NITRIFICACIÓN Y NITRIFICADORES EN SUELOS ÁCIDOS

Resumen
La nitrificación, como un paso crucial en el ciclo del nitrógeno y la nutrición de las plantas,
es un proceso biológicamente mediado responsable para enormes pérdidas de fertilizante
de nitrógeno y un contribuyente a la contaminación ambiental. El reciente Se discute y
revisa el progreso en nuestra comprensión de la nitrificación y los nitrificadores,
específicamente en suelos ácidos.
En un momento se asumió que las tasas de nitrificación son relativamente bajas en suelos
ácidos. Sin embargo, más reciente los estudios han demostrado la nitrificación hasta pH 3.0
y que la tasa de nitrificación puede ser igual, o incluso exceder, que se encuentra en suelos
neutrales. Los estudios sobre los suelos ácidos de los bosques en Europa señalaron que
tienen un alto potencial para la producción de nitrato. Además, utilizando la técnica de
dilución de isótopos 15N, se demostró que la nitrificación neta las mediciones pueden
subestimar notablemente la nitrificación bruta en estos sistemas naturales y altamente
orgánicos. Utilizando inhibidores selectivos se ha demostrado que los nitrificadores
heterotróficos pueden contribuir a la nitrificación. Mientras la nitrificación heterotrófica
puede ser realizada por una amplia gama de bacterias y hongos, los estudios de inhibidores
apuntan a hongos son los principales responsables. Bacterias autooxófilas oxidantes (AOB),
como Nitrosomonas y Nitrosospira, se conocen desde hace un tiempo considerable, pero
en general se han encontrado inactivos en ácido condiciones El descubrimiento de la
monooxigenasa de amoníaco en arqueas no cultivadas que eran funcionalmente activas en
pH bajo apuntado a un grupo microbiano autótrofo (archaea oxidante de amoníaco, AOA)
que podría adaptarse a bajas concentraciones de sustrato (amoníaco) y responsable de la
nitrificación en una gama más amplia de praderas ácidas y suelos cultivados. Obligately
acidófila AOA se ha cultivado más recientemente mientras se realiza una prueba isotópica
estable se ha usado para confirmar el dominio de AOA sobre AOB en suelos ácidos. Estudios
moleculares detallados utilizando ambos La secuenciación del gen 16S rRNA y amoA
(subunidad A de monooxigenasa de amoníaco) continúa expandiendo nuestra apreciación
de la diversidad de AOB y AOA y cómo esto varía en diferentes rangos de pH y en diferentes
ecosistemas. Un trabajo similar se dirige a las bacterias oxidantes de nitrito (NOB), pero
hasta la fecha no lo hacemos del todo conocer el papel del pH en el control de la actividad
de NOB. Tal comprensión de nitrificación y nitrificadores ayudará desarrollar nuevos
inhibidores efectivos de la nitrificación y ayudar al manejo del ciclo del nitrógeno en suelos
ácidos.
INTRODUCCION
Los suelos ácidos (definidos como pH <5.5) ocupan el 30% del hielo libre del mundo tierra y
apoyan principalmente bosques, bosques y pastizales, con fracción menor utilizada para
cultivos herbáceos (Vonuexkull y Mutert, 1995). La nitrificación es un paso crucial en el ciclo
biogeoquímico del nitrógeno y nutrición vegetal en los ecosistemas de suelo-planta. La
nitrificación en el suelo es generalmente se considera que es un proceso de dos pasos donde
el amoníaco se oxida por primera vez nitrito por oxidantes de amoníaco, y posteriormente
a nitrato por óxido de nitrito bacterias (NOB). Sin embargo, el reciente descubrimiento de
algunas especies de Nitrospira capaz de oxidación completa de amoníaco (comammox) en
sistemas de agua (Daims et al., 2015; van Kessel et al., 2015) y detección en el suelo (Pjevac
et al., 2017) indica que este proceso también podría Se relevante. La nitrificación puede
conducir a lixiviación de nitratos, pérdidas de nitrógeno fertilizantes y la mayor emisión de
gas de efecto invernadero nitroso óxido (Wrage et al., 2001). En particular, la nitrificación
en ácido los suelos pueden conducir a una mayor acidificación y toxicidad de aluminio (He
et al.,2012). Anteriormente se suponía que la nitrificación era relativamente baja en suelos
ácidos desde la disponibilidad del sustrato de amoníaco (NH3) para el la enzima amoníaco
monoxigenasa (AMO) de los oxidantes de amoniaco ser limitado y todos los oxidantes
bacterianos de amoníaco aislados no crecieron en medio de laboratorio estándar con un pH
<5.5 (De Boer y Kowalchuk, 2001). Sin embargo, muchos estudios recientes han sugerido
que la nitrificación puede ocurrir a valores de pH tan bajos como 3.0 (Norton y Stark, 2011)
y que las tasas de nitrificación basadas en nitrógeno orgánico mineralizado puede ser igual
o incluso mayor que la que normalmente se encuentra en neutral suelos pH (Booth et al.,
2005).
Probablemente hay tres descubrimientos innovadores que han promovido interés científico
y discusión sobre los mecanismos de nitrificación en suelos ácidos En primer lugar, en la
década de 1980, los suelos ácidos del bosque en el noroeste Se descubrió que Europa tiene
un alto potencial para la producción de nitrato (Vanbreemen y Vandijk, 1988) y
posteriormente resultó en un aumento preocupación pública con respecto a los efectos
potencialmente dañinos de lixiviación de nitratos y contaminación. En segundo lugar, Stark
y Hart (1997) utilizaron la técnica de dilución de isótopos 15N en núcleos de suelo intactos
para medir el grosor nitrificación y asimilación microbiana en una gran cantidad de ácido
suelos forestales Demostraron que las medidas estándar de nitrificación neta podría ser
significativamente menor que las tasas brutas de nitrificación eterminado utilizando
mediciones basadas en 15N y que las comunidades microbianas juegan un papel importante
en la promoción de la pérdida de nitratos en suelos ácidos ecosistemas. En tercer lugar,
homólogos de genes bacterianos que codifican AMO se encontraron en fragmentos
metagenómicos de arqueas no cultivadas (Schleperet al., 2005; Venter et al., 2004) seguido
del aislamiento de Nitrosopumilus maritimus (Könneke et al., 2005), confirmando el
potencial para la oxidación de amoníaco por organismos pertenecientes al (entonces
descrito) Crenarchaeota mesofílica, y posteriormente denominada oxidación de amoníaco
archaea (AOA). Se encontró que estos organismos son funcionalmente importante en
suelos y sedimentos (Leininger et al., 2006; Schleper y Nicol, 2010), especialmente en
ecosistemas ácidos del suelo (Prosser y Nicol, 2008; Yao et al., 2011b). El descubrimiento
de AOA acidófila obligada en estos suelos indicaron que poseen adaptaciones específicas
que permiten crecer a un pH bajo (Lehtovirta-Morley et al., 2011, 2014).
Desde el cambio de siglo ha habido un aumento continuo en el número de estudios que
examinan la nitrificación y nitrificadores en ácidosuelos La mayoría de los estudios se han
centrado en las características ecológicas nichos de bacterias oxidantes de amoníaco y
arqueas, su importancia relativa a la nitrificación autótrofa y sus controladores ambientales
(Erguder et al., 2009; Hu et al., 2014; Yao et al., 2013; Zhalnina et al.,2012). Algunos estudios
informan sobre la metodología para la medición de nitrificación, el funcionamiento de
microorganismos aislados y los mecanismos responsable de la nitrificación.
2. METODOLOGÍA DE MEDICIÓN DE NITRIFICACIÓN Y NITRIFICADORES
2.1. DETECCIÓN DE LAS TASAS DE NITRIFICACIÓN
La determinación precisa de las tasas de nitrificación es esencial para la comprensión
procesos de ciclado de nitrógeno. Las tasas de nitrificación han sido medido utilizando una
amplia variedad de métodos, como la incubación de laboratorio de suelos (por ejemplo, en
posibles ensayos de nitrificación), el uso de 15N trazadores para determinar los cambios en
las piscinas de amonio y nitrato, y la uso de inhibidores para diferenciar la contribución
relativa de diferentes grupos microbianos a la oxidación de amoniaco (Hart et al., 1994b;
Liu et al.,2015a; Stark y Hart, 1997).
En general, las tasas de nitrificación se pueden describir por tres términos: neto, bruto y
potencial de nitrificación. El método de incubación de laboratorio, que es el más simple y
más utilizado, mide la nitrificación neta donde la acumulación de nitrato se mide al final de
un periodo de incubación. La nitrificación neta se calcula restando la inicial NUMERO 3 -
concentración a partir del NO3 final -concentración (Hart et al., 1994a). El pH del suelo y el
suministro de amonio son los dos factores ambientales principales que influyen en la
nitrificación (Hanan et al., 2016; Kemmitt et al., 2006); sin embargo, la adición de sustrato
generalmente tiene un menor impacto en la nitrificación neta comparado con el pH (Ste-
Marie y Paré, 1999; Yao et al.,2011a).
El potencial de nitrificación es un método que se desarrolló por primera vez como enfoque
para estimar la biomasa de nitrificadores en el suelo. Su objetivo es determinar la capacidad
máxima de los nitrificadores para transformar amonio en nitrato en condiciones óptimas
asumidas (o para nitrito cuando clorato se usa para inhibir NOB). El método de suspensión
de suelo agitado (Hart et al., 1994b) es un enfoque ampliamente utilizado para determinar
el potencial de nitrificación donde se usa típicamente medio líquido tamponado (pH 7,2),
asumiendo
que todos los oxidantes de amoníaco crecen de manera óptima en un pH neutro medio
ambiente (Belser, 1979; De Boer et al., 1996), incluidos los que se han aislado de suelos
ácidos (Allison y Prosser, 1993; Boer y otros, 1991; Jiang y Bakken, 1999). Sin embargo, este
enfoque requiere una serie de suposiciones que incluyen eso, independientemente de la
taxonomía diversidad, todos los oxidantes de amoníaco presentes en una muestra de suelo
crecen en tasas similares, tienen afinidades similares para el amoníaco y son inhibidas por
(o tolerante a) concentraciones similares de amoníaco. Sin embargo, actual conocimiento
de la fisiología del oxidante de amoníaco demuestra que hay considerable diversidad entre
diferentes poblaciones. Por ejemplo, algunas especies de AOA se inhiben en las
concentraciones de amoniaco típicamente utilizado en ensayos potenciales (Martens-
Habbena et al., 2009) y AOB a menudo supera a AOA en cuanto a amoniaco inorgánico
añadido (Hink et al.,2016), subestimando o ignorando su contribución a actividad en el
suelo. Algunos estudios recientes han indicado que el neutral solución tampón puede
disminuir las actividades de los nitrificadores en suelos ácidos y de hecho, la oxidación de
amoníaco en estos suelos puede estar dominada por organismos que son acidófilos
obligados cuando están aislados del suelo. Lo tradicional método de utilizar un medio de
pH neutro puede no reflejar el capacidad máxima de nitrificación (Xue et al., 2009; Yao et
al., 2011a). Xue et al. (2009) evaluaron dos métodos diferentes (con y sin solución tampón
neutral) para medir los potenciales de nitrificación en chino suelos de plantaciones de té y
sugirieron que el método de suspensión espesa sin tampón de fosfato fue la mejor opción
para analizar la nitrificación potencial en estos suelos altamente ácidos.
Los cambios en las concentraciones del conjunto de nitratos no siempre reflejan las tasas
reales de nitrificación bruta, ya que el nitrato puede transformarse mediante la
inmovilización microbiana y la desnitrificación (Norton y Stark, 2011). Por lo tanto, en
condiciones donde no se observa una conversión estequiométrica de amoniaco a nitrato, la
técnica de dilución de isótopos 15N es una
enfoque apropiado para evaluar la nitrificación gruesa. Davidson et al. (1992) utilizaron esta
técnica para investigar los procesos de transformación del N bruto en suelos ácidos de
bosque, con tasas brutas de nitrificación que son mucho mayores que las tasas de
nitrificación neta observadas. Stark y Hart (1997) también demostraron que> 50% del
nitrato derivado de la nitrificación puede inmovilizarse y las bajas concentraciones de
nitratos en los suelos de bosque de coníferas estudiados no se debieron a la supresión de
la nitrificación sino a un estrechamiento de nitrificación y asimilación de nitratos
microbianos.
Con el uso de inhibidores selectivos y técnicas de marcado de isótopos estables, es posible
distinguir entre la nitrificación autótrofa y la heterótrofa, que son impulsadas por
microorganismos quimiolitotróficos y quimio-organotróficos, respectivamente. El acetileno
es el inhibidor específico más utilizado de la oxidación autótrofa de amoníaco (Hynes y
Knowles, 1982). Bajas concentraciones de acetileno (a menudo 1-10 Pa) se usan
típicamente, con acetileno covalente e irreversiblemente vinculante para AMO. Liu et al.
(2015a) usaron la inhibición de acetileno técnica para determinar la importancia relativa de
heterotrophic y procesos autotróficos y concluyeron que heterotrófico la nitrificación fue
la principal vía de producción de nitrato en productos altamente orgánicos suelos ácidos
Otros inhibidores como la diciandiamida (DCD) y la nitrapirina (2-cloro-6- (triclorometil)
piridina) se han utilizado en ambos estudios de laboratorio y en la agricultura y pueden
inhibir la oxidación de amoníaco por quelación de cobre (Subbarao et al., 2006). Fisk et al.
(2015), para ejemplo, al examinar el potencial de inhibición de la nitrapirina, descubrió que
la nitrapirina aumentó la retención de amonio en el suelo y disminuyó la autótrofa
nitrificación en suelos agrícolas.
Se ha sugerido el uso del método de dilución combinada de 15NH4 y 15NO3 como una
forma efectiva de distinguir las vías heterotróficas y autotróficas (Barraclough y Puri, 1995).
La dilución de 15NO3 añadido indica nitrificación mediante rutas heterotróficas y
autotróficas combinadas con dilución de 15NH4 añadido en un experimento paralelo
indicando mineralización bruta. El modelado de simulación a lo largo del tiempo permite el
cálculo de tasas de nitrificación heterótrofas y autotróficas. Por ejemplo, Chen et al. (2015)
usaron 15NH4 14NO3 o 14NH4 15NO3 para determinar las transformaciones microbianas
de N en un suelo de cultivo y demostrar que la importancia relativa de autotrophic y
heterotrophic la nitrificación depende del estado de humedad del suelo.
Los oxidantes de amoníaco producen el óxido nitroso del gas de efecto invernadero a través
de dos procesos. Primero, la oxidación del amoniaco por AOA o AOB produce N2O a través
de la descomposición de compuestos intermedios inestables o las reacciones abióticas
asumidas entre el NO y los donantes de electrones (p. Fe2 + y materia orgánica) (Stieglmeier
et al., 2014; Zhu-Barker et al., 2015). El segundo es vía nitrificador-desnitrificación (en AOB
solamente), un proceso que usa las mismas enzimas que los desnitrificadores "clásicos"
pero que es se supone que no participa en la generación de energía (Wrage et al., 2005; Zhu
y otros, 2013). Hasta la fecha, se ha utilizado una combinación de técnicas paracuantificar
las contribuciones respectivas de diferentes procesos microbianos a Producción de N2O a
partir de nitrificadores. Huang et al. (2014) utilizaron diferentes nitrificaciones inhibidores,
incluyendo acetileno, diciandiamida (DCD), y dimetilpirazol fosfato (DMPP) y encontró que
la nitrificación no es el principal proceso para la producción de N2O en suelos altamente
ácidos. Una novela 180 y el método de etiquetado de doble isótopo 15N, desarrollado por
Wrage et al. (2005), se utilizó para determinar la importancia relativa de la nitrificación,
procesos de desnitrificación y nitrificación-desnitrificación como fuentes de N2O
producción. La desnitrificación del nitrificador del suelo se consideró como la principal
fuente de producción de N2O con baja disponibilidad de oxígeno (Zhu et al.,2013).
2.2. DETERMINAR LA DIVERSIDAD, ABUNDANCIA Y CRECIMIENTO DE LOS
NITRIFICADORES DEL SUELO
2.2.1. MÉTODOS MOLECULARES
Por lo general, se requieren técnicas moleculares independientes del cultivo al intentar
examinar toda la comunidad microbiana dentro de cualquier muestra ambiental, y las
comunidades nitrificadoras son típicamente examinadas utilizando análisis relacionados
con PCR (por ejemplo, PCR cuantitativa, secuencia análisis, perfiles comunitarios, etc.) de
genes taxonómicos o funcionales. Los AOB autótrofos aeróbicos se clasifican en beta y
gammaproteobacteria subdivisiones usando el análisis del gen 16S rRNA (Head et al., 1993)
con una gran diversidad de subgrupos identificados dentro (ver abajo). Los AOB dominante
en suelos son betaproteobacterias y se colocan dentro de un grupo monofilético a la
exclusión de oxidantes no amoniacales. Como tales, se han desarrollado cebadores y sondas
de genes 16S rRNA específicos y ampliamente utilizado que permiten la detección de AOB
específicamente (Kowalchuk et al., 1997; Stephen et al., 1998) (Tabla 1). Además, desde
McTavish et al. (1993) identificaron la secuencia del gen amoA en Nitrosomonas europa,
que codifica la subunidad alfa de la enzima amoníaco monooxigenasa, Los genes amoA
también se han usado como el clásico funcional marcador para el estudio de comunidades
oxidantes de amoníaco. Mientras amo y las phylogenies del gen 16S rRNA son en gran parte
congruentes, hay algunas diferencias observadas (Purkhold et al., 2000). Además, como
resultado de transferencia horizontal de genes y divergencia de secuencia sustancial,
diferente Se requieren ensayos de PCR de gen amoA para diferenciar AOA y AOB. El análisis
del gen amoA generalmente proporciona más información relacionada con la función de
poblaciones de nitrificadores que el uso de 16S más conservadas secuencias de genes rRNA
y es ampliamente utilizado para evaluar la abundancia y la estructura de la comunidad de
nitrificadores autotróficos (Di et al., 2009; Junier et al., 2010; Okano et al., 2004; Purkhold
et al., 2000; Zhang et al., 2012).
Las bacterias oxidantes de nitrito (NOB) generalmente se perfilan usando genes que codifica
para las subunidades de nitrito oxidorreductasa (NXR). Los dos principales grupos de NOB
encontrados típicamente en el suelo pertenecen a los géneros Nitrobacter y Nitrospira.
Aunque los cebadores 16S rRNA específicos pueden ser exitosos utilizado para detectar
cepas exclusivas de Nitrospira en comunidades mixtas complejas (Freitag et al., 2005), la
estrecha similitud de secuencia de Nitrobacter Secuencias del gen 16S rRNA a las de otros
organismos (por ejemplo, Bradyrhizobium sp.) necesita que los ensayos que se dirigen a
genes funcionales tales como nxrA (Poly et al., 2008) o nxrB (Pester et al., 2014; Vanparys
et al.,2007) se utilizan para estudiar NOB en el suelo. Debido a la diversidad taxonómica y
de secuencias de NOB (Daims et al., 2011), no hay cebador individual los conjuntos pueden
dirigirse a genes funcionales específicos y una gama de conjuntos de cebadores debe por lo
tanto, ser utilizado (Tabla 1).
A diferencia del amoniaco autótrofo y los oxidantes de nitrito, heterotróficos la nitrificación
es realizada por una amplia colección de bacterias y hongos. Como el término también
describe la oxidación de cualquier forma reducida de nitrógeno a una forma más oxidada
(Stein y Klotz, 2011), sin funcional específico se pueden usar genes marcadores dirigidos a
este amplio grupo funcional.
Además de monitorear los cambios en la abundancia o expresión genética vía PCR /
enfoques cuantitativos, la combinación de ácido nucleico análisis junto con la prueba
estable de isótopos (SIP) ha permitido la vinculación de la filogenia con el uso de sustratos
particulares. Para examinar el crecimiento de poblaciones autotróficas, la combinación de
etiquetado 13C-CO2 y el análisis funcional de genes es una técnica muy útil para estudiar
actividad en el complejo ambiente del suelo (Jia y Conrad, 2009;Lehtovirta-Morley et al.,
2011; Xia et al., 2011; Zhang et al., 2010, 2012). Por ejemplo, este método puede distinguir
claramente el relativo importancia de las bacterias nitrificantes autotróficas y arqueas.
Zhang et al. (2012) utilizaron la técnica de marcaje continuo 13C-CO2 y sugirieron que AOA
tiene un papel más importante que AOB en la nitrificación autotrófica en suelos
fuertemente ácidos Por el contrario, Jia y Conrad (2009) encontró que las bacterias en lugar
de archaea dominaban la oxidación de amoníaco en un suelo agrícola neutro fertilizado,
aunque la abundancia de AOA fue mucho más alto que el de AOB. Sin embargo, en los no
fertilizados suelos neutrales, AOA aún puede dominar sobre AOB (Zhang et al., 2010).
2.2.2. MÉTODO DE NÚMERO MÁS PROBABLE (MPN)
Antes del uso de enfoques moleculares, el método MPN era comúnmente utilizado para
detectar y cuantificar comunidades de nitrificadores en suelos (Belser, 1979). Sin embargo,
es propenso a dar resultados engañosos y subestima la verdadera abundancia de
poblaciones de nitrificadores y ahora es considerado como en gran parte obsoleto. El
método MPN puede comparar diferencias en poblaciones activas de nitrificadores
quimiolitotróficos entre diferentes muestras, pero no pueden cuantificar con precisión la
abundancia de células nitrificantes en suelos Muchos estudios sugirieron que los recuentos
de MPN en suelos ácidos naturales son mucho más bajo que los observados en suelos
agrícolas o suelos neutrales bajo vegetación nativa (De Boer y Kowalchuk, 2001; Hankinson
y Schmidt, 1984; Hastings et al., 2000). Papen y von Berg (1998) desarrollaron el método
MPN que permite la estimación de heterotróficos poblaciones nitrificantes. El método MPN
se basa en la hipótesis de que todos los nitrificadores quimiolitotróficos pueden crecer por
igual en el medio MPN, que ciertamente no es el caso. De hecho, los resultados de cualquier
análisis MPN dependen en gran medida de muchos factores, como pH medio, sustrato
concentración, tiempo de incubación y condiciones de extracción del suelo.
3. NITRIFICADORES Y MECANISMOS DE NITRIFICACIÓN A PH BAJO
3.1. RELACIÓN ENTRE LOS FACTORES AMBIENTALES Y LA ACTIVIDAD DE NITRIFICACIÓN
Como se mencionó anteriormente, el pH del suelo y la concentración de sustrato
(generalmente NH3) son los dos factores ambientales más importantes que influir en la tasa
de nitrificación del suelo (Allen et al., 2005; Sahrawat, 2008; Yao et al., 2013). Se supuso
que la ausencia de nitrificación neta en los suelos altamente ácidos se debieron a la
disminución exponencial en el sustrato disponibilidad (NH3 + H + ↔ NH4 +; pKa = 9.25) con
pH decreciente (De Boer y Kowalchuk, 2001; Norton y Stark, 2011). Sin embargo, alto la
nitrificación puede ocurrir en suelos de pH muy bajo (De Boer y Kowalchuk, 2001) y las tasas
de nitrificación potenciales (PNR) incluso se han observado estar negativamente
correlacionado con el pH del suelo en plantaciones de té ácidas (Yao et al., 2011b). El
descubrimiento de AOA presentó un posible grupo de organismos con características únicas
responsables de la oxidación de amoníaco a bajo pH La actividad transcripcional de AOA y
la abundancia se encontraron aumentar con un pH decreciente a través de un gradiente de
pH (Nicol et al., 2008) con filotipos distintos encontrados a pH contrastante, y de manera
similar, específica se encontraron genotipos AOA acidófilos en el té altamente ácido suelos
de plantaciones con pH inferior a 4.4 (Yao et al., 2011b). Cultivo
tabla 1
Cebadores adecuados para amplificar rRNA 16S y genes funcionales de amoniaco y
oxidantes de nitrito.
Pagina (293)
de AOA obligatoriamente acidófila (Nitrosotalea devanaterra Nd1 y Nitrosotalea sinensis
Nd2) (Lehtovirta-Morley et al., 2014) confirmó la presencia de oxidantes de amoniaco
específicamente adaptados para crecer a bajo pH. El análisis genómico posterior indicó que
estos AOA contienen genes que supuestamente codifican homeostasis de pH y sustrato de
alta afinidad sistemas de adquisición (Lehtovirta-Morley et al., 2014). Además, como
algunos AOA, incluidos los encontrados en suelos ácidos, son ureolíticos, amoníaco podría
generarse directamente a partir de urea (Lu y Jia, 2013). Gubry-Rangin et al. (2015)
sugirieron que el pH del suelo ha impulsado la adaptación evolutiva y la estructura de la
comunidad de los oxidantes de amoníaco basados en la filogenética análisis de secuencias
de genes amoA
La disponibilidad del sustrato es un factor crucial en la nitrificación. Freitag et al. (2005)
encontraron que la fertilización nitrogenada inorgánica a largo plazo influyó la función y la
diversidad de las bacterias oxidantes de amoníaco en la agricultura pastizales. En suelos
ácidos, la mineralización de nitrógeno puede suministrar sustrato para los oxidantes de
amoníaco autótrofos y ha sido reconocido como un buen indicador para evaluar el potencial
de nitrificación (Hart et al., 1997; et al., 2012). Algunas observaciones indicaron que la
mineralización de fertilizante orgánico tuvo un mayor efecto sobre la actividad de
nitrificación que el mineral fertilizantes (Fan et al., 2011; He et al., 2007). Una amplia
encuesta de suelos demostraron que la aplicación de fertilizante de nitrógeno puede
determinar formación de nicho en oxidantes de amoníaco y su biogeografía y función (Yao
et al., 2013). Muchos estudios demuestran que otros factores ambientales factores, por
ejemplo, concentraciones de oxígeno / dióxido de carbono, temperatura, humedad,
materia orgánica y contenido de arcilla, tienen un fuerte influencia sobre la nitrificación y
nitrificadores en suelos ácidos (Norton y Stark, 2011; Sahrawat, 2008; Tourna et al., 2008).
En los ecosistemas del suelo, múltiples los factores ambientales actúan juntos para influir
en la actividad de nitrificación y los microbios funcionales relacionados. Yao et al. (2013)
proporcionan una fuerte evidencia que las arqueas y bacterias nitrificantes del suelo son
conducidas por múltiples factores ambientales y todos juegan un papel importante en la
formación de nichos específicos que están ocupados por los genotipos correspondientes.
En los ecosistemas suelo-planta, el cambio de uso de la tierra y las especies de plantas son
determinantes importantes de la biomasa microbiana del suelo y la diversidad (Grayston et
al., 1998; Yao et al., 2000, 2006). La cantidad, estructura y la actividad de las comunidades
nitrificantes del suelo depende del uso de la tierra historia (Yao et al., 2011b). Algunos
compuestos alelopáticos secretados por las plantas inhiben la nitrificación y los
nitrificadores (White, 1994). Subbarao et al. (2009) encontraron que el forraje tropical
hierba Brachiaria humidicola puede liberar un inhibidor de nitrificación biológica (BNI),
brachialactona, que inhibe tanto AMO como hidroxilamina deshidrogenasa actividades enzi
máticas. 3- (4-hidroxifenil) propionato de metilo (MHPP) secretada por sorgo también tiene
un fuerte efecto inhibitorio sobre nitrificación del suelo (Subbarao et al., 2013). Prácticas
de manejo del suelo alterar toda la diversidad de la comunidad microbiana, incluyendo
funciones específicas grupos tales como nitrificadores (Clegg et al., 2003; Freitag et al.,
2005). Por ejemplo, la aplicación de biochar aumentó significativamente la abundancia de
AOB y tasas de nitrificación en oxisoles ácidos (He et al., 2016). Paja se encontró que el
retorno en el suelo del campo de arroz mejora la nitrificación y se altera la comunidad
nitrificante (Liu et al., 2014). Varios nitrificación comercial inhibidores, tales como
diciandiamida (DCD), dimetilpirazol fosfato (DMPP), aliltiourea (ATU) y nitrapirina, han sido
utilizado con éxito en los sistemas agrícolas para disminuir la nitrificación y aumentar la
eficiencia del uso de nitrógeno (Chen et al., 2015; Duncan et al., 2016; Yao et al., 2016).
3.2. Microorganismos responsables de la nitrificación en suelos ácidos
3.2.1. Microorganismos autotróficos
Los oxidantes de amoníaco autótrofos pertenecen a dos grupos principales, el AOB y el AOA.
En términos generales, AOA domina la nitrificación en suelos ácidos, y mientras tanto AOA
y AOB están activos en neutral y suelos alcalinos, AOB dominan la oxidación de amoníaco
en suelos que reciben nitrógeno enmiendas Sin embargo, hay muchos suelos ácidos donde
AOB se encuentran (Dai et al., 2015). Es importante distinguir los números (es decir
abundancia de genes) de la contribución a la nitrificación. Como el gen amoA la abundancia
de AOA a menudo excede la de AOB en muchos suelos por un factor de diez o más, junto
con el reconocimiento de que los genomas AOB también tener copias múltiples de los genes
amoA (dos a tres) en comparación con uno en Los genomas AOA, a menudo se ha supuesto
que la abundancia celular refleja la actividad relativa. Sin embargo, la actividad de AOB en
una por celda base puede ser más de un orden de magnitud mayor cuando se compara
aislados cultivados (Prosser y Nicol, 2008) o dos órdenes de magnitud cuando se estima
utilizando cambios en la abundancia de genes (Jia y Conrad, 2009). La contribución in situ a
la nitrificación también es difícil de evaluar con ensayos PNR que implican la adición de
concentraciones de sustrato que puede sesgar el resultado hacia AOB, que normalmente
puede competir AOA para agregar amonio (Hink et al., 2016). En lugar de un efecto de pH,
estas observaciones pueden demostrar un efecto de suministro de amoníaco. En práctica,
los dos factores de pH y concentración de amoníaco son confusos y difícil de separar A
menudo, AOB domina la nitrificación en suelos pH neutros que han tenido un historial de
recibir grandes entradas de fertilizante (Di et al., 2009), o se asume que la actividad AOB
domina porque AOB y no AOA se correlacionan con ensayos PNR de alguna forma (Song et
al., 2016). Estudios recientes usando octyne para distinguir AOA (resistente) y AOB
(sensibles) comunidades, y la aplicación de un ensayo PNR con y sin adición de sustrato,
puede dar una partición más detallada de las actividades AOA y AOB (Hink et al., 2016; Lu
et al., 2015).
AOB en suelos aeróbicos son casi exclusivamente de la betaproteobacteria y pertenecen a
dos grupos principales, el Nitrosospira y Nitrosomonas. Usando el análisis filogenético de
secuencias del gen 16S rRNA, cada grupo se ha dividido en una cantidad de grupos: 0-4 para
Nitrosospira y los grupos 5, 6, 6a, 7 y 8 (Purkhold et al., 2000) para Nitrosomonas, con
Nitrosospira cluster 2 según se informa dominante en suelos ácidos (Kowalchuk y Stephen,
2001). En algunos estudios estos los conglomerados se subdividen aún más (Avrahami et
al., 2002). Estudios recientes identificar diez o más conglomerados utilizando este enfoque
(Song et al., 2016). Sin embargo, mientras que las betaproteobacterias se cree que dominan
AOB comunidades en el suelo, Hayatsu et al. (2017) describen un ácido tolerante
Gammaproteobacterium oxidante de amoniaco (Candidatus Nitrosoglobus) terrae), aislado
del suelo de plantaciones de té ácidas. La contribución de gammaproteobacterial AOB a la
nitrificación puede haber sido potencialmente pasado por alto en algunos suelos Las cepas
de Nitrosomonas son raras en suelos ácidos, generalmente prefieren suelos neutros (Song
et al., 2016). Sin embargo, como N. europaea y N. eutropha-como especies se han
encontrado en suelos de plantaciones de té (Okamura et al., 2012; Yokoyama et al., 2003)
y suelos de bosques ácidos (Carnol et al., 2002; Schmidt et al., 2007), respectivamente,
ambos representantes del grupo 7 organismos.
Los organismos similares a nitrosospira dominan las comunidades AOB en ácido suelos Los
estudios sobre suelos ácidos de bosques en Europa y América del Norte tienen se muestra
la presencia del grupo 2 de rRNA 16S (Laverman et al., 2001; Nugroho et al., 2009), grupos
2 y 3 (Carnol et al., 2002), clusters 2, 3 y 4 (Jordan et al., 2005), o grupos 1, 2, 3a y 4 (Schmidt
et al., 2007). Un fenol ácido en Alemania contenía poblaciones AOB pertenecientes a los
grupos 2 y 4 basados en el análisis del gen amoA (Herrmann et al., 2012). En una gama de
suelos ácidos muestreados de toda Escocia, Yao et al. (2013) investigaron la diversidad de
bacterias del gen amoA y encontraron que grupo 2 dominado. Por lo tanto, parece que los
AOB del clúster 2 son ampliamente distribuida en estos suelos ácidos. Por el contrario, los
estudios del sureste Asia parece indicar un dominio de amoA cluster 3a. Alam et al. (2013)
encontraron principalmente un clúster 3 en un suelo chino de arrozal o de tierras altas par,
mientras que Tago et al. (2015) encontraron principalmente el grupo 3a en un rango de
suelos ácidos de caña de azúcar en Japón. Una investigación de 65 suelos de todo China
mostró que se encontró un clúster amoA 3a.2 en todos los suelos mientras el grupo 3a.1
fue más abundante en suelos neutros y alcalinos. Sin embargo, amoA los grupos 2, 10, 11 y
12 parecían estar más confinados a los suelos ácidos (Hu et al., 2013, 2014). Una secuencia
de pH de suelos vegetales en China también mostró amoA clusters 2, 10 y 12 para ser más
abundante en la mayoría suelo ácido con grupo 3 encontrado en los suelos menos ácidos
(Song et al., 2016). Sin más estudios comparativos, no está claro si estos las diferencias en
la ocurrencia del grupo 2 o grupo 3 son geográficas o simplemente debido a algunos otros
factores, particularmente los rangos de pH encontrados.
La presencia de AOB en suelos ácidos indicaría que juegan algún papel en la oxidación de
amoníaco, pero las tasas de nitrificación medidos son más estrechamente correlacionado
con los números de AOA (Hu et al., 2014; Yao et al., 2011b; Zhang et al., 2012). Hay un
pequeño número de informes de un correlación de los números AOB con el PNR en suelos
ácidos (Jiang et al., 2014; Sheng et al., 2013; Tong y Xu, 2012). Sin embargo, un análisis más
detallado indica que los datos en estos informes contenían al menos un suelo que era no
ácido, por lo que las correlaciones fueron confundidas por el pH. Dai et al. (2015) parecen
mostrar una correlación genuina con los números AOB pero en su estudio, la mayoría de los
suelos solo eran moderadamente ácidos. Algunos los estudios en suelos ácidos han
informado ausencia (sin detección) de cualquier AOB (Huang et al., 2012; Lu et al., 2012;
Zhang et al., 2016).
Mientras que AOA se consideró originalmente como parte de la mesófila Crenarchaeota, el
análisis del genoma indicó que pertenecían a una novela phylum denominado
Thaumarchaeota (Brochier-Armanet et al., 2008). Gubry-Rangin y otros (2011) analizaron
las secuencias del gen amoA archaeal de los suelos muestreados en nueve países diferentes
e identificaron tres principales grupos filogenéticos congruentes con la secuencia definida
por el gen 16S rRNA grupos: Grupo 1.1a, 1.1a asociado y 1.1b. Suelos ácidos contenidos
secuencias de genes amoA que se colocaron dentro del grupo 1.1a asociado (un linaje que
incluye el acidófilo obligado Nitrosotalea devanaterra) y linajes específicos dentro del Grupo
1.1b. Las mismas asociaciones de estos clados con rangos de pH específicos también se
encontraron en los suelos de China (Hu et al., 2013). Otros estudios sobre suelos ácidos han
encontrado principalmente secuencias asociadas al Grupo 1.1a (Lu et al., 2012; Yao et
al.,2013) o Grupo 1.1a-asociado con algún Grupo 1.1b (Alam et al., 2013; Pester et al., 2012;
Zhang et al., 2012) con el Grupo 1.1b por lo general dominante en suelos neutrales.
Atípicamente, Huang et al. (2012) encontró el la mayoría de las secuencias de sus ácidos
suelos rojos chinos fueron Grupo 1.1b, mientras que Wang et al. (2014) encontraron
secuencias del Grupo 1.1b relacionadas a Nitrososphaera viennensis enriquecido en ADN
pesado aislado en 13CO2 experimentos SIP. El Grupo 1.1a solo se ha encontrado
ocasionalmente en otros estudios (Okamura et al., 2012). Hu et al. (2013), en su extensa
secuenciación de 65 suelos chinos, confirmó el dominio del grupo 1.1a asociado en suelos
ácidos y demostró que el Grupo 1.1b disminuyó en abundancia relativa con disminución del
pH del suelo.
Si bien la mayoría de las investigaciones se centran en las actividades de AOB y AOA en
suelo, a menudo se pasa por alto que el nitrato es el producto final de la nitrificación. Esto
se debe en parte a que el segundo paso generalmente no se considera ratelimiting y el
nitrito rara vez se acumula en el suelo (Kowalchuk y Stephen, 2001). La oxidación de nitrito
se lleva a cabo por NOB y están representados por un rango de diferentes géneros
incluyendo Nitrobacter, Nitrospira, Nitrospina, Nitrotoga, Nitrococcus y Nitrolancetus
(Daims et al., 2011; Alawi et al., 2007; Sorokin et al., 2012; Spieck et al., 2014). Estudios
detallados de su ocurrencia en suelos ácidos no se han hecho pero Wang et al. (2014),
usando etiquetas de 13CO2 en un suelo ácido, encontraron que Nitrospira fue etiquetada
preferencia a Nitrobacter. Sin embargo, Meng (2016) encontró que Nitrospira la abundancia
aumentó con el aumento del pH y la estructura de la comunidad.
3.2.2. MICROORGANISMOS HETEROTRÓFICOS
En comparación con los organismos autótrofos, el estudio de los heterótrofos los
organismos capaces de nitrificación han recibido mucha menos atención. Mientras que la
nitrificación por organismos heterotróficos es conocida por un tiempo considerable (Eylar
y Schmidt, 1959), la falta de genes marcadores ha dado lugar a relativamente poca
investigación sobre su contribución en sistemas naturales en comparación con
nitrificadores autotróficos. Mientras que algunos pueden oxidar el amoníaco usando un
AMO similar a AOA / AOB, otros utilizar una vía combinada de nitrificación-desnitrificación
(De Boer y Kowalchuk, 2001), y adicionalmente una amplia gama de compuestos orgánicos
de N puede ser usado. Otro mecanismo sugerido para la oxidación de el amonio, que puede
ser llevado a cabo por hongos, es formación de radicales libres (Wood, 1988). Aquí, el
peróxido de hidrógeno forma peroxidasas quea su vez generan radicales libres de un
electrón como el superóxido, utilizado en la descomposición de la lignina; el hierro o el
manganeso también pueden actuar como mediadores. Una vez formados, tales radicales
libres también pueden oxidar nitrógeno orgánico o amonio. Esta variedad en las vías
bioquímicas en realidad ha obstaculizado progreso en lo que respecta a los estudios
moleculares. Por lo tanto, en el la literatura ha habido recientemente un sesgo considerable
hacia los estudios autotróficos y algunas revisiones contemporáneas han ignorado por
completo heterotrófica nitrificación (Monteiro et al., 2014; Shen et al., 2014). Sin embargo,
se debe reconocer que en la mayoría de los sistemas estudiados autotróficos organismos
contribuyen principalmente a la nitrificación y en solo unos pocos usos especializados de la
tierra es la nitrificación heterotrófica dominante. Más estudios de nitrificación heterotrófica
se han centrado en el proceso y a menudo han ignorado los microorganismos particulares
que llevan a cabo la proceso.
Existe cierta ambigüedad en cuanto a lo que constituye 'heterotrophic' nitrificación ', es
decir, si es la formación directa de nitrito / nitrato desde oxidación de N orgánico o de
amoníaco / amonio o de ambos. UN pocos documentos parecen indicar, tal vez
tácitamente, que la nitrificación heterotrófica solo se refiere a la primera (Killham, 1990;
Zhang et al., 2013; Zhu y otros, 2015). Sin embargo, está claro que los aislamientos del suelo
de ambas bacterias (Brierley y Wood, 2001; Hynes y Knowles, 1982) y hongos (Killham,
1990; Wainwright y Grayston, 1987) los nitrificadores se pueden oxidar amonio a nitrato.
Por lo tanto, probablemente sea mejor incluir la oxidación de N orgánico y de amonio por
organismos heterotróficos en el definición de nitrificación heterotrófica.

En este contexto, vale la pena señalar que la oxidación heterotrófica de el amonio no es

sensible al acetileno (Hynes y Knowles, 1982), a diferencia de la oxidación autótrofa de
amoníaco, lo que significa que el acetileno puede ser utilizado para distinguir la nitrificación
autotrófica y heterotrófica. De Boer y Kowalchuk (2001) también discuten el uso de
nitrapirina y clorato como inhibidores de la nitrificación pero concluyen que estos son
menos confiables. Sin embargo, Islam et al. (2007) utilizaron con éxito la nitrapirina para
inhibir la autotrofia nitrificación en su estudio. El etiquetado isotópico con 15N también es
un técnica útil para distinguir procesos. Por ejemplo, en presencia de 15N-amonio, si el
nitrato formado no está etiquetado, entonces este indica la nitrificación heterotrófica de N
orgánico (Barraclough y Puri, 1995; Schimel y otros, 1984). Varios estudios han extendido
esto a un enfoque de modelado para distinguir las diversas posibles transformaciones N
vías (Chen et al., 2015; Cheng et al., 2015; Zhang et al., 2011, 2013; Zhu y otros, 2013)

Está claro que las arqueas oxidantes de amoníaco dominarán en la mayoría suelos ácidos
tales que los autótrofos son los principales agentes nitrificantes (Hu et al., 2014). El nicho
para los nitrificadores heterotróficos parece ser bastante limitado y restringido a
ecosistemas naturales o seminaturales, particularmente suelos ácidos de coníferas
(Killham, 1990), pero para ser en gran parte ausente de los pastizales y los suelos cultivables
(Zhang et al., 2015a). Tabla 2 listas una serie de estudios recientes donde la proporción de
nitrificación heterotrófica a la nitrificación total se ha estimado. La mayoría de la tierra usos
que mostraron un alto porcentaje de nitrificación heterotrófica son bosques ácidos El valor
más alto es para la nitrificación virtualmente 100% heterotrófica y es de un bosque de
coníferas (Zhu et al., 2015) [esos valores dado por Zhang et al. (2011, 2013) son para la
misma área pero muestreado en años anteriores]. El segundo más alto es para Castanopsis
fargesii bosque que es de hoja ancha pero de hoja perenne (Zhang et al., 2014). Algunos se
observan excepciones para la nitrificación heterotrófica significativa, si no dominante en
cultivos ácidos (Chen et al., 2015; Liu et al., 2015b) y té campo (Cheng et al., 2015; Yokoyama
et al., 2012) suelos. Hay una tendencia en los datos para suelos con pH más bajo en la misma
área para tener un mayor proporción de nitrificación heterotrófica pero otros factores
como el tiempo de muestreo, contenido de humedad, temperatura y sustratos agregados
tienen efecto igual o incluso mayor.
Varios enfoques se han utilizado para determinar los microorganismos responsable de la
nitrificación heterotrófica. Un enfoque ha sido para aislar cultivos y probar su capacidad de
nitrificación en cultivos puros, pero esto se ha encontrado con éxito variable. Por ejemplo,
Eylar y Schmidt (1959) aisló más de 1000 cultivos pero menos de 2.5% de hongos, 0.3% de
bacterias y 0% de actinomicetos fueron capaces de producir nitrato. Pennington y Ellis
(1993) tuvo incluso menos éxito y en más de 400 hongos y bacterias las culturas
encontraron solo un nitrificador bacteriano. Por el contrario, Lang y Jagnow (1986)
descubrieron que aproximadamente el 25% de sus aislamientos podían producir nitrito o
nitrato de la peptona. Centrarse en aislamientos sufre de la observación general de que solo
una fracción muy pequeña de las bacterias del suelo
TABLA 2
ESTIMACIONES RECIENTES DE LA CONTRIBUCIÓN DE LA NITRIFICACIÓN HETEROTRÓFICA
A LA NITRIFICACIÓN TOTAL.
Pagina (295)

archaea) son cultivables, aunque esto será menos cierto para los hongos. También eso
refleja pobremente la actividad de nitrificación real en el suelo.
Una extensión del enfoque de cultivo es usar MPN para estimar números de nitrificador
heterotrófico (Papen y von Berg, 1998). En esto estudio, las bacterias nitrificantes
representaron entre 0 y un sorprendente 79% del conteo total de MPN bacteriana en las
capas orgánicas superficiales de un Bosque de abetos de Noruega (pH 3.7-4.7; Kreutzer y
Weiss, 1998). Desafortunadamente, los medios utilizados para la MPN tenían un pH de 7
que plantea una pregunta sobre los resultados.

La división de la actividad nitrificante entre bacterias y hongos puede ser logrado usando
inhibidores selectivos, comúnmente cicloheximida, para inhibir hongos y estreptomicina
para inhibir las bacterias. De esta manera, Yokoyama et al. (2012) mostró que la nitrificación
tolerante a acetileno en su té suelo de plantación (es decir, nitrificación heterotrófica) fue
mucho más reprimido por cicloheximida que por estreptomicina, y sugirió que la los
principales nitrificadores heterotróficos fueron hongos. Del mismo modo, Zhu et al. (2015)
en su suelo de bosque de coníferas encontró que la nitrificación heterotrófica era reducido
en un 22% por la estreptomicina pero casi un 100% por la cicloheximida, y de nuevo sugirió
un papel importante para los hongos. Sin embargo, recientemente se ha demostrado que
al menos un AOA, Nitrosopumilus maritimus, también inhibido por cycloheximide (Vajrala
et al., 2014). Si esto aplica a todos AOA, luego la supresión por cicloheximida podría reflejar
un papel para AOA en lugar de hongos en estos dos estudios, aunque ambos informan sobre
heterotrófico en lugar de en la nitrificación autotrófica.
La correlación de la actividad nitrificante con la biomasa microbiana es otra forma de
implicar a las poblaciones responsables. Por lo tanto, Zhu et al. (2013) mostró que la
oxidación de nitrógeno orgánico en sus suelos forestales era positivamente correlacionado
(R2 = 0.87) con la biomasa fúngica según lo determinado por Contenido de PLFA.
TABLA 3
ALGUNOS NITRIFICADORES HETEROTRÓFICOS FÚNGICOS Y BACTERIANOS
Pagina (196)
Se ha aislado una amplia gama de bacterias y hongos que son capaces de producir nitrato a
partir de N orgánico, amonio o ambos (Tabla 3). Sin embargo, la capacidad de nitrificar en
condiciones ácidas parece ser mucho más limitado en bacterias en comparación con los
hongos. Esta apoya los estudios anteriores usando inhibidores en los que se mostraron
hongos ser los nitrificadores heterotróficos más funcionales in situ.
3.3. CULTIVOS PUROS DE NITRIFICADORES
Aunque varios nitrificadores heterotróficos, incluyendo bacterias y hongos, se han aislado
de suelos ácidos (De Boer y Kowalchuk,2001; Pennington y Ellis, 1993; Stams et al., 1990),
casi todos muestran muy bajas actividades nitrificantes. Algunos heterótrofos, p.
Thiosphaera pantotropha y Pseudomonas denitrificans, tienen la capacidad de nitrificación
heterotrófica y desnitrificación aeróbica (Robertson et al., 1989). Dado que los nitrificadores
heterotróficos generalmente producen nitrito mucho más bajo que los nitrificadores
autotróficos en suelos ácidos (De Boer y Kowalchuk, 2001), el aislamiento de nitrificadores
ha concentrado principalmente en autotrofos.
Algunos cultivos puros nitrificantes autotróficos se han obtenido de una gama de suelos
ácidos (Hankinson y Schmidt, 1988; Klemedtsson et al., 1999). La mayoría de las cepas AOB
pertenecen al género Nitrosospira y Nitrosomonas que se encuentran principalmente en
condiciones que contienen alta cantidades de sustrato de amonio (Allison y Prosser, 1993;
De Boer y Kowalchuk, 2001). Hasta hace poco, todos los AOB y AOA aislados desde a fines
del siglo XIX eran neutrófilos, que solo crecían a pH> 6.5 en cultivos por lotes de laboratorio
estándar. Sin embargo, la oxidación de amoníaco en suelos ácidos se observó ampliamente,
con tasas de nitrificación a pH bajo, cuando es alimentado por nitrógeno orgánico
mineralizado, igualando o incluso excediendo que se encuentra en suelos neutrófilos (Booth
et al., 2005). Antes de descubrimiento de AOA, se investigaron una serie de mecanismos
que permitiría el crecimiento de AOB neutrofílico a pH bajo. Estos incluidos crecimiento de
cepas ureolíticas usando urea como fuente de amoníaco, que se hidrolizó intracelularmente
en el pH neutro del citoplasma de las células, produciendo cantidades suficientes de
amoniaco no protonado para el crecimiento (Allison y Prosser, 1991; Burton y Prosser,
2001), crecimiento en biofilms (Allison y Prosser, 1993), microsites neutros / alcalinos
(Prosser, 1989) o en asociación con bacterias oxidantes de nitrito en agregados también
permitiría el crecimiento a pH bajo (De Boer et al., 1991). Es interesante observar que, si
bien todos los AOB cultivados son neutrófilos con respecto al pH para un crecimiento
óptimo, estudios moleculares de suelo demostrar que los linajes específicos se encuentran
para dominar en ácido suelos (Nicol et al., 2008). Queda por determinar si estos AOB
representan acidófilos facultativos, organismos que viven en micrositios neutrófilos dentro
de un suelo ácido 'a granel', o son todavía obligados no cultivados acidophiles.

A pesar de la demostración de mecanismos que permiten el crecimiento de AOB a pH bajo,

los estudios en AOA sugirieron que podrían ser el oxidantes de amoníaco
predominantemente activos en suelos ácidos. Molecular encuestas de AOA amoA genes
revelaron la presencia de AOA en suelos ácidos (He et al., 2007), y el análisis de la
abundancia de AOA y transcripcional actividad a través de un gradiente de pH del suelo a
largo plazo (con características fisicoquímicas del suelo uniformes distintas del pH del suelo)
en el Craibstone Estate de la Universidad Rural de Escocia (Aberdeen, Reino Unido)
demostró esa actividad transcripcional relativa de AOA (es decir, la proporción de una
transcripción amo: gen) aumentó con la disminución del pH (Nicol et al., 2008). Fue de este
suelo que el primero obligó a amoniaco acidófilo el oxidante fue aislado.
AOA se enriquecieron o aislaron inicialmente en medios con un neutro o pH casi neutro. El
primer AOA cultivado fue Candidatus Nitrosopumilus maritimus y se aisló del sedimento de
un acuario marino tropical (Könneke et al., 2005). Este organismo pertenece al linaje del
Grupo 1.1a que representa aproximadamente el 20% de células procariotas marinas (Karner
et al., 2001). Usando un medio similar a la utilizada para aislar Ca. N. maritimus, pero usando
una sal reducida contenido ('medio de agua dulce'), el primer AOA aislado del suelo fue
Nitrososphaera viennensis, cultivado a partir de un suelo de jardín (pH 8.0) en la Universidad
de Viena (Tourna et al., 2011). Este organismo es un representante del linaje del Grupo 1.1b,
que domina AOA comunidades en muchos suelos. Posteriormente, se cultivaron AOA
acidófilas en medio de agua dulce ácida no tamponado, y condujo al cultivo (Lehtovirta-
Morley et al., 2011) y posterior aislamiento (Lehtovirta-Morley et al., 2014) de Candidatus
Nitrosotalea devanaterra Nd1 de un suelo con pH 4.5. Este organismo fue el primer
amoníaco autótrofo oxidante incapaz de crecer a pH neutro y era un representante del
linaje asociado al Grupo 1.1.a que se encuentra ampliamente distribuido en ácido suelos a
nivel mundial (Gubry-Rangin et al., 2011). Otros representantes de esto linaje se han
cultivado, incluido Ca. Nitrosotalea sinensis Nd2 aislado de un suelo de arroz acido chino
(pH 4.7) (LehtovirtaMorley et al., 2014) y Ca. Nitrosotalea sp. CS, cultivado a partir de
sedimento ácido de drenaje de la mina (pH 3.2) (Jung et al., 2014).
Como amoníaco (en lugar de amonio) es el sustrato de la enzima amoniaco monoxigenasa
(AMO) de AOA y AOB (Suzuki et al., 1974), se pensó que la falta de amoníaco disponible a
pH bajo era el principal determinante de su falta de crecimiento (en laboratorio estándar)
cultivo) a pH <6.5. Sin embargo, a pesar del hecho de que esencialmente no el amoníaco
está disponible en entornos de pH bajo (es decir, la forma protonada de amonio que domina
el NH3 / NH4 + equilibrio), todos los representantes del linaje Nitrosotalea cultivado hasta
la fecha son obligados acidophiles. Análisis del genoma de Ca. N. devanaterra indicó que el
maquinaria de oxidación de amoníaco de estos acidófilos es esencialmente la igual que la
encontrada en AOA neutrofílico, con residuos conservados de histidina y un sitio activo
predictivo del periplasma de AMO siendo el mismo que el encontrado en AOA y AOB
neutrofílico (Lehtovirta-Morley et al., 2016). Sin embargo, el sistema de adquisición de
amoníaco de (todos) AOA contrasta con el de AOB, con todos los AOA que poseen energía
dependiente Transportadores tipo Amt cuyo sustrato es NH4 +, mientras que algunos AOB
poseer el transportador de tipo Rh relacionado lejanamente cuyo sustrato es amoníaco
(Offre et al., 2014). Por lo tanto, el AOA acidófilo puede ser capaz de transportar NH4 + que
luego se convierte en amoníaco (por ejemplo, en un citoplasma de pH neutro) y que
posteriormente se presenta o se difunde para, el AMO. Además, la comparación con los
genomas AOA neutrófilos reveló adaptaciones potencialmente distintas encontradas en
AOA acidófilo facilitando crecimiento a pH bajo, incluidos los mecanismos de homeostasis
del pH que involucran transportadores de cationes, consumo de protones y una membrana
distinta composición lipídica (Lehtovirta-Morley et al., 2016).
La mayoría de las cepas NOB aisladas pertenecen a los géneros Nitrobacter, Nitrospira y
Nitrospina, con un número limitado de cepas pertenecientes a los géneros Nitrotoga,
Nitrococcus y Nitrolancetus. Aunque el primero El cultivo de NOB, es decir, Nitrobacter
winogradskyi, se aisló en 1892 (Winogradsky, 1892), solo se han cultivado algunas especies
de Nitrobacter y se analizaron las características genómicas (Zare et al., 2013). Al menos dos
cepas de Nitrobacter, Nitrobacter winogradskyi y Nitrobacter sp. Io ácido son capaces de
realizar la oxidación de nitrito en un ambiente ácido (Bock y Heinrich, 1969; Hankinson y
Schmidt, 1988) con Nitrobacter cepa NHB1 que crece a pH bajo cuando se agrega con
coenriquecido Nitrosopira (De Boer y otros, 1991). Nitrospina fue provisionalmente
asignado a Proteobacteria, pero los análisis filogenéticos recientes sugieren este género es
un nuevo filo bacteriano, Nitrospinae (Lücker et al., 2013). Nitrospira es el género NOB más
extendido y diverso. Residencia en El análisis del gen 16S rRNA, especies cultivadas de
Nitrospira se puede dividir en seis sublineages (Daims, 2014). Curiosamente, algunas
especies de Nitrospira posee todas las enzimas necesarias de la oxidación de amoníaco a
través de nitrito para nitrar y son capaces de actividad comammox (Daims et al., 2015; Kits
et al., 2017; van Kessel et al., 2015).
4. CONCLUSIÓN Y PERSPECTIVAS
La evidencia de las altas tasas de nitrificación en suelos ácidos ahora es bien documentada.
Concentración de sustrato, composición de la comunidad nitrificante y contribuyentes al
contraste de actividad entre ácido y neutro / alcalino sistemas de suelo (Fig. 1). AOA
generalmente hace una mucho mayor contribución de AOB a la oxidación de amoníaco en
suelos ácidos, aunque algunos AOB acidófilos tolerantes a ácidos o incultos también pueden
contribuir a la oxidación de amoniaco En sistemas de nitrógeno limitado, especialmente en
los suelos forestales, los nitrificadores heterotróficos también se han considerado como
posibles contribuyentes a la nitrificación. Si bien ha sido significativo progreso reciente en
el cultivo y la caracterización de algunos organismos implicados en la nitrificación, todavía
tenemos que caracterizar adecuadamente la contribución de AOB, NOB y nitrificadores
heterotróficos en sistemas ácidos del suelo. También tenemos un conocimiento limitado de
las interacciones entre diferentes grupos funcionales dentro de comunidades complejas en
suelos y la comprensión de estos principios serán fundamentales para cualquier intento de
modular la composición microbiana, la actividad y el ecosistema del suelo servicios.

El aislamiento de las culturas puras es fundamental para comprender la novela procesos y

fisiologías, y en conjunto con metagenómica análisis, también facilita el desarrollo continuo
y el refinamiento de ensayos moleculares tales como PCR. Por ejemplo, el descubrimiento
de AOA a hace poco más de una década (Könneke et al., 2005) o el descubrimiento más
reciente de comammox Nitrospira en sistemas de agua (Daims et al., 2015; van Kessel et al.,
2015) han cambiado radicalmente nuestro entendimiento de la nitrificación, y el primer
ejemplo tiene consecuencias importantes para entender el ciclo de nitrógeno en suelos
ácidos. Como tal, además de cebadores dirigidos a los genes amoA de AOB, en la última
década por separado conjuntos de cebadores han sido desarrollados para amplificar los
genes amoA de AOA (por ejemplo, Tourna et al., 2008) o Comammox Nitrospira (Pjevac et
al., 2017). Se han aislado varios nitrificadores autotróficos y heterotróficos de varios
sistemas de suelo, incluyendo suelos altamente ácidos. Sin embargo, casi todos los
oxidantes de amoníaco aislados no pueden crecer en medios ácidos, a excepción de las
especies relacionadas con Nitrosotalea (Lehtovirta-Morley et al., 2011). Por lo tanto, es
necesario un mayor aislamiento del ácido tolerante nitrificadores acidófilos para
comprender su contribución a nitrificación. Por ejemplo, mientras que AOA parece dominar
autotrófico nitrificación en muchos suelos ácidos, hay linajes específicos de incultos AOB
que prevalecen solo en suelos ácidos, y su ecología el papel permanece en gran parte
inexplicado. Además de similar a Nitrosotalea AOA asociada al grupo 1.1a, también hay
linajes específicos del grupo 1.1b AOA que también se encuentran solo en suelos ácidos. Sin
embargo, los mecanismos de la oxidación de amoniaco y la homeostasis del pH en estos
organismos es desconocido. Además del estrés directo de la acidez, las condiciones de pH
bajopuede alterar la disponibilidad biológica de múltiples elementos. Por ejemplo, las
actividades de aluminio, cobre y zinc se mejoran en pH bajo condiciones, mientras que la
biodisponibilidad del fósforo disminuye. Desde el suelo los nitrificadores pueden ser
sensibles al aluminio y a los metales pesados (Hu et al., 2014; Mertens et al., 2009), es
importante entender cómo los nitrificadores adaptarse al aluminio potencialmente alto y /
o metal pesado

FIG. 1. DIFERENCIAS EN LA CONCENTRACIÓN DE SUSTRATO, NITRIFICADORES ACTIVOS Y

COMPOSICIÓN DE LA COMUNIDAD ENTRE SISTEMAS DE SUELOS ÁCIDOS Y NEUTROS /
ALCALINOS.

ambiente, y si el estrés de acidez indirecta altera el nicho separación y función de

nitrificadores.
En contraste con la gran cantidad de estudios que examinan autotróficos nitrificación en el
suelo, hay comparativamente pocos estudios centrados en nitrificación heterotrófica
(Zhang et al., 2015a) aunque puede ser una proceso principal en algunos suelos. El uso de
técnicas de isótopos estables combinado con inhibidores específicos de nitrificadores
autotróficos se ha utilizado para diferenciar la importancia relativa de autotróficos y
heterotróficos nitrificación en sistemas ácidos de suelos forestales (Cheng et al., 2015; Hart
et al., 1997; Wrage et al., 2001). Una amplia diversidad filogenética de bacterias y hongos
son capaces de nitrificación heterotrófica usando un variedad de compuestos orgánicos e
inorgánicos (De Boer y Kowalchuk, 2001). Además de esta amplia representación
taxonómica, heterotrófica la nitrificación abarca una amplia gama de procesos
enzimáticos.Como tal, no hay marcadores moleculares conservados que puedan ser
utilizado para analizar la nitrificación heterotrófica en muestras ambientales, como se
realiza para los genes conservados de monooxigenasa de amoníaco en AOA o AOB, por
ejemplo. Como tal, la caracterización ecológica de nitrificadores heterotróficos sigue siendo
un reto y nuevos enfoques debe comprender y determinar los mecanismos y colaboradores
a la nitrificación heterotrófica.

Inhibidores de la nitrificación, por ejemplo, diciandiamida (DCD), 3,4-dimetilpirazol fosfato

(DMPP) y nitrapirina, se aplican ampliamente en suelos agrícolas para reducir la pérdida de
nitrógeno y aumentar el nitrógeno Eficiencia de fertilizante. Sin embargo, todos los
inhibidores comerciales se desarrollaron y probado contra bacterias nitrificantes. Como las
arqueas del suelo son las dominantes contribuidores de nitrificación en muchos
ecosistemas terrestres, particularmente en suelos ácidos, es necesario comprender la
influencia y la eficiencia de inhibidores comerciales de la nitrificación en arqueas
nitrificantes, y para diseñar y desarrollar nuevos inhibidores efectivos para arqueas
nitrificantes en suelos ácidos El uso de BNI es un enfoque que podría ser desarrollado,
potencialmente representando un medio ambiente más amigable enfoque a la inhibición
de la nitrificación. Mejorando nuestra comprensión de la los mecanismos moleculares de
BNI podrían ayudar a mejorar la utilización de nitrógeno, manejo de fertilizantes y
protección de suelos