Avances genéticos

en diagnóstico
prenatal

Dr. David Poyatos Andújar. Especialista de producto Área Molecular

 9 11 14

1er trimestre 2º trimestre 3er trimestre

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Test Prenatal
No Invasivo
Detección T13, T18, T21, monosomía X,
Triploidía y sexo fetal en sangre materna
 Estimación del riesgo basado en:

80-95% Tasa de detección >99%

90% Sensibilidad >99%
FACTORES
95% Especificidad >99% DNA FETAL
FENOTIPICOS
5% Falsos positivos <0.1%
5-15% Falsos negativos < 0.1%

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 Test Prenatal No Invasivo

Obstet Gynecol. 2012 Dec;120(6):1532-4. doi: 10.1097/01.AOG.0000423819.85283.f4.

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 Indicaciones para
Test Prenatal No Invasivo
de aneuploidías fetales
ACOG Committee Opinion Número 545, Diciembre 2012
Conclusiones

• Mujeres > 35 años.

• Antecedentes de aneuploidia

• Screening bioquímico en suero materno alterado.

• Hallazgos ecográficos de aumento de riesgo de aneupoloidía.

• Parejas con translocación robertsoniana del 13 o el 21.

Casos de bajo riesgo: Ansiedad materna/ recomendación por ginecólogo

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Test Prenatal No Invasivo
basado en DNA fetal

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 Detección DNA fetal
(cffDNA) en sangre materna

MÉTODO CONTAJE ANÁLISIS SNPs

MPSS- Secuenciación
Secuenciación
Secuenciación
dirigida dirigida
masiva

Sequenom Verinata BGI Ariosa Natera

Regiones no polimórficas Polimórfismos (SNPs)

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Detección DNA fetal
Secuenciación masiva

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Detección DNA fetal
Secuenciación masiva

1.5% del genoma

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 Diferencias con otros métodos
Competencia Echevarne
Harmony, Trisonim, Nace plus… Test Prenatal No Invasivo (PanoramaTM)

Método de contaje Análisis de SNPs

No diferencia ADN materno del fetal Separa y genotipa el ADN fetal

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 Algoritmo informático
Método de contaje Análisis de SNPs

Z-score ≥ 3.0 = abnormal

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Importancia concentración
de cffDNA en sangre materna

FP / FN

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 Impacto concentración
de cffDNA en sangre materna

• En el estudio de Palomaki :
– 12 casos con Tri21 tuvieron una fracción fetal de 4-8%
– 3 fueron reportados como normales = 25% falsos negativos

• En los datos de ISPD de Natera (Junio 2013):

– 18 casos con aneuploidía tuvieron una fracción fetal de 4-8 %
– 4 no tuvieron resultados = 22% nueva muestra

Palomaki G, Kloza E, Lambert-Messerlian G, et al. DNA sequencing of maternal plasma to detect Down syndrome:
An international clinical validation study. Genet Med 2011;11:913-20

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 Impacto concentración
de cffDNA en sangre materna
1200

28.8% de casos
1000 tienen entre
Número de Muestras

4% y 8% de FF
800

600
4.8% de casos
<4% FF
400

200

Fracción Fetal
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Discordancias método de contaje

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 Ventajas
análisis de SNPs
• Análisis de la distribución alélica
• No es necesaria la cuantificación de lecturas
• Detección de todos los cromosomas por igual (no
influye el contenido GC)
• No se necesita cromosoma de referencia
Células progenitoras • Reduce el error por azar
• Detecta triploidias

• PCR multiplex con 19,5k sondas

• Resultados exactos y fiables con fracciones bajas
de ADN fetal.

SNP • Realizar a partir de la semana 9 de gestación

Cromosomas
materno /
paterno

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Ratios de detección
en diferentes estudios

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Comparativa
en diferentes estudios

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 Validación clínica

Natera’s Non-Invasive Prenatal Testing Technology Shows Unparalleled Specificity,

Sensitivity in Clinical Data Presented at American Society of Human Genetics

Data from Additional Patients Confirms High Accuracy in Detection of Trisomy 13, Trisomy 18, Trisomy 21, Sex
Chromosome Abnormalities
American Society of Human Genetics 2012. November 09, 2012 08:00 AM Eastern Time

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Validación clínica.
Estudio ciego independiente

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Test Prenatal No invasivo
Resultado

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NatalChip ®
Citogenética humana:
del microscopio al
microchip
Razones para el cambio

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¿Qué tipo de array escoger?

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 Aplicaciones Clínicas

NatalChip ® Prenatal 750K y Postnatal Array HD

¿Porqué 2 pruebas?

NatalChip ® Prenatal 750K

Interesa ofrecer resultados concluyentes que expliquen alteraciones genéticas con
consecuencia conocida y de efecto patogénico bien establecido.

NatalChip ® Postnatal HD
Interesa conseguir la máxima resolución para detectar todas aquellas alteraciones
que puedan tener un mayor o menor efecto en la sintomatología descrita, y con ello
tomar futuras decisiones de seguimiento clínico y reproductivas.

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NatalChip ®
Tecnología Affymetrix (array CGH + SNP array)

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 Importancia de la Resolución

La resolución es directamente proporcional al

nº de sondas y a la distancia entre las sondas.

200,000 genotype-able SNPs

550,000 non-polymorphic probes.

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Comparación cobertura
distintas plataformas

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 NatalChip ®
Tecnología Affymetrix (array CGH + SNP array)

Ventajas

• Mayor resolución para detectar desequilibrios genómicos.

• Detecta síndromes de microdeleción y microduplicación >400Kb.

• Detecta disomías uniparentales, consanguinidad, LOH y triploidías.

• Más sensible para la detección de mosaicismos.

Beneficios frente a técnicas convencionales:

Rapidez: resultados en una semana, no cultivo celular
Mayor resolución: permite la identificación de pequeñas alteraciones
Mayor capacidad de interpretación diagnóstica, identificación >250 síndromes

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 Aplicación Arrays
diagnóstico postnatal
Aumenta entre un 15 y un 20% los casos diagnosticados DI-RD vs. cariotipo.

Recomendaciones de
ACMG & ISCA,(2010)

Directrices
ACMG (2011)

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Aplicación Arrays
diagnóstico prenatal

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 Aplicación
diagnóstico prenatal
Indicaciones

Anomalías ecográficas

Resultado de cariotipo ambiguo

Sospecha de síndrome por deleción/duplicación

Historia familiar de desequilibrio cromosómico

Screening bioquímico alterado

Indicado en malformaciones fetales

NT >3 mm y/o TS elevado
Tasa detección 3-10%
Rápido y seguro
 Aplicación
diagnóstico prenatal
Indicaciones

Edad materna avanzada

Ansiedad

3000 muestras
Tasa de detección
Alto riesgo …… 5,8% (7/120)
Bajo riesgo ….. 0,5% (6/1118)
Ansiedad ………. 0,7% (11/1674)

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Aplicación
diagnóstico prenatal

Increased detection rate of chromosomal imbalances,

3.6% when conventional karyotyping was ‘normal’

5.2% when indication was a structural malformation on ultrasound.

Mayor tasa de detección

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 Aplicaciones Arrays
en Diagnóstico prenatal

we recommended the application

of a genome-wide, and not a
targeted
Ultrasound Obstet Gynecol. 2012 Apr;39(4):384-8. doi:
10.1002/uog.11092.

It is preferable to use the same

platform for both prenatal and
postnatal settings. A high-
resolution array guarantees a
minimum of false-negative results”
Human Mutat. 2012 Jun;33(6):923-9. doi: 10.1002/humu.22050.
Epub 2012 Apr 16.

Mayor resolución

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 Indicaciones Arrays
en Diagnóstico prenatal

Conclusion: Based on the increased detection of clinically

relevant abnormalities in both, structurally normal and
abnormal pregnancies, chromosomal microarray analysis
should be transitioned to become the first tier test for
invasive prenatal cytogenetic diagnosis.

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Preeclampsia
Detección precoz
Diagnóstico clásico PE
Estimación de riesgo de PE
¿Por qué marcadores
angiogenicos??

10-20% 80-90%
 Estimación de riesgo en 1er
trimestre
11-13+6 semanas

Factores maternos Alto riesgo AAS

PlGF Doppler AUt dosis baja
PAPP-A Score
PlGF Bajo riesgo

sensibilidad y una especificidad cercanas al 90%

para la PE temprana

Embarazo normal Preeclampsia

PlGF ↑ hasta ½ 3er Trim Niveles más bajos ↓↓
 Diagnostico PE en 2º y 3er trimestre

20-22 semanas
Doppler AUt Bajo riesgo
sFlt-1/PIGF +/- Dx.
sFlt-1/PlGF Seguimiento
Alto riesgo intensivo

sensibilidad y especificidad > 95% para el

diagnóstico de la PE temprana 4-5.

Diagnostico y manejo

Embarazo normal Preeclampsia

PlGF ↑ hasta ½ 3er Trim Niveles más bajos ↓↓
sFlt1 ↑ final embarazo Niveles + altos y antes↑↑

4. Sunderji S,. Am J Obstet Gynecol. 2010;202:40.e1–7. 5. Verlohren S, Am J Obstet Gynecol. 2010;202:161.e1–11.

Diagnostico PE
en 2º y 3er trimestre
Aplicaciones de los marcadores
angiogénicos en la práctica clínica

Manejo

Score

Herraiz et al,. Diagn Prenat. (2011);22(2):32–40

Muchas gracias
por su atención