Bioinformática Molecular

Metodología implementada para la predicción funcional de

una proteína
CBI24934.3 unnamed protein product

Realizado por:
Echazarreta Alemán E. Alitzel
Mejía Villa Alejandro
Montero Juárez Paola Fernanda
Villeda Torres Ana Laura
Villeda Torres Elisa L.

26 de Marzo del 2018

1
Introducción

● Genoma haploide
● 41.4% del genoma se compone de
elementos repetitivos/ transponibles
● Genotipo PN40024

● Proteína CBI24934.3 con 421

aminoácidos

Figura 1. Vitis vinifera

2
Hipótesis
Vitis vinifera contiene una proteína con dos dominios de metiltransferasa, por
lo que su función y estructura deberían parecerse a la familia de las
metiltransferasas.

3
Metodología (Función)
MEGA

Blastp
CDD
Árbol
filogenético

Análisis de Obtención de
Alineamiento Dominios
la templados con
múltiple conservados
secuencia alta identidad
de aa Análisis de
ruta
metabólica
Clustal
Omega
KEGG

4
Metodología (Estructura). MOE

UCSF
Phyre2 Predicción Chimera

Predicción Alineamiento
Secuencia Construcción Comparación
de estructura local de
de aa del modelo del modelo
secundaria estructuras

Ramachandan BLAST Homología

Swiss
Model 5
Resultados (función)

Figura 2. Scores del BLASTp.

6
Dominios en NCBI

S-adenosilmetioina
dependiente de
metiltransferasa

Sterol-MT-C

Figura 3. Dominios de la Vitis vinifera documentados en NCBI

7
Aminoácidos 173 a 266 que pertenecen a la región "Methyltransf_11“ en la proteína CBI24934.3

173..266
/region_name="Methyltra
nsf_11“
/note="Methyltransferase
domain; pfam08241“
/db_xref="CDD:285453"

Sitio (aminoácidos) de unión a “S-adenosylmethionine” en la proteína CBI24934.3

order(175..181,198..199,225..2
27,243) /site_type="other“
/note="S-adenosylmethioni
ne binding site [chemical
binding]“
/db_xref="CDD:100107"

8
8
 :D

Figura 4. A) Alineamiento entre la proteína problema y la S-adenosilmetionina dependiente de metiltransferasa.

B) Dominio conservado de Candida, Saccharomyces, Arabidopsis, and Triticum s- metiltransferasas (Jensey K., et
al. 1998) 9
Figura 5. Alineamiento hecho en CLUSTAL
OMEGA

S-adenosilmetioina dependiente de
metiltransferasa

Proteína problema

10
 Región "Sterol_MT_C“ en la proteína CBI24934.3

345..409 /region_name="Sterol_MT_C“ /note="Sterol methyltransferase C-terminal; pfam08498“

/db_xref="CDD:285671“
 :D

Figura 6. A) alineamiento entre la proteína problema y la Sterol-MT-C B) Alineamiento y sitio catalítico

entre familias diferentes de Nicotiana tabacum y Oriza sativa (Bouvier-Navé P, et al. 1998) 12
 :D
Figura 7. Alineamiento hecho en CLUSTAL
OMEGA.

S-adenosilmetioina dependiente de
metiltransferasa

Proteína problema

Sterol-MT-C

13
Figura 8. Árbol filogenético realizado con MEGA

14
Implementación de KEGG para determinar la ubicación de la proteína

Figura 9. Ruta
metabólica

15
Ruta metabólica

Figura 10. Ruta de la

metiltransferasa

16
Resultados (estructura)

Figura 11. Implementación de Phyre2 para

predecir estructura secundaria

17
Gráfico de Ramachandran

Figura 12. Gráfico de

Ramachandran

18
Estructura con mayor identidad de Chimera

Rojo = hélices α
Azul = placas β
Amarillo = giro β o giro de
horquilla

Figura 13. 3BUS_A; Chain A, Estructura de

Rebm

19
 B
A

Figura 14. Modelo por homología mediante Swiss Model, visto desde A) Swiss Model y B) Chimera

20
Figura 15. Modelado propuesto por MOE.

Rojo = hélices α
Azul = placas β
Amarillo = giro β o giro de
horquilla

21
Identificación de los sitios activos del modelado MOE
Figura 16. Sitio de unión a
S-adenosilmetionina
Sitio de unión a “S-adenosylmethionine”
Sterol_MT_C

Aminoácidos 173 a 266 que pertenecen a la región "Methyltransf_11 22

 Modelo propuesto por MOE

Modelo propuesto por Chimera

Modelo propuesto por SWISS

MODEL

Figura 17. Comparación entre modelos propuestos por MOE, CHIMERA y SWISS MODEL.

23
 Discusión de resultados: función
metiltransferasa = S-adenosilmetionina = metilación de
enzima que transfiere cofactor que va a donar histonas
grupos metilo un grupo metilo

S-metiltransferasa Enzima que da como resultado

C-terminal la formación de esteroides

Árbol filogenético Calotropis procera (Fig 18) más

cercana.

La C. procera es una planta con frutos

- Venenos cardíacos esteroideos (Kwon C., et al. 2018)
- No se ha reportado que la V. vinifera sea tóxica
Figura 18. Calotropis procera 24
Discusión de resultados: estructura
Sobreponerlas

- Una parte parecida.

- 2 dominios de V. vinifera
- La diferencia
- Aún no se conoce la estructura
completa.

Figura 19. Comparación entre modelos propuestos

por MOE, CHIMERA y SWISS MODEL.

25
Conclusiones
La proteína CBI24934.3 es una enzima perteneciente a la familia de SAM que probablemente
actúa como tal en ciertos procesos como biosíntesis de esteroles. Éstos últimos son importantes
para muchos organismos, ya que se ha conservado en muchos de ellos.

Para determinar la función de una proteína no basta con conocer la secuencia de nucleótidos, es
necesario analizar la propiedades fisicoquímicas de los mismos así como el nivel de
conformación que puede adoptar.

La bioinformática pretende que a través del análisis y la integración de información obtenida de

proteínas o de genes, sea posible entender y explicar diferentes procesos biológicos y evolutivos.
Para ello es necesario hacer uso de herramientas computacionales y bases de datos, por ejemplo
las utilizadas en este ejercicio.

26
Propuesta de prueba experimental

Figura 19. Reacción de la metiltransferasa.

Tomada de MANUAL TÉCNICO MTase-Glo ™
27
Referencias
● Jensey K., Kennedy M., Less N., Barbuch R., Koegel C., Bard M. (1998). Sequencing, Disruption, and Characterization of the
Candida albicans Sterol Methyltransferase (ERG6) Gene: Drug Susceptibility Studies in erg6 Mutants. En Antimicrob Agents
Chemother(22-30). PMID:9593144 PMCID:PMC105764
● Bouvier-Navé P, Husselstein T, Benveniste P. Two families of sterol methyltransferases are involved in the first and the second
methylation steps of plant sterol biosynthesis. Eur J Biochem. 1998 Aug;256(1) 88-96.
doi:10.1046/j.1432-1327.1998.2560088.x. PMID: 9746350.
● Kwon C., Yang H., Yeo S., Park K., Jeong A., Lee K., Ye S., Chang P. (2018). Molecular cloning and anti-invasive activity of
cathepsin L propeptide-like protein from Calotropis procera R. Br. against cancer cells. En J Enzyme Inhib Med
Chem(657-664). PMID: 29560748
● Jaillon, O. et al (2007). The grapevine genome sequence suggests ancestral hexaploidization in major angiosperm phyla.
Nature Letters, 449(-), 463-468.

28
ANEXO

29
Secuencias alineadas del BLASTp

30
31
Dominios conservados de la proteína detectados por BLASTp

32
● https://www.promega.com/-/media/f
iles/resources/protocols/technical-
manuals/101/mtase-glo-methyltran
sferase-assay-protocol.pdf?la=en

33
Predicción de estructura secundaria por APSSP (Advanced Protein
Secondary Structure Prediction Server)

Hojas β = entre 10 y 12
α Hélices= entre 17 y 20
Giros inversos o β = entre 35 y 49

34
35