OPTIMASI PRODUKSI ENZIM GELATINASE DARI ISOLAT PANTAI

PANGGUNGREJO PASURUAN DENGAN MENGGUNAKAN

MUTASI ETBR (Ethidium Bramide)

USULAN SKRIPSI

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN

JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERIKANAN

Oleh:

VIENCHA CICILIA SITANGGANG

NIM. 135080300111108

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2017
OPTIMASI PRODUKSI ENZIM GELATINASE DARI ISOLAT PANTAI

PANGGUNGREJO PASURUAN DENGAN MENGGUNAKAN MUTASI ETBR

(Ethidium Bramide)

USULAN SKRIPSI

PROGRAM STUDI TEKNOLOGI HASIL PERIKANAN

JURUSAN MANAJEMEN SUMBERDAYA PERIKANAN

Sebagai Salah Satu Syarat Memperoleh Gelar Sarjana Perikanan

Pada Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan

Universitas Brawijaya

Oleh:

VIENCHA CICILIA SITANGGANG

NIM. 135080300111108
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2017

USULANSKRIPSI

OPTIMASI PRODUKSI ENZIM GELATINASE DARI ISOLAT PANTAI

PANGGUNGREJO PASURUAN DENGAN MENGGUNAKAN MUTASI ETBR

(Ethidium Bramide)

Oleh:

VIENCHA CICILIA SITANGGANG

NIM. 135080300111108

Mengetahui Menyetujui,
Ketua Jurusan MSP Dosen Pembimbing I

Dr.Ir. Arning Wilujeng Ekawati, MS Dr.Ir. Happy Nursyam, MS

NIP. 19620005 198603 2 001 NIP. 19600322 198601 1 001

Tanggal : Tanggal :

Dosen Pembimbing II

ASEP AWALUDIN

NIP. 19570119 198601 1 001

Tanggal :

KATA PENGANTAR

Segala puji dan syukur pada Allah SWT yang telah melimpahkan segala

rahmat, rezeki serta karunia-Nya, sehingga penulis dapat menyelesaikan usulan

proposal skripsi dengan judul “OPTIMASI PRODUKSI ENZIM GELATINASE

DARI ISOLAT PANTAI PANGGUNGREJO PASURUAN DENGAN

MENGGUNAKAN MUTASI RTBR (Ethidium Bromide)”.

Dalam penyusunannya, penulis banyak mengambil literatur-literatur yang

bersumber dari text book, artikel, jurnal, maupun prosiding seminar untuk

dijadikan tinjauan pustaka yang dapat mendukung pembuatan proposal tersebut.

Penulis menyadari dalam usulan skripsi ini tentunya masih terdapat

kekurangan, maka diharapkan kritik dan saran sehingga dapat menjadi

pembelajaran bagi penulis. Semoga usulan skripsi ini dapat bermanfaat bagi

penulis khususnya, dan bagi pembaca pada umumnya, terutama para

Mahasiswa Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya.

Malang, 31 Mei 2017

Penyusun

DAFTAR ISI

Halaman

USULAN SKRIPSI ................................................ Error! Bookmark not defined.

PERNYATAAN ORISINALITAS ............................ Error! Bookmark not defined.

KATA PENGANTAR ............................................. Error! Bookmark not defined.

DAFTAR ISI ......................................................................................................... 5

DAFTAR GAMBAR ............................................... Error! Bookmark not defined.

DAFTAR LAMPIRAN........................................................................................... viii

1. PENDAHULUAN ....................................... Error! Bookmark not defined.

1.1 Latar Belakang ............................... Error! Bookmark not defined.

1.2 Rumusan Masalah ......................... Error! Bookmark not defined.

1.3 Tujuan Penelitian ........................... Error! Bookmark not defined.

1.4 Manfaat Penelitian ......................... Error! Bookmark not defined.

1.5 Tempat dan Waktu Penelitian ........ Error! Bookmark not defined.

2. TINJAUAN PUSTAKA ............................... Error! Bookmark not defined.

2.1 Enzim gelatinase............................ Error! Bookmark not defined.

2.2 Bakteri ........................................... Error! Bookmark not defined.

2.2.1 Bakteri Gelatinolitik ............. Error! Bookmark not defined.

2.2.2 Bakteri Basilus megatirium . Error! Bookmark not defined.

2.3 Enzim ............................................. Error! Bookmark not defined.

2.3.1 Pengertian Enzim .............. Error! Bookmark not defined.

2.3.2 tata nama Enzim ................. Error! Bookmark not defined.

2.3.3 Mekanisme enzim

2.3.4 klasifikasi Enzim ................. Error! Bookmark not defined.

2.4 Isolasi dan Identifikasi Bakteri ........ Error! Bookmark not defined.

2.5 Mangrove Sonneratia alba

2.6 Biologi Molekuler............................ Error! Bookmark not defined.

2.5.1 Gen 16s rRNA .................... Error! Bookmark not defined.

2.5.2 Analisis Filogenetik ............. Error! Bookmark not defined.

2.6 Teknik Bologi Molekuler ................. Error! Bookmark not defined.

2.6.1 Isolasi DNA ......................... Error! Bookmark not defined.

2.6.2 Elekroforesis Gel Agarosa .. Error! Bookmark not defined.

 2.6.3 Polymerase Chain Reaction (PCR)Error! Bookmark not

defined.

2.6.4 DNA Squencing .................. Error! Bookmark not defined.

3. METODE PENELITIAN ............................. Error! Bookmark not defined.

3.1 Tempat dan Waktu ......................... Error! Bookmark not defined.

3.2 Materi Penelitian ............................ Error! Bookmark not defined.

3.2.1 Bahan Penelitian ................ Error! Bookmark not defined.

3.2.2 Alat Penelitian..................... Error! Bookmark not defined.

3.3 Metode Penelitian .......................... Error! Bookmark not defined.

3.4 Penelitian Pendahuluan ................. Error! Bookmark not defined.

3.4.1 Pengambilan Sampel SedimenError! Bookmark not

defined.

3.4.2 Tahap Persiapan Media (Modifikasi dari Pelczar dan

Chan, 2010) .....................................................................Error! Bookmark no

3.4.3 Tahap Persiapan Sampel dan Pengenceran (Modifikasi

dari Pelczar dan Chan, 2010)...........................................Error! Bookmark no

3.4.4 Tahap Kultur Bakteri (Modifikasi dari Pelczar dan Chan,

2010).................................................................................Error! Bookmark no

3.4.5 Tahap Isolasi Bakteri (Modifikasi dari Pelczar dan Chan,

2010).................................................................................Error! Bookmark no

3.4.6 Tahap Pembuatan Stok Kultur MurniError! Bookmark not

defined.

3.4.7 Uji Gelatinase ..................... Error! Bookmark not defined.

3.5 Penelitian Utama............................ Error! Bookmark not defined.

3.5.1 Analisa Spesies Bakteri Menggunakan Sequencing 16S

rRNA.................................................................................Error! Bookmark no
 3.5.2 Analisa Hasil Squencing ..... Error! Bookmark not defined.

DAFTAR PUSTAKA.............................................. Error! Bookmark not defined.

LAMPIRAN........................................................................................................... 33
 DAFTAR GAMBAR

Gambar 1. Basillus megaterium

Gambar 2. Hidrolisis gelatin oleh gelatinase

Gambar 3 peta lokasi pengambilan sampel

DAFTAR LAMPIRAN
 1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Bakteri adalah sel prokariot yang khas, bersifat uniseluler dan tidak

mengandung struktur yang terbatasi membran di dalam sitoplasma. Sel

bakteri ada yang terbentuk bola, batang atau spiral. Umumnya bakteri

memiliki diameter anatar 0,5-2,5 pm (picometer). Bakteri adalah yang

paling berkelimpahan dari semua organisme. Bakteri tersebar (berada

dimana-mana) di tanah, air, dan sebagai simbiosis dari organisme lain.

Banyak patogen merupakan bakteri. Kebanyakan bakteri berukuran kecil,

biasanya hanya berukuran 0,5-5 pm, meski ada jenis yang dapat

mencapai diameter 0,3 µm contohnya adalah genus Thiomargarita.

Umumnya bakteri memiliki dinding sel, seperti sel hewan dan jamur, tetapi

dengan komposisi yang sangat berbeda. Banyak bakteri yang bergerak

menggunakan flagela, yang berbeda dalam strukturnya dari flagela

kelompok lain (Pelczar dan Chan, 1986)

Bakteri sebagai salah satu mikroorganisme yang berperan sebagai

penghasil enzim yang paling banyak digunakan dibanding tanaman dan

hewan. Sebagai sumber enzim, bakteri dianggap lebih menguntungkan

karena pertumbuhannya cepat, dapat tumbuh pada substrat yang relatif

murah, kondisi pertumbuhan dan rekayasa genetik dapat diatur serta

mampu menghasilkan enzim yang ekstim seperti pada suhu tinggi sangat

menguntungkan dibidang industri dan penelitian ilmiah (Lestari, 2000).

Enzim itu sendiri merupakan katalisator yang terjadi dalam reaksi

biokimia, dan setiap enzim mempunyai kemampuan yang lebih spesifik

untuk merubah molekul tertentu. Enzim merupakan larutan koloid yang

dihasilkan oleh mikroorganisme (Rismijana et al., 2003). Gelatinase

merupakan salah satu jenis protease, sebuah ekstraseluler metallo-

endopeptidase atau metalloproteinase yang mampu memecah gelatin dan

senyawa lain seperti pheromone, kolagen, kasein dn fibrinogen.

Gelatinase dan collagenase merupakan enzim yang pada umumnya

digunakan tidak hanya di industri kimia dan medis tetapi juga makanan

dan dasar ilmu biologi.

Pengenalan gelatin kepada masyarakat adalah sangat penting,

karena gelatin dewasa ini luas dan banyak sekali penggunaannya, bukan

saja terbatas pada produk pangan tetapi juga pada produk non pangan

seperti kapsul obat-obatan, kosmetika, film, dan kedokteran. Di Indonesia,

gelatin masih merupakan barang impor, dimana negara pengimpor utama

adalah Eropa dan Amerika. Menurut data BPS 1997, secara umum terjadi

pemanfaatan dalam industri pangan dan farmasi. Dalam industri farmasi,

gelatin digunakan sebagai bahan pembuat kapsul. Dalam industri pangan,

gelatin pun sekarang marak digunakan.

Gelatin merupakan suatu polipeptida larut hasil hidrolisis persial

kolagen yang merupakan konstituen utama dari kulit, tulang, dan jaringan

ikat hewan. Gelatin memiliki sifat yang khas, yaitu berubah secara
reversible dari bentuk sol kebentuk gel, mengembang dalam air dingin,

dapat membentuk flim serta mempengaruhi viskositas suatu bahan. Sifat

gelatin yang larut dalam air membuat gelatin dimamfaatkan dalam banyak

industry pangan maupun non pangan untuk berbagai keperluan (Wahyuni,

2003).

Pada manusia gelatinasi merupakan metalloproteinase matriks

(mmp 2 dan 9) terlibat dalam rincian matriks ekstraseluler dari proses

fisioogis normal, seperti perkembangan embrio, reproduksi jeringan dan

renovasi, serta dalam proses penyakit, seperti arthritis dan metastasis.

Saat ini enzim gelatinase sudah banyak menjadi perhatian besar sebagai

target pengembangan obat karena berpotensi dalam mendegradasikan

jaringan ikat yang berhubungan dengan tumor metastasis. Potensi dengan

menggunakan gelatinasi yang tinggi permintaan berpeluang untuk

mendapatkan starin bakteri baru yang menghasilkan enzim dengan sifat

baru (Balan Shanmugasundaram S et al., 2012)

Lokasi pantai bajul mati yang terletak di desa Gajahrejo kecamatan

Gedangan, kabupaten Malang merupakan kawasan yang banyak terdapat

jenis mangrove yang dimana penduduk sekitar kurang

memamfaatkannya. Berdasarkan informasi tersebut memungkinkan jenis

mangrove yang ada dikawasan pantai bajul mati mampu menghasilkan

enzim gelatinasi yang dimana gelatinase dapat merubah gelatin menjadi

hidrolisat gelatin.
1.2 Rumusan Masalah

Rumusan masalah dalam penelitian skripsi ini adalah apakah pada mangrove

Pidada putih (Sonneratia alba) ada ditemukannya bakteri penghasil enzim

gelatinase dan spesies bakteri apa yang dapat menghasilkan enzim gelatinase

dengan baik dari tanaman endofit (Sonneratia alba) yang berasal dari Lokasi

pantai bajul mati yang terletak di desa Gajahrejo kecamatan Gedangan,

kabupaten malang.

1.3 Tujuan Penelitian

Tujuan dari penelitian ini adalah apakah pada mangrove Pidada putih

(Sonneratia alba) ada ditemukannya bakteri penghasil enzim gelatinase dan

spesies bakteri apa yang dapat menghasilkan enzim gelatinase dengan baik dari

tanaman endofit (Sonneratia alba) yang berasal dari Lokasi pantai bajul mati

yang terletak di desa Gajahrejo kecamatan Gedangan, kabupaten Malang

berdasarkan Uji pewarnaan gram, Uji Morfologi dan Uji Microbact system

1.4 Manfaat Penelitian

Mamfaat dari penelitian ini adalah memperoleh apakah pada mangrove

Pidada putih (Sonneratia alba) ada ditemukannya bakteri penghasil enzim

gelatinase dan spesies bakteri apa yang dapat menghasilkan enzim gelatinase

dengan baik dari tanaman endofit (Sonneratia alba) yang berasal dari Lokasi

pantai bajul mati yang terletak di desa Gajahrejo kecamatan Gedangan,

kabupaten malang. Sehingga dapat digunakan sebagai alternatif yang

berguna dibidang farmasi dan pangan yang menghasilkan nilai ekonomi

yang lebih tinggi.

1.5 Tempat dan Waktu Penelitian

 Sampel mangrove diambil dari Lokasi pantai bajul mati yang terletak

di desa Gajahrejo kecamatan Gedangan, kabupaten Malang. Penelitian

laboratorium dilaksanakan di di Laboraturium keamanan Hasil Perikanan,

Laboraturium Perekayasaan Hasil Perikanan dan laboratorium sentral ilmu

hayati, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Brawijaya, Malang.

Penelitian ini dilaksanakan pada Bulan Februari-September 2017.

2.TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Enzim Gelatinase

Gelatinase jenis dari protease masuk dalam kelompok endopeptidase

metalloekstraseluler atau metaloproteinase yang mampu menghidrolisis gelatin,

kolagen, fibrinogen, kasein dan feromon. Gelatinase sendiri merupakan

metaloprotease yang penting, juga banyak digunakan tidak hanya dindustri kimia

dan medis tetapi juga pada makanan dan ilmu dasar biologis. Enzim gelatinase

yang dihasilkan oleh mikroorganisme dapat menghidrolisis gelatin menjadi sub

komponennya (peptida, asam amino, dan polipeptida) yang dapat melintasi

membran sel yang digunakan oleh organisme (Balan et al., 2012).

Pada manusia gelatinasi merupakan metalloproteinase matriks

(mmp 2 dan 9) terlibat dalam rincian matriks ekstraseluler dari proses

fisioogis normal, seperti perkembangan embrio, reproduksi jeringan dan

renovasi, serta dalam proses penyakit, seperti arthritis dan metastasis.

Saat ini enzim gelatinase sudah banyak menjadi perhatian besar sebagai

target pengembangan obat karena berpotensi dalam mendegradasikan

jaringan ikat yang berhubungan dengan tumor metastasis. Potensi dengan

menggunakan gelatinasi yang tinggi permintaan berpeluang untuk

mendapatkan starin bakteri baru yang menghasilkan enzim dengan sifat

baru (Balan Shanmugasundaram S et al., 2012).

2.2 Bakteri

Bakteri merupakan mikrobia prokariotik uniseluler, termasuk kelas

Schizomycetes, berkembang biak secara aseksual dengan pembelahan

sel. Bakteri tidak berklorofil kecuali beberapa yang bersifat fotosintetik.

Cara hidup bakteri juga ada yang hidup bebas, parasitik, saprofitik,

patogen pada manusia, hewan dan tumbuhan. Habitatnya tersebar luas di

alam, dalam tanah, dan memiliki atmosfer sampai ± 10 km diatas bumi, di

dalam lumpur dan di laut. Bakteri mempunyai bentuk dasar bulat, batang,
dan lengkung. Berdasarkan klasifikasi artifisial yang dimuat dalam buku

“Bergey’s manual of determinative bacteriology” tahun 1974, bakteri di

klasifikasikan berdasarkan deskripsi sifat morfologi dan fisiologi.

2.2.1 Bakteri Gelatinolitik

Bakteri gelatinolitik merupakan bakteri yang dapat memamfaatkan gelatin

sebagai sumber nutrien. Bakteri ini juga dapat memproduksi enzim gelatinase

sehingga dapat mendegradasi gelatin (Susatyo, 2006). Menurut Lubis et al.,

(2015), bakteri penghasil gelatinase dapat menghidrolisis gelatin menjadi

senyawa yang lebih sederhana seperti asam amino. Bebrapa diantaranya genus

bakteri yang diketahui dapat menghasilkan enzim gelatinase yaitu Seratia,

Proteus, Bacillus, Corynebacterium, salmonell, Pseudomonas, Vibrio dan

Micrococcus (Smith dan Goodner, 1958).

2.2.2 Bakteri Basillus Megaterium

Kingdom : Bacteria

Phylum : Firmicutes

Class : Bacilli

Order : Bacillales

Family : Bacillaceae

Genus : Bacillus

Species : B. Megaterium

2.3 Enzim

2.3.1 Definisi Enzim

 enzim adalah golongan protein yang paling banyak terdapat dalam sel

hidup dan mempunyai fungsi penting sebagai katalisator reaksi biokimia yang

secara kolektif membentuk metabolisme perantara dari sel. Dengan adanya

enzim, molekul awal yang disebut substrat akan dipercepat perubahannya

menjadi molekul lain yang disebut produk. Enzim tersusun atas asam – asam

amino yang melipat – lipat membentuk globular, dimana substrat yang dikatalis

bisa masuk dan bersifat komplementer (Martoharsono, 2006).

Suatu enzim dapat mempercepat reaksi 10 pangkat 8 sampai 10 pangkat

11 kali lebih cepat dibandingkan dengan reaksi yang dilakukan tanpa katalis.

Enzim bersifat efisien dan spesifik dalam kerja katalitiknya, sehingga enzim

mempunyai sifat yang sangat khas karena hanya bekerja pada substrat tertentu

dan bentuk reaksi tertentu. Kespesifikannya disebabkan oleh bentuknya yang

unik dan adanya gugus – gugus polar (atau nonpolar) yang terdapat dalam

struktur enzim (Fessenden, 1994).

2.3.2 Tata Nama dan Kekhasan Enzim

Secara umum nama tiap enzim disesuaikan dengan nama substratnya

dengan penambahan ‘ase’ di belakangnya. Suatu enzim bekerja secara khas

terhadap suatu subtract tertentu. Substrat adalah senyawa yang reaksinya

dikatalisis oleh enzim. Satu enzim hanya dapat mengkatalisis reaksi dari

beberapa substrat yang berbeda. Dapat dikatakan bahwa hanya beberapa

senyawa yang mampu bertindak sebagai substrat bagi suatu enzim (Shabib,

1992).

2.3.3 Mekanisme Kerja Enzim

Hubungan atau kontak antara enzim dengan substrat menyebabkan

terjadinya kompleks enzim-substrat. Kompleks ini merupakan kompleks yang

aktif bersifat sementara dan akan terurai lagi apabila reaksi yang digunakan telah

terjadi. Mekanisme pembentukan dan peruraian kompleks dapat digambarkan

sebagai berikut:

Dimana E = enzim ES = komplek enzim

S = substrat P = produk

Suatu enzim mempunyai kekhasan yaitu hanya bekerja pada satu reaksi

saja. Untuk dapat bekerja terhadap suatu zat atau substrat harus ada hubungan

atau kontak antara enzim dengan substrat. Enzim memiliki ukuran yang lebih

besar daripada substrat. Pada enzim terdapat bagian aktif (active site) yang

berfungsi sebagai tempat atau cara enzim mengadakan hubungan atau kontak

dengan substrat. Hubungan hanya mungkin terjadi apabila bagian aktif

mempunyai ruang yang tepat yang dapat menampung substrat. Apabila substrat

mempunyai bentuk atau konformasi lain, maka tidak dapat ditampung pada

bagian aktif suatu enzim (Poedjiaji, 1994).

2.2.4 Klasifikasi Enzim

Klasifikasi enzim berdasarkan tipe reaksi katalis diibedakan

sebagai berikut, yaitu :