Degeneracy and Wobble

All the amino acids except methionine and tryptophan are specified by more than one codon (table
10.1). three amino acids, leucine, serine, and arginine, are each specified by six different codons.
Isoleucine has three codons. The other amino acids each have either two or four codons. The
occurrence of more than one codon per amino acid is called degeneracy (though the usual
connotations of the term are hardly appropriate). The degeneracy in the genetic code not at
random: instead, it is highly ordered. Usually, the multiple codons specifying an amino acid differ by
only one base, the third or 3' base of the codon. The degeneracy is primarily of two types (1) partial
degeneracy occurs when the third base may be either one of the two pyrimidines (U and C) or,
alternatively, either one of the two purines (A and G). with partial degeneracy, changing the third
base from a purine to a pyrimidine, or vice versa, will change the amino acid specified by the codon.
(2) in the case of complete degeneracy, any of the four bases may be present at the third position in
the codon, and the codon will still specify the same amino acid. For example, valine is specified by
GUU, GUC, GUA, and GUG (table 10.1)

It has been speculated that the order in the genetic code has evolved as a way of minimizing
mutational lethality. Many base substitutions at the third position of codons do not change the
amino acid specified by the codon. Moreover, amino acids with similar chemical properties (such as
leucine, isoleucine, and valine) have codons that differ from each other by only one base. Thus,
many singlebase pair substituations will result in the substituation of one amino acid for another
amino acid with very similar chemical properties (e.g valine for isoleucine). In most case, such
substituation will not result in inactive gene-products: again, this minimizes the effects of mutations.

Because of the degeneracy of genetic code, there must either be several different tRNAs that
recognize the different codons specifying a given amino acid or the anticodon of a given tRNA must
be able to base pair with several different codons. Actually, both of these occur. Several tRNAs
recognize more than one codon. The hydrogen bonding between the bases in the anticodon of tRNA
and the codon of mRNA appears to follow strict base-pairing rules (Le, be 'tight') only for the two
basesof the codon. The base-pairing involving the third base of the codon is apparently less
stringent, allowing what Crick has called wobble at this site.

On the basis of molecular distances and sterie (three dimensional atructure) considerations, Crick
proposed that wobble would allow several types, but not all types, of base-pairing at the third codon
base in the codon-anticodon interaction. His proposal has since been strongly supported by
experimental data. Table 10.2 shows the base-pairing predicated by the wobble hypothesis. It
necessitates that there be at least two tRNAs for each amino acid whose codons exhibit complete
degeneracy at the third position. This has indeed been found to be true. The wobble hypothesis
predicted the occurance of three tRNAs for the six serine codons. Three serine tRNAs have been
characterized: (1) tRNAser1 (anticodon AGG) binds to codons UCU and UCC, (2) tRNAser2 (anticodon
AGU) binds to codons UCA and UCG, and (3) tRNAser3 (anticodon UCG) binds to codons AGU and
AGC. These specificities were verified by the trinucleotide stimulated binding of purified aminoacyl-
tRNAs to ribosomes in vitro.

Finally, several tRNAs contain the base inosine (produced by posttranscriptional enzymatic
modification). Crick's wobble hypothesis predicated that inosine could pair (at the wobble position)
with adenine, uracil, or cytosine (in the codon). In fact, purified alanyl-tRNA containing inosine (I) at
the 5' position of the anticodon (Fig. 10.15) binds to ribosomes activated with GCU, GCC, or GCA
trinucleotides. The same result has been obtained with other purified tRNAs with inosine at the 5'
position of the anticodon. The wobble hypothesis thus fits several observations, whether it is
entirely accurate remains unknown.

Semua asam amino kecuali metionin dan triptofan ditentukan oleh lebih dari satu kodon (tabel
10.1). tiga asam amino, leusin, serin, dan arginin, masing-masing ditentukan oleh enam kodon
berbeda. Isoleusin memiliki tiga kodon. Asam amino lainnya masing-masing memiliki dua atau empat
kodon. Terjadinya lebih dari satu kodon per asam amino disebut degenerasi (meski konotasi biasa
dari istilah ini hampir tidak sesuai). Degenerasi dalam kode genetik tidak secara acak: sebaliknya, ini
sangat diperintahkan. Biasanya, beberapa kodon yang menentukan asam amino berbeda hanya
dengan satu basis, dasar ketiga atau 3 dari kodon. Degenerasi terutama terdiri dari dua jenis (1)
degenerasi parsial terjadi bila basis ketiga dapat berupa salah satu dari dua pirimidin (U dan C) atau,
sebagai alternatif, salah satu dari dua purin (A dan G). dengan degenerasi parsial, mengubah dasar
ketiga dari purin menjadi pirimidin, atau sebaliknya, akan mengubah asam amino yang ditentukan
oleh kodon. (2) dalam kasus degenerasi lengkap, salah satu dari empat basa dapat hadir pada posisi
ketiga dalam kodon, dan kodon tersebut masih akan menentukan asam amino yang sama. Sebagai
contoh, valin ditentukan oleh GUU, GUC, GUA, dan GUG (tabel 10.1)

Telah dipikirkan bahwa urutan kode genetik telah berkembang sebagai cara untuk meminimalkan
mutasi mematikan. Banyak substitusi dasar pada posisi ketiga kodon tidak mengubah asam amino
yang ditentukan oleh kodon. Selain itu, asam amino dengan sifat kimiawi serupa (seperti leusin,
isoleusin, dan valin) memiliki kodon yang berbeda satu sama lain hanya dengan satu basis. Jadi,
banyak substituasi pasangan singlebase akan menghasilkan substituasi satu asam amino untuk asam
amino lain dengan sifat kimia yang sangat mirip (misalnya valin untuk isoleusin). Dalam kebanyakan
kasus, substituasi semacam itu tidak akan menghasilkan produk gen yang tidak aktif: sekali lagi, ini
meminimalkan efek mutasi.

Karena degenerasi kode genetik, pasti ada beberapa tRNA berbeda yang mengenali kodon berbeda
yang menentukan asam amino tertentu atau antikodon tRNA tertentu harus dapat memasangkan
pasangan dengan beberapa kodon berbeda. Sebenarnya, keduanya terjadi. Beberapa tRNA
mengenali lebih dari satu kodon. Ikatan hidrogen antara basa dalam antikodon tRNA dan kodon
mRNA nampaknya mengikuti peraturan pasangan pepatah yang ketat (Le, menjadi 'ketat') hanya
untuk dua basis kodon. Pasangan dasar yang melibatkan dasar ketiga kodon tampaknya kurang
ketat, sehingga apa yang disebut Crick goyah di situs ini.

Berdasarkan pertimbangan jarak molekuler dan pertimbangan strater (tiga dimensi atruktur), Crick
mengusulkan bahwa goyangan akan memungkinkan beberapa jenis, namun tidak semua jenis, dari
pasangan dasar pada basis kodon ketiga dalam interaksi kodon-anticodon. Usulannya sejak saat itu
sangat didukung oleh data eksperimen. Tabel 10.2 menunjukkan base-pairing yang didasarkan pada
hipotesis goyangan. Ini mengharuskan setidaknya ada dua tRNA untuk setiap asam amino yang
kodonnya menunjukkan degenerasi lengkap pada posisi ketiga. Ini memang terbukti benar. Hipotesis
goyangan meramalkan terjadinya tiga tRNA untuk enam kodon serin. Tiga serine tRNA telah
dicirikan: (1) tRNAser1 (anticodon AGG) yang mengikat kodon UCU dan UCC, (2) tRNAser2
(anticodon AGU) mengikat kodon UCA dan UCG, dan (3) tRNAser3 (antikodon UCG) mengikat kodon
AGU dan AGC. Spesifisitas ini diverifikasi oleh trinukleotida yang merangsang pengikatan aminoasil-
aminoase yang dimurnikan ke ribosom secara in vitro.

Akhirnya, beberapa tRNA mengandung inosin dasar (diproduksi dengan modifikasi enzimatis
posttranskripsi). Hipotesis goyangan Crick menunjukkan bahwa inosin dapat berpasangan (pada
posisi goyah) dengan adenin, urasil, atau sitosin (dalam kodon). Sebenarnya, alanyl-tRNA yang
dimurnikan yang mengandung inosin (I) pada posisi 5 'antikanker (Gambar 10.15) mengikat ribosom
yang diaktifkan dengan trinucleotida GCU, GCC, atau GCA. Hasil yang sama telah diperoleh dengan
tRNA dimurnikan lainnya dengan inosin pada posisi 5 'dari antikodon. Hipotesis goyangan sehingga
sesuai dengan beberapa pengamatan, apakah itu sepenuhnya akurat tetap tidak diketahui.