Sobre el origen de los orgánulos no unidos a la membrana y su

función fisiológica

Reflejos
•Se revisa la investigación reciente sobre la formación y función de organelos no unidos a la
membrana.

•La función de los organelos no unidos a la membrana está estrechamente relacionada con su
formación.

•Se presentan preguntas futuras de investigación sobre la función de organelos no unidos a la

membrana.

Abstracto

El origen de la compartimentación celular se ha visto desde hace tiempo como paralelo al

origen de la vida. Históricamente, los orgánulos unidos a la membrana se han presentado
como ejemplos canónicos de compartimentación. Sin embargo, interés reciente en
compartimientos celularesesa carencia que abarca las membranas ha obligado a los biólogos
a reexaminar la forma y la función de la organización celular. Ahora se sabe que el entorno
intracelular está lleno de estructuras macromoleculares transitorias que son esenciales para la
función celular, especialmente en relación con la regulación del ARN. Aquí discutimos los
hallazgos clave con respecto a los principios fisicoquímicos que rigen la formación y función
de los orgánulos no unidos a la membrana. En particular, nos centramos en cómo la función
fisiológica de los orgánulos no unidos a la membrana depende de su estructura molecular.
También presentamos un mecanismo potencial para la formación de orgánulos no unidos a la
membrana. Concluimos con sugerencias para futuras investigaciones sobre la diversidad de
roles desempeñados por organelos no unidos a la membrana.

1 . Introducción
En su artículo seminal de 1967, Lynn Sagan (1967) - Lynn Margulis - presentó una teoría del
origen endosimbiótico de eucariotas. El inquilino central de la teoría de Margulis era que los
orgánulos unidos a la membrana dentro de las células eucariotas, específicamente
las mitocondrias y los cloroplastos , en realidad eran el resultado de una célula procariota que
envolvía a otra, en oposición a la evolución lineal de un único procariota. Aunque inicialmente
la proposición de un origen endosimbiótico de eucariotas encontró resistencia, y varios
detalles de la teoría presentada por Margulis resultaron ser incorrectos, 1 ha llegado a ser
generalmente aceptado. La teoría endosimbiótica explica el origen de organelos unidos a
doble membrana en eucariotas y ha estimulado el debate continuo sobre la evolución de otros
orgánulos unidos a la membrana, incluido el núcleo. Curiosamente, los terceros orgánulos
mencionados por Sagan (1967) fueron los (9 + 2) cuerpos basales - conjuntos de microtúbulos
que se encuentran en la base del flagelo y el cilio que son esenciales para la mitosis. A
diferencia de las mitocondrias y los cloroplastos unidos a la membrana, los cuerpos basales
son estructuras proteicas autoorganizadas que carecen de una membrana que lo
abarque. Desde la publicación de Margulis, se han identificado muchos organelos no unidos a
la membrana y, en muchos casos, sus roles y orígenes aún no se han descubierto.
El correcto funcionamiento de una célula requiere la organización de macromoléculas en
compartimentos, que contienen y mejoran las reacciones bioquímicas. Ejemplos prominentes
de compartimentos que carecen de membranas circundantes son gránulos de P, cuerpos de
Cajal nucleolos, y paraspeckles en el núcleo, gránulos de estrés y centrosomas en el
citoplasma, y complejos de señalización en la cara citosólica de las membranas.
En los últimos 10 años, los biólogos han llegado a comprender que la formación de
compartimentos no unidos a la membrana está impulsada por la desmezcla líquido-líquido. Se
cree que los compartimentos se separan por fases del citoplasma, lo que conduce a la
formación de gotas líquidas, que coexisten de forma estable con el entorno que las
rodea. Estudios experimentales han confirmado el comportamiento similar al líquido de los
gránulos P en embriones de Caenorhabditis elegans, nucléolos y gránulos de estrés. Como
estos ensambles macromoleculares ofrecen un mecanismo para concentrar reactivos
bioquímicos sin la necesidad de membranas de fosfolípidos , se ha sugerido que pueden
haber desempeñado un papel en la evolución temprana de la vida, y puede incluso ser capaz
de un proceso similar a la mitosis bajo un flujo de energía sostenido ( Zwicker et al.,
2017 ). En este artículo, revisamos las propiedades fisicoquímicas que conducen a la
separación de fase líquido-líquido dentro de la célula. Específicamente, destacamos que los
modelos clásicos de soluciones de polímeros, como lateoríaFlorry-Huggins y el Overbeek-
Voorn, teoría de soluciones cargadas, son insuficientes para tratar las soluciones diversas y
atestadas de polielectrolitos encontrados en las células. Luego discutimos el papel fisiológico
de estos cuerpos autoensamblados, centrándonos en particular en la manera en que alteran
la cinética bioquímica.

2 . ¿Qué es un orgánulo celular?

Los orgánulos celulares son compartimentos subcelulares que contienen conjuntos

característicos de moléculas especializadas que están estructuralmente organizadas para
llevar a cabo una o más funciones específicas. Además, los orgánulos poseen sistemas para
transportar o intercambiar moléculas de un compartimento a otro.
Los compartimentos intracelulares estables de una célula eucariótica están compuestos de
organelos encerrados en una membrana. Los principales tipos de orgánulos estables
presentes en todas las células eucarióticas son el retículo endoplásmico, el aparato de Golgi,
el núcleo, las mitocondrias , los lisosomas, los endosomas y los peroxisomas. La mayoría de
los orgánulos envueltos en membranas no pueden construirse de novo; requieren información
en el propio organelle. Durante la división celular, los orgánulos (como el retículo
endoplásmico y las mitocondrias) se distribuyen intactos a cada célula hija. Algunos orgánulos
como las mitocondrias y los plástidos están abarcados por una bicapa de lípidos y contienen
ADN que codifica su construcción. Estas observaciones motivaron la hipótesis
endosimbióticaformalizado por Sagan (1967). Otros orgánulos encerrados en la membrana,
como el retículo endoplásmico y el aparato de Golgi, están unidos por membranas de una
capa. En el caso de organelos unidos a membranas de una y dos capas,
los fosfolípidosproporcionan una clara separación entre el interior del orgánulo y el citoplasma.
En contraste, los organelos no unidos a la membrana son estructuras que crean ambientes
bioquímicos distintos mediante la organización e inmovilización de un conjunto seleccionado
de macromoléculas. Debido a la ausencia de barreras lipídicas, las moléculas que ingresan a
los orgánulos no unidos a la membrana se procesan a través de rutas de reacción complejas
con gran eficiencia. Los orgánulos no unidos a la membrana pueden impartir muchas de las
ventajas de la compartimentación a las reacciones que tienen lugar en la célula. Sin embargo,
debido a que carecen de la barrera de fosfolípidos de sus equivalentes unidos a la membrana,
muchos de estos compartimentos no unidos a la membrana no pueden concentrar ni excluir
moléculas pequeñas específicas, e intercambian más rápidamente sus componentes con su
entorno. Recuperación de fluorescencia después del fotoblanqueoLos experimentos (FRAP)
indican que el tiempo para que las moléculas dentro de los compartimentos no unidos a la
membrana se intercambien con el fluido circundante es del orden de minutos. Además, un
sistema modelo que muestra muchas de las características centrales de los orgánulos no
unidos a la membrana sugiere que las composiciones compartimentales pueden realinearse
en tan solo unos pocos segundos en respuesta a los cambios fisicoquímicos en su
entorno. Esto está en marcado contraste con los organelos unidos a la membrana, como las
mitocondrias, cuyas vidas medias se estiman en varios días. Además, como se muestra en
la Fig. 1, los orgánulos no unidos a la membrana son típicamente más pequeños que los
organelos unidos a la membrana, aunque existe una considerable diversidad en sus
tamaños. En este sentido, los organelos no unidos a la membrana llenan un espacio en la
organización celular, en términos de longitud y escalas de tiempo, entre las macromoléculas
solubles y los orgánulos unidos a la membrana. En la siguiente sección, discutiremos los
principios fisicoquímicos involucrados en la formación y organización de orgánulos no unidos
a la membrana.

Fig. 1 . Escalas de longitud de organelos no unidos a la membrana. Los tamaños de organelos

no unidos a la membrana abarcan un amplio rango, desde decenas de nanómetros en el caso
de los ribosomas, hasta micrones en los casos de nucléolos de ovocitos. La mayoría de los
organelos no unidos a la membrana tienen un tamaño de cientos de nanómetros,
colocándolos en una escala de longitud intermedia entre las macromoléculas y la mayoría de
los orgánulos unidos a la membrana.
3 . Propiedades fisicoquímicas de organelos no unidos a la membrana

Debido a su falta de membranas lipídicas que abarquen, los orgánulos no unidos a la

membrana dependen de diferentes mecanismos fisicoquímicos para su formación y
estabilidad. En particular, las proteínas y los ácidos nucleicos se organizan para formar una
interfaz directamente con el citoplasma. En esta interfaz, las proteínas y el ARN se
intercambian fácilmente con las moléculas solubles circundantes, haciendo que el tamaño y la
composición de los organelos no unidos a la membrana sean más dinámicos que los
orgánulos con membranas. Además, la alta densidad de macromoléculas que interactúan
débilmente provoca que el entorno físico dentro de los orgánulos unidos a la membrana sea
mucho más viscoso que los interiores típicos de los orgánulos unidos a la membrana. Los
diferentes tipos de interacciones electrostáticas dentro de organelos no unidos a la
membrana, incluyendo ión-ion, ion-dipolo, dipolo-dipolo, catión-Las interacciones π y π - π ,
junto con las fuerzas de apiñamiento entrópico, complican en gran medida la imagen
fisicoquímica, haciendo que una teoría predictiva de su formación, morfología y estabilidad
sea un desafío continuo para la comunidad de la biofísica. A continuación, revisamos el
progreso reciente en la comprensión de los procesos complejos que rigen la estructura de
orgánulos no unida a la membrana.
La estructura dinámica de los organelos no unidos a la membrana está controlada por la física
de la separación de fase líquido-líquido
Los aspectos fisicoquímicos de las separaciones de fase líquido-líquido dentro de las células
se han revisado recientemente, por lo que proporcionamos solo una breve sinopsis,
destacando los hallazgos clave. La separación de fase líquido-líquido es un fenómeno bien
estudiado en física de materia blanda en el que una solución de moléculas inicialmente
mezclada se separa en dos (o más) fases después, por ejemplo, de bajar la temperatura. El
modelo canónico de Flory-Huggins para la separación de fase líquido-líquido consiste en un
polímero de un único tipo de monómero sumergido en un disolvente simple. Las interacciones
entre los monómeros, los monómeros y el disolvente, y las moléculas del disolvente
difieren. En el caso de interacciones desfavorables de monómero-disolvente, una fase
condensada es favorable, en la que el polímero maximiza los contactos automáticos. Sin
embargo, el costo entrópico de separar el polímero del disolvente favorece el estado bien
mezclado en el que el polímero se extiende parcialmente. Dado que este costo entrópico
crece con la temperatura, transición de la fase condensada del polímero a la fase bien
mezclada a una temperatura crítica determinada por las energías de interacción y la
concentración del polímero.
Típicamente, se forman gotitas de moléculas con una concentración interna que es mucho
mayor que la concentración fuera de la gota, en el entorno circundante. En general, la
separación de fases es muy sensible a los cambios en ciertos parámetros, como la
temperatura, la fuerza iónica, el pH o la concentración molecular. Las gotas se forman
repentinamente con un pequeño cambio de temperatura o concentración de sal, y al revertir el
cambio de temperatura o perturbar débilmente la fuerza iónica de la solución, las gotas
pueden disolverse nuevamente. Los saltos discretos en la concentración y las composiciones
que resultan de las transiciones de fase líquido-líquido significan que las estructuras líquidas
mesoscópicas, tales como las gotículas macromoleculares, son extremadamente sensibles a
los cambios en las condiciones fisicoquímicas.
La visión de organelos no unidos a la membrana como materiales separados por fases fue
apoyada por los primeros estudios en cuerpos nucleares llamados P-gránulos . Los
experimentos biofísicos demostraron que eran el resultado de proteínas nucleares y ARN que
pierden solubilidad y se condensan en gotas esféricas. Las gotitas poseen las propiedades de
los líquidos, incluida la capacidad de fluir bajo tensión de cizallamiento, fusión de gotas y
humectación superficial. Se formuló la hipótesis de que la permisividad y la unión débil entre
las proteínas de unión a ARN y ARN proporcionan las condiciones adecuadas para la liquidez
de la fase condensada. Estudio adicional del ovocito anfibioLos nucleolos reforzaron la idea
de que la separación de fase líquido-líquido podría ser un fenómeno general entre los
orgánulos no unidos a la membrana ( Brangwynne et al., 2011 ). El nucleolo de los ovocitos
mostró una distribución de tamaños que podría ser bien descrita mediante un proceso de
agregación de gotitas y se observó directamente la fusión de nucleolos. El análisis de la
dinámica de relajación indica que los cuerpos no unidos a la membrana son de tres a seis
órdenes de magnitud más viscosos que el agua.
Las propiedades fisicoquímicas de las gotitas separadas por fases también responden muy
bien a las condiciones ambientales, como el contenido de sal y ARN, que disminuyen la
viscosidad de las gotas. Curiosamente, el agotamiento del ATP también produjo una
disminución de la viscosidad, lo que sugiere que la liquidez de los nucléolos puede controlarse
metabólicamente, y las propias gotas pueden tener componentes activos. Se han realizado
progresos recientes en nuestra comprensión de los mecanismos que impulsan el ensamblaje
de los orgánulos y dictan sus propiedades fisicoquímicas. El modelo de Flory-Huggins,
aunque simple, proporciona una base para la comprensión de la separación de fase líquido-
líquido más compleja que se produce en el entorno intracelular lleno de gente, diverso en
especies y cargado. Las extensiones de la teoría de Flory-Huggins que tratan la interacción
electrostática usando un enfoque de campo medio pueden abordar parte de la complejidad
añadida encontrada en la célula, pero son insuficientes para describir muchas de las
interacciones clave.
En primer lugar, describir las interacciones entre polielectrolitos , iones y otras proteínas, que
dependen en gran medida de la fuerza iónica y el pH del medio, sigue siendo teóricamente
desafiante. Los esfuerzos de modelado se ven obstaculizados por la naturaleza de largo
alcance de las interacciones electrostáticas, el gran conjunto de configuraciones posibles de
los polielectolitos y los iones circundantes, y la solvatación variable de los iones individuales
cercanos al polielectrolit. Mientras que las teorías de campo medio pueden ser aplicables
a las interacciones iónicas con superficies cargadas planas, estas teorías se descomponen
para los polielectrolitos debido a la naturaleza de corto alcance de las interacciones entre
residuos cargados vecinos. Por lo tanto, el estado de ionización de un polielectrolito, que es
importante para la formación de fases densas de polielectrólito-proteína, depende tanto de los
efectos a largo plazo debido a la fuerza iónica del medio, como de las interacciones de corto
alcance entre cargas vecinas en el polielectrolito.
Si bien las teorías de las interacciones entre iones y polielectrolitos proporcionan un marco
para analizar la separación de fase líquida y líquida de los polímeros cargados, la formación
de orgánulos no unidos a la membrana se complica aún más por el importante papel
desempeñado por la secuencia de aminoácidos. La secuencia de aminoácidos es de
particular interés porque muchas proteínas implicadas en la formación de gotitas de líquido
intracelular tienen regiones intrínsecamente desordenadas. Recientemente, se demostró que
los orgánulos unidos a la membrana se formaron a partir del N-terminal desordenadode Ddx4
fueron en gran medida impulsados por las interacciones electrostáticas resultantes del patrón
de la secuencia de aminoácidos, y la estabilidad de los cuerpos podría ajustarse a través de
perturbaciones ambientales. La promiscuidad de unión por proteínas con regiones
desordenadas probablemente facilita la formación transitoria y la liquidez de orgánulos no
unidos a la membrana.
Por último, la tremenda diversidad de especies que componen el medio celular proporciona un
desafío biológico único. Mientras que la mayoría de la teoría de la materia blanda se ha
desarrollado para mezclas de polímeros de una o unas pocas especies moleculares, el
entorno intracelular consiste en miles de tipos de moléculas diferentes, cada uno con un
número de copias relativamente bajo. Un estudio reciente ha intentado abordar este problema
a través de la simulación Monte Carlo de mezclas con alta diversidad de especies. Las
simulaciones muestran que las mezclas aleatorias con un gran número de especies muestran
dos clases de comportamiento: uno con fases desmezcladas espacialmente heterogéneas
que se enriquecen en un pequeño número de especies y otro con dos fases similares con alta
heterogeneidad. Los primeros se ven favorecidos en casos con una gran varianza en la fuerza
de las interacciones intermoleculares entre especies, y las múltiples fases que surgen se
muestran como fácilmente ajustables mediante el ajuste de los potenciales químicos de las
moléculas constitutivas. Las simulaciones respaldan la idea de que la separación de fase
líquido-líquido en la célula es una propiedad general de las mezclas multicomponentes, y
sugiere que la diversidad de interacciones es crucial para la coexistencia multifásica. Sin
embargo, queda por ver cómo descripciones más detalladas de las interacciones
intermoleculares relacionadas con los iones,
Ha quedado claro que las células operan cerca del límite de la fase líquido-líquido y utilizan
estas transiciones para el control funcional. Por ejemplo, el crecimiento de nucléolos y
"gotículas extranucleolares" en el nucleoplasma muestra las características de las transiciones
de fase de primer orden en las que los parámetros locales termodinámicos que rigen el estado
del sistema se alteran por procesos activos que tienen lugar en los sitios de transcripción del
ARN ribosómico ( Berry et al., 2015 ). En un proceso de control similarmente activo, la
formación del centrosoma parece depender de un proceso de crecimiento autocatalítico que
está nucleado por el centriolo. Además, las proteínas modelo multivalentes que actúan como
andamios para los agregados en fase líquida han arrojado luz sobre la relación entre la
separación de fase líquido-líquido y la valencia de las moléculas que interactúan. La evidencia
reciente indica que estas proteínas de andamiaje multivalente concentran proteínas cliente de
menor valencia. Alterando la concentración de proteínas de andamiaje, la cantidad de
partición proteica cliente en la fase condensada podría modularse de manera similar a la
observada en cuerpos de procesamiento naturales ( cuerpos P) y cuerpos nucleares de
leucemia promielocítica (PML).
En los últimos años, ha surgido una imagen de organelos no unidos a la membrana como
estructuras líquidas altamente sensibles de proteínas que interactúan débilmente y ARN. Su
capacidad de respuesta es el resultado de su proximidad (en el espacio de fase) a las
transiciones de fase líquido-líquido, con composiciones de fase y puntos de transición
fácilmente modificados por colas ambientales. La ubicuidad de las estructuras no unidas a la
membrana tanto en el núcleo como en el citoplasma indica que la organización a través de la
separación de fase líquido-líquido probablemente desempeña un papel fisiológico
importante. En la siguiente sección, buscamos abordar este rol.

4 . Fisiología de organelos no unidos a la membrana: ¿biorreactores o depósitos de

almacenamiento?

Comprender la función de los orgánulos no unidos a la membrana sigue siendo un desafío

para los biólogos celulares y los fisiólogos celulares. En general, los compartimentos unidos a
la membrana tienen dos propósitos aparentemente opuestos: localizar ciertas moléculas y
procesos, mejorando así la eficiencia de las reacciones bioquímicas y secuestrando moléculas
para su uso posterior, disminuyendo la tasa de bioquímica que involucra esas moléculas. La
evidencia sugiere que los orgánulos no unidos a la membrana desempeñan papeles
similares. Por ejemplo, el nucleolo sirve como la ubicación de la transcripción del ARN
ribosomal, el procesamiento del ARN pre ribosomal y la modificación postranscripcional, y el
ensamblaje de la subunidad ribosómica . Aunque su papel principal parece ser la biogénesis
ribosómica, el nucléolo también modula la proteína supresora de tumores p53, que causa
la apoptosis como parte de la respuesta al estrés celular , y secuestra laisoformaγde la
proteína fosfatasa 1 durante la interfase y transcriptasa inversa hasta las últimas etapas de
la mitosis (Khurts et al., 2004). De forma similar, una función posible de paraspeckles,
pequeños compartimentos subnucleares localizados en el espacio de intercromatina, puede
ser regular proteínas relacionadas con la diferenciación celular mediante el secuestro de
moléculas de ARNm clave.
Los orgánulos no unidos a la membrana actúan como biorreactores
En entornos confinados o atestados, las tasas de reacciones bioquímicas pueden diferir
notablemente de sus contrapartes diluidas y bien mezcladas. El hacinamiento reduce el
coeficiente de difusión de los reactivos, ralentiza las reacciones de difusión limitada y da lugar
a una cinética de reacción similar a un fractal. Si la concentración de reactivos crece, la
probabilidad de que ocurra una reacción aumenta. A diferencia de los entornos concentrados,
la fracción de volumen de las macromoléculas difusoras es grande, mientras que la
concentración de especies específicas puede permanecer relativamente pequeña en entornos
congestionados. En condiciones de gran diversidad molecular y de hacinamiento, la difusión
inhibida puede suprimir las reacciones que de otro modo serían favorables. Por lo tanto, las
concentraciones heterogéneas que corral interactúan especies tienen un efecto catalítico en la
superación de la barrera difusional. Este es ciertamente el caso de la biogénesis de
ribosomas, que requiere la coordinación espacio-temporal de aproximadamente 170 proteínas
diferentes, muchas de las cuales residen en el nucléolo. El nucléolo alberga más de 60
diferentes ribonucleoproteínas nucleolares pequeñas (snRNP) que modifican el ARN pre
ribosomal después de la transcripción. La serie de reacciones requeridas para la producción
de la subunidad ribosómica se basa en la maquinaria dirigida y la organización espacial que
se encuentra en el nucléolo. Recientemente, se ha formulado la hipótesis de que los nucléolos
aceleran el corte y empalme de ARNr debido a su formación en el lugar de la
transcripción. Desde hace tiempo se ha propuesto que la reactividad potenciada es una de las
principales funciones de otros orgánulos nucleares separados por fases también. Los cuerpos
de Cajal, por ejemplo, son conocidos por concentrar los componentes de ARN y proteína de
varias RNP. Aunque no son necesarios para la supervivencia celular ( Tucker et al., 2001 ), la
evidencia indica que los cuerpos de Cajal aceleran la formación de RNP. Recientemente, se
descubrió que el locus histónico es esencial para la biogénesis del ARNm de histonas al
concentrar la proteína grande asociada a FLICE y la RNP pequeña nuclear U7, lo que
proporciona más credibilidad a la opinión de los subcompartimientos nucleares como
localizadores de reacción.
En el citosol, los gránulos de mRNP, incluidos los P-cuerpos y los gránulos de estrés , son
importantes para la localización, procesamiento y degradación del ARNm. Los P-cuerpos
contienen una alta concentración de ARNm desencadenando factores y experimentos en los
que la descomposición del ARNm está estancada muestran que los intermediarios de
descomposición también se localizan en los P-cuerpos, sugiriendo que los P-cuerpos son un
sitio de degradación del ARNm. Esto se ve respaldado por la observación de que los cuerpos
P se reducen de tamaño cuando los ARNm están atrapados en los polisomas., y crecer en
tamaño en respuesta a la inhibición de la catálisis de decapping o degradación 5 'a 3'. De
forma similar a los P-cuerpos, los gránulos de estrés son focos de mRNP implicados en
la regulación postranscripcional de ARNm. Los gránulos de estrés se forman en respuesta a
las tensiones ambientales que impiden la transcripción. Mediante la concentración de
proteínas de unión a mRNA y mRNA, los gránulos de estrés aumentan las tasas de
asociación de mRNP. Un ejemplo de esto es el reclutamiento de proteínas antivirales para los
gránulos de estrés y su posterior activación después de la infección viral. Además, algunos
virus han desarrollado mecanismos para suprimir la formación de gránulos de estrés,
reforzando aún más el papel de los gránulos de estrés para aumentar la actividad de
proteínas antivirales durante la respuesta inmune. Los estudios FRAP de dinámicas de
componentes de gránulos de estrés sugieren que las moléculas de ARNm salen fácilmente de
los gránulos de estrés con tiempos de residencia de pocos segundos y la evidencia sugiere
que ciertas moléculas de ARNm pueden seleccionarse selectivamente para la degradación
mediante asociación con proteínas desestabilizadoras. En resumen, tanto los P-cuerpos como
los gránulos de estrés sirven como estructuras transitorias que se forman y desarman cuando
se requiere control de la tasa de transcripción.

Los orgánulos no unidos a la membrana sirven como depósitos de almacenamiento

Aunque en muchos casos los orgánulos no unidos a la membrana aceleran los procesos
bioquímicos mediante la concentración de los reactivos, también hay evidencia de un papel
aparentemente contradictorio en el retraso de los procesos a través del secuestro. Los
cuerpos P, por ejemplo, secuestran un pequeño subconjunto de ARNm durante la inanición
de glucosa y proteínas que se reactivan después de la realimentación. El almacenamiento de
estas transcripciones podría ser una forma eficiente para que las células puedan hacer frente
a los entornos que cambian rápidamente, en lugar de la degradación y la traducción en
respuesta a los niveles de estrés fluctuantes. Los gránulos de estrés también están
íntimamente relacionados con los P-cuerpos a través de interacciones complejas, y aún poco
entendidas. Los P-cuerpos y los gránulos de estrés atracan entre sí, y los niveles de Dhh1 /
RCK parecen cambiar de los P-cuerpos a los gránulos de estrés a medida que aumenta la
duración del estrés. Por lo tanto, parece plausible que los factores de ARNm y proteína se
muevan entre polisomas, cuerpos P y gránulos de estrés en respuesta al estrés. El propósito
de los gránulos citoplasmáticos podría ser aumentar el ensamblaje de mRNP para aumentar
la tasa de deterioro del ARNm y secuestrar ciertos ARNm y proteínas que pueden ser
perjudiciales para la célula.
Dentro del núcleo, los pequeños cuerpos centrados alrededor de agregados de cuerpos
nucleares de PML contienen una amplia gama de proteínas que se requieren para funciones
que no están directamente asociadas con los cuerpos de PML. Esto ha llevado a la visión de
los cuerpos de PML como depósitos de almacenamiento localizados para proteínas nucleares.
Otro ejemplo más de organelos no unidos a la membrana que actúan como repositorios son
motas nucleares, que se observa que almacenan factores de corte y empalme cuando se
interrumpe el empalme.
La heterogeneidad química inducida por las transiciones de fase líquido-líquido dentro de la
célula acelera y desacelera la bioquímica. La Fig. 2 muestra cómo podría ocurrir esto en una
mezcla ternaria. En sistemas más complejos, ambos efectos pueden estar presentes para
diferentes moléculas dentro del mismo orgánulo no unido a la membrana. Por ejemplo, bajo la
inanición de la glucosa, los P-cuerpos ayudarán a la desintegración de la mayoría del ARNm,
mientras preservan un subconjunto del ARN del gen de la proteína ribosomal. Si bien hay
claros beneficios de desacelerar los procesos no deseados mientras se aceleran otros en
tiempos de cambios rápidos en el medio ambiente, todavía hay varias preguntas pendientes
sobre los mecanismos biofísicos y bioquímicos a través de los cuales se logra esta
multifuncionalidad. Estudios recientes indican que la composición de organelos no unidos a la
membrana puede depender de la abundancia de ciertas proteínas de andamiaje multivalentes.
Cómo se relaciona el control de la composición con el procesamiento bioquímico sigue sin
estar claro. Además, deben determinarse las características fisicoquímicas que conducen a
que cierta macromolécula cliente sea secuestrada por un agregado de andamio, mientras que
otras se vuelven cada vez más activas. La respuesta a estas preguntas requiere la
comprensión tanto de la separación de fases de conducción energética y la cinética de las
interacciones específicas dentro de la fase condensada. Los modelos teóricos basados en
ecuaciones de reacción-difusión y los modelos de acción masiva se han centrado
principalmente en la formación y estabilidad de orgánulos no unidos a la membrana. La
vinculación de estos modelos a la función del orgánulo proporciona un emocionante desafío
futuro para los biofísicos experimentales y teóricos.

Fig. 2 . Regulación por fases del plegado asistido por chaperonas. El panel superior muestra
tres posibles mezclas de una proteína, que puede estar en una conformación desplegada A ,
o conformación plegada A *, y chaperona B que cataliza la transición desde A a A *. El panel
inferior muestra curvas de progreso esquemáticas para el plegado de A , que corresponde a
las mezclas directamente arriba. La columna de la izquierda muestra un caso bien mezclado,
en el que la reacción avanza a un ritmo moderado. En la columna del medio, la mezcla se
separa en una fase rica en proteínas en la conformación desplegada y chaperonas,
catalizando la transición deA a A *. En la columna derecha, la mezcla forma una fase
desprovisto de chaperones, secuestrar eficazmente proteínas en la conformación A .

Discusión

El mayor interés en organelos no unidos a la membrana en la última década ha llevado a un

cambio de paradigma en nuestra comprensión de la organización celular. La prevalencia de
organelos no unidos a la membrana indica que la organización se extiende a todas las escalas
celulares y es mucho más dinámica de lo que se pensaba anteriormente. De hecho, ha
quedado claro que las células utilizan transiciones de fase líquido-líquido para organizar
transitoriamente tanto el nucleoplasma como el citoplasma con el fin de regular
positivamente algunos procesos mientras regulan negativamente a otros. Aunque la teoría
clásica para las transiciones de fase de polímero proporciona un marco conceptual útil, los
estudios recientes destacan la importancia de la multivalencia proteica y el trastorno intrínseco
y el flujo de energía no en equilibrio en forma de ATP, muestran que se necesita una teoría
más matizada para describir las transiciones de fase intracelulares. Esto está motivado
adicionalmente por las observaciones de que la abundancia de ciertas proteínas que
proporcionan andamiaje para proteínas cliente menos propensas a la agregación puede
regular la composición de orgánulos no unidos a la membrana.

La formación de organelos no unidos a la membrana es un proceso de varios pasos

Una posibilidad es que la formación de orgánulos no unidos a la membrana sea un proceso de

múltiples pasos, donde el primer paso implica la formación de un andamiaje inicial, que luego
recluta proteínas y ARN del cliente. Las formaciones iniciales pueden ocurrir a través de
varios mecanismos diferentes. Se ha observado una vía en varios sistemas modelo que
implican proteínas cargadas con trastorno intrínseco, llamada coacervación compleja, en la
que se separa una fase de solución de polímero en una fase densa y una fase dispersa
con policationes y polianiones presentes en ambas fases para limitar las repulsiones de carga
similar ( Veis, 2011 ). Otra vía puede ser la formación de estructuras de hojas β cruzadas,
similar aformación de fibrillas amiloides . Esto ha sido implicado en la formación temprana del
cuerpo de Balbani en ovocitos . Los dominios similares a priones y los dominios de baja
complejidad, que promueven la formación de cadenas β , son importantes para la formación
de paraspeletos, cuerpos P y gránulos de estrés. Recientemente,se observó la formación de
estructuras de láminas β cruzadas después de la separación de fase líquido-líquido,
estabilizando la fase condensada, lo que sugiere que tanto la coacervación compleja como la
unión de hidrógeno β-las cadenas pueden trabajar juntas para apoyar la formación de
orgánulos no unida a la membrana. Una vez que estas proteínas iniciales se han separado,
actúan como un andamio de proteínas atadas y cargadas que proporcionan una red de sitios
de unión para el ARN y las proteínas del cliente. La red proteica ensamblada por la
separación de fases inicial puede servir tanto para capturar las moléculas del cliente como
para dirigir sus interacciones, de manera similar a la profilina y las forminas durante
el ensamblaje del filamento de actina .

La compartimentalización de organelos no unidos a membranas y unidos a la membrana tiene

propósitos fisiológicos distintos

La visión emergente de estructuras y funciones orgánicas no unidas a la membrana, en las

que una red de proteínas de andamiaje localiza y facilita las interacciones entre moléculas,
difiere de la compartimentalización de orgánulos unidos a la membrana de una manera
fundamental: las membranas concentran las moléculas del cliente al colocar una barrera en la
periferia, mientras que los organelos no unidos a la membrana se concentran por medio de un
sistema de ataduras que retienen las moléculas del medio. Una analogía útil podría ser evitar
que una manada de caballos huya. O se puede construir una valla alrededor de un potrero, o
los caballos se pueden atar a un poste de enganche. En realidad, las interacciones débiles
entre las proteínas de andamiaje hacen que el andamio sea altamente dinámico e imbuye a
los orgánulos no unidos a la membrana con sus propiedades similares a los líquidos.
De esta forma, la función de los orgánulos no unidos a la membrana está estrechamente
ligada a los procesos fisicoquímicos que conducen a su partición desde el nucleoplasma y el
citoplasma. Mientras que algunas moléculas son reclutadas para organelos no unidos a la
membrana para aumentar su velocidad de reacción, otras macromoléculas pueden ser
secuestradas para ralentizar un proceso, como la traducción de ARNm durante la inanición de
la glucosa. Una mejor comprensión de los orgánulos no unidos a la membrana proporcionará
información muy necesaria sobre cómo las células controlan de manera eficiente y simultánea
un conjunto diverso de reacciones químicas en el interior lleno de células. Una posibilidad es
que la formación de orgánulos no unidos a la membrana actúe como un interruptor de
encendido y apagado, mientras que las velocidades de reacciones específicas se ajustan por
la composición macromolecular de los orgánulos formados.
¿Cómo la química biofísica de los orgánulos no unidos a la membrana dicta la fisiología del
orgánulo?

Se ha prestado una atención significativa a las bases estructurales, funcionales y dinámicas

para la formación de orgánulos no unidos a la membrana. Sin embargo, apenas estamos
empezando a comprender la química biofísica y la cinética de las reacciones dentro de los
orgánulos no unidos a la membrana. La distribución de tamaños de organelos no unidos a la
membrana también presenta algunas preguntas interesantes. En primer lugar, el tamaño de
los organelos no unidos a la membrana se encuentra entre las escalas de longitud de las
macromoléculas (~ 1 nm) y organelos unidos a la membrana (~ 1 μmetro). ¿Qué principios
físicos pueden explicar esto? ¿Hay alguna ventaja de unir las moléculas juntas a escalas de
10-100 nm que disminuye a medida que crece el tamaño del agregado, o la ventaja está
relacionada con una mayor funcionalidad como catalizador de reacción? Relacionado con
esto, ¿cómo las velocidades de reacción dependen de las distribuciones de tamaño de los
orgánulos libres de membrana? Dado que los entornos densamente llenos retrasan la difusión
y, por lo tanto, pueden limitar las velocidades de reacción, una posibilidad es que los
organelos más pequeños faciliten las reacciones, mientras que los orgánulos más grandes se
comportan más como depósitos de almacenamiento. Claramente, los detalles de la relación
entre la escala de tamaño, la estructura y la función serán mucho más matizados, pero
responder a estas preguntas debería proporcionar un comienzo útil. Un mayor conocimiento
del funcionamiento de los orgánulos no unidos a la membrana dependerá de la disección
cuidadosa de la formación de orgánulos, composición y actividad. Particularmente
interesantes serían las medidas de las velocidades de reacción en función de la fracción y la
composición del volumen en fase condensada. Por último, la investigación continua en esta
área mejorará nuestra comprensión de la función normal no ligada a la membrana, así como
su papel cada vez más importante en la enfermedad.

¿Necesitamos revisar las teorías del origen de la vida y las células?

Los orgánulos no unidos a la membrana también presentan algunas preguntas intrigantes con
respecto al origen de la vida. La organización macromolecular se ha asociado desde hace
tiempo con las primeras etapas de la vida, y la noción de que esta organización era el
resultado de la separación de fases en un fluido complejo se propuso por primera vez hace
casi 90 años. Aunque la idea original de que esta primera etapa de la organización ocurrió en
una "sopa primordial" ahora parece improbable, en parte porque la concentración de tal
mezcla requeriría grandes cantidades de moléculas orgánicas, las teorías actuales sobre el
origen de la vida sugieren los poros alcalinos los respiraderos hidrotérmicos proporcionan
ambientes excelentes para la síntesis e interacción macromolecular. Los poros angostos de
estos respiraderos también pueden haber aglomerado macromoléculas tempranas para
proporcionar las condiciones necesarias para la separación de fases de forma muy similar a
como lo hace el citoplasma de las células. En este sentido, los organelos no unidos a la
membrana pueden haber sido precursores de la vida unida a la membrana. Curiosamente, un
estudio teórico de emulsiones activas mostró que las gotas esféricas pueden dividirse
espontáneamente en dos gotas hijas en un proceso parecido a la mitosis. El papel de las
gotas activas en el surgimiento de las células es una vía de investigación emocionante y poco
explorada.
La necesidad básica de organización en todas las formas de vida sugiere que los orgánulos
no unidos a la membrana eran componentes probablemente esenciales de los endosymbiants
discutidos por Sagan (1967) . Los cuerpos basales "9 + 2" son uno de esos ejemplos. La
incorporación endosimbiótica de mitocondriasen arqueas, lo que permitió que la producción de
energía escalara libremente con el volumen celular, catalizó la aparición de células eucariotas
mucho más complejas. La capacidad de producción aumentado proporcionado por las
mitocondrias también creó una necesidad de una mayor organización de la cada vez más
diversa ambiente intracelular, la mejora de la importancia de los orgánulos no unidos a la
membrana. De esta forma, el origen de los eucariotes está inextricablemente vinculado a las
mitocondrias ligadas a la membrana, lo que permitió la producción de un gran número de
nuevas moléculas y los numerosos orgánulos no unidos a la membrana que los organizaron
en componentes funcionales.