LABORATORIO MODELOS EVOLUTIVOS Y FILOGENIAS

Docentes curso Teoría Evolutiva: Raúl Sedano. Diego Hernández. David Díaz.

Software a emplear: Los programas ya están instalados en su PC. Si requiere descargarlos estos son los links:
MEGA 6 http://www.megasoftware.net/ y JMODELTEST 2.1.7
https://drive.google.com/folderview?id=0ByrkKOPtF_n_OUs3d0dNcnJPYXM#list

Prerrequisito para usar JMODELTEST: Para ejecutar correctamente JMT, asegúrese de que su PC tenga actualizado el
JAVA.

Actualización JAVA en Windows: Check for Updates – Actualizar ahora – Instalar las actualizaciones que aparezcan.

Artículo guía: Mauk & Burns, 2009. Phylogeny, biogeography, and recurrent evolution of divergent bill types in the
nectar-stealing flowerpiercers (Thraupini: Diglossa and Diglossopis). Biological Journal of the Linnean Society. 98: 14–
28.

Secuencias a descargar de Genbank:

Identifique ingroup y outgroup.

Diglossa albilatera (EU647893); Venezuela.

Diglossa baritula (EU647894); México.
Diglossa brunneiventris 1 (EU647895); Perú.
Diglossa brunneiventris 2 (EU647896); Bolivia.
Diglossa carbonaria 1 (EU647897); Bolivia.
Diglossa gloriosa (EU647899); Venezuela.
Diglossa duidae (EU647898); Venezuela.
Diglossa gloriosissima (EU647900); Colombia.
Diglossa humeralis 1 (EU647901); Ecuador.
Diglossa humeralis 2 (AF310050) Ecuador.
Diglossa lafresnayii (AF006229); Perú.
Diglossa major (AF290155); Venezuela.
Diglossa mystacalis 1 (EU647902); Perú.
Diglossa mystacalis 2 (EU647903); Perú.
Diglossa plumbea (EU647904); Costa Rica.
Diglossa sittoides (EU647905); Bolivia.
Diglossa venezuelensis 1 (EU647906); Venezuela.
Diglossa venezuelensis 2 (EU647907); Venezuela.
Diglossopis caerulescens (EU647908); Venezuela.
Diglossopis cyanea (EU647909); Perú.
Diglossopis glauca (EU647910); Perú.
Diglossopis indigotica (EU647911); Colombia.
Catamenia inornata (AF310049); Ecuador.
Embernagra platensis (EU647912); Bolivia.
Hemithraupis flavicollis (AF006235); Perú.
Pheucticus ludoviciana (AF447373); Estados Unidos.

EJERCICIO Nº1. DESCARGA Y ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS DESDE MEGA6.

- Realice una búsqueda masiva en Genbank, usando los códigos de cada especie. Para este efecto, empleará el
programa del Laboratorio Sublime Text.
- Luego de realizado el paso anterior, diríjase a MEGA 6, abra una sesión nueva y desde el botón, “Open web browser
to query genbank” importe las secuencias.
- Realice corrección de secuencias problema. Gaps. Eliminando los errores manualmente y cambiando los sitios
problema o gaps, por N.
- Realice el Alineamiento desde – Alignment – Align by Muscle.
- Exporte el alineado en los formatos MEGA y FASTA.
EJERCICIO Nº2. MODELOS EVOLUTIVOS EN JMODELTEST 2.1.7.
- Cargue el alineamiento que realizó en MEGA6.
- Vaya a Analysis y corra los datos para Máxima Verosimilitud (Compute likelihood Scores)
- Incluya la opción de Criterio Acaike. Desde la opción Do AIC Calculations.
- Analice cual es el modelo evolutivo más apropiado para el conjunto de datos.

EJERCICIO Nº3. CONSTRUCCIÓN DE FILOGENIA EN MEGA 6.

- Cargue el alineamiento de nuevo en MEGA.
- De acuerdo al modelo indicado por J-Model test, en la opción Phylogeny, realice los análisis en: Test Maximum
Likelihood y Filogenia.
- Cuando obtenga su filogenia, explore la ventana gráfica de MEGA6, por ejemplo cambiando la topología de los
árboles.
- También es posible importar y exportar árboles desde y hacia Sublime text. La opción más apropiada para realizar
este paso, es en Phylogeny – Open Tree Sesion.