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PROGRAMA DE QUMICA
CALI
2017
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TUTOR
AURA FALCO
BIOLOGA MOLECULAR
PROGRAMA DE QUMICA
CALI
2017
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Tabla de Contenido
Tabla de Contenido ....................................................................................................................................... 3
1. Introduccin .......................................................................................................................................... 4
2. Planteamiento del problema ................................................................................................................ 6
3. Justificacin ........................................................................................................................................... 7
4. Estado del arte ...................................................................................................................................... 8
5. Objetivos ............................................................................................................................................. 10
6. Marco terico ...................................................................................................................................... 11
7. Metodologa ........................................................................................................................................ 14
8. Conclusiones........................................................................................................................................ 16
9. Recomendaciones ............................................................................................................................... 17
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1. Introduccin
Los frmacos han perdido efectividad ante bacterias gram negativas, (E. coli), ya que la
exposicin prolongada de algunos medicamentos han producido mutantes resistentes.
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3. Justificacin
Actualmente algunas bacterias gram negativas, como la E. coli, han desarrollado cierta
resistencia a algunos frmacos debido a que estos sufren mutaciones que les confiere mayor
adaptabilidad. por ende, se plantea un modelo modificado del pptido antimicrobiano en el
alitezerin 1C, mediante qumica computacional.
5. Objetivos
Objetivos
Objetivo general
Objetivos Especficos
6. Marco terico
Jacek T. Mika & Gemma Moiset, (Jacek T. , Gemma , Anna D, & Feliu, 2011),
Realizaron de forma iterativa simulaciones de dinmica molecular atomstica y
mediciones biofsicas para Interaccin de un pptido antimicrobiano cclico y su
anlogo lineal inactivo con membranas modelo. Establecieron que, en relacin con
el pptido lineal, el cclico se une ms fuerte a las membranas cargadas
negativamente. Es su estudio crearon un modelo de caracterizacin del modo de
accin de los pptidos antimicrobianos cclicos. Los resultados proporcionan una
justificacin actividad aumentada en ciertos pptidos antimicrobianos cclicos y se
puede usar como una gua para el diseo de Pptidos antimicrobianos.
Por otro lado, Nils A. Berglund & Thomas J. Piggot, ( Berglund, Piggot, Jefferies,
& Sessions, 2015), enfatizaron su estudio en inducir la lisis de clulas bacterianas
Mediante la interaccin con sus membranas. Tomando en cuenta el papel de la
composicin qumica de la Membrana, que difiere entre las especies bacterianas y
puede ser heterognea incluso dentro Una sola clula. Adems, en su anlisis de las
bacterias Gram-negativas tales como E. coli, donde dichas bacterias contienen dos
membranas con composiciones diferentes, para disear la primera dinmica
molecular Simulacin de la interaccin del pptido antimicrobiano, la polimixina
B1 con Complejos de membranas tanto internas como externas de E. coli. En sus
resultados obtenidos de> 16 microsegundos De simulacin predice que la
polimixina B1 es probable que interacte con las membranas va mecanismos
distintos. El agregado de lipopptidos en la regin del grupo de cabeza
lipopolisacrido de la membrana externa con una tendencia limitada a la insercin
dentro de las colas del lpido A.
Revelando detalles mecnicos clave que pueden ser explotados para el futuro
desarrollo racional de frmacos.
En otros estudios, Yukun Wang & Tangzheng Zhao, (Wang, Zhao, Wei, &
Strandbergc, 2014), Investigaron la confiabilidad de la utilizacin simulaciones de
la dinmica molecular (MD), para explicar los pptidos antimicrobianos. Los
requisitos y limitaciones de la ejecucin de los DM para varios PAMs, entre los
ms comunes: PGLa, melitina, maculatina y BP100. Sus hallazgos en dicho estudio
fueron: (a) los resultados de la simulacin dependen fuertemente de los parmetros
del campo de fuerza, haciendo experimentalmente la Verificacin de las
simulaciones obligatorias, y (b) la generacin fluctuaciones orientativas y
conformacionales lentas, las cuales Significan que se necesitan perodos de
muestreo mucho ms largos (multi-s). Este artculo de Yukun Wang & Tangzheng
Zhao, forma parte de un nmero especial titulado Interfacially Active Pptidos y
Protenas.
En los estudios con respecto al mtodo de dinmica molecular fue introducido por
primera vez por Alder y Wainwright a finales de 1950 (Alder y Wainwright, 1957,
1959) para estudiar las interacciones de esferas duras. Muchos estudios importantes
sobre el comportamiento de los lquidos simples surgieron de sus estudios. El
siguiente gran avance fue en 1964, cuando Rahman llev a cabo la primera
simulacin utilizando un potencial realista para el argn lquido (Rahman, 1964). La
primera simulacin de dinmica molecular de un sistema realista fue realizada por
Rahman y Stillinger en su simulacin de agua lquida en 1974 (Stillinger y Rahman,
1974). Las primeras simulaciones de protenas aparecieron en 1977 con la
simulacin del inhibidor de la tripsina pancretica bovina (BPTI) (McCammon, et al
, 1977). Hoy en da en la literatura, uno rutinariamente encuentra simulaciones de
dinmica molecular de protenas solvatadas, complejos de protena-ADN, as como
sistemas de lpidos que abordan una variedad de cuestiones incluyendo la
termodinmica de la unin de ligando y el plegamiento de protenas pequeas. El
nmero de tcnicas de simulacin ha aumentado considerablemente; Existen ahora
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7. Metodologa
Mtodo para la medicion de interacion pptido- lpido por IR: las vesculas
multilaminares (MLVs), en presencia y ausencia de pptidos sern colocadas sobre
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Materiales:
Espectrofotmetro de infrarrojo Bruker Tensor 27
Espectrofotmetro Multiskan Go (Thermo Fisher Scientific
Sintetizador automtico de pptidos ABI 433A Peptide Synthesizer, marca
Thermo Fisher Scientific
Selenuro de Zinc
cloruro de fluorometiloxicarbonilo
dimetilformamida
piperidina
cido trifloro actico
Agua
Nitrgeno (gas)
Autoclave
otros[A2]
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8. Conclusiones
9. Recomendaciones
10. BILIOGRAFA
Guillemot, D. (1999). Antibiotic use in humans and bacterial resistance. Curr Opin
Microbiol 2, 494-498.
Martinez, J.L., Fajardo, A., Garmendia, L., Hernandez, A., Linares, J.F., MartnezSolano,
L., and Snchez, M.B. (2009). A global view of antibiotic resistance. FEMS microbiology
reviews 33, 44-65.
4- Papo, N., and Shai, Y. (2003). Can we predict biological activity of antimicrobial
peptides from their interactions with model phospholipid membranes? Peptides 24, 1693-
1703.
Powers, J.-P.S., and Hancock, R.E. (2003a). The relationship between peptide structure and
antibacterial activity. Peptides 24, 1681-1691.
5-Teixeira, V., Feio, M.J., and Bastos, M. (2012). Role of lipids in the interaction of
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6-Marr, A.K., Gooderham, W.J., and Hancock, R.E. (2006). Antibacterial peptides for
therapeutic use: obstacles and realistic outlook. Curr Opin Pharmacol 6, 468-472.
7-Steinberg, D.A., Hurst, M.A., Fujii, C.A., Kung, A.H., Ho, J.F., Cheng, F.C., Loury, D.J.,
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8-Kumarasamy, K.K., Toleman, M.A., Walsh, T.R., Bagaria, J., Butt, F., Balakrishnan, R.,
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9-Chen, Y., Guarnieri, M.T., Vasil, A.I., Vasil, M.L., Mant, C.T., and Hodges, R.S. (2007).
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10-Zhang, L., Parente, J., Harris, S.M., Woods, D.E., Hancock, R.E., and Falla, T.J. (2005).
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12- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4824775/
13-http://www.scielo.org.co/pdf/inf/v14n1/v14n1a07.pdf
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14-http://www.ch.embnet.org/MD_tutorial/pages/MD.Part1.html
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Dynamics Study. PLOS Computational biology.
17-Wang, Y., Zhao, T., Wei, D., & Strandbergc, E. (2014). How reliable are molecular
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