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RESUMEN ABSTRACT
El núcleo de una célula constituye el hábitat del genoma Cell nucleus represents the natural environment for
eucarionte el cual se encuentra estructurado en cromatina. the eukaryotic genome. The progress on fluorescent
Los avances en el uso de moléculas marcadas con reagents for molecular labeling and fluorescence
compuestos fluorescentes aunados al progreso en la microscopy revealed the nucleus and the genome
microscopia de fluorescencia han demostrado que la spatial compartmentalization demonstrating that the
organización espacial del genoma y de los organelos sub- cell nucleus is much more complex than previously
nucleares es mucho más compleja y dinámica de los anticipated. It is well established that transcription
imaginado anteriormente. Además de los procesos de and splicing are nuclear processes but today the
transcripción y procesamiento post-transcripcional se sabe nucleus needs to be seen as a more dynamic organelle
que el genoma adopta una distribución topológica where chromosomes are confined to specific
determinada dentro del núcleo. Que los cromosomas territories and with dynamic re-localization of
ocupan territorios sub-nucleares bien definidos y que se chromatin fibers inducing inter-chromosomal and
presentan procesos de re-localización de regiones del intra-chromosomal interactions. This modern view of
genoma en sitios específicos del núcleo favoreciendo the eukaryotic cell nucleus illustrates its contribution
contactos inter- e intra-cromosomales. Esta nueva visión at multiple levels to genetic and epigenetic regulation.
del núcleo renueva el interés por su estudio y en la
actualidad debe considerarse como un eslabón más dentro KEY WORDS: cell nucleus, chromatin, nuclear sub-
de la regulación genética y epigenética. organelle, territories, nuclear dynamics, re-location,
chromatin loops.
PALABRAS CLAVE: núcleo, cromatina, estructuras sub-
nucleares, territorios, dinámica nuclear, re-localización,
asas cromatínicas.
INTRODUCCIÓN complejo mundo de procesos que re- sajeros así como su íntima participa-
Durante la década pasada pocos des- gulan la información génica conteni- ción en la regulación de la expresión
cubrimientos tuvieron tal relevancia da en el núcleo celular. En otras pala- génica. Por lo tanto, el núcleo celular
como la noticia de la secuenciación bras, tenemos los planos de cómo el representa, no sólo un sub-organelo
completa de la molécula portadora de genoma esta organizado, pero, apenas celular, sino que además contribuye
la información genética del ser huma- estamos empezando a entenderlos y a de manera dinámica en la homeostasis
no, conocida como ADN. Dicha noti- utilizar la información en ellos conte- celular y no debe ser considerado úni-
cia, además de permitir un mayor y nida. camente como un contenedor de la
mejor entendimiento del genoma, fue El núcleo celular y su organización molécula de ADN, es decir, del
mundialmente divulgada como la so- fueron larga e injustamente ignorados, genoma celular.
lución a la mayoría de los defectos y es hasta años recientes, que se le ha El núcleo posee una organización
genéticos que se generan en los seres dado importancia al papel fundamen- definida en espacio y tiempo, es de-
humanos. Sin embargo, y sin restarle tal que ésta juega en procesos celula- cir, es específica de cada tejido, así
su importancia práctica, esta informa- res tan importantes como la división como de cada etapa de diferenciación.
ción nos muestra solo la entrada a un celular, el procesamiento de los men- Dicha organización puede y debe de
*Recibido: 9 de septiembre de 2008 Aceptado: 9 diciembre de 2008
Instituto de Fisiología Celular, Departamento de Genética Molecular, Lab 122 NTE. Circuito Exterior S/N. Ciudad Universitaria.
Universidad Nacional Autónoma de México. Coyoacán. México D.F. Apartado Postal 70-242 México, D.F. 04510. Tel: (52 55) 56 22
56 74 FAX: (52 55) 56 22 56 30. Correo E: frecilla@ifc.unam.mx (http://www.ifisiol.unam.mx/gmdepto.html)
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los Cuerpos de Cajal, los cuales son encuentra organizada en dominios cromatina menos compactas, en don-
considerados como sub-comparti- cromosómicos bien definidos, com- de se encuentra la mayoría de los
mientos nucleares donde se concen- puestos por gradientes de genes transcripcionalmente activos
tran y acumulan componentes nece- heterocromatina y eucromatina (Fig. (conocidos como dominios
sarios para el procesamiento de los 2). La heterocromatina representa las transcripcionalmente activos). Desde
ARN pre-mensajeros. En varios estu- zonas del genoma altamente compac- una perspectiva citológica, y a través
dios, ensayos de inmunofluorescencia tas, con una baja o casi nula presencia del uso de la microscopia de fluores-
muestran la presencia de componen- de genes. Su contraparte, la cencia, la heterocromatina se ha en-
tes proteicos tales como diferentes fac- eucromatina, se asocia a regiones de contrado predominantemente asocia-
tores de transcripción asociados a los
Cuerpos de Cajal. Por otro lado, los
"speckles" también conocidos como
cuerpos espiralados parecen tener ca-
racterísticas similares a la de los Cuer-
pos de Cajal, siendo estos, estructu-
ras dinámicas que se mueven al inte-
rior del núcleo en busca de sitios acti-
vos de transcripción y procesamien-
to. Finalmente, los cuerpos PML son
los más enigmáticos y su número (de
2 a 10 cuerpos) se incrementa dramá-
ticamente en células neoplásicas (has-
ta 50), considerando a estas estructu-
ras como un marcador de células
tumorales. A pesar de lo anterior, la
función exacta de dichas estructuras
no ha podido ser dilucidada y siguen
siendo un misterio para la biología
contemporánea. Aún queda mucho por
entender en relación a la contribución
de estos cuerpos dentro de la dinámi-
ca nuclear, no sabemos si representan
sitios de almacenamiento globales de
moléculas reguladoras o si participan
de manera general y activa en proce-
sos tales como el procesamiento de
mensajeros o de la transcripción.
el concepto de dinámica nuclear ba- tran en un estado transcripcionalmente Re-localización al interior del nú-
sado en una clara interdependencia de inactivo, las zonas más alejadas a las cleo
múltiples procesos que ocurren a dis- bases de las asas interaccionan con Una de las demostraciones más claras
tintos niveles. proteínas represoras. Por el contrario, de la dinámica nuclear y su efecto di-
Un aspecto novedoso, particular- al activarse la transcripción, dichas recto sobre la regulación de la expre-
mente atractivo y que forma parte de proteínas represoras se disocian y las sión genética son los procesos de re-
la dinámica nuclear, es la organización asas parecen migrar hacia la periferia localización de regiones genómicas al
del genoma en dominios y su asocia- del núcleo con la consecuente activa- interior del núcleo. En la actualidad
ción topológica al interior del núcleo. ción transcripcional de los genes in- se han demostrado tres estrategias que
Utilizando como modelo a la mosca cluidos en ellas. Este escenario pare- la célula eucarionte utiliza para mo-
de la fruta Drosophila melanogaster, ce ser consistente con el modelo de dular la expresión o no de un dominio
se han identificado secuencias de co-regulación y dinámica nuclear des- génico vía re-localización de secuen-
ADN que delimitan ciertas regiones crito anteriormente. Otro ejemplo está cias o proteínas específicas a distin-
que incluyen uno o varios grupos de dado por la co-localización de los tos compartimientos nucleares. Histó-
genes y que en inglés se conocen como telómeros de levadura en la periferia ricamente, la primera estrategia fue
"insulators" o "chromatin boundary del núcleo, con consecuencias direc- descrita en linfocitos T e involucra a
elements" y que puede considerarse tas en la estabilidad de su genoma e la proteína Ikaros. Esta es una proteí-
como delimitadores. En la actualidad incluso control de su ciclo celular. Fi- na nuclear cuya función se restringe a
estas secuencias han sido definidas en nalmente, el grupo de Felsenfeld ha etapas en las cuales ciertos genes del
diversos organismos tales como leva- demostrado recientemente un proce- linaje linfoide necesitan ser reprimi-
dura, pollo, ratón y seres humanos (7). so análogo al descrito para el dos. La contribución funcional de
Los elementos delimitadores contribu- "insulator" gypsy en el cual la proteí- Ikaros se basa en la capacidad que tie-
yen a la formación y mantenimiento na asociada al "insulator" cHS4 de ne para asociarse a secuencias especí-
de dominios génicos a través de defi- pollo, conocida como CTCF, quién es ficas del genoma y re-localizar o re-
nir zonas en el genoma donde un gen un factor transcripcional múlti-funcio- distribuirla la región de unión a zonas
o grupo de genes son enmarcados por nal y que se asocia a la gran mayoría de heterocromatina en donde los genes
este tipo de elementos regulatorios y de los "insulators" en vertebrados, se se mantendrían silenciados. Dicho
de esta forma adquieren una confor- une a la nucleofosmina (proteína aso- proceso es reversible, ya que cuando
mación de la cromatina favorable para ciada a la matriz nuclear), pero en lu- Ikaros se disocia de manera regulada
su transcripción (8, 9). Cabe recalcar gar de ocurrir en la periferia del nú- de la heterocromatina centromérica,
que no todos los genes o dominios cleo esta interacción se lleva a cabo alejándose de ella, se facilita la acti-
poseen secuencias (con sus factores en la región perinucleolar. Cabe men- vación transcripcional del dominio
transcripcionales asociados) tipo cionar, que los modelos propuestos previamente silenciado. La perdida de
"insulator". En una serie de publica- para el "insulator" gypsy han sido par- la influencia negativa de la
ciones recientes, Corces y colabora- cialmente corroborados por el grupo heterocromatina favorece la subse-
dores, utilizando al "insulator" gypsy de Laemmli y colaboradores median- cuente formación de un dominio
de D. melanogaster, han propuesto te una aproximación genética en le- transcripcionalmente activo median-
que las proteínas asociadas a éste, vadura (9). te su re-localización a un nuevo sitio
Su(Hw) y mod(mdg4) forman comple- En resumen, existen evidencias dentro del territorio cromosómico,
jos mediante múltiples interacciones que demuestran que las secuencias usualmente regiones de eucromatina;
en forma de roseta las cuales se aso- no-codificantes en el genoma con- muy probablemente el factor Ikaros es
cian a la periferia del núcleo y contri- tribuyen a la formación de una to- reubicado posteriormente o su función
buyen de manera topológica a la for- pología favorable para el control de inhibida por otros mecanismos.
mación de asas de cromatina abarcan- la expresión genética involucrando La segunda estrategia adoptada por
do decenas e incluso centenas de kilo- claramente a la organización tri-di- la célula es la asociación de elemen-
bases de secuencia genómica (Fig. 4C) mensional del núcleo. Lo anterior tos de regulación a secuencias de
(8). Este tipo de asociaciones induce apoya sin duda alguna la contribu- heterocromatina. Los dos únicos ejem-
una citolocalización y topología espe- ción de la organización del núcleo plos son el grupo de genes β-globina
cífica del genoma al interior del nú- dentro de la regulación de procesos y el locus de los genes del receptor de
cleo. De manera interesante, cuando las moleculares y celulares vitales pro- células T (10, 11). El reemplazo de la
asas y sus genes asociados se encuen- pio de la célula. región de control de locus (LCR) de
136 Rincón Arano H, Recillas Targa F
los genes β-globina en células generales y conservados son estos óptica así como del desarrollo de téc-
eritroides por una región regulatoria mecanismos?, ¿cuántos y qué genes o nicas de marcaje fluorescentes de
específica de células B, provocó la grupos de genes están sujetos a este moléculas ha permitido retomar los
asociación del dominio β-globina a tipo de estrategias? estudios citológicos de los procesos
regiones de heterocromatina celulares. La implementación de
centromérica. Por otro lado y mediante Contactos inter- e intra-cromosó- metodologías in vivo permite determi-
mecanismos aún desconocidos, estos micos nar que la cromatina, y en especial los
genes al ser activados se alejan de la Investigaciones recientes han demos- factores que regulan la expresión
heterocromatina, favoreciendo la for- trado que al interior del núcleo se for- génica, poseen y dan flexibilidad de
mación de un entorno de eucromatina man asas de cromatina que favorecen movimiento al interior del núcleo tanto
que subsecuentemente facilita los pa- contactos físicos entre un mismo al genoma como a sus componentes
sos finos y locales de regulación cromosoma e incluso entre cromosomas proteicos. Sin embargo, aun con di-
transcripcional. En resumen, estos es- distintos (13-16). Mediante el desarro- cha dinámica, los dominios génicos
tudios han evidenciado varias estrate- llo del protocolo experimental llama- poseen una localización y organiza-
gias que el genoma ha adquirido para do "Captura Conformacional de ción específica causada en gran parte
secuestrar regiones de ADN a zonas Cromosomas" o 3C ha sido posible por las características estructurales
no permisivas para la transcripción. demostrar la existencia de estos con- que la cromatina adquiere en el con-
Finalmente, la tercera estrategia no tactos físicos que favorecen muy pro- texto de un cromosoma. Éstas se en-
incorpora directamente al ADN o a la bablemente una topología del genoma cuentran definidas por el orden lineal
cromatina. Este proceso tiene que ver organizado en cromatina para llevar a de los genes y su distribución dentro
con la re-localización y posterior forma- cabo procesos de regulación a distin- de un mosaico heterogéneo de regio-
ción de factores transcripcionalmente tos niveles y de manera específica en nes de heterocromatina y eucromatina
funcionales. El factor de la familia tiempo y en espacio. Lo anterior se ve con aparente especificidad para cada
Maf, NF-E2, es un regulador apoyado por la función del factor nu- estirpe celular. Nosotros, junto con
transcripcional crítico para el desarro- clear CTCF el cual se ha propuesto otros grupos, proponemos que la for-
llo y la diferenciación eritroide forma- contribuye a la formación de asas de mación inicial de estos tipos de
do por dos subunidades, p18 y p45. manera regulada como en los casos de cromatina resultan ser determinantes
En su conformación activa, forma un las interacciones intra-cromosómicas y necesarios para la expresión regula-
heterodímero constituido por la sub- del locus improntado Igf2/H19 (15), da de los genes. Por lo que el enten-
unidad p18 (ubicua) y la sub-unidad en el dominio β-globina de ratón (17) der como se posicionan y organizan
p45 (eritroide específica). En etapas o en los loci Igf2/H19 y Wsb1/Nf1 los cromosomas al interior de un nú-
tempranas y previas a la diferencia- (14). Por lo tanto, estos resultados for- cleo es de gran relevancia para desci-
ción eritroide el heterodímero no se talecen la contribución del núcleo, su frar la compleja arquitectura nuclear
forma, dado que la sub-unidad NF- dinámica y la organización del genoma y entender en un contexto más cerca-
E2p18 se encuentra "secuestrada" en eucarionte en los múltiples niveles de no a la realidad como ocurre la regu-
zonas de heterocromatina. Por el con- regulación epigenética. lación génica (18).
trario, al iniciarse la diferenciación La implementación de marcaje
eritroide la sub-unidad p18 se disocia Conclusiones y perspectivas fluorescente multicolor ha permitido
y se re-localiza, alejándose de las zo- La visión actual del núcleo dista mu- analizar a todos los cromosomas den-
nas de heterocromatina (12). Esto trae cho de ser sencilla, por el contrario, tro de un núcleo, sin embargo al mo-
como consecuencia la formación del el núcleo eucarionte ha mostrado ser mento esto se hace in situ, por lo que
heterodímero NF-E2p18/p45 y la sub- tan complejo como cualquier otro el abordaje in vivo será fundamental
secuente activación del factor, logran- organelo celular y por lo tanto no re- para entender más de la organización
do así su participación en la expresión presenta un simple contenedor de la y dinámica de los cromosomas y así
de genes eritroides, en particular, de información genética. Este ha mostra- como de otras estructuras nucleares.
los genes globina. do que para realizar sus funciones tie- Asimismo, la continua generación de
En resumen, los procesos de re-lo- ne que ser eficiente en la organización metodologías que permitan analizar
calización al interior del núcleo en una dinámica del genoma en coordinación la dinámica tanto de la cromatina
célula eucarionte nos presentan un con varias estructuras o sub-organelos como de los diferentes sub-organelos
amplio panorama de investigación, en necesarios para la homeostasis celu- será indispensable para abordar pre-
donde podemos preguntarnos ¿qué tan lar. El mejoramiento de la microscopia guntas más complejas sobre como la
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cromatina se coordina con las estruc- apoyo a Paulina Martínez para el dise- tos del Personal Académico-UNAM
turas sub-nucleares y entender más ño y creación de la figura 1, así como a (IN209403 y IN214407), Consejo Na-
sobre su función. Steve Kosak y Mark Groudine del Fred cional de Ciencia y Tecnología,
Hutchinson Cancer Research Center CONACyT (42653-Q y 58767), Third
Agradecimientos por proporcionar las micrografías de la World Academy of Sciences (TWAS,
Agradecemos a: Inti de la Rosa figura 3 y a los revisores de esta revi- Grant 01-055 RG/BIO/LA), y la Fun-
Velásquez, Mayra Furlan y Eria sión por sus atinados comentarios y dación Miguel Alemán. HRA fue apo-
Rebollar por sus comentarios y suge- sugerencias. Este trabajo ha sido apo- yado por CONACyT con una beca de
rencias. Asimismo, agradecemos el yado por: Dirección General de Asun- doctorado.
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