LAPORAN PRAKTIKUM DESAIN PENGEMBANGAN OBAT

PEMODELAN FARMAKOFOR

Hari, Jam Praktikum : Selasa, 10.00-13.00 WIB

Tanggal Praktikum : 31 Oktober 2017

Assisten : 1. Nur Alfi

2. Avani Chairunnisa

Disusun Oleh :

AYU APRILIANI

260110140078

LABORATORIUM ANALISIS FARMASI DAN KIMIA MEDISINAL

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS PADJADJARAN

JATINANGOR

2017
I. Tujuan :

Membuat dan menentukan farmakofor dari suatu kompleks ligan-protein di

Data Bank dengan menggunakan software ligan-protein south.

II. Prinsip :
1. Farmakofor
Farmakofor adalah susunan geometris yang penting dari suatu atom atau
gugus fungsi yang diperlukan untuk menghasilkan respons biologis tertentu
sehingga dapat dikatakan bahwa farmakofor merupakan bagian penting dari
suatu obat. Farmakofor bekerja dengan cara berikatan dengan molekul ligan
untuk berinteraksi dengan target reseptor di tempat pengikatan tertentu (Dror
et al., 2009).

2. Ligan
Ligan merupakan senyawa aktif yang terikat pada asam-asam amino suatu
protein dan dapat berupa molekul organik contohnya adalah kurkumin,
tetrasiklin, quercetin dll. Adapun reseptor merupakan molekul tempat
terikatnya ligan, umumnya memiliki ukuran molekul yang besar, contohnya
adalah enzim dan protein (Syahputra, 2015).

3. High-throughput screening (HTS)

High Throughput Screening (HTS) merupakan suatu metode yang
digunakan untuk pengolahan dataset dalam pengujian aktivitas biologi atau
aktivitas biokimia senyawa besar seperti protein atau gen dengan waktu
pengujian yang singkat ( Wang et al., 2012).
III. Teori Dasar

Farmakofor merupakan posisi geometrik tiga dimensi dari gugus-gugus

yang terdapat di dalam suatu ligan yang membentuk suatu pola yang unik yang
dapat dikenali oleh reseptor secara spesifik yang bertanggung jawab terhadap
proses pengikatan ligan dengan suatu reseptor dan aktivasi reseptor tersebut
(Thomas, 2009).
Terdapat beberapa macam fitur farmakofor yang biasa digunakan, yaitu
diantaranya adalah donor ikatan hidrogen, akseptor ikatan hirogen, hidrofobik, dan
area-area yang terionisasi negatif maupun positif. Sebuah fitur farmakofor
menggambarkan sebuah sifat tertentu dan tidak terikat hanya oleh suatu gugus
tertentu saja. Dengan demikian, gugus-gugus yang mempunyai sifat yang sama
akan mempunyai fitur farmakofor yang sama (Winston dan Wayne L., 2014)
Pemodelan farmakofor dapat digunakan untuk melakukan skrining
senyawa-senyawa dengan fitur-fitur tertentu secara cepat, docking molekuler
merupakan metode yang dapat memprediksi interaksi antara ligand dengan
reseptornya, sedangkan QSAR merupakan metode yang dapat memprediksi aktivitas
biologis suatu senyawa berdasarkan parameter fisika-kimia yang dimiliki oleh
senyawa tersebut. Dengan menggabungkan pemodelan farmakofor, docking
molekuler, dan QSAR maka diharapkan akan memberikan hasil yang lebih baik
daripada penggunaan docking molekuler secara tunggal (Abbaspour dkk., 2014)

Tujuan dari skrining virtual adalah untuk menemukan dan mengidentifikasi

senyawa yang baru (novel) dan mempunyai aktivitas poten terhadap target yang
dituju. Oleh karena itu, salah satu keberhasilan skrining virtual ditunjukkan dengan
ditemukannya senyawa-senyawa dengan kerangka struktur yang baru dan menarik.
Hit rate yang rendah yang terdiri atas senyawa-senyawa dengan kerangka struktur
yang baru dan menarik lebih disukai daripada hit rate yang tinggi tetapi berisi
senyawa-senyawa dengan kerangka struktur yang telah diketahui (Costa, 2012).
 Terdapat beberapa macam fitur farmakofor yang biasa digunakan, yaitu
diantaranya adalah donor ikatan hidrogen, akseptor ikatan hirogen, hidrofobik, dan
area-area yang terionisasi negatif maupun positif. Sebuah fitur farmakofor
menggambarkan sebuah sifat tertentu dan tidak terikat hanya oleh suatu gugus
tertentu saja. Dengan demikian, gugus-gugus yang mempunyai sifat yang sama
akan mempunyai fitur farmakofor yang sama (Wermuth et al., 1998).
Dalam kimia, ikatan hidrogen adalah sejenis gaya tarik antar molekul atau
antar dipol-dipol yang terjadi antara dua muatan listrik parsial dengan polaritas
yang berlawanan. Walaupun lebih kuat dari kebanyakan gaya antarmolekul, ikatan
hidrogen jauh lebih lemah dari ikatan kovalen dan ikatan ion. Ikatan hidrogen
terjadi ketika sebuah molekul memiliki atom N, O, atau F yang mempunyai
pasangan elektron bebas (lone pair electron). Kekuatan ikatan hidrogen ini
dipengaruhi oleh perbedaan elektronegativitas antara atom-atom dalam molekul
tersebut. Semakin besar perbedaannya, semakin besar ikatan hidrogen yang
terbentuk. Ikatan hidrogen memengaruhi titik didih suatu senyawa. Semakin besar
ikatan hidrogennya, semakin tinggi titik didihnya. Namun, khusus pada air (H2O),
terjadi dua ikatan hidrogen pada tiap molekulnya (Langer dan Hoffman, 2006).
Gaya van der Waals dalam ilmu kimia merujuk pada jenis tertentu gaya
antar molekul. Istilah ini pada awalnya merujuk pada semua jenis gaya antar
molekul, dan hingga saat ini masih kadang digunakan dalam pengertian tersebut,
tetapi saat ini lebih umum merujuk pada gaya-gaya yang timbul dari polarisasi
molekul menjadi dipol. Gaya Van Der Waals terjadi akibat interaksi antara
molekul-molekul non polar (Gaya London), antara molekul-molekul polar (Gaya
dipole-dipol) atau antara molekul non polar dengan molekul polar (Gaya dipole-
dipol terinduksi). Ikatan Van Der Waals terdapat antar molekul zat cair atau padat
dan sangat lemah.Karena gaya ini sangat lemah maka zat yang mempunyai ikatan
van der waals akan mempunyai titik didih yang sangat rendah. Meskipun demikian
gaya van der waals bersifat permanen dan lebih kuat dari gaya london. Contoh gaya
van der waals terdapaIkatan ion merupakan suatu ikatan yang terjadi pada atom
yang memiliki muatan yang besarnya sama tapi mempunyai muatan yang
berlawanan tanda. Ikatan ion terbentuk sebagai akibat adanya gaya tarik menarik
antara ion positif dan ion negatif. Ion positif terbentuk karena unsur logam
melepaskan elektronnya, sedangkan pada ion negatif terbentuk karena unsur
nonlogam menerima electron (Ayton, 2007).
Oseltamivir adalah sebuah obat antiviral, sebuah inhibitor neuraminidase
yang digunakan dalam penanganan influensa A dan B, dan banyak dikenal sebagai
obat yang dianjurkan untuk menangani flu burung. Oseltamivir dikembangkan oleh
Gilead Sciences dan saat ini dijual oleh Roche dengan merek dagang Tamiflu. Di
Indonesia, pemerintah Indonesia mempunyai hak istimewa untuk memroduksi
Tamiflu (Shen et al., 2013).
Zanamivir INN adalah inhibitor neuraminidase yang digunakan untuk
pengobatan dan profilaksis influenza yang disebabkan oleh virus influenza A dan
B. Inhibitor ini dikembangkan oleh perusahaan biotek Australia Biota Holdings dan
dilisensikan kepada Glaxo pada tahun 1990. Penggunaannya diizinkan di Amerika
Serikat pada tahun 1999 hanya untuk mengobati penyakit influenza. Pada tahun
2006, Badan Pengawas Obat dan Makanan Amerika Serikat mengizinkan
penggunaan zanamivir untuk mencegah influenza A dan B. Zanamivir adalah
inhibitor neuraminidase pertama yang dikembangkan secara komersial. Inhibitor
ini saat ini dipasarkan oleh GlaxoSmithKline dengan merk dagang Relenza sebagai
bubuk yang dihirup lewat mulut namun hanya untuk keperluan pemerintah, bukan
komersial (Daryono dan Nursalam, 2013).

IV. Alat dan Bahan

a. Alat
1. Perangkat keras (Hardware)
Seperangkat Komputer
 2. Perangkat lunak (Software)
LigandScout 4.1 (Wolber and Inte: Ligand GmbH
b. Bahan
1. N1 neuramidase in complex with oseltamivir 2 (PDB ID: 2HU4)
2. Crystal structure of 2009 pandemic H1N1 neuramidase complexed
with Zanamivir (PDB ID: 3TI5)

V. Prosedur

Diketik kode pdb protein yang akan diunduh yaitu (1KE6) pada kotak di
area atas sebelah kanan kemudian tekan tombol download. Setelah protein
terunduh, akan ditampilkan dalam mode macromolecule view, dimana protein
digambarkan dalam bentuk ribbon dan ligand berada dalam kotak yang berwarna
kuning. Diklik pada kotak yang berwarna kuning yang berada dalam protein,
sehingga molekul ligand akan di zoom, dan informasinya akan tampil di jendela
sebelah kanan. Apabila molekul ligand dalam data pdb strukturnya tidak lengkap,
misalnya ada salah satu ikatan yang putus, hal ini dapat diperiksa dengan cara
mengklik ikatan pada tampilan 2D atau pada tampilan 3D, dan apabila ada yang
tidak sesuai, ikatan tersebut dapat diperbaiki dengan mengklik tombol retype bond
atau tombol [1], [2] dan [3]. Apabila molekul ligand sudah benar, tekan tombol
[Ctrl+F9] untuk membuat farmakofor. Dari farmakofor yang terbentuk, tentukan
gugus mana yang bertindak sebagai donor ikatan hidrogen, akseptor ikatan
hidrogen, interaksi hidrofobik, dan yang lainnya.

VI. Hasil dan Pembahasan

Praktikum pemodelan farmakofor bertujuan untuk identifikasi bagian

esensial dari reseptor dan bertanggung jawab dalam mekanisme biologis.
Pemodelan ini didasari dengan pendekatan berdasarkan struktur ligan (Ligand Based
Drug Design)/LBDD. Fitur-fitur yang dapat diidentifikasi terimplementasi dalam
bentuk interaksi kimia, dinataranya ikatan hidrogen, akseptor hidrogen, donor
hidrogen, ionisasi positir serta ionisasi negative.
 Perangkat lunak yang digunakan untuk pemodelan farmakofor adalah
LigandScout 4.1 . Pemodelan farmakofor pada praktikum dilakukan pada dua ligan
yang sudah terkompleks dengan reseptornya masing-masing. Oseltamivir diguanakan
sebaga ligan yang terkompleks dengan enzim neuramidase (PDB ID: 2HU4) dan
Zanamivir sebagai ligan yang terkompleks dengan H1N1 neuramidase (PDB : 3TI5).
Oseltamivir adalah sebuah obat antiviral, sebuah inhibitor neuraminidase yang
digunakan dalam penanganan influensa A dan B, dan banyak dikenal sebagai obat yang
dianjurkan untuk menangani flu burung. Zanamivir INN adalah inhibitor
neuraminidase yang digunakan untuk pengobatan dan profilaksis influenza yang
disebabkan oleh virus influenza A dan B.Sturktur kompleks ligan-reseptor diperoleh
dari Protein Data Bank dimana struktur yang diperoleh adalah hasil dari kristalisasi
dengan metode X-Ray kristalografi karena pemotretan protein dengan cara ini yang
paling akurat . Struktur kompleks ligan-reseptror diunduh .
File yang berisi struktur kompleks ligan reseptor dibuka menggunakan
LigandScout 4.1 dan ditampilakan dalam mode macromolecul view. Kotak kuning
menggambarkan ligan sedangkan protein digambarkan dalam bentuk ribbon. Kotak
bewarna kuning yang berisi ligan diklik , lalu otomatis di zoom. Informasi tentang ligan
ditampilkan di jendela sebelah kanan.

Gambar 6.1 Oseltamivir ligan yang terkompleks dengan enzim neuramidase

(PDB ID: 2HU4)
 Gambar 6.2 Zanamivir sebagai ligan yang terkompleks dengan H1N1
neuramidase (PDB : 3TI5).

Kemudian menekan tombol [Ctrl+F9] untuk melihat farmakofor dari

Osetamivir dan Zanamivir
 Gambar 6.3 Farmakofor dari Oseltamivir

Gambar 6.4 Farmakofor dari Zanamivir

Hasil pemodelan farmakofor oseltamivir dan zanamivir ditentukan gugus mana

yang bertindak sebagai donor ikatan hidrogen, akseptor ikatan hidrogen , ikatan
hidrofobik, cincin aromatik, interaksi muatan, grup ionizable positif dan negatif, ikatan
dengan residu asam amino serta interaksi lainnya. Hasil pemodelan zanamivir
menunjukan memiliki 11 akseptor ikatan hidrogen dan 10 donor ikatan hidrogen artinya
tidak memenuhi Lipinskis Rule of Five, sedangkan oseltamivir memenuhi kriteria
tersebut. Menurut Lipinskis Rule of Five, diantaranya adalah :
1. Tidak lebih dari 5 donor ikatan hidrogen

2. Tidak lebih dari 10 akseptor ikatan hidrogen

3. Massa molekul kurang dari 500 Dalton

4. Koefisien partisi oktanol-air (Log P) tidak lebih besar dari 5

Sehingga dalam hal ini tidak perlu banyak dilakukan modifikasi farmakofor
pada oseltamivir tersebut. Namun untuk reseptor 3TI5 yang akan ditambatkan pada
reseptor zanamivir, jumlah donor ikatan hidrogennya tidak memenuhi persyaratan
sehingga dalam hal ini harus dilakukan modifikasi pada farmakofor. Modifikasi
tersebut tentunya pada gugus lain dari farmakofor dikarenakan farmakofor merupakan
bagian penting yang bertanggung jawab terhadap aktivitas biologis

VII. Simpulan

Pemodelan farmakofor dari oseltamivir dan zanamivir dilakukan dengan

menggunakan LigandScout 4.1 . Hasil pemodelan farmakofor oseltamivir
memenuhi kriteria Lipinskis Rule of Five, sedangkan zanamivir tidak memenuhi
kriteria Lipinskis Rule of Five karena memiliki 11 akseptor ikatan hidrogen dan 10
donor ikatan hidrogen.
 DAFTAR PUSTAKA

Abbaspour, M., Jalayer, N., dan Makhmalzadeh, B. S., 2014, Development and
Evaluation of a Solid Self-Nanoemulsifying Drug Delivery System for
Loratadin by Extrusion-Spheronization, APB.,4 (2), 113-119.

Ayton, G.S., Noid, W.G., Voth, G.A. 2007. Multiscale modeling of biomolecular

systems: in serial and in parallel. Curr Opin Struct Biol 17:192198.

Costa, Josane A., Lucas, Elizabete F., Queiros, Yure G.C., dan Mansur, Claudia
R.E., 2012, Evaluation of Nanoemulsions in The Cleaning of Polymeric
Resins, Colloids and Surfaces A: Physicochem. Eng. Aspects., 415, 112- 118.

Daryono, H.T., Nursalam, H. 2013. Studi Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas,

Fitur Farmakofor, dan Docking Molekuler Senyawa Turunan Pirazolo-[3,4

d]-pirimidin sebagai Inhibitor Mer Tirosin Kinase. Jurnal Acta Pharmaceutica

Indonesia ITB

Dror, O., Schneidman-Duhovny, D., Inbar, Y et al. 2009. A Novel Approach for
Efficient Pharmacophore-based Virtual Screening: Method and Applications.
J Chem Inf Model; 49(10): 23332343.

Langer T, Hoffmann R.D. 2006. Pharmacophore and pharmacophore searches, vol

32. WileyVCH :Weinheim.

Shen, J., Zhang, W., Fang, H., Perkins, R., Tong, W., Hong, H. 2013. Homology

modeling, molecular docking, and molecular dynamics simulations

elucidated alpha-fetoprotein binding modes. BMC Bioinform. 14 (Suppl. 14),
S6.

Syahputra, G. 2015. Peran Bioinformatika dalam Desain Kandidat Molekul Obat.

Biotrends Vol 1 No.1.
Thomas, A.N.S. 2009. Tanaman Obat Tradisional. Yogyakarta: Kanisus

Wang, D et al. 2012. High Throughput Screening (HTS) in Identification New

Ligands and Drugable Targets of G Protein-Coupled Receptors (GPCRs).
PubMed Journals. Comb Chem High Throughput Screen 15 (3), 232-241.

Wermuth, G., Ganellin, C.R., Lindberg, P., Mitscher, L.A. 1998. Glossary of terms
used in medicinal chemistry. Pure Appl Chem. 70, 11291143.

Winston dan Wayne L., 2014, Operation Research, Aplication and Algorithms, 4th
ed., Thomson Learning Inc.