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Ánodo (electrodo +)
W
Tríada catalítica
Quimotripsina: (F, W, Y) 2
Estructura general de un aminoácido
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D-aminoácidos se han encontrado en péptidos pequeños de
las paredes celulares de bacterias y en antibióticos.
L-Tyrosine at physiological pH 6
7
Amino ácidos: Propiedades Fisicoquímicas
8
Propiedades Fisicoquímicas: Absorción de luz
ultravioleta
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Propiedades Fisicoquímicas: Formación reversible de
un puente disulfuro
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Aminoácidos no estándar
Cólageno
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Intermediarios del ciclo de la urea de la biosíntesis de Arginina
Química de ácidos y bases débiles
𝐶𝐻3 𝐶𝑂𝑂𝐻 + 𝐻2 𝑂 ↔ 𝐶𝐻3 𝐶𝑂𝑂 − + 𝐻2 𝑂+
Alanina
pK1=2,34 pK2=9,69
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Curvas de titulación de los aminoácidos. Glicina
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Lisina (K): Cadena lateral
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Efecto del ambiente químico sobre el pKa
El grupo carboxilo de la G es
100 veces más ácido que el
del ácido acético.
Repulsión del protón saliente
con el del grupo amino
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Las curvas de titulación de los aminoácidos predicen su
carga eléctrica de los aminoácidos.
pK1 + pK R pK2 + pK R
pI = pI = 18
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Péptidos y proteínas. Enlace peptídico
α α
La carga eléctrica del péptido está dada por los grupos R, el carboxilo
y el amino terminal.
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a b
Representación esquemática de un fragmento de una cadena
peptídica indicando los ángulos de torsión φ y ψ. Los ángulos
en la figura a tienen un valor de 180 grados.
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Polipéptidos como polianfolitos
pKR:4,2
pKA:2,2
pKN: 9,7
pKR:10,0
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Polipéptidos como polianfolitos
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Propiedades fisicoquímicas péptidos
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Tetrapéptido
Serilglicilfenilalanilalanilleucina: SGFAL
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Hay péptidos biológicamente activos de muchos
tamaños
ARN
Traducción
PROTEÍNA
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Proteínas
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Proteínas conjugadas contienen componentes químicos,
asociados permanentemente, diferentes a los aa. Estos componentes
se denominan grupos prostéticos.
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Trabajar con proteínas
Laboratorio
1. Separación y purificación
Centrifugación, filtración, diálisis, precipitación
salina, cromatografía.
2. Caracterización
3. Cuantificación
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Extracción y purificación de
proteínas
Cromatografía
Separación
Extracto crudo
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Cromatografía en columna
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Cromatografía de intercambio iónico
Intercambiadores catiónicos
o aniónicos
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Cromatografía de exclusión por tamaño
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Cromatografía de afinidad
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Tabla hipotética de purificación de una enzima
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Las proteínas pueden ser separadas y caracterizadas por electroforesis
Con base en su masa y su carga
μ: Movilidad electroforética
V: Velocidad de la molécula
E: Potencial eléctrico
Z: carga neta de la molécula
f: coeficiente friccional.
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Estimación de la masa molecular de una proteína
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Punto isoeléctrico de algunas proteínas
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Determinación del punto isoeléctrico de una proteína
Enfoque isoeléctrico
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Electroforesis bidimensional
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Electroforesis bidimensional
51 residuos de aa
Secuencia de la insulina bovina 48
Estructura de las proteínas
¿Qué hace que una proteína sea una enzima, una hormona, un
anticuerpo, una proteína estructural, un receptor, un canal iónico, un
canal para el flujo de agua, etc?
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Secuenciación de proteínas. Determinación
de estructura primaria
1. Hidrólisis ácida. Tipo y cantidad de residuos
2. Determinación del residuo N-terminal con 1,F-2,4-dinitrobenceno.
Método de Sanger
3. Degradación de Edman. Feniltiocianato +proteína ⇾ derivado
feniltioidantoina del aa + hidrólisis con HCl.
Eficiencia hasta 50 residuos.
1-Fluoro-2,4-dinitrobenceno
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Identificación de aa por cromotagrafía, electroforesis
Degradación de Edman
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Las proteínas grandes se deben fragmentar
Ruptura de puentes disulfuro en proteínas.
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Pasos en la secuenciación de un polipéptido.
1. Purificación de la proteína.
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Ruptura de la cadena polipeptídica con proteasas.
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Secuenciación de proteínas grandes
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Fragmentación, secuenciación y ordenamiento de los fragmentos peptídicos
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Síntesis de péptidos y proteínas pequeñas
9-fluorenilmetoxicarbonilo (fmoc)
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Homología de proteínas entre especies
Proteínas homólogas son proteínas que están evolutivamente
relacionadas entre sí.
Desarrollan la misma función en diferentes especies.
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Citocromo C. ~13000 Mr, 100 residuos
Principales ramas del
árbol evolutivo eucariote
construido con base en el
número de aa diferentes en
el citcromo de especies
diferentes.
Entre el caballo y la levadura hay 48 aa diferentes
Entre el pollo y el pato solo 2.
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Este material ha sido organizado por Martha Cecilia Daza Espinosa,
profesora de la Universidad Industrial de Santander para el curso
de Bioquímica para la carrera de Química.
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