En noviembre de 2000, Fujimori renunció debido a acusaciones de autoritarismo, corrupción y

violaciones de derechos humanos.11 Después de un gobierno de transición dirigido

por Valentín Paniagua, Alejandro Toledo fue elegido presidente para el periodo 2001–2006 en
un contexto que incluyó la creación de gobiernos regionales.12 La nueva administración
dispuso el marco legal para las nuevas divisiones administrativas en la Ley de Bases de la
Descentralización, promulgada el 17 de julio de 2002, y la Ley Orgánica de Gobiernos
Regionales promulgada el 19 de noviembre de 2002.
Los nuevos Gobiernos Regionales fueron elegidos el 20 de noviembre de 2002, uno por cada
antiguo departamento y uno en la Provincia Constitucional del Callao. La provincia de Lima,
que contiene a la capital, fue excluida del proceso por estar destinada a no conformar parte de
ninguna de las futuras regiones. En las elecciones de 2001, muchos de los gobiernos
regionales fueron a partidos de la oposición, con doce ganadas por el Partido Aprista y sólo
una por Perú Posible, el partido del entonces presidente Toledo.13 La combinación de una
fuerte oposición y un gobierno deficiente llevaron a la preocupación sobre una inminente crisis
política, sin embargo, este no fue el caso ya que los nuevos gobiernos regionales fueron
absorbidos por problemas locales y mostraron poca iniciativa en la política nacional.14
Aún quedaba por ser dado el último paso para la conformación de regiones: La fusión de
departamentos. Debido a que las circunscripciones territoriales que los gobiernos regionales
heredaron de los departamentos son consideradas muy pequeñas, mediante referéndum con
aprobación mayoritaria en todos los departamentos de una propuesta de región, de
conformidad con la Ley Bases de la Descentralización se prevé la creación de las regiones
luego de que los departamentos expresen su aprobación.15 El primer referéndum de este tipo
fue llevado a cabo el 30 de octubre de 2005 con las siguientes propuestas a ser consultadas
en las urnas:

 Región Cusco-Apurímac: Apurímac, Cuzco

 Región Sur Andina: Arequipa, Puno, Tacna
 Región Ica-Ayacucho-Huancavelica: Ayacucho, Huancavelica, Ica
 Región Nor-Centro-Oriental: Áncash, Huánuco, Junín, Lima, Pasco
 Región Norte: Lambayeque, Piura, Tumbes
Estas propuestas fueron rechazadas por el electorado de todas las regiones involucradas con
la excepción de Arequipa, por lo que ninguna fusión fue puesta en marcha.16 Nuevas
elecciones para los gobiernos regionales fueron celebradas el 19 de noviembre de 2006; la
mayoría de los gobiernos regionales fueron a manos de movimientos políticos locales en lugar
de ir a partidos nacionales. El APRA, que ganó las elecciones presidenciales del 4 de junio de
2006, sólo logró ganar en dos departamentos, todos los otros partidos nacionales ganaron aún
menos.17