Alvos Moleculares - Ác Nucleicos DNA - Aula 6

ESCOLA SUPERIOR DE
TECNOLOGIA DA SAÚDE
DE COIMBRA - IPC
Alvos Moleculares
Ácidos Nucleicos
• DNA
Química dos Fármacos - Zélia Barbosa 1

ESCOLA SUPERIOR DE
DE COIMBRA - IPC
Estrutura do DNA
• Tal como as proteínas o DNA possui estrutura primária,
secundária e terciária
• 4 nucleósidos:
• Desoxirribose
+base
2
Química dos Fármacos - Zélia Barbosa
ESCOLA SUPERIOR DE
DE COIMBRA - IPC
Estrutura primária do DNA
3
ESCOLA SUPERIOR DE
Estrutura secundária do DNA
DE COIMBRA - IPC
Thymine Adenine
O P
Me O H2N N O
O O
O 3'
P NH N N
O
O N N 5'
O O
5' O O
NH2 O O P
3'
N O
O
O P N O
O N HN 3'
O N N
O 5'
5' O H2N O
O
3' Cytosine Guanine O P
O O
O P O
O
• 2 cadeias de DNA em dupla hélice de diâmetro constante e com 2 sulcos: um major e um

4
minor Química dos Fármacos - Zélia Barbosa
ESCOLA SUPERIOR DE
Estrutura terciária do DNA
DE COIMBRA - IPC
Topo II
• DNA é uma molécula extremamente longa, de tal maneira
Tyr
que não caberia no núcleo da célula se existisse como uma
molécula linear. Tem que ser enrolada numa forma mais
compacta :“supercoiling” 5' 3'
• Acção de uma família de enzimas chamadas 3'
DNA
5'
topoisomerases, cruzam DNA helicoidal, clivando

temporariamente ambas as fitas da hélice de DNA para criar
um hiato temporário, em seguida, selar o fio (s) depois que
o crossover ocorreu Topo II
• DNA tem de ser desenrolado novamente na replicação e Tyr

transcrição 3
5' 3'
3' 5'
DNA
Tyr
4
Topo II Topo II
Tyr Tyr
5' Topo II
3'
DNA 3' 5'
Tyr
Tyr Tyr
5' 3'
Topo II Topo II 5
3' 5'
ESCOLA SUPERIOR DE
DE COIMBRA - IPC
DNA como alvo
• Especialmente antibacterianos e anticancerígenos
• Intercalantes
• Interferência com topoisomerase
• Alquilantes
• Agentes de “metalização”
• Cortadores de cadeia
• Terminadores de cadeia
6
ESCOLA SUPERIOR DE
DE COIMBRA - IPC
Alvo: DNA
• AGENTES INTERCALANTES
• Compostos planares aromáticos ou heteroaromáticas que deslizam entre as bases
do DNA, alterando a forma do DNA, impedindo a replicação e transcrição,
podendo também inibir as topoisomerases: Sulco major ou minor
• Exemplo:
sugar phosphat e
backbone
G C
AT
T A
TA
T A
G C
Proflavina
G C
prof lavine
TA H 3N NH3
T A
T A H 3N N NH3
AT
AT
O O
T A
C G
G C
G C
TA
T A
G C
GC
GC
T A van der Waals interactions
A T
Ionic interactions
C G
TA
T A
7
ESCOLA SUPERIOR DE
Alvo: DNA
DE COIMBRA - IPC
Bloqueio da transcrição de
DNA do parasita
2 G adjacentes em cadeias alternadas.

Complexo com o DNA muito estável, que
impede o desenrolamento da dupla hélice
Sulco minor
Streptomyces parvullis
Química dos Fármacos - Zélia Barbosa 8

ESCOLA SUPERIOR DE
Alvo: DNA
DE COIMBRA - IPC
Antraciclinas Cardiotóxicos
Sulco major Sulco minor G-C
Streptomyces peucetius
LMA
• Também estabilizam o complexo DNA-enzima (Topoisomerase II) >>> apoptose??
9
ESCOLA SUPERIOR DE
Alvo: DNA
DE COIMBRA - IPC
Streptomyces verticillus
Não causa depressão da medula
óssea
O2-
Corte
Fe2+ O2 Fe3+ cadeia
OH-
Impede DNA ligase? 10

ESCOLA SUPERIOR DE
Alvo: DNA
DE COIMBRA - IPC
• AGENTES NÃO INTERCALANTES QUE INTERFEREM

COM A TOPOISOMERASE
Inibem a replicação e transcrição do DNA bacteriano por

formação de complexo Fármaco-enzima-DNA
Química dos Fármacos - Zélia11

Barbosa
ESCOLA SUPERIOR DE
Alvo: DNA
DE COIMBRA - IPC
• AGENTES NÃO INTERCALANTES QUE INTERFEREM

COM A TOPOISOMERASE
Gram+ >> DNA-Topoisomerase IV

Gram- >> DNA-Topoisomerase II 12
ESCOLA SUPERIOR DE
Alvo: DNA
DE COIMBRA - IPC
• AGENTES NÃO INTERCALANTES QUE INTERFEREM COM

A TOPOISOMERASE
• PODOFILOTOXINAS: Etoposido e Teniposido (C. testicular e Pulmão
cnp). Também é cortador de cadeia
• Camptotecinas
• Estabilização complexo DNA-Topoisomerase I, levando à clivagem do
DNA e morte celular (fase S)
• Topotecan- C. ovário resistente a fármacos de 1ª linha
• Irinotecan- pró fármaco, em associação com 5FU e ác. Folínico, C.
intestinal avançado, metabolização 2 a 5%
epipodofilotoxina
Carboxilesterases13
ESCOLA SUPERIOR DE
DE COIMBRA - IPC
Alvo: DNA
• AGENTES ALQUILANTES
• Compostos altamente electrofílicos que reagem com
nucleofilicos do DNA e formam ligações covalentes. Podem
causar cross-linking, impedindo replicação/transcrição
• Alquilam proteínas e DNA, pouca selectividade e elevada

toxicidade
14
ESCOLA SUPERIOR DE
Alvo: DNA
DE COIMBRA - IPC
• Mostardas azotadas
• Clorometina- linfoma Hodgkin
• Melfalan (mieloma múltiplo); Estramustina (c.
prostata); Clorambucil (linfomas, LLC); Ifosfamida
(C. pulmão, testículo, mama, sarcomas, linfomas,
leucemias);
• Ciclofosfamida- leucemias, linfoma, sarcoma tec
moles, tumores sólidos
15
ESCOLA SUPERIOR DE
Alvo: DNA
DE COIMBRA - IPC
• Nitrosureias
BHE
Inibe enzimas
reparadoras do DNA
16
17
ESCOLA SUPERIOR DE
Alvo: DNA
DE COIMBRA - IPC
• Bussulfano (LMC) Busulfan
DNA
• Dacarbazina e Procarbazina AIC
HN N
Cyt P- 450 HN N HN N
HN N -CH2O H2N CONH2
l i ver
N N CONH2 N NH CONH2
N N CONH2 N N CH3
N N H
H3C N H Methyldiazonium ion
H O CH3 CH3
CH3
Dacarbazina
Química dos Fármacos - Zélia Barbosa N2 + CH3
ESCOLA SUPERIOR DE
• AGENTES ALQUILANTES Alvo: DNA
• Mitomicina C
DE COIMBRA - IPC Streptomyces caespitosus
H
O OH O CH2OCONH2
CH2OCONH2 CH2OCONH2
H
H2N H2N H2N
OMe OMe
-MeOH
Reduction N NH
Me N NH Me N NH Me
O OH OH
O H
C NH2
H O H2N-DNA
O CH2OCONH2 OH CH2
-H + H2N H2N
Ring H2N-DNA NH-DNA
opening N
Me Me N O Guanine
NH2 NH2
OH OH HN N
Alkylating agent
N N
NH
OH CH2
NH-DNA O Guanine
OH H2N N
CH2 HN
NH
H2N
N N
-CO2 NH-DNA N
Me
-NH3 NH2
Me N OH
NH2 18
OH Crosslinked DNA
ESCOLA SUPERIOR DE
DE COIMBRA - IPC
Alvo: DNA
• AGENTES DE “METALIZAÇÃO”
• Cisplatina
• Molécula neutra e inactiva, pró fármaco
• Activado nas células que têm baixa concentração de Cl
• Cl são substituidos por ligandos neutros de água
• Produz espécies carregadas positivamente
• Liga-se ao DNA em duas G adjacentes do DNA
• “cross-linking” intracadeia
• Inibe a transcrição do DNA
Cl NH3 H2O H2O NH3 + H2O NH3 2 +

DNA
DNA NH3
Pt Pt Pt Pt
+
Cl NH3 Cl NH3 H2O NH3 DNA NH3
C i s p l a t i n 19
ESCOLA SUPERIOR DE
Alvo: DNA
DE COIMBRA - IPC
• CORTADORES DE CADEIA
• Cortam a cadeia de DNA e impedem a reparação pela DNA ligase, por criação
de radicais na estrutura do DNA
• Os radicais reagem com Oxigénio e formam peróxidos e fragmentos
de DNA
• Agentes anticancerígenos: Bleomicinas e podofilotoxinas também
podem actuar desta maneira
• Agentes antibacterianos: nitroimidazois e nitrofurantoína
Redução
20
ESCOLA SUPERIOR DE
Alvo: DNA
DE COIMBRA - IPC
• Bleomicinas
BLEOMYCIN A2 R = NHCH2CH2CH2SMe2
BLEOMYCIN B2 R = NHCH2CH2CH2CH2NHC(NH2)=NH
• Também é agente intercalante

• Retira H do DNA , o que gera radicais
• Radicais reagem com oxigenio resultando no corte da cadeia
• Também inibe enzimas reparadoras?
21
ESCOLA SUPERIOR DE
Alvo: DNA
DE COIMBRA - IPC
Sulco minor
22
ESCOLA SUPERIOR DE
DE COIMBRA - IPC
Alvo: DNA
• TERMINADORES DE CADEIA
Anti viral: Herpes

23
ESCOLA SUPERIOR DE
DE COIMBRA - IPC
Alvo: DNA
• TERMINADORES DE
CADEIA
 Actuam como falsos

substratos que são
incorporados no DNA
durante a replicação;
uma vez inseridos
termina o crescimento
da cadeia
24
ESCOLA SUPERIOR DE
DE COIMBRA - IPC
Alvo: DNA
• TERMINADORES DE CADEIA O
O CH3
Azidotimidina (AZT) CH3
HN
Zidovudina HN
O N
O N O O O
HO P O P O P O O
HO O OH OH OH
N3
N3
Chain terminating
group
• Profarmaco usado no tratamento do HIV
• AZT é fosforilada a trifosfato depois de administrada
• Trifosfato tem dois mecanismos de acção:
- Inibe a enzima viral (transcriptase reversa)
- É adicionada à cadeia de DNA em formação e actua como
terminador de cadeia
25
ESCOLA SUPERIOR DE
DE COIMBRA - IPC
Alvo: DNA
• TERMINADORES DE CADEIA
O
N N
N
HN
AcO
N N NH2
H2 N N N
O Chain OAc
Chain
HO terminating terminating
group group
Aciclovir Famciclovir
(Zovirax) (Famvir)
• Profarmacos usados como agentes antivirais

• Mesmo mecanismo do AZT
• Usado vs herpes simplex e herpes zoster
26
ESCOLA SUPERIOR DE
DE COIMBRA - IPC
Alvo: DNA
• TERMINADORES DE CADEIA: TRÊS

CONDIÇÕES:
• Têm de ser reconhecidos pelo DNA molde como tendo possibilidade de

se ligar à cadeia
• Têm de ter um grupo trifosfato, para poder ser catalizado pela enzima
• A sua estrutura não pode permitir a adição de mais bases
27
ESCOLA SUPERIOR DE
DE COIMBRA - IPC
Alvo: DNA
• CONTROLADORES DA TRANSCRIÇÃO DE GENES
• Design de moleculas sinteticas capazes de controlar a
transcrição genética
• Moleculas capazes de reconhecer e ligar a pares de bases
especificas
• Poliamidas com anéis heterociclicos capazes de se ligarem ao
sulco minor
• Ligação envolve grupos amida e heterociclos
• Padrões específicos de anéis heterocíclicos que permitam o
reconhecimento de pares de bases em particular
• Capazes de inibir a transcrição
• Desenhados para ligar ao elemento regulador do gene
28
Alvo: DNA
• CONTROLADORES DA TRANSCRIÇÃO DE GENES
ESCOLA SUPERIOR DE
TECNOLOGIA DA SAÚDE 3' 5'
DE COIMBRA - IPC
Me O
Linker
O
N
N
Py
A T N
O H H
Im N Me
N N
Me H C G
N O
Py H N
A T
N H H
Hp
O O N
Me
Arm
Me O T A H Arm
N N
Hp H O
N H G C Py
O N
H Me
N T A N
Me N Im O
Py
H N
Me H
H N Me
N N
Me O 29
O
ESCOLA SUPERIOR DE
Importante (DNA)
DE COIMBRA - IPC
• Agentes intercalantes têm anéis aromáticos ou

heteroaromáticos planares que “deslizam” entre os pares de
bases do DNA
• Antraciclinas estabilizam o complexo de clivagem

Topoisomerase II-DNA
• Bleomicinas são agentes intercalantes e formam complexos com

iões ferrosos que geram espécies reactivas de Oxigénio que
clivam as cadeias de DNA. Também actua como terminador de
cadeia
• Etoposido e Teniposido são agentes não intercalantes que

interferem com a topoisomerase II. Também podem actuar
como terminadores de cadeia 30
ESCOLA SUPERIOR DE
Importante (DNA)
DE COIMBRA - IPC
• Camptotecina é um agente não intercalante que interfere com

a Topoisomerase I e estabiliza o complexo enzima-DNA
• Agentes alquilantes contêm grupos electrofilicos que reagem

com centros nucleofilicos do DNA, se tiverem 2 grupos
electrofilicos podem efectuar cross-linking inter e/ou
intracadeias
• Mostardas Azotadas reagem com as Guaninas do DNA por

cross-linking
31
ESCOLA SUPERIOR DE
Importante (DNA)
DE COIMBRA - IPC
• Nitrosureias e bleomicinas têm um duplo mecanismo de acção
• Cisplatina é um agente alquilante que provoca cross-linking

intracadeia
• Dacarbazina e Procarbazina são pró drogas activadas por

enzimas afim de produzirem o ião metildiazónio que age como
agente alquilante
• Mitomocina C é um produto natural que por redução

enzimática é reduzido a agente alquilante. Provoca cross-
linking intercadeias(G)
32
ESCOLA SUPERIOR DE
Importante (DNA)
DE COIMBRA - IPC
• Caliqueamicina é um produto natural que reage com

nucleófilos , originando espécies di-radicalares. Reagem com o
DNA, cortando as suas cadeias.
• Aciclovir é um pró fármaco que actua como terminador de

cadeia
• Estão a ser estudados compostos sintéticos que se possam

ligar aos elementos reguladores do DNA de forma a controlar a
transcrição de genes
Química dos Fármacos - Zélia Barbosa33

Alvos Moleculares - Ác Nucleicos DNA - Aula 6

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Química dos Fármacos - Zélia Barbosa 1

• 2 cadeias de DNA em dupla hélice de diâmetro constante e com 2 sulcos: um major e um

topoisomerases, cruzam DNA helicoidal, clivando

• DNA tem de ser desenrolado novamente na replicação e Tyr

• Interferência com topoisomerase

2 G adjacentes em cadeias alternadas.

Química dos Fármacos - Zélia Barbosa 8

Sulco major Sulco minor G-C

• Também estabilizam o complexo DNA-enzima (Topoisomerase II) >>> apoptose??

Impede DNA ligase? 10

• AGENTES NÃO INTERCALANTES QUE INTERFEREM

Inibem a replicação e transcrição do DNA bacteriano por

Química dos Fármacos - Zélia11

• AGENTES NÃO INTERCALANTES QUE INTERFEREM

Gram+ >> DNA-Topoisomerase IV

• AGENTES NÃO INTERCALANTES QUE INTERFEREM COM

• Alquilam proteínas e DNA, pouca selectividade e elevada

• Bussulfano (LMC) Busulfan

• Dacarbazina e Procarbazina AIC

Cl NH3 H2O H2O NH3 + H2O NH3 2 +

• Também é agente intercalante

Anti viral: Herpes

 Actuam como falsos

• Profarmacos usados como agentes antivirais

• TERMINADORES DE CADEIA: TRÊS

• Têm de ser reconhecidos pelo DNA molde como tendo possibilidade de

• A sua estrutura não pode permitir a adição de mais bases

• Agentes intercalantes têm anéis aromáticos ou

• Antraciclinas estabilizam o complexo de clivagem

• Bleomicinas são agentes intercalantes e formam complexos com

• Etoposido e Teniposido são agentes não intercalantes que

• Camptotecina é um agente não intercalante que interfere com

• Agentes alquilantes contêm grupos electrofilicos que reagem

• Mostardas Azotadas reagem com as Guaninas do DNA por

• Nitrosureias e bleomicinas têm um duplo mecanismo de acção

• Cisplatina é um agente alquilante que provoca cross-linking

• Dacarbazina e Procarbazina são pró drogas activadas por

• Mitomocina C é um produto natural que por redução

• Caliqueamicina é um produto natural que reage com

• Aciclovir é um pró fármaco que actua como terminador de

• Estão a ser estudados compostos sintéticos que se possam

Química dos Fármacos - Zélia Barbosa33

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