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Parte 1: procesos
Leonardo
Erijman
Conceptos
y
Tcnicas
de
Biotecnologa
2do
cuatrimestre
2013
1
El
problema
de
la
contaminacin
2
Que
hacer?
IdenCcar
el
problema
Ventajas
de
la
biorremediacin
Menor
costo
que
otras
alternaCva
Costo
de
incineracin
para
todos
los
siCos
en
EEUU:
$1.7.1012
Se
trata
en
general
de
una
solucin
permanente
Muchas
veces
se
logra
mineralizacin
en
lugar
de
transferencia
entre
fases
3
Anlisis
previos
sustrato transformacin
Compuesto qumico
Compuesto modificado
(contaminante)
pero no completamente
CELULA
eliminado
aceptor de Sistemas
electrones enzimticos
Oxgeno
Nitrato mineralizacin
Sulfato
hierro (III) nutrientes Contaminante destrudo
otros formacin de CO2 + H2O
Nitrgeno
fsforo
metales (trazas)
5
Reacciones
catalizadas
por
microorganismos
Deshalogenacin: un tomo de cloro es remplazad por un tomo de
hidrgeno Cl2C = CHCl + H+ ClHC = CHCl + Cl-
Hidrlisis: ruptura de una molcula orgnica con adicin de agua
RCOOR + H2O RCOOH + ROH
Clivaje: Divisin de una cadena orgnica en dos segmentos
RCOOH RH + CO2
Oxidacin: Reaccin con formas nucleoflicas de oxgeno (H2O, OH-)
CH3CHCl2 + H2O CH3CCl2OH + 2H+ + 2e-
Reduccin: Reaccin con formas electroflicas de hidrgeno (H+)
CCl4 + H+ + 2e- CHCl3 + Cl-
Deshidrohalogenacin
CCl3CH3 CCl2CH2 + HCl 6
Vas
catablicas
http://umbbd.msi.umn.edu/index.html
Microbial biocatalytic reactions and
biodegradation pathways
188 pathways
1293 reacciones
1199 compuestos
833 enzimas
467 microorganismos
50 grupos funcionales orgnicos
7
MlDples
vas
catablicas
Diversidad
en
la
biodegradacin
de
tolueno
8
Diagrama
de
biorremediacin
Bioremediation
in situ ex situ
Biostimulation Bioaugmentation
9
Zona
no
saturada
y
agua
subterrnea
10
Factores
que
afectan
el
transporte
de
agua
y
nutrientes
en
la
subsupercie
Permeabilidad
CanCdad
de
espacio
libre
Facilidad
con
que
los
udos
se
(poro)
por
volumen
de
material
mueven
a
travs
del
material.
Indica
el
volumen
de
reserva
en
Es
funcin
del
tamao
de
poro
11
funcin
del
tamao
y
textura
Distribucin
del
contaminante
CaractersCcas
que
determinan
la
parCcin
en
la
subsupercie
y
en
consecuencia
en
que
grado
va
a
ser
aplicable
la
biorremediacin:
1.
Solubilidad
2.
Adsorcin
3. VolaClidad
4. NAPL
12
Moa
HV
2002.
Advances
in
Environmental
Research
6,
577593
Procesos
que
afectan
la
disponibilidad
de
materia
orgnica
en
suelos
13
Andreoni
&
Gianfreda,
Appl
Microbiol
Biotechnol
(2007)
76:28730
Caracterizacin
de
los
aceptores
de
electrones
En
acuferos,
suelos
y
sedimentos
predominan
condiciones
anxicas
14
Biorremediacin
in
situ:
1.
BiovenDng
Inyeccin
forzada
de
aire
para
aumentar
la
concentracin
de
oxgeno
y
esCmular
la
comunidad
microbiana
autctona
15
Biorremediacin
in
situ:
Ventajas
1.
BiovenDng
Equipamiento
simple
Mnima
perturbacin
del
siCo.
Puede
usarse
en
reas
inaccesibles
(debajo
de
edicios)
Tratamiento
corto
(6
meses
a
2
aos)
bajo
condiciones
pCmas
Costo
compeCCvo
($50-150/ton)
CompaCble
con
otras
tecnologas
(air
sparging)
No
requiere
costosos
tratamiento
de
gases
Desventajas
Altas
concentraciones
de
contaminantes
puede
ser
txicas
para
los
microorganismos
No
aplicable
a
suelos
de
baja
permeabilidad,
con
alto
contenido
de
arcilla
No
siempre
se
obCene
muy
alto
estandar
de
remediacin
16
Biorremediacin
in
situ:
1.
BiovenDng
Proceso
de
airear
suelos
para
esCmular
acCvidad
biolgica
in
situ
y
promover
biorremediacin
en
la
zona
no
saturada
17
La
permeabilidad
del
suelo
es
crDca
18
Biorremediacin
in
situ:
2.
Biosparging
Proceso
de
airear
suelos
para
esCmular
acCvidad
biolgica
in
situ
y
promover
biorremediacin
en
la
zona
saturada
19
Biorremediacin
in
situ:
2.
Biosparging
Ventajas:
Equipamiento
simple
Mnima
pertutbacin
del
siCo
Tratamiento
corto
(6
meses
a
2
aos)
Costo
compeCCvo
Aumenta
la
efecCvidad
del
air-sparging
aumentando
el
rango
de
hidrocarburos
tratados
No
requiere
transporte,
almacenamiento
o
descargas
en
acufero
Baja
inyeccin
de
aire
minimiza
la
necesidad
de
captura
y
tratamiento
de
vapores
Desventajas
Limitado
a
acuferos
no
connados
Algunas
interacciones
entre
procesos
qumicos,
isicos
y
biolgicos
no
son
comprendidos
adecuadamente
Falta
de
ensayos
de
laboratorio
para
establecer
parmetros
de
diseo
Posibilidad
de
inducir
la
migracin
de
consCtuyentes
20
Complementacin
con
tcnicas
Tsicas
y
qumicas
Pozo
de
Pozo
de
inyeccin
Nutrientes
+
Agua
a
recuperacin
Oxgeno
tratar
pluma contaminada
22
Biorremediacin
ex
situ
3. Remocin de piedras
4. Aplicacin (<1.5m)
5. FerClizacin
6. Arado
(oxigenacin)
24
Biorremediacin
ex
situ:
1.
Landfarming
25
hap://www.epa.gov/oust/cat/LANDFARM.HTM
Biorremediacin
ex
situ:
1.
Landfarming
Biorremediacin
ex
situ:
1.
Landfarming
hap://www.opds.gba.gov.ar/index.php/leyes/ver/148
Bioremediacin
ex
situ:
1.
Landfarming
Ventajas
Simple
para
disear
y
operar
Tiempos
de
tratamiento
relaCvamente
cortos
(6-24
m)
Desventajas
Requerimiento
de
grandes
reas
Liberacin
de
compuestos
volCles
Necesidad
de
impermeabilizacin
Vulnerabilidad
a
metales
pesados
Degradacin
incompleta
28
Bioremediacin
ex
situ:
2.
Soil
piling
30
Bioremediacin
ex
situ:
2.
Soil
piling
Ventajas
RelaCvamente
simple
para
disear
y
operar
Tiempos
de
tratamiento
relaCvamente
cortos
(6-24
m)
La
biodegradacin
es
efecCva
para
un
amplio
rango
de
contaminantes
Desventajas
Requerimiento
de
grandes
reas
(menos
que
landfarming)
Vulnerabilidad
a
metales
pesados
Los
suelos
con
baja
permeabilidad
son
diciles
de
airear
31
Biorremediacin
ex
situ:
3.
Compostaje
Agregado de nutrientes
Temp:
55
oC
Ancho:
3-4
m
Grande
para
retener
el
calor
Altura
:
1-1.5
m
(minimo)
Lmite
para
obtener
buena
oxigenacin
Aireacin
:
mezcla
(1/d
-
1/mes)
Humedad:
40-60%
Buena
acCvidad
vs
buena
oxigenacin
32
Biorremediacin
ex
situ:
3.
Compostaje
34
Biorremediacin
ex
situ:
4.
Bioreactor
(slurry
phase)
Vapor
Suelo contaminado Agitador
Lquido Control de
contaminado temperatura
Nutrientes
Salida de lquido
Suelo a secar
Entrada de aire
35
Bioremediacin
ex
situ:
4.
Bioreactor
(slurry
phase)
Ventajas
RelaCvamente
rpido
(semanas
a
6
meses)
Tcnicamente
simple
y
efecCvo
Mayor
control
de
variables
operaCvas
(pH,
temperatura,
oxgeno,
nutrientes,
etc)
Desventajas
Vulnerabilidad
a
metales
pesados
La
deshidratacin
del
slido
tratado
puede
ser
dicil
Se
debe
disponer
el
agua
no
reciclada
Alto
costo
36
Comparacin
de
tcnicas
in
situ
y
ex
situ
In
situ
Ex
situ
Alteracin
de
estructura
del
suelo
NO
SI
Costos
BAJOS
ALTOS
Tiempo
de
ejecucin
ALTO
BAJO
Uniformidad
de
tratamiento
DUDOSA
SI
Vericacin
de
su
ecacia
DIFCIL
FCIL
Fitorremediacin
Elementales
Orgnicos
Metales
pesados,
radionucleidos
PAH,
halogenados,
nitroaromCcos
i) Extraccin
y
traslocacin
a
tejidos
vegetales
iii) Secuestro
en
races
iv) Conversin
en
especies
menos
txicas
38
Fitoextraccin
Absorcin
de
contaminantes
(inorgnicos
o
radioacCvos)
por
la
plantas
y
traslocacin
/
acumulacin
en
raz,
tallo
y/o
hojas
40
La
rizosfera
controla
la
degradacin
de
los
contaminantes
orgnicos
41
Rizorremediacin:
contribucin
de
microorganismos
en
la
rizosfera
a
la
degradacin
de
contaminantes
Criterios de seleccin (degradacin
de naftaleno)
1.Capacidad de crecer rpidamente en un medio
simple
2.Capacidad estable de degradar naftaleno
3.Capacidad de colonizar eficientemente la raz
42
Kuiper
et
al.2001
MPMI
14,
1197-1205
Cul
es
el
efecto
de
los
exudados
sobre
la
acDvidad?
%
desap
(12d)
68
68
43
Cebron
et
al.,
2011
Environmental
Microbiology
13,
722736
Cul
es
el
efecto
de
los
exudados
sobre
la
acDvidad?
DESVENTAJAS
-
Lenta
(aos)
-
Baja
produccin
de
biomasa
baja
(densidad
y
longitud
raz)
- Contaminacin
elevada
=
toxicidad
de
la
planta.
- Riesgo
de
propagacin
a/t
de
la
cadena
trca
- Condiciones
climCcas
adversas
Distribucin
de
tecnologas
de
remediacin
de
suelos
y
acuferos
Un
cuarto
de
los
proyectos
de
remediacin
se
realizan
por
biorremediacin
in
situ
47
Fuente:
Pandey
et
al.,
FEMS
Microbiol
Rev
33
(2009)
324375
Biorremediacin
in
situ:
Atenuacin
natural
48
Caracterizacin
de
las
comunidades
microbianas
autctonas
49
BioesDmulacin
o
Bioaumentacin?
1) Aislamiento
2) Caracterizacin
3) OpCmizacin
para
degradar
en
ambientes
naturales
BS:
bioesCmulacin
!
BA:
bioaumentacin
Bioremediacin:
por
qu
los
resultados
de
laboratorio
Denen
poco
uso
prcDco?
51
Bioaumentacin
52
Ingeniera
El
cuello
dge
enDca
botella
peara
n
la
la
bbiodegradacin
iodegradacin
ndo
e
est
necesariamente
clorotolueno
en
la
enzimologa
CH3
CH2OH
Cl
Cl
TOD
dioxigenasa
(de
Pseudomonas
pu<da
F1)
todC1C2BA
OH
Cl
OH
COOH
va
orto
cromosomal
JB2
Cl
TCA
en
el
husped
PA142
OH
OH
Integracin estable
Funcional en la conversin de 2-Cl tolueno en 2 Cl benzoato
No crecen utilizando 2-Cl tolueno
53
Haro
&
de
Lorenzo
2001
Journal
of
Biotechnology
85,
103-113
Uso
de
microarrays
para
evaluar
los
patrones
de
expresin
en
P.
pu,da
54
Respuesta
funcional
de
P.
pu,da
KT2440
a
tolueno,
o-xyleno
y
3-MB
Sensor
temprano
de
toxicidad
de
aromCcos
55
Domnguez-Cuevas
P
et
al.
J.
Biol.
Chem.
2006;
281:11981-11991
Los
contaminantes
son
tomados
como
fuentes
de
stress,
ms
que
de
nutrientes
La
maquinaria
transcripcional
es
Consecuencia
reasignada
a
tolerar
stress
En
ambientes
heterogneos
los
microorganismos
migran
hacia
regiones
con
menores
Slo
una
pequea
fraccin
concentraciones
de
se
redirige
a
la
contaminantes
degradacin
del
compuesto
orgnico
56
Domnguez-Cuevas
P
et
al.
J.
Biol.
Chem.
2006;
281:11981-11991
Limitaciones
a
la
funcionalidad
de
un
inoculante
57
Limitaciones
siolgicas
y
regulatorias
a
la
biorremediacin
Stress
celular
Por
el
mismo
contaminante
o
el
ambiente
59
Caracterizacin
de
las
comunidades
microbianas
autctonas
Potencial
de
bioremediacin
No
es
posible
EsCmacin
de
la
tasa
de
la
degradacin
eliminacin
(
o
inmovilizacin)
Aislamiento en culCvo
61
Potencial
de
bioremediacin
Alguna
bacteria
presente
Cene
los
genes
necesarios?
(probes
para
DNA)
FGA,
Real
Cme
PCR
SI NO
Manipulaciones
No
hay
iterativas
degradacin
degradacin
62
Monitoreo
de
bioremediacin
BIOREMEDIACION
Monitoreo
SI
63
Tiempos
de
biorremediacin
64
Temas
importantes
en
biorremediacin