Glucólisis y Fundamentos de Interacción Molecular PDF

UNIVERSIDAD DE GUANAJUATO
CAMPUS CELAYA-SALVATIERRA
DIVISIN DE CIENCIAS DE LA SALUD E INGENIERAS
DEPARTAMENTO DE INGENIERA AGROINDUSTRIAL
PROGRAMA DE INGENIERIA EN BIOTECNLOGA
INTRODUCCIN A LA BIOTECNOLOGA
Gluclisis (Perspectiva fundamental)

1
INTRODUCCIN
Para comprender este texto Ud. debe dominar los siguientes TEMAS (No definiciones) que son
parte integral de la educacin del nivel bsico y medio superior: electronegatividad, concepto de
cido y base (Bronsted-Lowri y Arrhenius), enlace qumico, puentes de hidrgeno, enlace
covalente (polar y apolar), estructuras de Lewis, regla del octeto, resonancia, catalizadores
qumicos, geometra molecular (RPECV). Si no est familiarizado con alguno de estos conceptos
es necesaria una revisin breve de ellos en la literatura apropiada.
Al finalizar este tema Ud. ser capaz de:
-Explicar la importancia cataltica de las enzimas con ejemplos especficos.
-Entender por qu cuando un aminocido se cambia en la estructura primaria de una enzima toda su
actividad cataltica se ve modificada.
-Explicar y comprender mecanismos de enzimas que nunca antes ha estudiado.
Introduccin
Para poder comprender la importancia de la existencia de las enzimas es necesario analizar con
detenimiento aspectos fundamentales de cada una de las reacciones de las rutas metablicas ms
importantes. En este sentido, primero entindase a una ruta metablica como una sucesin de
reacciones bioqumicas que tienen lugar en algn organismo vivo, y cuya secuencia se encuentra
dictada por la coincidencia del patrn electromagntico molecular producto-sustrato. Todas las
reacciones bioqumicas se encuentras catalizadas por una enzima.
Enzima: Protena con actividad cataltica.
Protena: Polmero integrado por unidades monomricas llamadas aminocidos.
Aminocidos: Molculas integradas por el grupo amino (-NH2), el grupo carboxilo (-COOH),
hidrgeno (H) y un grupo radical (R) unidos a un solo tomo de carbono tetravalente. Desde el
punto de vista antropocntrico, los aminocidos suelen clasificarse en esenciales y no esenciales, los
primeros son 20 y nicamente difieren en la estructura y conformacin espacial de R.
M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

Las diferencias entre el grupo R son muy importantes, ya que al estar constituidas por tomos de
muy distinta electronegatividad proporcionan a la molcula distintos patrones de densidad
electrnica, que tienen como consecuencia distintos patrones de cargas elctricas. Tmese como
ejemplo a la histidina. Obsrvese la presencia de zonas con carga elctrica que se da por la sola
presencia de tomos con diferentes electronegatividades.

Potencial electrosttico de la Histidina

3
Una protena que est constituida por miles y cientos de miles de aminocidos; no es un compuesto
totalmente lineal, en ella se distinguen cuatro niveles de organizacin:
Estructura primaria: Secuencia

lineal de aminocidos que integran a
la protena.
Estructura secundaria: Formacin

de puentes de hidrgeno entre los
distintos aminocidos para formar
estructuras tridimensionales llamadas
dominios.
Estructura terciaria: Unin de dos o

ms dominios para formar un
complejo proteico.

Estructura cuaternaria: Unin de

un complejo proteico a un compuesto 4
qumico de naturaleza no proteica
(metlico) llamado grupo
prosttico. Por ejemplo la
hemoglobina (mostrada a la derecha)
que requiere del grupo hemo (un
anillo carbnico con un centro de
Hierro Fe).
La existencia de las estructuras terciaria y cuaternaria posibilita la presencia de pequeas cavidades

dentro del conjunto de aminocidos donde han coincidido justamente los aminocidos necesarios
para integrar un patrn de nubes electrostticas que embona perfectamente con el patrn de
cargas del sustrato sobre el que acta (glucosa, glucosa-6-fosfato, etc.)
La existencia del sitio activo y su perfecta

coincidencia con el patrn de cargas
electrostticas del sustrato para el que son
especficas ha sido denominada en muchas
ocasiones sistema cerradura-llave por la alta
especificidad que alcanzan las reacciones
bioqumicas al aceptar a una y solo una
molcula.
Efecto inductivo: Esta es sin duda una

caracterstica interesante en la que se debe
pensar para poder explicar el mecanismo de las
enzimas, y proviene de la teora del orbital
molecular.
Complejo Enzima-Sustrato mostrando la
Es difcil plasmar un tratado sobre orbital
presencia del sitio activo de la enzima
molecular en unas cuantas lneas; su explicacin
es mucho ms profunda y requerira un captulo completo apoyado en conocimientos profundos de
fsica cuntica y matemticas avanzadas; sin embargo, una simplificacin un tanto burda que quiz
choque con la representacin clsica de una molcula (modelo de esferas y barras) es la siguiente:
1.- Imagine que se unen dos tomos de hidrgeno: Cada uno aporta un electrn a la unin.
2.- De acuerdo a la definicin clsica del enlace qumico (sobre todo el covalente), se tiene un par
de electrones orbitando en una zona esferoide alrededor de los dos ncleos de Hidrgeno que se han

unido, de manera que el par electrnico no le pertenece a un solo tomo, le pertenece a la molcula
5
completa.
Las esferas rojas representan los ncleos de

Hidrgeno y las zonas azules representan las
zonas en donde los electrones se desplazan.
3.- Ahora imagine que la molcula no solo est integrada por dos tomos de Hidrgeno, el metano
(CH4), por ejemplo. La primera pregunta que deberamos hacernos es si los electrones de la
molcula (8 en total) orbitan alrededor de los cinco ncleos atmicos (C, H, H, H, H) o cada par
electrnico orbita alrededor nicamente dos ncleos (C-H), (C-H), (C-H) y (C-H).
4.- La respuesta es, desde un punto de vista simplista, segn nos convenga!!. Si deseamos
explicar la geometra tetradrica que adoptan los ncleos atmicos (Teora de Repulsin del Par
Electrnico en la Capa de Valencia RPECV) entonces diremos que orbitan alrededor de dos ncleos
a los cuales enlazan. Si por otra parte deseamos explicar el efecto inductivo, tendremos que decir
orbitan alrededor de los cinco ncleos, aunque pasen la mayor parte de su tiempo cerca de los dos
ncleos a los cuales enlazan.
Entonces, si los electrones pertenecen a toda la molcula, cuando un tomo muy electronegativo
(perteneciente a otra molcula) se acerca demasiado a la nube electrnica molecular (esa que
comparten todos los ncleos) esta se ve modificada cambiando todo el equilibrio de cargas en toda
la molcula y por lo tanto su geometra (consulte la teora de RPECV para que esto tenga sentido).
Ejemplo de la modificacin geomtrica debida a la interaccion de nubes electrnicas entre dos

molculas; la presencia de la molcula morada dilata a la molcula otrora esferoide-colapasada para
formar un anillo.
En una molcula sencilla (pequea) este efecto que induce cambios (efecto inductivo) en el
equilibrio de cargas y la geometra no es muy evidente, pero imagine dicho efecto en una molcula
integrada por cientos de miles de ncleos atmicos dispuestos tridimensionalmente, donde las

estructura en el espacio dependen de los puentes de hidrgeno (que de hecho son interacciones de
6
nubes electrostticas y ncleos de hidrgeno).
Metabolismo=Vida
Metabolismo: Es el conjunto de todas la reacciones bioqumicas que tienen lugar en los seres
vivos, se divide en dos; Catabolismo, es el conjunto de reacciones destinadas a la obtencin de
energa y frecuentemente est concertado con la ruptura de molculas complejas en molculas ms
sencillas como CO2 y H2O. Anabolismo: Conjunto de reacciones necesarias para sintetizar
molculas complejas a partir de molculas ms sencillas.
Las reacciones del metabolismo constituyen la explicacin ms fundamental de la vida, gracias a

ellas las clulas vivientes pueden reproducirse, crecer, diferenciarse y morir. En ese sentido, el
metabolismo es la vida y todo aquello que controla y dirige al metabolismo controla y dirige la vida.
Con frecuencia suelen agruparse a las reacciones del metabolismo en series de reacciones
denominadas rutas o vas metablicas. Una va metablica se encuentra compartamentalizada
(ubicada en el espacio) en algn organelo especfico de la clula y adems se ordena (relativamente)
en el tiempo de manera secuencial gracias a que los sustratos de una reaccin son los productos de
otra reaccin, de manera que no puede ocurrir una reaccin (intermedia en la ruta) sin que la
reaccin anterior haya producido antes los sustratos de sta.
Gluclisis
Como se ha especificado antes, la glucolisis es una serie de reacciones bioqumicas (ruta

metablica), quizs la ms extendida entre los organismos vivos conocidos, consiste en la ruptura
qumica escalonada de la glucosa hasta obtener Piruvato, ATP y electrones. A continuacin se
explicaran algunas reacciones de la ruta con detalle, todo esto con la finalidad de comprender el
efecto de las diversas enzimas sobre una reaccin bioqumica, posteriormente se lista el resto de las
reacciones de la ruta con una explicacin un tanto ms somera y finalista desde el punto de vista
qumico, asumiendo que ya se intuye la importancia de las diversas enzimas.
1.- Fosforilzacin de glucosa: Transferencia de un grupo pirofosfato (OPO23 ) del Adenosin

Trifosfato (ATP) a una molcula de glucosa para producir Glucosa 6-fosfato (G6P) y Adenosin
Difosfato (ADP).
Enzima: Glucocinasa (GK) o Hexocinasa (HK)
Cofactor: Magnesio
Ecuacin general de la reaccin:

+ +
Glucosa Adenosintrifosfato (ATP) Adenosindifosfato (ADP)

Glucosa-6-
fosfato (G6P)
Ntese que el esqueleto que resulta de la estructura de Lewis para el ATP muestra a los tres grupos
fosfato con dobles enlaces conjugados, lo que de hecho nos obliga a pensar en estructuras
resonantes. De ellas podemos concluir que los enlaces mltiples Oxgeno-Fosfato (pares de
electrones) se encuentras deslocalizados formando una nube electrnica alrededor de los ncleos de
fsforo).
Si pusiramos en contacto Glucosa y ATP puros (sin HK+Mg2+) y esperramos un tiempo prudente
y finito para obtener ADP y G6P no obtendramos nada. La explicacin se basa en la presencia de
mltiples grupos OH en la glucosa (centros electronegativos) y la propia nube deslocalizada de
electrones del ATP, es decir, dos molculas rodeadas por nubes electronegativas.
Sin embargo, en el contexto celular (citoplasama) cuando entran en contacto Glucosa y ATP si
estn presentes HK y Mg2+, factores que al conjuntarse producen la siguiente reaccin:
Mecanismo (Ocurre de forma concertada en fracciones de segundo):
1. El magnesio se posiciona en aminocidos presentes en el sitio activo de la enzima.

2. El ATP entra al sitio activo y por el propio movimiento molecular natural la porcin con
carga deslocalizada entra en contacto con el Mg2+, al encontrarse en estado de oxidacin 2+,
el Mg puede captar hasta dos pares de electrones en su ltimo nivel energtico disponible,
con lo que se asocia temporalmente a dos de los tomos electronegativos que participan en
la deslocalizacin resonante del ATP. En el momento en que el Mg se asocia a dos pares
electrnicos la estructura de Lewis queda estabilizada eliminando la existencia de posibles
estructuras resonantes, con lo que la nube electronegativa que circundaba a los ncleos de
fosforo colapsa.

HK-Mg
ATP: Nube electronegativa que repele a otros Complejo ATP-Enzima: Nube de deslocalizacin
tomos electronegativos debida a la deslocalizacin colapsada por la presencia del Mg2+ unido
resonante de los enlaces mltiples P=O temporalmente a dos pares de electrones
Con la desaparicin de la nube protectora los ncleos de fosforo quedan expuestos al ataque
nucleoflico por parte de grupos nuclefilos como los grupos OH de las glucosa.
3. La glucosa entra en contacto con el sitio activo de la enzima, asocindose

electrostticamente a los aminocidos apropiados (recuerde el concepto de estructura
cuaternaria de una protena y el sistema cerradura-llave). En ese momento el equilibrio de
cargas en toda la protena se ve modificado (efecto inductivo) y por ende su geometra. La
nueva configuracin tridimensional coloca en contacto ntimo a dos tomos que no lo
estaban en un principio; el tercer fosforo del ATP y el OH unido al carbono 6 de la glucosa
(el cul pierde un hidrgeno al estar contacto con cualquier sustancia bsica, incluso el
agua), al poseer carcter nucleoflico (-OH) y electroflico (P) se produce una reaccin
qumica.
Mg
Mg
Enzima-Mg-ATP Glucosa-Enzima-Mg-ATP

4. Con el ataque nucleoflico se forma un intermediario altamente inestable en el que el 9

Fsforo (atacado) ahora se encuentra excedido en electrones, teniendo 6 pares en vez del
mximo de 5 que puede soportar (recurdese que este es un elemento ejemplo de excepcin
a la regla del octeto), por lo que se ve obligado a liberar al par electrnico con el que
sostiene un enlace con el resto de la molcula de ATP, si liberara cualquier otro par se
generara un tomo de oxgeno libre (lo cual no ha sido observado en la naturaleza por su
elevadsima inestabilidad). Con la separacin del ATP, el fosfato queda unido a la glucosa.
Mg
Glucosa-Enzima-Mg-ATP
5. En seguida el cambio de posicin en los tomos electronegativos modifica nuevamente el

equilibrio de cargas forzando a la enzima a liberar sus sustratos y recuperar su geometra
original.
Ntese que sin la intervencin electromagntica de la enzima y el Magnesio, la reaccin no hubiese

sido posible.
2.- Isomerizacin de la G6P: La segunda reaccin de esta ruta catablica toma como sustrato el
producto de la reaccin nmero uno. En este caso se debe tener presente que los carbohidratos
(como la G6P) siempre presentan interconversin entre una forma abierta y una forma cerrada,
siendo mucho ms estable la forma cerrada. En este caso, la enzima inmoviliza en el tiempo y el
espacio a la G6P congelndola en la forma abierta y obligndola a condensarse en la posicin 1-4
para producir una pentosa (anillo de 5 tomos) en vez de la posicin 1-5 que corresponde a una
hexosa (anillo de 6 tomos).

Glucosa-6-Fosfato 10
Fructosa-1,6-Bifosfato

11
3.- Fosforilacin de la F6P. Reaccin idntica a la primera reaccin. F6P + ATPF6BP + ADP
4.- Rotura aldlica de la F6BP Dihidroxicetona-fosfato (DHC) + Glicerandehdo-3-Fosfato

(GA3P)
1. En el primer paso la F6P se une a la

Holoenzima Holoenzima que emplea el residuo R
de una Lisina (Lys) que se encuentra
en su sitio activo para formar un
doble elace con el carbono
carbonlico
2. En el segundo paso el azufre de la
Cisteina (Cys), tambin presente en
el sitio activo de la enzima forma un
puente de hidrgeno asocindose al
H del gropo hidrxilo presente en el
carbono 4 de la F6P
3. Con un reacomodo de los electrones
se rompe el enlace C3-C4 y es
liberado Giceraldehido-3-Fosdato
4. Con la participacin del Nitrgeno
del anillo de la Histidina (His), la
porcin de la F6P an unida a la
Lisina adquiere un protn con lo que
reacomoda sus electrones siendo
liberada.
Enzima: Fructosa bifosfato aldolasa
4a.- Isomerizacin de la DHCP para formar G3P
En un mecanismo similar al de la segunda reaccin (inmovilizacin espacio temporal y reajuste

resonante) se obtiene G3P a partir de DHCP, por lo que en un balance neto, una molcula de
glucosa produce 2 molculas de G3P (hasta el momento).

5.- Fosforilacin oxidativa del G3P

12
En un ciclo de cuatro reacciones G3P
fosforilaza extrae un par electrnico de
la G3P empleando Nicotonamin-
adenin-dinucleotido (NAD) y los
reemplaza por pirofosfato inorgnico
-
OPO32- produciendo una molecula de
1,3-Bifosfoglicerato.
6.- Desfosforilacin del 1,3-BPG
La fosfogliceratocinasa emplea el 1,3-

BPG en un ciclo de 4 pasos para
fosoforilar ADP y producir ATP y dos
mulculas de 2PG, diferentes de G3P
por que el grupo fosfato se encuentra
en la posicin 2 y no en la posicin 3.
Algunos autores sealan que este
proceso no es totalmente idntico en
todos los organismos y en algunos se
incluye una 5a reaccin adicional en la
que el 2PG es obtenido a partir de 3PG.

7.- Deshidratacin del 2PG

13
En una reaccin de deshidratacin se
forma Fosfoenol piruvato (PEP) a partir
de 2PG
8.- Desfosforilacin del PEP
En una reaccin similar a la primera, la enzima piruvato cinasa forza la formacin de un complejo
enzima-Mg-Fosfatos, pero en esta caso para el ADP, que al igual que el ATP presenta
deslocalizacin de los enlaces mltiples. EL grupo fosfato es finalmente transferido y se obtiene
Piruvato como producto final.

14

Preguntas de repaso:
15
1.- Cul es la funcin de la Hexocinasa (HK) en la primera reaccin de la gluclisis?
Posibilita la unin del tercer fosfato del ATP al grupo OH del carbono 6 de la glucosa.
2.- Cul es la funcin de la F6P isomerasa?
Inmoviliza en el tiempo y el espacio a la forma abierta de la G6P y obliga a la molcula a ciclarse,

condensando el carbono 1 con el carbono 4.
3.- Por qu las enzimas cambian de forma durante una reaccin bioqumica?
Porque al unirse a un sustrato los aminocidos del sitio activo modifican sus nubes electrnicas
que de hecho comparten con toda la enzima, por lo tanto el equilibrio de cargas modifica la
interaccin de fuerzas entre sus aminocidos.
4.- Cul es la funcin de la cistena en la reaccin 4?
Formar un puente de hidrgeno con uno de los oxgenos del sustrato posibilitando un re-arreglo
de la molcula que culmina en una ruptura de enlace C-C.
Preguntas para investigar (Tarea para entregar):
5.- Genere un mapa conceptual explicando la importancia y funciones de las enzimas en la

gluclisis donde incluya al menos un paso de alguna reaccin vista anteriormente como ejemplo
para las funciones de las enzimas en las reacciones bioqumicas.
6.- Por qu se considera que el ATP es una molcula de alta anerga?, Cul es la caracterstica
fsica (geometra, carga, repulsin, etc, etc.) de los enalces fosfo diester?
7.- Intente explicar las 4 primeras

reacciones de la gluclisis a travs del
siguiente diagrama que denota la
historia del nivel de energa en los
compuestos qumicos que participan en
una reaccin:
8.- Genere un glosario donde investiga

cada uno de los trminos que no
comprendi en el presente documento.

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Gluclisis (Perspectiva fundamental)

Al finalizar este tema Ud. ser capaz de:

-Explicar la importancia cataltica de las enzimas con ejemplos especficos.

-Explicar y comprender mecanismos de enzimas que nunca antes ha estudiado.

Enzima: Protena con actividad cataltica.

Protena: Polmero integrado por unidades monomricas llamadas aminocidos.

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

Potencial electrosttico de la Histidina

Estructura primaria: Secuencia

Estructura secundaria: Formacin

Estructura terciaria: Unin de dos o

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

Estructura cuaternaria: Unin de

La existencia de las estructuras terciaria y cuaternaria posibilita la presencia de pequeas cavidades

La existencia del sitio activo y su perfecta

Efecto inductivo: Esta es sin duda una

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

Las esferas rojas representan los ncleos de

Ejemplo de la modificacin geomtrica debida a la interaccion de nubes electrnicas entre dos

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

Las reacciones del metabolismo constituyen la explicacin ms fundamental de la vida, gracias a

Como se ha especificado antes, la glucolisis es una serie de reacciones bioqumicas (ruta

1.- Fosforilzacin de glucosa: Transferencia de un grupo pirofosfato (OPO23 ) del Adenosin

Enzima: Glucocinasa (GK) o Hexocinasa (HK)

Ecuacin general de la reaccin:

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

Glucosa Adenosintrifosfato (ATP) Adenosindifosfato (ADP)

Mecanismo (Ocurre de forma concertada en fracciones de segundo):

1. El magnesio se posiciona en aminocidos presentes en el sitio activo de la enzima.

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

3. La glucosa entra en contacto con el sitio activo de la enzima, asocindose

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

4. Con el ataque nucleoflico se forma un intermediario altamente inestable en el que el 9

5. En seguida el cambio de posicin en los tomos electronegativos modifica nuevamente el

Ntese que sin la intervencin electromagntica de la enzima y el Magnesio, la reaccin no hubiese

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

4.- Rotura aldlica de la F6BP Dihidroxicetona-fosfato (DHC) + Glicerandehdo-3-Fosfato

1. En el primer paso la F6P se une a la

4a.- Isomerizacin de la DHCP para formar G3P

En un mecanismo similar al de la segunda reaccin (inmovilizacin espacio temporal y reajuste

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

5.- Fosforilacin oxidativa del G3P

6.- Desfosforilacin del 1,3-BPG

La fosfogliceratocinasa emplea el 1,3-

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

7.- Deshidratacin del 2PG

8.- Desfosforilacin del PEP

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

2.- Cul es la funcin de la F6P isomerasa?

Inmoviliza en el tiempo y el espacio a la forma abierta de la G6P y obliga a la molcula a ciclarse,

4.- Cul es la funcin de la cistena en la reaccin 4?

Preguntas para investigar (Tarea para entregar):

5.- Genere un mapa conceptual explicando la importancia y funciones de las enzimas en la

7.- Intente explicar las 4 primeras

8.- Genere un glosario donde investiga

M. en C. Juan Manuel Oliveros Muoz

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