ENZIMAS DEFINICIÓN Y ESTRUCTURA

Las enzimas1 2 son moléculas de naturaleza proteica que catalizan reacciones

químicas, siempre que sean termodinámicamente posibles: una enzima hace que
una reacción química que es energéticamente posible (ver Energía libre de Gibbs),
pero que transcurre a una velocidad muy baja, sea cinéticamente favorable, es
decir, transcurra a mayor velocidad que sin la presencia de la enzima. 3 4 En estas
reacciones, las enzimas actúan sobre unas moléculas denominadas sustratos, las
cuales se convierten en moléculas diferentes denominadas productos. Casi todos
los procesos en las células necesitan enzimas para que ocurran a unas tasas
significativas. A las reacciones mediadas por enzimas se las denomina reacciones
enzimáticas.

Debido a que las enzimas son extremadamente selectivas con sus sustratos y su
velocidad crece solo con algunas reacciones, el conjunto (set) de enzimas presentes
en una célula determina el tipo de metabolismo que tiene esa célula. A su vez, esta
presencia depende de la regulación de la expresión génica correspondiente a la
enzima.

Como todos los catalizadores, las enzimas funcionan disminuyendo la energía de

activación (ΔG‡) de una reacción, de forma que la presencia de la enzima acelera
sustancialmente la tasa de reacción. Las enzimas no alteran el balance energético
de las reacciones en que intervienen, ni modifican, por lo tanto, el equilibrio de la
reacción, pero consiguen acelerar el proceso incluso en escalas de millones de
veces. Una reacción que se produce bajo el control de una enzima, o de un
catalizador en general, alcanza el equilibrio mucho más deprisa que la
correspondiente reacción no catalizada.

Al igual que ocurre con otros catalizadores, las enzimas no son consumidas en las
reacciones que catalizan, ni alteran su equilibrio químico. Sin embargo, las enzimas
difieren de otros catalizadores por ser más específicas. La gran diversidad de
enzimas existentes catalizan alrededor de 4000 reacciones bioquímicas distintas. 5
No todos los catalizadores bioquímicos son proteínas, pues algunas moléculas de
ARN son capaces de catalizar reacciones (como la subunidad 16S de los ribosomas
en la que reside la actividad peptidil transferasa).6 7 También cabe nombrar unas
moléculas sintéticas denominadas enzimas artificiales capaces de catalizar
reacciones químicas como las enzimas clásicas.8

La actividad de las enzimas puede ser afectada por otras moléculas. Los inhibidores
enzimáticos son moléculas que disminuyen o impiden la actividad de las enzimas,
mientras que los activadores son moléculas que incrementan dicha actividad.
Asimismo, gran cantidad de enzimas requieren de cofactores para su actividad.
Muchas drogas o fármacos son moléculas inhibidoras. Igualmente, la actividad es
afectada por la temperatura, el pH, la concentración de la propia enzima y del
sustrato, y otros factores físico-químicos.

Muchas enzimas son usadas comercialmente, por ejemplo, en la síntesis de

antibióticos o de productos domésticos de limpieza. Además, son ampliamente
utilizadas en diversos procesos industriales, como son la fabricación de alimentos,
destinción de vaqueros o producción de biocombustibles.
Estructuras

Las enzimas son generalmente proteínas globulares que pueden presentar tamaños
muy variables, desde 62 aminoácidos como en el caso del monómero de la 4-
oxalocrotonato tautomerasa,17 hasta los 2500 presentes en la sintasa de ácidos
grasos.18
Las actividades de las enzimas vienen determinadas por su estructura
tridimensional, la cual viene a su vez determinada por la secuencia de
aminoácidos.19 Sin embargo, aunque la estructura determina la función, predecir
una nueva actividad enzimática basándose únicamente en la estructura de una
proteína es muy difícil, y un problema aún no resuelto.20

Casi todas las enzimas son mucho más grandes que los sustratos sobre los que
actúan, y solo una pequeña parte de la enzima (alrededor de 3 a 4 aminoácidos)
está directamente involucrada en la catálisis.21 La región que contiene estos
residuos encargados de catalizar la reacción es denominada centro activo. Las
enzimas también pueden contener sitios con la capacidad de unir cofactores,
necesarios a veces en el proceso de catálisis, o de unir pequeñas moléculas, como
los sustratos o productos (directos o indirectos) de la reacción catalizada. Estas
uniones de la enzima con sus propios sustratos o productos pueden incrementar o
disminuir la actividad enzimática, dando lugar así a una regulación por
retroalimentación positiva o negativa, según el caso.

Al igual que las demás proteínas, las enzimas se componen de una cadena lineal
de aminoácidos que se pliegan durante el proceso de traducción para dar lugar a
una estructura terciaria tridimensional de la enzima, susceptible de presentar
actividad. Cada secuencia de aminoácidos es única y por tanto da lugar a una
estructura única, con propiedades únicas. En ocasiones, proteínas individuales
pueden unirse a otras proteínas para formar complejos, en lo que se denomina
estructura cuaternaria de las proteínas.

La mayoría de las enzimas, al igual que el resto de las proteínas, pueden ser
desnaturalizadas si se ven sometidas a agentes desnaturalizantes como el calor,
los pHs extremos o ciertos compuestos como el SDS. Estos agentes destruyen la
estructura terciaria de las proteínas de forma reversible o irreversible, dependiendo
de la enzima y de la condición. Una consecuencia de la desnaturalización es la
pérdida o merma de la función, de la capacidad enzimática.
NOMENCLATURA
La clasificación y la nomenclatura de las enzimas fue un auténtico maremágnum
terminológico minado de sinonimias y polisemias hasta que la Unión Internacional
de Bioquímica creó, en 1956, su Enzyme Commission o Comisión Internacional de
Enzimas, precursora del vigente Nomenclature Committee o Comité de
Nomenclatura de la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular. En la
actualidad la nomenclatura de las enzimas sigue siendo complejísima, pero
disponemos al menos de unos criterios internacionales y de una nomenclatura
normalizada que facilitan la labor de las publicaciones especializadas. A los
médicos, traductores y redactores científicos en español les conviene tener siquiera
unas nociones generales de la clasificación de las enzimas y de cómo adaptar a
nuestro idioma los nombres recomendados en inglés.

La nomenclatura actual de las enzimas es sumamente compleja, pero se basa en

los siguientes principios generales:

1. La mayor parte de los nombres de enzimas adoptan en inglés la terminación en -

ase (en español, -asa).

2. Las enzimas se clasifican y se nombran generalmente según la reacción química

que catalicen.

3. Las enzimas se dividen en grupos según el tipo de reacción catalizada, que, junto
al nombre de su sustrato enzimático, se usa para formar el nombre completo de
cada enzima.

4. Cuando el sustrato suele presentarse en forma de anión, no se usa para nombrar

a la enzima el nombre terminado en -ic, sino el terminado en -ate (la forma
recomendada, pues, no es lactic-acid dehydrogenase, sino lactate dehydrogenase).
5. Cada enzima dispone de una clave formada por la sigla EC (de Enzyme
Commission) seguida de cuatro números separados por puntos. El primero de estos
números indica a cuál de las seis “clases” o divisiones principales de la clasificación
pertenece la enzima: EC 1 corresponde a las oxidoreductases u oxydoreductases
(oxidorreductasas); EC 2, a las transferases (transferasas); EC 3, a las hydrolases
(hidrolasas); EC 4, a las lyases (liasas); EC 5, a las isomerases (isomerasas), y EC
6, a las ligases (ligasas).

6. Con idéntica categoría oficial, coexisten dos nomenclaturas para las enzimas:
cada enzima dispone, en efecto, al menos de un recommended name o trivial name
(nombre recomendado o nombre común: breve y sencillo, que suele utilizarse en
todos los libros y revistas) y un systematic name (nombre sistemático: que describe
la acción de la enzima del modo más preciso posible, pero es tan complejo que no
se usa apenas en la práctica, donde suele sustituirse por el code number o clave
propia de cada enzima). Se entenderá más claramente, creo, si echamos mano de
un ejemplo real: el nombre común aldehyde reductase corresponde al nombre
sistemático alditol:NAD(P)+ 1-oxidoreductase y a la clave internacional EC 1.1.1.21.
FUNCIONAMIENTO DE LA ENZIMAS

Ya te contamos qué hacen las enzimas y es momento de saber cómo funcionan.

Las enzimas participan de las reacciones químicas de las células para generar una
acción determinada. Cada enzima está hecha para una función especifica.

Las moléculas por sobre las cuales trabaja una enzima se denominan sustratos y
cada uno está ligado a una región de la enzima, llamado sitio activo. Existen dos
formas o modelos en que puede actuar una enzima y la velocidad de la reacción
depende de ello.

Si la zona activa de la enzima tiene la forma exacta para unirse a ciertos sustrato,
la reacción es veloz. Ese sistema se denomina llave-cerradura. En caso de que la
zona activa de la enzima y el sustrato no sean compatibles, ambas se adaptarán
para funcionar. Ese tipo de reacción, lleva el nombre de encaje inducido.

Una vez que se desarrolla la unión entre enzima y sustrato ocurre una reacción
química, tras las cual se crea una nueva molécula. Esa molécula recién creada se
separa de la enzima y ésta vuelve a estar disponible para catalizar otras reacciones.
Un ejemplo de cómo funcionan las enzimas y lo que puede pasar si no tenemos
una, es la digestión de la leche de vaca. La lactasa, es una enzima que tiene como
trabajo descomponer la lactosa, el azúcar de la leche, para que el cuerpo pueda
digerirla.

Si tenemos lactasa, esta va a actuar por sobre la lactosa, creando dos nuevas
moléculas: glucosa y galactosa. En caso de tener una deficiencia de lactasa, la
reacción no se puede producir y el cuerpo no digiere bien la leche.

Eso es lo que les ocurre a los intolerantes a la lactosa, quienes sufren problemas
intestinales cada vez que consumen lácteos. La reacción entre la lactasa y lactosa
es una entre las más de 4 mil reacciones de las enzimas que se desarrollan en
nuestro cuerpo, siendo todas importantes para que el organismo funcione al 100%.
CICLO DE ÁCIDOS CARBOXÍLICOS ENZIMAS

El ciclo de Krebs, es la ruta central común para la degradación de los restos acetilo
(de 2 átomos de C) que derivan de los glúcidos, ácidos grasos y aminoácidos. Es
una ruta universal, catalizada por un sistema multienzimático que acepta los grupos
acetilo del acetil-CoA como combustible, degradándolo hasta CO2 y átomos de
Hidrógeno, que son conducidos hasta el O2 que se reduce para formar H2O (en la
cadena de transporte de electrones).
Figura: las reacciones del ciclo de Krebs.

La oxidación del piruvato a Ac-CoA es catalizada por el complejo multienzimático

de la piruvato deshidrogenasa (PDH), el proceso que es muy complicado, se resume
en:

Piruvato + NAD+ + CoA  Ac-CoA + NADH + H+ + CO2 G°´= - 8.0kcal/mo

Esta reacción irreversible en tejidos animales, no forma parte del ciclo de Krebs,
pero constituye un paso obligatorio para la incorporación de los glúcidos al ciclo.

El trabajo acoplado del ciclo del ácido cítrico y la cadena de transporte de electrones
es la mayor fuente de energía metabólica.
El metabolismo aerobio del piruvato por el ciclo del ácido cítrico y la cadena de
transporte de electrones produce mucha mas energía que la simple conversión
aerobia del piruvato a lactato o etanol . En condiciones aerobicas, el piruvato sufre
una descarboxilacion oxidativa con la formación de AcCoA. El grupo acetilo del
AcCoA es transferido al oxaloacetato para dar citrato.

En reacciones subsecuentes, dos de los átomos de Carbono del citrato se oxidan

a CO2 y el oxaloacetato es regenerado. La reacción neta de ciclo del ácido cítrico
también produce tres moléculas de NADH, una de FADH2 y una molécula del
compuesto trifosfato de guanosina (GTP) altamente energético (en algunos
organismos es directamente ATP) por cada molécula de AcCoA oxidada

AcCoA + 3NAD+ + FAD + GDP + Pi + H2O  CoASH + 3NADH + FADH2 + GTP +

2CO2 + 3H+

Las moléculas de NADH y FADH2 son oxidadas en la cadena de transporte de

electrones con la formación de ATP en la fosforilación oxidativa. El ATP puede ser
producido a partir del GTP vía una fosforilación a nivel de sustrato, que es la
transferencia de un grupo fosforilo de un compuesto rico en energía como el GTP,
al ADP.

La conversión anaeróbica de glucosa a lactato por la glucólisis ocurre con un cambio

en la energía libre estándar de – 30 kcal mol-1
D-glucosa + 2Pi + 2ADP

2lactato + 2ATP + 2H2O
La oxidación completa de la glucosa a bioxido de Carbono y agua por la glucólisis,
el ciclo del ácido cítrico y la cadena de transporte de electrones ocurre con un
cambio en la energía libre estándar de – 686 kcal mol-1, un cambio de mas de 20
veces:

C6H12O6 + 6O2  6CO2 + 6H2O G°´= - 686 kcalmol.

Alrededor del 40 % de la energía liberada por la oxidación de los alimentos es

conservada en forma de ATP. Aproximadamente tres moléculas de ATP son
producidas por cada molécula de NADH oxidada a NAD+ y aproximadamente dos
moléculas de ATP son producidas por cada molécula de FADH2 oxidada a FAD por
la cadena de transporte de electrones. Un máximo de 38 moléculas de ATP pueden
ser producidas por la oxidación completa de la glucosa
CICLO DE KREBS Y EL ATP ENZIMAS

El ciclo de Krebs ocurre en las mitocondrias de las células eucariotas y en el

citoplasma de las células procariotas.

El catabolismo glucídico y lipídico (a través de la glucolisis y la beta oxidación),

produce acetil-CoA, un grupo acetilo enlazado al coenzima A. El acetil-CoA
constituye el principal sustrato del ciclo. Su entrada consiste en una condensación
con oxalacetato, al generar citrato.

Al término del ciclo mismo, los dos átomos de carbono introducidos por el acetil-
CoA serán oxidados en dos moléculas de CO2, regenerando de nuevo oxalacetato
capaz de condensar con acetil-CoA. La producción relevante desde el punto de vista
energético, sin embargo, se produce a partir de una molécula de GTP (utilizada
inmediatamente para regenerar una molécula de ATP), de tres moléculas de NADH
y una de FADH2.
Los cofactores reducidos, NADH y FADH2, se comportan como intermediarios
óxido/reductores. Cuando están reducidos, son capaces de transportar electrones
a energía relativamente alta (por ejemplo sustraída a los sustratos oxidados en la
glucolisis o en el mismo ciclo de Krebs), hasta la cadena respiratoria mitocondrial.
Cerca de tal cadena se reoxidan a NAD+ y a FAD, y ceden los electrones a la
cadena misma, que será así capaz de regenerar moléculas de ADP y ATP.

La reacción neta es la siguiente:

Acetil-CoA + 3 NAD+ + FAD + ADP + Pi => CoA-SH + 3 NADH + H+ + FADH2 + ATP

+ 2 CO2

La energía que se saca de la ruptura completa de una molécula de glucosa pasa

los tres estadios de la respiración celular (glucolisis, ciclo de Krebs y cadena de
transporte de electrones), es idealmente de 36 moléculas de ATP. En realidad son
38 las moléculas netas de ATP que se producen, pero dos de ellas se consumen
para transportar (mediante transporte activo), desde el citoplasma a la matriz
mitocondrial, las dos moléculas de NADH + H+ producidas en la glucolisis.