Đầu tiên thì Wikipedia chỉ là dự án nhỏ bên cạnh Nupedia, dự án để viết bách khoa với một số nhà

chuyên môn theo quá trình chính thức. Nupedia mở cửa ngày 9 tháng 3 năm 2000 dưới sở hữu
của Tập đoàn Bomis, một công ty cổng Web. Những người chính của dự án là Jimmy Wales, giám
đốc của Bomis, và Larry Sanger, chủ bút của Nupedia và Wikipedia sau đó. Ông Sanger nói rằng
Nupedia khác với những bách khoa toàn thư đã có vì nó sử dụng nội dung mở; nó không có hạn
chế về cỡ vì nó hiện diện trên Internet; và nó không thiên vị vì nó công khai và có thể có nhiều loại
người đóng góp[19]. Nupedia có quá trình 7 bước để nhà chuyên môn kiểm tra các bài thuộc chuyên
môn của họ, nhưng quá trình này bị xem là quá chậm cho một số bài ít ỏi. Dùng tiền của Bomis, có
lúc họ đặt kế hoạch để lấy lại vốn đầu tư bằng quảng cáo[19]. Nó được sử dụng dưới Giấy phép Nội
dung mở Nupedia trước tiên, nhưng đổi qua Giấy phép Văn bản Tự do GNU trước khi Wikipedia
được thành lập, theo yêu cầu của Richard Stallman.

Wikipedia tiếng Anh vào ngày 20 tháng 3 năm 2001, hai tháng rưỡi sau khi được thành lập

Trên danh sách gửi thư của Nupedia, ngày 10 tháng 1 năm 2001, ông Sanger đề nghị tạo ra wiki
bên cạnh Nupedia. Dưới đề tài "Hãy làm một wiki" (Let's make a wiki), ông viết rằng: "Không, đây
không phải là một đề nghị không đứng đắn. Đó là một ý tưởng để thêm một tính năng ít Nupedia.
Jimmy Wales nghĩ rằng nhiều người có thể tìm thấy những ý kiến phản đối, nhưng tôi nghĩ rằng
không (...) Khi sử dụng Nupedia của wiki, đây là "Ultimate mở" và định dạng đơn giản cho việc phát
triển nội dung Chúng ta có đôi khi bandied về ý tưởng cho đơn giản, các dự án khác để mở hoặc
thay thế hoặc bổ sung Nupedia.. Có vẻ như với tôi, wiki có thể được thực hiện thực tế ngay lập tức,
cần được bảo dưỡng rất ít, và nói chung là rất thấp, it rủi ro. Chúng tôi cũng là một nguồn tiềm năng
lớn cho nội dung Vì vậy, có ít nhược điểm, như tôi có thể nhìn thấy.."
"No, this is not an indecent proposal. It's an idea to add a little feature to Nupedia. Jimmy
Wales thinks that many people might find the idea objectionable, but I think not. (...) As to
Nupedia's use of a wiki, this is the ULTIMATE "open" and simple format for developing
content. We have occasionally bandied about ideas for simpler, more open projects to either
replace or supplement Nupedia. It seems to me wikis can be implemented practically
instantly, need very little maintenance, and in general are very low-risk. They're also a
potentially great source for content. So there's little downside, as far as I can see."[20]
Wikipedia mở cửa chính thức ngày 15 tháng 1 năm 2001, chỉ là một phiên bản tiếng Anh tại
wikipedia.com, và ông Sanger giới thiệu nó lần đầu tiên trên danh sách gửi thư[21]. Trước đó, từ
ngày 10 tháng 1, nó chỉ là một tính năng của Nupedia, trong đó ai nào có thể viết bài để được
thêm vào bách khoa toàn thư sau khi được xem lại. Nó được bắt đầu lại bên ngoài Nupedia,
sau khi các nhà chuyên môn của Ủy ban Tư vấn Nupedia phản đối kiểu phát triển của nó[22]. Sau
đó, Wikipedia hoạt động như dự án riêng không có Nupedia bảo quản. Quy định "quan điểm
trung lập" của nó được viết xuống vào những tháng đầu tiên, tuy nó sát với quy định "nonbias"
(phi thiên vị) của Nupedia. Ngoài đó, chỉ có một vài nguyên tắc đầu tiên. Wikipedia được nhiều
người đóng góp đến từ Nupedia, những tin nhắn tại Slashdot, và kết quả tìm kiếm. Nó tăng lên
tới 20.000 bài viết bằng 18 ngôn ngữ vào cuối năm đầu[23]. Nupedia và Wikipedia hoạt động bên
cạnh nhau đến khi máy chủ Nupedia bị ngừng hoạt động thường trực vào năm 2003, và cả nội
dung Nupedia được đưa vào Wikipedia.
Hai ông Wales và Sanger cho rằng WikiWikiWeb của Ward Cunningham hoặc Kho Mẫu
Portland đã đưa ra quan niệm sử dụng wiki. Ông Wales nói rằng ông nghe về quan niệm này
lần đầu tiên từ Jeremy Rosenfield, một người làm cho Bomis và đã dẫn ông Wales đến wiki đó
vào tháng 12 năm 2000[24], nhưng Wikipedia mới bắt đầu sau khi ông Sanger nghe về wiki đó từ
Ben Kovitz, người quen ở đấy, vào tháng 1 năm 2001[22] và đề nghị tạo ra wiki cho Nupedia.
Dưới quan niệm liên quan đến nội dung tự do, nhưng không dựa trên wiki, dự
án GNUPedia hoạt động bên cạnh Nupedia vào đầu lịch sử của nó. Sau đó nó ngừng hoạt động
và người thành lập nó, người nổi tiếng về phần mềm tự do Richard Stallman, ủng hộ
Wikipedia[25].
Vì sợ có thể mang quảng cáo đến dự án và thiếu quyền hạn bảo quản ở trung tâm phiên bản
tiếng Anh, nhiều người dùng Wikipedia tiếng Tây Ban Nha (Wikipedia en español) chia ra khỏi
Wikipedia để thành lập Enciclopedia Libre vào tháng 2 năm 2002. Sau đó cùng năm, ông Wales
loan báo là Wikipedia sẽ không bao gồm quảng cáo trong tương lai, và website được chuyển
sang địa chỉ wikipedia.org. Từ đó, nhiều dự án đã chia ra khỏi Wikipedia vì quy định viết bài, ví
dụ như Wikinfo, họ bỏ "quan điểm trung lập" để thay với nhiều bài viết phụ nhau viết theo "quan
điểm thông cảm".
Từ Wikipedia và Nupedia, Quỹ Hỗ trợ Wikipedia được thành lập ngày 20 tháng 6 năm 2003[26].
Từ đó đến nay, Wikipedia và các dự án liên quan trực thuộc tổ chức bất vụ lợi đó. Dự án liên
quan đầu tiên của Wikipedia, "Kỷ niệm: Wiki 11 tháng 9", được thành lập vào tháng 10 năm
2002 để kể chuyện về những Tấn công khủng bố ngày 11 tháng 9; dự án từ điển Wiktionary mở
cửa vào tháng 12 năm 2002; bộ sưu tập danh ngôn Wikiquote, một tuần sau khi Wikimedia
được thành lập; và thư viện mở Wikibooks, tháng sau. Sau đó Wikimedia vẫn tiếp tục bắt đầu
thêm dự án khác.
Wikipedia thường đo sự phát triển của dự án theo số bài viết. Trong hai năm đầu tiên, nó tăng
lên khoảng chừng vài trăm bài mới mỗi ngày. Wikipedia tiếng Anh đạt tới bài viết thứ 100.000
ngày 22 tháng 1 năm 2003. Năm 2004, tốc độ tăng lên số bài vào khoảng 1.000 hay 3.000 mỗi
ngày cho tất cả các phiên bản ngôn ngữ. Wikipedia tiếng Anh đạt tới bài thứ 500.000 ngày 25
tháng 2 năm 2004[27]. Wikipedia đạt đến bài viết thứ một triệu trong tất cả 105 phiên bản ngôn
ngữ vào ngày 20 tháng 9 năm 2004[28], trong khi phiên bản tiếng Anh nói riêng đạt đến bài viết
thứ 500.000 ngày 18 tháng 3 năm 2005[29] và bài thứ một triệu ngày 1 tháng 3 năm 2006[30].
Quỹ Hỗ trợ Wikimedia đã đăng ký nhãn hiệu Wikipedia® tại Cơ quan sáng chế và nhãn hiệu
Hoa Kỳ ngày 17 tháng 9 năm 2004. Nhãn hiệu này được công nhận chính thức ngày 10 tháng
1 năm 2006. Bản quyền của nhãn hiệu cũng được chấp nhận tại Nhật Bản ngày 16 tháng
12 năm 2004 và tại Liên minh châu Âu ngày 20 tháng 1 năm 2005. Gọi chính xác là dấu hiệu
phục vụ, phạm vi của dấu hiệu này bao gồm: "Sự cung cấp thông tin ở lĩnh vực kiến thức bách
khoa tổng quát dùng Internet".
Hiện có dự định cho phép sử dụng nhãn hiệu Wikipedia để sản phẩm sách vở hoặc DVD[31].
Nguyên cả Wikipedia tiếng Đức sẽ được in ra bởi công ty Directmedia, trong 100 cuốn sách,
mỗi cuốn 800 trang. Họ sẽ bắt đầu vào tháng 10 năm 2006 và xong vào năm 2010.
Ngày 27 tháng 2 năm 2006, Wikipedia tiếng Anh đạt tới con số một triệu thành viên, với
"Romulus32" được coi như thành viên một triệu. Vài ngày sau, ngày 1 tháng 3 năm 2006, phiên
bản tiếng Anh cũng đạt tới con số một triệu bài viết. "Jordanhill railway station", giải thích về Nhà
ga Jordanhill tại Glasgow (Scotland), được định là thứ một triệu.