Equipo 4.en - Es

manuscrito aceptado
Ttulo: Cmo intrones potencian la expresin
gnica Autor: Orit Shaul
PII: S1357-2725 (17) 30154-1

DOI: http: //dx.doi.org/doi: 10.1016 / j.biocel.2017.06.016
Referencia: BC 5164
A Aparecer en: La Revista Internacional de Bioqumica y Biologa Celular
Recibido Fecha: 04/02/2017

Revisado Fecha: 26-6-2017
Aceptado Fecha: 30-6-2017
Por favor citar este artculo como: & Shaul, Orit, intrones Cmo mejorar gen
expression.International Diario de Bioqumica y Biologa Celular.
http://dx.doi.org/10.1016/j.biocel.2017.06.016
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pueden descubrir lo que podra afectar el contenido, y todos los avisos legales que se
aplican a la revista pertenecen.
1
Cmo intrones potencian la expresin gnica
Orit Shaul
La Facultad Mina y Everard Goodman de Ciencias Biolgicas, Universidad de Bar-Ilan,
Ramat-Gan 5290002, Israel
Direccin de correo electrnico: orsha@mail.biu.ac.il (O. Shaul)
Abstracto
En muchos eucariotas, incluyendo mamferos, plantas, levaduras, y de insectos,

intrones pueden aumentar la expresin de genes sin que funciona como un sitio de unin
para factores de transcripcin. Este fenmeno se denomina 'mejora intrn mediada'. Los
intrones pueden aumentar los niveles de transcripcin al afectar la tasa de transcripcin, las
exportaciones nucleares, y la estabilidad de transcripcin. Por otra parte, los intrones tambin
pueden aumentar la eficiencia de la traduccin del ARNm. Esta revisin describe los
conocimientos actuales acerca de estos procesos. El papel de empalme en el IME y la
importancia de la posicin del intrn con respecto a los sitios de transcripcin y traduccin
inicio se elaboran.
Se hace especial hincapi en la cuestin de por qu diferentes intrones, presentes en el
mismo lugar de los mismos genes y empalmados a una alta eficiencia similar, pueden tener
efectos muy diferentes en la expresin - de casi ningn efecto a la estimulacin considerable.
Esta situacin puede ser al menos en parte explicado por la identificacin de elementos de
corte y empalme intrnicas-no relacionado con una habilidad especial para mejorar la
acumulacin de ARNm o la eficiencia de traduccin. Los muchos factores que podran llevar
a la gran variacin observada entre el impacto de intrones en genes diferentes y sistemas
experimentales estn resaltados. Se sugiere que no hay una nica respuesta, definida a la
pregunta "cmo intrones potencian la expresin gnica". Ms bien, cada combinacin
intrn-gen podra someterse a su propia mezcla nica de procesos que conducen al resultado
perceptible.
2
palabras clave:Intrn mejora mediada (IME), el exn cruce complejo (EJC), corte y
empalme, regulacin de la traduccin, la regulacin de la transcripcin, U1 ARNsn
1. Introduccin
La capacidad de los intrones para elevar la expresin del gen se identific en una
amplia gama de organismos, incluyendo mamferos, nematodos, insectos, hongos y plantas.
En ciertos casos, se demostr que los intrones para funcionar como promotores internos
(Furger et al, 2002;.. Morello et al, 2002;. Samadder et al, 2008). Esta revisin se centra en
los intrones que no funcionan como sitios de unin para factores de transcripcin, y elevan la
expresin slo cuando est presente en la regin transcrita. Este fenmeno se denomina
'mejora intrn mediada' (IME) (ver Gallegos y Rose, 2015; Laxa, 2017; Moore y Proudfoot,
2009; Nott et al., 2003; Rose, 2008 para comentarios antes de IME). En muchos casos, la
presencia de intrones aumenta los niveles de estado estacionario de ARNm maduro en el
citosol (por ejemplo, Akua et al, 2010;. Brinster et al, 1988;. Callis et al, 1987;. Curi et al.,
2005; Dean et al., 1989; Morello et al., 2011; Neuberger y Williams, 1988; Nott et al., 2003;
Rethmeier et al., 1997; Rose, 2004; Rose, 2008). Esto puede ser el resultado de los impactos
sobre la tasa de transcripcin, las exportaciones nucleares, y la estabilidad de transcripcin.
Por otra parte, la presencia de intrones tambin se puede aumentar la eficiencia de la
traduccin del ARNm (por ejemplo, Akua y Shaul, 2013; Bourdon et al, 2001;.. Curi et al,
2005;. Gudikote et al, 2005;. Hoshida et al, 2017 ; Lu y Cullen., 2003; Mascarenhas et al,
1990;. Matsumoto et al, 1998;. Nott et al., 2003; Nott et al, 2004; Rose, 2004;. Samadder et
al, 2008). Los mecanismos que subyacen a estos impactos divergentes de los intrones sobre
la expresin gnica eucariota no se entienden completamente. Esto puede ser el resultado de
los impactos sobre la tasa de transcripcin, las exportaciones nucleares, y la estabilidad de
transcripcin. Por otra parte, la presencia de intrones tambin se puede aumentar la eficiencia
de la traduccin del ARNm (por ejemplo, Akua y Shaul, 2013; Bourdon et al, 2001;.. Curi et
al, 2005;. Gudikote et al, 2005;. Hoshida et al, 2017 ; Lu y Cullen., 2003; Mascarenhas et al,
la expresin gnica eucariota no se entienden completamente. Esto puede ser el resultado de
los impactos sobre la tasa de transcripcin, las exportaciones nucleares, y la estabilidad de
transcripcin. Por otra parte, la presencia de intrones tambin se puede aumentar la eficiencia
de la traduccin del ARNm (por ejemplo, Akua y Shaul, 2013; Bourdon et al, 2001;.. Curi et
al, 2005;. Gudikote et al, 2005;. Hoshida et al, 2017 ; Lu y Cullen., 2003; Mascarenhas et al,
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la expresin gnica eucariota no se entienden completamente. Mascarenhas et al., 1990;
Matsumoto et al., 1998; Nott et al., 2003; Nott et al., 2004; Rose, 2004; Samadder et al.,
2008). Los mecanismos que subyacen a estos impactos divergentes de los intrones sobre la
expresin gnica eucariota no se entienden completamente. Mascarenhas et al., 1990;
Matsumoto et al., 1998; Nott et al., 2003; Nott et al., 2004; Rose, 2004; Samadder et al.,
2008). Los mecanismos que subyacen a estos impactos divergentes de los intrones sobre la
expresin gnica eucariota no se entienden completamente.
Esta revisin describe los conocimientos actuales acerca de estos procesos, as como varias
cuestiones abiertas en este tema. Estas preguntas incluyen el papel de empalme en el IME,
la importancia de la posicin del intrn con respecto a los sitios de la transcripcin y la
iniciacin de la traduccin, as como por qu diferentes intrones empalmados de manera
eficiente tienen diferentes impactos en la expresin.
Cuando se habla de la influencia positiva de los intrones sobre la expresin gnica,
se debe tener cuidado de distinguir entre las siguientes posibilidades. En primer lugar, hay
efectos de corte y empalme dependiente de (por ejemplo, la deposicin en el ARNm de
protenas especficas que afectan a su destino). En segundo lugar, algunos efectos dependen
de la mera presencia de secuencias intrnicas, tal como 5' sitios de empalme (5' SSS),
incluso en ausencia de empalme. Y por ltimo, algunos impactos estn mediados por los
reguladores de empalme aislados, que tambin se pueden unir mRNAs derivados de genes
intronless. Estas
4
posibilidades no son mutuamente excluyentes, pero su presencia deben ser tenidas en

cuenta. Durante esta revisin, se har un esfuerzo para distinguir entre estas
posibilidades.
La mayor parte de la informacin descrita en esta revisin los resultados del trabajo
en sistemas de mamferos y plantas. A pesar de las diferencias en la longitud y composicin
AU entre vertebrados y plantas intrones, el mecanismo bsico de empalme en estos grupos es
similar en muchos aspectos (Simpson et al., 1999). SS, 3' 5' SS, y secuencias de consenso
branchpoint son similares en plantas y vertebrados, pero intrones de plantas son ms UA-
rico. Puesto que los genes de vertebrados se caracterizan por corto exones separados por
intrones largos, su empalme generalmente depende de definicin exn. intrones de plantas y
levaduras son ms cortos en comparacin con los intrones de vertebrados y su empalme
generalmente depende de definicin intrn, pero el exn-de fi interacciones Ning tambin
pueden ocurrir en las plantas (Simpson et al., 1999, y referencias en l).
2. Los intrones pueden aumentar la tasa de transcripcin
La transcripcin se espacial y temporalmente acoplado a splicing (revisado por Saldi

et al., 2016). (NRO) experimentos de marcha en inercia nucleares mostraron que los intrones
promotor proximal pueden aumentar la eficiencia de la transcripcin en clulas de mamferos
y vegetales (Brinster et al, 1988;.. Furger et al, 2002;. Samadder et al, 2008).
inmunoprecipitacin de cromatina (ChIP) anlisis mostr que la abundancia de ARN
polimerasa II (Pol II) sitios de unin en un intrn que contiene constructo informador era 4
veces mayor en comparacin con el constructo intronless (Laxa et al., 2016). Curiosamente,
algunos de la contribucin de intrones a la transcripcin est mediada por 5' SSs (y
secuencias relacionadas) y por las funciones de corte y empalme-independiente de factores
de empalme.
2.1 La contribucin de U1 snRNA y 5' SSS a la transcripcin
El 5' SSs de los intrones son reconocidos por U1 ARN nuclear pequeo (snRNA). La
interaccin de U1 snRNA con 5' sss, o secuencias 5' SS-similares que se encuentran en otras
regiones intrnicas o exnicas, soporta varias funciones de corte y empalme-independiente
de U1 snRNA. Estas funciones incluyen efectos en la iniciacin de la transcripcin, reinicio,
elongacin, y la precisin. U1 ARNsn asociados con la transcripcin general humano factor
II (TFIIH) complejo y estimula la velocidad de formacin de la primera enlace fosfodister
por Pol II en las clulas humanas (Kwek et al., 2002). La interaccin de U1 snRNA con el
5
componente de ciclina H de TFIIH

6
conduce a la fosforilacin del dominio C-terminal (CTD) de Pol II por TFIIH, promoviendo
as la iniciacin de la transcripcin (Guiro y O'Reilly, 2015;. O'Gorman et al, 2005) (Fig
1A.). Adems, prxima al promotor 5' SSs obligado por U1 snRNA recluta TFIIH y Pol II,
estimulando as el reinicio de la transcripcin (Damgaard et al, 2008;.. Kwek et al, 2002)
(Fig 1B.).
La importancia de un SS intacto 5' para la mejora de la transcripcin mediada por
snRNA U1 se demostr en varios estudios. anlisis NRO mostr que los intrones mejorado
transcripcin alrededor de 3 veces en varios genes de mamferos y levaduras, dependiendo de
la presencia de un 5' intactos SS (Furger et al., 2002). mutaciones puntuales en el 5' SS
reducen la transcripcin, y este efecto fue rescatado parcialmente por una 'supresor' snRNA
U1 que podran pares de bases con una secuencia cerca de la mutado 5' SS (Furger et al.,
2002). chip experimentos en clulas humanas mostraron una mayor promotor de
acoplamiento de factores de iniciacin de la transcripcin en un gen indicador que contena
un funcional 5' SS (Damgaard et al., 2008). Las mutaciones que reducen la interaccin SS U1
snRNA-5' bajaron transcripcin naciente y empalme, mientras que las mutaciones que
estabilizan esta interaccin aumento de la transcripcin y corte y empalme (Damgaard et al.,
2008). La eficiencia de reiniciacin aument 3 veces en presencia de un intrn con una
correcta 5' SS, y se redujo despus del tratamiento con un oligonucletido complementario
U1 snRNA. Al mismo tiempo, la eficiencia de reinicio no se vio afectada por la mutacin de
la 3' SS (Kwek et al., 2002). Es importante destacar que, SS a 5' fue capaz de estimular la
transcripcin, incluso en ausencia de empalme, aunque a un nivel ms bajo en comparacin
con un intrn completa (Damgaard et al., 2008). En conjunto, estos datos indican que U1
snRNA aumenta la transcripcin independientemente de su papel en el empalme, mientras
que el empalme puede mejorar la salida de la transcripcin ms que el aumento mediado por
las funciones de corte y empalme-independiente de U1. 2008). La eficiencia de reiniciacin
aument 3 veces en presencia de un intrn con una correcta 5' SS, y se redujo despus del
tratamiento con un oligonucletido complementario U1 snRNA. Al mismo tiempo, la
eficiencia de reinicio no se vio afectada por la mutacin de la 3' SS (Kwek et al., 2002). Es
importante destacar que, SS a 5' fue capaz de estimular la transcripcin, incluso en ausencia
de empalme, aunque a un nivel ms bajo en comparacin con un intrn completa (Damgaard
et al., 2008). En conjunto, estos datos indican que U1 snRNA aumenta la transcripcin
independientemente de su papel en el empalme, mientras que el empalme puede mejorar la
salida de la transcripcin ms que el aumento mediado por las funciones de corte y empalme-
independiente de U1. 2008). La eficiencia de reiniciacin aument 3 veces en presencia de un
intrn con una correcta 5' SS, y se redujo despus del tratamiento con un oligonucletido
complementario U1 snRNA. Al mismo tiempo, la eficiencia de reinicio no se vio afectada
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por la mutacin de la 3' SS (Kwek et al., 2002). Es importante destacar que, SS a 5' fue capaz
de estimular la transcripcin, incluso en ausencia de empalme, aunque a un nivel ms bajo en
comparacin con un intrn completa (Damgaard et al., 2008). En conjunto, estos datos
indican que U1 snRNA aumenta la transcripcin independientemente de su papel en el
empalme, mientras que el empalme puede mejorar la salida de la transcripcin ms que el
aumento mediado por las funciones de corte y empalme-independiente de U1. y fue reducido
despus del tratamiento con un oligonucletido complementario U1 snRNA. Al mismo
tiempo, la eficiencia de reinicio no se vio afectada por la mutacin de la 3' SS (Kwek et al.,
2002). Es importante destacar que, SS a 5' fue capaz de estimular la transcripcin, incluso en
ausencia de empalme, aunque a un nivel ms bajo en comparacin con un intrn completa
(Damgaard et al., 2008). En conjunto, estos datos indican que U1 snRNA aumenta la
transcripcin independientemente de su papel en el empalme, mientras que el empalme puede
mejorar la salida de la transcripcin ms que el aumento mediado por las funciones de corte y
empalme-independiente de U1. y fue reducido despus del tratamiento con un
oligonucletido complementario U1 snRNA. Al mismo tiempo, la eficiencia de reinicio no se
vio afectada por la mutacin de la 3' SS (Kwek et al., 2002). Es importante destacar que, SS a
5' fue capaz de estimular la transcripcin, incluso en ausencia de empalme, aunque a un nivel
ms bajo en comparacin con un intrn completa (Damgaard et al., 2008). En conjunto, estos
datos indican que U1 snRNA aumenta la transcripcin independientemente de su papel en el
empalme, mientras que el empalme puede mejorar la salida de la transcripcin ms que el
aumento mediado por las funciones de corte y empalme-independiente de U1. aunque a un
nivel ms bajo en comparacin con un intrn completa (Damgaard et al., 2008). En conjunto,
estos datos indican que U1 snRNA aumenta la transcripcin independientemente de su papel
en el empalme, mientras que el empalme puede mejorar la salida de la transcripcin ms que
el aumento mediado por las funciones de corte y empalme-independiente de U1. aunque a un
nivel ms bajo en comparacin con un intrn completa (Damgaard et al., 2008). En conjunto,
estos datos indican que U1 snRNA aumenta la transcripcin independientemente de su papel
en el empalme, mientras que el empalme puede mejorar la salida de la transcripcin ms que
el aumento mediado por las funciones de corte y empalme-independiente de U1.
U1 snRNA tambin contribuye a la fidelidad de la transcripcin en clulas de
mamfero (Fig. 1D). Aunque Pol II normalmente inicia la transcripcin en direcciones tanto
el sentido y antisentido, la elongacin productiva se produce principalmente en la orientacin
de sentido en clulas de mamfero. Esta seleccin de promotor direccionalidad depende en
parte del enriquecimiento de los sitios de reconocimiento U1 ARNsn (5' secuencias
relacionadas SS-) cerca de los sitios de inicio de transcripcin (DST) en el sentido respecto a
la direccin antisentido (Almada et al., 2013). Otra manera por la cual U1 ARNsn eleva la
fidelidad de la transcripcin es la proteccin de los ARNm sentido de la escisin prematura y
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la poliadenilacin (PCPA) (Almada et al, 2013;.. Berg et al, 2012; Kaida et al., 2010). Esta
funcin de U1 snRNA tambin no est relacionada con su papel en el empalme, ya que la
inhibicin de empalme,
9
(Kaida et al., 2010). supresin PCPA depende del apareamiento de bases de U1 snRNA con 5'
SSs u otros sitios, presumiblemente crptico 5' sss, presente en la pre-ARNm, particularmente
en intrones (Berg et al, 2012;. Kaida et al., 2010) ( Fig. 1D).
Cuando los sitios de interaccin U1 snRNA con transcripciones nacientes se
determinaron experimentalmente por un mtodo basado en la reticulacin, se confirm que
U1 se hibrida con ambos intrnica 5' SSs y a los motivos con una similitud con 5' SSs
presente a lo largo intrones (Engreitz et al. , 2014). La interaccin de U1 snRNA con 5'
motivos SS-similares tambin fue identificado en las transcripciones intronless, confirmando
que esta interaccin es independiente de empalme.
Sin embargo, los sitios de interaccin U1 ARNsn fueron ms enriquecidos en intrones que
los exones (Engreitz et al., 2014).
2.2 La implicacin de otros factores de empalme en la transcripcin
Otras interacciones con factores de empalme tambin se muestran para mejorar la

transcripcin. El U1 spliceosomal y U2 ribonucleoprotenas nucleares pequeas (snRNPs)
interactan con el humano del factor de elongacin de la transcripcin TAT-SF1 y estimulan
la elongacin de la transcripcin (Fong y Zhou, 2001). El agotamiento de SRSF1 (SF2 /
ASF) o SRSF2 (SC35), dos reguladores de empalme de la rico en arginina (SR) de la familia
de protenas serina /, result en la transcripcin defectuosa en clulas de mamfero (Lin et al.,
2008). agotamiento SRSF2 fue acompaado por inef reclutamiento fi ciente de la positivo
elongacin de la transcripcin del factor b (P-TEFb) al complejo Pol II, y por la acumulacin
de Pol II en el cuerpo de genes. Esto sugiere que esta protena SR juega un papel crtico en la
elongacin de la transcripcin (Lin et al., 2008). Estos datos posiblemente se pueden explicar
por el descubrimiento de que Pol II est en pausa con frecuencia dentro de 20-40 nt aguas
abajo de la TSS, y su liberacin y la entrada en la fase de elongacin requieren el
reclutamiento de P-TEFb. Para esto, P- TEFb debe ser liberado de un complejo inhibidor
reunido en promotores de genes. Este complejo inhibidor incluye, adems de P-TEFb, la 7SK
no codificantes de ARN y SRSF2. liberacin P-TEFb es facilitado por SRSF2 unin a la
ARN naciente producido por la Pol pausa II (Ji et al., 2013, y referencias en l). Los sitios de
unin de SRSF2 en el ARN naciente que dan cuenta de esta versin, que son secuencias con
similitud a exonic splicing enhancers (ESEs), deben estar situados muy cerca de la TSS
(menos de 60 nt aparte) (Ji et al., 2013 ). y su liberacin y la entrada en la fase de elongacin
requieren el reclutamiento de P-TEFb. Para esto, P- TEFb debe ser liberado de un complejo
inhibidor reunido en promotores de genes. Este complejo inhibidor incluye, adems de P-
TEFb, la 7SK no codificantes de ARN y SRSF2. liberacin P-TEFb es facilitado por SRSF2
unin a la ARN naciente producido por la Pol pausa II (Ji et al., 2013, y referencias en l).
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Los sitios de unin de SRSF2 en el ARN naciente que dan cuenta de esta versin, que son
secuencias con similitud a exonic splicing enhancers (ESEs), deben estar situados muy cerca
de la TSS (menos de 60 nt aparte) (Ji et al., 2013 ). y su liberacin y la entrada en la fase de
elongacin requieren el reclutamiento de P-TEFb. Para esto, P- TEFb debe ser liberado de un
complejo inhibidor reunido en promotores de genes. Este complejo inhibidor incluye, adems
de P-TEFb, la 7SK no codificantes de ARN y SRSF2. liberacin P-TEFb es facilitado por
SRSF2 unin a la ARN naciente producido por la Pol pausa II (Ji et al., 2013, y referencias
en l). Los sitios de unin de SRSF2 en el ARN naciente que dan cuenta de esta versin, que
son secuencias con similitud a exonic splicing enhancers (ESEs), deben estar situados muy
cerca de la TSS (menos de 60 nt aparte) (Ji et al., 2013 ). liberacin P-TEFb es facilitado por
cerca de la TSS (menos de 60 nt aparte) (Ji et al., 2013 ). liberacin P-TEFb es facilitado por
cerca de la TSS (menos de 60 nt aparte) (Ji et al., 2013 ).
Basado en los datos anteriores, la funcin de SRSF2 en la liberacin mediada-TEFb P
de pausa Pol II y la activacin de la transcripcin parece no estar relacionado con el papel de
SRSF2 en el empalme. Sin embargo, es importante mencionar aqu que la inhibicin de
empalme reduce la fosforilacin de Pol II CTD en Ser2, que se lleva a cabo por P-TEFb; la
exacta
11
mecanismo que vincula la inhibicin de la fosforilacin a la inhibicin de empalme no

estaba claro (Koga et al., 2015). En la levadura, la interaccin de la U2AF factor de
empalme con el CTD de Pol II recluta el factor de empalme Prp19 complejo (PRP19C), que
conduce a la mejora de la tasa de elongacin Pol II (Chanarat et al., 2011). Hay
desconcertantes datos sobre el impacto de los intrones y empalme de la tasa de elongacin
Pol II. Mientras existen indicios de que los sitios de empalme son pol II haciendo una pausa
seales (Nojima et al., 2015), se encontr que la tasa de alargamiento es ms rpido en
intrones que los exones (Jonkers et al., 2014) (revisado por Saldi et al., 2016 y por Wallace y
Beggs, 2017). Al mismo tiempo, las mediciones cinticas mostraron que Pol II tasas de
elongacin estn desacoplados del corte y empalme en curso (Brody et al., 2011). As,
3. Se intrn impacto sobre la transcripcin mediada por la modificacin de la

cromatina?
En comparacin con los genes con primeros exones largas, genes con primeros
exones corto fi (es decir, con intrones prxima al promotor) muestran mayores niveles de
expresin, la precisin en el uso de TSS, y una frecuencia ms baja de la transcripcin
antisentido (Bieberstein et al., 2012). Pol II y la transcripcin general, factores de pico TFIID,
TFIIB, y TFIIF en la correcta TSS de todos los genes. Sin embargo, los genes con primeros
exones largo fi muestran un pico de corriente abajo adicional de estos factores en SS 5' , de la
que tambin se inicia la transcripcin (Bieberstein et al., 2012) (Fig. 1C). Parte de estas
observaciones aparentemente podra atribuirse a los procesos descritos anteriormente.
Cuando el intrn no est cerca del promotor, la interaccin U1-TFIIH-Pol II en SS 5' es ms
distante de la TSS, y, por tanto, menos probable que promover reiniciacin (Fig 1C;. Vase
tambin la seccin 9). Esto reduce la capacidad de los intrones promotor distal para mejorar
la expresin. Posiblemente, esta interaccin U1-TFIIH- Pol II podra incluso contribuir a la
iniciacin inadecuada en SS 5' que sigue una larga primer exn (Fig. 1C). Sin embargo, se
sugiri que la cromatina modificaciones tambin pueden desempear un papel en estas
observaciones (Bieberstein et al., 2012). Curiosamente, la longitud de la primera exn
tambin se correlaciona con los sitios de modificaciones de la cromatina, incluyendo el
trimethylation marcas activadoras de la histona H3 lisina 4 (H3K4me3) y la histona H3 lisina
9 acetilacin (H3K9ac). Estas marcas se enriquecen en el 5' SSs de primeros intrones, y el
cambio de la longitud de la primera exn alteraron su posicin sobre un gen informador (Fig.
1B, C). eliminacin intrn o la inhibicin del corte y empalme (ya sea qumicamente o
mediante la mutacin de la 3' SS) elimina estos picos de metilacin (Bieberstein et al., 2012).
Una base causal posible para la correlacin entre los sitios en los que se enriquecieron marcas
de metilacin y factores de transcripcin generales es la capacidad de
12
H3K4me3 de unirse directamente TFIID, y de H3K9ac para promover esta unin

(Vermeulen et al., 2007).
Durante la transcripcin, la metiltransferasa SETD2, que puede ser reclutado por Pol
II, genera la marca de histona H3 lisina 36 trimethylation (H3K36me3). Empalme aumenta
el reclutamiento de SETD2 y H3K36 trimethylation (de Almeida et al., 2011). Esto puede
explicar el hallazgo de que los niveles son ms altos en H3K36me3 intrn que contienen los
genes en comparacin con intronless. Sin embargo, el empalme no es indispensable para esta
modificacin (de Almeida et al., 2011). Los niveles de H3K36me3 aumentan hacia el
extremo 3' de los genes (revisado por Zhang et al., 2015). La inhibicin de empalme cambia
la localizacin de la marca H3K36me3, probablemente por afectar el reclutamiento SETD2
(de Almeida et al, 2011;.. Kim et al, 2011; Saldi et al, 2016).. H3K36me3 recluta histona
deacetilasas que deacetylate histonas sobre los cuerpos de genes,
Los datos anteriores estn de acuerdo con la posibilidad de que los intrones afectan a
los sitios de modificaciones de las histonas, ayudando de este modo la correcta seleccin de
los DST. Sin embargo, se necesitan estudios adicionales para aclarar las relaciones causales
entre los intrones, modificacin de la cromatina y la seleccin de los SAT. Por ejemplo,
aunque no traducida-regin (5' el 5' UTR) intrn de Arabidopsis GGT1 aminotransferasa
transcripcin mejorada, su insercin no afecta a la abundancia de la activacin de cationes fi
histona caciones en las construcciones de reportero (Laxa et al., 2016).
Tambin se evaluaron otros enlaces posibles entre intrones y modificacin de la cromatina.
El Chironomus tentans protena HRP65 interacta con p2D10, una histona acetiltransferasa
H3, aumentando de este modo la transcripcin (Sjolinder et al., 2005). Inicialmente se pens
que HRP65 es un factor de empalme, pero se hizo evidente que este no es el caso (Kozlova et
al., 2006).
protenas Hu mamferos asocian con las secuencias de pre-ARNm que rodea exones
alternativos, e inhiben la histona desacetilasa 2. La hiperacetilacin de histona resultante
conduce a una mayor tasa de elongacin de la transcripcin locales, que afectan a la inclusin
de los exones alternativos (Wang et al, 2010;. Zhou et al. , 2011). Sin embargo, actualmente
se desconoce si las protenas Hu son eficaces slo en los exones alternativos, o desempean
un papel ms general en la determinacin de la tasa de elongacin de la transcripcin.
4. Intrn mediada por la mejora de la transcripcin se correlaciona con looping gen
Una conformacin en bucle de genes, que rene a sus regiones de promotor y terminador,
podra potenciar la transcripcin, posiblemente por facilitar Pol reciclaje II y reiniciacin
(Moabbi et al, 2012;. O'Sullivan et al., 2004). looping gen favorece la transcripcin en el
13
sentido
14
direccin sobre aguas arriba, la transcripcin antisentido (Agarwal y Ansari, 2016). La

insercin de un intrn con una SS intacto 5' en el gen INO1 aument su transcripcin (como
se muestra por NRO), y fue acompaado por el gen de bucle en la levadura (Moabbi et al.,
2012). La interaccin de las regiones promotora y terminadora de este gen con el 5 'y 3' del
intrn SSs, respectivamente, con el apoyo de un modelo para el gen de intrn dependiente de
bucle (Moabbi et al., 2012). El intrn no era indispensable para recorrer, ya que un aumento
activador dependiente de la transcripcin del gen INO1 intronless aument su looping as (El
Kaderi et al., 2009). Tanto aumento transcripcional dependiente activator- y intrn- se
redujeron en la cepa sua7-1 defectuoso bucle, que tiene una TFIIB mutado. An as, no se
puede descartar que la mutacin TFIIB (sua7-
1) afecta intrn mediada por la activacin transcripcional a travs de un aspecto de la
transcripcin que no sea gen bucle (Moabbi et al., 2012). Por lo tanto, no se puede excluir
que, similar a la mejora de la transcripcin de activacin mediada, mejora transcripcional
intrn mediada conduce a looping gen. Este bucle podra, a su vez, facilitar una mejora
adicional de la transcripcin en un bucle de retroalimentacin positiva.
5. El complejo de unin exn facilita mRNA exportacin al citosol de una manera

dependiente de la caperuza
Varios estudios indican que, a pesar de cierta controversia, el empalme puede facilitar la
exportacin del mRNA al citosol, aunque no es esencial para este proceso (revisado por
Dimaano y Ullman, 2004; Reed, 2003); (Valencia et al., 2008, y referencias en l). La
fluorescencia en el anlisis de hibridacin in situ (FISH) mostr que la tasa de ARNm de
exportacin es de 6 a 10 veces ms altos que para los ARNm empalmados en comparacin
con sus homlogos de ADNc (Valencia et al., 2008). Se indic que la exportacin de ARNm
desde el ncleo al citosol se ve facilitada por el complejo de unin exn (EJC) (Le Hir et al.,
2001). Tras el empalme, los depsitos spliceosome mltiples protenas, conocidas como la
EJC, 20-24 nucletidos aguas arriba del exn-exn cruces (EEJs). El ncleo de la EJC se
compone de cuatro protenas: factor de iniciacin eucariota 4A3 (eIF4A3), Magoh, Y14, y
MLN51 (tambin conocido como Barentsz) (revisado por Boehm y Gehring, 2016;. Le Hir et
al, 2016). EJCs son parte del complejo de ribonucleoprotena mensajero (mRNP) que
lanzaderas desde el ncleo al citosol. ALYREF es uno de los componentes del complejo de
mamfero TREX (transcripcin-exportacin). Un motivo corto en ALYREF dirige su
interaccin con tanto el componente eIF4A3 de la EJC y el complejo de unin (CBC) cap-
(Cheng et al, 2006;.. Gromadzka et al, 2016, y referencias en l) (Fig. 2). En mRNPs que
contienen varios EJCs, los complejos de exportacin se encuentran slo entre Un motivo
15
corto en ALYREF dirige su interaccin con tanto el componente eIF4A3 de la EJC y el

complejo de unin (CBC) cap- (Cheng et al, 2006;.. Gromadzka et al, 2016, y referencias en
l) (Fig. 2). En mRNPs que contienen varios EJCs, los complejos de exportacin se
encuentran slo entre Un motivo corto en ALYREF dirige su interaccin con tanto el
componente eIF4A3 de la EJC y el complejo de unin (CBC) cap- (Cheng et al, 2006;..
Gromadzka et al, 2016, y referencias en l) (Fig. 2). En mRNPs que contienen varios EJCs,
los complejos de exportacin se encuentran slo entre
16
tapa 5' y la primera EJC (Cheng et al., 2006). Este cap- y la interaccin EJC- dependiente
del complejo TREX con mRNAs empalmados pueden explicar la contribucin positiva del
empalme de mRNA de exportacin (Fig. 2). Adems de soportar la translocacin, la EJC
tambin puede afectar el sitio de la localizacin de ARNm en el citosol (Hachet y Ephrussi,
2004).
6. La correlacin entre los intrones y la estabilidad del ARNm
En los anlisis de todo el genoma, la estabilidad del mRNA mostr una correlacin
positiva con el nmero de intrones en humanos, ratn y los genes de Arabidopsis (Duan et al,
2013;. Narsai et al, 2007;. Sharova et al, 2009;. Wang et al ., 2007). La insercin de un intrn
en construcciones de ADNc que contienen determinantes de inestabilidad aument su
estabilidad en clulas humanas (Zhao y Hamilton, 2007). Tambin se demostr que los
intrones pueden mejorar el procesamiento final pre-mRNA 3' y poliadenilacin. Este efecto
fue mediado por el polipirimidina regulador de empalme Tracto protena (PTB) de unin, y
result en un aumento significativo en la vida media de las transcripciones afectados (Lu y
Cullen, 2003; Millevoi et al., 2009). Adems, U1 ARNsn obligado a SS a 5' suprime la
escisin prematura y la poliadenilacin, y determina la longitud del ARNm (Berg et al,
2012;. Kaida et al., 2010). Esto tambin podra afectar a la estabilidad de transcripcin. Sin
embargo, en varios estudios llevados a cabo en clulas de mamferos y plantas, intrones que
una mayor expresin no aument la estabilidad del ARNm (Brinster et al, 1988;. Nott et al,
2003;.. Rethmeier et al, 1997).
El componente de ncleo Y14 EJC se indic como el aumento de la estabilidad del
ARNm mediante la interaccin directa con el casquillo de la 5' y el factor de decapping
Dcp2, y la inhibicin de la actividad decapping mRNA- de esta enzima (Chuang et al., 2013).
La sobreexpresin de Y14 prolonga la vida media de un ARNm reportero. Sin embargo, se
indic que esta funcin de Y14 es independiente de su presencia en el EJC. Puede ser la
hiptesis de que Y14 podra ser reclutado ms fcilmente a tapa 5' del mRNA empalmado
debido a su presencia en el microambiente despus del desplazamiento EJC. An as, queda
por determinar si existe una diferencia entre el impacto Y14 en la vida media de los ARNm
derivados de intrn que contiene o genes intronless.
Cabe sealar que si los intrones se encuentran ms de 50-55 nt aguas abajo de los
codones de terminacin (CT), pueden reducir la estabilidad del ARNm a travs de la va
mediada por el antisentido mRNA decadencia (NMD) (Zhang et al., 1998). Estas
comunidades teraputicas pueden ser o bien los del marco de lectura abierto principal
(ORF), o pueden ser derivados de corte y empalme alternativo, las mutaciones, o ORFs
17
aguas arriba (uORFs) (revisado por Shaul, 2015).

18
Esta revisin se centra en el impacto de los intrones empalmados de manera

eficiente en la expresin gnica. Sin embargo, cabe sealar que el empalme ineficiente
puede disminuir la estabilidad del ARNm tanto por el NMD y las vas de exosoma nuclear
(Danin-Kreiselman et al., 2003; Kramer et al, 2016;.. Sayani et al, 2008; Sayani y
Chanfreau, 2012).
7. Los intrones pueden aumentar la eficiencia de la traduccin de ARNm
Adems de aumentar el contenido de mRNA al afectar la transcripcin, la

exportacin, y la estabilidad, la presencia de intrones tambin ha demostrado aumentar la
eficiencia de la traduccin del ARNm en los mamferos, plantas, levaduras, y Xenopus
(Akua y Shaul, 2013; Bourdon et al., 2001; Curi et al, 2005;. Gudikote et al, 2005;. Hoshida
et al, 2017;. Lu y Cullen, 2003; Mascarenhas et al, 1990;. Matsumoto et al, 1998;. Nott et al.,
2003; Nott et al., 2004, Rose, 2004;. Samadder et al, 2008). La capacidad de los intrones, que
se empalman en el ncleo, para afectar a la traduccin en el citosol tambin se atribuye a las
protenas en el complejo mRNP que alcanza el citosol. Se demostr que la EJC puede afectar
a la traduccin (Lee et al, 2009;. Nott et al, 2004;.. Wiegand et al, 2003) (revisado por Le Hir
et al., 2003; Le Hir et al, 2016.; Le Hir y Seraphin, 2008; Moore y Proudfoot, 2009). Las
cuatro protenas EJC centrales estn asociados por otras protenas, llamado EJC factores
perifricos, cuya composicin puede variar en diferentes condiciones (revisado por Le Hir et
al., 2016). La traduccin tambin puede verse afectada por tales protenas perifricas EJC, y
por protenas SR (ver abajo).
Varios estudios han proporcionado algunas pistas sobre los posibles mecanismos por
los cuales la EJC puede aumentar la eficiencia de la traduccin. Curiosamente, algunos
estudios demostraron que las protenas pueden afectar EJC traduccin de una manera
independiente de intrn, y esta posibilidad tambin deben ser tenidos en cuenta. Tethering a
intronless reportero mRNAs la EJC componentes bsicos Magoh, Y14, o MLN51 (pero no
eIF4A3), o el perifrico RNPS1 protena EJC, aumento de la traduccin reportero en clulas
humanas (Nott et al, 2004;. Tange et al, 2005;. Wiegand et al., 2003). Tras la sobreexpresin
en clulas humanas, solamente MLN51, pero no eIF4A3 o Magoh y Y14, afectado traduccin
e fi ciencia (Chazal et al., 2013). MLN51 y eIF4A3 pueden asociar con independencia de la
EJC, y, juntos o por separado, que interactan con los factores de la traduccin eIF3, eIF4A1,
eIF4E,
MLN51 puede interactuar con el ARN en una baja afinidad como un componente aislado, o
con una alta afinidad cuando se inserta en la EJC. En ambas condiciones, MLN51 puede
interactuar de forma estable con eIF3. En consecuencia, MLN51 capacidad de vincular eIF3
19
con el ARN es ms alto cuando es parte de la EJC (Chazal et al., 2013). eIF3 es un
componente de los 43S preiniciacin complejo (PIC),
20
y facilita el reclutamiento 43S PIC a tapa 5' por eIF4G (Fig. 3). Esto es seguido por la
exploracin de iniciacin. Estos datos pueden explicar las siguientes observaciones. En
primer lugar, que sobreexpresan MLN51 mejorada de 2 y 5 veces los rendimientos de
traduccin de intrones o reporteros intrn que contienen, respectivamente. A MLN51 mutado
que no pudo incorporar en EJCs aument la traduccin de los dos reporteros por 2 veces. La
sobreexpresin de MLN51 tambin estimul la traduccin celular global, en un grado mayor
que lo hizo el MLN51 mutado. En conjunto, estos datos indican que MLN51 puede mejorar
la traduccin como una protena aislada, pero lo hace con mayor eficiencia cuando
incrustado en el EJC (Chazal et al., 2013) (Fig. 3).
De acuerdo con la idea de que las protenas del ncleo EJC pueden desempear
papeles independientes de su deposicin en el EJC, Drosophila eIF4A3, Y14, y Magoh
pueden unirse transcripciones nacientes de no slo el intrn que contiene, sino tambin genes
intronless (Choudhury et al., 2016). Adems de su deposicin en EJCs de genes que
contienen intrones, eIF4A3 humano es reclutado para el extremo 5 'de los ARNm unidos-
CBC de ambos genes que contienen intrones y intronless interactuando directamente con el
factor de iniciacin de la traduccin CBC-dependiente (CTIF). eIF4A3 mejora la traduccin
de mRNAs obligado-CBC promoviendo el desenrollado eficiente de estructuras secundarias
en el 5' UTR (Choe et al., 2014). Desde eIF4A3 facilita la primera ronda de la traduccin de
mRNAs CBC- unidos, su reclutamiento por CTIF debe ocurrir antes del desplazamiento EJC
por el ribosoma, y antes de la transicin a la traduccin del ARNm eIF4E-ligado, que
depende de eIF4A1 y eIF4A2 para interrumpir 5' UTR estructuras secundarias. Por lo tanto,
este papel de eIF4A3 es aparentemente independiente de su deposicin en el EJC.
El socio de protena asociada a la EJC humana de Y14-Magoh (PYM) se disocia la
EJC a partir del ARNm, y es esencial para el reciclado eficiente de los componentes EJC
(Gehring et al., 2009b). PYM, que se une a Y14-Magoh, tambin se puede unir a travs de un
dominio separado a la pequea (40S) de la subunidad ribosomal 48S y el PIC (Diem et al.,
2007) (Fig. 3). PYM unin a la EJC es mucho ms eficiente en presencia de estas
subunidades ribosmicas, asegurando que el desplazamiento EJC se producir principalmente
durante la traduccin (Gehring et al., 2009b). Por lo tanto, PYM puede ayudar a la traduccin
directa preferentemente a mRNAs con destino a EJC, y para reciclar los componentes EJC
necesario para la incorporacin en nuevos EJCs (Diem et al, 2007;.. Gehring et al, 2009b). La
sobreexpresin de los homlogos de Arabidopsis de PYM y el Y14 componentes EJC y
Magoh increment la expresin de reportero que contiene intrn-construye en plantas
(Mufarrege et al., 2011). Sin embargo, PYM no interaccionan con subunidades o
componentes del complejo de iniciacin de la traduccin en Drosophila ribosomales, con
exclusin de un papel importante de PYM en la regulacin de traduccin en este organismo
21
(Ghosh et al., 2014).

22
El SKAR protena asociada a EJC une el S6K1 quinasa despus de la activacin

S6K1 durante mecanicista objetivo-de-rapamicina (mTOR) de sealizacin (Fig. 3).
Posteriormente, S6K1 fosforila el 40S ribosomal subunidad rpS6 protena, el factor de
traduccin eucaritica eIF4B, as como el inhibidor de eIF4A PDCD4 (que conduce a la
degradacin PDCD4). Esto resulta en eIF4B reclutamiento a eIF4A y la potenciacin de la
actividad helicasa eIF4A, lo que facilita 40S exploracin subunidad ribosomal al codn de
iniciacin (Max et al., 2008, y referencias en l). Sin embargo, no se sabe si la interaccin
SKAR-S6K1 se limita a la sealizacin de mTOR.
Adems EJC ncleo y protenas perifricas, la mRNP incluye otras protenas que
tambin pueden afectar a su destino. El SRSF1 humana (SF2 / ASF) protena es un regulador
de empalme de la familia SR, que lanzaderas con el mRNP al citosol. SRSF1 estimula la
traduccin de mRNAs informadores en clulas humanas, en sistemas de traduccin libres de
clulas, y sobre tethering a un ARNm reportero (Sanford et al., 2004). Aunque SRSF1 se
asocia nicamente con CBC- pero que no est obligado eIF4E-ARNm, que mejora la
traduccin durante las dos primeras rondas (los CBC-dependiente) y el estado de equilibrio
(eIF4E) dependiente de la traduccin (Sato et al., 2008). SRSF1 promueve la primera ronda
de la traduccin mediante la contratacin de la TAP activador de la traduccin (Fig. 3). Se
indic que la e fi ciencia de la primera ronda de la traduccin en influye traduccin
subsiguiente (Sato et al., 2008) (ver ms abajo). Tambin se demostr que SRSF1 mejora la
traduccin eIF4E-dependiente durante la sealizacin de mTOR (Michlewski et al., 2008).
La actividad de la protena de unin a cap-citoplsmica, eIF4E, que es importante para la
iniciacin de la traduccin, es antagonizada por la protena de unin eIF4E-(4E-BP). SRSF1
conduce a la fosforilacin y la inhibicin de 4E-BP mediante la contratacin de la mTOR
quinasa, y / o por conduce a la inhibicin de la fosfatasa PP2A (Michlewski et al., 2008).
Desde SRSF1 no era detectable en mRNA eIF4E determinada (Sato et al., 2008), no est
claro si la funcin posterior de SRSF1 est relacionada con su deposicin splicing- depende
del mRNA. se antagoniza por la protena de unin eIF4E-(4E-BP). SRSF1 conduce a la
fosforilacin y la inhibicin de 4E-BP mediante la contratacin de la mTOR quinasa, y / o
por conduce a la inhibicin de la fosfatasa PP2A (Michlewski et al., 2008). Desde SRSF1 no
era detectable en mRNA eIF4E determinada (Sato et al., 2008), no est claro si la funcin
posterior de SRSF1 est relacionada con su deposicin splicing- depende del mRNA. se
antagoniza por la protena de unin eIF4E-(4E-BP). SRSF1 conduce a la fosforilacin y la
inhibicin de 4E-BP mediante la contratacin de la mTOR quinasa, y / o por conduce a la
inhibicin de la fosfatasa PP2A (Michlewski et al., 2008). Desde SRSF1 no era detectable en
mRNA eIF4E determinada (Sato et al., 2008), no est claro si la funcin posterior de SRSF1
est relacionada con su deposicin splicing- depende del mRNA.
23
Aunque EJCs o SRSF1 no son detectables en mRNA eIF4E de ruedas, la deficiencia

ef de la primera ronda de la traduccin influye en rondas de estado estable posteriores de la
traduccin (Lejeune et al, 2002;.. Sato et al, 2008). Esto podra ser debido al hecho de que
durante la traduccin de estado estacionario, la interaccin entre eIF4G y el poli (A) de unin
a protena citoplasmtica 1 (PABPC1) conduce a mRNA circularizacin, lo que aumenta la
eficiencia de reciclaje de ribosomas. Tambin es posible que algunas de las protenas mRNP
desplazados durante la primera ronda de la traduccin permanecen en el microambiente
mRNA y contribuyen a rondas posteriores de la traduccin. Se sugiri que despus del
desmontaje EJC, MLN51 podra permanecer asociado con el ARNm, con el que puede
interactuar tambin en ausencia de la EJC (Chazal et al.,
24
2013). Por lo tanto, la contribucin de los intrones de traduccin no se limita a la primera

ronda de la traduccin. Sin embargo, los datos presentados anteriormente indican que algunas
interacciones con el ARNm, incluyendo el de MLN51, son ms eficientes en la presencia de
EJCs reunidos. Teniendo en cuenta que MLN51 contribuye a la contratacin de factores de
iniciacin de traduccin, que tienen que ser visitada durante cada ronda de la traduccin, es
posible que los EJCs ensamblados pueden proporcionar un beneficio excedente de mRNAs
con respecto a la eficiencia de traduccin. En este sentido, es relevante indicar que se ha
sugerido que el aumento de la eficiencia de la traduccin por intrones podra aumentar la
probabilidad de que los ARNm recin exportados se traducen preferentemente sobre las
transcripciones de ms edad, y que esto podra ser particularmente importante para la
transduccin de seal y vas de regulacin (Gehring et al, 2009b;. Moore y Proudfoot, 2009).
Curiosamente, los genes con funciones reguladoras estn particularmente enriquecidas con 5'
UTR intrones (Cenik et al., 2010). Como se ver ms adelante en esta revisin, intrones 5'
UTR podran tener una contribucin particular a la eficiencia de traduccin (Akua y Shaul,
2013).
8. El papel de empalme en la mejora de la expresin gnica por intrones
Existe un debate en curso en la literatura IME si el empalme s es esencial para la

capacidad de los intrones para elevar la expresin gnica. Este tema se discute aqu a la luz de
los datos presentados anteriormente. Varios estudios demostraron que la presencia de intrones
fue suficiente para mejorar la expresin incluso cuando fue impedido de empalme (por
ejemplo, Damgaard et al, 2008;.. Kaida et al, 2010;. Kwek et al, 2002). Estos datos se pueden
explicar, al menos parcialmente por las funciones independientes splicing- de U1 snRNA,
incluyendo aumento de la transcripcin, la supresin de PCPA, y el apoyo a la seleccin de
adecuada promotor direccionalidad. Estas funciones se ven facilitadas por la interaccin U1
con 5' secuencias relacionadas-SS situados ya sea en el extremo 5' de los intrones o en otros
sitios, preferentemente enriquecido en intrones en lugar de exones (Almada et al, 2013.;
Damgaard et al., 2008; Engreitz et al, 2014.; Kaida et al., 2010; Kwek et al., 2002).
Para estudiar si el empalme puede contribuir a la expresin de ms de los efectos
descritos anteriormente, que dependen de la mera presencia de secuencias intrnicas, varios
requisitos experimentales se deben cumplir. Se deber demostrar que el intrn investigado
no incluye sitios de unin, mostrando que no puede aumentar la expresin cuando est
localizado fuera de la regin transcrita factor de transcripcin. Tambin debe verificar que
no hay ningn empalme crptico, y que el intrn no empalmada no introduce las
comunidades teraputicas o uORFs, que pueden afectar la traduccin y provocarn NMD.
25
Se seleccionaron los estudios descritos a continuacin basada en el cumplimiento de al

menos parte de estos requisitos.
26
Se encontr que en clulas de mamfero, corte y empalme puede elevar los niveles de
ARNm y la transcripcin ms de la elevacin obtenido por la mera presencia de un 5'
intactos SS. La insercin en una construccin de intrones de un SS 5' o un intrn completo
mejorado los niveles de ARNm de 2- y 8 veces, respectivamente, en comparacin con el
constructo intronless (Damgaard et al., 2008). Se verific que SS 5' por s sola no mediar
empalme crptico, y que las observaciones no se deban a cambios en la estabilidad del
mRNA. Sin embargo, debe considerarse que, en comparacin con un aislado 5' SS, un intrn
de longitud completa puede incluir 5' adicionales secuencias relacionadas-SS. En las plantas,
derivados del intrn 5' UTR del gen Sh1 maz mediadas una mejora de 25-44 veces de la
expresin, pero slo una elevacin de 2 veces cuando sus sitios de empalme fueron mutados
(Clancy y Hannah, 2002). codones AUG interno se eliminaron, y el intrn no aumentar la
expresin de fuera de la regin transcrita (Clancy y Hannah, 2002; Clancy et al., 1994). Un
intrn del gen de Arabidopsis TRP1 (PAT1) mediada aproximadamente 5 y 2,5 veces mejora
con empalmable o 5' SS mutado intrones, respectivamente (Rose, 2002; Rose y Beliakoff,
2000). TCs potenciales fueron eliminados del intrn retenido, que se encuentra en la
secuencia de codificacin, y se verific que SS 5' mutado intrn no se empalm. El UTR
intrn 5' 'del gen Arabidopsis AtMHX mejorado considerablemente la expresin gnica
(David-Assael et al., 2006). El intrn natural, o el intrn con tanto 5' y 3' SSs mutados,
mediadas mejora 270- y de 5 veces de expresin, respectivamente, en comparacin con un
constructo de intrones (Akua et al., 2010). AGO codones internos fueron eliminados de los
extremos 5' intrones nativos y mutados UTR. Tambin se comprob que el intrn mutado no
se someti a corte y empalme crptico, y que el intrn no fue capaz de aumentar la expresin
de fuera de la regin transcrita (cuando se coloca 78 o 572 nt aguas arriba de la TSS) (Akua
et al., 2010).
En conjunto, estos datos sugieren que en clulas de mamferos, as como de
monocotiledneas (maz) y plantas dicotiledneas (Arabidopsis), corte y empalme es
esencial para la mejora sustancial, pero en ausencia de empalme, la mejora de bajo nivel se
puede obtener por secuencias intrnicas.
Algunos de los efectos de los intrones unspliced se puede atribuir a la contribucin
anteriormente discutido de 5' sss, o, cuando estn mutados, a 5' secuencias relacionadas SS.
Sin embargo, otras secuencias intrnicas son al parecer tambin capaz de mediar este
impacto. Mientras que el, 416 nt de longitud intrn completo AtMHX cuya 5' SS y 3' SS
fueron mutados mediada mejora de 5 veces de la expresin, una construccin similar con una
delecin interna de 320 perdi nt su capacidad para mediar esta mejora de bajo nivel (Akua
et al., 2010). La secuencia interna borrado no incluy motivos con una considerable similitud
con 5' SS. Por lo tanto, queda mucho por ser estudiado con respecto a la contribucin de las
27
secuencias intrnicas especficas para la mejora de la expresin gnica.

28
Hay varias razones por las cuales el empalme podra aumentar el nivel de ARNm y /
o la eficiencia de la traduccin en un grado mayor en comparacin con la mera presencia de
secuencias intrnicas. En primer lugar, la contribucin de intrones a la mejora de exportacin
y la traduccin nuclear se atribuy a centrales y perifricas protenas EJC, as como
reguladores de empalme de la familia SR, que acompaan a la mRNP al citosol (Fig. 2 y Fig.
3). La deposicin de EJC y AR protenas en la mRNP depende de empalme. Adems, la
inhibicin de empalme cambia la localizacin de modificaciones de la cromatina que pueden
contribuir a la seleccin de la correcta TSSs (de Almeida et al., 2011). La inhibicin de corte
y empalme tambin reduce la fosforilacin de Pol II CTD en Ser2, que desempea un papel
en el reclutamiento de escisin y poliadenilacin factores (Koga et al., 2015).
9. La importancia de la posicin del intrn con respecto a los sitios de

iniciacin de la transcripcin y traduccin
Los experimentos en los que el mismo intrn se insert en diferentes posiciones de

un mismo gen indicaron que el impacto estimuladora de los intrones sobre la transcripcin
depende de su proximidad al promotor (Furger et al, 2002;. Rose, 2004). Hay varias razones
posibles para estos resultados. Es razonable que la contribucin de empalme independiente
de U1 snRNA de iniciacin de la transcripcin y seleccin de promotor adecuada
direccionalidad puede beneficiarse de la proximidad de los sitios de reconocimiento de
ARNsn U1 a DST. Como se ilustra en la Figura 1B, un promotor proximal 5' SS puede
posicionar la factores que interactan U1-TFIIH-Pol II en el entorno de la TSS, apoyando
as el reinicio de la transcripcin. Cuando el intrn no est cerca del promotor, la interaccin
U1-TFIIH-Pol II en SS 5' se produce a una mayor distancia de la TSS, y es, por lo tanto,
intrones prxima al promotor tambin posicin U1 ARNsn sitios de interaccin, que son ms
enriquecido en intrones que los exones, cerca de TSSs, facilitando de este modo la seleccin
de adecuada promotor direccionalidad (Almada et al, 2013;.. Engreitz et al, 2014). (Fig 1D ).
Bieberstein et al. (2012) sugirieron que la contribucin especial de los intrones prxima al
promotor se debe al aumento de los niveles de H3K4me3 y H3K9ac modificaciones de la
cromatina en los promotores de los genes con primeros exones corto fi (es decir, con intrones
prxima al promotor), que dan como resultado mayores niveles de expresin, y de precisin
en la seleccin de la TSS y transcripcin direccionalidad.
Un estudio en Arabidopsis mostr que cuando el primer intrn de un gen indicador se
mueve desde su posicin 52 nt aguas abajo de la principal TSS a una nueva posicin 19 nt
aguas abajo este TSS, transcripciones ms acumulados iniciadas desde un secundario, ms
TSS aguas arriba
29
(Gallegos y Rose, 2017). Esto apoya la idea de que la posicin del intrn puede afectar a la
seleccin TSS. Eliminacin del 303 nt proximal del promotor del gen reportero,
incluyendo los dos TSSs, dio lugar a la utilizacin de la novela TSSs en secuencias
normalmente no transcritas. Sin embargo, el restante de alguna regin promotor era
esencial para la iniciacin de la transcripcin, lo que indica que los intrones no pueden
sustituir a los promotores (Gallegos y Rose, 2017).
La contribucin positiva de los intrones para mRNP exportacin y la eficiencia de
traduccin est mediada en parte por los procedimientos ilustrados en la Figura 2 y la Figura
3. Estos procesos implican la interaccin de ciertos factores (ALYREF, o eIF3 y el 43S PIC)
con tanto 5' cap y EJC- componentes o protenas de unin. Aunque esta interaccin,
posiblemente, se puede lograr a travs de estructuras secundarias de la mRNP, la proximidad
de la EJC a tapa 5' probablemente puede facilitarlo. Quizs algunos de los resultados
contrastantes relacin a la contribucin de los intrones para la exportacin nuclear (Valencia
et al., 2008, y sus referencias) el resultado de diferentes distancias del intrn (y, por lo tanto,
la EJC) de la tapa 5' , y / o de las diferencias en la estructura secundaria de la mRNP, que
afect a la distancia prctica entre estos elementos.
Hay indicios de que la localizacin intrn en el 5' UTR podra ser particularmente
beneficioso por su capacidad para potenciar la traduccin (Akua y Shaul, 2013). Un intrn
con una fuerte capacidad para potenciar la traduccin (27 veces) cuando est localizado en el
-67 posicin con respecto al AUG, mediada solamente una mejora de 3 veces en la posicin
12, a pesar de ser empalmada a una alta eficiencia similar. Este pequeo (82 nt) de
desplazamiento aguas abajo en la posicin de los intrones investigados de UTR 5' en la
secuencia codificante result en slo una reduccin menor en su capacidad para elevar los
niveles de ARNm. Por lo tanto, la localizacin precisa de un intrn en el 5' UTR, o quizs en
una cierta distancia de la tapa y / o el AUG, es aparentemente ms importante por su
capacidad para potenciar la traduccin que por su impacto en los niveles de mRNA (Akua y
Shaul , 2013).
Acerca de 30-40% de los ARNm eucariotas contienen uORFs, que, si se traduce,
puedan perjudicar la traduccin de la ORF principal y conducir a NMD (revisado por
Kozak, 2002; Shaul, 2015). Ambos procesos inhibitorios pueden ser al menos parcialmente
prohibidas por la reiniciacin de la traduccin en AUG del ORF principal (Kozak, 2002;
Zhang y Maquat, 1997). Los eIF3 factor de iniciacin pueden aumentar la e fi ciencia de
reinicio. Era, por lo tanto, sugiere que la presencia de eIF3 unido a EJCs aguas abajo de
uORFs (a travs de su interaccin con
30
MLN51) podra facilitar reiniciacin (Chazal et al., 2013, y referencias en l). Este
escenario tambin podra beneficiarse de la proximidad EJC al sitio de iniciacin de
la traduccin.
10. Por qu no son iguales todos los intrones?
Tal vez el problema ms misteriosos respecto a la capacidad de intrones para mejorar

la expresin es la razn por diferentes intrones, presentes en el mismo lugar de los mismos
genes y empalmados a una alta eficiencia similar, pueden tener efectos muy diferentes sobre
la expresin - de casi ningn efecto a la estimulacin considerable (Rose , 2002). Aunque
algunos de esta variabilidad posiblemente podra atribuirse a diferentes densidades de
potencial U1 snRNA sitios en los intrones de unin, se investig si hay otros elementos de
secuencia que afectan intrn capacidad para potenciar la expresin. Dado que la mayora de
los intrones informaron que potencian la expresin fueron los primeros intrones, se utiliz un
enfoque bioinformtico para identificar los motivos pentmero que son ms abundantes en la
primera en comparacin con otros intrones de Arabidopsis. Esto dio lugar a la asignacin a
los intrones de una 'puntuacin iMeter', que refleja la abundancia de la indicada pentmero
motivos en intrones individuales (Parra et al, 2011;. Rose et al., 2008); (Revisado por
Gallegos y Rose, 2015). Se encontr que los motivos iMeter ser redundante y dispersado a
travs de intrones de mejora, aunque eran ms concentrado hacia el extremo 5' de los
intrones. Los motivos iMeter identificadas en Arabidopsis se conservan en los primeros
intrones de la mayora de las especies de plantas (Parra et al., 2011). Curiosamente, haba una
buena correlacin entre la abundancia de los motivos iMeter en intrones (como se refleja en
sus puntuaciones iMeter) y la capacidad de diferentes intrones para mejorar la acumulacin
de ARNm en Arabidopsis (Gallegos y Rose, 2015; Parra et al., 2011; Rose et al., 2008). El
algoritmo iMeter identific dos motivos de secuencia (CGATT y TTNGATYTG) que eran
candidatos para la participacin especial en la mejora de los niveles de mRNA en
Arabidopsis. El impacto de estos motivos se puso a prueba mediante la introduccin de 11
copias de estos motivos en un intrn con una pequea influencia sobre la expresin. Para
preservar la composicin longitud y de nucletidos del intrn, los motivos han sido creados
por la reordenacin de orden de nucletidos en tramos de nucletidos contiguos pre-
existentes con la composicin necesaria.
La introduccin de 11 copias de la primera o segunda motivo indicado anteriormente en el
intrn, el aumento de su capacidad de elevar los niveles de ARNm de 4 y 13 veces,
respectivamente (Parra et al, 2011;.. Rose et al, 2016). Estos motivos no muestran similitud
con U1 snRNA o conocidos sitios de reconocimiento de protenas SR, y es improbable que
31
funcionar como sitios de unin para factores de transcripcin. El camino por el cual estos
motivos aumentar el contenido de ARNm sigue siendo un misterio, y los mecanismos que
operan en el
32
nivel de ADN tambin se han sugerido (Rose et al, 2011;.. Rose et al, 2016; Gallegos y Rose,
2017).
Adems de estos motivos, el anlisis de delecin identific un motivo corto (35 nt) en
el primer intrn del gen de Sh1 maz, que el aumento de expresin sin alterar la eficiencia de
empalme, y slo cuando est presente en el transcrito (pero no el promotor) regin (Clancy y
Hannah , 2002). La caracterstica fundamental de este motivo fue de U-riqueza en lugar de la
secuencia especfica. La influencia de este motivo se puso a prueba en el nivel de actividad
del gen informador, por lo tanto se desconoce su contribucin relativa a la mejora de la
acumulacin de ARNm y / o la eficiencia de traduccin.
En los vertebrados, los primeros intrones incluyen un mayor nmero de bloques
conservados evolutivamente en comparacin con intrones aguas abajo (Keightley y Gaffney,
2003;. Park et al, 2014). Este anlisis se basa en un tamao de bloque de 100-200 nt.
Conservacin en primera intrones tena una correlacin positiva con la activacin de las
marcas de la cromatina, incluyendo H3K4me3, y con el nivel de expresin de los genes
humanos, como se estima por la RNA-seq (Park et al., 2014). La densidad de elementos
transponibles en intrones humanos largos es particularmente baja en la porcin 5' de la
primera intrones, en comparacin con la porcin 3' de la primera intrones y con la 5' o 3'
parte de los intrones restantes. Esto sugiere que los extremos 5' de los primeros intrones de
mamfero son particularmente funcionalmente importante (Majewski y Ott, 2002).
Tambin se identific que hay elementos intrnicas con una habilidad especial para
influir positiva o negativamente en la traduccin (Akua y Shaul, 2013). Las puntuaciones
iMeter de varios intrones ensayados correlacionados con su capacidad para aumentar los
niveles de mRNA, pero no con su influencia en la eficiencia de traduccin. Esto indica que la
capacidad de potenciar la traduccin no est mediada por los motivos iMeter. Supresin
anlisis identifica en el 416 nt de longitud intrn 5' UTR del gen de Arabidopsis AtMHX un
118 elemento nt interna con una habilidad especial para mejorar la eficiencia de la
traduccin, sin afectar de empalme (Akua y Shaul, 2013).
La insercin de este elemento en otro intrn que tuvo una baja capacidad para afectar
traduccin result en un aumento de 19 veces en la eficiencia de traduccin en comparacin
con un constructo que incluye el mismo intrn sin este elemento. Este efecto no dio como
resultado del cambio en la longitud total del intrn (como se demuestra por otros constructos
examinada) o de un cambio en la eficiencia de empalme (que era alta en todas las
construcciones). La capacidad de este elemento para potenciar la traduccin era, en gran
medida, dependiendo de la localizacin de los intrones que lo contienen en el UTR (Akua y
Shaul, 2013) 5' (vase tambin ms arriba). Por lo tanto, 5' intrones UTR podran
proporcionar plataformas preferible sobre intrones aguas abajo para los elementos que
33
mejoran la traduccin.
34
Curiosamente, el intrn 5' UTR de AtMHX tambin inclua un elemento corto U-rico
(73% de residuos de U) que, a pesar de tener una contribucin positiva al empalme, baj la
capacidad de la antigua elemento para potenciar la traduccin (Akua y Shaul, 2013) .
El hecho de que diferentes intrones pueden tener diferentes impactos en la
traduccin, y la identificacin de elementos intrnicas con un impacto especial en la
traduccin, elevar la interesante cuestin de si los intrones especficos, o elementos
intrnicas, puede afectar diferencialmente la deposicin, la localizacin y / o la composicin
de protenas mRNP. Hay una cierta flexibilidad en el sitio de unin exn depsito de
complejos (Mishler et al, 2008;.. Saulire et al, 2010;. Saulire et al, 2012; Singh et al,
2012;. Revisado por Mhlemann, 2012). Se encontr que EJCs estn presentes en la
mayora (80%), pero no todos, EEJs en clulas humanas, y que el 40-50% de los EJCs son
no cannica, es decir, no estn localizados en las posiciones cannicas 24 nt aguas arriba de
EEJs. Adems, las protenas EJC perifricas pueden diferir en diferentes condiciones
(revisado por Bono y Gehring, 2011). La mayora de los componentes EJC son reclutados e
interactuar con el previo al exn ligadura de pre-mRNA (Gehring et al, 2009a;. Jurica et al,
2002;. Makarov et al, 2002;. Merz et al, 2007;. Reichert et al ., 2002; Zhang y Krainer,
2007). Los intrones mismos juegan un papel en este reclutamiento - EJC algunos
componentes son reclutados por primera protenas intrn asociado, y posteriormente son
trasladadas a la EJC (Hirose et al, 2006; Ideue et al., 2007).. Ser interesante saber si los
elementos especficos intrnicas pueden reclutar protenas especficas mRNP con una
habilidad especial para mejorar la eficiencia de traduccin (o pueden interferir con este tipo
de reclutamiento, en el caso de elementos inhibitorios). Reichert et al., 2002; Zhang y
Krainer, 2007). Los intrones mismos juegan un papel en este reclutamiento - EJC algunos
de reclutamiento, en el caso de elementos inhibitorios). Reichert et al., 2002; Zhang y
Krainer, 2007). Los intrones mismos juegan un papel en este reclutamiento - EJC algunos
de reclutamiento, en el caso de elementos inhibitorios).
35
11. conclusiones
Cuando el impacto de diferentes intrones se prob en el contexto de diferentes genes,

se observaron efectos muy diferentes sobre la expresin, tanto cuantitativa como
cualitativamente.
Se observaron diferentes niveles de equipamiento y, en algunos intrones no afect la
expresin en absoluto, o una mayor expresin influyendo slo algunos de los procesos
revisados aqu. Por ejemplo, algunos intrones de mejora no afectaron a la transcripcin
(Dean et al, 1989;. Rose y Beliakoff, 2000; Rose y pasado, 1997; Yuan et al, 2013).,
Exportacin nuclear (Nott et al., 2003; Yuan et al, 2013;. Zhao y Hamilton, 2007), la
estabilidad de transcripcin (Nott et al, 2003), o la eficacia de traduccin (Rethmeier et al.,
1997;. Zhao y Hamilton, 2007). Adems, se demostr que el mismo intrn, a pesar de ser
empalmado de manera eficiente, podra hacer muy diferente
36
contribuciones en el contexto de diferentes promotores (Akua et al, 2010;. Emami et al,

2013;. Laxa et al, 2016;. Neuberger y Williams, 1988;. Yuan et al, 2013), diferentes
secuencias de codificacin (Rethmeier et al ., 1997), o clulas diferentes (Yuan et al.,
2013).
Teniendo en cuenta esta variabilidad, as como las muchas maneras en que los
intrones pueden afectar la expresin gnica, es muy posible que no existe una nica
respuesta, definida a la pregunta "cmo intrones potencian la expresin gnica". Ms bien,
cada combinacin intrn-gen podra someterse a su propia mezcla nica de procesos que
conducen al resultado perceptible. Los intrones pueden diferir en la fuerza, la densidad, y la
posicin de U1 snRNA sitios de unin, as como la presencia y la posicin de otros
elementos intrnicas que afectan positivamente o negativamente contenido mRNA o la
eficiencia de la traduccin. La presencia, localizacin y composicin de protenas mRNP,
incluyendo protenas SR, as como ncleo EJC y protenas perifricas, podran variar en
diferentes combinaciones intrn del gen. modificaciones de la cromatina pueden diferir en
diferentes genes, localizaciones cromosmicas, y clulas. La posicin de los intrones en
relacin con los sitios de transcripcin y la iniciacin de la traduccin, que desempea un
papel tan importante, tambin podra variar. Por otra parte, diferentes transcripciones podan
alcanzar diferentes estructuras de orden secundaria o superior, dependiendo de su secuencia
de nucletidos, as como la ocupacin de protenas mRNP, que tambin pueden diferir en
diferentes clulas y / o condiciones fisiolgicas. Estas estructuras pueden, a su vez, afectan a
la distancia prctica entre los elementos que interactan mRNP ilustradas en las figuras 1-3,
y, por lo tanto, el impacto sobre la expresin. dependiendo de su secuencia de nucletidos,
as como la ocupacin de protenas mRNP, que tambin pueden diferir en diferentes clulas y
/ o condiciones fisiolgicas. Estas estructuras pueden, a su vez, afectan a la distancia prctica
entre los elementos que interactan mRNP ilustradas en las figuras 1-3, y, por lo tanto, el
impacto sobre la expresin. dependiendo de su secuencia de nucletidos, as como la
ocupacin de protenas mRNP, que tambin pueden diferir en diferentes clulas y / o
condiciones fisiolgicas. Estas estructuras pueden, a su vez, afectan a la distancia prctica
entre los elementos que interactan mRNP ilustradas en las figuras 1-3, y, por lo tanto, el
impacto sobre la expresin.
Tambin es posible que los intrones que mejoran avanzan genes hacia una eficacia
de expresin optimizado, pero cuando la expresin es un cierre priori para ptima que no se
puede exceder considerablemente. Esto puede explicar los casos en que el mismo intrn
eleva la expresin de un promotor dbil en un grado mucho ms grande en comparacin con
su impacto en un promotor fuerte (por ejemplo, Akua et al., 2010). Del mismo modo, si la
transcripcin tiene una UTR 5' con una gran capacidad para potenciar la traduccin, el
37
impacto de las protenas mRNP de traduccin podra ser secundaria, menos perceptible.
Por lo tanto, tal vez en lugar de pedir, por ejemplo, "no intrones contribuyen a la
salida nuclear", hay que poner ms nfasis en preguntas como "qu combinacin de intrn,
gen, intrn posicin, posicin cromosmica, tipo de clula, y las condiciones fisiolgicas
favorece una contribucin de intrones a la salida nuclear". El mismo razonamiento es vlido
para otros procesos mediante los cuales los intrones potencian la expresin. En particular,
sera muy interesante para obtener ms conocimientos sobre la contribucin de elementos
intrnicas especficos, adems de los motivos relacionados con el empalme cannicos, al
intrn capacidad para elevar el contenido de ARNm y la eficiencia de traduccin.
38
Expresiones de gratitud
Agradecemos a Sharon Victor para la correccin de errores tipogrficos. Este trabajo fue
apoyado por la Fundacin de Ciencias de Israel [subvencin nmero 199/09], y el
Ministerio de Infraestructuras Nacionales, Energa y recursos hdricos [nmero de
concesin 512-11-630] Israel.
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Figuras legendarias
Figura 1. Un modelo para explicar parte de la contribucin de los intrones promotor

proximal y U1 snRNA a la transcripcin. (A) Durante la iniciacin de la transcripcin, los
asociados U1 ARNsn con TFIIH independientemente de intrones. Esto conduce a la
fosforilacin de la CTD de Pol II por TFIIH, y la estimulacin de iniciacin de la
transcripcin. asociados (B) U1 ARNsn con un 5' SS prxima al promotor en la transcripcin
naciente y recluta TFIIH y Pol II. Esto trae estos factores a la proximidad del promotor y
estimula la reiniciacin de la transcripcin. intrones prxima al promotor (es decir, cortas
primeros exones) tambin se correlacionan con la presencia de un nico pico, TSS
posicionado de activar fi caciones histona caciones (lnea roja). (C) Cuando el primer intrn
no est cerca del promotor, la interaccin U1-TFIIH-Pol II en SS 5' es ms distante de la
TSS, y, as, menos probabilidades de promover el reinicio. Ms bien, podra contribuir a la
iniciacin inapropiada cerca del primer lmite exn-intrn (1 E / I). La incidencia de dicha
iniciacin adicional, inadecuada tambin se correlaciona con la presencia de dos picos de la
activacin de cationes fi histona caciones (lneas rojas) - alrededor del TSS y el primer lmite
exn-intrn. (D) Las secuencias que, despus de su transcripcin, forma U1 ARNsn sitios de
reconocimiento, se enriquecen cerca de TSSs en el sentido relativo a la direccin antisentido
(lneas de color rojo oscuro). Estas secuencias se enriquecen en particular en intrones, y
apoyan la seleccin de promotor direccionalidad (el hecho de que el alargamiento productiva
se produce principalmente en la orientacin de sentido). Adems, U1 ARNsn unin a sus
sitios de reconocimiento en la transcripcin de ARNm naciente protege sentido de la escisin
prematura y la poliadenilacin (PCPA). Vase el texto para referencias. Negro lnea - la
regin promotora; cajas azul y verde - exones en el ADN y ARN, respectivamente; lneas
azules y verdes - intrones en el ADN y ARN, respectivamente; P - fosforilacin; TSS - sitio
de inicio de la transcripcin.
Figura 2. La contribucin EJC-mediada de los intrones a las exportaciones nucleares. El

componente ALYREF de la TREX (transcripcin-exportacin) interacta complejos tanto
con el componente eIF4A3 de la EJC y el CBC (Cheng et al, 2006;.. Gromadzka et al, 2016).
Esta interaccin puede explicar la contribucin positiva del empalme de ARNm de
exportacin. lnea verde - mRNA. Slo se muestra la regin 5' de la transcripcin.
Fig. 3. La contribucin de los intrones a la traduccin. Esta figura presenta slo el aporte de
protenas SR EJC y reunidos en la siguiente mRNP empalme (y no su contribucin como
componentes libres). MLN51 incrustado en el EJC interacta con eIF3 y el complejo de
55
preiniciacin (PIC). eIF3 facilita el reclutamiento PIC a tapa 5' por eIF4G, seguido de la
iniciacin
56
de exploracin. PYM, que puede interactuar tanto con el PIC (a travs de la subunidad 40S
ribosomal) y Y14-Magoh, facilita el reclutamiento PIC al ARNm. Durante la sealizacin de
mTOR, mTOR activa S6K1. El SKAR protena asociada a EJC une el S6K1 activado, que
fosforila el 40S ribosomal subunidad rpS6 protena, el factor de iniciacin de la traduccin
eIF4B, y el inhibidor de eIF4A PDCD4 (PDCD4 fosforilacin conduce a su degradacin).
Estos eventos de fosforilacin resultan en eIF4B reclutamiento a eIF4A y la potenciacin de
la actividad eIF4A, lo que facilita la exploracin. El SRSF1 SR regulador de empalme
promueve la primera ronda de la traduccin mediante la contratacin de la TAP activador de
traslacin. Vase el texto para referencias. lnea verde - mRNA. Slo se muestra la regin 5'
de la transcripcin.
57
Figura 1
A TSS Iniciacin
Pol II
pag TFIIH
U1
B TSS
reiniciacin
corto 1st exn
Pol II
Pol II p
a
pag TFIIH g
U1
C SAT-1 st E /I
largo 1st exn
Pol II
p
Pol II a
g
pag TFIIH
U1
D antisentido TSS Sentido
Pol II Pol II
La seleccin de
p direccionalidad U1 p
a y la proteccin de PCPA a
U1 g U1 U1 U1 g
U1
antisentid Sentid
o o
58
Figura 2
m7G EJC
MLN eIF4A3
51
Magoh
Y14
ALYREF
TIRA
NO
SAUR
IO
REX
59
figura 3
GRI
FO SRSF1
m7G EJC
CTIF MLN eIF4A3
51
eIF4G eIF3 Magoh
eIF4AeIF4B 40S PYM Y14
FO
SKAR
PDCD4 TO
S6K1 mTOR

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manuscrito aceptado

Ttulo: Cmo intrones potencian la expresin

gnica Autor: Orit Shaul

PII: S1357-2725 (17) 30154-1

A Aparecer en: La Revista Internacional de Bioqumica y Biologa Celular

Recibido Fecha: 04/02/2017

Este es un archivo PDF de un manuscrito indito que ha sido aceptado para su

Cmo intrones potencian la expresin gnica

La Facultad Mina y Everard Goodman de Ciencias Biolgicas, Universidad de Bar-Ilan,

Ramat-Gan 5290002, Israel

Direccin de correo electrnico: orsha@mail.biu.ac.il (O. Shaul)

En muchos eucariotas, incluyendo mamferos, plantas, levaduras, y de insectos,

posibilidades no son mutuamente excluyentes, pero su presencia deben ser tenidas en

2. Los intrones pueden aumentar la tasa de transcripcin

La transcripcin se espacial y temporalmente acoplado a splicing (revisado por Saldi

2.1 La contribucin de U1 snRNA y 5' SSS a la transcripcin

componente de ciclina H de TFIIH

2.2 La implicacin de otros factores de empalme en la transcripcin

Otras interacciones con factores de empalme tambin se muestran para mejorar la

mecanismo que vincula la inhibicin de la fosforilacin a la inhibicin de empalme no

3. Se intrn impacto sobre la transcripcin mediada por la modificacin de la

H3K4me3 de unirse directamente TFIID, y de H3K9ac para promover esta unin

4. Intrn mediada por la mejora de la transcripcin se correlaciona con looping gen

direccin sobre aguas arriba, la transcripcin antisentido (Agarwal y Ansari, 2016). La

5. El complejo de unin exn facilita mRNA exportacin al citosol de una manera

corto en ALYREF dirige su interaccin con tanto el componente eIF4A3 de la EJC y el

6. La correlacin entre los intrones y la estabilidad del ARNm

aguas arriba (uORFs) (revisado por Shaul, 2015).

Esta revisin se centra en el impacto de los intrones empalmados de manera

7. Los intrones pueden aumentar la eficiencia de la traduccin de ARNm

Adems de aumentar el contenido de mRNA al afectar la transcripcin, la

(Ghosh et al., 2014).

El SKAR protena asociada a EJC une el S6K1 quinasa despus de la activacin

Aunque EJCs o SRSF1 no son detectables en mRNA eIF4E de ruedas, la deficiencia

2013). Por lo tanto, la contribucin de los intrones de traduccin no se limita a la primera

8. El papel de empalme en la mejora de la expresin gnica por intrones

Existe un debate en curso en la literatura IME si el empalme s es esencial para la

Se seleccionaron los estudios descritos a continuacin basada en el cumplimiento de al

secuencias intrnicas especficas para la mejora de la expresin gnica.

9. La importancia de la posicin del intrn con respecto a los sitios de

Los experimentos en los que el mismo intrn se insert en diferentes posiciones de

10. Por qu no son iguales todos los intrones?

Tal vez el problema ms misteriosos respecto a la capacidad de intrones para mejorar

Cuando el impacto de diferentes intrones se prob en el contexto de diferentes genes,

contribuciones en el contexto de diferentes promotores (Akua et al, 2010;. Emami et al,

Dimaano, C., Ullman, KS, 2004. nucleocytoplasmic transporte: La integracin de la

Fong, YW, Zhou, P., 2001. efecto estimulador de factores de empalme en

Guiro, J., O'Reilly, D., 2015. Insights en la U1 pequea superfamilia complejo de

Keightley, PD, Gaffney, DJ, 2003. limitaciones funcionales y la frecuencia de mutaciones

Majewski, J., Ott, J., 2002. Distribucin y caracterizacin de elementos reguladores en el

Moore, MJ, Proudfoot, NJ, 2009. procesamiento de pre-ARNm se remonta a la transcripcin

Neuberger, MS, Williams, GT, 1988. El requisito de intrn para la expresin de

de seales de epigenticos de regulacin. BMC Genomics 15, 526.

Reed, R., 2003. El acoplamiento de transcripcin, empalme y la exportacin del ARNm.

aumento de la expresin de genes independiente de secuencias de intrones nicas y

Figura 1. Un modelo para explicar parte de la contribucin de los intrones promotor

Figura 2. La contribucin EJC-mediada de los intrones a las exportaciones nucleares. El

largo 1st exn

D antisentido TSS Sentido

eIF4AeIF4B 40S PYM Y14

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