Laboratorio de Aplicaciones de la química cuántica. Licenciatura en Química Grupo: 2851. Periodo: 2017-II Profesora. Dr. Sandy María Pacheco Ortín.
Objetivos corre el cálculo. Al finalizar el cálculo, se abre el archivo .log, en ese
momento se mostrará la molécula realizada, acto seguido, se 1) Trazar la superficie de energía potencial para la molécula de H2 seleccionó la opción “inquire” para conocer la distancia de utilizando los conjuntos base. optimización, en seguida se seleccionó la opción “summary” del 2) Encontrar la distancia de enlace óptima. menú “Results”, en la ventana que se abrió se obtuvo el valor de HF Introducción (que deberá ser convertido a Kcal/mol). Los valores de energía y Para conocer la estabilidad de una molécula o una reacción, se distancia se anotan en la Tabla 2. emplea de la mecánica molecular, en este campo de estudio se emplea de la obtención de la superficie de energía potencial (o Finalizado esto, se repitieron los pasos anteriores, pero ahora con S.E.P). las bases 6-31G y 6-31G(d).
Una superficie de energía potencial es una relación matemática Resultados
entre la energía de una molécula (o moléculas) con su geometría. Si vemos una molécula de forma AB y consideramos que se unen por En las siguientes tablas se muestran los valores de energía de un resorte, entonces se distorsiona la molécula estirando y fueron obtenidos por medio de la función “scan” para cada base de comprimiendo el enlace. cálculo. Realizar estiramientos y compresiones del enlace requieren de Tabla 1. Valores de energía en relación a la distancia r energía, dicho de otro modo, por cada estiramiento se realiza un trabajo, al graficar esta relación se tiene una parábola (en el caso de RHF E (Kcal/mol) Erel (Kcal/mol) que se trabaje en dos dimensión), el punto mínimo de esa gráfica se r (Ắ) 3 -21 G 6-31G 6-311G* 3-21G 6-31G 6-311G* considera la distancia de equilibrio o el punto cero, donde se dice 0.50 -659.377 -663.907 -665.212 45.18 43.002 42.488 que la molécula tiene la menor energía. 0.55 -680.216 -684.075 -685.041 24.340 22.834 22.659 0.60 -693.211 -696.543 -697.328 11.345 10.366 10.372 0.65 -700.635 -703.553 -704.262 3.921 3.357 3.438 Metodología 0.70 -704.048 -706.640 -707.361 0.508 0.269 0.338 0.75 -704.557 -706.910 -707.700 0 0 0 1) En el G09 se construyó el archivo de entrada para la molécula 0.80 -702.931 -705.128 -706.025 1.625 1.782 1.675 de hidrógeno con los siguientes parámetros: 0.85 -699.769 -701.883 -702.887 4.787 5.026 4.812 0.90 -695.495 -697.585 -698.702 9.061 9.324 8.998 En la sección “Charge, multiplicity” se escribió; 0 1 0.95 -690.444 -692.540 -693.757 14.112 14.369 13.943 En “molecule specification” se escribió; 1.00 -684.847 -686.993 -688.279 19.709 19.916 19.421 1.1 -672.711 -674.995 -676.363 31.845 31.914 31.337 H 1.2 -660.029 -662.489 -663.876 44.527 44.420 43.824 H 1 R1 1.4 -634.772 -637.747 -639.202 69.7843 69.1631 68.4979 Variables 1.8 -589.131 -593.647 -596.435 115.425 113.262 111.265 R1 0.5 75 0.05 2.0 -569.647 -574.960 -578.960 134.909 131.950 128.740 Esto se realizó para las rutas; #T RHF/3-21G SCAN, #T RHF/6-31G 2.5 -530.633 -537.702 -544.927 173.923 169.207 162.773 3.0 -503.558 -511.783 -521.497 200.999 195.126 186.203 SCAN y #T RHF/6-31G* SCAN 4.0 -475.046 -483.302 -494.556 229.510 223.607 213.144 Finalizado el tiempo requerido para cada cálculo, se abrió el archivo 4.25 -471.313 -479.361 -490.444 233.243 227.548 217.256 .out de cada base en el GV05 y en el menú “results” se seleccionó la opción “scan…” y del gráfico mostrado, se seleccionó cada distancia El siguiente gráfico se construyó con la energía relativa (Erel) en indicada y se anotó la energía mostrada (en Hartrees) en una hoja función de la distancia de enlace ( r ). de cálculo de Excel. Posteriormente, se realizó una conversión de unidades, de Hartrees a Kcal/mol. Finalmente, se calculó la energía relativa (Erel) para cada distancia y se realizó el gráfico de Erel vs longitud.
2) En la segunda parte, se construyó la molécula de hidrógeno y se
guardó el archivo de entrada.
Se seleccionó la opción “Gaussian Calculation setup” del menú de
“Calculate”, en la ventana que aparece se selección la opción de “optimization” de la pestaña “job type”. Posteriormente, en la pestaña de “Method”, donde se selecciona en método “Ground state-Hartree Fock-Restricted” y en “basis set” se selecciona la base “3-21G”, ya que se seleccionó la base de cálculo, se da click en la opción “submit…” para salvar el archivo de salida .log y seguido a esto, se En la siguiente tabla se muestran los valores de longitud de enlace y energía optimizados para la molécula de hidrógeno que fue construida con el GV05 y calculadas con las diferentes bases.
Tabla 2. Energía de la optimización de la mínima distancia r
En la primera parte se realizó un escaneo para la molécula de
hidrógeno con la finalidad de conocer la distancia más óptima de enlace, además de realizarse con diferentes bases de cálculo. En el gráfico se observa que los valores de energía obtenidos con la base 6-31G* son menores en comparación con las otras bases, además de observarse en los valores de 0.05 hasta 1 Å que la variación es mínima. Por lo que se considera que los valores obtenidos con la base 6-31G* son más confiables.
En el caso de la segunda parte, se obtuvo directamente el valor de la
distancia de enlace y la energía más estable, debido a que se introdujo desde un inicio la opción de optimización, como ya se mencionó, la opción “opt” se encarga de buscar el parámetro de energía más estable, es decir, la configuración donde se tenga el mínimo de energía.
Conclusiones
Mediante el uso de Gaussian 09 se pudo obtener la superficie de
energía potencial (S.E.P) para la molécula de hidrógeno empleando 3 conjuntos base diferentes y así poder conocer la distancia de enlace más estable. Además, se utilizó el complemento GV05 para encontrar la distancia óptima de enlace para la molécula de hidrógeno, realizando una optimización de dicha molécula.
Bibliografía.
1. Lewars, E. Computational chemistry: Introduction to Theory and
Application of Molecular and Quantum Chemistry. 3th edition, Springer, Switzerland, 2016. 2. Tomberg, A. Gaussian 09 Tutorial.