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Introducción
Uno de los aspectos más fascinantes y atractivos de los seres vivos es su extraordinaria diversidad.
Parece que la naturaleza haya logrado conseguir prácticamente cualquier modo de forma, tamaño,
fisiología y estilo de vida. Debido a esta desconcertante diversidad de los organismos vivos, es
deseable clasificarlos u ordenarlos en grupos, en función de sus semejanzas.
Aun cuando estos avances han generado gran excitación en la comunidad científica y en la literatura
especializada, no deja de ser menos cierto que los enfoques más tradicionales siguen siendo válidos
ya que se siguen utilizando en muchos laboratorios.
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Bergey’s Manual
En 1923, David Bergey, catedrático de bacteriología en la Universidad de Pennsylvania, y cuatro
colaboradores más, publicaron un manual sobre características de las bacterias de interés médico
conocidas hasta entonces, que podía utilizarse para la identificación bacteriana. Este manual, el
Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, ha sido utilizado en muchos laboratorios de
Microbiología de todo el mundo y ha ido actualizándose a lo largo de los años, hasta que apareció la
novena y última edición en 1994.
La clasificación propuesta por esta primera edición del Bergey's Manual of Systematic
Bacteriology está basada en la tinción de Gram. Así, agrupa a todas las bacterias en un solo Reino:
el Procaryotae, en el que se reconocen cuatro divisiones: Gracilicutes (procariotas, con pared
celular fina, gramnegativas), Firmicutes (procariotas, con pared celular gruesa, grampositivas),
Tenericutes (procariotas, sin pared celular) y Mendosicutes (procariotas filogenéticamente
anteriores a las divisiones mencionadas, como las arquebacterias y otras).
En esta primera edición de la nueva etapa, las bacterias se distribuyen en secciones. Las distintas
secciones se han constituido sobre la base de caracteres descriptivos morfológicos y metabólicos,
por ejemplo, espiroquetas, cocos y bacilos aerobios gramnegativos, cocos grampositivos, etc.
En cada una de las 33 secciones que lo componen se engloban distintos rangos taxonómicos que
varían considerablemente. Algunos llegan a tratar de divisiones, en tanto que otros se ocupan de
géneros. Un carácter que se mantiene constante es el estudio de géneros y sus correspondientes
especies, categorías taxonómicas ambas que son fundamentales en su estructuración. Los que no
encajan perfectamente en alguna de las familias o secciones se les denomina «género de afiliación
dudosa» o se incluyen en el de «otros géneros». Las especies no bien descritas, definidas sin cepa
tipo, neotipo o de referencia, se catalogan como species incertae sedis.
En 2001 apareció el primero de los cinco volúmenes de la segunda edición del Bergey's Manual of
Systematic Bacteriology. En 2005 se publicó el volumen 2 y en 2009 acaba de publicarse el
volumen 3. Los volúmenes 4 y 5 están previstos para 2010.
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Aunque la edición completa no estará disponible hasta dentro de un año, conocemos la organización
de su estructura, que podéis consultar en la página web http://www.bergeys.org - Publications
Volumen I:
Trata del dominio Archaea en su totalidad y de algunas bacterias Gram negativas especiales, como
las Cianobacterias. En este volumen no hay casi ninguna bacteria de importancia clínica.
Volumen II:
Proteobacterias, bacterias Gram negativas . Dividido en cinco secciones (alfa, beta, delta,
gamma y épsilon proteobacterias), el reino Proteobacteria agrupa a la mayor parte de las bacterias
Gram negativas de importancia clínica.
Neisseria, Brucella, Legionella, Pseudomonas, Haemophilus, Campylobacter y Enterobacterias,
pertenecen a este reino.
Volumen III:
Tratará sobre los Firmicutes, grupo de Gram positivos con bajo contenido en G+C.
Aquí estarán géneros como Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus, Clostridium y Bacillus
Volumen IV:
Contendrá una sola sección que agrupará a todos los Gram positivos con alto contenido en G+C
Los géneros más conocidos de este volumen son Mycobacterium y Corynebacterium.
A pesar de todos estos cambios y avances en los criterios de clasificación, la identificación sigue
basándose en la distinción entre géneros y especies, que apenas se han modificado. Por este motivo
se sigue utilizando sin mayores dificultades la novena edición del Bergey's Manual of
Determinative Bacteriology.
Sobre este archivo, que podéis bajaros libremente, debéis realizar la búsqueda de las características
taxonómicas de la bacteria que os ha sido asignada para hacer la ficha.
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Aunque la novena edición del Bergey's Manual of Determinative Bacteriology contiene mucha información
derivada de los cuatro volúmenes de la primera edición del Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, no
debería ser considerada una versión resumida de éste último. En cambio, trata específicamente de un aspecto
de taxonomía bacteriana: la identificación de las bacterias. Este libro ha sido diseñado especialmente para
aquellas personas que están comprometidas inicialmente en la identificación de las bacterias, y a las cuales
no concierne la clasificación (ordenación de microorganismos en taxones). Además, ha sido actualizado con
vistas a los diversos cambios de nomenclatura y nuevos taxones que han sido descritos desde que los
volúmenes del Bergey's Manual of Systematic Bacteriology fueron publicados.
Aunque este libro contiene muchos datos necesarios para la identificación bacteriana, no contiene la
abundancia de información descriptiva sobre géneros y especies que proporciona el Bergey's Manual of
Systematic Bacteriology. Por ejemplo, no contiene información detallada de las especies, ni información
concerniente a la clasificación o nomenclatura de las bacterias, o métodos para el enriquecimiento o
aislamiento de diversas especies. Además, no incluye esquemas de identificación para ciertos grupos de
géneros o especies porque alguno de ellos requiere métodos muy sofisticados para el cultivo y/o
identificación. (p.ej. las Rickettsias) o carecen de suficientes características diferenciales (p. ej. especies de
Bacillus).
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Los esquemas de identificación no son esquemas de clasificación, aunque pueda existir una cierta
similitud. Un esquema de identificación para un grupo de microorganismos será establecido solo
después de que el grupo haya sido clasificado inicialmente (es decir, siendo reconocido como
diferente de otros microorganismos); está basado en uno o más caracteres o sobre un patrón de
caracteres que todos los miembros del grupo tienen y que otros grupos no tienen.
Los caracteres usados no son generalmente aquellos que se utilizan en la clasificación del grupo;
por ejemplo, la clasificación puede estar basada en un estudio de hibridación del ADN/ADN,
mientras que la identificación puede basarse sobre caracteres fenotípicos que se correlacionan bien
con la información genética.
En general, los caracteres escogidos para un procedimiento de identificación deben ser fácilmente
determinables, mientras que aquellos que son usados para la clasificación pueden ser bastante
difíciles de determinar (tales como los valores de homología del DNA).
Los caracteres estudiados deberían ser también pocos en cantidad, mientras que la clasificación
puede involucrar un gran número de características, tal y como sucede en el estudio de la taxonomía
numérica.
Las reacciones serológicas, que generalmente tienen un valor limitado en la clasificación, a menudo
tienen enorme valor para la identificación. Los test de aglutinación en porta, las técnicas de
anticuerpos fluorescentes, y otros métodos serológicos, pueden ser realizados sencilla y
rápidamente y generalmente suelen ser muy específicos; por esta razón ofrecen los medios
necesarios para la identificación presuntiva y rápida de las bacterias. Su especificidad no es del
100%, y es necesaria la confirmación de la identificación por test bioquímicos o fisiológicos
adicionales.
En algunos géneros y especies, la identificación puede basarse no en unos pocos tests, sino sobre un
patrón dado por la aplicación de un batería completa de tests. Los miembros de la familia
Enterobacteriaceae representan un ejemplo típico de esto. Para disminuir la necesidad de inocular
un gran número de medios en tubo, se han desarrollado una gran variedad de galerías rápidas y
adecuados para usar en la identificación de diversos taxones, sobre todo aquellos de importancia
médica.
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Categoría I
(Eubacterias Gram-negativas que tienen pared celular); Grupos 1-16.
1. *.Espiroquetas
2. * Bacterias Gram-negativas aeróbicas o microaerófilas, móviles, helicoidales o vibrioides
3. - Bacterias Gram-negativas curvadas no móviles o rararamente móviles
4. * Cocos y bacilos Gram-negativos aeróbicos o microaerófilos
5. * Bacilos Gram-negativos anaerobicos facultativos
6. * Bacilos Gram-negativos, anaerobicos, rectos, curvados, y helicoidales
7. - Bacterias desasimiladoras de azufre o reductoras de sulfatos
8. - Cocos anaeróbicos Gram-negativos
9 * Rickettsias y Chlamydias
10 - Bacterias fotosintéticas anoxigénicas
11 - Bacterias fotosintéticas oxigénicas
12 - Bacterias quimiolitotroficas aeróbicas y microorganismos relacionados
13 - Bacterias con apéndice y/o que geman
14 - Bacterias con vaina
15 - Bacterias deslizantes no fotosintéticas, no frutescentes
16 - Bacterias deslizantes frutescentes: Myxobacteriales
Categoría II
(Eubacterias Gram-positivas que tienen pared celular); Grupos 17-29.
17 * Cocos Gram-positivos
18 * Cocos y bacilos Gram-positivos formadores de esporas
19 * Bacilos Gram-positivos no formadores de esporas con morfología regular
20 * Bacilos Gram-positivos no formadores de esporas con morfología irregular
21 * Mycobacterias
22 * Actinomycetos nocardioformes
23 - Generos con esporangio multilocular
24 - Actinoplanetos
25 - Streptomycetos y géneros relacionados
26 - Maduromycetos
27 - Thermomonospora y géneros relacionados
28 - Thermoactinomycetos
29 - Otros Géneros
Categoría III
(Eubacterias carentes de pared celular: Mycoplasmas o Mollicutes); Grupo 30.
30 * Mycoplasmas
Categoría IV
(Archaeobacteria); Grupos 31-35.
31 - Metanógenos
32 - Archaeal reductoras de sulfato
33 - (Halobacteria) Archaeobacteria extremadamente halofílicas
34 - Archaeobacteria sin pared celular
35 - Metabolizadoras de sulfato extremadamente termofílicas e hipertermofílicas
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The Category I
(Gram-negative eubacteria that have cell walls); Groups 1-16.
1. The Spirochetes
2. Aerobic/microaerophilic, Motile, Helical/Vibrioid Gram-negative bacteria
3. Nonmotile (or rarely motile), Gram-negative curved bacteria
4. Gram-negative aerobic/microaerophilic Rods and Cocci
5. Facultatively Anaerobic Gram-negative Rods
6. Gram-negative, Anaerobic, Straight, Curved, and Helical Rods
7. Dissimilatory sulfate- or sulfur-reducing Bacteria
8 Anaerobic Gram-negative Cocci
9 The Rickettsias and Chlamydias
10 Anoxygenic Phototrophic Bacteria
11 Oxygenic phototrophic Bacteria
12 Aerobic Chemolithotrophic bacteria and associated organisms
13 Budding and/or appendaged Bacteria
14 Sheathed Bacteria
15 Nonphotosynthetic, Nonfruiting Gliding Bacteria
16 Fruiting Gliding Bacteria: The Myxobacteria
The Category II
(Gram-positive eubacteria that have cell walls); Groups 17-29.
17 Gram-positive Cocci
18 Endospore-forming Gram-positive Rods and Cocci
19 Regular, Nonsporing Gram-positive Rods
20 Irregular, Nonsporing Gram-positive Rods
21 The Mycobacteria
22 Nocardioform Actinomycetes
23 Genera with Multilocular sporangia
24 Actinoplanetes
25 Streptomycetes and related genera
26 Maduromycetes
27 Thermomonospora and related genera
28 Thermoactinomycetes
29 Other Genera
The Category IV
(Archaeobacteria); Groups 31-35.
31 The Methanogens
32 Archaeal sulfate reducers
33 Extremely halophilic archaeobacteria (Halobacteria)
34 Cell wall-less archaeobacteria
35 Extremely thermophilic and hyperthermophilic S0-metabolizers
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Rangos taxonómicos
El anterior sistema de clasificación establecía las siguientes categorías taxonómicas:
En la última edición del Manual Bergey las categorías taxonómicas utilizadas son las siguientes:
Las secciones o los grupos utilizados en el Bergey's son categorías informales utilizadas para
dividir el sistema de clasificación en partes manejables.
El grupo taxonómico básico en taxonomía microbiana es la especie. Los taxonomistas que trabajan
con organismos superiores definen el término especie de forma distinta a los microbiólogos. La
especie de los organismos superiores consiste en grupos de poblaciones naturales que se reproducen
entre sí. Esta definición fracasa en los microorganismos porque su reproducción no es sexual. Una
especie bacteriana puede definirse como un conjunto de cepas que, mostrando entre sí un grado
elevado de semejanza fenotípica general, difieren en muchas características de otros grupos de
cepas relacionados.
Una cepa de cada especie se designa como la cepa tipo. Suele tratarse de una de las primeras cepas
estudiadas y a menudo está más caracterizada que otras cepas, aunque no tiene por qué ser el
miembro más representativo de la especie.
Un género es un grupo bien definido de una o más especies que está claramente separado de otros
géneros, aunque en realidad existe un grado considerable de subjetividad al asignar las especies a
los géneros. Una especie de cada género es considerada la especie tipo.
Los microbiólogos asignan los nombres a los microorganismos mediante el sistema binomial. El
nombre del microorganismo debe ser latinizado y escribirse en cursiva o subrayado. Consta de dos
partes: género y especie.
La primera letra del nombre de género se escribe siempre con mayúscula. El nombre de especie
(epíteto) se escribe en minúscula. El epíteto de especie es un nombre estable mientras que el de
género puede cambiar si el organismo se asigna a otro género a la luz de nueva información.
El epíteto de especie más antiguo de un organismo en particular tiene prioridad y es el que debe
utilizarse. En la literatura científica un microorganismo ha podido tener diferentes denominaciones
a lo largo del tiempo, pero solo aquellas que hayan sido publicadas por el International Journal of
Systematic Bacteriology son las que tienen validez.
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Características moleculares
* Ensayos de conjugación y transformación
* Tamaño del genoma
El PM del ADN bacteriano oscila entre 1 .109 y 8 .109. g /mol
Es un carácter taxonómico negativo que no relaciona a aquellos con tamaños muy diferentes, pero
que tampoco relaciona a aquellos con tamaños similares.
* Composición de ácidos nucleicos Contenido G+C
El contenido G+C de las bacterias oscila entre el 25 y el 75%. Es también un carácter taxonómico
negativo, es decir, cuando el porcentaje entre dos cepas difiere bastante, podemos asegurar que no
pertenecen a la misma especie. Sin embargo, dos cepas con el mismo contenido G+C no tienen por
qué estar relacionadas necesariamente.
* Hibridación de ácidos nucleicos
Es un procedimiento que permite comprobar si cadenas simples de ADN de dos microorganismos
diferentes pueden formar entre sí cadenas dobles estables. Por lo tanto se mide la cantidad de ADN
que tienen en común las dos hebras complementarias. Para que dos cepas estén relacionadas deben
asociar más del 70% de su ADN.
* Secuenciación de ácidos nucleicos
Es el más complejo pero el más exacto de todos los procedimientos, pues permite la comparación
total de los genomas bacterianos. Solo es útil para clasificación y no para identificación.
* Oligonucleótidos del rRNA 16S
El rRNA 16S es un polirribonucleótido de unos 1500 nt, presente en los ribosomas de todas las
bacterias y que tiene una antigüedad de millones de años. Su estructura y función han permanecido
constantes, aunque muestran pequeñas variaciones que se van acumulando a lo largo del tiempo. Una
vez determinada la secuencia de nucleótidos, y establecidas las comparaciones, será el grado de
similitud entre las secuencias de las rRNA 16S de dos bacterias lo que indique su relación evolutiva.
* Secuencias de oligonucleótidos firma
Son secuencias específicas cortas que aparecen en todos (o en la mayor parte) de los miembros de un
determinado grupo taxonómico, y nunca (o raramente) están presentes en otros grupos, incluidos los
más próximos filogenéticamente.
* Multilocus sequence typing
Se basa en diferenciar las enzimas de una especie bacteriana mediante electroforesis (isoenzimas)
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Sistemas de clasificación
Una vez que se han recogido las características de los microorganismos desde el punto de vista
taxonómico, dichas características pueden utilizarse para construir un sistema de clasificación.
Existen dos formas generales de elaborar un sistema de clasificación. Los organismos pueden
agruparse en función de similitudes globales para formar un sistema fenético, o pueden agruparse
en función de probables relaciones evolutivas para generar un sistema filogenético.
Muchos taxonomistas sostienen que la clasificación más natural es aquella que presenta el mayor
contenido informativo. Una clasificación fenética compara muchos rasgos sin suponer que ciertas
características son más importantes que otras. Es evidente que la mejor clasificación es la que se
desarrolla por comparación del mayor número posible de atributos. Los organismos que comparten
muchas características constituyen un grupo único o taxón.
El desarrollo de los ordenadores ha hecho posible el estudio de muchos atributos y muchas cepas
simultáneamente, dando lugar a lo que se conoce como taxonomía numérica o adansoniana. El
proceso comienza con una determinación de la presencia o ausencia de caracteres seleccionados en
el grupo de microorganismos que son objeto de estudio. Deben compararse cientos de caracteres
para poder establecer una clasificación precisa y fiable. Una vez realizado el análisis de caracteres,
se calcula para cada par de organismos del grupo un coeficiente de asociación, que determina la
concordancia de caracteres que presentan esos dos organismos.
En la actualidad este sistema de clasificación está basado en el análisis de la secuencia del rRNA
16S de la subunidad 30S de los ribosomas bacterianos. Los rRNA son ideales para los estudios de
evolución y parentesco microbianos, puesto que son elementos esenciales de los ribosomas. Su
estructura apenas se modifica con el paso del tiempo, debido probablemente a la crucial y constante
función que desempeñan. Debido a que el rRNA contiene secuencias variables y constantes, es
posible comparar tanto microorganismos estrechamente relacionados como de parentesco muy
lejano, ya que en este caso cuanto mayor sea la variación en la secuencia constante, mayor lejanía
evolutiva habrá entre ambos organismos.
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Sistemas de identificación
Las especies bacterianas deberían caracterizarse basándose en la descripción completa de sus
fenotipos o, mejor incluso, de sus genotipos. Pero la práctica taxonómica no llega a esos ideales, ya
que, en la mayor parte de los grupos de seres vivos, incluso la descripción del fenotipo es
fragmentaria, y la caracterización de genotipos incompleta.
Por regla general, los caracteres fenotípicos de más fácil determinación son los estructurales y
anatómicos que pueden observarse directamente. De aquí que la clasificación biológica continúe, en
la mayoría de los niveles, casi enteramente basada en propiedades estructurales.
La clasificación de las bacterias se basa, en grado mucho mayor que la de cualquier otro grupo de
seres vivos, en atributos funcionales. Por ello, la mayor parte de las bacterias solo pueden
identificarse por lo que hacen a nivel bioquímico, y no solamente por su apariencia.
No existe una forma clara de superar esta dificultad. Por un lado la identificación, para ser fiable,
necesita la caracterización de muchos rasgos bacterianos, sean estructurales o bioquímicos. Pero por
otro, la realización de un elevado número de pruebas incrementa notablemente tanto el coste de la
identificación como el tiempo dedicado a cada una de ellas. Está claro que encontrar un término
medio que satisfaga ambas necesidades permitirá hacer las identificaciones de una manera rápida,
efectiva y relativamente barata.
Bibliografía
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