Instrumentación in situ

Necesidades y desafíos
Los sistemas de observación de los océanos están cambiando la manera en que se realizan las ciencias
oceánicas. La ciencia oceánica ya no se limita a las observaciones realizadas por barcos, cuya programación
y gasto a menudo limitan la investigación a incursiones cortas que resultan en flujos de datos limitados en
espacio y tiempo. Tales observaciones han sido descritas como "congeladas en el presente invisible",
ofreciendo rebanadas delgadas del registro oceánico que a menudo pasan por alto procesos que funcionan
en múltiples espacios (por ejemplo, corriente límite, remolino, giro, cuenca oceánica) y temporal (por ej.,
escalas, estacional, anual, decada). La clave para la observación autónoma de microbios en el océano es el
desarrollo continuo de tecnologías de detección en el laboratorio, la transición de sensores del banco al
campo e integración de conjuntos de sensores en plataformas de observación apropiadas a las dimensiones
espaciales y temporales de procesos y fenómenos específicos.
Con respecto a las plataformas, las últimas décadas han sido testigos de una impresionante evolución de las
plataformas en el agua que extienden el alcance temporal y espacial de los buques. Las amarras costeras y
de aguas profundas ancladas en la parte inferior proporcionan datos de series de tiempo en ubicaciones
únicas. La mayor duración de la batería y las nuevas tecnologías que producen energía localmente permiten
despliegues de amarre más largos e instrumentación adicional. Más recientemente, el desarrollo de
observatorios cableados alimentados por tierra con un ancho de banda alto está liberando a los
investigadores de las limitaciones de limitación de potencia y permitiendo una comunicación bidireccional
rápida con sensores y otros dispositivos
Las plataformas móviles, como los flotadores de perfiles, las boyas de deriva, los vehículos submarinos
autónomos (AUV) y los planeadores, permiten abordar las preguntas en un rango de escalas espaciales; las
plataformas móviles siguen masas de agua en modo lagrangiano u operan en modo encuesta (Rudnick y
Perry, 2003). Las redes distribuidas de sistemas de observación de océanos diversos y complementarios
ofrecen la posibilidad de observación integrada, continua y en tiempo real de los fenómenos oceánicos en
grandes áreas sin las limitaciones impuestas por las observaciones a bordo (Figura 1).
A pesar de los éxitos de los amarres, planeadores y otras plataformas de observación en la realización de
mediciones autónomas a largo plazo de datos físicos o meteorológicos, los sistemas de detección biológica
-particularmente aquellos capaces de mediciones microbiológicas- están en su infancia. Con algunas
excepciones notables, la mayoría de los sistemas autónomos de detección biológica tienen una base óptica y
generalmente se enfocan en mediciones ópticas masivas.
Por el contrario, las tecnologías basadas en laboratorio incluyen técnicas moleculares de alta evolución y alta
capacidad para el análisis taxonómico y funcional y métodos ópticos para el análisis de células individuales.
El desafío para los observatorios es la tecnología de transición capaz de realizar mediciones microbiológicas
en el océano

... los sistemas de detección biológica -particularmente aquellos

capaces de mediciones microbiológicas- están en su infancia.

Hay seis consideraciones principales en el desarrollo y despliegue de esta tecnología naciente:

1. ¿Cuál es la concentración o frecuencia de ocurrencia de los organismos objetivo? Ciertos objetivos
siempre pueden estar presentes a una concentración relativamente alta (es decir, bacterias)
mientras que otros pueden ocurrir episódicamente (es decir, algas nocivas) y otros (patógenos
humanos) pueden estar tan diluidos que requieren tamaños de muestra de cientos de litros .
2. ¿Qué se requiere para la preparación de la muestra antes del análisis?
Ciertas tecnologías de detección requieren extracción y purificación de ácido nucleico, mientras que
otras requieren tinción o hibridación de sonda con células casi intactas. La preparación simple de
muestras es ciertamente mejor que una larga serie de pasos de extracción y purificación.
3. ¿Qué tan complejo es el ensayo de detección?
4. Si se requiere una tinción o hibridación simples, los resultados estarán disponibles en un período de
tiempo relativamente corto (lo que permite una mayor frecuencia de recolección de datos),
mientras que la amplificación puede demorar de una a varias horas.
5. ¿Es conveniente archivar muestras para su examen y verificación después de la recuperación del
instrumento?
Archivar requiere cierta preservación así como la capacidad de almacenamiento del sistema.
6. ¿Cuáles son los criterios de diseño para los sensores en términos de tamaño y consumo de energía?
El tamaño y el presupuesto de energía limitarán el tipo de plataforma en la que se puede
implementar un sensor en particular (es decir, observatorio cableado versus planeador).
7. ¿Cuánto tiempo puede funcionar el sistema de detección (sensor y plataforma) entre las visitas de
servicio?
La bioincrustación, la estabilidad de los reactivos y la capacidad de la muestra se encuentran entre
los factores que determinarán la frecuencia del muestreo y la duración del despliegue. En última
instancia, un objetivo deseable es la frecuencia de los servicios de meses (incluso mejores, años).
 Figura 1. Visión de
los componentes de un sistema de observación oceánica, incluidos observatorios cableados,
vehículos submarinos autónomos, planeadores, boyas, amarres, satélites y una plataforma de
observación tradicional (buque de investigación). Imagen cortesía de Harris Maritime
Communications

ENFOQUES
Técnicas ópticas
Los métodos ópticos se han utilizado durante mucho tiempo para estudiar el fitoplancton autótrofo,
ya sea a nivel comunitario o como células individuales. La fluorescencia de clorofila a se usa
ampliamente para evaluar la abundancia de fitoplancton (Lorenzen, 1966), y existe una gran
variedad de sensores pequeños y poderosos. La fluorescencia variable (Fv / Fm), basada en la
cinética de saturación del Photosystem II, se utiliza para determinar los parámetros fotosintéticos
clave para el cálculo de la productividad primaria del fitoplancton (Kolber y Falkowski, 1993). La
generación actual de fluorómetros variables se ha utilizado generalmente en perfiles de barco o en
modos de flujo continuo, pero los instrumentos más nuevos son más pequeños con un menor
consumo de energía, lo que los hace más compatibles con el despliegue autónomo. Los
espectrómetros en el agua miden un espectro de absorción visible completo o un número limitado
de longitudes de onda y se han utilizado durante meses en amarres y días en plataformas móviles.
Los espectros de absorción se utilizan para evaluar la fisiología (fotoabsorción) (Roesler y Zaneveld,
1994) y la composición de especies (Robbins et al., 2006).
A diferencia de las propiedades ópticas masivas, los citómetros de flujo identifican y cuentan
partículas individuales que pasan a través de una serie de detectores de luz. Estos instrumentos
fueron originalmente destinados a estudios biomédicos, pero ahora se usan con éxito en el análisis
de microbios marinos (Chisholm et al., 1988, Olson et al., 1989, Binder et al., 1996, Shalapyonok et
al., 1998). El uso de la citometría de flujo todavía está restringido en gran parte al laboratorio, pero
los instrumentos especiales que se pueden implementar en el campo están disponibles (Olson et al.,
2003; Dubelaar et al., 1989; http://www.cytobuoy.com). ) Los rápidos avances en la tecnología,
especialmente el uso de láseres de estado sólido, harán posible el despliegue de rejillas de
detectores de citometría de flujo en sitios de observación permanentes.
Los detectores de plancton en el sitio en tiempo real permitirán a los oceanógrafos biológicos
observar a distancia la dinámica y la distribución espacial de las proliferaciones de algas y los
microbios asociados a la proliferación.

Técnicas biológicas moleculares

Aunque los métodos ópticos son altamente evolucionados y se utilizan de forma rutinaria en la
ciencia oceánica, no permiten la distinción de muchos grupos microbianos, ni proporcionan una
indicación de la capacidad genómica (por ejemplo, Culley et al., 2006; DeLong y Karl , 2005). Las
técnicas de biología molecular ofrecen una gama de métodos para abordar la capacidad genética y /
o la filogenia, complementando la información recopilada mediante la óptica. La aplicación de
técnicas analíticas moleculares en las ciencias ambientales ha requerido históricamente el retorno
de muestras a un laboratorio.
Por lo tanto, a menudo surge una visión integrada de la presencia y las actividades de una
comunidad natural de microbios mucho después de la recolección de las muestras. La aplicación de
técnicas analíticas moleculares en un contexto remoto in situ es claramente factible, pero desde la
perspectiva del desarrollo de instrumentación y los sistemas de observación oceánica, está en su
infancia.
En el laboratorio, los diferentes pasos asociados con el procesamiento de la muestra-recolección de
muestras, extracción, análisis-generalmente se logran usando instrumentos distintos para cada
proceso. Algunas compañías ofrecen sistemas completos que automatizan la preparación y análisis
de muestras (por ejemplo, Cefeida), y también se han ideado sistemas portátiles de campo simples
para detectar microbios (por ejemplo, Bavykin y col., V2001: Casper et al., En prensa). Sin embargo,
hasta donde sabemos, solo el genosensor microbiano autónomo (AMG) y el procesador de muestras
ambientales (ESP), discutidos con mayor detalle más adelante, se han avanzado como sistemas
únicos que permiten realizar análisis moleculares libres de células de forma remota. debajo de la
superficie del océano.
Los métodos que se basan en la amplificación de ácidos nucleicos (por ejemplo, Suzuki et al., 2000;
Casper et al., 2004) ofrecen los ensayos más sensibles para detectar niveles bajos de secuencias
diana, y se aplican comúnmente en ciencias ambientales.
Las mezclas de reacción se producen añadiendo un conjunto de reactivos suministrados en forma
líquida o deshidratada, el cóctel resultante se somete a un perfil térmico apropiado, y la reacción a
menudo se completa en menos de una hora. Al menos una compañía, Cepheid, ofrece un sistema de
laboratorio completo (GeneXpert®) para procesar muestras de agua y aplicar la reacción en cadena
de la polimerasa cuantitativa (PCR), que se asemeja en muchos aspectos a la funcionalidad principal
de AMG.
Menos desarrollados son los métodos que permiten el análisis directo de las moléculas diana sin un
requisito de amplificación. Esto puede lograrse reteniendo moléculas diana en un soporte sólido, o
haciendo reaccionar sondas con moléculas diana en solución (por ejemplo, Ellison y Burton, 2005,
Anthony et al., 2005, Ahn et al., 2006).

El desafío para los observatorios es la tecnología de transición

capaz de realizar mediciones microbiológicas en el océano
Los arrays de sondas ofrecen un medio para detectar una gran cantidad de secuencias de destino en
El desafío para los observatorios es la tecnología de transición capaz de realizar mediciones
microbiológicas en el océano. Oceanografía Junio 2007 73 una sola muestra simultáneamente. Los
métodos actuales generalmente favorecen procedimientos extensivos de preparación de muestras
para obtener material marcado y amplificado que es adecuado para el análisis, pero también es
posible la detección directa de secuencias diana (por ejemplo, Marcelino et al., 2006; Hashsham et
al., 2004; Small et al. ., 2001). Usar tales métodos en un sistema autónomo desplegado en el océano
plantea desafíos significativos, aunque no insuperables. Por ejemplo, STMicroelectronics ofrece la
plataforma In-Check®, un chip microfluídico que combina funciones de amplificación por PCR y
detección de matriz de sondas. Los dispositivos integrados como este sistema podrían encontrar
una aplicación para implementar "químicas convencionales de matriz de sondas" en un entorno
oceánico.

ESTUDIOS DE CASO
Citometría
Sallie Chisholm, Rob Olson, Zachary Johnson, Charles Yentsch y Daniel Vaulot han realizado
contribuciones significativas al establecer criterios para la identificación de microbios por citometría
de flujo y han realizado extensos estudios de campo que describen la distribución temporal y
geográfica de, sobre todo, las cianobacterias (Chisholm et al., 1988; Legendre y Yentsch, 1989;
Vaulot et al., 1995; Mann y Chisholm, 2000; Johnson et al., 2006).
Las mediciones típicas de muestras marinas determinan la dispersión directa y la dispersión lateral y
la fluorescencia de la clorofila y la ficoeritrina (un pigmento rojizo que se encuentra principalmente
en las cianobacterias y las algas rojas). Chisholm y Vaulot y sus colaboradores han demostrado que
estos parámetros son útiles para medir productores primarios (Prochlorococcus y Synechococcus en
diferentes lugares) (Vaulot et al., 1995). Li (1994) y Worden et al. (2004) usan estos parámetros para
cuantificar los herbívoros picoeucarióticos de las cianobacterias.
Entre el grupo de parámetros ópticos que quedan por explorar, solo se ha informado sobre el uso de
la polarización de dispersión. Olson et al. (1989) observaron que las diferencias en la polarización de
la dispersión directa pueden usarse para distinguir entre cocolitóforos, diatomeas y otros microbios.
La despolarización de dispersión es un parámetro prometedor para determinar el grado de
calcificación de coccolitóforos, y puede ser útil para determinar la productividad y la fijación de
carbono de este grupo de microorganismos ecológicamente importantes (Iglesias-Rodriguez et al.,
2002, 2006).
Los recientes esfuerzos de ingeniería del autor van den Engh y Tim Petersen, ahora en Cytopeia,
Seattle, han llevado a detectores muy mejorados para la medición de dispersión polarizada. Esta
nueva generación de detectores puede registrar partículas tan pequeñas como 100 nm y determinar
la despolarización de dispersión y fluorescencia con gran precisión. Cuando se combina con
fotomultiplicadores con una alta capacidad de corriente, el rango dinámico puede ajustarse para
cubrir seis u ocho décadas de intensidad de señal. Los citómetros de flujo son instrumentos
complejos y su carácter frágil es un obstáculo para su uso en el campo. Históricamente, los
citómetros de flujo utilizaban fingered powerhungrylasers. Esta situación está cambiando
rápidamente. En los últimos años, una amplia gama de láseres de estado sólido está disponible.
En este momento, los láseres de estado sólido ofrecen una amplia selección de longitudes de onda e
intensidades de luz entre 355 nm y 700 nm. La disponibilidad de fuentes de luz adecuadas ya no es
un obstáculo para las aplicaciones de campo.
Los citómetros de flujo de corriente requieren un fluido portador libre de partículas para transportar
partículas a través del área de medición. La operación prolongada en una ubicación remota requiere
un suministro constante de líquido de funda limpia. Los dos sistemas que se han construido para su
uso en el mar reciclan el fluido transportador y eliminan las partículas por filtración a medida que se
inyecta nueva muestra en el núcleo de la corriente de fluido. El mecanismo que Rob Olson y Heidi
Sosik (Olson et al., 2003) desarrollaron para su sistema es notablemente robusto y ha operado
durante meses en el sitio de prueba.
Se está desarrollando un detector de plancton que no requiere un fluido de vaina (Jarred Swalwell,
Escuela de Oceanografía, Universidad de Washington, comunicación personal, 2006). El sistema de
detección de este instrumento determina la posición de las partículas en frente del detector
(Detector sensible a la posición, PSD). Solo las partículas que siguen una trayectoria a través del
óptimo óptico son aceptadas para el análisis.
Se ha demostrado que el PSD realiza mediciones precisas en agua de mar sin filtrar que fluye a
través de un sistema fluídico simple. Desarrollos como este conducirán a diseños más simples con
mayor confiabilidad y longevidad en el campo.

Optical Phytoplankton Discriminator

El discriminador de fitoplancton óptico (OPD) (Figura 2) es un módulo de detección de fitoplancton
altamente adaptable desarrollado por Mote Marine Laboratory, Sarasota, Florida, bajo la dirección
de Gary Kirkpatrick (Robbins et al., 2006).
El instrumento está diseñado para discriminar 74 Oceanography Vol. 20, No. 2 nate el organismo de
marea roja del Golfo de México Karenia brevis de otro fitoplancton basado en propiedades ópticas.
El corazón del módulo es una célula capilar de guía de onda líquida (LWCC) conectada a un
espectrómetro de fibra óptica, iluminada por una fuente de luz de tungsteno / deuterio de fibra
óptica. La secuencia operativa de este instrumento es primero dibujar una muestra en el LWCC,
tomar una lectura espectral, y luego dibujar en una solución de referencia de un depósito a bordo
para tomar un espectro de referencia. Finalmente, el LWCC extrae una muestra filtrada (libre de
células) del agua ambiental para obtener las propiedades espectrales de los componentes disueltos
de la muestra en cuestión. Los picos de absorbancia de pigmento se transforman utilizando un
análisis de cuarta derivada y se comparan con los valores obtenidos con un cultivo de referencia de
K. brevis. Se calcula un índice de similitud que varía de 0 a 1, siendo el valor de 1 el más similar a K.
brevis

El OPD se puede implementar en amarres fijos o plataformas móviles como BSOP (Perfil de fondo
oceánico inferior; http://cot.marine.usf.edu/Bsop/ Bsop.htm) y vehículos submarinos autónomos,
como planeadores y REMUS (Control remoto). Unidades de monitoreo ambiental (Robbins et al.,
2006). Una ventaja distintiva del OPD es el tiempo mínimo de preparación de la muestra que le
permite procesar múltiples muestras rápidamente, como se requiere para la implementación del
AUV. La Figura 3 muestra los datos obtenidos del despliegue del OPD en un AUV frente a la costa del
suroeste de Florida en enero de 2005. La proporción del fitoplancton atribuida a K. brevis se informa
junto con la salinidad (informada como densidad). Estos datos muestran que K. brevis es más
abundante en la porción occidental del transecto (lado izquierdo de la figura).
 Figura 2. Discriminador de fitoplancton óptico

Figura 3. Sección transversal de la densidad del agua y fracción de biomasa de clorofila Karenia
brevis obtenida de un planeador equipado BreveBuste del 15 al 16 de enero de 2004. Desde el
comienzo de la parcela hasta aproximadamente las 21:30 horas del 15 de enero, el planeador se
movía al oeste estante. Luego giró y avanzó hacia el sudeste, paralelo a la costa, hasta que fue
recuperado. Debido al esquema de muestreo de BreveBuster, las posiciones verticales de los valores
de la fracción de biomasa son aproximaciones aproximadas. Estas posiciones pueden variar
aproximadamente en un 50% de la profundidad del fondo. Aunque no es posible dar la profundidad
de las observaciones de K. brevis con precisión, la distribución horizontal muestra una mayor
fracción de biomasa en el extremo norte (lado izquierdo) de la prospección. Tenga en cuenta que los
valores de densidad son medidas individuales, no contornos. Gary Kirkpatrick, Mote Marine
Laboratory

El procesador de muestras ambientales

El ESP es un sistema electromecánico / fluídico que recoge muestras discretas de agua del subsuelo
del océano, concentra microorganismos (partículas) y permite el intercambio de varios reactivos en
una secuencia cronometrada (http: //www.mbari.org/microbial/ esp). El instrumento ejecuta macros
definidas por el usuario que especifican una secuencia de pasos para realizar tareas de alto nivel,
como recolectar una muestra y generar un lisado, desarrollar una matriz de sondas, recopilar y
archivar una muestra, o enjuagar el sistema. Las manipulaciones de las muestras se llevan a cabo en
cámaras de reacción, llamadas discos, que se cargan y extraen de varias estaciones utilizando
mecanismos robóticos.
Los duelas pinzados en una posición de proceso pueden exponerse al agua de mar o a los reactivos a
los que se accede a través de varios colectores de válvulas utilizando una bomba de jeringa (Scholin
et al., En prensa; Babin et al., 2005). Son centrales para el funcionamiento actual de los ESP las
matrices de sondas de ADN dirigidas a ARNr personalizadas que se aplican usando una técnica de
hibridación en sándwich (por ejemplo, Greenfield et al., 2006) (Figura 4).
Después de la recogida de la muestra, las células se homogeneizan usando detergente y calor, y el
homogenado bruto resultante se aplica a un conjunto de sondas impreso sobre nitrocelulosa
reforzada. A continuación, se produce la captura directa de la molécula diana, seguida de la
hibridación de una sonda de señal y el informe quimioluminiscente. Una imagen de la matriz se
captura utilizando una cámara CCD y se transmite a la costa para su interpretación. El ESP apoya
una variedad de sensores ambientales contextuales. Por ejemplo, los datos de un CTD /
fluorómetro / transmisómetro también se cargan periódicamente para proporcionar un contexto
para ver los resultados de los ensayos de la matriz de sondas. Todo el proceso automatizado, desde
la recolección de una muestra en vivo hasta la transmisión de una matriz de sonda de ADN o
proteína representada, toma aproximadamente dos horas y se produce en el subsuelo. Los reactivos
empleados en estos ensayos son estables durante períodos prolongados (ninguno de los utilizados
en el ESP requiere refrigeración), y las reacciones químicas en sí mismas son susceptibles de
escalado microfluídico. El ESP también tiene la capacidad de archivar muestras para varios análisis
de laboratorio, incluida la hibridación fluorescente in situ (FISH), análisis de ácidos nucleicos y
detección de toxinas de algas.
 Figura 4. Estas son matrices de sondas de
ADN dirigidas a rRNA 16s impresas con sondas para grupos microbianos marinos desarrollados
usando el ESP suministrado con diferentes muestras. El panel inferior muestra el patrón de sondeos
y una abreviatura del grupo objetivo. El panel superior muestra las matrices reales expuestas, de
izquierda a derecha, solo en un tampón de lisis, una muestra recogida cerca de la superficie y una
muestra recogida a 200 m. Las matrices demuestran cambios en la comunidad microbiana en
función de la profundidad, cuantificados como la intensidad media de píxeles en el panel central. El
tamaño real de las matrices que se muestran son ~ 15 mm2. Figura cortesía de Christina Preston,
Monterey Bay Aquarium Research Institute, 2006. Después de Greenfield et al. (2006)

La primera generación de prototipos del ESP han sido desplegados en Monterey

Bahía y el Golfo de Maine. El desarrollo de una ESP de segunda generación, o 2G ESP, se completó
recientemente (Figura 5). El ESP 2G fue implementado exitosamente en Monterey Bay en 2006.
Hasta la fecha, el ESP ha automatizado la aplicación de tres clases diferentes de arrays de sondas de
ADN en despliegues de campo único que dura 20 días, apuntando a la detección de organismos
planctónicos marinos que van desde bacterias heterotróficas y fotosintéticas, arqueas y algas
nocivas para pequeños invertebrados que se encuentran en la parte superior del océano (Christina
Preston, Monterey Bay Aquarium Research Institute, comunicación personal, 2006; Goffredi et al.,
2006; Greenfield et al., 2006; Babin et al., 2005) . Un ELISA competitivo (Enzyme-Linked
ImmunoSorbent Assay) para el biotoxin de algas ácido domoico, un aminoácido neurotóxico,
también se colocó junto con los arrays de sondas (Gregory Doucette, NOAA / Servicio Nacional del
Océano, comunicación personal, 2006; http: //www.mbari.org/microbial/esp/ esp_technology.htm).
Este es el primer registro de detección in situ de una especie de alga nociva y de la toxina que
produce (un metabolito de aminoácido) utilizando ensayos de sondas moleculares.
 Figura 5. El procesador de muestras ambientales de
segunda generación (2G ESP) que se prueba en un tanque de agua de mar antes del despliegue en la
Bahía de Monterey. El instrumento está sumergido en la superficie y un cable electromecánico
proporciona comunicaciones entre una estación remota y la boya de superficie del ESP. Un paquete
integral de temperatura de conductividad (CTD) es visible a la izquierda. El ESP opera con baterías
recargables de 12 voltios (en la parte inferior, arriba del anclaje). Crédito de la foto: Todd Walsh,
Monterey Bay Aquarium Research Institute

Genosensor microbiano autónomo

El AMG (Figura 6) es una boya de detección microbiológica que está siendo desarrollada por la
Facultad de Ciencias Marinas de la Universidad del Sur de Florida (http: //www.marine.
usf.edu/systems/?q=amg). El AMG es la primera boya de detección microbiológica diseñada con
amplificación basada en secuencias de ácido nucleico (NASBA).
NASBA es una tecnología de amplificación basada en ARN que comienza con ARN, convierte el ARN
diana en un ADNc mediante la acción de la transcriptasa inversa, y sintetiza el ADNc mediante la
acción de la ARN polimerasa T7 (Compton, 1991; http: //www.marine.
usf.edu/microbiology/nasba.shtml).
Aunque el AMG se puede adaptar a muchos objetivos microbianos diferentes, la configuración inicial
es para la detección del organismo de marea roja del Golfo de México Karenia brevis. El objetivo
para la amplificación es el ARNm del gen de la subunidad grande de ribulosa-1,5-bisfosfato
carboxilasa / oxigenasa (rbcL). Debido a que el ARNm tiene un tiempo de renovación relativamente
rápido, solo se seleccionan células transcripcionalmente activas (es decir, viables). El diseño
funcional del AMG incluye una bomba de jeringa para muestreo, una serie de válvulas de fluidos que
dirigen la muestra hacia columnas de filtración / extracción hechas a medida, una rueda giratoria
que aloja las columnas e inyectores motorizados que mueven verticalmente las columnas hacia
adentro y hacia afuera de un dispositivo de recogida de corriente de residuos o en tubos de reacción.
El ARN purificado se inyecta en los tubos de reacción en una segunda rueda giratoria que atraviesa el
módulo de reacción.

La inversión sostenida en el desarrollo de instrumentación pequeña, robusta e in

situ es esencial para hacer realidad las pruebas de ideas y modelos discutidos en
este número especial.

Figura 6. El
Genosensor Microbiano Autónomo (izquierda) y el recipiente a presión (derecha)

CONCLUSIONES Y DIRECCIÓN FUTURA

Las tecnologías ópticas y moleculares son las bases para medir los microbios en el océano, y los
instrumentos especializados para aplicaciones in situ están mejorando rápidamente. Los métodos
ópticos a granel proporcionan el marco para evaluar las distribuciones temporales y espaciales de
los microbios autótrofos, así como ciertas especies clave; en el futuro cercano, la mayoría de los
sensores ópticos deberían integrarse en todos los tipos de plataformas autónomas. Los citómetros
de flujo enumeran y analizan células individuales, y los límites totales de esta tecnología aún no se
han explorado. La nueva electrónica, los algoritmos y las manchas funcionales producirán métodos
mejorados para identificar y contar los microbios marinos, además de proporcionar información
sobre su papel en los ecosistemas oceánicos. A medida que los citómetros de plancton se vuelven
más robustos y los protocolos estandarizados, se desplegarán rutinariamente en amarres,
observatorios cableados y barcos de oportunidad. A medida que los dispositivos para concentrar
células del agua de mar y extraer ácidos nucleicos se vuelven más pequeños y más fáciles de
reconfigurar para diferentes aplicaciones, la capacidad de detectar una diversidad de microbios se
generalizará. A largo plazo, los instrumentos diseñados para el uso in situ probablemente se
beneficiarán de la capacidad de aplicar múltiples técnicas analíticas moleculares a una sola muestra.
Las nuevas tecnologías en desarrollo que combinan microfluídica con amplificación de matriz (PCR
digital microfluídica) son prometedoras para caracterizar las capacidades genéticas de las células
individuales (Ottesen et al., 2006).
Sin duda queda mucho trabajo por definir los ensayos que se implementarán in situ y los requisitos
de procesamiento y recolección de muestras aguas arriba concomitantes. Reunir todas las piezas
desde un punto de vista de sistemas sigue siendo un área madura para futuras investigaciones. La
inversión sostenida en el desarrollo de instrumentación pequeña, robusta e in situ es esencial para
hacer realidad las pruebas de ideas y modelos discutidos en este número especial.