ABSTRAK

Teknik Penemuan, perancangan dan pengembangan obat dengan

bantuan komputer memungkinkan penemuan dan pengembangan suatu
senyawa baru yang menginteraksikan suatu model ligan dengan model
molekul targetnya. Simulasi docking menggunakan program Autodock
Vina dilakukan untuk memprediksi model interaksi antara 21 senyawa
antiasma senyawa-senyawa golongan flavonoid terhadap Protein Rho-
Kinase. Tahapan validasi metode dengan pengukuran nilai Root Mean
Square Deviation (RMSD) menunjukkan nilai 0,9216 Å. Hasil penelitian
dari 21 senyawa ini dapat menghambat Protein Rho-Kinase ditunjukkan
dengan energi interaksi (docking score). Hasil menunjukkan bahwa energi
interaksi terbaik yaitu senyawa Cyanidin/2-(3,4-dihidroksifenil)
kromenilium-3,5,7-triol (-8,43 ± 0,057kkal/mol). Interaksi antara Cyanidin
dengan Protein Rho-Kinase ditandai dengan adanya interaksi dengan
residu-residu asam amino pada situs pengikatan terutama pada ikatan
hidrogen yang terjadi dengan residu MET156 dan adanya ikatan Van der
Waals yang terjadi dengan residu GLY83, ARG84, VAL90, GLU154,
MET156, ALA215, dan ASP216. Hasil penelitian ini dapat disimpulkan
bahwa senyawa Cyanidin memiliki kemungkinan penghambatan terhadap
Protein Rho-Kinase yang baik untuk terapi asma.
.

Kata kunci : Docking, Vina, Flavonoid, Protein Rho-Kinase.

ix
 ABSTRACT

Computer-aided Drug Discovery, Design and Development

(CADDD) helps people to discover and to develop new molecules by
interacting a model of ligand with its model of molecule target. A docking
with Autodock Vina program was performed to predict interaction model of
21 flavonoid anti-asthma compounds in to Rho-Kinase Protein model.
Stages validation of methods to measure the value of Root Mean Square
Deviation (RMSD) indicates the value of 0.9216 Å. The result of 21
flavonoid anti-asthma compounds could inhibit Protein Rho-Kinase
showed by the interaction energy (docking score). The result showed that
the best interaction energy was Cyanidin 2-(3,4-dihydroxyphenyl)
chromenylium-3,5,7-triol (-8.43±0.057kcal/mol).The Interaction between
Cyanidin with Rho-Kinase Protein was characterized by the existence of
interaction with the amino acid residues that were binding site especially
the hydrogen bonding to MET156 and Van der Waals bond to GLY83,
ARG84, VAL90, GLU154, MET156, ALA215, and ASP216. From the result
of this study it can be concluded that the compound Cyanidin has good
possibility to inhibit Rho-Kinase Protein and asthma therapy.

Key Word: Docking, Vina, Flavonoid, Rho-Kinase Protein.