Clase 13 – P1: Mutaciones del DNA

La mutación es un cambio. Se tiende a pensar que la mutación es algo malo, algo que hará daño, pero no
necesariamente es así. Por ejemplo, las mutaciones del DNA pueden ser favorables, se han visto, en la
evolución, modificaciones que han permitido a la especie poder afrontar los cambios que existen en la
naturaleza.

Por otro lado, hay mutaciones que son neutrales, porque podemos tener un cambio en la secuencia, pero si
este cambio corresponde a una secuencia de un gen que codifica para una proteína, puede ser que esa
modificación puntual no se traduzca en un cambio en un aminoácido, entonces en el fondo, a pesar de que
hay un cambio en el DNA, en la proteína ni se nota.

Y, obviamente, están las mutaciones que hacen daño y

que pueden llevar a una patología.

Estas mutaciones pueden ser por causas exógenas o

endógenas, o sea, puede haber un agente externo o
puede ser producto de procesos metabólicos que
inducen un cambio. Independiente de la causa, el DNA
se va a dañar, pero este daño se puede reparar y si no
se repara va a formar una mutación, porque va a
seguir propagándose en las siguientes células.

El daño del DNA puede ser a nivel nuclear o

mitocondrial. Como se mencionó anteriormente si no
hay una reparación de este daño se puede hablar de
una mutación que se va a ir propagando y puede llegar a generar cáncer. Si no se logra revertir, por los
mecanismos de reparación, lo ideal es que la célula muera (apoptosis). El DNA dañado también produce
envejecimiento.

*Senescencia: Envejecimiento que va teniendo la célula.

*Apoptosis: Muerte celular programada.

Si uno piensa en una célula saludable, la tasa de daño del DNA es igual a la tasa de reparación, pero si esta
tasa de daño es mayor que la tasa de reparación, ahí derivamos en una patología. Sufrimos hasta 500.000
modificaciones de DNA por célula, por día. Es mucho, pero tenemos mecanismos para reparar.

Una mutación puede ser causada por:

 Rompimiento de un enlace fosfodiéster, recordar de replicación: siempre vamos formando un enlace

fosfodiéster, porque si no están unidos los nucleótidos hay un salto, un vacío y eso se va a traducir
en una alteración.

 Eliminación o incorporación de una base, nos referimos al nucleótido (muchas veces se usa el
termino base y se entiende que eso nos lleva al nucleótido, no es que vayan a estar dos bases
asociadas al azúcar.
  Modificación de las bases por medio de la adición de grupos reactivos, que se conviertan de una en
otra

 Formación de enlaces covalentes, son fuertes y eso puede ser entre bases de una misma hebra o de
hebras opuestas

Términos con los que nos podemos encontrar

Tenemos las transiciones que son cambios de base, como de una pirimidina por otra pirimidina, de una
purina por otra purina.

Las transversiones son cuando cambiamos el tipo de base nitrogenada, de pirimidina a purina o de purina a
pirimidina

Las inserciones o deleciones son cuando se agregan o se pierden nucleótidos

Las mutaciones puntuales se refieren a un nucleótido en especifico.

Hay regiones del DNA que son más propensas a sufrir mutaciones, estos son los hotspots, usualmente son
regiones que corresponden a secuencias más repetitivas.

Los microsatélites son regiones con secuencias repetitivas y hay muchos de estos que están en la zona
central, en el centrómero en una secuencia repetitiva.

Otro aspecto que tiene que ver con esto de las secuencias
repetitivas, es que se forman estos “nudos” que son
secuencias que se están repitiendo y que lógicamente
pueden tener algún apareamiento y eso va a hacer que se
forme esta estructura. Obviamente, como son tantas, podría
generar una mutación la replicación* de esta estructura,
por ejemplo con el Huntington, con los residuos de vitamina, si tenemos un numero aceptado, después hay
otro que aumenta un poco más y es como portador, pero no se alcanza a dar la patología todavía, y después
sobre 36 comienza a ser dramático y se genera este trastorno.

Alteraciones espontáneas del DNA

El color de la flecha corresponde a

lo que abajo se describe. (ataque
hidrolítico: vamos a romper la
molécula). Hablamos de la
depurinación, de 5000 purinas por
célula por día. Obviamente las
pirimidinas también van a sufrir
este ataque hidrolítico, pero en
menor proporción.
La depurinación, más o menos de 5000 purinas por
célula por día, las pirimidinas también sufren este
ataque hidrolítico pero en menor proporción, más o
menos en un veinteavo de lo que le ocurre a las purinas.

También podemos tener desmetilación, acá tenemos

una timina y el uracilo. Si esta timina pierde su grupo
metilo, se transforma en un uracilo. Entonces esta base
nitrogenada que normalmente tenemos en el DNA se va
a perder y vamos a tener una base que encontramos de
forma normal en el RNA.

Ejemplos de desaminaciones (pérdida del grupo amino)

de nucleótidos:

No confundir la xantina con la hipoxantina. La xantina es la desaminación de la guanina, mientras que la

hipoxantina es la desaminación de la adenina (vocal con vocal, consonante con consonante).

El DNA parental, entonces, sufre modificaciones. ¿Qué pasa cuando el DNA se replica al estar mutado? La
hebra mutada produce cambios, por lo tanto en una hebra donde originalmente debería haber habido “C-G”
va a haber “U-A”.

¿Por qué será que el DNA tiene timina y no

tiene uracilo, el cual está en el RNA? No es muy
difícil de deducir. En este caso vemos que hay
una citocina que se convirtió en uracilo.
Supongamos que el DNA tuviera normalmente
uracilo, lo que pasaría es que la maquinaria no
sabría si esta es una mutación o es un uracilo
común. Esto conlleva a que, como la
maquinaria no se da cuenta de que se ha
producido una mutación, no se produce la
reparación. Entonces el uracilo es una
mutación en el DNA ya que este sólo se
encuentra en el RNA. En síntesis, si
normamente el DNA tuviese uracilo, y en algún
caso ocurre una desaminación que hace que la
citocina se convierta en uracilo, en este caso la maquinaria enzimática no va saber discriminar si el uracilo
está mal (es una mutación) o está bien. Sin embargo, como en la realidad el DNA no contiene uracilo,
cuando la maquinaria enzimática detecta un uracilo, que es una situación distinta a lo normal del DNA…

La maquinaria enzimática no podrá identificar si un Uracilo está “malo” y el otro no. En cambio si detecta
un Uracilo en una situación distinta a lo normal lo detecta como algo extraño y lo repara.

El ADN tiene Timina y no Uracilo porque el Uracilo es detectado por la maquinaria como un “error” porque
en condiciones normales NO HAY URACILO. Si se tuviera un Uracilo en condiciones normales la maquinaria
no podrá distinguir si un Uracilo está bien y el otro está mutado. Repara los dos o no repara ninguno.
Las mutaciones y modificaciones no ocurren solo en el DNA, también se presentan en la transcripción. Sin
embargo, en el caso del DNA pasa a una siguiente generación, se propaga a una siguiente célula, y el
transcrito de RNA es por un período, se transcriben varios RNA y sólo puede salir mutado uno, lo que no
llega a notarse.

Otro ejemplo de cambios es en la Citocina, que se aparea con la Guanina. Pierde el grupo amino, y en vez de
Citocina, se transforma en Timina. Al igual que el caso anterior, si se tiene una hebra mutada, cuando se
replique no habrá ningún problema, pero la otra si lo tendrá.

Mecanismos de reparación

Reparación por remoción de bases:

- En primera instancia se remueve única y exclusivamente la base.

- Luego viene otra enzima y remueve el azúcar con el grupo fosfato.

- Luego viene la polimerasa y adiciona el nucleótido que corresponde.

- Finalmente viene la enzima ligasa, para sellar el enlace.

La maquinaria enzimática es la encargada de identificar y reparar las modificaciones que ocurran.

Radiación UV

Otro agente que produce mutación. Se tiene una molécula de DNA con un par G-C
G-C (Guanina y Citocina). La radiación ultravioleta puede generar dímeros (a
través de los enlaces covalentes que pueden ser dentro de la misma hebra o con
la de al lado). Cuando se forma un dímero se debe reparar, pero en el caso de que
no haya podido repararse, también puede ser replicado. Cuando se replica la
hebra parental que tiene las Guaninas, las Citocinas, por la estructura que se
forma con enlaces covalentes, no se puede aparear con una Guanina, que es lo
esperable, y se aparea con una adenina ya que la estructura que se forma por este
enlace covalente no es la misma que una citosina sola por lo que no permite su
unión con guanina, pero si con adenina.

y cuando se vuelve a replicar el DNA en una de las hebras pasa lo mismo, se

aparean los dímeros de citosina con adenina, pero en la otra hebra la adenina se aparea de forma normal
con timina.

Otro ejemplo mucho más común  Dímeros de Timina

* Lo enlaces covalentes también pueden ser en la hebra continua.

No es un efecto raro, por cada segundo expuesto al sol, 50-

100 de estos dímeros son formados, pero obviamente
alteran la estructura típica del DNA haciendo que venga la
maquinaria para reparar este error.
 Xeroderma pigmentosa

Patología provocada por la no reparación de los dímeros, son llamados los niños de
la noche ya que la exposición al sol les hace daño.

Incidencia: 1 por cada 250.000 (USA) y en Japón es 6x más común

En el grafico se observa como en una persona con Este grafico muestra como la formación de dímeros es
esta patología la maquinaria celular no es capaz de mucho más dramática en una persona con esta patología
reparar estos dímero que en una persona normal.

Entonces si es que lo logra se pierde ese espacio, esa región, o sencillamente no continua la replicación.

¿Cómo se arreglara este proceso? Se removerá una región de esta hebra que tienen la alteración y después
va a ser reparada y va a llegar la helicasa y la ligasa. ¿Por qué la DNA POLIMERASA I era exonucleasa?

*Exo: desde afuera, desde el comienzo empieza a eliminar.

*Endo: desde adentro, internamente.

La helicasa va a separar los puentes de hidrogeno, luego la polimerasa va a sintetizar lo que le corresponde
y luego viene la ligasa para sellar.

Existe otro mecanismo de reparación de estos dímeros de timina que está dado por las fotoliasas, aquí es
más fácil, porque la enzima se dirige al dímero y lo repara, rompe el enlace covalente que se forma, pero es
escaso.
Reparación por remoción de nucleótidos

Ejemplo del dímero de timina (también

puede ser otro dímero si hay una
reparación): va a llegar la endonucleasa, la
helicasa para romper los puentes de
hidrogeno, la polimerasa y la ligasa. No
deben pensar que ocurrirá solo en los
dímeros, también puede haber
apareamientos errados y eso también
puede llevar a que el mecanismo sea el
mismo, de remoción de nucleótidos, es
decir, remoción de un trecho y luego se
reemplaza por los correctos.

Cuando vean en un esquema una estructura asi [ˆ] quiere

decir que hay un apareamiento errado, asi se esquematiza,
porque si todo esta correcto lo veremos como la parte de aca,
sin esa curva.

Aquí la azul representa la hebra vieja y la roja representa la

hebra nueva ¿Por qué la parental es la azul y no la roja?
Porque tiene el grupo metilo. En general, aunque es más
dramático con las bacterias, este mecanismo de
reconocimiento por metilación es mucho mayor en bacterias.

Cuando se sintetiza la nueva hebra, ésta no tiene de inmediato

el grupo metilo, después hay metilación donde corresponde.
Aquí dice: hemimetilado, lo que quiere decir que una hebra
tiene el metilo y la otra no. Cuando hay un apareamiento errado ¿Cómo sabe la maquinaria cual es el que
está bien y el que está mutado? Va a reconocer lo grupos metilos.

Entonces, la maquinaria de enzimas que vendrá, acopladas con otras proteínas (siendo todo un complejo),
reconocerá los grupos metilo de la hebra parental que tiene los nucleótidos correctos, diferenciándola de la
hebra nueva, en dónde la polimerasa se equivocó al adicionar un nucleótido que no correspondía sin darse
cuenta, removiendo el segmento de esa hebra por acción de la endonucleasa y helicasa, luego vendrá la
polimerasa y la ligasa para reparar. Para eso sirve los grupos metilos.

Éste proceso es rápido (al igual que la agregación de metilos a la hebra hija).

En caso de que la maquinaria enzimática ni los controles se percaten del error, provocará una mutación que
se va a mantener. Pero es un criterio que ese daño
por apareamiento errado se va a reparar.

Pregunta: ¿Todas las hebras parentales parten con

grupos metilos, o es solo un ejemplo?
El DNA puede estar metilado, en el caso de las bacterias es
más dramático, pero nosotros igual tenemos. El mecanismo
de detección de grupos metilos es predominante en
bacterias. Se tiene un DNA de una célula, y se va a replicar, la
célula original posee un ADN que es el parental, se separa la
hebra y se realiza la síntesis, formando un nuevo DNA. Este
nuevo DNA, una hebra es igual a la parental y otra será la
nueva. La parental es la azul, la que tiene los grupos metilos,
porque ya sufrió las modificaciones, ya que para que la
célula se replique, debe tener un rato viviendo (no es
nueva), no está recién sintetizada. Entonces, si se duplica el
DNA, la nueva hebra no tendrá el grupo metilo de inmediato,
la polimerasa no agrega los nucleótidos con el grupo metilo,
lo agrega la metil transferasa. Como ésta no agrega
inmediatamente los metilos después de la replicación, la
maquinaria puede reconocer la hebra parental de la hija en
caso de error. Aun así, la metilación es rápida, pero demora
lo suficiente para revisar la hebra en busca de errores.

Los apareamientos errados pueden ser generados por las

formas tautómeras de las bases nitrogenadas, en dónde existe transformación de grupos.

Hay una transformación de grupos, no se pierde ningún

átomo, aquí hay un amino y este es un imino, aquí
tenemos un enlace y acá tenemos doble enlace porque el
hidrogeno ahora está en el nitrógeno. Entonces de amino
paso a imino, de cetónico a enólico.

Entonces lo predominante es esto que está encerrado. El

amino en el caso de la adenina y citosina, pero lo
podemos encontrar también en forma de imino y la
forma cetónica para guanina, timina y uracilo y en menor
proporción la forma enólica. Por lo tanto, en un ADN
normal pueden estar de estas dos formas y esto va a
permitir el apareamiento, pero si están de la forma menos común pueden generarse cambios en los
apareamientos.

Tenemos adenina y timina, sabemos que son

dos puentes de hidrogeno, aquí vemos la
estructura. Si la adenina cambia de grupo
amino a imino, entonces la adenina se va a
poder aparear con la citosina. Si tenemos
timina con codificación de OH la timina se va a
poder aparear con la guanina. Entonces estas
estructuras se pueden dar y van a favorecer
que se generen estos apareamientos.
 Existen otras causas para estas mutaciones
como el rompimiento accidental de las
hebras.

Esto se genera por radiación ionizante, agentes oxidantes, errores en la replicación y productos
metabólicos.

Entonces los agentes exógenos o agentes endógenos pueden hacer daño en este ADN y van a romper las
hebras y la maquinaria va a querer repararlo.

Inicialmente se rompe el ADN y se remueve el trecho para que después se puedan aparear y se disocien,
entonces va a haber pérdida de ciertos fragmentos y esto se conoce como recombinación no homóloga
porque llegan y se unen. Esto ocurre por la acción de enzimas.

Si esto no se repara van a empezar a romperse más

cromosomas.

Recombinación homóloga es el proceso de recombinación

entre el genoma paterno con el materno (sus alelos) por lo
que se genera un individuo con otras características, pero
acá no se pierde un pedazo como en el caso de la
recombinación no homóloga.

La idea es que esa parte donde se corta no se pierde, como

si se pierde allá.

Para que sepan que hay casos de modificaciones químicas como adición, que se puede agregar un grupo,
por ejemplo, se le agrega un metilo a una guanina, y no se fija por que lo ideal es que venga la enzima y lo
remueva, si no se remueve van a haber errores.

Hay errores que se pueden reproducir en la replicación.

1 error por cada 109nucleotidos copiados. Es una tasa muy baja. Si uno piensa en división de una célula,
hay síntesis de todo el DNA que es 6 X 109 nucleótidos habrían 6 mutaciones, entonces la enzima es muy
buena, prácticamente no se equivoca.
Vamos a tener daños al DNA producto de una serie de situaciones y si no se reparan generan muchos
problemas.

DNA mitocondrial (mDNA)

Tasa de mutación es 10- 20 veces mayor que ADN nuclear, se traducen en procesos patológicos,
envejecimiento prematuro y una serie de patologías.

Y como mencionábamos, mutaciones en el DNA se traducen en procesos patológicos, envejecimiento

prematuro, todos envejecemos pero una cosa es que sea prematuramente eso ya es trastorno, y una serie
de patologías que también vimos acá y es la misma diapo se la mostre una vez, daños neurológicos,
gastrointestinales, cardiorrespiratorios, etc.

Esto también a modo de repaso, les sirve para la prueba, mitocondrias, muchas mitocondrias y cada
mitocondria tiene muchos DNAs, y si uno piensa en un cigoto finalmente producto de la fecundación de un
óvulo y un espermio, la cantidad de mitocondrias mutadas va a ser la importante para decir si vamos a
tener una patología que puede ser grave o puede ser moderada o sencillamente es tan pobre la tasa de
mitocondrias afectadas que no se logra manifestar una alteración. Recordar que el mtDNA es circular y
tiene genes que codifican para proteínas que están en la mitocondria, pero la gran mayoría de las proteínas
vienen del núcleo, codificadas en el núcleo. Entonces aquí para que veamos algunas diferencias entre el
genoma nuclear y el mitocondrial.

Característica Genoma nuclear Genoma mitocondrial

Tamaño ~3,3x109 pb 16.569 pb

N° de ADN por célula 23 haploides, 46 diploides Varios miles de copias

N° genes codificados ~20.000 37 (13polipéptidos, 22tRNA,

2rRNA)

Densidad de genes ~1 por 40.000pb 1 por 450pb

Intrones Frecuentemente encontrados Ausente

% DNA codificante ~3% ~93%

Codón de uso Código genético universal AUA para metionina, TGA para
triptófano, AGA y AGG para
especificar codones de termino

Proteínas asociadas Nucleosoma asociado a proteínas No histonas, pero se asocia a

histonas y proteínas no histonas varias proteínas (TFAM)

Modo de herencia Herencia mendeliana Solo materna

La cantidad de DNA, si nosotros pensamos en cromosomas tenemos 46 cromosomas o lo que uno dice 23
pares, y acá son copias eso no es exactamente igual en cada una de las mitocondrias. En cuanto a la cantidad
de genes acá dice de 20000 a 30000, pero quédense con este numerito, 20000 y acá 37 se supone. La
densidad de genes aquí es 1 por cada 40000 pares de bases en comparación de acá que son 1 cada 450
porque obviamente es mucho más pequeño y tenemos ahí más seguido los genes. No hemos hablado de los
intrones, pero se acuerdan del colegio, algo que se remueve después vamos a hablar de eso, entonces el
nuclear si lo tiene, pero el mitocondrial no. Cuando hablan de porcentaje de DNA codificante, en realidad de
lo que se está hablando es de los genes que codifican para proteína, es un término mal utilizado más bien es
traducible. Como ya vimos las histonas se asocian al genoma del núcleo y en la mitocondria les puse este
para que vean que se asocia a proteínas pero no es a las histonas, por eso se le llama DNA desnudo, porque
no posee el grado de compactación del nuclear.

Y esto para terminar dice, el envejecimiento culpa a la mitocondria dañada, entonces la clase pasada
hablamos de los telómeros y el envejecimiento, bueno yo les decía esto es cuando se descubrió la
telomerasa o la enzima de la eterna juventud y la cosa no es tan así, y además de los telómeros, obviamente
que hay otros factores, ojalá que uno pudiera atribuir un trastorno a una sola causa sería más fácil de
atacar, pero no es tan así la cosa, entonces aquí además de lo relacionado a los telómeros adiciona lo que es
la mitocondria, específicamente al mtDNA, las mutaciones del mtDNA. Se ha visto que si este mtDNA está
mutado, se favorece la apoptosis. Hicieron un experimento acá, con unos ratoncitos transgénicos, le
hicieron algunos cambios en sus genes y tenían la DNA polimerasa mitocondrial que es la gamma mutada,
entonces no tenía la capacidad de reparar lo que incorporaba y con esta incapacidad de reparación, se
incrementan las mutaciones ¿Qué pasaba con estos ratoncitos? Al comienzo estaban bien, pero después se
empezaron a ver más signos de envejecimiento prematuro e incluso la vida media que eran de por lo
menos 850 días bajaba a 460 días porque todo el proceso se acelera. Y además una de las características
que tiene que ver con apoptosis son las mitocondrias, incrementa. Pero se veía que en general las que no les
pasaba tanto daño era a las postmitóticas por ejemplo neuronas y células musculares, en ellas no se veía
este efecto tan dramáticamente. Entonces cuando hay una replicación se va a notar más por los procesos
que van ocurriendo: telómeros se van acortando, células nuevas se van mutando, etc. y también se ve que
se acelera el proceso de envejecimiento con una ingesta calórica con más grasas y más azúcar, en cambio
una ingesta baja en calorías reduce el nivel de apoptosis.

Clase 13 - P2: Transcripción

Está el DNA, en amarillo RNA polimerasa. Igual que
veíamos para replicación, esta separación que tenemos
de hebras se llama "burbuja de transcripción". Y lo
mismo que veíamos para el caso de la replicación del
DNA, para que éste se pueda transcribir, lógicamente se
tiene que desensamblar, porque si está todo empacado
en un nucleosoma, es imposible.

[VIDEO] Ahí empieza la enzima a adicionar nucleótidos de RNA (amarillo --> sitio catalitico). Lo importante
es que vean que a medida que se separan las hebras, después se va avanzando y las hebras se van volviendo
a aparear, y esto se va disociando del DNA; no es un proceso que comience y termine todo el rato con DNA
unido a RNA, a medida que avanza el proceso, se va separando.
Hay muchos RNA que se transcriben y que son importantes en la cromatina, para unirla y mantenerla
también un poco separada, para que se pueda ayudar al proceso de transcripción, hay muchos RNA
asociados, no es una estructura única para todos los procesos.

Ejemplo: Transcripción de mRNA (podría ser otro RNA). En color celeste y negro  DNA; rosa  RNA
transcrito.

El DNA es antiparalelo y el RNA transcrito también será antiparalelo, por lo que tendrá la misma
orientación de su hebra codificada de DNA, y orientación contraria a la hebra templada. La síntesis, al igual
que en la replicación, será de 5’ a 3’.

El DNA templado (celeste) se da por complementariedad de base a la hebra transcrita (negra) y la hebra de
RNA será equivalente a la codificada, pero se diferenciarán en la presencia de uracilo o de timina, por lo que
teniendo la secuencia de DNA codificado, podemos saber la hebra templada o la de RNA.

Está la RNA polimerasa y la burbuja de

transcripción, mientras está ocurriendo la
transcripción, se debe tener en cuenta que se
cuenta con enzimas que permiten que el DNA
no vuelva a aparearse, las mismas que actúan
en el proceso de replicación. El RNA se sintetiza
por complementariedad de bases a la hebra
templada, y a medida que va avanzando la RNA polimerasa, se va soltando de la hebra permitiendo que el
DNA vuelva a aparearse. En la imagen se puede ver la transcripción de dos genes, estos están en hebras
distintas, por lo que no se debe pensar que solo una de las hebras tiene la información de los genes, sino
que las dos pueden ser traducidas según la necesidad.

La unión del RNA con el DNA templado, recibe el nombre de heteroduplex, que es la unión de cadenas de
diferente origen.

¿Quiénes participan en la transcripción?

- DNA

- RNA polimerasa

- Ribo nucleótido tri fosfato (rNTPs)

- Factores de transcripción: Enzimas y proteínas que van a estar asociadas para que se realice la
transcripción.

RNA polimerasa

En el caso de los eucariontes hay 3 y los procariontes tienen solamente 1

En el caso de los procariontes, la RNA polimerasa se va a unir a una secuencia específica del DNA, que
recibe el nombre de promotor. Se une de forma directa a este.

En los eucariontes, requieren de otras proteínas para que éste polimerasa se asocie al promotor. Tanto
eucariontes como procariontes requieren promotores, o no habrá transcripción (no se une RNA
polimerasa).

Funciones de la RNA polimerasa:

 Buscar el promotor (sea directa o indirecta), clave para la transcripción.

 Desenreda éste DNA.
 Selecciona los rNTPs correctos y ayuda a formar los enlaces fosfodiester.
 Reconoce las señales de término de la transcripción.
 Interactúa con factores de la transcripción (proteínas), en bacterias y eucariontes.

En procariontes, la RNA polimerasa posee dos subunidades pequeñas que son las α, dos subunidades
grandes que son la β y la β’ (prima), y la subunidad especial (y central) llamada σ (sigma).

La RNA polimerasa detecta el promotor y se une directamente en bacterias. La subunidad σ es muy

importante para reconocer el promotor.

Una vez comenzada la síntesis, se transcriben algunos nucleótidos de RNA, aprox unos 10, se disocia el
factor sigma. Pero el resto de la enzima sigue sintetizando, transcribiendo. El sigma es súper importante
para reconocer el promotor y comenzar la transcripción. Pero después de un trecho se disocia, y el resto de
la enzima –subunidades alfa y beta- continúan con la transcripción.

Existen distintos factores sigma, que reconocerán distintos genes, con distintas especificidades para
reconocer al promotor. (Tabla factores Sigma para la E. Coli)

En el caso de los eucariontes, hay 2 subunidades grandes, y muchas pequeñas también. La diferencia más
notable es que no tienen un factor sigma, que es exclusivo de bacterias. Hay 3 polimerasas eucariontes,
RNApol 1, 2 y 3.
La RNA Polimerasa I transcribe pre rRNAs (ribosomales):

 rRNA 18S,

 rRNA28S,

 rRNA 5,8S.

*Excepto el 5S.

Sin embargo, todos esos, no son los unicos rRNAs pues, existe además del 18,28, y 5,8s, el 5s sintetizado por
la RNA Polimerasa III.

La RNA Polimerasa II sintetiza:

 mRNA (mensajeros), o sea, quienes van a permitir la síntesis de proteínas.

 snRNA nucleares pequeños, relacionados a la remoción de intrones.

 siRNA de interferencia; o miRNA (micro)

La RNA Polimerasa III sintetiza:

 rRNA 5S.

 tRNA (de transferencia).

 snRNA U6 nuclear pequeño (pero la mayoría está dada por la RNA polimerasa II).

 RNA 7S o particula de reconocimiento de señal (Proteina o RNA) para la inserción de polipéptidos

en el Retículo endoplásmico.

 Otros RNAs pequeños.

Etapas de la transcripción

Iniciación: Es importante el promotor, pues si no está presente la enzima no se podrá unir y no podrá haber
transcripción.

¿Cómo son los promotores en los PROCARIONTES?

Tenemos una secuencia la caja "PRIBNOW BOX o -10" y la caja "-35 box", las cuales son reconocidas por la
RNA Polimerasa, entonces la enzima o bacteria va a reconocer la secuencia, y se acoplará a ella.

Y de ahí va a empezar a “caminar un poquito”, de 5’ a 3’, y el primer trayecto que avanza no hay síntesis
activa, se está acomodando.
Estos promotores tienen valores negativos, porque al primer nucleótido que se va a transcribir se le llama
+1, y desde ahí comienzan a sumarse números.
Por lo tanto, aquí va a ser equivalente en el DNA. la secuencia es desde el +1.
Todo lo que va antes de la secuencia que se va a transcribir tiene signo negativo.

Entonces, cuando lo vean en los papers vamos a decir:

- Down stream (Rio abajo)  corresponde a todo lo que está después del +1, es decir, todos los
positivos.
- Up Stream (Río arriba)  corresponde a todo lo que está antes del +1, es decir, los de signo negativo.

No siempre significa eso, por ejemplo, si uno tiene una enzima A, después actúa el B y luego el C. si uno
está hablando de lo que paso antes de la B va a ser up stream y si es espués de la B será down stream.
Lo importante aquí es que se asocie la polimerasa al promotor de forma
directa, junto a otras proteínas y cuando vean la flechita quiere decir que
empieza la transcripción.

Eucariontes
El típico promotor es la caja TATA (-25) y la otra que también está presente es la caja CAAT (-75).

Tenemos una serie de proteínas que reconocen al promotor y gracias a

ellas, puede llegar la polimerasa, y esta es la diferencia con las bacterias,
en las cuales la asociación era directa.

Pregunta : ¿Esas proteínas están asociadas a enzimas o al ADN?

De estas proteínas, unas van a estar asociadas directamente al DNA, otras que van a estar asociadas a las
proteínas unidas al DNA, pero lo importante es que ese complejo que sirve de señal para que la RNA
polimerasa sepa que ahí está el promotor.

Cuando empieza la transcripción, el primer nucleótido tiene una característica diferente a lo que es el DNA
y es que el primer nucleótido tiene un trifosfato.
Se acuerdan que, en la síntesis del DNA, va a llegar como trifosfato, pero cuando se forma el enlace, se libera
el pirofosfato y forma mono fosfato. Pero aquí, el primer nucleótido va a mantener los 3 fosfatos y lo otro,
es que lo más común es que sea una adenina o guanina. Pero no quiere decir que haya otra base.
Elongación

La elongación se inicia tras la formación del primer enlace fosfodiéster, por lo que se alarga la cadena por la
adición de nucleótidos. Entonces, tenemos el primer nucleótido que tiene los tres fosfatos (X), viene otro
como trifosfato, pero se va a liberar pirofosfato y va a quedar monofosfato (Y) y así sucesivamente (Z).

La síntesis es de 5' a 3', por lo tanto, va a estar siendo leída desde 3' a 5' porque son antiparalelas, y la
lectura es por complementariedad de bases.
La RNA polimerasa no tiene actividad nucleásica, es decir, no corrige la cadena que está sintetizando (la
DNA polimerasa si lo hace). Por lo tanto, la fidelidad es mucho menor que la de la replicación, y la tasa de
error es: 1 error/10^4 - 10^5 nucleótidos.

¿Por qué la RNA polimerasa se puede equivocar más que la DNA polimerasa? Porque no es tan grave que
haya, por ejemplo, una proteína mal transcrita, a que el código genético comience a dañarse, ya que las
células que derivan del DNA van a llevar las mutaciones si es que hay, en cambio, el RNA no se transcribe
una sola vez, sino que lo hace varias veces. Por lo tanto, si hay uno que está mutado, pero tenemos 10 que
están buenos, será casi lo mismo, porque va a haber otros que son funcionales, es decir, en tal caso,
predominan los RNAs buenos y no la mutación.

Terminación

La enzima no transcribe eternamente el DNA, entonces va a tener que reconocer algo que diga que se puede
disociar todo este complejo y acabar la transcripción.

Este mecanismo de terminación en los procariontes, son secuencias palindrómicas (pueden formar
horquillas y es lo mismo si se lee de 5’ a 3’ en un filamento o de 5’ a 3’ en el filamento complementario).

Lo verde corresponde a DNA y lo naranjo –

rosa, a RNA.

En ambas hebras de DNA se leen las

mismas secuencias, aún cuando son
hebras distintas, al leer de derecha a
izquierda o de izquierda a derecha las
regiones verde oscuro, y eso genera
secuencias complementarias. Estás se
llaman secuencias palindrómicas (ejemplo:
"radar"). Entonces, se generan secuencias
en el transcrito que son complementarias,
por lo que se pueden aparear y formar una
horquilla. La formación de esta horquilla,
que le sigue un par de nucleótidos de uracilo, es una señal de término para las bacterias, haciendo que se
desestabilice el complejo DNA - RNA – proteico.

Las secuencias que se leen igual de izquierda a derecha, se llaman

secuencias palíndromas.

Esto genera secuencias complementarias en el trascrito que por lo tanto

se pueden aparear y formar esta horquilla. La adición de una estructura de
uracilos (señal de termino), hace que se desestabilice el complejo DNA-
RNA-proteína, hace que se separe la polimerasa y no se pueda seguir
transcribiendo (Mecanismo ρ-independiente).
Existe otro mecanismo, investigado a nivel de laboratorio en el que se encontró una proteína conocida
como RHO (ρ), que es una helicasa, la cual avanza en el
trascrito de RNA hasta alcanzar a la polimerasa y
desestabiliza el complejo DNA-RNA-polimerasa, por lo que se
disocia. (Terminación ρ-dependiente)

En bacterias tenemos un gen, en medida que se va

transcribiendo se van acoplando los ribosomas y se va
traduciendo, es decir, en el caso de las bacterias transcripción
y traducción ocurre de manera simultánea.

En el caso de los humanos esto no se puede producir, ya que

nosotros no sintetizamos proteínas en el núcleo.