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Resumen
La citogentica molecular y los mtodos de hibridizacin in situ (HIS) han revolucionado la
comprensin de la estructura, funcin, organizacin y evolucin de los genes y el genoma,
adems de permitir identificar la presencia y expresin de agentes patgenos dentro de las c-
lulas afectadas. La HIS es una tcnica que combina la biologa molecular y las tcnicas de his-
toqumica para estudiar la expresin de genes en secciones de tejido y preparados citolgicos,
de tal manera que el ADN o el ARN puedan localizarse rpidamente en una clula especfica.
La HIS localiza la secuencia especfica de un gen in situ y visualiza el producto de la expresin
de dicho gen preservando al tiempo la integridad de la clula dentro del tejido que la rodea, lo
cual permite dictar interpretaciones anatmicas significativas. Esta tcnica es el resultado de
una reaccin en la cual una sonda marcada se une a una secuencia de cido nucleico comple-
mentarias entre s. Los mtodos de HIS son aplicables en investigacin clnica y en patologa
diagnstica, siendo muy utilizados para buscar expresin de genes cromosomales o para de-
tectar la presencia de bacterias o virus en tejidos infectados, ya que permiten diferenciar los
agentes contaminantes de los verdaderos agentes patgenos en un proceso infeccioso.
Abstract
Molecular cytogenetics and in situ hybridization (ISH) methods have revolutionized the un-
derstanding of the structure, function, organization and evolution of genes and genomes,
and allow identifying the presence and expression of pathogens within the affected cells. ISH
is a technique that combines molecular biology and histochemical techniques to study gene
expression in tissue sections and cytological preparations, so that the DNA or RNA can be quic-
kly located in a specific cell. ISH locates the specific sequence of an in situ gene and displays
1 Mdica veterinaria, Universidad the result of the expression of said gene while preserving the integrity of the cell in the su-
de La Salle, Bogot, Colombia. rrounding tissue, which allows for significant anatomical interpretations. This technique is
MSc (C) en Salud Animal, the result of a reaction in which a labeled probe binds to a nucleic acid sequence, which is
Universidad Nacional de Co-
lombia. Investigadora del Grupo
complementary. ISH methods are applicable in clinical research and diagnostic pathology,
de Patobiologa Veterinaria, being widely used to search for chromosomal gene expression or to detect the presence of bac-
Universidad Nacional de Co- teria or viruses in infected tissues, as it makes it possible to differentiate pollutants from real
lombia. Subgerente del Centro
pathogens in an infectious process
Especializado de Diagnstico
Veterinario-Microvet.
!marthafra@hotmail.com Keywords: DNA, RNA in situ hybridization, probes.
Rev. Med. Vet. ISSN 0122-9354: N. 25 enero-junio del 2013 pginas 63-78
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Recibido: 10 de diciembre de 2012. Aceptado: 19 de marzo de 2013
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Resumo
A citogentica molecular e os mtodos de hibridizao in situ (HIS) tm revolucionado a
compreenso da estrutura, funo, organizao e evoluo dos genes e o genoma, alm de
que permite identificar a presena e expresso de agentes patgenos dentro das clulas afe-
tadas. A HIS uma tcnica que combina a biologia molecular e as tcnicas de histoqumica
para estudar a expresso de genes em sees de tecido e preparos citolgicos, de tal modo
que o ADN ou o ARN possam localizar-se rapidamente em uma clula especfica. A HIS
localiza a sequncia especfica de um gene in situ e visualiza o produto da expresso deste
gene preservando ao mesmo tempo a integridade da clula dentro do tecido que a rodeia, o
que permite ditar interpretaes anatmicas significativas. Esta tcnica o resultado de uma
reao na qual uma sonda marcada se une a uma sequncia de cido nucleico complementa-
res entre si. Os mtodos de HIS so aplicveis em pesquisa clnica e em patologia diagnsti-
ca, sendo muito utilizados para buscar expresso de genes cromossmicos ou para detectar
a presena de bactrias ou vrus em tecidos infectados, j que permite diferenciar os agentes
contaminantes dos verdadeiros agentes patognicos em um processo infeccioso.
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heterogneo o una poblacin celular, y su alta sen- (PCR) utilizando un ADN molde y los primers o
sibilidad para determinar la expresin, incluso a cebadores apropiados, y c) a partir de ADN ge-
bajo nivel, de un gen especfico en clulas o en ma- nmico aislado del ncleo de un organismo; estas
peo gentico cromosomal. La sensibilidad de HIS sondas se utilizan en investigacin viral, bacteriana
no depende tanto de la especie animal sino del tipo o genmica (1, 2, 7, 9-15).
de tejido que se va a investigar, teniendo en cuenta
su obtencin, fijacin y tratamiento (1-5). Sondas ARN
Este artculo de revisin se enfoca en las bases Las ribosondas se obtienen mediante un pro-
generales de la tcnica de HIS y muestra las ven- ceso de transcripcin in vitro a partir de un ADN
tajas y desventajas de su uso para la identifica- molde linear que incorpora nucletidos marcados.
cin de agentes patgenos en diagnstico clnico Son de una sola hebra y ms susceptibles a la de-
o en investigacin veterinaria. gradacin por accin de ARNsas; sin embargo,
las sondas ARNc tienen la ventaja de tener hbridos
Sondas ARN-ARN ms estables que los ADN-ADN o
los ADN-ARN (7, 12, 16-20).
Una sonda es un cido nucleico (ADN o ARN)
cuya secuencia de nucletidos es complementaria Sondas de oligonucletidos
a la del cido nucleico de inters (6). Cualquier
fuente de ADN o ARN puede ser utilizada para Las sondas de oligonucletidos estn compuestas
obtener sondas de HIS. La HIS de ADN aporta
por 20 a 50 bases que pueden ser generadas con
informacin acerca de la organizacin, localiza-
un sintetizador de ADN automtico. Estas sondas
cin, distribucin, nmero de copias, cambios
evolutivos y mezclas con otras secuencias de ci- penetran las clulas ms rpidamente y generan ex-
dos nucleicos, mientras que la HIS de ARN apor- celentes seales de hibridizacin (10, 21-27).
ta informacin acerca de la localizacin y el grado
de expresin de un gen en particular (7). Se deben Marcadores y deteccin
tener en cuenta varios factores para elegir las son-
das de HIS, entre ellos se tienen la especificidad
de la seal
y sensibilidad, facilidad en la penetracin de los
Para la HIS los nucletidos en las sondas tienen que
tejidos, estabilidad de los hbridos y repetitividad
de la tcnica (8). ser modificados o marcados para que se hagan evi-
dentes despus del proceso de hibridizacin con el
material gentico de inters (1, 7).
Tipos de sondas
Sondas ADN Marcadores radioistopos
Las sondas de ADN pueden generarse por: a) vec- Es la forma ms tradicional de HIS por ser la ms
tores de clonacin, en donde los clones tienen una sensible; las desventajas de estas sondas incluyen
porcin del ADN de un organismo determinado; una vida media corta, peligro biolgico, y el hecho
b) amplificacin de secuencias especficas de ADN de que toman un largo tiempo en el proceso para
mediante una reaccin en cadena de la polimerasa obtener resultados (1, 7, 27-30).
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meda para lograr la hibridizacin del cido nuclei- Contraste, montaje y evaluacin
co deseado con la sonda marcada. Para obtener un
acoplamiento ptimo entre la sonda y la diana se Se pueden utilizar muchos protocolos de colora-
precisan alrededor de una a dos horas para sondas cin para identificar y contrastar los componentes
biotiniladas o conjugadas con fluorocromos y has- celulares contra el precipitado catalizado por la en-
ta doce horas para sondas conjugadas con digoxi- zima (p. ej. azul de toluidina, hematoxilina, eosina,
genina (51-53). verde metilo, nuclear fast red, safranina y giemsa).
Como regla general la coloracin debe ser dbil y
Lavados poshibridizacin contrastar con la seal de HIS. Los montajes basa-
dos en xilol pueden inducir formacin de crista-
Los lavados despus de la hibridizacin remueven les de NBT/BCIP, por esto se recomienda el uso
la sonda que no se uni o que tiene uniones dbiles de soluciones acuosas a base de glicerol, sin em-
con el ADN molde o con la mezcla de hibridizacin; bargo se debe recordar que este no es un montaje
generalmente, los lavados se realizan con la misma permanente (2, 7, 37). La evaluacin y el anlisis
severidad de la hibridizacin. Cuando se utilizan oli- de las lminas dependen de cada experimento y del
gonucletidos los lavados deben ser suaves, ya que es- mtodo de marcacin utilizado. La HIS puede ser
tas sondas son cortas y hay que asegurarse de que evaluada por medio de microscopa de luz, mi-
permanezcan hibridizadas al blanco (1, 2, 7, 37). croscopa electrnica de transmisin o de barrido,
epifluorescencia, microscopa confocal, etc. (1, 19,
Deteccin colorimtrica de los sitios 57, 58) (figura 2).
de hibridizacin
APLICACIONES DE LA
La deteccin de los sitios de hibridizacin es una HIBRIDIZACIN IN SITU
parte importante de la HIS, ya que permite la vi-
sualizacin de los hbridos formados entre la sonda Los mtodos de HIS son aplicables en tejidos vi-
y el blanco. Para la deteccin de los sitios de hibri- vos o fijados y procesados de biopsias o material
dizacin ARN o ADN en clulas, tejidos o embrio- de necropsia, y han demostrado ser preferibles a
nes se prefieren sistemas cromognicos mediados otras tcnicas convencionales como la reaccin
por enzimas que generan precipitados colorimtri- en cadena de la polimerasa (PCR), inmunohisto-
cos insolubles. Anticuerpos (o avidina), conjugados qumica o cultivos bacterianos para el diagnstico
a una enzima, pueden unirse a la sonda marcada ya y la identificacin de agentes patgenos (tabla 1).
hibridizada, y luego incubarse con un sustrato cro- En el caso de la PCR ambas tcnicas tienen buena
mognico adecuado para la enzima. Comnmente sensibilidad y especificidad; sin embargo, la PCR
la enzima es la fosfatasa alcalina (PA) y se conju- no permite identificar los microorganismos dentro
ga a la (estrepto) avidina, antidigoxigenina o anti- del tejido lo cual limita su aplicabilidad en investi-
fluorescena; y el sistema de deteccin que se usa gacin y en oncologa, donde se prefiere tener la
es el NBT/BCIP (4-Nitroazul tetrazolio cloruro y ubicacin exacta de las clulas cancergenas para
5-bromo-4-cloro-3-indoil-fosfato). Dependiendo un mejor tratamiento y un pronstico ms certe-
de la abundancia del blanco que se quiere detectar ro. La inmunohistoqumica, por su parte, permite
la reaccin se deja por unos minutos, horas o inclu- identificar la molcula blanco dentro de los tejidos,
so das (2, 7, 54-56). pero tiene una sensibilidad ms baja que HIS y
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* Se muestran tres mezclas usando sondas ADN marcadas para detectar ADN bacteriano o viral, ribosondas marcadas para detectar expresin de ARNm en plantas, y oligonucletidos
marcados para detectar ARNm (nota 1). Los volmenes estn dados para 8 lminas, cada una de las cuales usa 30 l de mezcla de hibridizacin (20-100 l o ms pueden ser usados
dependiendo del rea de tejido). La mezcla de hibridizacin sin sonda (buffer de hibridizacin) se utiliza como material de prehibridizacin (7).
Notas:
1. Los diferentes buffers estn dados para detectar ARNm de plantas usando ribosondas, blancos ADN bacterianos o virales en tejidos patolgicos, y oligonucletidos como sondas; sin
embargos los buffers tienen componentes similares y pueden ser cambiados de acuerdo a necesidades particulares.
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2. La formamida, la concentracin de SSC y la temperatura determinan la severidad de la hibridizacin. Una concentracin final de formamida al 50 % y SSC 2X permite que los
hbridos tpicos ADN:ADN, con una homologa del 80-85 %, se formen a 42C, una concentracin final de formamida al 50 % y sales-Na 1X permiten que los hbridos ARN:ARN
con una homologa del 75-80 % permanezcan estables. La estabilidad de las molculas hbridas entre el blanco y los oligonucletidos depende en gran medida de la longitud de los
oligonucletidos y su contenido de GC. Se debe cambiar la concentracin de formamida para conseguir una hibridizacin a 10-20 C por debajo de la Tm calculada dependiendo de
las fallas en el apareamiento entre la sonda y el blanco. Para un oligonucletido con 20 pb, un contenido del 50 % de GC, 20 % de formamida y las sales sugeridas, se permite un 5 %
(1 pb) de fallas en apareamiento.
!
3. La formamida restante se aade con la sonda.
4. Sales-Na 10X: NaCl 3 M, Buffer Na-fosfato 100 mM, Tris-HCl 100 mM pH 6,8, EDTA 50 mM.
5. Buffer-PE 10X: Tris-HCl 500 mM pH 7,5, Na4P2O7 45 Mm, PVP al 2 % (w/v) (MV 40.000), Ficoll al 2 % (w/v) (MW 400.000), EDTA 50 mM.
6. El Tris-HCl y la EDTA se aaden juntos con las sales-Na o con el buffer PE 10X, ver notas 4 y 5.
7. Solucin de Denhardt 100X: Ficoll al 20 % (w/v), PVP al 20 % (w/v), BSA al 20 % en agua.
8. Esta mezcla se llama de hibridizacin, si todas las lminas requieren la misma sonda aada 50 l de la sonda para obtener un volumen total de 250 l. De lo contrario, distribuya el
buffer de hibridizacin de manera equivalente en los tubos antes de aadir las sondas individuales.
9. Las sondas ADN marcadas y las ribosondas se preparan en formamida al 50 % y una concentracin final de 5X. los oligonucletidos marcados se hacen en agua con una concen-
tracin final de 60X.
Fuente: Schwarzacher y Heslop-Harrison (7).
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Nota: las flechas muestran la presencia de la bacteria en reas con engrosamiento de septos. Sonda pmhyb449 marcada con digoxigenina y
contrastada con fosfatasa alcalina NBT/BCIP - Nuclear Fast Red.
una alta incidencia de marcacin inespecfica que por los sntomas o por efectos citopticos obser-
puede generar resultados engaosos; por ltimo, vados en lminas histopatolgicas, sin embargo,
los cultivos bacterianos son poco sensibles, se con- con esta tcnica ahora es posible ver y confirmar
taminan fcilmente y toman varios das e incluso la presencia de estos patgenos en tejidos o prepa-
semanas para mostrar un resultado; a pesar de ser rados citolgicos; ha sido especialmente usada en
una de las tcnicas ms utilizadas en el diagnstico humanos para el diagnstico de cytomegalovirus
de agentes infecciosos como bacterias u hongos, es (CMV), papilomavirus (HPV), Eipsten-Barr vi-
una de las menos confiables (1, 7, 37, 59, 60). A rus (EBV) y herpes virus (HPV) entre otros. Para
continuacin se muestran algunas de las aplicacio- este ltimo, HIS no solo permite identificar la pre-
nes de HIS en el diagnstico de agentes patgenos. sencia del virus sino tambin diferenciar si es un sub-
tipo de alto o bajo riesgo (1, 6).
Virus
Bacterias
En el campo de las enfermedades infecciosas la
HIS ha sido muy utilizada para detectar la presen- La HIS se ha usado para estudiar fisiologa bac-
cia de virus o definir la extensin de la infeccin teriana, enumerar bacterias viables y examinar
sistmica en secciones histolgicas o preparados biofilms (61-64). En medicina veterinaria se ha
citolgicos. Anteriormente se sospechaba la pre- aplicado para estudiar bacterias como Streptococ-
sencia de un virus durante un proceso patolgico cus suis en cerdos (65), Chlamydia trachomatis en
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