Degradasi Protein

Merupakan suatu proses penguraian senyawa protein menjadi monomer penyusunnya yaitu
asam amino. Protein ekstraseluer maupun intraseluler yang berlebih akan diolah secara
berkelanjutan
Ada dua jalur yang mungkin untuk degradasi protein, hasil akhir masing-masing adalah
pemecahan protein ke asam amino penyusunnya dengan protease..

Gambar 5.12
Jalur ubiquitin menurunkan atau mendegradasi protein abnormal dan protein sitosolik
pendek, tergantung ATP dan terletak di sitosol (angka selanjutnya).

Ubikitin
Ubikitin atau ubiquitin adalah protein regulator yang ditemukan pada hampir semua jaringan
eukariota. Nama protein ini berasal dari kata ubiquitous yang berarti "ditemukan di mana-
mana". Protein ini berukuran kecil, sebesar 8,5 kDa. Protein ini ditemukan pertama kali pada
tahun 1975 oleh Gideon Goldstein dan kawan-kawan. Walaupun demikian, nama ubikitin
dideskripsikan pertama kali oleh Lois T. Hunt dan Margaret O. Dayhoff pada tahun 1977.
Ubikitin terlibat dalam modifikasi pasca-translasi. Proses penambahan ubikitin pada substrat
protein disebut ubikitinasi. Protein yang telah mengalami ubikitinasi kemudian masuk ke
dalam sintas degradasi protein dan dihancurkan. Penemuan sintas degradasi yang melibatkan
ubikitin membuat Aaron Ciechanover, Avram Hershko, dan Irwin Rose menerima hadiah
Nobel Kimia 2004.[4] Penemuan terbaru menunjukkan bahwa ubikitin tidak hanya terlibat
dalam mekanisme proteolitik tetapi juga beberapa fungsi lain seperti mengatur lalu lintas
protein dan interaksi protein.[5]

Jalur ubiquitin
Jalur ubiquitin menurunkan protein abnormal dan protein sitosolik pendek, tergantung ATP
dan terletak di sitosol sel.

Struktur ubiquitin
Ubiquitin adalah protein dasar kecil yang menempel pada protein yang akan dimusnahkan.
lampiran ubiquitin menargetkan protein untuk degradasi, ini adalah sistem 'penandaan'. Pada
terminal karboksil ubiquitin terdapat residu glisin yang menempel pada residu lisin pada
protein untuk membentuk protein target ubiquitin-C-glycine-lysine.

Urutan jalur ubiquitin

Mengenal Protein Kiss of Death
Ismunandar (Departemen Kimia, FMIPA ITB)
PROTEIN kiss of death telah membuat para penemunya-Aaron Ciechanover, Avram
Hershko, dan Irwin Rose-memenangi Nobel Kimia 2004.
Protein adalah pembangun semua makhluk hidup, dan banyak riset telah dikerjakan untuk
mengungkap bagaimana sel menghasilkan sejumlah besar protein dari molekul sederhana
penyusunnya. Penelitian masalah sebaliknya: bagaimana sel tubuh mengenali dan
memusnahkan protein yang tidak diperlukan, kurang diminati para saintis. Trio saintis di atas
termasuk yang langka dengan menguak misteri pengenalan dan penghancuran protein yang
dibantu oleh ubiquitin.
Ubiquitin-berasal dari bahasa Latin yang berarti ditemui di mana-mana-juga suatu protein.
Ubiquitin mampu mengenali molekul protein yang siap dihancurkan. Sekali dicap (di-kiss)
oleh ubiquitin, protein tadi dikirim ke proteasom sel yang kemudian mencacahnya menjadi
serpihan- serpihan. Muncullah julukan "kiss of death".
Penghancuran protein yang dipandu ubiquitin terdapat di seluruh bagian tubuh. Temuan
mereka membuka jalan pengetahuan pada proses sel lain seperti perbaikan DNA dan
transkripsi gen. Beberapa penyakit, termasuk fibrosis sistik dan kanker cervik, juga
melibatkan penghancuran protein yang tak tepat. Maka, temuan ini juga membuka jalan ke
pengobatannya.
Bahkan, kini diketahui 30 persen protein yang baru disintesis dalam sel dihancurkan karena
protein-protein itu luput dari quality control sel.

Proses pemecahan
Ubiquitin telah diisolasi sejak 1975 dari berbagai jaringan dan organisme. Tahun 1980-an,
Aaron Ciechanover dan Avram Hershko menemukan bahwa ubiquitin menstimulasi
degradasi protein.
Selanjutnya, ketiga saintis menemukan bahwa proses degradasi melibatkan tiga jenis enzim
E1, E2, dan E3 melalui serangkaian tahap berikut:
1. Pertama enzim E1 mengaktifkan molekul ubiquitin. Reaksi perlu energi dalam bentuk
ATP (adenosin trifosfat).
2. Kedua, molekul ubiquitin dipindahkan ke enzim E2.
3. Ketiga, enzim E3 mengenali protein target yang akan dihancurkan. Rangkaian enzim
E2-ubiquitin mengikat protein target sehingga label ubiquitin dapat dipindahkan dari
E2 ke protein target.
4. Keempat, enzim E3 melepaskan protein yang telah dicap (diberi label ubiquitin).
5. Kelima, tahap keempat diulang beberapa kali sampai protein target memiliki beberapa
molekul ubiquitin yang tergandeng dalam rantai yang terikat pada protein tersebut.
6. Keenam rantai ubiquitin dikenali oleh proteasom. Label ubiquitinnya dilepas dan
proteinnya masuk dalam proteasom kemudian dicacah.
Setiap sel manusia mengandung sekitar 30,000 proteasom, yang mampu menghancurkan
hampir semua protein-mengandung ribuan asam amino-menjadi potongan kecil dengan
kandungan 7-9 asam amino.

Pentingnya ubiquitin
Sejak tahun 1980-an berbagai substrat pemecahan protein yang dibantu ubiquitin
diidentifikasi. Di antaranya adalah pencegahan swa-penyerbukan dalam tanaman.
Seperti diketahui, sebagian besar tanaman bersifat biseksual: dapat melakukan perkawinan
sendiri. Namun, itu berdampak pada penurunan keragaman genetik yang dalam jangka
panjang dapat memunahkan spesies. Maka, tumbuhan dengan penghancuran yang dibantu
ubiquitin menolak serbuk sarinya sendiri
Contoh lain adalah pengaturan siklus sel. Ketika suatu sel menggandakan diri, banyak reaksi
kimia terlibat. Pada manusia 6000 juta pasang basa harus digandakan dalam DNA.
Pembelahan sel dan pembentukan sel kelamin (mitosis dan meiosis) berkaitan erat dengan
temuan peraih Nobel Kimia tahun ini.
Enzim E3, misalnya, berperan dalam pemisahan kromosom saat mitosis dan meiosis.
Pentingnya proses ini dapat dilihat dari fakta bahwa pembagian kromosom yang tak tepat saat
meiosis merupakan penyebab umum keguguran, sedangkan kromosom 21 ekstra dalam
manusia mengakibatkan Sindroma Down.

Reaksi kekebalan
Suatu protein yang disebut juga faktor transkripsi mengatur berbagai gen dalam sel yang
penting untuk sistem kekebalan. Dalam sel, faktor transkripsi terikat pada protein inhibitor
dan berada dalam sitoplasma. Bila sel terpapar bakteri atau senyawa asing, protein inhibitor
akan mengikat ubiquitin dan dihancurkan oleh proteasom.
Faktor transkripsi kemudian dibawa ke inti sel yang mengaktifkan ekspresi gen tertentu
sebagai pertahanan terhadap gangguan luar itu.
Sistem ubiquitin juga telah menjadi bidang riset menarik dalam pencarian obat berbagai
penyakit. Obat seperti ini dapat berupa sistem yang mencegah proses penghancuran protein
atau sistem yang dapat menghancurkan protein yang tidak diperlukan.
Salah satu obat yang telah diuji secara klinis adalah proteasome inhibitor Velcade (PS341)
yang digunakan untuk mengobati kanker.

Proteasome
Proteasome adalah sesuatu yang unik. Bisa kita sebut ia sebagai salah satu paket molekul
pintar dalam sistem kehidupan kita. Mengapa disebut paket? karena Proteasome tidak hanya
terdiri dari satu molekul, melainkan gabungan beberapa subunit protein.
Protea: protein. proteasome amat dekat kaitannya dengan protein. Protein ini adalah senyawa
utama penyusun kehidupan disamping lemak dll. Protein jika dirunut sampai kepenyusun
terkecilnya, maka akan keluar nama senyawa dan unsur berikut: polipedtida, peptida, dan
asam amino. Dengan demikian, kita bisa simpulkan bahwa penyusun terkecil protein dan
termasuk proteasome sendiri adalah asam amino.
Proteasome adalah nama suatu komplek molekul yang memiliki fungsi sebagai penghancur
protein tak berguna di dalam sel mahluk hidup. Protein penghancur protein donk ya? Iya,
benar sekali. Jadi, proteasome ini hakikatnya tidak bisa dibedakan dengan istilah umum dari
enzim yang memang dikenal sebagai penghancur atau pengurai protein. apa itu? ya, benar
sekali sahabat, protease. Senyama aktif (enzim) yang mampu menguraikan protein di dalam
kehidupan ini. Namun perbedaan protease dengan proteasome adalah proteasome lebih
mengarah pada penamaan semacam alat fungsional di dalam sel mahluk hidup yang berfungsi
untuk menghancurkan protein. Sedangkan protease tidak hanya terbatas di dalam sel saja
melaikan bisa di seluruh area. selama ia adalah suatu senyawa organik yang mampu
menguraikan protein maka kita bisa menyebutnya sebagai protease. Jadi kata kunci
perbedaan keduanya ada di frase di dalam sel.
Rekonstruksi bentuk Proteasome
Setelah kenalan sepintas dengan Proteasome. Mari kita ketahui cara kerjanya yang tadi saya
sebutkan unik. Proteasome ini berbentuk seperti sebuah tabung slindris yang di kedua
pangkalnya terdapat katup. Nah tabung selindris ini berfungsi sebagai tempat penguraian
protein-protein. Selama proses penghancuran maka katup akan menutup kedua pangkal
proteasome. canggih ya? sabar, belum terlalu canngih, akan ada hal lebih canggih yang akan
proteasome tunjukkan. Bagaimana proteasome bisa mengenali protein-protein mana saja
yang harus diurai di dalam tabungnya? nah proteasome punya rekan kerja untuk
memberlangsungkan aktivitasnya tersebut. Rekan kerja proteasome itu bernama Ubiquitin
(imut namanya).
Si Ubiquitin adalah pemicu pertama pengaktifan grup kerja ini. Dalam bekerja Ubiquitin
punya rekanan lagi, berupa kelompok protein lain. sebut saja namanya protein E1, E2 dan E3.
Dalam alur kerjanya, E3 merupakan bagian terakhir yang diaktifkan, namun justru E3 lah
yang memiliki indera ke-6 untuk mendeteksi protein yang mana saja akan diurai.
Selengkapnya bagaimana cara kelompok ini berharmoni melakukan kerja bareng yang
menakjubkan?

Pertama, Ubiquitin akan bergandengan dengan E1. Akibatnya E1 yang tadinya diem, jadi
agresif (aktif).
Kedua, E1 aktif yang ditempeli Ubiquitin ini menempel ke E2. E2 memiliki semacam
penyambung yang akan menyatukan E1 yang ditunggangi Ubiquitin dan E3. Proses
penggabungan ini tidak bisa dilakukan langsung antara E1 dan E3. Harus melalui
perantara E2. Nah E3 yang spesifik memiliki penyambung ke protein target yang akan
diurai tadi. Jadi dari ketiga protein E ini, E3 lah yang paling banyak variasinya. mengapa?
karena jenis protein yang berpeluang untuk dihancurkan itu banyak banget. Alasan
pengehancurannya pun beragam. Mulai dari karena si protein salah rakit, salah lipat
sampai karena jumlahnya sudah kebanyakan dan harus dimusnahkan.
Setelah E1 plus Ubiquitin bersambung dengan E2 dan E3, maka bagian dari E3 siap
menyambung dengan protein rusak yang sudah diincar sejak tadi. Saat peristiwa
sambungan terakhir dengan protein rusak, Si Ubiquitin yang tadinya melekat di
pundak E1 melompat ke pundah protein rusak. Nah di sini, si Ubiqutin memulai kerja
lanjutannya. apa itu? memanggil teman Ubiquitin lainnya untuk menempel membentuk
rantai minimal sampai empat Ubiquitin.
Rantai minimal 4 Ubiquitin inilah nantinya akan menjadi signal penanda yang akan
dikenali Proteasome untuk memasukkan protein rusak itu ke dalam tabung slindrisnya
dan mengalami proses penghancuran. Sebagai catatan, bentuk E3 itu lebih detil lagi dan
sudah diproyeksikan kesiapannya sejak Ubiquitin sudah mendeteksi protein rusak mana
yang akan diurai

Jalur Lisosom
Lisosom adalah organel sel berupa kantong terikat membran yang berisi enzim hidrolitik
yang berguna untuk mengontrol pencernaan intraseluler pada berbagai keadaan.
Untuk menyediakan pH asam bagi enzim hidrolitik, membran lisosom mempunyai pompa
H+ yang menggunakan energi dari hidrolisis ATP. Membrane lisosom juga sangat
terglikosilasi yang dikenal dengan lysosomal-associated membrane proteins (LAMP). Sampai
saat ini sudah terdeteksi LAMP-1, LAMP-2, dan CD63/LAMP-3. LAMP berguna sebagai
reseptor penerimaan kantong vesikel pada lisosom.
Enzim hidrolitik dibuat pada retikulum endoplasma, yang mengalami pemaketan di badan
Golgi dan kemudian ke endosom lanjut yang nantinya akan menjadi lisosom. Untuk
prosesnya ini, enzim ini mempunyai molekul penanda unik, yaitu manosa 6-fosfat (M6P)
yang berikatan dengan oligosakarida terikat-N.
Seluruh glikoprotein yang ditransfer oleh retikulum endoplasma ke cis Golgi memiliki rantai
oligosakarida terikat-N yang identik, dengan manosa di ujung terminalnya. Untuk
membentuk manosa 6-fosfat, cis Golgi membutuhkan situs pengenalan, yang disebut signal
patch, yang memiliki situs H3N+COO
Pembentukan M6P ini memerlukan dua buah enzim, yaitu GlcNac fosfotransferase yang
berfungsi untuk mengikat enzim hidrolitik secara spesifik dan menambah GlcNac-fosfat ke
enzim. Kemudian terdapat enzim kedua yang memotong GlcNac sehingga membentuk M6P.
Satu enzim hidrolitik mengandung banyak oligosakarida sehingga dapat mengandung banyak
residu M6P. Setelah itu, dari cis Golgi, enzim hidrolitik ini akan ditransfer ke trans Golgi.
M6P yang terikat pada enzim hidrolitik akan berikatan pada reseptor protein M6P yang
berada pada jaringan trans Golgi. Reseptor ini terikat pada membran dan berguna untuk
pemaketan enzim hidrolitik dengan memasukkan enzim tersebut ke vesikel clathrin coats, dan
nantinya vesikel tersebut dikirim ke endosom lanjut. Pemaketan ini terjadi pada pH 6,56,7,
dan dikeluarkan pada pH 6.
Pada endosom, enzim hidrolitik akan terlepas dari reseptor M6P karena adanya penurunan
pH (menjadi 5). Setelah terlepas, reseptor M6P akan dibawa oleh vesikel transpor dari
endosom kembali ke membran trans Golgi untuk digunakan kembali. Transpor, baik menuju
endosom atau kebalikannya, membutuhkan peptida penanda (signal peptide) yang terdapat
pada ekor sitoplasmik dari reseptor M6P. Namun, tidak semua molekul dengan M6P dikirim
ke lisosom; ada yang 'lolos' dari pengepakan dan ditransfer ke luar sel. Reseptor M6P juga
terdapat di membran plasma, yang berguna untuk menangkap enzim hidrolitik yang lolos
tersebut dan membawanya kembali ke endosom.
Endositosis ialah pemasukan makromolekul dari luar sel ke dalam sel melalui mekanisme
endositosis, yang kemudian materi-materi ini akan dibawa ke vesikel kecil dan tidak
beraturan, yang disebut endosom awal. Beberapa materi tersebut dipilah dan ada yang
digunakan kembali (dibuang ke sitoplasma), yang tidak dibawa ke endosom lanjut. Di
endosom lanjut, materi tersebut bertemu pertama kali dengan enzim hidrolitik. Di dalam
endosom awal, pH sekitar 6. Terjadi penurunan pH (5) pada endosom lanjut sehingga terjadi
pematangan dan membentuk lisosom.
Autofagi. Proses autofagi digunakan untuk pembuangan dan degradasi bagian sel sendiri,
seperti organel yang tidak berfungsi lagi. Mula-mula, bagian dari retikulum endoplasma kasar
menyelubungi organel dan membentuk autofagosom. Setelah itu, autofagosom berfusi
dengan enzim hidrolitik dari trans Golgi dan berkembang menjadi lisosom (atau endosom
lanjut). Proses ini berguna pada sel hati, transformasi berudu menjadi katak, dan embrio
manusia
Fagositosis merupakan proses pemasukan partikel berukuran besar dan mikroorganisme
seperti bakteri dan virus ke dalam sel. Pertama, membran akan membungkus partikel atau
mikroorganisme dan membentuk fagosom. Kemudian, fagosom akan berfusi dengan enzim
hidrolitik dari trans Golgi dan berkembang menjadi lisosom (endosom lanjut).
Jalur lisosom mendegradasi membran atau protein ekstraseluler dan organel-organel.
Contohnya mitokondria. Ini membutuhkan ATP dan terjadi dalam lisosom. Awalnya, protein
harus masuk kedalam lisosom, dan akan terjadi kemungkinan dua proses yang dilakukan
protein.
1. Endositosis, oleh protein ekstraseluler untuk proses degradasi dalam lisosom
2. Autofagi untuk protein intraseluler atau organel, ini diliputi oleh membran plasma
atau RE to membentuk autofagosom
Hasil akhir dari kedua proses degradasi protein dalam lisosom adalah protease (cathepsins)
Aktivitas lisosom dan degradasi protein ini akan meningkat pada saat tubuh dalam keadaan
kelaparan (peningkatan pemecahan protein memberikan substrat untuk mengalami proses
glukoneogenesis), dan pada saat mengalami banyak penyakit lainnya seperti diabetes,
hipertiroidisme dan peradangan kronis.

Sinyal untuk Degradasi

Proses degradasi protein tidak sembarang tetapi dipengaruhi oleh beberapa aspek struktur
dari protein

Aturan Akir N
Ini membagi protein menjadi bagian umur paruh pendek dan panjang dengan sifat dasar dari
N-terminal asam amino
Contoh dari N-terminal residu penstabil yaitu methionin, glisin, alanin dan serin. Ini
adalah asam amino yang tidak mudah ditandai dengan ubiquitin dan protein yang
mengandung residu penstabil ini memiliki umur paruh yang panjang.
Contoh dari N-terminal residu pendestabil yaitu fenilalanin, triptofan, aspartat, arginin da
lisin. Ini sebagai sinyal penandaan ubiquitin cepat.

Daerah PEST
Protein yang mengandung PEST Region [Pro-Glu-Ser-Thr] (dinamai sesuai dengan satu
huruf nomenklatur untuk asam amino) dengan cepat terdegradasi dan memiliki waktu paruh
yang pendek. Contohnya adalah protein kinase cAMP-dependent.

Perubahan Konformasi
reseptor sering menyebabkan perubahan konformasi yang dapat mengekspos daerah PEST
yang rentan terhadap aksi protease.