Biocatalizadores:

Todas las reacciones químicas que ocurren en un organismo dependen de la existencia

de un biocatalizador para producirse o consumirse respectivamente. Los catalizadores
que actúan en los seres vivos son Ios biocatalizadores, que se caracterizan por
presentar una estructura molecular compleja y funcionar con eficiencia y especificidad
elevadas. Incrementan considerablemente la velocidad de las reacciones.
Las proteínas especializadas en la función catalítica reciben el nombre de enzimas y las
sustancias sobre las cuales actúa se denominan sustrato.
Todas las reacciones enzimáticas se realizan al menos en 2 etapas, una primera en la
cual se produce la unión física entre la enzima (E) y el sustrato (S), que da origen al
complejo enzima-sustrato (ES) y se forma de manera reversible, o sea, puede
descomponerse nuevamente dando origen al sustrato y a la enzima libre.
Una vez formado el complejo enzima-sustrato éste puede realizar la transformación del
sustrato, dando origen al producto (P) y a la enzima libre que está en condiciones de
volver a iniciar el proceso.

Etapa 1 de unión y etapa 2 de transformación.

Centro activo:
La existencia del complejo enzima-sustrato y la característica de que la mayoría de los
sustratos presentan un tamaño varias veces menor que la estructura de la enzima,
implican que la enzima sólo entra en contacto con el sustrato en una pequeña zona
específica de su voluminosa estructura. Las proteínas catalíticas presentan 2 regiones o
sitios importantes. Uno de ellos reconoce y liga al sustrato (sitio de reconocimiento) y
el otro cataliza la reacción (sitio catalítico)
Estos 2 sitios están adyacentes uno al otro en la forma activa de la enzima y. en
ocasiones, el sitio catalítico es parte del de ioreconocimiento, estas 2 regiones en
conjunto reciben el nombre de centro activo.

Estructura de los centros activos:

l . El centro activo representa una porción pequeña del volumen total de la enzima:
muchos de los residuos de aminoácidos de la enzima no entran en contacto con el
sustrato.
2. El centro activo de una enzima tiene un conjunto de grupos químicos ordenados
espacialmente de forma precisa, esto hace que el sustrato quede unido al centro activo
de forma tan íntima que casi ninguna otra molécula puede unirse.
3. El centro activo es una entidad tridimensional, éste se presenta generalmente como
una cavidad constituida según los repliegues que la cadena polipeptídica forma al
establecer su estructura terciaria.
4. Los aminoácidos de las 2 regiones del centro activo no necesariamente están
adyacentes unos a otros en la cadena polipeptídica lineal; el acercamiento se produce
como consecuencia del plegamiento de la cadena.
5. El centro activo está situado superficialmente en la enzima; permite el acceso de las
moléculas del sustrato con relativa facilidad.
6. Los grupos que intervienen en la formación del centro activo realizan diferentes
funciones.

Componentes del centro activo:

1. Eje peptídico: Formado por la parte monótona de la estructura polipeptídica; cuyos

pliegues y repliegues contribuyen de manera importante a dar la forma tridimensional
del centro activo.
2. Grupos de ambientación: Son cadenas laterales de aminoácidos que se encuentran en
el centro activo y que son de naturaleza apolar, contribuyen a que éste presente
características que no permitan la entrada del agua; esta característica provoca cambio
en las propiedades catalíticas de otros grupos y además, permite que se refuercen las
interacciones débiles entre la enzima y el sustrato.
3. Grupos de fijación: También son cadenas laterales de aminoácidos que presentan
grupos funcionales capaces de establecer interacciones específicas con el sustrato; estas
interacciones suelen ser de tres tipos:
• -puentes de hidrógeno que se establecen entre grupos polares de las cadenas
laterales de los aminoácidos serina, treonina, tirosina, etc; con grupos polares del
sustrato.
• -Interacciones salinas o iónicas que se forman entre grupos que presentan carga
eléctrica de la cadena lateral de aspártico, glutamico, histidina, arginina y lisina
con grupos de carga opuesta en el sustrato
• -Fuerzas de Van der Waals que se establecen entre grupos del centro activo y del
sustrato que se localizan muy cerca unos de otros y no tienen características que
les permitan otro tipo de interacción.

Los puentes de hidrógeno son también un factor importante en la orientación del

sustrato en su entrada al centro activo, pues ellos tienen carácter direccional que no
tienen las demás interacciones. Los tres componentes anteriores del centro activo son
determinantes en la etapa de unión de la enzima con el sustrato. Esta unión está
determinada por dos factores principales, complementariedad espacial o estérica y
complementariedad química.
• -Grupos catalíticos: Al igual que los anteriores son cadenas laterales de
aminoácidos que participan en la estructura del centro activo, pero son los que
están implicados directamente en la transformación del susutrato: con mayor
frecuencia, anillo imidazol de la histidina, OH de la serina, SH de la cisteína y
COOH del aspártico y el glutámico.
Estos son los grupos que intervienen en la segunda etapa de la reacción o de
transformación, sin embargo si la primera etapa no se realizó satisfactoriamente la
segunda etapa se verá también afectada, pues no habrá adecuada transformación si la
unión ha sido deficiente.

Se han formulado dos hipótesis: la llave y la cerradura y la adaptación inducida. En el

primer caso el centro activo va a mantener la complementariedad espacial y química
aún en ausencia del sustrato, no así en el segundo caso donde la estructura
complementaria del centro activo sólo existe cuando está unido el sustrato la unión de
éste induce un cambio conformacional en la enzima, hace que los residuos catalíticos
adopten la posición adecuada, lo cual significa que a medida que el sustrato penetra en
el centro activo éste adquiere su forma funcional óptima.
Especificidad de las enzimas:
Teniendo en cuenta las características estructurales y funcionales del centro activo se
infiere que a un centro activo determinado sólo, podrá unirse un sustrato (o un número
muy limitado de ellos que presenten una estructura muy similar), a esta propiedad del
centro activo, y por tanto de las enzimas, se le denomina especificidad de sustrato.
La especificidad de sustrato puede ser absoluta, cuando sólo existe un sustrato capaz de
ocupar el centro activo de la enzima; o relativa, si se trata de un grupo de sustratos.
Una vez que se ha producido la unión del sustrato al centro activo, solo alguno de los
enlaces del sustrato quedará al alcance de los grupos catalíticos de la enzima; de esta
forma la enzima podrá realizar una transformación de ese sustrato, aunque este sea
susceptible de varias transformaciones. A esta propiedad del centro activo y por tanto de
la enzima se le da el nombre de especificidad de acción.

Clasificación y nomenclatura de las enzimas:

Se toma como fundamento la especificidad de acción:
1. Oxidorreductasas. Son aquellas enzimas que catalizan las reacciones de
oxidorreducción, o sea, la transferencia de electrones o sus equivalentes entre un
donante y un aceptor.
2. Transferaias. Catalizan la transferencia de un grupo químico entre un donante y un
aceptor; se excluyen aquéllas que transfieren electrones o sus equivalentes, pues
pertenecen a la clase anterior, y aquéllas en que el aceptor del grupo es el agua, pues
pertenecen a la clase siguiente.
3. Hidrolasas. Catalizan la ruptura de enlaces químicos con la participación de las
moléculas del agua.
4. Liasas. Catalizan reacciones en las cuales se produce la adición o sustracción de
grupos químicos a dobles enlaces.
5. Isnmerasas. Catalizan la interconversión de 2 isómeros.
6. Ligasas. Catalizan la unión covalente de 2 sustratos mediante la energía de hidrólisis
de nucleósidos trifosfatados, generalmente el ATP.

Cinética enzimática:
La función fundamental de las enzimas es aumentar la velocidad de las reacciones
químicas que ocurren en los seres vivos

Los factores que pueden modificar la velocidad de la reacción son:

1. La concentración de la enzima.
2. La concentración del sustrato.
3. La concentración de los cofactores.
4. La concentración de iones H+ (expresados como unidades de pH).
5. La temperatura.
6. La presencia de inhibidores.
7. La presencia de activadores.

1-Concentración de la enzima
La obtención de una línea recta que pasa por el origen de las coordenadas indica que
existe una relación de proporcionalidad directa entre la velocidad de la reacción y la
concentración de la enzima, que puede expresarse por la ecuación:
 V= k[E]
V0

[E]

2- Concentración de sustrato
En In medida que la concentración de sustrato es mayor, la velocidad de la reacción es
mayor, sin embargo, los incrementos en la velocidad no son uniformes, sino cada vez
menores; cuando se alcanza un determinado valor de la concentración de sustrato, la
velocidad se hace prácticamente constante, en ese momento la reacción ha alcanzado la
Vm (las enzimas están saturadas). La concentración de sustrato para la cual la velocidad
de la reacción es igual a Vm/2 (velocidad semimáxima o semisaturación) es la constante
de Michaelis (Km), que es un índice de la afinidad de la enzima por el sustrato.

Ecuación de Michaellis Menten

V0

V - - - - - - - - - - - - - - --
m
Vm
2 ----

km

V0: En el eje de las y indica velocidad de la reacción.

Vm: Velocidad máxima.
Vm: Velocidad semimáxima, la enzima está semisaturada
2
Km: Constante que indica la [ S ] a la cual la enzima alcanza el valor de velocidad
semimáxima, es decir se encuentra semisaturada, indica grado de afinidad de la enzima
por el sustrato. A mayor km menor será la afinidad de la enzima por el sustrato y
visceversa.

Si la curva tiene siempre la misma forma la diferencia entre ellas estará dada por los
valores de Vm y Km, de ahí que éstos se conozcan como los parámetros cinéticos de la
ecuación de Michaelis. La velocidad máxima se alcanza cuando las moléculas de
sustrato han ocupado todos los sitios activos de todas las moléculas de la enzima, por lo
que la velocidad de reacción en ese momento sólo depende de la capacidad que tenga la
enzima para transfomar el sustrato. Este parámetro va a estar estrechamente vinculado a
la capacidad catalítica o eficiencia de la enzima, mientras mayor sea la capacidad
catalítica mayor será la velocidad que alcance la reacción.
La Km, como la hemos definido (otras definiciones pueden originar otros significados),
es igual a la constante de disociación del complejo ES y por ello representa una medida
de la afinidad de la enzima por el sustrato, de forma que mientras mayor sea la afinidad
menor será el valor de la Km.

En la gráfica, doblemente recíproca al plotear 1/Vo contra 1/[S], se obtiene una línea
recta con interceptos de 1/Vm para las coordenadas y -1/Km para las abscisas y permite
la deterrninación de los parámetros cinéticos de Michaellis con más exactitud que la
gráfica hiperbólica.

Ecuación de Lineweaver Burk

En la gráfica, doblemente recíproca al plotear 1/Vo

contra 1/[S], se obtiene una línea recta con
interceptos de 1/Vm para las coordenadas y -1/Km
1
para las abscisas y permite la deterrninación de los
Vmax
parámetros cinéticos de Michaellis con más
exactitud que la gráfica hiperbólica.
1
[S]
1
Km

3- Concentración de cofactores
La concentración de cofactores suele tener un efecto similar a la concentración de
sustrato. La coincidencia de las 2 gráficas es un hecho experimental importante para
afirmar que los cofactores se unen a la enzima por un sitio específico y en una relación
estequiométrica que explica el fenómeno de saturación observado; este sitio pudiera ser
el centro activo.

Vo
E1 + S + Co E1 + P + Co Modificada

E2

Co

[ Co ]

La coenzima para volver a su estado inicial necesita de la intervención de otra enzima.

4- Efecto del pH
La curva tiene una forma acampanada con una zona central estrecha que se corresponde
con los mayores valores de la velocidad; al valor de pH donde se obtiene la mayor
velocidad se le denomina pH óptimo.
El pH modifica el estado de disociación de los grupos químicos presentes en la enzima
o en el complejo enzima-sustrato, con lo que puede modificarse unas veces la unión y
otras la transformación. En valores extremos de pH puede producirse desnaturalización
de la proteína enzimática, lo que contribuye a la poca actividad observada en esta zona.

Cada enzima tiene un pH óptimo característico, esto se debe a la presencia en el centro

activo de la enzima de grupos químicos que tienen diferente reacción ante los cambios
de pH
5- Efecto de la temperatura
El aumento de la temperatura refleja un aumento de la energía cinética de las moléculas,
lo cual favorece la colisión entre las moléculas de enzima y sustrato, mientras mayor sea
la temperatura mayor es el número de choques y mayor la velocidad de la reacción; pero
a partir de un valor de temperatura comienza la desnaturalización de la proteína
enzimática y con ello la pérdida de la actividad que se observa en los valores elevados
de temperatura.

Vo

Temperatura óptima

6- Efecto de los activadores

Como activadores enzimáticos se definen a las pequeñas moléculas, generalmente iones
inorgánicos, que son requeridos, o al menos estimulan, la actividad catalítica de una
enzima, y al contrario de los cofactores, no son participantes explícitos de la reacción.
7- Efecto de los inhibidores
Los inhibidores son sustancias que tienen en común la propiedad de disminuir la
velocidad de las reacciones catalizadas por las enzimas. Se distinguen 2 tipos generales
de inhibición, la reversible y la irreversible.
Inhibición competitiva
Sólo en concentraciones muy elevadas del sustrato se logra superar la inhibición y eso
hace que la Vm sea igual en ambos casos; esto implica que se modifique el intercepto
del eje de las abscisas que como sabemos es una función de la Km. Si la Km está
aumentada y la Vm está sin modificación,sc dice que el inhibidor es de tipo
competitivo. El hecho de que la Vm no se altere significa que la capacidad catalítica de
la enzima es la misma con inhibidor o sin él.
El aumento de Km indica que existe una disminución de la afinidad de la enzima por el
sustrato; estos hechos son compatibles si suponemos que el inhibidor es capaz de unirse
al centro activo para impedir la entrada del sustrato; si el sustrato no entra al centro
activo no puede ser transformado por la enzima y esto explica la disminucion de la
velocidad, o sea, se establece una competencia entre el sustrato y el inhibidor por ocupar
el centro activo.

Cuando las concentraciones de sustrato son elevadísimas la probabilidad de unión

enzima- sustrato es muy alta y por ello se alcanza la velocidad máxima de la reacción.
 1
Vo Con inhibidor

Sin inhibidor

La Vmáx es la misma

1
Km Varia la afinidad de la enzima [S]

Inhibición no competitiva
Los efectos de este inhibidor sobre los parámetros cinéticos son contrarios al anterior, se
observa una disminución de la Vm sin alteraciones de la Km; ni siquiera en
concentraciones elevadísimas de sustrato se logra eliminar la inhibición. Si la Km no se
ha modificado quiere decir que no existe impedimento para la unión de la enzima con el
sustrato, pero la afectación de la Vm indica que el inhibidor disminuye de alguna forma
la capacidad catalítica de la enzima. Se acepta que la unión enzima-inbibidor se produce
en un sitio diferente del centro activo y que esa unión modifica las propiedades
catalíticas de la enzima, posiblemente modificando la conformación del centro activo de
forma que no impide la unión del sustrato pero dificulta grandemente su transformación.

1 Con inhibidor
V Sin inhibidor
o
Vari
a la
Vm

1
Se mantiene [S]
la Km
(afinidad)

Formas básicas de la regulación enzimática

Cuando un sistema o proceso es capaz de variar su comportamiento como respuesta a
cambios que se produzcan en su entorno, de forma que la respuesta directa o
indirectamente tiende a modificar el estímulo para volver a la situación inicial, se dice
que este sistema o proceso está regulado.

Regulación alostérica
Al estudiarse el comportamiento de la velocidad de las reacciones, por ellas catalizadas
en función de la concentración de sustrato, se obtienen curvas diferentes a la hiperbólica
de Michaellis y Menten, que en la mayoría de los casos tienen un aspecto sigmoidal (en
forma de S alargada). Se observa que para la misma concentración de sustrato [S]
pueden obtenerse diferentes velocidades de reacción al variar la concentración de las
sustancias añadidas, luego una característica esencial de estas enzimas es presentar una
actividad variable. Las enzimas que así se comportan reciben el nombre de alostéricas
además del centro activo tienen otro sitio que se llama sitio alostérico.
Existen dos estados conformacionales (R y T) posibles para cada una de las subunidades
de la enzima, la unión del sustrato cambia la conformación de la subunidad a la cual se
une, pero la conformación del resto de las subunidades no se altera apreciablemente. La
transconformación ocurrida en la subunidad que ha ligado al sustrato puede incrementar
o disminuir la afinidad por el sustrato de las demás subunidades de la misma enzima.

Características generales de las enzimas alostéricas

1. Son proteínas oligoméricas de peso molecular elevado y estructura compleja con
raras excepciones.
2. Las enzimas existen en vanos estados conformacionales interconvertibles y con un
grado de afinidad diferente para cada uno de sus ligandos.
3. Los ligandos se unen a la enzima en sitios específicos por fuerzas no covalentes y de
forma reversible, afectando el estado conformacional de las enzimas.
4. Los cambios conformacionales en una subunidad se comunican en mayor o menor
grado al resto de las subunidades.
5. La curva de velocidad en función de la concentración de sustrato siempre presenta
una forma diferente a la clásica curva hiperbólica de Michaelis-Menten.

Existe además en la modificación alostérica moduladores o efectores positivos y

negativos que actúan activando (activadores) o inhibiendo (inhibidores) la reacción. El
sustrato puede actuar como modulador cuando esto ocurre lo hace como modulador
positivo y cuando el producto es el efector lo hace como modificador negativo.

Si aparece otra sustancia hay cooperatividad para desplazar el equilibrio de las formas
no útiles a las útiles, entre el susutrato y el activador hay cooperatividad.
 Modificación alostérica
1
Vo Con efector positivo

Sin efector o modulador

Con efector negativo

1
[S]

Modificación covalente
Existe otro grupo de enzimas que se regula de forma diferente a las anteriores; estas
enzimas existen en las células en 2 formas que difieren en su composición, lo cual las
distinguen de las alostéricas; esta situación da lugar a estados conformacionales
alternativos en dependencia de la composición. La diferencia en la composición se debe
a los grupos químicos de naturaleza no proteica que se unen a la enzima; lo que
distingue e estas enzimas de las alostéricas es que los grupos se unen de forma
covalente, e implica una forma de la enzima modificada y otra no modificada; estas
formas son interconvertibles pero, como se trata de la formación o ruptura de enlaces
covalentes, se requiere de una pareja de enzimas para catalizar el paso de una forma a la
otra.
Las dos formas difieren en su grado de actividad y siempre una de ellas será mucho más
activa que la otra.

Modificación covalente

Glucógeno sintetasa
E2 Glucógeno sintetasa + E1
P
Fenómeno de amplificación

¿Por qué existe la regulación covalente si ella representa un gasto energético mayor y se
obtiene la misma eficacia que con el alostérico? Este mecanismo presenta una ventaja
que no es posible obtenerla con el alosterismo.
Cuando a partir de una serial metabólica determinada se produce una respuesta de
intensidad considerablemente mayor que la intensidad del estímulo, se dice que el
sistema posee la propiedad de amplificación.
Es bueno señalar que no todas las modificaciones covalentes poseen un sistema de
amplificación, ni toda amplificación se produce por un mecanismo de modificación
covalente.

Isoenzimas
Las isoenzimas son proteínas que catalizan la misma reacción, con los mismos
requerimientos pero con propiedades cinéticas y físicoquímicas diferentes.
La presencia de determinada isoenzima confiere características particulares a etapas
metabólicas en diferentes tejidos, creando un comportamiento diferente ante situaciones
similares, esto introduce determinado grado de regulación en cuanto al metabolismo del
organismo como un todo.