaitu, copper, zinc superoxide dismutase (Cu, Zn-SOD) yang
umumnya terdapat dalam sitoplasma eukariot, manganese superoxide dismutase
(Mn-SOD) yang terdapat di mitokondria organisme aerobic, iron superoxide
dismutase (Fe-SOD) yang biasanya yang terdapat pada prokariot (Mates et
al,1999; Nurwati,2002).

SOD tergolong enzim yang stabil karena setiap subunit tergabung oleh
ikatan non-kovalen dan terangkai oleh rantai disulfida (Fridovich,1986). Enzim
ini berperan sangat penting pada system pertahanan antioksidan (Mates et
al,1999) dimana dalam meningkatkan efektivitas antioksidan, enzim tersebut juga
membutuhkan tingkatan nutrient mineralnya seperti Tembaga (Cu), Seng (Zn) dan
Mangan (Mn) (Kartikawati,1999; Tuminah,2000; West dan Prohaska,2004).
Dalam peningkatan nutrient material tersebut diharapkan mampu memberikan
aktivitas SOD yang mungkin penting dalam pengobatan patologi yang bergantung
pada kekebalan.

I.2 Rumusan Masalah

1. Apa itu Superoksida Dismutase?

2. Bagaimana peranannya dalam system pertahanan antioksidan?

3. Bagaimana mekanisme pertahanan Superoksida Dismutase terhadap

radikal bebas?

I.3 Tujuan Umum

1. Untuk mengetahui Superoksida Dismutase

2. Untuk mengetahui peranannya dalam system pertahanan antioksidan

3. Untuk mengetahui cara pertahanan oleh Superoksida Dismutase terhadap

radikal bebas
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

II.1 Radikal Bebas

Radikal bebas adalah atom atau molekul yang mempunyai elektron yang
tidak berpasangan pada orbital terluarnya dan dapat berdiri sendiri (Clarkson and
Thompson, 2000). Kebanyakan radikal bebas bereaksi secara cepat dengan atom
lain untuk mengisi orbital yang tidak berpasangan, sehingga radikal bebas
normalnya berdiri sendiri hanya dalam periode waktu yang singkat sebelum
menyatu dengan atom lain. Simbol untuk radikal bebas adalah sebuah titik yang
berada di dekat simbol atom (R). ROS (Reactive Oxygen Species) adalah
senyawa pengoksidasi turunan oksigen yang bersifat sangat reaktif yang terdiri
atas kelompok radikal bebas dan kelompok nonradikal. Kelompok radikal bebas
antara lain superoxide anion (O2 - ), hydroxyl radicals (OH), dan peroxyl
radicals (RO2 ). Yang nonradikal misalnya hydrogen peroxide (H2O2), dan
organic peroxides (ROOH) (Halliwell and Whiteman, 2004). Senyawa oksigen
reaktif ini dihasilkan dalam proses metabolisme oksidatif dalam tubuh misalnya
pada proses oksidasi makanan menjadi energi. ROS yang paling penting secara
biologis dan paling banyak berpengaruh pada sistem reproduksi antara lain
superoxide anion (O2 - ), hydroxyl radicals (OH), peroxyl radicals (RO2 ) dan
hydrogen peroxide (H2O2) (Tremallen, 2008). Bentuk radikal bebas yang lain
adalah hydroperoxyl (HO2 ), alkoxyl (RO ), carbonate (CO3 -), carbon dioxide
(CO2 -), atomic chlorine (Cl ), dan nitrogen dioxide (NO2 ) (Halliwell and
Whiteman, 2004).

Sumber radikal bebas:

1. Radikal bebas dari dalam tubuh karena proses enzimatik dalam tubuh,
hasil samping dari proses oksidasi atau pembakaran sel pada proses
respirasi, pencernaan, metabolism yang diproduksi dari mitokondria,
membrane plasma, lisosom, reticulum endoplasma, inti sel.
 2. Radikal bebas dari dalam tubuh karena proses non enzimatik dalam
tubuh, reaksi oksigen dengan senyawa organik dengan cara ionisasi dan
radiasi. Contohnya proses inflamasi dan iskemia.

3. Radikal bebas dari luar tubuh, contohnya: asap rokok, asap kendaraan,
kopi, olah raga berlebih, alcohol, obat, bahan racun, radiasi sinar matahari.
Reactive species diklasifikasikan menjadi reactive oxygen species dan
reactive nitrogen species. Reactive oxygen species dibagi menjadi O2
centered radical, seperti Superoxide anion O .- 2, Hidoksil radikal OH. ,
Alkoksil radikal RO. , Peroksil radikal ROO dan O2 centered non radical,
seperti hidrogen peroksida H2O2, singlet oksigen 1O2. Reactive nitrogen
species, seperti nitric oxide NO. , nitrit dioxide NO. 2, peroxyntrit OONO-
. Molekul yang memiliki satu atau dua elektron yang tidak berpasangan
disebut radikal bebas, ketika dua radikal bebas saling berpasangan akan
terbentuk non radikal.

Radikal bebas merusak sel biasanya diawali dengan kerusakan membran,

rangkaian prosesnya sebagai berikut :

1. Terjadi ikatan kovalen antara membran dengan radikal bebas sehingga

terjadi perubahan fungsi reseptor dan struktur.

2. Terjadi oksidasi pada membrane oleh radikal bebas sehingga proses

transport lintas membran terganggu.

3. Terjadi reaksi peroksida lipid dan kolesterol membrane yang

mengandung asam lemak tidak jenuh majemuk (PUFA= Poly
Unsaturated Fatty Acid).

II.2 Stres Oksidatif

Ketidak seimbangan antara radikal bebas dengan perlindungan
antioksidan. Radikal bebas yang berasal dari oksigen diklasifikasikan sebagai
Reactive Oxygen Species (ROS), yaitu superoxide (O2 - ), radikal hidroksil (OH+
), radikal peroksida (H2O2). Adanya produksi ROS yang berlebihan menimbulkan
stres oxidatif sehingga terjadi kondisi patologis. Stress oksidatif berkontribusi
dalam kondisi dan penyakit patologis seperti kanker, gangguan neurologi,
atherosclerosis, hipertensi, iskemik/perfusi, diabetes, acute respiratory distress
syndrome, fibrosis paru idiopatik, penyakit kronik sumbatan paru, asma.

Efek dari stress oksidatif:

1. DNA

ROS dapat memodifikasi DNA dengan cara melibatkan dalam degradasi

basa, pemutusan rantai DNA, mutasi, deletions atau translocations dan
cross-linking dengan protein. Modifikasi DNA mempunyai hubungan kuat
untuk terjadinya carcinogenesis, penuaan, neurodegenerative,
cardiovascular, dan autoimun diseases.

2. Lipid

ROS menginduksi ternyadinya peroksidasi lipid dan mengganggu susunan

membran lipid bilayer sehingga inaktivasi reseptor ikatan membran,
enzim, dan meningkatkan permiabilitas jaringan.

3. Protein

ROS dapat menyebabkan pemutusan dari rantai protein, perubahan

electrical charge of protein, oksidan asam amino.

4. Sinyal transduksi

Respon inflamasi

II.3 Superoksida Dismutase (SOD)

Superoxide Dismutase (SOD) adalah metalloenzymes yang mengandung
atom tembaga, seng atau besi yang dibentuk dalam sitosol dan yang mengandung
mangan dibentuk didalam matrik mitokondria, cara kerjanya dengan
mengkatalisis dismutasi pada superoxide menjadi hydrogen peroxide dan oksigen,
hydrogen peroxide mudah untuk berdifusi melewati membran plasma. 18
Selanjutnya hydrogen peroxide diubah menjadi molekul air oleh enzim katalase
dan glutation peroksidase. SOD merupakan enzim antioksidan yang berefek
sangat kuat dan merupakan pertahan tubuh pertama dalam menghadapi radikal
bebas. Keberadaan SOD dapat ditemukan di otak, hati, sel darah merah, ginjal,
tiroid, testis, otot jantung, mukosa lambung, kelenjar ptuitari, pankreas dan paru.
SOD ditemukan pada seluruh makluk hidup yang penting bagi perlindungan
sistem aerobik untuk mencegah keracunan oksigen ( dan derivat radikal bebas
dalam oksigen). Aktivitas SOD dapat dijadikan acuan pengukuran stress oksidatif
dalam tubuh.19 Kadar SOD juga dpengaruhi oleh usia jika semakin tua makan
kadar SOD semakin menurun, selain itu juga dikendalikan oleh faktor genetic.

II.4 Jenis SOD

1. Cu, Zn SOD

Copper Zink Superoxide dismutase adalah protein dimerik dengan dua

subunit yang identik diikat secara non kovalen. Cu, Zn SOD berperan penting
sebagai sistem pertahanan tubuh terhadap radikal bebas. Terletak dalam
sitoplasma dan organel dengan ukuran 32.000 kDA.

2. Mn SOD

Bekerja sebagai antioksidan utama dalam menghambat kerja superoxide

dismutase di dalam mitokondria. Mn SOD berukuran 40.000 kDA yang terdiri
dari 4 subunit dengan atom mangan. Tipe ini disintesis terbanyak di cairan
ekstraseluler oleh beberapa sel saja, contohnya sel endotel dan fibroblast.

3. Fe SOD

Enzim yang banyak ditemukan pada prokariot, tumbuhan dan bakteri.

Terdiri dari tiga ion besi yang berikatan dengan tiga histidin, satu aspartat, dan
satu molekul air.

Reaksi katalisis SOD: M (n+1) -SOD + O2 - M n+ -SOD + O2 M n+ -SOD

+ O2 - + 2H+ M (n+1) -SOD +H2O2

BAB III
PEMBAHASAN

Dasar-dasar molekuler dan seluler radiosensitivitas sel sangatlah

kompleks, namun merupakan suatu hal yang penting untuk memiliki suatu uji
prediktif dalam memperkirakan dosis radiasi individual yang akan mengarahkan
pada hasil tindakan pengobatan dengan radioterapi yang lebih baik. Penelitian
dalam bidang ini berhubungan erat dengan aplikasi metode biokimia dan biologi
sel dalam onkologi radiasi, diagnostik dan terapi.

Enzim dari sistem pertahanan antioksidan merupakan komponen kunci

dari mekanisme pertahanan sel dan sistem perlindungan jaringan dari efek radikal
bebas reaktif yang membahayakan yang mempengaruhi genom dan biomolekul
lainnya dalam sel. Seperti diketahui, paparan sel terhadap radiasi pengion akan
menyebabkan pembentukan ROS yang berhubungan dengan sitotoksisitas akibat
radiasi. Setelah penemuan sekelompok enzim SOD, suatu penangkap radikal
superoksida, banyak penelitian diarahkan untuk mengetahui peranan radikal
superoksida ini dalam kerusakan radiasi dan mengambil tindakan protektif yang
mungkin dari SOD melawan radiasi. Mn-SOD dan Cu-SOD merupakan
antioksidan intraseluler kunci dalam metabolisme ROS. Mn-SOD berperan
penting dalam melindungi sel dari kerusakan ROS selama paparan terhadap
radiasi pengion. Meskipun MnSOD jelas terlibat dalam radioresistensi, masih
perlu penelitian lebih lanjut tentang peranan tekanan oksidatif mitokondria dalam
kerusakan radiasi.

Respon seluler diawali dengan deposisi energi selama radiasi melalui

target seluler yang sensitif dan menghasilkan kerusakan makromolekul oleh
ionisasi dan radikal bebas. SOD sebagai biomolekul dapat rusak oleh radikal
bebas dan aktivitas enzimatiknya secara nyata akan menurun. Praktek klinis dan
eksperimental menunjukkan bahwa terdapat respon yang bergantung dosis dan
waktu dalam efek radiasi dan perbedaan regional dalam proses kerusakan
(vulnerability) jaringan terhadap radiasi.

Di bawah kondisi normal, ROS dihilangkan dari sel dengan tindakan SOD,
katalase, atau glutathione (OSH) peroksidase. Kerusakan utama sel berasal dari
perubahan makromolekul yang diinduksi ROS seperti asam lemak politak jenuh
dalam lipid membran, protein essnsial, dan DNA. Di samping itu, tekanan
oksidatif dan ROS telah diimplikasikan dalam keadaan suatu penyakit seperti
Alzheimer, Parkinson, kanker, dan penuaan.

Mekanisme tepat yang bertanggung jawab terhadap efek radioprotectif

SOD belum diketahui, tetapi diduga SOD dapat menghambat patahan untai DNA
yang diinduksi oleh superoksida. Tentu saja, kenaikan radiosensitivitas terjadi jika
ada kekurangan enzim antioksidan.

III.1 Superoksida
Radikal bebas dalam tubuh dihasilkan dari proses metabolisme. Molekul
ini memiliki satu atau lebih elektron yang tidak berpasangan pas orbital
terluarnya. Radikal bebas memiliki reaktivitas tinggi terhadap molekul sehingga
memiliki daya perusak yang tinggi terhadap substansi biologis, seperti protein,
liprotein, DNA, karbohidrat, dan asam lemak (Matthews, 2013)

Gambar 4. Gambaran radikal bebas dalam tubuh manusia

Radikal bebas dapat berasal dari proses biokimia di dalam dan di luar sel,
selain itu juga dihasilkan oleh sel fagosit pada berbagai proses inflamasi. Dalam
proses biokimia, radikal bebas dibentuk secara terus menerus melalui proses
fosforilasi oksidatif pada respirasi sel. Salah satu radikal bebas endogen yang
terdapat di dalam tubuh adalah superoksida (O2-) (Matthew, 2013)
 Superoksida merupakan spesies hasil penambahan satu elektron pada O 2.
Radikal superoksida di dalam tubuh dihasilkan melalui proses enzimatik maupun
non-enzimatik, misalnya pada proses transpor elektron di dalam mitokondria,
reaksi hidroksilasi pada retikulum endoplasma, reaksi oksidasi xanthin,
autooksidasi katekolamin yang semuanya merupakan proses biokimia yang
penting untuk kelangsungan proses fisiologi tubuh (Matthew, 2013).

Gambar 5. Gambaran terbentuknya superoksida dalam tubuh

Pembentukan superoksida terjadi secara spontan, terutama pada

lingkungan aerob yang kaya akan elektron, misalnya di sekelililng membran
dalam mitokondria atau di lingkungan dimana rantai respirasi sel terjadi. Dua
buah molekul superoksida dapat mengalami dismutasi menjadi hidrogen
peroksida dan molekul oksigen, terjadinya reaksi ini dapat dipercepat dengan
adanya enzim superoksida dismutase (Matthew, 2013)

III.2 Superoksida Dismutase (SOD)

Peningkatan radikal bebas superoksida menyebabkan stress oksidatif,
yakni dalam kondisi ini diperlukan SOD untuk mengkatalisis perubahan
superoksida menjadi oksigen dan hidrogen peroksida. Keadaan ini dapat
menyebabkan aktivitas enzim SOD dalam sel menurun (Wresdiati dkk., 2008).
Superoxide dismutase (SOD) adalah salah satu enzim antioksidan primer. SOD
berfungsi sebagai enzim yang mengkatalisis proses dismutasi ion superoksida
(O2-) melalui reaksi oksidasi dan reduksi. Sisi aktif yang bertanggung jawab
terhadap terjadinya reaksi dismutasi ion superoksida pada SOD adalah inti logam
yang merupakan kofaktor protein SOD. Ion logam yang menjadi kofaktor SOD
adalah logam yang memiliki nilai valensi 2 atau lebih (Matthew, 2013).

Berikut adalah reaksi dismutasi ion superoksida (O2-) oleh SOD

SOD pertama kali ditemukan pada tahun 1969 oleh J. McCord dan I.
Fridovich. Pada manusia, terdapat tiga bentuk isozim SOD, yakni SOD yang
terletak di sitoplasma, mitokondria, dan ekstrasel. Berdasarkan kofaktor (logam),
SOD dibedakan menjadi 3 tipe utama, yaitu mengikat logam tembaga dan seng
(CuZnSOD), mengikat logam besi atau mangan (FeSOD dan MnSOD), dan
mengikat logam Ni (NiSOD). Bentuk isozim SOD pada sitoplasma dan cairan
ekstrasel memiliki inti logam Cu dan Zn, sedangkan isozim SOD pada
mitokondria memiliki inti Mn (wikipedia, id)
 Gambar 6. SOD pada lapisan membran mitokondria

III.3 Superoksida Cu-Zn (Cu-ZnSOD)

Tembaga, seng superoksida dismutase (atau Cu, Zn SOD) adalah enzim
oksidoreduktase yang bertanggung jawab untuk penghilangan dua tahap yang
sangat cepat dari radikal superoksida toksik terhadap oksigen molekul dan
hidrogen peroksida melalui reaksi redoks.

Gambar 7. Struktur dimer asimetri dari Gambar 8.Struktur 3D dari Cu-ZnSOD

Cu-ZnSOD
Tembaga dan seng - paling sering digunakan oleh eukariota, termasuk
manusia. Sitosol dari hampir semua sel eukariotik mengandung enzim SOD
dengan tembaga dan seng (Cu-Zn-SOD). Sebagai contoh, Cu-Zn-SOD yang
tersedia secara komersial biasanya dimurnikan dari sel darah merah sapi. Enzim
Cu-Zn sapi adalah homodimer dengan berat molekul 32.500. Struktur 3D Cu-
ZnSOD terdiri dari struktur 8 untai beta-barrel. Kedua subunit tersebut saling
terkait oleh interaksi hidrofobik dan beberapa elektrostatik. Ligan tembaga dan
seng adalah enam histidin dan satu rantai samping aspartat; Satu histidin terikat
antara dua logam (Astuti, 2009)

Enzim SOD berhubungan dengan radikal superoksida dengan secara

bergantian menambahkan atau mengeluarkan elektron dari molekul superoksida
yang ditemuinya, sehingga mengubah O2 menjadi salah satu dari dua spesies yang
kurang merusak: baik oksigen molekul (O2) atau hidrogen peroksida (H2O2).
Penurunan oksidasi superoksida SOD ini dapat ditulis, untuk Cu, Zn SOD, dengan
reaksi berikut:

Cu2+-SOD + O2 Cu+-SOD + O2 (reduction of copper; oxidation of

superoxide)
Cu+-SOD + O2 + 2H+ Cu2+-SOD + H2O2 (oxidation of copper;
reduction of superoxide)
III.4 Superoksida Mn (MnSOD)
MnSOD merupakan SOD yang memiliki kofaktor logam Mn. MnSOD
pertama kali diisolasi dari E. coli, dalam perkembangannya enzim ini ditemukan
pada mitokondria sel eukariotik. MnSOD merupakan metaloenzim yang
ditemukan di dalam semua organisme aerob dari bakteri sampai manusia, dan
bahkan anaerob. MnSOD dibagikan merata melalui sitoplasma di dalam sel
prokariotik. Pembentukan MnSOD diawali dengan pengkodean MnSOD oleh
kromatin nukleat dalam sel eukariotik. mRNA MnSOD berpindah ke sitosol.
MnSOD dibuat di ribosom dalam bentuk prekursor. Setelah ditranslasi, prekursor
MnSOD diangkut ke amtriks mitokondria. Mitokondria target dipotong oleh
protease secara berurutan, bergantung pada energi. MnSOD eukariotik berada
dalam matriks mitokondria (Luo, 2001)

MnSOD berfungsi sebagai enzim antioksidan primer yang melindungi sel

dari oksidasi dengan mengkatalisasi dismutasi superoksida (O 2-) menjadi
hidrogen peroksida dan oksigen di dalam mitokondria sel eukariotik. Pada
umumnya, mitokondria merupakan sumber utama dalam produksi O2-. Beberapa
penelitian mengindikasikan bahwa MnSOD berperan penting dalam melindungi
sel dari stress oksidatif dan menghambat pertumbuhan tumor (Luo, 2001)

MnSOD manusia bersifat homotetramer (dimer dari dimer), yang tiap

subunitnya terdiri dari dua domain. Sisi aktif kompleks logam dibentuk dari empat
sisi kunci protein. Subunit MnSOD terdiri dari dua domain, yakni ujung amino
dan karboksil, masing-masing berukuran 22 kDa. Pada ujung amino, terdapat dua
residu asam amino histidin yang berinteraksi dengan atom Mn. Sedangkan pada
ujung karboksil, dua asam amino yang berinteraksi dengan atom Mn adalah
aspartat dan histidin (Luo, 2001). Struktur protein MnSOD dapat dilihat pada
gambar :

Gambar 9.Struktur 2D MnSOD Gambar 10.Struktur dimer MnSOD

Mangan yang berada di sisi aktif melakukan transfer satu elektron antara
dua radikal bebas superoksida (O 2-). Sejumlah residu yang termasuk ke dalam
kelompok MnSOD sangat penting untuk fungsi katalitik. Aktivitas MnSOD
menurun pada pH alkali. Penelitian dasar mekanisme MnSOD katalisis telah
dijelaskan dari studi kinetik. Reaksi enzimatik oleh MnSOD terdiri dari reaksi
biomolekuler dengan siklus katalitik yang melibatkan dua setengah-reaksi yang
berbeda, dimana dalam reaksi oksidasi, substrat (O 2-) dioksidasi menjadi O2 dan
dalam reaksi reduksi, O2- diubah menjadi H2O2 (Luo, 2001).

Reaksi katalisis yang terjadi pada MnSOD adalah sebagai berikut:

 Gambar 11. Reaksi Katalisis MnSOD

III.5 Superoksida Fe (FeSOD)

Besi superoksida dismutase (FeSOD) adalah enzim yang ditemukan
terutama pada sel prokariotik di sitosol tanaman dan beberapa sel bakteri. Enzim
ini memiliki struktur protein yang mirip dengan superoksida mangan dismutase
(MnSOD).

Situs aktif Mn / FeSOD terletak di antara N dan C terminal Domain, dan

berbeda dari Cu, ZnSOD dengan mengandung Ion logam tunggal. Ion logam
Mn/FeSOD ini dikoordinasikan dalam trigonal tegang Geometri bipiramidal oleh
empat rantai samping asam amino, His26, His74, Asp159 dan His163 (urutan
manusia), dan oleh satu molekul pelarut, Seperti yang diamati dalam struktur
manusia berikut.
 Gambar 10. Struktur Mn/FeSOD

Mekanisme superoksida dismutase secara keseluruhan, dapat dilihat pada

reaksi

Pada reaksi tersebut, FeSOD juga memiliki mekanisme peroksidatif yang paralel
dimana terjadi pengurangan Fe3 + SOD oleh H2O2 yang lebih cepat dari pada
reaksi yang sesuai dari H2O2 dengan Fe2 + SOD. Hal ini dikarenakan adanya
reaksi besi bebas Hidrogen peroksida yang menyebabkan reaksi Fenton. Aktivitas
yang besar pada FeSODs telah melibatkan redox tuning dan perubahan geometri
dan dinamika penghambatan dengan berbagai anion seperti Azide.

Pada bakteri, sitoplasma Mn dan FeSOD memiliki defensif yang berfungsi

melindungi sel dari ROS, dan ada indikasi bahwa dalam bakteri patogen mungkin
memiliki fungsi tambahan yakni dapat menginfeksi dan menjajah host bakteri
tersebut. MnSOD mitokondria eukariotik sangat dibutuhkan karena sebanyak 90%
ROS seluler dapat dihasilkan dalam organel ini. Selain itu, DNA mitokondria
sangat rentan terhadap kerusakan oksidatif, akibat tingkat metabolisme oksigen
yang ekstrem. Fungsi seluler penting untuk MnSOD mitokondria karena apabila
terjadi kekurangan MnSOD menyebabkan kardiomiopati dilatasi, hati Akumulasi
lemak, cacat mitokondria dan kematian neonatal awal.

Studi struktural membantu menentukan mekanisme molekuler dibalik

katalisis dan penghambatan produk radikal oleh MnSOD dan FeSOD. Dalam
Struktur Mn / FeSOD rantai polipetida terbagi menjadi N-terminal Heliks dan
domain C-terminal / . Domain N-terminal Menengahi multimerisasi, dengan
sebagian besar struktur bakteri Membentuk dimer. pembentukan dimer dimer ini
akan menghasilkan dua bundel empat heliks simetris.
 Superoksida mencapai situs aktif melalui corong yang menggunakan
elektrostatika untuk diarahkan ke pintu masuk situs aktif, yang membatasi akses
hanya untuk ion kecil saja.

Reaksi katalitik Mn / FeSOD membutuhkan reaksi antara Mn / Fe2 + dan

Mn / Fe3 + . Sedikit mekanisme yang berbeda telah diusulkan untuk reaksi
katalitik, salah satunya dikenal sebagai mekanisme reaksi 5-6-5, di mana
logamnya berada lima terkoordinasi dalam keadaan istirahat dan enam
terkoordinasi saat Anion terikat. Dalam model ini, superoksida diperkirakan
mengikat dengan cara yang sama seperti inhibitor anionik, seperti fluorida,
Hidroksida dan azida. Mekanisme yang diusulkan keduanya yakni perpindahan
asosiatif didasarkan pada suhu yang bergantung penyerapan atau termokromisme
kompleks anion MnSOD. Didalam mekanisme enzim terikat inhibitor tidak aktif
adalah enam terkoordinasi, Sedangkan bentuk aktif tetap berkoordinasi lima,
substrat yang mengikat akan menyebabkan perpindahan salah satu ligan mangan.

Aktivitas FeSOD bergantung pada struktur Mn / FeSOD dalam kompleks

dengan superoksida. Untuk membantu menggambarkan mekanisme mekanisme
yang diusulkan yakni ditandai MnSOD mampu meningkatkan penghambatan
produk radikal. Hambatan produk ini dapat membedakan MnSOD dari FeSOD,
sebagai penonaktifan aktif, Situs FeSOD terjadi sebagai gantinya melalui kimia
Fenton.Penghambatan produk ini oleh MnSOD kemungkinan besar penting untuk
mencegah kelebihan produksi hidrogen peroksida toksik pada sel eukariotik.
 Situs aktif Mn / FeSOD berisi jaringan ikatan hidrogen yang meluas dari
molekul pelarut yang terikat logam. Jaringan ikatan hidrogen ini telah disarankan
untuk disokong transfer proton dalam katalisis ini akan menjadi sarana bagi
keduanya memberikan proton ke situs aktif dan mengatur pKa dari Air di situs
aktif. Selain itu, adanya jaringan ikatan hidrogen mempengaruhi aktivitas dan
stabilitas enzim, meskipun perubahan ini hanya menyebabkan perubahan
struktural minimal terhadap aktivitas aktif.

III.6 Superoksida Ni (NiSOD)

Nikel Superoksida dismutase (NiSOD) telah diisolasi dari sejumlah bakteri
Streptomyces dan dari Cyanobacteria. Struktur NiSOD memiliki bentuk
heksamerika dengan berat molekul kira-kira 80.000 Dalton, di mana setiap unit
monomerik berisi seperti "kait nikel." Setiap nikel terikat oleh rantai peptida kecil
dengan ikatan ligan yang terdiri dari dua Amida, satu dari terminal N dan satu dari
Sistein 2, dua tiolates, satu dari sistein 2 dan satu lagi Sistein 6, dan imidazol dari
histidin 3. SOD ini berbeda dengan SOD yang lain dimana ligan pengikatnya
adalah selain histidin, Aspartat dan air / hidroksida. Selain itu, satu perbedaan
yang signifikan antara NiSOD dan SOD lainnya adalah kurangnya kekuatan ionik
terhadap konstanta laju katalitik, menunjukkan ada kebutuhan terbatas untuk
menghasilkan elektrostatik.

NiSOD awalnya diidentifikasi dalam Streptomyces dan Cyanobacteria,

namun data mining menunjukkan bahwa NiSOD terjadi tidak hanya pada spesies
aktinobakteri yang umum ditemukan pada tanah dan kelautan lingkungan, tapi
juga proteobakteri yang termasuk penting spesies patogen, chlamydiae intraselular
obligat obligat dan ganggang hijau eukarya. NiSOD adalah protein amino ~120
Asam, mengandung 14 asam residu N-terminal. Kehadiran Ni pada SOD mampu
mempromosikan pembentukan tetramerik spesies .

Struktur NiSOD mengandung lipatan, rakitan dan tempat aktif yang unik
diantara SODs. NiSOD membentuk bundel 4-helix dengan ikatan yang
berhubung ke dalam struktur homoheksamerika bola dengan diameter luar Sekitar
60 dan rongga dalam 20 dalam.
 Gambar 11. Struktur NiSOD

Setiap subunit berisi struktur seperti hook-terminal N yang diproyeksikan

dari empat bundel helix dan khelat ion Ni tunggal. Jarak terdekat antara dua ion
Ni adalah 23 , yang sebelumnya disarankan situs aktif Ni-Ni yang dinuclear.
Motif sembilan residu, His-Cys-X-X-Pro- Cys-Gly-X-Tyr, membentuk struktur
kait baru dan urutan ini menyediakan hampir semua interaksi kunci untuk kedua
khelating Ion Ni dan untuk katalisis. Menariknya, Baik keadaan Ni3 + teroksidasi
dan keadaan Ni2 + yang tereduksi yang diamati dalam studi struktural, Ni2 +
memiliki empat koordinat Geometri planar persegi, dengan ligasi oleh atom
nitrogen dari His1 dan Cys2, dan rantai samping tiolat dari Cys2 dan Cys6. Ni3 +
memiliki lima koordinat Geometri piramidal, dengan aksial ligasi oleh rantai sisi
His1. Ligasi oleh nitrogen rantai utama dari His1 menjelaskan mengapa
proteolitik digunakan untuk membebaskan His1 yang sangat penting untuk
aktivitas. Terlepas dari evolusi independennya, NiSOD menggunakan strategi
mirip dengan kelas SOD lainnya karena membatasi akses ke situs aktif. Akses
superoksida pada SOD lain dikontrol dengan menggunakan kombinasi kendala
ukuran dan elektrostatik selain tirosin sebagai gatekeeper pada Mn / FeSOD. Di
NiSOD, saluran situs ini juga dibatasi aksesnya ke situs logam katalitik.
Kelompok lysine membantu mengatur elektrostatik, dan fungsi Tyr9 sebagai
gatekeeper. Seperti pada SOD lainnya, lingkungan protein di NiSOD disesuaikan
potensi titik tengah ion logam ke dalam kisaran yang sesuai untuk dismutinasi
superoksida. Namun, ligasi logam berbeda dalam NiSOD, karena ion Ni tidak
terikat molekul pelarut yang terkait dengan suplai proton dan redoks tuning
seperti MnSOD / FeSOD. Sebagai gantinya, aksial ligannya lah yang disukai Ni3
+, dan ligan sistein juga diamati di sisi lain sebagai karakteristik enzim aktif
redoks-aktif yang kemungkinan berfungsi untuk mengurangi potensi redoks.

Usulan mekanisme molekuler NiSOD substrat yang mengikat NiSOD

belum dapat diamati dalam metode berbasis enzim. Di NiSOD, ada dua
mekanisme diusulkan untuk mengatasi ROS. Pertama, mekanisme bola dalam
yang dikemukakan dari penemuan topografi situs aktif dan geometri ligan logam
dari struktur NiSOD S. coelicolor. Superoksida diusulkan untuk mengikat Ni
aksial terbuka yang posisinya berkoordinasi berlawanan dengan rantai sisi His1
dan di basis dari saluran situs aktif transfer elektron dari Ni2 + ke substrat
superoksida ditambah dengan transfer protein, yang kemungkinan besar berasal
dari amida Asp3 atau Cys6, atau rantai sampingnya Hidroksil dari Tyr9. Setelah
oksidasi Ni, situs aktif mengkonversi menjadi persegi geometri piramida dan
superoksida lagi mengikat secara aksial ke ion Ni. Transfer elektron dari
superoksida mengurangi Ni3 + menjadi Ni2 + dan menghasilkan molekul oksigen
untuk menyelesaikan siklus katalitik. Kedua, mekanisme yang baru-baru ini
diusulkan memiliki reaksi umum yang sama yakni siklus bola luar. Mekanisme ini
didasarkan pada struktur kristal Y9F NiSOD mutan dengan ion klorida terikat,
yang disarankan untuk meniru pengikatan substrat superoksida atau inhibitor
azida. Klorida Ion terletak di antara amida Asp3 dan Cys6 dan itu terjadi tdak
langsung berligasi dengan ion Ni.

Pada redoks nikel yang aktif rincian mekanismenya masih harus terurai,
sebagian besar karena kompleksitas membuat nikel redoks aktif dengan
Superoksida.
 BAB IV
PENUTUP

IV.1 Kesimpulan
4.1.1 Superoksida dismutase merupakan suatu metalloenzymes yang mengandung
atom tembaga, seng atau besi yang dibentuk dalam sitosol dan yang mengandung
mangan dibentuk didalam matrik mitokondria yang berfungsi sebagai antioksidan
untuk menangkal radikal bebas.
4.1.2 SOD berperan sebagai penangkap radikal superoksida. SOD mengkatalisis
reduksi anion superoksida menjadi hidrogen peroksida.