XXXX 2me anne Licence Bim

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PROJET BASE DE DONNEES

GESTION DUN LABORATOIRE DE
RECHERCHES

Cahier des charges

 Sommaire

I) Prsentation du sujet

1. Motivation et objectif global

2. LES BESOINS DE LUTILISATEUR
3. Les limites du sujet

II) Description des besoins et des

contraintes

III) Rponses aux attentes de

LUTILISATEUR

1. Consultation des donnes

2. Mise jour des donnes
 I) Prsentation du sujet

1. Motivation et objectif global

Le fonctionnement des laboratoires de recherche se droule dans un environnement

de plus en plus complexe. On constate la multiplication des tutelles, des origines des crdits
et dotations, une grande diversit des statuts des personnels, parfois aussi des localisations
gographiques multiples pour une unit, et encore des quipes relevant de plusieurs units
hberges sous un mme toit. A cela sajoute le nomadisme de plus en plus courant :
dplacements, missions, enseignants-chercheurs chargs de cours sur des campus loigns
de leur laboratoire

Dans le mme temps, le laboratoire doit tre de plus en plus ractif aux demandes
de sa ou ses tutelles : enqutes, statistiques qui ont chacune leurs propres caractristiques.
Lunit de recherches doit aussi assurer la communication et donc la gestion de ses
publications, de ses travaux et de ses rsultats.

La gestion de linformation devient un enjeu majeur pour le fonctionnement quotidien et

pour lavenir des units de recherche.

Les tches qui en relvent sont souvent complexes, parfois fastidieuses, et requirent
la collaboration de plusieurs acteurs, qui appartiennent ou non, lunit. Elles augmentent la
charge de travail des directeurs dunit, des responsables dquipe et de projet, ainsi que des
services administratifs. Commentaire [L1]: Couper/coller dun
document sur internet :
http://www.google.fr/url?sa=t&source=we
b&cd=1&ved=0CB0QFjAA&url=http%3A%2
F%2Fwww-
2. LES BESOINS DE LUTILISATEUR id.imag.fr%2FLaboratoire%2FMembres%2F
Prevost_Joelle%2FMission-
SI.doc&rct=j&q=Le%20fonctionnement%20
des%20laboratoires%20de%20recherche%
Pour rpondre aux multiples besoins de lutilisateur, il faut donc tre capable de 20se%20d%C3%A9roule%20dans%20un%2
concevoir, crer et maintenir un systme dinformation qui rassemble toute linformation 0environnement%20&ei=iuXATY-
cGY6xhAf4742_BQ&usg=AFQjCNG0uHeGla
ncessaire la vie du laboratoire, qui le rende accessible aux acteurs, permette sa mise LYC6t6Ic4jA97DSBQEog&sig2=-
jour en continu, et son exploitation sous des formes multiples. pHHy28Yxb5Kp9V1Bb-Zfg&cad=rja

Cest pour cela que jai dcid crer une base de donnes modlisant la gestion des Commentaire [L2]: idem
vous auriez du citer plutt que recopier !!
laboratoires de recherches.
Au niveau macroscopique, lutilisateur de multiples besoins.
Tout dabord du point de vue de la disponibilit des chercheurs, avec la cration de cette
base de donnes, il devrait tre possible davoir accs leurs fonctions lintrieur mais
aussi lextrieur du laboratoire (enseignant-chercheur, doctorant).
De plus, on doit pouvoir avoir accs aux diffrentes rservations, quelles concernent
le matriel, les paillasses ou bien les salles. Il faut pouvoir les grer automatiquement et ne
pas effectuer deux rservations pour un mme objet.
Cette base de donnes doit permettre aussi la gestion du planning des runions de
laboratoire qui ont lieu une fois par semaine. A chaque runion, deux chercheurs tour de
rle prsentent lvolution de leur projet.
 Bien sr, cette base de donnes doit aussi permettre de grer les stocks de produits
et les commandes. En effet, lutilisateur doit pouvoir rapidement se renseigner sur la
disponibilit et le lieu dun certain produit au sein de son laboratoire, ou encore, lutilisateur
doit pouvoir vrifier la compatibilit de certains produits pour raliser des exprimentations.
Aussi, on doit pouvoir grer les informations concernant lanimalerie et retrouver
facilement chacun des PEA (Protocole Exprimental Animalier).
En conclusion, cette base de donnes doit couvrir la majorit des interactions au sein du
laboratoire afin de facilit la fluidit et la russite des projets. Commentaire [L3]: pas mauvaise vue
macroscopique

3. Les limites du sujet

Le sujet que jai choisi est bien sur trs large, il a donc fallu que je pose des limites
dans llaboration de ma base de donnes.

En effet, on supposera quun laboratoire a une adresse donne et de ce fait il ne possde

pas plusieurs localisations. Par exemple, le laboratoire ayant pour nom Centre de
recherche IBS situ a Nice sera diffrent du laboratoire Centre de recherche IBS situ
Toulouse. Ces deux laboratoires, pourtant appartenant la mme enseigne, seront
considrs comme deux laboratoires distincts.

Aussi, dans notre sujet nous traiterons les problmes majoritairement lintrieur
dun laboratoire et non entre les diffrents laboratoires. De plus, nous nous intresserons
des sujets bien prcis comme par exemple les stocks des diffrents produits utiliss
(ordonns par catgories : produits chimiques, enzymes, consommables, culture ) pour
effectuer diverses expriences, la gestion de lanimalerie et des commandes, la rservation
des salles et du matriel et le statut des chercheurs.

En effet, si javais largi mon travail, jaurais pu traiter les publications, les colloques, les
budgets et les contrats en cours avec dautres laboratoires mais cela aurait gnr une base
de donnes beaucoup trop importante et complexe. Cest pourquoi, je me suis limit la
conceptualisation des problmes au sein du laboratoire afin de permettre un meilleur
fonctionnement du travail en groupe. Commentaire [L4]: cela devrait tre en
tte
 II) Description des besoins et des
contraintes Commentaire [L5]: cela aurait t bien
dindiquer les sources

On dsire grer une base de donnes des laboratoires de recherche. Commentaire [L6]: les points traits
semblent un peu partir dans tous les sens.
Un laboratoire a un nom, une adresse, une ville, un numro de tlphone, une adresse e- Cependant le contenu a lair raisonnable en
mail et un site internet. Un laboratoire est identifi par son nom et son adresse, on indiquera terme quantitatif : voir
limplmentation
alors pour chacun un identifiant. De plus, pour un laboratoire donn il sera renseign le
nombre de chercheurs qui travaillent au sein de celui-ci. Commentaire [L7]: calcul ?
Un chercheur a un nom, un prnom et un ge ; pour simplifier, on pourra identifier chaque
chercheur par un numro. Un chercheur appartient donc un laboratoire mais plusieurs
chercheurs peuvent appartenir au mme laboratoire.
Au sein dun laboratoire, un chercheur peut avoir diffrents statuts.
Il peut tre enseignant-chercheur et dans ce cas, il faudra renseigner lcole ou luniversit
dans laquelle il enseigne, ladresse de celle-ci et le nombre dheures quil effectue.
Il peut aussi tre doctorant, il faudra alors faire apparaitre le sujet de sa thse et la date de
dbut et de fin de celle-ci.
Enfin, il peut tre ingnieur dans un certain secteur de gestion et avec un certain type de
contrat (CDI/CDD).
Mais un chercheur peut aussi nappartenir aucun de ces statuts et exercer uniquement le
mtier de chercheur, dans ce cas, il napparaitra pas dans les cas cits ci-dessus.
Aussi, un chercheur peut avoir une certaine responsabilit. En effet, il peut avoir le
statut de responsable par rapport une certaine tche. Dans ce cas, il faudra renseigner
lidentifiant du chercheur concern, lquipe laquelle il appartient et la tche dont il est
responsable (quipe, produits, rangement, vrification culture).
Une quipe est compose de diffrents chercheurs qui appartiennent un certain
laboratoire. Une quipe ne peut pas tre compose de chercheurs qui nappartiennent pas
tous au mme laboratoire.
Une quipe est gre par un et unique responsable et le nombre de personnes qui la
compose doit tre renseign.
De plus, une quipe peut travailler sur un projet mais plusieurs quipes peuvent travailler
ensemble sur le mme projet et linverse, une quipe ne peut pas travailler en mme
temps sur diffrents projets. Un projet doit comporter un sujet, une date de dbut, un
nombre de publications et son statut (en cours, termine). Un projet comporte aussi une
exprience type.
Une exprience est caractrise par son but, sa dure de prparation, sa dure
dincubation, son rsultat sil est positif et le projet dans lequel elle est utilises. On
supposera que deux projets ne peuvent pas utiliser une mme exprience car les sujets sont
diffrents et ne traitent pas des mmes problmes.
La disponibilit des produits est organise selon cinq sous ensembles.
Le premier sous ensemble est celui des cultures cellulaires qui sera identifi par son nom, sa
concentration, sa localisation dans le laboratoire, le nombre restant, le numro de la
commande en cours (si elle existe) et le responsable de ce produit. Un chercheur peut tre
responsable de plusieurs produits, mais il nexiste quun seul responsable par produit.
Ensuite, le sous ensemble des produits chimiques est caractris par le nom, la
concentration, les contre indications importantes, la temprature dutilisation et l aussi par
la localisation, le stock, la commande en cours et le responsable.
Lensemble des consommables, c'est--dire du matriel est caractris par un nom, une
contenance ou une taille. Par exemple pour une pipette ce sera une contenance (10 ,20 ,30
L) mais pour des gants ce sera une taille (S/M/L/XL). Les consommables sont aussi
identifis par une matire et bien sur par la localisation, le stock, la commande en cours et le
responsable.
Ensuite, le matriel de biologie molculaire est regroup en un seul ensemble. Ceux-ci
doivent contenir un nom, et leur localisation dans le laboratoire, le stock, la commande en
cours et le responsable.
Enfin, les enzymes de restrictions forment le dernier sous ensemble. Afin de les conserver
sur du long terme, les laboratoires les placent dans des containers riches en Azote. Le stock
denzyme de restrictions est trs important, ils sont donc ordonns mthodiquement dans les
containers. Un enzyme de restriction doit alors possder un nom, un numro de container,
un numro de bac et un numro de boite pour dterminer sa localisation. Il doit bien sur
comporter une concentration, le nom de son tampon, la temprature acceptable pour son
utilisation et enfin, comme le reste des produits du laboratoire le stock, la commande en
cours et le responsable.
Pour ces cinq sous ensembles, on doit tre capable dassocier les produits et les
expriences. Or plusieurs produits peuvent tre utiliss dans plusieurs expriences. Pour
chaque produit, on devra spcifier le laboratoire auquel il appartient, et lidentifier par un
numro unique.
Aussi, pour pouvoir grer le temps et viter lattente pour lutilisation des paillasses,
des htes ou des microscopes, il faut grer les rservations. Une rservation est dfinie par
un numro, le matriel utilis, le chercheur ayant effectu la rservation, la date, lheure, la
dure et le laboratoire.
De plus, il faut aussi organiser la gestion des commandes. Une commande est
caractrise par un numro de commande, le sous ensemble de produits concern,
lidentifiant du produit, la date de commande, la date de livraison, le laboratoire et le
fournisseur.
Un fournisseur lui est identifi par son nom, son adresse, son numro de tlphone et son
adresse e-mail. On prcise aussi que plusieurs fournisseurs peuvent travailler avec diffrents
laboratoires.
Aussi, tous les laboratoires possdent une animalerie. Ici, pour simplifier on dcidera
quelle ne contient que des souris. En effet, lanimalerie est caractrise par un numro de
cage, le laboratoire, un nombre souris, si ce sont des males ou des femelles et le numro du
PEA correspondant.
Chaque PEA contient lui, un numro, une date, une mention et une observation sil y en a
une.
Enfin, au sein du laboratoire se droule une runion chaque semaine pour apprendre
et changer sur les diffrents projets. Au cours de celles-ci, les chercheurs prsentent leur
sujet par deux chaque runion. Une runion de laboratoire est donc dfinie par le
laboratoire, la date, lheure, la salle et le nom des deux chercheurs concerns.
 III) RpONSES AUx ATTENTES DE LUTILISATEUR Commentaire [L8]: le nombre de
requtes a lair consistant mais cest vrai
que lventail des questions souffre dun
manque de logique : comme dit plus haut,
un peu trop de thmes diffrents
1. Consultation des donnes

Dans un premier temps, les utilisateurs auront besoin daccder aux donnes selon
diffrentes contraintes. En voici quelques cas de figure :

- Elise travaille sur un projet dans un laboratoire Paris, laide de la base de donnes
elle voudrait retrouver tous le nom, le numro et les adresses mails des laboratoires
prsents sur Paris afin de pouvoir changer avec eux.
- Marc est luniversit de Sciences de Nice, il souhaite retrouver tous les chercheurs
qui enseignent dans celle-ci car il aimerait effectuer un stage dans un de leurs
laboratoires.
- Michelle est responsable des doctorants de lanne 2009, elle souhaite organiser une
runion dinformations pour les tudiants de Master. Elle dsire donc obtenir les noms
des doctorants qui ont commenc leur thse en 2009 dans un laboratoire Marseille.
- Pascal, chercheur en cardiologie, est en dplacement pour une visite dans un
laboratoire Nantes. Il souhaiterait obtenir les noms des membres de lquipe qui
traite le sujet Apport de lchocardiographie dans le dysplasie qui lintresse
normment, afin de les rencontrer.
- Ludovic a fait une visite dans le laboratoire Centre de gntique molculaire o il
a t trs satisfait et intress par de nombreux produits quil ne possde pas dans
son laboratoire. Il aimerait donc obtenir le nom et le numro de tlphone des
fournisseurs de celui-ci.
- Le directeur du laboratoire Laboratoire denzymologie et de biochimie structurale
souhaite faire une valuation de lvolution des diffrents projets de son laboratoire.
Pour cela, il souhaite obtenir tous les noms des responsables des diffrentes quipes
afin de les contacter pour organiser une runion.
- Mnage de printemps dans le laboratoire Station de gntique vgtale ! Le
responsable souhaite obtenir la liste des produits, des diffrentes catgories, en stock
(quantit suprieure ou gale 1) et la quantit correspondante afin dtablir
linventaire de ses produits.
- Deux laboratoires travaillant approximativement sur les mmes sujets se rendent
compte dune grande diffrence de matriel aprs linventaire de leur stock. En effet
le laboratoire A possde beaucoup plus de stock de biologie molculaire que le
laboratoire B. Pour constater cette diffrence et surtout la comprendre ils aimeraient
faire afficher les produits prsents dans les stocks de A qui ne le sont pas dans les
stocks de B.
- Un laboratoire souhaiterait afficher le nom des chercheurs qui ne sont ni enseignant,
ni doctorant, ni ingnieur.
Plusieurs laboratoires ont demand que la base de donnes corresponde diffrents
exemples dattentes.

Le laboratoire Signalisation, neurobiologie et cancer souhaite pouvoir :

- Afficher la liste des expriences effectues dans son laboratoire

- Afficher les noms des deux chercheurs qui prsenteront la runion de laboratoire du
Jeudi 18 Mai 2011.
- Un chercheur veut effectuer une exprience. Il recherche donc les produits dont il a
besoin, pour vrifier leurs disponibilits. Les antibiotiques appartenant aux cultures
cellulaires ne sont plus en stock. Elle souhaite donc afficher la commande
correspondante afin de visualiser la date de livraison pour pouvoir planifier son
exprience.
- En continuant sa recherche elle constate que la soude (produit chimique) nest plus
disponible non plus, or aucune commande nest en cours. Elle aimerait donc obtenir
le nom du responsable de ce produit pour lui signaler cet oubli.

Le laboratoire Institut de biologie des plantes espre pouvoir rpondre ce genre de

problmes :

- Un chercheur se rend compte que pour suivre la lettre le protocole de son

exprience, il doit obligatoirement utilis le microscope 6 le lendemain (Mardi 3 Mai
2011) sinon elle devra tre reproduite la semaine suivante. Or celui-ci est dj
rserv toute les horaires pour ce jour, pour rsoudre ce problme, il souhaite
obtenir les noms de toutes les personnes ayant rserv ce microscope afin de
sarranger avec eux.
- Une runion de laboratoire se droule chaque semaine. Marcel Pivot, un chercheur
aimerait pouvoir vrifier la date de son passage afin de pouvoir l a prparer
sereinement.
- Le responsable des stocks de consommables voudrait afficher le nom des produits
dont la quantit est infrieure 2 afin de prvoir les prochaines commandes.
- Un chercheur utilise les enzymes en double digestion, avec une seule rgle : les deux
enzymes doivent avoir le mme tampon.
Par exemple, on utilise un enzyme nomm EcoRI avec comme tampon Ass2
et on aimerait trouver la liste des enzymes utilisant le mme tampon afin deffectuer
plus rapidement lexprience.
- Les enzymes sont conservs dans des containers riches en Azote. Afin de les
retrouver plus facilement dans notre laboratoire, il doit tre possible deffectuer une
recherche avec le nom de lenzyme grce laquelle on obtiendra la localisation de
celui-ci.
- Le directeur du laboratoire souhaite obtenir la liste de tous les ingnieurs dont le
secteur de gestion est bioinformatique et qui sont en CDD afin de les convoquer.
 Le laboratoire ASP Industrie souhaite en particulier amliorer la gestion de son
animalerie car en manque de personnel celle-ci manque de structure. Voici leurs
principales demandes :

- Grce cette base de donnes, ils souhaiteraient pouvoir compter le nombre de

cages de souris femelles et de souris males afin de pouvoir effectuer des statistiques
sur les croisements possibles.
- La base de donnes doit leur permettre daccder aux informations prsentes dans le
PEA correspondant la cage concerne.
- Par exemple, le responsable de lanimalerie doit effectuer un vaccin aux souris de qui
sont prsentes dans le laboratoire depuis plus de 2 mois. Il aimerait donc pouvoir
afficher les numros de cage o la date darrive des souris est antrieure au
28.02.2011.

2. Mise jour des donnes

Outre le fait de pouvoir consulter certaines donnes cibles, la base de donnes

aussi pour but de faciliter la mise jour des donnes prsentes. Voici quelques exemples
dapplications :

- Ajouter une information dans le descriptif dun chercheur, par exemple un numro de
tlphone ou le sexe.
- Le laboratoire Signalisation, neurobiologie et cancer reoit la commande quil
avait effectu. Tous les produits chimiques ntant plus disponibles sont maintenant
en quantit de cinq.
- Les souris de la cage n65 sont toutes mortes pendant la nuit. Il faudrait donc
pouvoir supprimer les informations de la cage correspondante ainsi que le PEA
correspondant.
- Suite un empchement, le directeur de laboratoire est contraint de dcaler lheure
de la runion. Il faut donc augmenter de deux heures lheure de la runion du Jeudi
26 Juin 2011.
- Aprs les nombreux progrs des ingnieurs en bioinformatique, le directeur souhaite
leur accorder une promotion. Tous les ingnieurs, en CDD, dans le secteur de gestion
Bioinformatique sont maintenant en CDI.
- Aprs une tude, le laboratoire Institut de biologie des plantes se rend compte
que lenzyme Asp25 na t utilis quune seule fois dans les expriences au cours
des trois dernire annes. Il souhaiterait donc grce cette base de donnes pouvoir
supprimer toutes les informations concernant cette enzyme car il ne compte plus
lavoir dans leur laboratoire.