BACTERIOLOGIA

Conceptos

1. Para poder comprender la gran diversidad de organismos existentes es preciso

agrupar los organismos similares y organizar estos grupos en una estructura jerrquica
sin superposiciones. La taxonoma es la ciencia de la clasificacin biolgica.

2. Los grupos de los procariotas (Arquea y Bacteria) parecen haber sido los primeros
en desarrollarse, seguidos de los eucariotas. Esto dio lugar a tres dominios: Bacteria,
Archaea y Eucarya. Estos dominios se diferencian entre s en sus secuencias de rRNA
y en muchos otros aspectos.

3. El grupo taxonmico bsico es la especie, que se define en trminos de

reproduccin sexual o bien de semejanza general.

4. Las clasificaciones se basan en un anlisis de posibles relaciones evolutivas

(clasificacin filogentica o filtica) o en la semejanza de caractersticas
observables (clasificacin fentica). Los resultados de estos anlisis a
menudo se resumen en diagramas similares a rboles, denominados
dendrogramas.

5. Las caractersticas morfolgicas, fisiolgicas, metablicas, ecolgicas, genticas y

moleculares son todas tiles en taxonoma puesto que reflejan la organizacin y la
actividad del genoma. Las secuencias de cidos nucleicos son probablemente los
mejores indicadores de la filogenia y el parentesco microbianos, ya que los cidos
nuclecos constituyen el propio material gentico o productos de la transcripcin gnica.

6. La primera edicin del Manual Bergey de sistemtica microbiana (Bergey's Manual of

Systematic Bacteriology) fue principalmente fenotpica, y divida las bacterias en grupos
en funcin de caractersticas de fcil determinacin, como son la orma, la tincin de
Gram, las relaciones con el oxgeno y la motilidad. La segunda edicin, desarrollada en
5 volmenes se organiza desde el punto filogentico y distribuye los procariotas en 2
dominios y 25 phyla.

7. La taxonoma bacteriana est experimentando rpidos cambios debido a la

incorporacin de nuevos datos, en particular los derivados del uso de tcnicas
moleculares tales como la comparacin de la estructura del RNA ribosmico y las
secuencias cromosmicas. Esto est originando nuevas clasificaciones filogenticas.

Introduccin y descripcin general

Las bacterias son clulas procariotas y pequeas que solo se pueden observar con la
ayuda del microscopio, presentan diferentes formas, carecen de ncleo y de orgnelos
celulares. Tienen estructuras nicas como la pared celular que contiene pptidoglicano
con o sin lipopolisacridos. Tpicamente, el cromosoma bacteriano es solo uno y es una
molcula circular de ADN de doble cadena que contiene aproximadamente 5 millones
de pares de bases.

Las bacterias tienen ribosomas 70S que son diferentes a los de las clulas eucariotas
pero que realizan la misma funcin. Aunque las bacterias se dividen por fisin binaria,
han desarrollado mecanismos para intercambiar informacin gentica, lo que les ha
permitido adaptarse mejor al medio ambiente. Las bacterias pueden sobrevivir en
medios hostiles como en los que la presin osmtica es muy baja o en temperaturas
extremas y pueden usar diversas fuentes de energa para su metabolismo. Es
indudable que el conocimiento de las bacterias, desde el punto de vista gentico,
metablico y estructural, constituye un elemento fundamental para poder realizar una
clasificacin til en la prctica microbiolgica, as como comprender la participacin de
la expresin de los factores de patogenicidad en la relacin husped bacteria.
Uno de los aspectos ms fascinantes y atractivos del mundo microbiano es su
extraordinaria diversidad.
Parece que la naturaleza ha probado prcticamente cualquier experimento posible de
forma, tamao, fisiologa y estilo de vida.

Debido a la desconcertante diversidad de los organismos vivos es deseable

clasificarlos u ordenarlos en grupos en funcin de sus semejanzas. La taxonoma se
define como la ciencia de la clasificacin biolgica.

En un sentido ms amplio, se compone de tres partes independientes pero

interrelacionadas: clasificacin, nomenclatura e identificacin. La clasificacin es la
organizacin de los organismos en grupos o taxones en funcin de sus semejanzas o
de su parentesco evolutivo. La nomenclatura es la rama de la taxonoma que se
ocupa de la asignacin de nombres a grupos taxonmicos de conformidad con normas
publicadas. La identificacin constituye el lado prctico de la taxonoma, el proceso de
determinar que un aislamiento en particular pertenece a un taxn reconocido.

A menudo, se tiende a pensar en la taxonoma como algo banal y aburrido, cuestin

nicamente de hilar muy fino en la asignacin de nombres a organismos. En realidad,
la taxonoma es muy importante por diversos motivos.

En primer lugar, nos permite organizar cantidades ingentes de conocimientos sobre

los organismos, ya que todos los miembros de un grupo especfico comparten
numerosas caractersticas.
En cierto sentido es similar a un sistema gigante de archivo o a un catlogo de
biblioteca que proporciona un fcil acceso a la informacin. Cuanto ms precisa sea la
clasificacin, mayor informacin contiene y mayor es su utilidad.

En segundo lugar, la taxonoma nos permite hacer predicciones y formular hiptesis

para nuevas investigaciones sobre la base de los conocimientos existentes acerca de
organismos similares. Si un microorganismo afn tiene cierta propiedad, el
microorganismo en cuestin puede tener tambin la misma caracterstica.

En tercer lugar, la taxonoma ubica a los microorganismos en grupos tiles y

significativos con nombres precisos que permiten a los microbilogos trabajar con ellos
y comunicarse de forma eficiente. Al igual que una comunicacin escrita eficaz no es
posible sin un vocabulario suficiente, una ortografa correcta y una buena gramtica, la
microbiologa no es posible sin la taxonoma.

En cuarto lugar, la taxonoma es esencial para la identificacin exacta de los

microorganismos. Nunca se insistir lo bastante acerca de su importancia prctica en
este sentido.

El trmino sistemtica a menudo se emplea para referirse a la taxonoma. Sin

embargo, muchos taxonomistas la definen en trminos ms generales como el estudio
cientfico de los organismos cuyo objetivo final es caracterizarlos y agruparlos de forma
ordenada. Cualquier estudio de la naturaleza de los organismos, cuando los
conocimientos adquiridos se aplican a la taxonoma, forman parte de la sistemtica.
Por consiguiente, sta abarca disciplinas tales como morfologa, ecologa,
epidemiologa, bioqumica, biologa molecular y fisiologa.'
La taxonoma microbiana es un tema demasiado amplio como para ser tratado
adecuadamente en un solo captulo.
Por tanto, este captulo se centra en los principios generales y utiliza ejemplos
principalmente de taxonoma bacteriana.
Figura 19.3 rbol flogentico universal. Las relaciones se determinaron a partir de comparaciones de las secuencias del rRNA.
Fuente: Adaptado de G../. Olsen y C. R. Woese. Ribosomal RNA: A key tophylogeny en The FASEB Journal, 7:113-123,1993.
 CLASIFICASION DE LAS BACTERIAS

La comprensin de la relevancia y de la compleja nomenclatura de los centenares de

bacterias importante puede constituir un considerable desafo. Sin embargo, la clave
de esta tarea depende de la organizacin sistemtica del desconcertante conjunto de
diferentes microorganismos en unas relaciones lgicas (es decir, de una clasificacin
taxonmica de los microorganismos).

Clasificacin fenotpica
Las morfologas microscpica y macroscpica de las bacterias fueron las primeras
caractersticas utilizadas para identificarlas y an constituyen unos elementos
fundamentales en la mayora de los algoritmos de identificacin utilizados actualmente
(cuadro 2-1). Por ejemplo, las bacterias se pueden clasificar segn su capacidad de
retencin de la tincin de Gram (microorganismos grampositivos y gramnegativos) y
por la forma de cada clula (cocos, bacilos, espirilos).

Adems, el aspecto macroscpico de las colonias bacterianas (p. ej., las propiedades
hemolticas en un medio de agar sangre, la pigmentacin, el tamao y la forma de las
colonias y el olor de las colonias) tambin se emplea en la identificacin de las
bacterias. Streptococcus pyogenes es una bacteria grampositiva que forma largas
cadenas de cocos y aparece en forma de pequeas colonias hemolticas de color
blanco en las placas de agar sangre. Las caractersticas morfolgicas se utilizan para
realizar una identificacin provisional del microorganismo y poder seleccionar otros
mtodos de clasificacin con un mayor poder de discriminacin, ya que muchos
microorganismos pueden presentar un aspecto muy similar en el examen macro y
microscpico.

Los mtodos ms frecuentes y que todava se utilizan en la identificacin de las

bacterias consisten en determinar la presencia o la ausencia de unos marcadores
bioqumicos especficos (p. ej., capacidad de fermentacin de hidratos de carbono
especficos o la utilizacin de diferentes compuestos como fuente de carbono para
poder proliferar; presencia de proteasas, lipasas o nucleasas especficas; o presencia
de enzimas hidrolticas especficas como lipasas y nucleasas). El empleo de ciertas
pruebas bioqumicas permite identificar con un alto grado de precisin la mayora de las
cepas clnicamente significativas. Adems, estos mtodos se han empleado para
subdividir los grupos de microorganismos ms all del nivel de especie, principalmente
con fines epidemiolgicos (p. ej., para determinar si un grupo de microorganismos
pertenecientes al mismo gnero y especie comparten un origen comn o bien proceden
de fuentes distintas). Estas tcnicas son conocidas como determinacin del biotipo o
biotipado.

Dado que numerosas bacterias poseen antgenos caractersticos, los anticuerpos

utilizados para su deteccin constituyen una potente herramienta diagnstica
(serotipado).
Estas pruebas serolgicas se realizan con el fin de identificar microorganismos que son
inertes frente a las pruebas bioqumicas (p. ej., Francisella, el microorganismo causante
de la tularemia), cuyo cultivo es difcil o imposible (p. ej., Treponema pallidum, el
microorganismo responsable de la sfilis), asociados a sndromes especficos (p. ej., el
serotipo 0157 de Escherichia coli, responsable de la colitis hemorrgica) o deben
identificarse de forma rpida (p. ej., S. pyogenes, responsable de la faringitis
estreptoccica). Por otra parte, la determinacin de los serotipos se emplea tambin
con fines epidemiolgicos.

Otros ejemplos de los mtodos fenotpicos utilizados en la clasificacin de las bacterias

son el estudio de los patrones de sensibilidad del microorganismo frente a distintos
antibiticos (antibiograma) y el lisotipado (susceptibilidad a determinados virus que
infectan a las bacterias). Las tcnicas de susceptibilidad a los antibiticos tienen un
menor poder de discriminacin. El lisotipado es una tcnica engorrosa, por lo que
actualmente ha sido sustituida por tcnicas genticas con mayor sensibilidad.

CUADRO 2-1. Clasificacin fenotpica de las bacterias

Morfologa microscpica Serotipo
Morfologa macroscpica Patrones de antibiograma
Biotipo Fagotipo

CUADRO 2-2. Clasificacin analtica de las bacterias

Anlisis de los cidos grasos de la pared celular

Anlisis de los lpidos celulares totales
Anlisis de las protenas celulares totales
Electroforesis enzimtica tipo multifocus locus

Clasificacin analtica
Las caractersticas analticas de las bacterias se han utilizado tambin para clasificarlas
en gneros, especies y subespecies (cuadro 2-2). El patrn cromatogrfico de los
cidos miclicos de la pared celular es caracterstico de un gran nmero de especies
de micobacterias, por lo que durante muchos aos se ha utilizado en la identificacin
de las especies aisladas con mayor frecuencia. El anlisis de los lpidos presentes en la
totalidad de la clula tambin es un mtodo til para la descripcin de numerosas
especies bacterianas y de levaduras. Otras tcnicas empleadas para la caracterizacin,
fundamentalmente a nivel de subespecie y con fines epidemiolgicos, son el anlisis de
las protenas celulares (anlisis protemico mediante espectroscopia de masas) y las
enzimas celulares (electroforesis enzimtica tipo multiloci).
Sin embargo, y pese a que estos mtodos analticos son precisos y reproducibles,
requieren un gran trabajo y una instrumentacin muy cara. Por tal motivo, estos anlisis
se emplean principalmente en los laboratorios de referencia.

Clasificacin genotpica
El mtodo ms preciso de clasificacin de las bacterias es el anlisis de su material
gentico (cuadro 2-3). Aunque inicialmente los microorganismos se clasificaron segn
la relacin guanina/citosina, este procedimiento se ha abandonado en gran medida a
favor de otros mtodos con mayor poder de discriminacin. Aunque la hibridacin del
ADN (cido desoxirribonucleico) se utiliz en un principio para establecer la relacin
existente entre las cepas bacterianas (es decir, para determinar si dos cepas
pertenecan al mismo gnero o especie), ms recientemente esta tcnica se ha
empleado para conseguir una rpida identificacin de los microorganismos mediante el
uso de sondas moleculares. Se extrae el ADN del microorganismo a identificar y se
expone a unas sondas moleculares especficas de unas especies concretas. La fijacin
de la sonda al ADN permite confirmar la identidad del microorganismo. Esta tcnica
tambin se ha utilizado para la identificacin directa de microorganismos en muestras
clnicas, lo cual evita la necesidad de cultivarlos. La hibridizacin del

ADN tambin constituye una valiosa herramienta diagnstica para la rpida deteccin e
identificacin de microorganismos de crecimiento lento, como micobacterias y hongos.

CUADRO 2-3. Clasificacin genotpica de las bacterias

Relacin guanina citosina

Anlisis de la secuencia del cido nucleico
Anlisis de plsmidos
Ribotipifcacin
Fragmento de ADN cromosmico
Una ampliacin del mtodo de hibridacin es el llamado anlisis de secuencias de
cidos nucleicos. Se utilizan sondas para localizar unas secuencias especficas en los
cidos nucleicos que son caractersticas de un gnero, especie o subespecie
determinado. Estas secuencias se amplifican hasta producir millones de copias, tras lo
cual se secuencia el material gentico amplificado con el propsito de definir la
identidad exacta de la cepa. La aplicacin ms frecuente de este mtodo es el anlisis
de secuencias de ADN ribosmico, puesto que existen tanto secuencias de ADN muy
conservadas (especficas de familia o de gnero) como secuencias muy variables
(especficas de especie o de subespecie). Esta tcnica tambin se ha empleado para
definir la relacin evolutiva existente entre distintos microorganismos, as como para
identificar microorganismos de crecimiento difcil o imposible. La mayor parte de los
cambios recientes introducidos en la nomenclatura taxonmica se han relacionado con
la aplicacin del anlisis de secuencias de cidos nucleicos. Una ampliacin de este
mtodo es la secuenciacin del genoma completo de una bacteria, la cual es ya posible
desde el punto de vista tcnico, aunque an no se haya utilizado con fines
diagnsticos.

Otros mtodos utilizados fundamentalmente para clasificar los microorganismos a nivel

de subespecie y con fines epidemiolgicos son el anlisis de plsmidos, el
ribotipado y el anlisis de fragmentos del ADN cromosmico. A lo largo de los
ltimos aos se han simplificado los aspectos tcnicos de todos estos mtodos hasta
lograr que la mayor parte de los laboratorios clnicos utilicen diferentes variaciones en
su prctica habitual.

En los cuadros 2-4 a 2-8 se ofrece un esquema de clasificacin de gran utilidad para
organizar las numerosas bacterias que se describirn en los captulos posteriores del
texto. Sin embargo, es preciso destacar que la lista de microorganismos no es
exhaustiva. De este modo, se han omitido muchos gneros que suelen aislarse en las
muestras clnicas con el fin de simplificar la presentacin. Los microorganismos
incluidos en estos cuadros de resumen son aquellos que se estudiarn en los captulos
posteriores. Asimismo, debe tenerse en cuenta que la organizacin exacta de las
bacterias en familias, gneros y especies contina cambiando.

CUADRO 2-4. Cocos grampositivos aerobios

Cocos catalasa-positivos Cocos catalasa-negativos
Micrococcus Aerococcus
Staphylococcus Alloiococcus
Enterococcus
Lactococcus
Leuconostoc
Pediococcus
Streptococcus

CUADRO 2-5. Bacilos grampositivos aerobios

Actinomicetos con cidos miclicos en la pared celular
Corynebacterium
Gordonia
Nocardia
Rhodococcus
Tsukamurella
Mycobacterum

Actinomicetos sin cidos miclicos en la pared celular

Actinomadura
 Dermatophus
Nocardiopsis
Oerskovia
Rothia
Streptomyces
Actinomicetos termoflicos
Saccharomonospora
Saccharopolyspora
Thermoactinomyces
Tropheryma

Otros bacilos grampositivos

Arcanobacterum
Bacillus
Brevibacterium
Erysipetothrix
Gardnerella
Listeria
Turcela

CUADRO 2-6. Cocos, cocobacilos y bacilos gramnegativos aerobios

Cocos y cocobacilos Helicobacteriaceae
Branhamella Helicobacter
Moraxella Pseudomonadaceae
Neisseria Pseudomonas
Pasteurellaceae
Bacilos Actinobacillus
Enterobacteriaceae Haemophilus
Citrobacter Pasteurella
Enterobacter
Escherchia Otros gneros
Ktebsiella Acinetobacter
Morganella Bartonella
Plesiomonas Bordetella
Proteus Brucella
Salmonella Burkholdera
Serratia Capnocytophaga
Shigella Cardiobacterum
Yersinia Eikenella
Francisella
Kingella
Vibrionaceae Legionella
Vibrio Stenotrophomonas
Streptobacillus
Aeromonadaceae
Aeromonas

Campylobacteriaceae
Arcobacter
Campylobacter
CUADRO 2-7. Bacterias grampositivas y gramnegativas anaerobias
Cocos grampositivos Bacilos grampositivos
Anaerococcus Actinomyces
Finegoldia Bifidobacterum
Micromonas Clostrdium
Peptostreptococcus Eubacterium
Schleiferella Lactobacillus
Mobiluncus
Cocos gramnegativos Propionibacterium
Veillonella
Bacilos gramnegativos
Bacte mides
Fusobacterium
Porphyromonas
Prevotella

CUADRO 2-8. Bacterias diversas con importancia mdica

Mycoplasmataceae Chlamydiaceae
Mycoplasma Chlamydia
Urea plasma Chlamydophila

Spirochaetaceae Otras bacterias

Borrelia Coxiella
Treponema Ehrlichia
Orentia
Leptospiraceae Rickettsia
Leptospira