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Estrutura de Proteínas
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1) Rotação
2) Espelho
3) Centro de inversão
4) Roto-translação
Rotações. Num eixo de rotação de ordem n temos uma rotação de 360°/n. Na figura
abaixo temos uma rotação em torno do eixo y, o círculo branco indica um ponto
genérico de coordenadas genéricas x, y, z acima do plano. O círculo preto indica um
ponto abaixo do plano. A aplicação do operador de simetria eixo de ordem 2, ao longo
do eixo y no ponto com coordenadas x, y, z gera o elemento com coordenadas –x, y, -z.
Y
Eixo de Ordem 2. Uma rotação de 180o está representada abaixo, na figura temos o
eixo de rotação (eixo z) perpendicular ao plano. Para ilustrar a aplicação do operador
de simetria usamos um ponto genérico de coordenadas x, y, z. Quando girado temos
um ponto de coordenadas –x, -y, z. O símbolo é usado para indicar um eixo de
rotação de ordem 2 perpendicular ao plano. O eixo de ordem 2 também é chamado
eixo binário.
Y
x, y, z
X
2
-x, -y, z
x, y, z
2 X
x, -y, -z
X
3
1 mm 85 Å
Y
x, y, z
-y, x, z 4 X
y, -x, z
-x, -y, z
Eixo de ordem 6. Uma rotação de 60o em torno do eixo z caracteriza o operador eixo
de ordem 6 (figura da esquerda). Na figura à direita temos um cristal da proteína InhA,
que exibe um eixo de ordem 6.
X
6
x, y, z
X
x’, y’, z’
Rotação. Para gerar as coordenadas x’, y’, z’, a partir das coordenadas x, y, z,
precisamos efetuar a operação algébrica indicada abaixo, onde cada posição x’, y’, z’
está indicada como função de x, y, z. O números aij indicam elementos que devem ser
usados para gerar as coordenadas x’, y’, z’.
Rotação. Os elementos aij podem ser representados em uma matriz (R), o número i
indica a linha da matriz e o número j a coluna da matriz, assim o elemento a23 é o
elemento da linha 2 e coluna 3. A matriz referente ao operador de simetria, eixo de
ordem 2, pode ser representada por R2, como indicado abaixo.
X
x’, y’, z’ -1 0 0
R2 = 0 -1 0
0 0 1
Rotação. A matriz rotação apresenta uma relação direta com o ângulo rotação (θ) que
representa, como indicado abaixo na matriz R2, onde o ângulo de rotação aparece
explicitamente. Para uma matriz, referente ao operador de simetria eixo de rotação de
ordem n temos a matriz Rn.
Y
cos 180o -sen 180o 0
R2 = sen 180o cos 180o 0
0 0 1
x, y, z
X cos θ -sen θ 0
x’, y’, z’
Rn = sen θ cos θ 0
0 0 1
x’ = Rn.x
x’ 1 0 0 x
y’ = 0 cos 360o/n -sen 360o/n . y Rotação em torno de x
z’ 0 sen 360o/n cos 360o/n z
x’ = R4.R4. x
plano YZ
-x x X
-1 0 0
m= 0 1 0
0 0 1
x’ -1 0 0 x
y’ = 0 1 0 . y ou, x’ = m.x
z’ 0 0 1 z
1
(-x,-y,-z)
-1 0 0
i= 0 -1 0
0 0 -1
x’ -1 0 0 x
y’ = 0 -1 0 . y ou, x’ = i.x
z’ 0 0 -1 z
21 X
(x,y,z)
Eixo de roto-translação. O eixo que conjuga uma rotação de 180o com uma
translação de metade do eixo é chamado de eixo 21. Esta notação indica a rotação
(eixo de ordem 2) e translação (o inverso do símbolo ½), a translação sempre ocorre
ao longo do eixo de rotação.
plano YZ
(x+1/2,-y,-z)
21 X
(x,y,z)
x’ -1 0 0 x 0
y’ = 0 -1 0 . y + 0
z’ 0 0 1 z ½
2)Protein folding
A estrutura primária de uma proteína determina sua estrutura terciária
(estrutura tridimensional), há um registro implícito de informação na
estrutura primária que permite à proteína identificar entre as diversas
possibilidades de enovelamento qual estrutura esta deve adotar. O
algoritmo implícito, que dita as regras que levam de uma informação
unidimensional (estrutura primária) a uma entidade tridimensional
(estrutura terciária) não é conhecido. Há diversas abordagens teóricas a
este problema, chamado de problema do “folding”, normalmente usando
princípios físicos que regem a estrutura tridimensional de moléculas.
3) Modelagem molecular
Uma alternativa à solução da estrutura tridimensional de proteínas por
métodos experimentais, tais como, cristalografia e ressonância magnética
nuclear é uso de métodos teóricos, como o de modelagem molecular por
homologia. Proteínas que compartilham identidade sequencial superior a
30%, normalmente, compartilham o mesmo enovelamento. O uso de tal
metodologia permite a previsão teórica da estrutura tridimensional de
proteínas, usando-se a estrutura tridimensional de uma proteína (arquivo
PDB) similar com o molde (template) podemos gerar um modelo 3D
teórico, para uma sequência de uma proteína com identidade sequencial
com a proteína que apresenta estrutura 3D.
4) Desenho de drogas
Grande investimento tem sido feito na solução da estrutura tridimensional
de proteínas, que são alvos para o desenho de drogas. A partir da
abordagem, chave-fechadura, podemos usar a estrutura tridimensional
de uma enzima alvo como modelo de uma fechadura, e desenhar
virtualmente, pequenas moléculas que se encaixem no sítio ativo dessa
enzima, o que pode gerar um potencial inibidor, ou até mesmo uma nova
droga. Por exemplo, enzimas da via metabólica do ácido chiquímico, que
são responsáveis pela biossíntese de aminoácidos aromáticos, esta via
metabólica está presente em bactérias, organismos do filo apicomplexa e
plantas, e ausente em mamíferos. Assim, enzimas dessa via metabólica
são alvos em potencial para o desenho de drogas, usando-se a
abordagem de toxidade seletiva, visto que estão ausentes em humanos,
espera-se que inibidores dessas enzimas tenham toxicidade reduzida.
4) Desenho de drogas
A via metabólica do ácido chiquímico é formada por sete passos
enzimáticos, responsáveis pela conversão de eritrose-4-fosfato e
fosfoenolpiruvato em corismato, como mostrado abaixo. O produto dessa
via é usado para biossíntese de aminoácidos aromáticos.
O -
R
wfdaj.sites.uol.com.br © 2006 Dr. Walter F. de Azevedo Jr.
Aminoácidos
O -
R
NH3
wfdaj.sites.uol.com.br © 2006 Dr. Walter F. de Azevedo Jr.
Aminoácidos
Glicina Gly G Tirosina* Tyr Y
Alanina Ala A Metionina Met M
Serina* Ser S Triptofano* Trp W
Treonina* Thr T Asparagina* Asn N
Cisteina Cys C Glutamina* Gln Q
Valina Val V Histidina* His H
Isoleucina Ile I Aspartato* Asp D
Leucina Leu L Glutamato* Glu E
Prolina Pro P Lisina* Lys K
Fenilalanina Phe F Arginina* Arg R
- - CH 2
O O
CH 2 CH 2 CH
CH 3
H 3C CH 3
CH 2 Prolina Valina Isoleucina
Aminoácidos alifáticos
H
hidroxilados. Os aminoácidos H
O O
serina e treonina apresentam + +
H3N C C
H 3 N C C
hidroxilas alifáticas, que são
O -
polares. Podemos pensar na CH 2
O -
HO CH
serina como uma alanina
CH
hidroxilada e a treonina como OH 3
hidroxilada da fenilalanina.
CH
N
H
Triptofano
Aminoácidos ácidos. O H H
aspartado e glutamato O O
cadeias laterais. O - O -
CH 2 CH 2
CH CH 2
O O -
CH
Aspartato
O O -
Glutamato
Aminoácidos polares H
H
derivados dos aminoácidos O O
O NH 2 CH
Asparagina
O NH 2
Glutamina
Aminoácidos básicos. Os
aminoácidos lisina, arginina, H H
O O
histidina apresentam cadeias
+ +
H3N C C H3N C C
laterais básicas.
H - -
O O
O CH 2 CH 2
+
H3N C C
CH 2 CH 2
O -
CH 2
CH 2 CH 2
C CH
CH 2 N H
+ HN NH
NH + C NH +
3 2
C
H NH 2
Histidina Lisina
Arginina
O -
sufidrila que permite a CH 2
formação de pontes CH 2
SH
dissulfetos em proteínas.
Cisteína
Essas pontes são ligações S
Alifáticos
Thr
Gly Gln
Aromáticos
Ser
Val Asn
Phe Trp Tyr
Ala Ácidos
Ile Com enxofre Asp Glu
Polares
Cys Pro Básicos
Leu Met Lys
His
Arg
Hidrofóbicos
O -
CH 2 O -
CH 2
CH
CH
H 3C CH 3
N
H
Leucina (9,1 %) Triptofano (1,4 %)
Fonte: Doolitle, R. F. in Fasman, G. D. (Ed.), Predictions of Protein Structure and the Principles of Protein Conformation Plenun Press (1989)
P = χaq/χnonaq
Temos uma relação biunívoca, para cada átomo no arquivo PDB temos um
átomo na estrutura. A figura abaixo mostra as coordenadas atômicas para os
átomos da figura, exceto os hidrogênios.
HETATM 9 CB ALA 001 -0.751 -1.285 -2.203
BC
θ
A C
AC
Vamos usar a equação anterior para determinar o ângulo de ligação (θ), entre
as ligações N(CA) e (CA)C, mostrada na figura abaixo. As distâncias
interatômicas N(CA), (CA)C e NC, são determinadas como descrito
anteriormente, omitiremos seu cálculo aqui e usaremos os seus resultados.
N(CA) = 1,42 Å, (CA)C = 1,53 Å, e NC = 2,41 Å, aplicando-se esses valores
na equação do ângulo temos:
C
N
θ = 109,5o
N-terminal C-terminal
R1 R3 R4
d e f z
Calculamos o determinante da
seguinte forma: y
i j k
D
a b c
r3
d e f
A θ p1 θ
r1
rA
rB
α r2 C
j B
p1 = r1x r2 = i ( b f - ec) i
k x
+ j (d c - af)
+ k (a e - bd) z
Em coordenadas cartesianas o
produto escalar entre dois vetores p1 y
e p2 é dado por:
D
p1 . p2 = (ai + bj + ck ). (di + ej + fk ) p2
r3
θ
Onde a, b e c são as coordenadas A θ p1 θ
r1
cartesianas do vetor p1 e d, e, f são as rA
rB
coordenadas do vetor p2. α r2 C
j B
i
k x
θ = arccos[ p1 . p2 ]
|p1||p2|
p1 . p2
θ = arccos[ ]
|p1||p2|
CB
C φ CB i
O
CA
N i-1
ψ(o)
que a área não permitida é maior do
que a permitida. As regiões, não
permitidas são possíveis de
ocupação para a glicina, pois sua
cadeia lateral restringe-se a um
átomo de hidrogênio, permitindo
mais liberdade para os ângulos fi e
psi. φ(o)
Ramachandran on-line. O
PARMODEL apresenta diversos
recursos para modelagem molecular
por homologia, que serão discutidos
adiante. Para gerar gráfico de
Ramachandran basta selecionarmos a
opção Procheck, como indicado na
figura ao lado.
Ramachandran on-line. O
PARMODEL gera o gráfico de
Ramachandran no formato PDF, e
apresenta a opção de download.
χ5 χ4 χ3 χ2
χ1
Molécula de água
ASA. Tal forma não é realista, mas é uma boa aproximação para nossos
propósitos. Na figura temos uma representação de uma parte da proteína,
onde os átomos são representados como esferas com o raio de van der
Waals e a molécula de água rolando sobre os átomos, a linha tracejada
representa a superfície acessível ao solvente traçada pelo centro da esfera
que representa a água.
Molécula de água
A superfície de van der Waals é definida pela área contínua das superfícies
esféricas, entre as esferas com os raios de van der Waals, representada em
cinza na figura abaixo. Há uma equação simples que relaciona a massa
molecular de uma proteína monomérica, com sua área acessível ao solvente,
esta equação é uma aproximação, mas pode ser usada para termos uma
idéia preliminar da ASA,
ASA = 11,1 (MW)2/3
Molécula de água
1 13
4 10
6 8 11 12
2 3 7 9
5
1
4
6 8
2 3 7 9
5
10
Além da hélice alfa temos duas outras hélices possíveis, uma com três voltas, e 10
átomos da cadeia principal entre as ligações de hidrogênio. Essa hélice é chamada de
hélice 310, sendo bem menos comum que as hélices alfa. A ligação de hidrogênio
envolve uma carbonila do resíduo i com o nitrogênio do resíduo i+3.
1
4 10 14
6 8 11 12
2 3 7 9
5 13 15 16
A terceira hélice possível apresenta 4,4 resíduos por volta e 16 átomos entre as
ligações de hidrogênio. Essa hélice chamada de hélice Pi, apresenta notação 4,416. A
ligação de hidrogênio envolve uma carbonila do resíduo i com o nitrogênio do resíduo
i+5.
das hélices. Para uma hélice alfa Hélice α -57 -47 3,6 1,5 5,4
ideal temos que os aminoácidos terão Hélice 310 -49 -26 3,0 2,0 6,0
ângulos de torção fi e psi de -57o e Hélice π -57 -70 4,4 1,1 5,0
φ(o)
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Hélices
i+4 j+4
i+5 j+5
C C
Ligação de hidrogênio
C C C
k+5
i+5
C
N