“RNA NO CODIFICANTE”

Hasta hace poco, la mayoría de los ARNs no codificantes (ncRNA) conocidos cumplían funciones
relativamente genéricas en células, como los rRNA y tRNA implicados en la traducción de mRNA,
pequeños RNA nucleares (snRNA) implicados en splicing y pequeños RNA nucleolares (snoRNA)
implicados en la modificación de ARNr. Esto es muy cierto en procariotas y se presume que
también es cierto en eucariotas. Sin embargo, las secuencias extensas en los eucariotas superiores
que no codifican proteínas o elementos reguladores (cis) se han considerado residuos acumulados
derivados del ensamblaje temprano de genes y / o la inserción de elementos genéticos móviles. La
mayoría de estas secuencias transcriben.

EXPANSIÓN DE ncRNAs Y METABOLISMO DE ARN EN EUCARIOTES

Se ha descrito un número limitado de ncRNAs pequeños que actúan en trans en procariotas que
regular la traducción o estabilidad del mRNA. Algunos se coexpresan con ARNm y se liberan por
escisión después de la transcripción. Se han identificado ncRNAs pequeños en otras bacterias y
arqueas homólogos de una familia de endonucleasas de unión a ARN central (Argonaute) para la
acción de microARN (miRNA) y pequeña interferencia ARN (siRNA) en eucariotas. Los ncRNA
no dominan la producción genómica en procariotas, solo una pequeña fracción de sus genomas,
están dominados (80-95%) por secuencias codificantes de proteínas.

Los organismos superiores tienen un proteoma relativamente estable y un número relativamente

estático de genes codificadores de proteínas, que varía en menos del 30% entre Caenorhabditis
elegans (103 células) y humanos (~ 1014 células), además, una minoría de los genomas está ocupada
por secuencias codificantes de proteínas, cuya proporción disminuye con la complejidad creciente,
con un aumento concomitante en la cantidad de secuencias intergénicas e intrónicas no codificantes.

Los eucariotas (superiores), tienen un sistema de señalización y procesamiento de ARN mucho más
desarrollado que los procariotas, relacionado con vías sofisticadas de regulación génica como el
silenciamiento génico transcripcional y postranscripcional, incluido el ARN interferencia (RNAi),
metilación del ADN y modificación de la cromatina, impronta, transvección, transinducción,
compensación de dosis y variedad de efecto de posición.

Los procariotas se han limitado en su complejidad por su dependencia de una arquitectura

regulatoria a base de proteínas. Por el contrario, parece que los eucariotas rompieron este límite por
la co-optación del ARN como una solución reguladora digital.

NcRNAs INFRAESTRUCTURALES

Incluyen tRNAs, rRNAs, spliceosomal uRNAs o 'snRNAs' y los 'snoRNAs' comunes. Tanto la
traducción como el corte y empalme requieren RNA de infraestructura central para el
reconocimiento de secuencia específica de sustratos de RNA, el proceso catalítico en sí. También
pueden estar involucrados en procesos reguladores, ejemplo, además de su papel en el empalme, el
snRNA U1 está implicado en la regulación del inicio de la transcripción por la ARN polimerasa II a
través de la interacción con el factor de iniciación de la transcripción TFIIH, también interactúa con
ciclina H (29), lo que aumenta la posibilidad de que ncRNA pueda estar involucrado en la
regulación del ciclo celular.

Los ncRNA también juegan un papel en el mantenimiento y la segregación de los cromosomas y

hay otros tipos de ncRNAs de infraestructura que participan en los procesos biológicos de células
centrales. El ARN ncRNA 7SL es un componente central de la partícula de reconocimiento de señal
(SRP), complejo de ribonucleoproteína que interactúa con el ribosoma y es esencial para dirigir /
transportar proteínas que mandan señales a la membrana del retículo endoplásmico para la
secreción o inserción de membrana.

El complejo de bóvedas de 13 MDa es el complejo de ribonucleoproteínas más grande descrito

hasta la fecha, presente en 104 a 105 copias por célula,mlocalizada en el citoplasma y
presumiblemente está involucrada en el transporte.

Las diferentes especies tienen entre uno y tres ARN de bóveda (de 86 a 141 nucleótidos). En las
células resistentes a múltiples fármacos, el complejo de la bóveda está regulado positivamente y
tiene una relación diferente de ARN de bóveda en comparación con la normal.

SECUENCIAS REGULADORAS EN FUNCIÓN DE CIS EN REGIONES NO

CODIFICADORAS DE ARNm Y PRE-ARNm

Hay muchos ejemplos bien caracterizados de secuencias de ARN reguladoras en las regiones no
traducidas (UTR) de ARNm que actúan en cis como receptores de otras señales que actúan en trans,
formando estructuras secundarias que unen proteínas reguladoras o ligandos de peso molecular
pequeño. Algunos ejemplos son los llamados "riboswitches" que regulan las rutas metabólicas
mediante el enlace de metabolitos tales como vitaminas, aminoácidos y purinas, para efectuar
cambios alostéricos en el ARNm para controlar su traducción o estabilidad. Documentados en
bacterias (50-52), pero también ocurren en eucariotas

Los UTR en ARNm pueden ser sensores de ARN reguladores que actúan en trans, específicamente
miARN, los ncRNAs pueden ser receptores o transmisores, o ambos, de señales reguladoras.
Existen secuencias reguladoras que actúan en cis alrededor de las uniones de corte y empalme (los
llamados "potenciadores de empalme de exones" o ESEs) se producen dentro de las secuencias de
codificación de proteínas. La conservación de la secuencia es mayor en los sitios de empalme
alternativo que en constitutivo. Se cree que estas secuencias unen proteínas reguladoras que
influyen en la selección de corte y empalme, y puede implicar interacciones complejas de ARN:
ARN, que a su vez están reguladas por otras señales de acción trans. Debe tenerse en cuenta que
algunas secuencias codificantes de proteínas pueden tener una doble función y ser ellos mismos los
objetivos de moléculas reguladoras, como miRNA y siRNA (ocurre en plantas y recientemente
descrita en mamíferos). Muchos ARN pueden combinar funciones digitales (es decir, secuencia
específica) y análogas (estructura ligando / unión a proteínas o catalítica).

¿RUIDO TRANSCRIPCIONAL O SALIDA SIGNIFICATIVA?

La observación de que hay literalmente decenas de miles de ncRNA expresados en mamíferos, y

que la mayoría del genoma se transcribe, confronta y contradice en gran medida la visión
tradicional centrada en las proteínas de la información genética y la organización del genoma. Dos
alternativas opuestas surgen: 1)la mayor parte de la transcripción que no produce ARNm es "ruido
transcripcional" y / o (en el caso de los intrones) el residuo del equipaje evolutivo retenido o
acumulado dentro de los genes, o 2)esta transcripción comprende otro nivel de expresión y
transacción de información de ARN que es importante para la evolución y la ontogenia del
desarrollo de los organismos superiores.

La mayoría de los ncRNA identificados en los estudios de transcriptoma genómico no se han

estudiado, sin embargo, hay evidencia que sugiere que estos ARN son biológicamente
significativos:
1) se ha demostrado que los loci genéticos estudiados más intensamente, como la beta-globina,
expresan transcripciones no codificantes, incluye algunos potenciadores y secuencias intergénicas
conservadas.
2) Muchas de estas transcripciones son de tipo celular, con ubicaciones subcelulares específicas, y
están reguladas por el desarrollo, pueden ser la causa genética de algunas enfermedades, y tal vez
muchas, puede estar asociada con mutaciones dentro de ncRNAs, ej. Algunos snoRNAs y miRNAs
pueden estar codificados dentro de los intrones de genes ncRNA impresos.
3) Las regiones aguas arriba de transcriptos de ncRNA muestran muchas de las características
normalmente asociadas con los promotores y pueden estar más altamente conservadas que los
promotores de genes que codifican proteínas.
4) Se ha demostrado que un número creciente de ncRNAs es funcional.

El número de genes conocidos de ncRNA funcionales ha aumentado dramáticamente en los últimos

años y se han catalogado más de 800 ncRNAs (excluyendo tRNAs, rRNAs y snRNAs) en
mamíferos, al menos algunos de los cuales están empalmados alternativamente. Los ncRNA
también se han implicado en muchas enfermedades, incluidos varios cánceres y enfermedades
neurológicas.

Asimismo, existe un problema de nomenclatura que se avecina rápidamente para la gran cantidad
de ncRNAs, especialmente porque se desconoce la función y el modo de acción de la gran mayoría,
y sus complejas estructuras y naturaleza entrelazada / superpuesta dificultan la clasificación
discreta. Un sistema estructurado que puede usarse para catalogar y referirse a ncRNAs hasta que
puedan agruparse y reclasificarse en clases estructurales y / o funcionales reconocidas.

NcRNAs REGULATORIOS PEQUEÑOS

Se dividen en dos clases: snoRNAs y miRNAs / siRNAs.

Pequeños ARN nucleolares: oscilan entre 60 y 300 nucleótidos de longitud y guían la modificación
de nucleótidos específica del sitio en RNA diana a través de regiones cortas de apareamiento de
bases. Hay dos clases principales, la caja C / D snoRNAs que guían 20-O-ribosa-methylation, y la
caja H / ACA snoRNAs que guía la pseudouridylation de RNA diana. Inicialmente, se pensó que el
papel de los snoRNAs era
Restringido a la modificación del ARNr en la biogénesis de los ribosomas, ahora es evidente que
pueden apuntar a otros ARN, incluidos ARNsn y ARNm. La mayoría en mamíferos provienen de
los intrones de genes codificadores de proteínas o no codificantes pero aparentemente algunos
snoRNAs C / D humanos se transcriben independientemente. Al menos algunos snoRNAs exhiben
regulación específica del tejido y desarrollo, y / o impresión, indicativo de una función reguladora.
También hay varios llamados huérfanos sin objetivos conocidos

MicroRNAs y pequeños ARN interferentes: Son moléculas de ARN cortas, de aproximadamente 22

nucleótidos de longitud derivadas de precursores de ARN de horquilla o de doble hebra. Los
miRNAs suprimen la traducción a través de un emparejamiento no perfecto con ARNm diana -que
normalmente implica un emparejamiento de semillas de solo seis a ocho nucleótidos de longitud o
(como con los ARNip) causa la degradación de ARN diana por el complejo RISC en el caso de
complementariedad perfecta con el sitio de destino, el fenómeno conocido como RNAi. Un tercio
de los genes proteínicos humanos están controlados por miRNAs.

Los miRNA se derivan de los intrones y exones de los transcritos de codificación de proteínas y de
los no codificadores que son sintetizados por la RNA polimerasa II y varios miRNAs de mamíferos
se derivan de repeticiones, principalmente varios transposones. Algunos miRNAs también parecen
derivarse de pseudogenes procesados. La expresión de muchos miRNAs está regulada y se ha
demostrado que miRNAs es fundamental para una amplia gama de procesos de desarrollo, incluidos
el desarrollo temporal, la proliferación celular, el patrón izquierdo-derecho, el destino de las células
neuronales, la apoptosis y el metabolismo de las grasas, así como la expresión génica neuronal, la
morfogénesis cerebral, la diferenciación muscular y la división de células madre. La expresión de
miARN está desregulada en las células cancerígenas y los perfiles de miARN se pueden utilizar
como una herramienta de diagnóstico muy precisa para la clasificación del cáncer.

ROLES BIOLÓGICOS DE ncRNAs

-Amplia gama de funciones, incluido el control de la dinámica cromosómica, el corte y empalme, la

edición de ARN, la inhibición traduccional y la destrucción del ARNm. También parece que el ARN
puede desempeñar un papel en prácticamente todos los niveles de regulación génica en eucariotas.

-Remodelación de la cromatina y la memoria epigenética, aunque los mecanismos son

desconocidos. Existe evidencia de que la transcripción de regiones aguas arriba puede afectar la
expresión del gen adyacente, ya sea por interferencia del promotor o por alteración de la estructura
de la cromatina, lo que llevó a la hipótesis de si es el acto de la transcripción el responsable de los
efectos reguladores, y que la transcripción misma (un ncRNA) es solo un subproducto.

-Empalme esté regulado, al menos en parte, por ARN de acción trans que guía la selección del sitio
de empalme o modifique las secuencias alrededor de los sitios de empalme para hacerlos accesibles.

-Se está surgiendo evidencia de que la transcripción misma puede estar regulada por ncRNAs. Ej. se
requiere un ncRNA para la represión de la transcripción dependiente de RNA polimerasa II en
células germinales primordiales en Drosophila.

-Los ncRNA también juegan un papel en las respuestas al estrés y también pueden actuar como
andamios para el ensamblaje de complejos macromoleculares.

INTRONES COMO FUENTE DE ncRNAs FUNCIONALES

Los intrones representan al menos el 30% del genoma humano y pueden ser una fuente importante
de ncRNA reguladores. Casi todos los snoRNA y una gran proporción de miRNAs en animales
están codificados en intrones localizados tanto en genes proteínicos como no codificantes de
proteínas, hay buena evidencia de que los ARNs intrónicos pueden procesarse en ARN más
pequeños con ubicaciones subcelulares específicas. La idea de que los intrones pueden ser una
fuente rica de información regulatoria es consistente con el hecho de que la densidad de intrones se
escala con la complejidad del desarrollo y muchas secuencias altamente conservadas, incluyendo
secuencias ultraconservadas, se encuentran en intrones.

CONCLUSIÓN

Parece que el genoma humano y los de otros organismos complejos expresan un enorme repertorio
de ncRNAs, que constituyen señales genéticas moleculares. La lógica como la evidencia sugiere
fuertemente que su función principal es regular y dirigir las complejas vías de ontogenia del
desarrollo.

La existencia de un sofisticado sistema regulador basado en ARN también explicaría en gran parte
la paradoja de la tremenda diversidad de características observadas entre los mamíferos y otros
organismos complejos, la mayoría de los ncRNA conocidos eran aquellos que están presentes en
cantidades relativamente grandes, como rRNA, tRNA y los snoRNA y snRNA comunes, sin
mebargo, nuevos métodos analíticos sensibles (como RT-PCR y genome tiling arrays) y
bioinformática han comenzado a revelar la verdadera complejidad de lo que subyace la superficie.

La extensión de la conservación de secuencias no codificadoras en mamíferos es también mucho

más alta que la de las secuencias codificantes de proteínas 10% según algunas estimaciones. Incluye
secuencias ultraconservadas y regiones largas libres de transposones, las secuencias derivadas de
transposones también pueden contribuir a la actividad genética de mamíferos. La mayoría de las
secuencias que componen el genoma humano son funcionales.

La mayoría de las mutaciones en las secuencias reguladoras pueden ser sutiles y difíciles de
rastrear, dichas mutaciones / variaciones en las secuencias ncRNA, especialmente aquellas que
están involucradas en redes reguladoras, conducirán a una variedad de fenotipos más leves que las
usualmente severas consecuencias de las mutaciones en proteínas, y tendrán una gran influencia en
el rasgo cuantitativo variación, diferencias y anomalías del desarrollo, cáncer y otras enfermedades
complejas, como trastornos neurológicos.

La genómica funcional de los ncRNAs será una tarea desalentadora, la (re)secuenciación del
genoma completo a gran escala, que se encuentra en una etapa avanzada de desarrollo, además de
crear enormes desafíos informáticos, también proporcionará la densidad de datos genómicos
necesarios para identificar secuencias directamente asociadas con diferentes características en
estructura poblaciones.