Planejamento de frmacos,

biotecnologia e qumica
medicinal: aplicaes
em doenas infecciosas
Rafael V. C. Guido, Adriano D. Andricopulo
e Glaucius OlivA

Introduo

D
oenas infecciosas so causadas por micro-organismos patognicos
(por exemplo, bactrias, vrus, fungos e parasitas) que invadem as clulas
do hospedeiro para a sua reproduo. Essas doenas representam graves
problemas de sade pblica que afetam uma frao significativa da populao
mundial e, em razo de seu aspecto socioeconmico, representam um dos prin-
cipais desafios para o sculo XXI, especialmente nas regies mais pobres e vulne-
rveis do planeta. De acordo com a Organizao Mundial de Sade (OMS), as
doenas infecciosas so responsveis por aproximadamente um tero das causas
de mortalidade no mundo. A relao entre essas enfermidades e a baixa renda
das populaes mais carentes fica evidente ao se constatar que as doenas infec-
ciosas ocupam a primeira posio entre as principais causas de morte e incapaci-
dade permanente nos pases em desenvolvimento (WHO, 2008).
O processo de descoberta e desenvolvimento de frmacos complexo,
longo e de alto custo, tendo suas razes profundamente ligadas s inovaes
cientficas e tecnolgicas (Guido et al., 2008a). Os avanos expressivos da qu-
mica e biologia e a melhor compreenso de vias bioqumicas, alvos moleculares
e de mecanismos que levam ao aparecimento e desenvolvimento de doenas,
tornaram possvel a descoberta de inovaes teraputicas notveis, proporcio-
nando melhorias significativas na qualidade de vida das diversas populaes no
mundo.
A qumica medicinal, de reconhecido papel central no processo de P&D
de frmacos, caracteriza-se por seu relevante carter multidisciplinar, abrangen-
do diversas especialidades, tais como qumica orgnica, bioqumica, farmacolo-
gia, informtica, biologia molecular e estrutural, entre outras. De acordo com
a Unio Internacional de Qumica Pura e Aplicada (da sigla inglesa Iupac In-
ternational Union of Pure and Applied Chemistry), a qumica medicinal uma
disciplina com base em qumica, envolvendo a inveno, a descoberta, o plane-

estudos avanados 24 (70), 2010 81

jamento, a identificao, a preparao e a interpretao do mecanismo de ao
molecular de compostos biologicamente ativos. Alm da descoberta de molcu-
las bioativas, a qumica medicinal tambm incorpora os estudos do metabolismo
e das relaes entre a estrutura qumica e atividade (Wermuth, 2003). Assim, fica
claro o estabelecimento de interfaces fundamentais entre as cincias qumicas,
biolgicas, farmacuticas, mdicas, fsicas e computacionais.
Descoberta e desenvolvimento de novos frmacos
Na aplicao de estratgias de planejamento de frmacos, os estudos dos
processos evolutivos de reconhecimento molecular em sistemas biolgicos assu-
mem grande importncia, pois constituem as bases fundamentais para o enten-
dimento de propriedades como potncia, afinidade e seletividade. Diante desse
complexo paradigma, as ferramentas biotecnolgicas associadas aos mtodos de
qumica medicinal ganham papel destacado no desenvolvimento de novas mol-
culas com atividade biolgica.
O processo de descoberta e desenvolvimento de frmacos, conforme ilus-
trado na Figura 1, dividido em duas grandes fases: (i) descoberta (tambm
conhecida como pr-clnica ou pesquisa bsica) e (ii) desenvolvimento (ou clni-
ca) (Lombardino & Lowe, 2004). Nos estgios iniciais da fase de descoberta, as
pesquisas se concentram geralmente na identificao e otimizao de molculas
pequenas capazes de representar novas entidades qumicas (NCE, do ingls New
Chemical Entities) com potencial de desenvolvimento clnico. A validao do
alvo molecular selecionado fundamental por uma srie de razes que envolvem
desde o estabelecimento de sua relevncia no processo fisiopatolgico em estu-
do at a caracterizao do impacto de sua modulao seletiva no tratamento ou
na cura de doenas ou disfunes em humanos.

Figura 1 Etapas envolvidas no processo de descoberta e desenvolvimento de frmacos

(ADME absoro, distribuio, metabolismo e excreo; NDA solicitao
para um novo frmaco, do ingls new drug application).

O alvo biolgico selecionado (por exemplo, protena, DNA ou RNA)

pode ter a sua estrutura tridimensional (3D) conhecida ou no, fato que deter-
mina a priorizao de estratgias de planejamento (Andricopulo et al., 2009).
Os grandes avanos da genmica e protemica, aliados evoluo das tcnicas

82 estudos avanados 24 (70), 2010

de cristalografia de raios-X e ressonncia magntica nuclear (RMN) proporcio-
nam um aumento significativo no nmero de alvos moleculares com estruturas
3D disponveis no Banco de Dados de Protenas (PDB, do ingls Protein Data
Bank).
As molculas bioativas (ou ligantes, do ingls hits) podem ser identifica-
das a partir de triagens reais (por exemplo, biolgicas, bioqumicas) ou virtuais
(por exemplo, computacionais) de produtos naturais, compostos sintticos ou
colees combinatrias, ou ainda mediante planejamento racional. Ressalta-se,
contudo, que, em todos os casos, as propriedades biolgicas devem ser deter-
minadas experimentalmente, sendo necessrio o desenvolvimento de ensaios
padronizados e validados de alta qualidade. Em geral, nas fases iniciais de pla-
nejamento, so identificadas molculas de baixa potncia e afinidade que devem
ser otimizadas em relao a uma srie de propriedades farmacodinmicas (por
exemplo, potncia, afinidade, seletividade) e farmacocinticas (por exemplo, ab-
soro, metabolismo, biodisponibilidade). Os compostos otimizados so sele-
cionados como compostos lderes (do ingls lead compounds) para posterior de-
senvolvimento de NCE candidatas a frmacos (Guido & Andricopulo, 2008).
Com o auxlio de mtodos de qumica medicinal, possvel explorar o
imenso espao qumico delineando o trabalho de identificao, seleo e otimi-
zao de molculas capazes de interagir com alta afinidade e seletividade com o
alvo molecular selecionado (por exemplo, enzima, receptor), o qual representa
o espao biolgico. Vrias estratgias podem ser empregadas para a investigao
do espao qumico-biolgico, tais como: a organizao de bases de dados, a
aplicao de filtros moleculares, o emprego de triagens biolgicas automatizadas
em alta escala (HTS, do ingls high-throughput screening) e o uso da triagem
virtual (VS, do ingls virtual screening).
O conhecimento das estruturas de alvos macromoleculares ou de comple-
xos do tipo ligante-receptor permite a aplicao de estratgias de planejamento
de frmacos baseado na estrutura do receptor (SBDD, do ingls structure-based
drug design). Em contraste, quando a estrutura do alvo eleito no conhecida,
mtodos de planejamento de frmacos baseado na estrutura do ligante (LBDD,
do ingls ligand-based drug design) podem ser utilizados, explorando proprieda-
des e caractersticas de sries de ligantes bioativos. Em muitos casos, o uso inte-
grado de estratgias de SBDD e LBDD pode gerar informaes teis no plane-
jamento de NCE, por meio da sinergia e complementaridade de conhecimentos
entre as estratgias (Guido et al., 2008a; Andricopulo et al., 2009). O gerencia-
mento qualificado da informao um fator muito importante nos dias atuais,
possibilitando a organizao e anlise do vasto volume de dados disponvel.
Biotecnologia e descoberta de frmacos
A revoluo biotecnolgica (por exemplo, genmica, genmica funcio-
nal, protemica, metabolmica e citmica) tem fornecido informaes extrema-
mente teis para a descoberta de frmacos. O sufixo mica indica uma srie

estudos avanados 24 (70), 2010 83

de novas disciplinas e procedimentos que visam identificao funcional e/
ou estrutural de tecidos, clulas, padres de expresso gnicos e caractersticas
metablicas (Bhogal & Balls, 2008). Essas estratgias encontram uma variedade
de aplicaes por meio do monitoramento de indicadores celulares ou bioqu-
micos (por exemplo, transcrio de um gene especfico ou variao da expres-
so/funo de uma determinada protena), desde as etapas de identificao de
alteraes fisiolgicas e/ou metablicas induzidas pelo estado de doena at a
avaliao dos efeitos dos frmacos sobre o organismo humano (Tabela 1). Ape-
sar de promissoras, essas tecnologias apresentam algumas limitaes, incluindo
(i) a necessidade de mtodos capazes de interpretar e correlacionar de forma oti-
mizada a imensa quantidade de informaes geradas e (ii) a aplicao dos dados
biolgicos de forma racional e efetiva no planejamento de frmacos.
A genmica funcional (ou transcritoma) visa ao conhecimento completo
do conjunto de transcritos (RNA mensageiros, RNA ribossmicos, RNA trans-
portadores e os microRNA) de um dado organismo, tecido ou linhagem celular.
Os estudos do genoma funcional so baseados em tcnicas de microarranjos ca-
pazes de identificar e determinar os transcritos de RNAm em clulas. As anlises
de microarranjos de RNA de interferncia (RNAi) tm contribudo de forma
significativa para a avaliao da funo gnica atravs do silenciamento gentico
ou da diminuio da expresso de protenas (Mousses et al., 2003). Entretanto,
eventos ps-traducionais importantes para a regulao e sinalizao celular, tais
como fosforilao, glicosilao, ancoramento em membranas e enovelamento,
so raramente detectados atravs dessa tcnica. Os mtodos protemicos (Bla-
ckstock & Weir, 1999) so alternativas teis nesses casos e, apesar de serem
menos apropriados para ensaios em alta escala, fornecem dados mais precisos e
detalhados, uma vez que as estratgias envolvidas (por exemplo, espectroscopia
de massa) so fundamentadas na capacidade de resoluo e deteco de prote-
nas especficas isoladas de diversas fontes.
Os estudos em metabolmica permitem a identificao de metablitos de
baixa massa molecular mediante tcnicas muito sensveis como a RMN (Nichol-
son & Lindon, 2008), que necessita de apenas 20 mg de tecido ou fluidos bio-
lgicos (Bollard et al., 2005). Alm disso, os procedimentos envolvidos podem
ser amplamente aplicados em estudos de avaliao de propriedades farmacoci-
nticas de candidatos a frmacos, tanto na fase pr-clnica em modelos animais
quanto nos ensaios clnicos em humanos (Figura 2). O uso da Base de Dados
do Metaboloma Humano (do ingls Human Metabolome Database) (Wishart
et al., 2007) auxilia no trabalho de avaliao do impacto das doenas sobre o
metabolismo de diferentes organismos.
A citmica, caracterizada pelo estudo dos sistemas celulares, baseia-se em
uma premissa menos reducionista que integra os dados da genmica funcional e
metabolmica para elucidar os eventos genticos e bioqumicos em uma clula
isolada (Valet, 2006). Tcnicas anteriormente exclusivas dos estudos celulares,

84 estudos avanados 24 (70), 2010

tais como a citometria de fluxo, microscopia confocal, bioimagem e fluorescn-
cia, esto sendo aplicadas em P&d de frmacos, pois permitem a aquisio de
dados em tempo real, evidenciando um cenrio realstico dos fenmenos biol-
gicos.
tabela 1 estratgias e mtodos biotecnolgicos
Estratgia Amostra Tecnologia Informao Vantagens Limitaes

Genmica DNA Sequenciamento Sequncia de Eficincia na Gerao

de DNA nucleotdeos gerao de excessiva de
dados dados dados

Genmica RNA Determinao Padres de Eficincia na Extrapolao

funcional de transcritos hibridizao de gerao de da transcrio
RNAm RNAm dados do RNAm para
a expresso de
protenas
Prote- Protenas Espectroscopia Sequen- Dados Baixa eficincia
mica de massa, ciamento de gerados em na gerao de
eletroforese aminocidos, mdia-escala; dados, rudo
em gel, chips modificaes relevantes associado
de protenas, ps-traducio- indicaes para
arranjos de nais, interaes a descoberta
anticorpos entre protenas de novos alvos

Metabo- Metablitos Espectroscopia Molculas que Triagem em Misturas

lmica de massa, RMN, constituem os alta escala com complexas,
CLAE metablitos significativa rudo associado,
capacidade de reprodutibilidade
transferncia
para estudos

Citmica Clulas Imagem digital, Ftons Otimizao da Dificuldade

fluorecncia, visualizao em obter
imuno- temporal e biomarcadores
histoqumica espacial dos relevantes
efeitos celulares
dos frmacos

em geral, as diferentes estratgias biotecnolgicas discutidas produzem

grandes quantidades de dados que devem ser analisados de forma rpida e efi-
caz. nesse contexto, os mtodos em bioinformtica tm papel fundamental,
possibilitando a organizao, o gerenciamento, a visualizao e interpretao da
informao gerada. o objetivo o estabelecimento de padres de correlao en-
tre os diversos eventos bioqumicos e celulares envolvidos no estado de doena
(ou durante o tratamento com um candidato a frmaco). da anlise integrada
desses dados, origina-se a interatmica (Cusick et al., 2005), caracterizada pelo
mapeamento das redes de interao entre os diversos fenmenos biolgicos (por
exemplo, moleculares, bioqumicos, celulares). um nmero expressivo de da-
dos contendo os mapas de interao de diversos sistemas biolgicos encontra-se

estudos avanados 24 (70), 2010 85

disponvel em bases de dados de acesso pblico, como: (i) Mapa do Interatoma
de Protenas Estruturais (PSI-MAP do ingls Protein Structural Interactome
Map) (Gong et al., 2005); (ii) Base de Dados de Interao de Protenas (DIP
do ingls Database of Interacting Proteins) (Xenarios et al., 2000); (iii) Base
de Dados de Redes de Interao Biomolecular (Bind do ingls Biomolecular
Interaction Network Database) (Bader et al., 2003); e (iv) Base de Dados de In-
terao Molecular (Mint do ingls Molecular INTeraction database) (Zanzoni
et al., 2002).

Figura 2 Integrao da biotecnologia no processo de P&D de frmacos.

Doenas tropicais negligenciadas

As doenas tropicais negligenciadas (DTN) so consequncias marcantes
do subdesenvolvimento social, retratando com mincia a situao das regies
mais pobres e desfavorecidas do planeta (Beyrer et al., 2007). As DTN so end-
micas em vrias regies geogrficas importantes (Dias et al., 2009), afetando mi-
lhes de pessoas e determinando altos ndices de morbidade e mortalidade. Para
a maioria das DTN prioritrias nos programas especiais da OMS (por exemplo,
malria, tripanossomase africana (doena do sono), tripanossomase americana
(doena de Chagas), dengue, lepra, leishmaniose, esquistossomose, oncocerco-
se, entre outras), as opes teraputicas so insuficientes e apresentam uma srie
de problemas, tais como baixa eficcia, elevada toxicidade e a emergncia de
cepas resistentes (Guido & Oliva, 2009). Esse cenrio agravado pelo nmero
limitado e pela falta de inovao nos programas de P&D de frmacos na rea de
DTN (Nwaka & Hudson, 2006; Nwaka et al., 2008) Dessa forma, essencial a
concentrao de esforos globais (governo academia indstria) para a criao
e manuteno de programas de P&D para a descoberta de novas alternativas te-
raputicas para o controle e tratamento dessas doenas (Guido & Oliva, 2009).
O Programa Especial para Pesquisa e Treinamento em Doenas Tropicais
(TDR, do ingls Special Programme for Research and Training in Tropical Di-
seases) da OMS, o Programa de Medicamentos para Malria (MMV, do ingls
Medicines for Malaria Venture) e a Iniciativa de Medicamentos para Doenas

86 estudos avanados 24 (70), 2010

negligenciadas (dndi, do ingls drugs for neglected diseases Initiative) so
exemplos de parcerias pblico-privadas que tm como objetivo criar, estimular e
investir em P&d de frmacos contra uma variedade de dtn (dias et al., 2009).
alguns exemplos de frmacos que chegaram ao mercado por meio de parcerias
pblico-privadas so apresentados na tabela 2.

tabela 2 - Frmacos contra dtn desenvolvidos atravs de parcerias pblico-privadas

Frmaco Registro Indicao teraputica Parcerias pblico-privadas

Praziquantel 1976 Esquistossomose Bayer / TDR

Mefloquina 1984 Malria Hoffman La Roche /
Wrair* / TDR
Ivermectina 1987 Oncocercose Merck / TDR
Halofantrina 1988 Malria Smith Kline Beecham,
Wrair* / TDR
Eflornitina 1991 Doena do Sono Marion Merrel Dow / TDR
Anfotericina B Liposomal 1994 Leishmaniose NeXstar / TDR
Artemisinina 1997 Malria Rhone Poulenc Rorer /
Kunming / TDR
Artemisinina-lumefantrina 1999 Malria Novartis / governo chins
Artemotila 2000 Malria Artecef / WRAIR / TDR
Miltefosina 2002 Leishmaniose Zentaris, Indian CMR / TDR
Artesunato-amodiaquina 2007 Malria Sanofi-Aventis / DNDi
Artesunato-mefloquina 2008 Malria Farmaguinhos / DNDi
*
Instituto Militar de Pesquisa Walter Reed (Wrair, do ingls Walter Reed army Institute of Re-
search).

Iniciativas nacionais de P&D na rea de DTN

Iniciativas de extrema importncia vm sendo executadas com sucesso para
inserir o Brasil em um panorama cada vez mais expressivo no campo da cincia
e tecnologia. trs exemplos so apresentados para ilustrar a abrangncia e a di-
versidade de redes e parcerias que tm proporcionado grandes oportunidades e
desafios na rea de dtn.
o Centro de Biotecnologia Molecular estrutural (CBMe) fruto de cola-
boraes slidas estabelecidas em projetos de P&d de frmacos que envolvem:
(i) os Laboratrios de Cristalografia de Protenas e Biologia estrutural, e de
Qumica Medicinal e Computacional (LQMC) do Instituto de Fsica de so
Carlos da universidade de so Paulo (IFsC-usP), (ii) o Laboratrio nacional
de Luz sncrotron (LnLs) de Campinas, e (iii) os departamentos de Qumi-
ca (dQ), de Gentica e evoluo (dGe) e de Cincias Fisiolgicas (dCF) da
universidade Federal de so Carlos (uFsCar). o CBMe um dos dez Centros
de Pesquisa, Inovao e difuso (Cepid) apoiados pela Fundao de amparo

estudos avanados 24 (70), 2010 87

Pesquisa do Estado de So Paulo (Fapesp) (CBME, 2010). Entre os principais
objetivos do CBME, destacam-se a realizao de pesquisa bsica e aplicada, a
gerao de inovao cientfica e tecnolgica, a disseminao de conhecimento e
difuso da educao em todas as reas da biotecnologia. Para cumprir seus ob-
jetivos, o CBME adotou uma abordagem multidisciplinar integrada, que inclui
a aplicao de mtodos de biologia molecular, bioqumica, qumica orgnica,
biologia estrutural e qumica medicinal.
Os projetos de pesquisa do CBME possuem como elo comum uma abor-
dagem molecular, explorando sistemas biolgicos complexos de grande impor-
tncia para reas sensveis de nossa sociedade, como a de frmacos e medica-
mentos, agronegcios e biotecnologia. Um dos grandes objetivos do CBME
alcanar a mxima integrao com o setor produtivo, particularmente com
indstrias farmacuticas nacionais e multinacionais, indstrias biotecnolgicas,
instituies de pesquisa em sade humana, entre outros, para o estabelecimento
de parcerias e/ou outras formas de cooperao na rea de P&D de frmacos.
Em resumo, nos ltimos dez anos, o CBME tem conduzido projetos inovadores
em biotecnologia estrutural e qumica medicinal, incluindo o desenvolvimento
de patentes e transferncia de tecnologia. A disseminao da cincia e a difuso
do conhecimento, alcanadas por meio de programas dedicados a alunos e pro-
fessores do ensino mdio, bem como populao em geral, tambm merecem
especial destaque.
O Instituto Nacional de Cincia e Tecnologia de Biotecnologia Estrutural
e Qumica Medicinal em Doenas Infecciosas (INBEQMeDI) outro exemplo
bem-sucedido de iniciativa multidisciplinar integrada com foco no desenvolvi-
mento de candidatos a novos frmacos empregando alvos moleculares especfi-
cos em micro-organismos associados a doenas infecciosas. O INBEQMeDI foi
criado no programa Institutos Nacionais de Cincia e Tecnologia (INCT) do
MCT/CNPq/MS/Fapesp. Esse programa tem metas ambiciosas e abrangen-
tes em termos nacionais como possibilidade de mobilizar e agregar, de forma
articulada, os melhores grupos de pesquisa em reas de fronteira da cincia e
em reas estratgicas para o desenvolvimento sustentvel do pas; impulsionar
a pesquisa cientfica bsica e fundamental competitiva internacionalmente; esti-
mular o desenvolvimento de pesquisa cientfica e tecnolgica de ponta associada
a aplicaes para promover a inovao e o esprito empreendedor, em estreita
articulao com empresas inovadoras, entre outras (INBEQMeDI, 2010a).
O INBEQMeDI um desdobramento da iniciativa bem-sucedida do CB-
ME-Cepid-Fapesp e tem como sede o Instituto de Fsica de So Carlos da
USP. Alm disso, fazem parte grupos associados do Departamento de Qumica
da Universidade Federal de So Carlos (DQ-UFSCar), do Instituto de Biocin-
cias (IB-USP), do Instituto de Cincias Biolgicas (ICB-USP), da Faculdade
de Medicina de Ribeiro Preto (FMRP-USP), alm de dois grupos de jovens
pesquisadores da Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG) e da Uni-
versidade Federal de Viosa (UFV). As abordagens empregadas so fundamen-

88 estudos avanados 24 (70), 2010

tadas em biotecnologia estrutural e qumica medicinal moderna. A estratgia
de ao do INBEQMeDI realizar tanto pesquisa bsica quanto aplicada, bem
como promover o desenvolvimento tecnolgico e a disseminao da educao
na rea de DTN. Para alcanar esses objetivos, o INBEQMeDI vem promoven-
do uma abordagem multidisciplinar, incluindo a utilizao de mtodos de biolo-
gia molecular, bioqumica, biologia estrutural (cristalografia de protenas, RMN
multidimensional, modelagem molecular e bioinformtica), qumica medicinal
baseada em produtos de origem natural e sinttica, planejamento de frmacos,
imunologia molecular, biologia celular e farmacologia (INBEQMeDI, 2010b).
Como ltimo exemplo, vale destacar que o nosso grupo foi selecionado
pela Organizao Mundial da Sade (OMS), em seu Programa Especial para
Pesquisa e Treinamento em Doenas Tropicais (Special Programme for Rese-
arch and Training in Tropical Diseases TDR/WHO-Unicef/UNDP/World
Bank Business Line on Lead Discovery for Infectious Tropical Diseases New
Medicinal Chemistry Centers to Join Drug Discovery Networks), como Centro
de Referncia em Qumica Medicinal para Doena de Chagas. O nosso Centro
da OMS tem como objetivo fundamental avanar no desenvolvimento de can-
didatos a novos frmacos para o tratamento da doena de Chagas. As atividades
de pesquisa envolvem uma integrao efetiva com laboratrios parceiros da rede
de qumica medicinal da OMS, incluindo grandes empresas farmacuticas como
a Pfizer, Merck, Chemtura e Pharmacopeia (WHO, 2010).
Alvos moleculares para a descoberta de frmacos
As enzimas so alvos biolgicos extremamente importantes para o plane-
jamento de novos frmacos, em razo do seu papel essencial em vias bioqumi-
cas associadas a doenas e disfunes em humanos. Outros atrativos so a sua
fcil obteno, adequao para ensaios biolgicos e versatilidade na aplicao de
tcnicas de SBDD e LBDD (Mestres, 2005). Os inibidores enzimticos do tipo
reversvel so os candidatos a frmacos mais estudados e podem ser classificados
em competitivos, no competitivos e incompetitivos. Existem ainda os inativa-
dores enzimticos irreversveis, que atuam especialmente como agentes marca-
dores de afinidade (do ingls affinity labels) ou como inativadores enzimticos
com base no mecanismo (do ingls mechanism-based inactivators), levando a
modificaes covalentes da enzima (Copeland, 2005).
De acordo com dados da FDA (sigla inglesa para U.S. Food and Drug Ad-
ministration), aproximadamente 25% das NCE registradas (317 em 1.278 NCE)
tinham como alvo 71 enzimas provenientes de cinco fontes distintas (Figura 3)
(Robertson, 2005).
Exemplos de aplicao de mtodos de planejamento de frmacos
Um dos grandes desafios da qumica medicinal no processo de planeja-
mento de frmacos contribuir para o aumento da taxa de sucesso na desco-
berta de NCE. A integrao de mtodos experimentais e computacionais tem
enorme importncia na identificao e no desenvolvimento de novas molculas

estudos avanados 24 (70), 2010 89

bioativas a partir de colees de compostos reais ou virtuais. Nesse mbito, as
estratgias de SBDD e LBDD assumem natural destaque (Andricopulo et al.,
2009). Os mtodos de SBDD se baseiam no conhecimento do arranjo topolgi-
co de alvos biolgicos, logo, utilizam como pr-requisito dados 3D detalhados
da macromolcula em estudo. Essa informao pode ser obtida mediante a an-
lise de estruturas cristalogrficas, de RMN ou de modelagem por homologia. A
docagem molecular (do ingls molecular docking) uma das principais estrat-
gias de SBDD, que consiste na predio da conformao bioativa de uma peque-
na molcula (ligante) no stio de ligao de uma macromolcula (protena-alvo),
seguido da avaliao (pontuao) e classificao do modo de ligao proposto.
A triagem virtual baseada na estrutura do receptor (SBVS, do ingls structure-
based virtual screening) emprega mtodos de docagem molecular na anlise de
grandes bases de dados de compostos com o objetivo de caracterizar um espao
qumico-biolgico privilegiado e permitir a seleo de compostos para testes
bioqumicos e/ou biolgicos (Guido et al., 2008a; Andricopulo et al., 2009).

Figura 3 Enzimas como alvos moleculares de frmacos aprovados pelo FDA (Robert-
son, 2005).

O planejamento de frmacos antiparasitrios se baseia, especialmente, na

investigao de vias bioqumicas do parasita e, quando apropriado, na com-
parao dessas com a do hospedeiro, com o objetivo de identificar possveis
alvos para modulao seletiva por molculas pequenas (Verlinde et al., 2001).
A aplicao de estratgias modernas de qumica medicinal pode ser observada
no exemplo da purina nucleosdeo fosforilase de Schistosoma mansoni (SmPNP),
uma enzima-chave da via de salvao de purinas (Postigo et al., 2010). Nesse
trabalho, o stio ativo da SmPNP foi selecionado como alvo para o desenvolvi-
mento de um modelo farmacofrico 3D, que foi empregado na triagem virtual
de uma grande base de dados, levando identificao de trs derivados tioxo-
tiazolidinonas com atividade in vitro ante a enzima-alvo (Figura 4A). Posterior-
mente, a integrao entre planejamento molecular, sntese orgnica e avaliao

90 estudos avanados 24 (70), 2010

biolgica foi fundamental no processo que resultou na identificao de uma
srie de vinte derivados tioxotiazolidinonas, proporcionando o estabelecimento
de relaes entre a estrutura e atividade (SAR, do ingls structure-activity rela-
tionships). Vale enfatizar que o processo de otimizao molecular resultou na
descoberta de um composto-lder (figuras 4B e 4C) com potncia aproximada
vinte vezes superior aos seus precursores.

Figura 4 (A) Estrutura molecular dos compostos selecionados na VS. (B) Composto-
lder identificado. (C) Modo de ligao dos inibidores da SmPNP identifi-
cados por meio de estratgias de SBDD. A enzima est representada pelo
modelo de fitas e o stio ativo indicado pela superfcie acessvel ao solvente.
O modelo farmacofrico est indicado por esferas que delimitam as reas fa-
vorveis para grupos aceptores/doadores de ligao de hidrognio (magen-
ta), grupos doadores de ligao de hidrognio (azul) e grupos hidrofbicos
(laranja). O composto-lder (amarelo) e uma das tioxotiazolidinonas (rosa)
esto representados como modelos de bastes.

Alm de sua importncia na identificao de novos moduladores (isto ,

ligantes de receptores ou molculas pequenas com atividade biolgica), os es-
tudos em qumica medicinal so teis no desenvolvimento de NCE candida-
tas a frmacos. Nesse sentido, destacam-se os mtodos de QSAR (do ingls,
quantitative structure-activity relationshisps) que tm como objetivos relacionar
a informao em conjuntos de dados (estrutura qumica e atividade biolgica)
e criar modelos estatsticos com capacidade preditiva externa. Assim, so ex-
tremamente valiosos no planejamento de molculas com propriedades (farma-
codinmicas e farmacocinticas) superiores em relao quelas do conjunto de
dados original empregado na modelagem molecular (Salum & Andricopulo,
2009, 2010; Moda et al., 2007). Contudo, deve ser observado que os estudos
de QSAR requerem cuidadosa padronizao em aspectos cruciais, tais como: (i)
as molculas do conjunto de dados devem ser quimicamente relacionadas; (ii)

estudos avanados 24 (70), 2010 91

o parmetro biolgico deve ser quantitativo e obtido sob as mesmas condies
experimentais para todos os membros do conjunto de dados; (iii) todos os com-
postos da srie devem atuar em um nico alvo molecular, na mesma cavidade
de ligao e por meio do mesmo mecanismo de ao (Farutin et al., 1999); (iv)
o mtodo estatstico deve ser apropriado para o nvel de informao disponvel,
de modo que o modelo gerado possa fornecer informaes teis para o plane-
jamento molecular (Salum & Andricopulo, 2009, 2010). O processo cclico de
gerao de dados, construo de modelos de QSAR e predio de propriedades
evolui para a sntese e avaliao biolgica de novas molculas, culminando na
descoberta de NCE candidatas a estudos clnicos.
Outra opo amplamente explorada, quando estruturas 3D dos alvos ma-
cromoleculares so disponveis, a integrao dos mtodos de QSAR e de SBDD.
Por exemplo, uma vez que as caractersticas qumicas e estruturais associadas
propriedade biolgica sejam identificadas na modelagem de QSAR, essas podem
ser comparadas com as informaes obtidas da topologia 3D do receptor em
questo. Nisso reside a essncia complementar dos mtodos e a sua importncia
como estratgia de planejamento de frmacos (Trossini et al., 2009).
A integrao dos mtodos de QSAR e SBDD pode ser verificada nos es-
tudos realizados com uma srie de inibidores da enzima gliceraldedo-3-fosfato
desidrogenase (GAPDH), um alvo molecular atrativo para o desenvolvimento
de frmacos para o tratamento de tripanossomases (Guido et al., 2008b). O
conjunto de dados utilizado na gerao dos modelos de QSAR 3D preditivos
era constitudo de 70 derivados de adenosina (Figura 5A), que foram planeja-
dos com base nas diferenas estruturais significativas entre os stios ativos das
enzimas do parasita Leishmania mexicana e do seu homlogo humano. As pro-
priedades moleculares foram quantitativamente relacionadas potncia inibi-
tria, empregando os mtodos de anlise comparativa dos campos moleculares
(CoMFA, do ingls comparative molecular field analysis) (Cramer et al., 1988)
e anlise comparativa dos ndices de similaridades moleculares (CoMSIA, do
ingls comparative molecular similarity indices analysis) (Klebe et al., 1994).
Esses mtodos consideram que a atividade biolgica das molculas de um con-
junto de dados est diretamente relacionada com as interaes intermolecula-
res predominantes no processo de reconhecimento molecular e afinidade de
ligao, ou seja, as interaes estreo-eletrnicas (no covalentes) envolvidas
na formao de complexos do tipo frmaco-receptor. Em razo do seu carter
3D, campos moleculares de interao (MIFs, do ingls molecular interaction
fields) so usados como descritores. Outra caracterstica marcante o estudo
das conformaes bioativas e o alinhamento estrutural 3D (orientao no es-
pao cartesiano) das molculas do conjunto de dados. Para isso, foi utilizado
neste trabalho o mtodo de docagem molecular para obteno do alinhamento
molecular dos inibidores no stio de ligao da enzima LmGAPDH (Figura
5B). Modelos CoMFA e CoMSIA com elevada consistncia interna (correlao)
e externa (predio) foram gerados, indicando sua utilidade no planejamento

92 estudos avanados 24 (70), 2010

de novos inibidores mais potentes e seletivos (Figura 5C). Uma caracterstica
adicional dos mtodos de QSAR 3D a de proporcionar a visualizao de re-
gies no espao que possam estar diretamente relacionadas com a propriedade
biolgica (Figura 5D). A anlise detalhada dos mapas de contorno possibilitou
a elucidao das bases estruturais envolvidas no processo de reconhecimento
molecular, bem como na potncia e seletividade dos inibidores investigados.
Evidenciam-se, assim, a natureza complementar e a sinergia entre os mtodos
de QSAR e SBDD.

Figura 5 (A) Estrutura geral da srie de inibidores da LmGAPDH, derivados de adeno-

sina. (B) Alinhamento estrutural dos 70 inibidores empregados na modela-
gem de QSAR. Os compostos esto representados como modelos de bastes
no stio ativo da LmGAPDH, indicado pela superfcie acessvel ao solvente.
(C) Gerao de modelos CoMFA com elevada consistncia interna e externa.
(D) Mapas de contorno das principais caractersticas estreo-eletrnicas do
conjunto de dados. O inibidor mais potente (azul-claro) e o menos potente
(laranja) so mostrados na cavidade de ligao de ligao da protena. Mapas
de contornos (i) estreo: favorvel em verde, desfavorvel em amarelo; e (ii)
eletrosttico: favorvel em azul, desfavorvel em vermelho.

Outro exemplo interessante da integrao de mtodos experimentais e

computacionais, em particular, da cintica enzimtica e modelagem molecular,
pode ser apreciado no estudo de uma srie de chalconas com atividade ante a
protena tirosina fosfatase A de Mycobacterium tuberculosis (MtPtpA) (Figura
6A), uma biomolcula que desempenha funo central nos processos de sina-
lizao e invaso celular em micobactrias (Mascarello et al., 2010). Nesse tra-

estudos avanados 24 (70), 2010 93

balho, parmetros quantitativos como potncia (IC50, concentrao de inibidor
requerida para reduzir em 50% a atividade enzimtica) e afinidade (Ki, constante
de inibio) foram determinados experimentalmente, bem como a elucidao
do mecanismo de ao. Resumidamente, os estudos de cintica enzimtica in-
dicaram um mecanismo reversvel do tipo competitivo para as chalconas, com
valores de Ki na faixa do baixo micromolar (Figura 6B). Com base nessas in-
formaes, estudos de modelagem molecular foram conduzidos para avaliar o
modo de interao dos inibidores ante a enzima alvo e identificar as bases es-
truturais responsveis pelo processo de reconhecimento molecular. Os mode-
los indicaram o papel fundamental de ligaes de hidrognio e interaes de
eltrons- entre funcionalidades qumicas dos ligantes (substituintes do grupo
fenila e o sistema aromtico naftila) e dos resduos de aminocido do stio ativo
da MtPtpA (Thr12, Arg17, His49 e Trp48, Figura 6C). Posteriormente, estudos
in vitro e in vivo evidenciaram tanto a baixa toxicidade das chalconas sintticas
quanto a sua capacidade de inviabilizar a sobrevivncia e proliferao intracelular
de micobactrias, sugerindo o potencial dessa classe para o desenvolvimento de
candidatos a novos frmacos para o tratamento da tuberculose.

Figura 6 (A) Srie de chalconas com potente inibio contra a MtPtpA. (B) Grfico
de duplo-recproco de Lineweaver-Burk para o mecanismo de inibio com-
petitivo. (C) Modelagem molecular e estudos do modo de interao dos
inibidores. O stio ativo da MtPtpA est indicado pela superfcie acessvel ao
solvente, os inibidores como modelos de bastes e as ligaes de hidrognio
como linhas pontilhadas.

Concluso
Os avanos cientficos e tecnolgicos nas interfaces entre a qumica e bio-
logia tm proporcionado oportunidades e desafios notveis na rea de P&D de

94 estudos avanados 24 (70), 2010

frmacos, com amplo destaque para dois componentes fundamentais: inovao
e integrao, que traduzem muito bem o papel central da qumica medicinal
moderna. A rea de P&D de frmacos vem crescendo de forma acentuada no
Brasil. Essa tendncia deve ser ampliada cada vez mais, mediante investimentos
em infraestrutura, qualificao de pessoal e em pesquisa, incentivando um de-
senvolvimento regional mais equilibrado e a consolidao de parcerias entre uni-
versidade, governo e indstria. Olhar para o futuro requer uma viso estratgica
numa perspectiva de continuidade. So fundamentais criatividade e ousadia para
perceber e antecipar novas oportunidades. O compromisso comum integrar
aes, participar e contribuir da melhor maneira possvel para o avano do co-
nhecimento cientfico e do domnio tecnolgico. essencial somar esforos de
forma organizada, articular estratgias de captao de recursos financeiros, ma-
teriais e humanos, consolidar ideias e encontrar novas solues para que possa-
mos evoluir, nas prximas dcadas, de uma nao emergente para uma potncia
mundial na rea de frmacos e medicamentos.

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resumo Estratgias modernas de planejamento de frmacos se fundamentam no co-

nhecimento da fisiopatologia das doenas, no estudo de vias bioqumicas e na seleo de
alvos moleculares. As ferramentas biotecnolgicas modernas tm fornecido informaes
valiosas para a descoberta e o desenvolvimento de novos frmacos. A qumica medicinal
possui papel central em vrios processos que visam identificao de substncias bioa-
tivas e ao desenvolvimento de compostos-lderes com propriedades farmacodinmicas
e farmacocinticas otimizadas. O presente artigo apresenta uma abordagem de alguns
aspectos fundamentais da biotecnologia e da qumica medicinal como ferramentas teis
para o planejamento de candidatos a novos frmacos para a terapia de doenas infeccio-
sas.
palavras-chave: Planejamento de frmacos, Qumica medicinal, Doenas infecciosas,
Modelagem molecular, Enzimas, inibidores.
abstract Current drug design strategies are based on the understanding of the physio-
pathology of diseases, biochemical pathways and selection of molecular targets. Modern
biotechnological tools have provided valuable information to facilitate the discovery of
new drug candidates. Medicinal chemistry has a vital role in a variety of processes aimed

estudos avanados 24 (70), 2010 97

at the identification of bioactive substances and the development of lead-compounds
with optimized pharmacodynamic and pharmacokinetic properties. The present paper
presents some fundamental aspects of biotechnology and medicinal chemistry as useful
tools in the design of new chemical entities for the therapy of infectious diseases.
keywords: Drug design, Medicinal chemistry, Infectious diseases, Molecular modeling,
Enzymes, Inhibitors.

Rafael V. C. Guido graduado em Farmcia-Bioqumica pela Universidade Estadual

Paulista Jlio de Mesquita Filho (Unesp) e doutor pelo Instituto de Fsica de So
Carlos (IFSC-USP) com estgio de doutorado-sanduche em Qumica Medicinal pela
Universidade Philipps Alemanha. Possui ps-doutorado em Fsica Biomolecular
pelo IFSC-USP. Atualmente professor do Instituto de Fsica de So Carlos, pesqui-
sador associado do Centro de Referncia Mundial em Doena de Chagas (OMS), pes-
quisador do Centro de Biotecnologia Molecular Estrutural (CBME, Cepid-Fapesp) e
pesquisador do Instituto Nacional de Biotecnologia Estrutural e Qumica Medicinal
em Doenas Infecciosas (INBEQMeDI) do Programa Institutos Nacionais de Cincia
e Tecnologia (INCT) do MCT/CNPq/MS/Fapesp. @ rvcguido@ifsc.usp.br
Adriano D. Andricopulo graduado em Qumica Industrial pela Universidade Federal
de Santa Maria (UFSM), mestre e doutor em Qumica Orgnica pela Universidade
Federal de Santa Catarina (UFSC), com estgio de doutorado-sanduche em Qumica
Medicinal pela Universidade de Michigan. Possui ps-doutorado em Qumica Medi-
cinal e Planejamento de Frmacos pela Universidade de Michigan. Atualmente pro-
fessor associado do Instituto de Fsica de So Carlos (IFSC-USP) e coordenador do
Centro de Referncia em Qumica Medicinal para Doena de Chagas da Organizao
Mundial de Sade. pesquisador principal do Centro de Biotecnologia Molecular Es-
trutural (CBME, Cepid-Fapesp) e do Instituto Nacional de Biotecnologia Estrutural
e Qumica Medicinal em Doenas Infecciosas (INBEQMeDI) do Programa Institutos
Nacionais de Cincia e Tecnologia (INCT) do MCT/CNPq/MS/Fapesp. secretrio
Geral da Sociedade Brasileira de Qumica (SBQ) e membro afiliado da Academia Bra-
sileira de Cincias (ABC). @ aandrico@ifsc.usp.br
Glaucius Oliva graduado em Engenharia Eltrica pela Escola de Engenharia de So
Carlos (EESC-USP), mestre em Fsica pelo Instituto de Fsica e Qumica de So Carlos
(IFQSC-USP) e doutor em Cristalografia de Protenas pela Universidade de Londres.
Atualmente professor titular do Instituto de Fsica de So Carlos, coordenador do
Centro de Biotecnologia Molecular Estrutural (CBME, Cepid-Fapesp) e do Instituto
Nacional de Biotecnologia Estrutural e Qumica Medicinal em Doenas Infecciosas
(INBEQMeDI) do Programa Institutos Nacionais de Cincia e Tecnologia (INCT)
do MCT/CNPq/MS/Fapesp. diretor do Conselho Nacional de Desenvolvimento
Cientfico e Tecnolgico (CNPq) na rea de Engenharias, Cincias Exatas e Humanas
e Sociais. membro titular da Academia Brasileira de Cincias (ABC) e comendador
da Ordem Nacional do Mrito Cientfico. @ oliva@ifsc.usp.br
Recebido em 20.9.2010 e aceito em 27.9.2010.

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