TOT E Molecular ~ del GenBiologia Molecular del Gen 5? EDICION James D. Watson Cold Spring Harbor Laboratory Tania A. Baker Massachusetts Institute of Technology Stephen P. Bell Massachusetts Institute of Technology Alexander Gann Cold Spring Harbor Laboratory Press Michael Levine University of California, Borkoloy Richard Losick Harvard University cpaisemceies=, MMMM BUENOS AIRES - BOGOTA - CARACAS - MADRID - MEXICO - PORTO ALEGRE www.medicapanamericana.com[Biologia molecular del gon / James D. Watson .. foal: traducclén, Oaavie Giowanello, Jorge Negrete, Karina Tall, — 8 ed, — Buenos Airow ; Madrid: Maca Panamericana, [2008], XXXIV, 762 p. il cok: 27 em ‘Traduction de: Molecular biology of the gono 5th Incluye referencias bibliograticase indice ISBN o7a-84-7000-605-1 1, Genética molecalar,L Watson, James D. 877.21 ‘Traduccién autorizada de a edicién on idioma inglés ttulada MOLECULAR BIOLO BAKER, TANIA A. BELL, STEPHEN P: GAN, ALEXANDER: LEVINE, MICHABL Inc. como Benjamin Cummings, Copyright © 2008, (OF ‘THE GENE, sth Edition, de WATSON, JAMES Ds LOSICK, RICHARD, publicada por Pearson Education, ‘Tados los derachos reservados. No os purmitida la reproducciém toll o parcial do ose Kran la tranmisisn de ninguna otra forms 0 por ‘cualquier medio, ye sea electrOnicn, mecanico, por fotocopia, per grabacidn w etros métodos, sin el permiso ie Pearson Education, Ins Edicion en Idioma espatol publicada por LISERMED VERLAG S.A. Gopyright © 2006 Traduccién de EDITORIAL MEDICA PANAMERICANA, S.A. cefectuada por los doctonss Octavio Giovanello, erge Neswute, Kerina Taal ‘Supervision a cargo del Doctor Jorge H. Negrete Diploma do Honor de la Univorsicad dol Salvador Profesor Asaciado Adjunto, Departamento de Anatomia y Biologia Celular Facultad de Medicina y Giensias de la Salud, George Washington University, Washington B.0 Profesor Titular de la Citedra de Histologia y Embriologta, Facultad de Ciencias Médicas, Universilad Catélica de Cuyo, San Juan, {La medicina es una ciencia on permaneate cambio. A modida quo las auevas investigiciones y la experiencia eliniea amplian nuestro eonoct mien ss roquieron malifiacionys en las modalidados teapstieasy on los tratamientos farmaccldgicns. Las aitares de esta obra han ve Hificado toda le informacion con fuentes conflables para asegurarse de quo dsta sea completa y acorde con los estanelaes aceptados en el me- rmenio dela publicacion. Sin embargo, en vista di la sibiticad do an error hamana 9 de cambios on las eincies mediens ni los autores ni la editorial» cualquier oles persona implicada on la proparacion o la publicacion de este trabajo, garantizan que la totaldad de Ia infor racidn aqui contenica ss exacta 9 completn y nn se responsabilizan por errores emisionns 9 por los resuliados abtenidos del iso car esta informacion. So acansoj a los lectores confirma con otras fuentes. Por jemplo, yen particula, se recomionlaa ls lectoresrovisar el pros pecto de cada farmaco que planean adninisirr pars eorcirarse de que lainformacién contenida en esta libro sea comerta y quan se he ‘yan producido cambios on las dosis sugeridas o en las contzaindicacianes para su administracion. Esta recomendlackon cabra especial imp Tancia con rolacidn a farmaces nuevos 6 de usa Infrecuente Los editors han ha:ho todos los esfuorzos para localizar a os tituares del copyright del matevial fuente utilizado por el autor St inadvert dantente hubieran emitide alguno, con gusto harén los arglos aucesarlos en la priaiera oportunidad que se les presente pata tl fi Editorial Médica Panamericana, vo se rosponsabiliza por los datos que puede generar Is instalacién vel uso de este CD. iid a pid dda dy informacién e cualquiar irc incenvoniente. ae " Gracias por comprar el original. Fate libro os producto del osfueeze de prufesionalos como usted, 0 de sus profesores, si usted es estudiante ‘Tenga en cuenta que fotecopiarlo es una falta de respeto hacia ellos v un robo de sus derechos inteloctuales. { edicidn, octubre 2005, 1 raimpresion, junio 2008 EDITORIAL MEDICA Sane pa “a> Alberto Aleocer 24, 6 28036 Madrid, Bspadia panamericana ‘Tels (34) 91 1317000 | Fax: (34) 91 1317809 / 91 4570919 Visite nuestra pagina webs ase: hutp:fwwvemedicapanamericana.com Hagel N’ 141, 2 piso - Colonia Chapultepec Morales Delogacion Miguel Hidalgo - 11970 - Mesles D.F, Messen ‘Tal: (60-55) 5209-0004'52020176 / Fax: (5258) 5656-0981 ‘email: infompémeedicapanmericana.com.mx ARGENTINA, Marcelo 7. de Alvear 2145 (C1122AAG|- Buenos Aires, Argentina ‘ols (54-11) 4421-2000 / Fax (54-11) aea1-1214 ‘email: info@nedicapanamericanacom VENEZUELA, Plficie Polar, Terre Oxste, Piso 6, Of 6-C COLOMBIA, Plaza Venezuela, Usbanizacion Los Caobos, Pamoquia El Rectwa Carrera 72 A. 69-19 -Santa Fo de Beyotd D.C, Colombia ‘Manicipio Libertador - Ganicas Opto, Capital, Venezuela Th.(57-1) 245-4508 / 214-5014 / Fax: (57-1) 345.0010 / 314-5015 Tul: (68-212) 703-2857/6906/50095/1606 / Pa: (5 e-mail infompamoticapanamericana.com.co ‘mail: info@medivapinamericana.com.ve 212) 793.5885 Todes los derechos resewvades, Este libro o cualquiera de sus pares no podzin ser eeproducidos ni archivados en sistemas recuperables, ni transmitidas en ninguna forma © por ningén medio, va sean macanicos o alactréaicns fotecopiadares,graaciones a ealquier tra, sin ol parmisn previo de Baltoriel Médica Panamericana S.A (© 2008 EDITORIAL MEDICA PANAMERICANA, S.0. Alberto Alcocer 24.6 - 28036 Madrid, Espa Depésito Legal B-s9.907-2008, IMPRESO EN ESPANAIndice abreviado PARTE 1 parte 2 parte 3 parte 4 parte 5 QUIMICA Y GENETICA 1 1 anon La visi6n mendeliana del mundo 7 Los acidos nucleicos transmiten informacién genética 23 La importancia de las interacciones quimicas débiles 47 La importancia de los enlaces de alta energia 63 Enlaces débiles y fuertes determinan la estructura macromolecular 77 MANTENIMIENTO DEL GENOMA 103 10 a Las estructuras del DNA y del RNA 107 Cromosomas, cromatina y ol nucleosoma 141 La duplicacién del DNA’ 195 La mutabilidad y la reparacién del DNA 253 Recombinacién homologa en el nivel molecular 279 Rocombinacién especifica de sitio y transposicién del DNA 315 EXPRESION DEL GENOMA 369 12 13 14 15 Mecanismos de transeripeién 373 Empalme del RNA 407 Traduccién 441 El cédigo genético 493 REGULACION 513 16 17 18 19 Regulacién génica en los procariontos 517 Regulaci6n génica en los eucariontes 567 Regulacién génica durante el desarrollo 615 Genémica comparada y la evolucion de la diversidad animal 653 METODOS 685 20 Técnicas do biologie molecular 689 21 Modelos de organismos 725 INDICE ANALITICO 759Indice PARTE 1 QU{MICA Y GENETICA 1 CAPITULO 1 La visién mendeliana del mundo 7 Los descubrimientos de Mendel 8 El principio de la segregacién independiente 8 Recuadro 1-1. Leyes de Mendel 9 Algunos alelos no son ni dominantes ni recesivos 10 El principio de la distribucién independiente 10 ‘Teoria cromosémica de la herencia 1 Ligamiento génico y recombinacién az Hecuadro 1-2. Los genes estan ligados a los cromosomas 12 Mapeo cromosémico 13 El origen de la variabilidad genética por medio de las mutaciones 17 Primeras suposiciones acerca de qué son los genes y cémo actian 18 Intentos preliminares para encontrar una relacién gen-proteina 19 Resumen 20 Bibliografia 20 CAPITULO 2 Los dcidos nucleicos transmiten informacién genética 23 El anuncio sorprendente de Avery: el DNA puede transportar especificidad genética 24 Los genes de los virus también son de éeidos nucleicos 25 La hélice doble 26 Recuadro 2-1. Las reglas de Chargaff 27 En busca de las polimerasas que sintetizan el DNA 28 Los datos de los experimentos indican una separaci6n de las cadenas durante la duplicacién del DNA 30 La informacién genética dentro del DNA la transmite la secuencia de sus cuatro nuclestidos constitutivos 33 El DNA no puede ser la plantilla que ordena directamente los aminodcidos durante la sintesis proteica 33 Recuadro 2-2, Indicios de que los genes controlan la secuencia de aminodcidos de las proteinas aw EI RNA es quimicamente muy parecido al DNA. 35 El dogma central 36 La hipétesis del adaptador de Crick 36 La sintesis de proteinas en tubos de ensayo 37xi Indice La paradoja de los ribosomas de aspecto inespecifico Descubrimiento del RNA mensajero (mRNA) La sintesis enzimatica del RNA sobre plantillas de DNA Estableciendo el cédigo genético Establecimiento de la direccién de la sintesis proteica Las sefiales de inicio y terminacién también estén codificadas en el DNA La era dela genémica Resumen Bibliografia CAPITULO 3 La importancia de las interacciones quimicas débiles Caracteristicas de los enlaces quimicos Los enlaces quimicos se explican en los términos de la mecdnica cudntica La formacién de los enlaces quimicos comprende un cambio en la forma de la energia Equilibrio entre la formacién y la rotura de los enlaces El concepto de energia libre K,,, $e relaciona en forma exponencial con AG Los enlaces covalentes son muy fuertes Enlaces débiles en sistemas biolégicos Los enlaces débiles tienen energfas entre 1 y 7 kcal/mol Los enlaces débiles se forman y se rompen constantemente en las temperaturas fisioldgicas La distincién entre moléculas polares y no polares Puorzas de van der Waals Enlaces de hidrégeno Algunos enlaces iGnicos son enlaces de hidrégeno Las interacciones débiles exigen superficies moleculares complementarias Las moléculas de agua forman enlaces de hidrégeno Enlaces débiles entre moléculas en soluciones acuosas Recuadro 3-1. La singularidad de las formas moleculares y el concepto de adhesion selectiva Las moléculas orgdnicas que exhiben una tendencia a formar enlaces de hidrégeno son hidrosolubles 18” hidr6fobos estabilizan las macromoléculas La ventaja de una AG entre 2 y 5 kcal/mol Los enlaces débiles unen las enzimas a los sustratos Los enlaces débiles median la mayoria de las interacciones proteina-DNA y proteina-proteina Resumen Bibliografia Los “onlac CAPITULO 4 La importancia de los enlaces de alta energia Las moléculas que ceden energfa son termodindmicamente inestables En las reacciones bioquimicas las enzimas reducen las energias de activacién La energia libre en las biomoléculas 38 38 40 41 41 43 45 45 63 63 65 66indice Los enlaces de alta energfa se hidrolizan con una AG negativa grande Los enlaces de alta energfa en las reacciones biosinte ficas Los enlaces peptidicos se hidrolizan en forma esponténea Acoplamiento de AG negativa y positiva Activacién de los precursores en las reacciones de transferencia de grupos Versatilidad de! ATP en la transferencia de grupos Activacién de los aminodcidos por la unién de AMP. La presencia de ® ~@ activa los precursores de los dcidos nuc El valor de la liberacién de @ ~ @ en la sintesis de los circulos nucleicos Escisiones de @ ~ @ caracterizan la mayoria de las reacciones biosintéticas Resumen Bibliografia vicos CAPITULO 5 Enlaces débiles y fuortes determinan la estructura macromolecular Las estructuras de orden superior estan determinadas por interacciones intramoleculares e intermoleculares El DNA puede formar una hélice regular EI RNA forma una gran variedad de Caracteristicas quimicas de los monémoros de los que estin hechos las protefnas El enlace peptidico tructuras Hay cuatro niveles de estructura proteica Las hélices oy las liminas B son las formas comunes de estructura secundaria Recuadro 5-1. Determinacién de la estructura prote La conformacién especifica de una proteina es consecuencia de su modelo de enlaces de hidrégeno Las hélices o: so revinen para formar superhélices La mayor parte de las proteinas es modular y contiene dos 0 tres dominios Las protefaas se componen de una cantidad asombrosamente pequefia de motivos estructurales Recuadro 5-2. Las proteinas grandes con frecuencia estén formadas por varias cadenas polipeptidicas mas pequerias Las funciones diferentes de las proteinas surgen de las diversas combinaciones de dominios Los enlaces débiles ubican correctamente las proteinas a lo largo de las moléculas de DNA y RNA Las protefnas recorren el DNA para encontrar un sitio de unién especifico Estrategias diversas para el reconocimiento proteico del RNA Alosterfa: regulacién de la funcién de una proteina mediante el cambio de su forma La base estructural de la regulacién alostérica se conoce para ejemplos qu ligandos pequefos, interacciones protefna-protefna y modificacién proteica No toda la regulacién de las proteinas est4 mediada por fenémenos alostéricos Resumen Bibliografia comprenden xm 66 67 69 70 70 71 71 73 73 74 76 76 7 77 79 80 80 82 B2 83 90 91 a1 92 94 96 96 98 100 101 102xIV Indice PARTE 2 MANTENIMIENTO DEL GENOMA. 103 CAPITULO 6 Las estructuras del DNA y el RNA 107 Estructura del DNA 108 EI DNA esta compuesto por cadenas de polinuclestidos 108 Cada base tiene su forma tautomérica preferida 109 Las dos cadenas de la hélice doble se mantienen juntas por medio del apareamiento de las bases en una orientacién antiparalela a Las dos cadenas de la hélice doble tienen secuencias complementarias au La formacién de enlaces de hidrégeno es importante para la especificidad del apareamiento de las bases a2 Las bases pueden evertirse de la hélice doble 113 EI DNA suele consistir en una hélice doble dextrégira 113 La bélice doble tiene un surco menor y uno mayor 113 Recuadro 6-1. E] DNA tiene 10,5 pares de bases por vuelta de la hélice en solucién: el experimento de la mica 414 E] surco mayor contiene informacién quimica abundante 115 La hélice doble se encuentra en numerosas conformaciones 116 A veces el DNA puede formar una hélice levégira 117 Las cadenas del DNA pueden separarse (desnaturelizarse) y reasociarse 118 Algunas moléculas de DNA son circularos 122 Topologia del DNA 122 E] ntimero de enlace es una propiedad topoldgica invariable del DNA circular cerrado de modo covalente [eccDNA) 123 El ntimero de enlace se compone de gira y superenrollamiento 124 LK° es el mimero de enlace del cccDNA relajado por completo en condiciones fisiolégicas 125 E] DNA celular exhibe un superenrollamiento negativo 125 Los nucleosomas introducen superenrollamiento negativo en los eucarion! 126 Las topoisomerasas pueden relajar el DNA superenrollado 127 Los procariontes tienen una topoisomerasa especial que introduce superenrollamiento enel DNA 128 Las topoisomerasas también desanudan y desenredan las moléculas de DNA. 128 Las topoisomerasas utilizan una unién protefna-DNA covalente para cortar y volver a unir las cadenas del DNA 129 Las topoisomerasas forman un puente enzimatico y pasan un segmento del DNA a través de otro 130 Los topoisémeros de DNA pueden separarse por electroforesis 132 Los iones de etidio hacen que el DNA se desenrolle 132 Hecuadro 6-2. Demostracion de que el DNA tiene una periodicidad helicoidal de alrededor de 10,5 pares de bases por vuelta a partir de las propiedades topologicas de los DNA circulares 133 Estructura del RNA 133 EI RNA contiene ribosa y uracilo, y suele ser monocaienario 133 Las cadonas del RNA se pliegan sobre si para generar regiones locales de hélice doble similares a la forma A del DNAIndice EL RNA se puede plegar en estructures terciarias complejas Algunos RNA son enzimas La ribozima cabeza de martillo ciclico 2’, 3" jBvolucion6 la vida a partir de un mundo de RNA? Resumen Bibliografia inde el RNA mediante la formac CAPITULO. 7 Cromosomas, cromatina y el nucleosoma Secuencia y diversidad de los cromosomas Los cromosomas pueden ser circulares o lineale: Toda célula mantiene una cantidad caracteristica de cromosomas El tamafo del genoma se relaciona con la complejidad del organismo El genoma de E. coli esté compuesto casi por completo por genes Los organismos més complejos tienen una densidad de genes reducida Los genes forman solo una proporcién pequeia del DNA cromosémico eucarionte La mayorfa de las secuencias intergénicas humanas esté compuesta por DNA repetitivo Duplicacién y segregacién de los cromosomas Los cromosomas eucariontes necesitan centrémeros, telémeros y origenes de replicacin para mantenerse durante la division celular La duplicacién y la segre del ciclo celular La estructura de los cromosomas cambia cuando las eélulas cucariontes se dividen La cohesién de las cromdtidas hermanas y la condensacién de los cromosomas estan mediadas por proteinas SMC La mitosis mantiene la cantidad de cromosomas de la célula progenitora Las fases G1 y G2 del ciclo celular facilitan la preparaci6n pera la eiapa siguiente del ciclo a la vez que permiten verificar que la etapa previa se completé de manera correcta La meiosis reduce la cantidad de cromosomas de la célula progenitora El microscopio permite observar niveles diferentes de estructura cromosémica El nucleosoma Los nucleosomas son las subunidades fundamentales de los Recuadro 7-1. Nucleasa microcécica y el DNA asociado con los nucleosomas Las histonas son protefnas pequefas con carga positiva La ostructura atémica del nucleosome Muchos contactas independiente de la secuencia de DNA median la interaccién entre el centro de histonas y el DNA Las colas N-terminales de las histonas estabilizan el enrollamiento alrededor del octamero mosomas Estructura cromatinica de orden superior La histona H1 se une al DNA ligador que hay entre los nucleosomas Las colecciones de nucleosomas pueden formar estructuras mas complej de 30 nm Las colas N-terminales de las histonas son necesarias para la formacin de las fibras de 30 nm las fibras cién de los cromosomas eucariontes se produen en fases separadas xv 136 137 137 138 139 140 141 142 142 143 145 145 146 147 150 151 151 154 156 156 157 160 160 162 163 163 165 166 167 171 172 173 173 173