‘Tema 1: Aminodectdos y protsinas Fropiedades de Jos aminodedos Broreoisomeria Proptedades acido-base de los eminoscidos Enlace peptisieo Nomenclanure de los pépsidos Tipos de péptides Proteinss Bropiedades de las proteinae ‘Essructura de la proteinas ‘Tema 2: Enzmat ‘Nomenclature y cleasficacten de los enzmat Poder earalitico de los enzimas Especficidad de accién ‘Factores que afectan alos enzxmas Actividad entlitiea de los eazimos ‘Tema 3: Cinstien enzimstice ‘Reaccioner bisustrato ‘Mecaniemo secuencial Mecmmiemo Ping ~ Pong nies Tahubiciéa Inevernble nhibicisn rovernble Regulacién de la sctided eazamstica “Regulacisn no covaleate Regulacién covalent ‘Tema 4: Metabolismo enerastico “Reacciones acopladar ATP (Adeuosin infest ato) ‘Tema 5: Cadena rerpiratonia, Componentes dea cadena Complejo 1 Complejo IE ‘Ubiomnens Grocromos Complejo I Ceram © Complejo IV. Forforlacisn oxidativa oforfondacion dels cadena respirtoria Sitio Testa quimormotica Caraetenstcas del ATE Zazones por Ine que ee sabe gue ls eadena respicatonis funciona ae Fancionamsento dela cadena rexpirstons Fototesforiiation 0 fosforlacion fotonntaica ‘Tema 6: Ciclo de Krebs Tnisio del ciclo de Krebs Cornzims A 9 CoA. Fuuvato deshidiogenara (PyrDE) Funcioaamiento y reaccionss del ciclo de Krebs ‘Rendimiento enexgetico del clo de Krebs ‘Vias anaplersticas ‘Tema 7: Cataboliame de lor glucidoe ‘Digesuon de los glieidor Gluceiss Caractersticas generales de La ghncalisis Fancionamiento de a alucoisis Via de las pentosas Fosfato ‘Tema 8: Gluceneogenesis (GNG) Sastratos que permitea I2 gluconeogenesis ‘Tema: Metabolismo del Glucégeno Giucogenstisis Giucagenens| Meceniemor de ragulacion ‘Tema 10 Digestion de lipadoe “Lipaproteinas Tema IT Catabolism de los ipidos “Etspar del catabolisaao de los lipdor ‘Teas I: Amunoacidoa y protenae 1Bioguimice —Ondacion Rendimiento eneraético Tnsaniaciones Cuerpos ceténices ‘Tema 12, Sintens de lipides: Lipogenens ‘Sustraos que iniciaa Ja lipogenesis ‘Tema 13 Digestion de proteinas “Metabolismo de las proteinas Esenciaidad Semueaen cslidad La digestién de as proteinas Recambio peeteico “La degradecisa intracelolar de las protelnas Tema 14 Metabolismo del nitronens ‘Fyacién del mirogeno amimico. helo de la urea ‘Tema 15 Metabolsimo de los aminoacidor ‘Uahizacion de lo aminoacidos Siniests del glutatén Portiina Sinteats de Punas'y Pest dinae Tema 16 Aecidos aucleicos ADN, ART ‘Tema 17. Sintens de acidor nvcleicor. Sintens del AD Replicacién Reparacién del AD. Sintese del ARN ‘Transenpeisa ABN —Polsmerosa Beometores Térming de le transecincién ‘Tema 18: Sintesisy dearadacién de las proteinas. Cédigo genética ‘Mutacionee Traduecsa, Paginas Web de interés: hiftp://esg. www mit edu:8001/esgbio/drem/problems html http:/esg. worw.mit.edu-800L/esgbio/ddremysolutions.html http: /Awwow.bib.ub.es/bnb/3brecedu.htm itp:/Awww.gredos cub nan.es http:/Awww.pdb.bnl.gov infovia(2d3.bib.bib.ub.es ‘Tema F Amaaescidor y pote 2Bioguimcs ‘Tema 1: Auninosicidos y proteinas - Las biomoléculas mas sbundantes son fas proteinas. = Sus subunidades basicas son los que se conocen como aminoacidos, de los cuales hay mis de $00, aunque sdlo 20 forman parte de Ia estructura de las proteinas, recibiendo por ello el nombre de sminoscidos proteicos = Para cada uno de estos aminodcidos existe uno mas codones especificos que los codifican calla traduccién genética, siguicndo el camino universal de: ADN > ARNm = Proteina = Los aminodcidos han ido descubriéndose desde 1806, cuando se descubrié la Asparagina (Asn ~ N) asta 1938, cuando se descuirié Ia treonina (Thr ~ T) = Laeestructura de los aminoacidos proteicos es muy similar, ya que todos tienen el C ce al que stim unidos 4 sustituyentes como son el NEG, el COOH, el Hy el grupo radical R R NHs—@—COOH H = La diferencia entre uno y otro aminofcido radica en Ia cadena lateral R, dentro de la cual en cl caso de que existiesen carbons se contimuarian numerando segiin el alfabeto griego: B, 3 = Podemos encontrar a los aminoacidos de 2 maneras, ionizados a pH fisiolégice de 7.4, 0 bien no ionizados. = Podemos clasificar alos aminofcidos de diversas maneras: = Segimn su esencialidad = Segiin su destino metab« = Segiin su cadena lateral ~ Actuaimente se elasifiean segim su polaridad. = Porlo tanto tendremos: = Aminodcidos apolares - Aminodsidos polares: = Sin carga o con carga neutra 0 = Con carga: = Aminoacidos basicos = Aminodcidos acidos. - Enos aminofcidos proteicos encontramos: - Aminoacides apolares: = Alanina (Ala) [AJ meti. = _ Este ¢s el aminodcide apolar mas pola; + Yalina (Val) [V’} isopropil. + Leucina (Leu) [L}: isobutil (camificado 7). + Isoleueina (Ie)[T} isobutil (ramificado £). + Prolina (Pro) [P}: Iminofcido > amina secundaria - Fenilalanina (Phe) [F]; metilbenceno + Triptfano (Tip) [W)]: mel indol (beneeno mis pisrol). + Metionina (Met) [M]: metil eti tioeter. ‘Teas I: Amunoacidoa y protenae 3Bioguiaice = Aminoaeides polares: + Aminodcidos nentr = Cisteina (Cys) [C] metil mereapto = Junto con Ia tirosina es ef sminodeido més polar + Por oxidacidn de 2 cisteinas se puede formar una cistina, quedando unidas mbas cisteinas por puentes disulfuro ~ Glicocola /Glicina (Gly) [6 hidrégeno + Dentro de los polares es el menos polar. = Esl tinico aminofcido que no tiene nn earbono asimetrico. Asparagina (Asn) [N] metilamida = Su forma acida es el aspartato. = Ghutamida (in) [Of etilaniida = Su forma fcida es el glutamato. Scrina (Ser) [S}:hidroximetil ‘Teeonina (Thx) [T} hidroxietil + Tirosina (Tyr) [Y]: Hidroxi fenil mel = Aminofcidos basicos = Lisina (Lys) [K} ¢- amino ~ Arginina (Arg) [R]: Guanidopropil (Grupo guanidino) + Histidina Gis) [1]: Imidazodio (Grupo imidazol) - Aminoisidos acidos + Aspartato (Asp) [D]} acetil = Glutamato (Glu) [F}: propionil La estructura total de la proteina viene determinada por los aminodeides que la componen, y en especial por las cadenas laterales de estos, que como ya hemos dicho son las que los diferencian, y sus interacsiones tanto hidrofébicas como hidrofilicas con el medio. Los aminodcidos mas pequetios no condicionan la estructura total de Ia proteina, mientras que les aminoacidos mayores silo hacen. La profina se suele disponer alli donde la proteina presente giros o eurvas es su estructura, La cisteinas ¢s muy importante en la estructura terciara, ya que permite confer estabilidad las proteinas mediante su capacidad de formar puentes disulfuro. Por oira parte os mminosicidos hidroxilados tienen tendencias a formar puentes de hidrégeno. A pesar de la supuesta apolaridad del interior de Ia proteina, en algunos enzimas podemos encontrar enzimas polares en el interior del centro active Aminoacidos detivados de los proteicos. = La diferencia con los anteriores radica en que no existe un codon especifico en la traduccién que codifique para estos sminoacidos. = Son producidos por modificasiones enzimiticas de aminoacidos que ya forman parte de Ins proteinas. Amiinodcidos no protéicos = Exislen alrededor de 200 y se trata bisicamente de precursores en intermediarios ~ _ Notienen un codon especifico y nunea estan formando parte de las proteinas. "Tema F: Amaaestidos y potenBioguimcs Propiedades de los aminoicides Esterecisemeria Estercoisomeria, es decir presentan isémeros que difieren en su orientacién espacial ‘Todos los aminofcidos tienen umn earbono asimétrico 0 quiral, con excepcién de In glicina, y por lo tanto pueden ocupar diversas posiciones en el espacio, formando imigenes especulares o quirales, que proviene del griego chiros, que quiere decir mano. Se trata de isémeros pticamente activos, que hacen girar el plano de la luz polasizada: = Aladerecha > dextrorrotatorio (*) = A laizquierda > Levorrotatorio (-) COOH H#—C—_nH, A Dy Lno tienen nada que ver con la polarizacién de la luz. Los estereosidmeros tienen idénticas propiedades fisicas y quimicas, con exeepcién claro esta de la polasizacién de la luz. Pero los estereoisémeros presentan ademis diferentes propiedades bioguimticas = Todos los aminoacidos que forman las proteinas estan en su forma L, con exeepeion claro de Ia glicina = Los D-mminoscidos los encontramos en los anfibiéticos © en algunas paredes bacterianas,o incluso en algunas plantas. = Algunos aminofcidos presentan mas estereoisémeros debido a que poscen mis cembonos quirales, y por lo tanto poseen 2” estereoisémeros Propiedades deido-bave de los aminodeidos Enos aminofcidos hay a pH acido 2 grupos ionizables: - coon > omni coo" R-COQH—S>R-COC + HE - NH NEY RoR; —SR-NH, +H! = kse conoee como la constante de a disociacion, y el pk foc si[R-CO07]-[R-cooH) es por lo ato “aL Fe co0HT punio dende el acido se hia disosiado al 50% ia ” cages Soba HY, tun pk de manera i ZB que en ese pH se be, dan cantidades uw equimolares de . ambas formas. oy + Todos los aminoacidos GD opk-24 presentan en. Acido solusién — scuosa Dipretion propiedades tanto acido como base, “Teas 1: Amunoacidoa y protenae 5Bioguiaice recibiendo porlo tanto el nombre de anféteros o anfolites: ~ El aminoacido puede presentar también una forma dipolar o zwiterionica que tambien secibe el nombre de ion hibsido. = A pH fisiolégice de 7.4 Ia forma predominante es la zwvittesioniea ~ Se_llama punto isoeléstrieo o pI al punto donde el aminodicido presenta carga neta 0. pl—>[NH}]-[coo] pky + 6k; pit Be = Porlo tanto el pl de la glicina seria: pl = 2,3449,6)/2=5.97 = La respuesta por parte de una aminodcido al pH se observa en las lamadas curvas de titulacidn, donde se representa la variacién en ftmeién de la cantidad de equivalentes OH aiiadidos, = Los aminossidos poseen también capacidad tamponadora, de manera que en +/-1 unidad del pk se nivela muy répidamente el cambio de pH. ~ Bl aminodcido presenta su minima eapacidad tamponadora en su pl = Eneeaso de que hnbiera més de un grupo carboxilo, el primero sera el del aminodcido, Enlace peptidico - _Setrata de un enlace tipo amida covatente - Se trata de un enlace que se establece entre ef extremo o - emboxilo de un aminoacido y el extremo o.- amida del siguiente = Tiene lugar conjuntamente con la formacién de una molécula de agua. HA HR Mon Rll g HoN-C-POH HoN-G-G-0H > i aa -C—OH HO HO H Plane de ln erida = @ Psi), entre el Cat y el C del carboxilo = 4 Phi), entre ef N de a amida y el Ces. = Dependiendo del mimero de aminodcidos que intervengan en 1a formacién, la molécula resultante recibiré un nombre formade por un prefijo eriego (di tr-, tetra.) y peptide, = Se conoce como oligopéptido a los péptidos que tienen entre 2 y 20 aminoscidos. = Unpolipéptido es cuando ya tiene mas de 20 aminofcidos. = Segiin se van uniendo los distintos aminodcidos, se pasa a denominar a estos como restos aminoacidicos o residuos de la cadena. = Los péptidos tienen sentido direecional, ya que el c amino se sitia a ta izquierda y el x carboxilo ala derecha. CARACTERISTICAS DEL ENLACE PEPTIDICO: = Presenta caracteristicas de doble enlace, ya que se trata de un hibrido de resonancia. = Las clectrones estin destocalizados entre C, Oy N: = 40% enlace doble = 60% enlace sencillo. = Los atomos situados en el entomo del enlace peptidico no pueden girar libremente, ya que son coplanares. = C-Nesum enlace sigido = Los C, estan situados en posicién trans, con excepcién del prolina que es ci = Puesto que el plano de Ia amida no puede girar libremente, los péptidos sélo pueden girar alrededor de los C,, lo que es basico para Ia estructura de Ia proteina = Los angulos psi y phi limitan de muchas maneras tanto la eonformacién, paso de una forma a otra sin que ello comporte la rotura de enlaces, y la configuracién, paso de una forma a otra comportando rotura de enlaces. “Tema F Amuaedtidon y potenBioguimcs = Las formas de los péptidos vienen determinadas tanto por Ia longitud como por las cargas de cadenas laterales de los distintos restos aminoacidicos que lo componen. = Todo esto provoea que haya pocas posiciones posibles, que fueron estudiadas por Ramachandran, de manera que los posibles angulos psi y phi se conocen como fngulos de Ramachandran, Nomenclatura de los péptides Los péptidos reciben el nombre de manera que se va del amino terminal al carboxilo terminal. Los nombre de los distintes residuos se van acabando en -il, con excepcién del tiltimo, donde se nombra totalmente el resto Ejemplo: = Gly~ Ala Ser ~> Glicil - alan - serina Tipos de péptides Proteinas Proteicos No proteicos = Se trata de péptidos de diferente estructura con respecto a los proteicos, tienen bastante jmportancia, son mury variados y poscen caracteristicas especiales. ~ El ghutatim es el peptide mis abundante: = Se origina de mancra enzimatica. = Puede sufiir oxidaciones y reducciones reversibles. - Protege a los grupos mereapto -SH © impide In oxidacién del hice en la hhemoglobina + Sieve para transportar aminodcidos a través de la membrana. = Se encarga de In detoxificacién de xenobidticos, es decir, protege de las sustancias ajenas al organismo. ~ Cemosins + Esta presente en el miisculo esque + Elenlace en lugar de en ccs en 6. - Tirocidine: + Se trata de antibisticos + Es ciclico y esti compuesto por D ~ aminodcidos. = Oxitocina + Pronmeve la contraccién muscular para la salida del feto. = Provoca ademés Ia salida de la leche. + Vasopresina’ = Cuando se constrifien los vasos fuerza un aumento de la presién sanguinea, = Factor iberador tirotrépico: ~ Esti en la hormona tiroidea. + Estos peptidos, a diferencia de los proteicos no podriin ser atacados por proteasas, porque estas son espesifieas de para L — aminoacids, y para enlaces peptidicos «. Segim se-va alargando Ia cadena més se complican las propiedades Aeido ~ base: = Tan solo som susceptibles de ionizarse los N — terminales, los C — terminales y los grupos ionizables de Ins cadena laterales de los distntos resi duos. = El pk; segim se va alargando el péptido aumenta su valor, de manera que tiene una ‘menor tendencia a perder el H”, mientras que con el pk; sucede todo lo contrario, [La palabra tiene su origen en el término griego proteios, que quiere decir lo principal lo ‘mas importante, Se trata de las biomoléculas mas importantes, que fucron descubiertas por Berzelier en 1838 y posteriormente descritas por Mulder. ‘Teas I: Amunoacidoa y protenae 7Bioguiaice m1. W. Pueden desempeiiar nmchas funciones que dependen sobre todo de la cadena de aminoaeidos que las compone Existen diferentes clasificaciones de las proteinas: L Conposicion + Simples: después de realizar una hidrélisis de Ia proteina ‘inicamente podemos ‘encontrar aminostcidos. ~ — Conjugadas: al realizar la hidrélisis encontramos junto a los aminoacidos diversas sustancias que son los conocidos como los grupos prostéticos. = Dependiendo de la sustancia que encontremos hablamos de: = Lipoproteinas, si estin unidas a lipidos. Dentro de este grupo podemos encontrar: QM - VLDL - LDL - IDL- HDL. = Nucleoproteinas, i esti unidas a histonas = Ghucoproteinas, si estin unidas a algin glicido, como por ejemplo las proteinas de membrana, ~ Fosfoporteinas, si esti unidas 9 un grupo fosfato, como In easeina de Ia Leche o la vitelina de los huevos = Cromoprotcinas, si estin unidas a un grupo que Ics confiere un color caracteristico, como el grupo hemo de 1a hemoglobina o 1a clorofila de Ia sloroproteina. ESTRUCTURA + Proteinas globulares: ~ Estin compuestas por 1 0 mas cadenas proteicas que confieren a la protsina su forma caracteristicamente redondeada o esférica = Suelen tener un cardeter relativamente dinémico. = Suclen ser solubles en medios acuosos. = Ejemplos: Anticuerpos (Ig), Albiimina, Hb, enzimas.. + Proteinas fibrosas: = Se trata de 1 o mis cadenas polipeptidieas unidas de Jo largo de um je, presentando una estructura relativamente rigida, con elevada resistencia y no solubles. NUMERO DE SUBUNIDADES. + Monomésicas: = La proteina consta de uaa sola cadena polipeptidica (Lisozima). Ejemplo: Mioglobina = Oligomérieas: ~ Lomas eadenas polipeptidicas, generalmente un ~ Estas eadenas podran ser ignales o diferentes = Cada eadena independiente se denomina protémero o subunidad monémero. mero par, Funcionrowéoica Proteinas con actividad catalitica: = Bristen mis de 2000, + LPL, LH, Hexoquinasa. Proteinas de transporte: + Froteina que transporta distintas sustancias por sangre o a través dela membrana, Protas de reserva: = Reserva de aminodcidos o de cualquier sustancia itil. + Ovoalbimina (AA) - Casein (AA, P) - Femina (Fe) Proteinas contraetiles: + Proteinas que permiten a la eétula moverse 0 cambiar de forma, <= Tubulina - Actina ‘Tema F: Amaaestidon y poten 8Bioguimcs = Miosina + Dineina + Proteinas estructurales: = Aportan resistencia y proteecién + Colageno = Queratina = Proteinas de defensa = Setate de proteina que protegen al organism: + IgA) + Trombina + Fibrinogeno + Venenos + Toxinas - Proteinas reguladoras de diversos procesos biolégicos: = Settrata por ejemplo de algunas hormonas prateicas + Insulina/ Glucagén, + Receptores hormonales = Elementos que acttan sobre la regulacién de la expresién génica. = Aparte de estas podemos encontrar otras proteinas que al no ser conmnes a la mayoria de organismos no se podrian clasificar en ninguno de los grupos anteriores, como por ejemplo las sustancias anficongelante que tienen algunos peces que viven en climas exeesivamente fio Propiedades de laa protetnes = Las propiedades de las proteinas servirén para clasificalas. - _Posee propiedades icido — base. + Tansdlo se pueden ionizar los extremos tenninales de las proteinas, al igual que las eadenas Iaterales. = La-curva de titulacin es demasiado compleja de realizar, por lo que el pl es determinado de manera ‘experimental = Pueden ser solubles, aungue hay una serie de factores que intervienen en esta capacidad. - pH = Ensu pl la proteina muestra su minimo de solubitidad. = Existe pues la posibilidad de precipitar selectivamente las proteins. = Semuntiene la configuracién nativa + Fuerzaiéniea = Al colocar ima proteina en una solucién con una concentracién excesiva de sales, la proteina precipita, de manera que se produce una eoncentracién por salado, ya que Ia sal secuestrs Ia «apa de agua mas prdzima ala proteina, provosando asi que esta precip = Fnvocasiones una concentracién de sales baja puede favorecer In solubilidad de Ia proteina. = Se conserva Ia eonfiguracién nativa, + Temperatura = Enel intervalo de 0° a 40° la solubilidad aumenta, pero al pasar de Los 40° la proteina pierde Ja configuracién nativa = Disolventes orgénieas + Etanol o acetoma (0° C) + Redhcen Ia solubilidad, provocando la precipitacién, - Semantiene la configuracién nativa, + Detergentes = Se solubilizan las proteinas. + Algunos detergentes son: + Tritén X~ 100, = Tween - 20, ‘Teaua I: Amunoacidoa y protenae 9Bioguiaice Se conserva la configuracién nativa, Agentes quimicos desnaturalizantes. ‘TCA (Acido tricloroacética) PCA (Geido perelorico) Se pierde la configuracién nativa, Botructura de las proteines Tienen um orden jerarquico: 1" — 2-3-4 ‘Cualquier estruciura superior a la primaria viene determinada por esta L ESTRUCTURA PRIMARIA Se trata dela secuencia lineal de aminodcidos Determina tanto la conformacién como ta eonfiguraciGn de las proteinas. Para descubrirla seeuencia de la estructura primaria podemos usar dos métodos: = Directo: = Separarlos residuos de la protsina mediante hitélisis y analizar Ios resultados. = Indirect: = Si conocemos Ia secnencia de ADN o el ARN de Ia proteins, podemos insertato en tun plismide que se insertara a su vez en una bacteria, que ira produciendo proteinas, las cuales podremos analiza. Conocer los aminodcidos de la secucncia primaria permite comparar proteinas normales con proteinas mutantes, al igual que podemos comparar proteinas homélogas entre distintas especies y establecer despues filogenias entre estas especies, Adcmas mediante el conocimiento de secucncia primaria podemos deducir las estrusturas avanzada. En 1953, Sanger reslizé In primera secuenciacién, de la insulina, una proteina que tiene $100 aminoacidos. Se conocen alrededor de 20.000 proteinas. ADN + ARNm = Proteina [La Secuencia primaria es constante y especifica dentro de cada especie en conercto ‘Una misma proteina de 2 especies diferentes presentara algunos residuos variables, mientras que muchos otros seran totalmente invasiables. EL mtimero de residuos variables es proporcional «la distancia Gilogendtica ‘Mediante Ia comparacidn de las secuencias primarias se puede saber ademis si durante La evolucién ha habido duplicaciones, delecciones u otros procesos similares. ‘Tomando como ejemplo las proteinas encargadas de transportar oxigeno: = Mioglobina: se compone sélo de una cadena, y es la encargada de transportar oxigeno endl miseulo. = Hemoglobina: se suele componer de 4 eadenas diferentes 2 a 2 = Lahemoglobina de la lamprea sélo tiene una cadena. En ocasiones puede haber a lo largo de la evolucién nmutaciones que después serén hereditarias que cambian Ia funcionslidad de Ia proteins al eamabinr un aminofcido polar por otro apolar, como es el caso de Ia anemia falsiforme, que como eontrapartida protege de la malaria, ‘Tema F Amuaestidon y pote 10Bioguimcs 2. ESTRUCTURA SECUNDARIA Esla ordenacién regular y periddica de las cadenas pelipeptidicas a lo largo de wa cje. Se estudia mediante la difraccién de rayos X en el Ilamado Roentgenograma, Astbury, en 1930, deseubrié que ciertas proteinas fibrosas presentaban tna periodicidad de 0,50 a 0,55 om, mientras que en otras la periodicidad cra de 0,65 a 0,70 nm: esto lo interpreté de manera que supuso que se tratsba de proteinas que estaban enrolladas de ‘manera diferente Paulinger y Corey, entre 1940 1950, supusieron, tras estudiar todos los posibles impedimentos estésicos, que el sistema de ordenacién para las a - queratinas era la hilicoidal - helice o [Duras:cuernosyuas 00 c-queratinas Bandas: pelo, pel 2g [Paweratinas | Seda tclaratias, seds eapullos, garas, pivos y eseamas EE | colageno,.. = Hélice a - Esa cadena polipeptidica enrollada alrededor de un eje = Todas las cadenas Iaterales estén ovicntadas hacia cl exterior. = FI grupo carbonilo de un enlace peptidico establece 1m puente de hidrégeno con el 4 residuo por delante de él, el 3 enlace peptidico, a nivel del grupo amid = Todos los grupos carbonilo estan formando puentes de hidrégeno, amados infracatenatios. = Queda finalmente una estructura compacta , ya que aunque los puentes de hidrégeno son estructuras débiles, son aditivos y cooperatives. = Los angulos dentro de la hélice «son: = 50° 4571-60" = Cada vuelta de la hélice comprende 3,6 aminoicidos, que abarcan 5,4 &. La distancia entre 2 C. consecutives es de 1.5 A, yla anchura dela cadena es de 5 A. = Lahlice « puede ser o bien levégira o bien dextrégira y puede estar formada por D o L, minosicidos. = Las hélices o: naturales son todas dextrégiras y formadas por aminodcidos L. = No todos los aminoacidos pueden formar hélices c, ya que hay algunos que las desestabiliz y hay otros que la rompen, = Paulinger y Corey establecieron Ia teoria de que las o queratinas formaban helices dextrdgiras, y que la subunidad basica es la protofibrilla, que esta unida por puentes disulfuro, de manera que tres protofibrllas juntas forman una superhélice levégira. ~ Las supethelices son levégiras y estan estabilizadas por as fuerzas de Van der Waals, + Para unir las distintas protofibrillas, las fuerzas que intervienen son las de los puentes disulfuro intercatenarios, = Las cx queratinas son insolubles, ya que poseen grupos mercapto -SH. y sélo algunos organismos como las polillas pueden digetiios, ya que poseen enzimas especificos, “Teas I: Amunoacidoa y protenae iBioguiaice Fuerzas intermoleculares Puentes de hidrogeno | literacelones que se producen entre grapos OFTy otros grupos ‘como NH. Fuerzas de Van der Waals |Son interacciones intermolectlares entve atomos no cargados. Se trata pues de fuerzas electrostitieas transitorias, que pueden ser tanto atractivas como sepulsivas, y sélo afectan a distancias de entre 3y 4.4. Fuerzas idrofabieas [Tendencia de Tas eadenas no polares a replegane haca el interior de fa proteina Fuerzas electrostaticas | Interaceiones entre eargas F= Qe Q)/@ Puentes de disulfuro Conformacién, "Lenton polippiica se exone ao argo dem cone andar ls eabns situados de manera casi perpendicular al eje de In cadena polipeptidiea y en posicion trans, = Se formarin pues puentes de hidrégeno intercatenarios entre las distintas eadenas. = Todos los enlaces peptidicos intervienen en la formacién de estos enlaces. = La estructura sesultante recibe el nombre de limina 0 limina plegada, de Ia que cxisten 2 tipos distintos: = Antiparaelo: = Las eadenas polipeptidicas van en direceién eontraria = fea" - goths = Los Cy se sitiian en Ins aristas, habiendo 3,SA de separacién entre Cy, contiguos. = Bulos planos de la Lmina f estan Los puentes de EL los enlaces peptiicos. = Las eadenas laterales se sittan hacia delante y hacia atrés de la Lamina. - Paralelo ~ Esti més plegada de mancra que sélo hay 3,25 A de separacién entre los carbonos contiguos. = fet + gan = La cadena antiparalcla es mas estable, porque sus puentes de hidrégeno estan situados de manera més perpendicular al eje de Ia limsina, - En lallamina f no se producen puentes disulfuro transversales. = Puede ocursir que la limina § se pliegne dando como resultado el giro revertido 0 giro enhorquilla o giro 8. - Existen estructuras superiores que no tienen s6lo cardeter estructural, sino tambien funcional; se las conoce como estructuras supersecundarias = Setiende siempre a esconder las cadenas laterals hidrofobicas Estructura del colageno = Esa proteina fibrosa que encontramos en el tejido conjuntivo - Forma sproximadamente el 75 % del total de proteinas del orgenismo = Aunque sucle formar fibrillas, su forma conereta de pende de la funcion del teido. = Por cbulicién del coligeno se obtienc una mezela peptidica, cuya composicién viene a + 9% HOPro (Hidroxiprolina) = Pordiftaccion de rayos X se observa que no presenta ni hélice oni lamina f. = Eltropocoligeno esta unido por un puente covalente de deshidroxinorleucina. = Al observar con detenimiento Ia molécula de tropocolégeno encontramos que se trata de ‘un supethelice de 3 helices. "Tema F Amuaestidos y pote 24 Bioguimcs = Mientras que In superhélice es dextrorrotatoria, Ins heélice que Ia componen son evorrotatorias. = Cadavuelta de una de estas hélices es de 3 residuos y las secuencias mas comunes son: + Gly—Pro-X + Gly-X—Pro + Gly-X-HOPro = Com el tiempo sumentan Ins eantidad de enlaces transversales y disminuyen las caracteristicas mecinicas del coligeno. = Podemos encontrar enfermedades que afectan al colagene ESTRUCTURATERCIARIA = Es el modo como la cadena polipeptidica se compacta y se replicga para dar lugar a las proteinas globulares. - Es la conformacién tridimensional de las estructuras secundasias y supersecundarias de las proteinas globulares. ~ Se trata de proteinas mis dinimicas, mis complejas y su roentgenogeams es més difieil de interpretar. = Se produce el replegamiento debido a las fuerzas de hidrofobicas, mientras que las fcrzas de Van des Waals sirven para estabilizar a Ia proteina = Dentro de la proteina existen diversos fragmentos continuos plegados, que som los llamados dominios estructurales. = Dentro de la cadena polipeptidica existen fragmentos que tienen una estructura estable y fja, que desempeiia una determinada funcién, Estos dominios proteicos tienen estructuras secundarias y supersecundarias. ~ Si se somete a a proteina a proteasas com el fin de separarla, se dividird en eada uno de sus dominios = Fjemplo: Mioglobina - ASS AA = PM=16,7 Kd (Kilodaltons) = Capta el oxigeno de la sangre y lo Ileva hasta las mitocondtias de las células smusculares. + Es un monémero y una proteina conjugada cuyo grupo prostético es un hemo ferroporfiinico. = Presenta 8 secciones en hlice o, que tienen eada una entre 7 y 23 AA, lo que representa 1 80 % del total de la proteina. - Presenta 7 eodos, que esta formados por: + 4 codos por prolina + Serina - Treonina + Asparagina = Los AA polares estin dirigidos hacia el exterior de In protein, - Los AA no polares estan dirigidos hacia el interior = Hay 2 AA polares que estin dirigidos hacia el interior + His64 = His93 = El grupo hemo esta situado en una depresion situada entre las helices 5 y 6. = Lahhis 93 se une al Fe que se une a su vez al O. - Laiis 64 aetita impidiendo que se tna CO a la proteina ~ Laeestractura teciasia es caracteristica de cada proteina globular. - En diferentes especie sera similar, ya que viene determinada por la secuencia lineal de aminoacidos, aunque conociendo la secuencia lineal de aminodcidos, no podemos deducir La estructura terciaria. = Aminoacidos muy slejados en la secuencin lineal pueden acabar muy préximos en la terviaia ESTRUCTURA CUATERNARIA = Hace referencia a la interaccién entre las eadenas polipeptidicas de los distintos monémero de Ia proteina oligemésica ~ Las fuerzas eleetrostiticas los mantienen unidos. = Las proteinas oligomeéricas esta formadas por una cantidad par de grupos. ‘Teas I: Amunoacidoa y protenae BBioguiaice = Fjemplo: Hemoglobina = 55 nm de diimetro, esta formada por 4 eadenas polipeptidicas diferentes 2a 2 ~ Hay 2 cadenas a, que se componen de 141 aminodcidos y estan codificadas en un gen, y hay 2 eadenas i que se componen de 143 aminodcides y estan eodificadas por un gen diferent. = Cada cadena presenta su propio grupo heme. = Launién del O> a un grupo provoca un aumento del nimero de posibilidades de de otro grupo al oxigeno. = Este efecto se lama cooperativo, ya que al oxidarse se produce un cambio en la estructura que provoca un acereamicnt Conformacién nativa: = Conformacién de Ia proteina en su estado natural y a pleno rendimiento, es decir, en su forma iis estable = Sin embargo, si ln sometemos a condiciones extremas, Ia proteina puede suffir un proceso de desnaturalizacién, lo que provoea una pérdida de funcién. + Las enlaces peptidicos se mantienen si se pasa por un proceso de desnaturalizas pierden las estructuras mas avanzadas. ~ Casi todas las proteinas globulares pueden pasar por este proceso, aunque las prot secuperar tanto su estructura como su funcién, es decir, renaturalizarse, ya que la informacién para el correcto plegamsiento se halla en la estructura primnaria = Pero hay proteinas que pueden ayudar a estabilizar y plegar a otras, como es el caso de las ‘haperoninas o de las heat shock proteins. Tema Pea 4Bioguimcs ‘Tema 2: Enzimas Nomenclatura y clasificacién de los enzimas Existen ms de 2000 enzimas diferentes. Se han tenido que clasificar siguicndo unos eriterios unificados, establecidos por la Enzyme Comission Infermational Union of Biochemistry and Molecular Biology (ECIUBMB) jemplos: = Arginasa—arginina + Ureasa—Urea = Lipasa (Triacilglicérido hidrolasa) = _ Pepsina o Tiipsina (Proteasas) Existen 6 clases principales de enzimas, dentro de Ias cuales podemos encontrar subelases y clases inferiores, todo esto acompafiado por un niamero de clasificasién. Ejemplo: = EC 3.11345 LPL > lipoproteina lipasa El nombre sistemitico, que se usa en publicaciones, describe la reaccién sobre Ia que actin el enzima, Poder catalitice de los enzimas Come catalizadores: = Aceleran la velocidad de las reacciones. + Som eficaces en pequefias cantidades, = Suestado inicial es = No alteran el equilibsio de las reacciones que catalizan. = Noafecten ala aG Como proteins = Sontermolabiles, es decir, son sensibles ala temperatura = Son mis eficientes que los catalizadores quimicos = Sonu especificos. + Suregulacién es mny compleja ~ La especifieidad reside en imos aminoicidos especificos, que conforman 2 centros diferentes: + El centro catalitico y el centro de unidn al sustrato, que conjuntamente conforman el ceniro activo, Expecificidad de accién Reside como ya hemos comentado en el centro activo del enzin cl auténtico responsable de la interaecién. A finales del siglo XIX, Fischer desarroll6 el sistema de la llave cerradura para tratar de explicar el fimeionansiento concrete de los enzimas a nivel de su especificidad En 1963, Koschland propuso el sistema del ajuste inducido, de manera que se supone que el sustrato no es homélogo con el centro activo, sino que Is fuerza del enlace provoes uma alteracién del enizima para poder acoplarse y dar lugar al complejo Enzima — Sustrato, La especificidad de los enzimas ¢s tan elevada c nivel de seconocimiento enzima y sustrato, que son capaces de reconocer Ias formas D y L. En el centro eatalitico estan los grupos implicados directamente en la eatilisis, es decir, que sou los encargados de la rotura de enlaces y de la formaciéa de nuevos. Podemos encontrar tantos centro de unién como sustrates intervengan en la reaccién, ya que estos centros son los encargados de reconocer y unirse alos sustratos. Los dos centros, es decir, el cataitico y el de unién, suclen hallarse muy unidos, de manera que llegan incluso a solaparse. Si se produce esa unin, se eren el Iinnado ceniro activo La estructura y Ia fimeionslidad de los enzimas depende de Ia correeta estructuracién de La proteina ya que el centro activo es Tam? Eames 15Bioguiaice Factores que afectan a las e Activ ‘Un enzima puede estar unido a coenzimas 0 cofactores, Si AG <0, este hecho nos indica que la reaccién puede ser posible termodinamicamente. La velocidad dependera por lo tanto de diversos Factores cineticos como la frecuencia de los chogues entre las moléculas de sustrato y enzima. = Lafrecuencia depende de Ias concentraciones de A y de B. = EL % de colisiones efectivas es lo que se conoce como In enersia libre de activacién a0" = Esa energia es la diferencia entre la energia de los reactivos y Ia energia que deben alcanzar para poder transformarse en los productos. El maximo de la curva recibe el nombre de complejo activado 0 estado de transicién. = Cuanto mayor sea ta 4G de aetivacién menor posi ugar. = Se puede aumentar la velocidad aumentando Ia temperatura, de manera que al sumentar 10° Ia temperatura se duplica la velocidad, pero la célula carece de este sistema, ya que clla no puede aumentar su temperatura tanto, ya que ello podria conllevar la desnaturalizacién de algunas proteinas ~ Las células usan los biocatalizadores para rebajar In energia libre de activacién, de ‘manera que Ia actuacién de los enzimas no afecta al equilibsio, ni ala AG asociada, sino ‘inica y exelusivamente a la energia de activacién, Acelera Ia reaceién gracias @ su idad tendré la reaccidm de tener especificidad. - Epapte Hy SHE +140, Rekea ad mee re 8 ete oI La actividad o velocidad enzimitica esti definida como la aparicion de producto 0 desaparicion de reactive por unidad de tiempo. Existen diversos factores que afectan a esa velocidad que son: - pH + Lacmva de la velocidad en fncién del pHT suele tener una forma acampanada de ‘manera que podemos encontrar tn pH al cual en enzima actiia con el maximo de cefectividad, que es Io que se conoce como el pH éptimo. + Hay enzimas que no tienen una forma acampanada, por lo que no tienen un pH “pti + Temperatura = Suelen presentar sus méximos de actividad entre los 40° y los 48°, - A temperaturas mayores se producirin una desnaturalizacin, mientras que @ ienores temperaturas lo que sucederia seria que no habria suficiente energia de activacién = Hay excepciones como es el caso de las bacterias terméfilas, que pueden sctuar hasta a 85°, = Las concentraciones de enzima y de sustrato también inluyen en la velocidad. = La fuerza iénien también influye = Lapresencia de cofactores influye también en la velocidad de reacsiéu. = Sil sustrato es mury pequeito son los cocnzimas Los que ayndan al reconocimiento catalitica de los encimas Es nccesario que el sustrato tenga una orientacién adecuada, de manera que el enlace del sustrato se pueda romper. Tema Pca 16Bioguimcs Al numentar Ia concentracién aumentaran los choques eficientes El enzima provoca presiones y tensiones en el enlace para provocar su rotura Creacién de microambientes = Pueden crear alrededor del centro activo un ambiente hidrofébico con diferentes propiedades @ los de las. proteinas en solucion scuosa, de manera que podemos encontrar en él residuos polares que adquicren de esa mancra earacteristicas especiales, como una elevada afinidad por el sustrato, - Enel centro netive no podemos encontrar agua a no ser que participe en la reaceisn, Catilisis covalente + Hay enzimas que pueden llegar a formar un complejo covalente enzimas ~ sustrato, que es mmy incstable y favorece de csa manera la formacién de los productos comrespondientes, reduciendo de esa manera la energia de activacién, = Senombran segiin el residuo capaz de formar el enlace. Catilisis foido — base = Los aminoacidos son anfélitos, y los enzimas al ser proteinas compuestas por estos tienen algunas capacidades acido — base, lo que les permite durante su ciclo catalitico actuar 0 bien como acido, bien como base, 0 como ambos. COFACTORES = Son compuestos no proteieos, de los que necesitan algunos enzimas para poder realizar su funcién eatalitica, Apoenzima j Ton metiico: metaloenzinns Motoenzines | csfator [os vin [SEED postion osustrato + Holoenzima: Complejo enzina cofactor + Apoenzima: grupo proteico del enzima + Tones metilicos: han de ser aportados con la dicta, Pueden ser: Fe, Cu, Zn, Ma, Co, Se,Na.K, Mg. = Coenzimas: Son moléeulas orgimicns esenciales, que tambien han de entrar con la dicta, Se sule tratar de vitaminas insolubles como: B:, Bs, Bs, Bs, B = Si esun gmpo prostétice esta unido a la parte proteiea por un enlace covalente. = Sise trata de un cosustrato el enlace sera debil = Puede ocursir que necesiten mas de un cofactor. = Puede ser dificil distinguir si se trata de un grupo prostético o de un cosustrato = Los cofactores ayudan al enzima: + Favoreciendo la correcta alincacién. = Aportando un sitio adicional de enlace ~ Patticipando en Ia eatliss = Los Coenzimas: + No son proteicos + Orginicos, con un peso molecular bajo. + Termoestables + Estequiomettia. + No son especificas. = Tienen diferentes estructura a la de Los sustratos ~ Elevada movilidad de eleetrones. + Ejemplos: oH Piruvate Lactate messy <2 Lacie NADH eH nape + NAD*: Nicotinamidsadeninnucledtido (Forma reducida del NADH) + NADP’: Nicotinamidaadeninnuclestidofosfato (Forma reducida del NADPH) Tam? Eames 7Bioguiaice ‘Se denominan nuclestidos de Ia piridina 0 coenzimas piridinicos Nicotinamida: deriva de la vitamina P-P. (Preventivo de la pelagra. Es el grupo prostético de algunas Deshidrogenasas (DED: = IsocitratoDH - FinwvatoDH + LactatoDHL Nuclestidos dela flavina o coenzmias flavinicos. Son desivados de la vitaniina Bo rivoflavina. Es el grupo prostético de las lavoproteinas o de las lavinDH. Se trata del FAD o del FMN La parte reactiva es la del anillo de isoaloxaci Puede tener 2 etapas de reduccién: = FAD FADH > FADE: Actita como eoenzima en algunas reaccione come la cataizada por la succinatoDE. Tema 5 Catia canta 18Bioguimcs ‘Tema 3: Cinética enzimitica - Pemite = Distinguir unos enzimas de otros. = Distinguir entre isoenzimas. = Comocer las diferencias entre Ia actividad en un tejido 0 en oto. = Permite conocer su afinidad con el sustrato, = Las unidades de actividad enzimatica se miden siempre a pH éptimo, a T dptima y con concentraciones de sustrato saturantes, midiéndose por lo tanto la actividad enzimitica en la cantidad de sustrato desaparecida por unidad de tiempo. ~ La unidad internacional es: junol $ ‘min siempre en condiciones estindar de 25° C, pH éptimo y [S] saturante - _Existen ademas otras unidades de diversa utilidad: +N? de recambio o actividad molecular: (n° mol S /s)/molec. E. ‘Niimero de recambio [Kalales mol E_] Catal -40.000.000 | ‘Anhidrasa caboniea 600.000 p— amilasa 16,000 LactatoDH, 1.000 B= galastosidasa 200 Fosfoglucomutasa 20 Lisoenzima os = Catal 9 Katal: mol $ /s = Actividad especifica (AE): n° mol Eg, prot (0) Katales/g prot = Las reaceiones se pueden seguir 0 bien siguiendo Ia aparicién de productos © bien ta desaparicion de sustratos, oe [eau] SSS Piowaio Go=a ay Laci So NADH +H NADY (e1 = Segtin-va anmentando el tiempo, la velocidad disminuye porque: + Elprodncto actia como un inhibidor = Seva aleanzando el equilibrio = Se sustrato se va acabando - Tebricamente la Vo es tangente a la curva, pero empiricamente es dificil de calcula = Ordenes de reaccién: = Reaccidn de orden 1: la velocidad depende dircetamente de la concentracién del sustrato = Reaccin de orden mixto: la velocidad no depende directamente de la concenttacién del sustrato ~ _ Reaecidn de orden 0; la velocidad no depende dea concentracién del sustrato E+ 3 = es EE. p PostulalodeHensi = Sellega ala velocidad maxima de Ia reaceién cuando ef enzima esta saturado por el sustrato, Esta velocidad se puede aumentar aumentando la concentracién del enzima. = Kmees aquella concentracién de sustrato que da una velocidad inicial igual a La mitad de la velocidad méxima Tena} Caches amaatee wpBioguiaice ‘La Km mmestra nina medida de Ia afinidad del enzima por el sustrato, de manera que a mayor afinidad menor Km, y vieeversa. La Km depende de la temperatura, de la fuerza iénica y del pH, pero es independiente de la concentracién de enzima La Kea €5 igual al nimero de recambio, aunque también se la conoce como constante catalitica, y es el mimero miximo de moléculas de sustrato convestidas a producto por centro active y segundo cumdo todo el enzima esta saturado, es decir, esti formando el complejo activo E-S. Los enzimas no suclen trabajar a su Viuat. Para poder calcular la Vmax debemos realizar eamibios en la ecuacién para que de una ccuacién lineal. Reacciones bisustrato Mecamsmo secuencia Ambos sustratos deben encontrarse simultineamente en el centro active para poder formar el complejo terciario ESS, Puede ser de 2 tipos: = Ordenado - Briste una secuencia establecida de entrada de los sustratos y de salida de los productos, + Azar ~ No existe una secuencia obligatoria Mecanismo Ping ~ Pong ‘Tenemos en principio el enzima libre que se activa con el primer sustrato, formando el primer producto, quedando modificado temporalmente el enzima que renceiona con el undo formando un aueve producto y quedando el enzima inmodificado. No existe la formacién del complejo terciario. La secnencia de entrada de productos esta establecida ‘La mayoria de fos enzimas pueden ser inhibidos, Ei estudio de los enzimas y sus posibles inhibiciones permite estudiar farmacoterapia, rutas smetabslicas Inhibicién Irreversible EH inhibidor se combina o destruye algin grupo vital para que el enzima desarrolle correctamente su funcién, con Lo que el enzima queda totalmente inutilizado. Ejemplos: + DEP (gas nervioso) Anstleelaeserasa Acetilealine <————>» Acca + Calina + Inhibidor de la acetileolinesterasa. = Provooa una patilisis que conlleva la muerte ~ EIDEP se une a un residuo de serina a nivel del OH = Este gas permits el desarrollo de un insecticida, el malstiéa. Tema 5 Catia canta 20Bioguimcs Inhibicién reversible - Se puede usar Michaelis ~ Menten para estudiar estos tipos de inhibicién = Podemos encontrar de diversos tipos: + Compermrva: = El inhibidor y el sustrsto compiten por el mismo centro, ya que ambas moléculas tienen estracturas similares, que les permiten unirse al mismo centro, de manera que el inhibidor impide que se una el sustate. ~ Al competir tenemos las siguientes consecuencias = Senecesita mas eantidad de sustrato para llegar ala Vmax. = _ Senecesita mas sustrato para legar ala Km, que pasa a ser la Kits gan - _Existe shora una constante de disocineidn, ta llamada Ky. Kimap=Km 4 -) + Para combatir la inhibicién una solucién es aumentar la concentracién de sustrato, ~ _ NOCOMPETITIVA: + Eliinhibidor ne se une al centro activo, sino que se une a otro lugar, donde puede alterar Ia estructura del enzima, impidiendo Ia formacién del complejo ES 0 del product. = La mono varia con el inoremento de Ia concentracién, mientyas que lo que si varia sla Vinax, que pasar a ser aparente. Vmax a Vnap - ACOMPETITIVA: + El inhibider no se combina con el Enzima sino que se une al complejo enzima ~ sustrato (ES), formando el complejo Enzima — Sustrato — Inhibidor (ESD, - Se suele dar en reaeciones bisustrato, + Tendremos una velocidad maxima aparente menor y una Km aparente menor. = Elinhibidor se une segim se va uniendo el sustrato. Regulacién de la actividad enzimitica = Esuna manera de regular la actividad metabslica, J FSS Gnoce corgte (2p PI Diacin a COeneata] Glucoses, 33333 — Ghsigen, diets S S333 Sites P99 gunna ‘Rutas metabilicas de la Glucosa = Existen mecanismos homeostiticos para controlar los productos, de manera que el sustrato inicial no siempre genera 1a misma cantidad de productos = Algunas vias pueden estar desconectadas en funcién de las necesidades del organismo = Lavregulacién de una determinada via metabélica puede venir determinada por la presencia de un enzima limitante. = Puede tratarse de una regulacién a largo plazo si se controla la cantidad de enzima, y de una 1 costo plazo si se trata de una regulacién realizada con moduladores 0 efectores, que pueden o bien favorecer o bien perjuicar ala reaccién. Tena} Cncice amma 21Bioguiaice La expresién del enzima puede ser regulada por medio de factores hormonales que impiden Ia expresion de un determinado gen que exprese el enzima que se busca reprimir La Variacién de la eantidad de enzima vendria dada en ese caso por la diferencia entre las velocidades de sintesis y de degradaciéa, Esa diferencia se Hama “turnover” o velocidad de recambio. La eélula conoce ef mimero de molécuilas que se deben sintetizas. Ejemplos: E. Coli - E, Consfituyentes; se forman a eantidad y velocidad constante, independientemente det estado metabélico del individuo. - _E-Inducibles; se forman en cantidades may pequeiias, pero su canfidad puede sumentar cnormemente en presencia del sustrato, y todavia mis si ese determinado sustrato es su ‘inica fuente de sustrato. Boloctesideaat Uncosa ———=> Glurosa+ Galaciosa = Al igual que existe la induecién, podemos encontrar la represin = Jacob y Monod desarrollaron el modelo del operon lac. = En encarioias el proceso de segulacién a largo plazo puede ser smcho més complicado, = Laregulacién en eucatiotas se produce mediante hormonas que regulan la expresion del gen. En vertebrados, los puntos de regulacidn estin en el punto donde se produce el primer contacto con los nutrientes. Trenscripciin ADN, r_ 1 Transerts ARN resin hana m=ARN STadueoiin Protein. Procesamiario Degexlaciin mecienle proteases 0 componentes protliicos AA = Los mecanismos de regulacién a corto plazo no implican un cambio en Ia sintesis del = Existen factores limitantes a Ia actividad enzimatica, que pueden ser la temperatura, el pH, la concentracién de sustrato,o la presencia de cofactores. - Hay otros enzimas que tienen otras propiedades que les permiten regular ef ietabolismo, son los enzimas seguladores, que son relativamente complejos. - Tienen algiin mecanismo en su estructura que les permite regular In actividad ya sen de manera reversible o irreversible. = Son los responsables de las alteraciones metabélicas en células y tejidos, en tiempos relativamente cortos, ya sean segundos o miautos, dependiendo si se trata de no covalentes 0 de covalentes Regulacién no covalente = Eleaso mis sencillo ¢s el dela setroinhibicién o “feed — back” negative. + Una vez sintetizado suficiente producto, este mismo actia de inhibidor sobre el enzima, impidiendo la sintesis de un exceso de producto, = Otro mecanismo no covalente ¢s el alosterisma. = Amediados de los 0 se observé qne habia enzimas que no seguian la ecuacién de Michaelis Menten. Tema 5 Candia eanmatice 2Bioguimcs Regulaci + Esto se debe a que Michaelis ~ Menten supusieron que la entrada de sustratos a los cenzimas se producin de manera simultanea, cuando en realidad, en ocasiones Ia entrada del sustrato a un enzima puede favorceer Ia entrada del sustrato a otro ‘enzima, aumentando Ia afinidad del enzima por el sustrato ~ Bl fenémeno por ef que ta entrada de moléeulas de sustrato suumenta la afinidad se denomina cooperatividad, y se da en enzimas oligomésicos, con estructura ceuaternmi, = Sino se trata de oligémeros, no se podra producir cooperatividad. + Esta cooperatividad puede ser o bien positiva, si aumenta la afinidad o bien negativa, si disminnye la afinidad, + Si'se estudiasen cada una de las subunidades del oligdmero por separado, entonees si se seguiria la cinetica de Michaelis - Menten. + Al realizar In linealizacién, se distingue claramente un enzima cooperativo de otro que nolo sea + La cooperatividad de los enzimas representa claramente una ventaja evolutiva, ya ‘que con mismas concentraciones de sustrato tendremos un anmento de V mayor ‘que con enzimas no cooperatives + Esl propio sustrato el que hace de modulador, es lo que se denomina control hhomotrépico. + Si el enzima esta regulado por otros compuestos, entonces se conoee como control haeterotrépico. = Tanto moduladores como efectores pueden actuar como activadores o inhibidores, recibiendo distintos nombres si se trata de um imico el que acti sobre un enzima, siendo este el caso de los monovalentes, o si se trata de mas de uno, siendo este el ceaso de los polivatentes ~ Laregulacién es factible porque los enzimas poseen ceniros independientes para los moduladores, que son diferentes del centro activo. + Por eso reciben el nombre de enzimas alostéricos, ya que “alos” quiere decir “otro Inger” + Se erce que 1a unién del modulador al enzima hace alterarse 1a estructura del ‘enzima, provocando asi un cambio en la afinidad + Este tipo de inhibicion es diferente a la estudiada en Michaelis ~ Menten. + Tanto la activacin como la inhibicién son reversibles y no covalentes = Las enzimas alostésicos son en su mayoria oligoméricos. ~ Los enzimas K varias su Kos, pero no su Vinax; mientras que les enzimas V varian a Vinar, pero no alteran la Ko: ian covalente IRREVERSIBLE + Algunos enzimas son sintetizados en una forma inactiva, denominada proenzima 0 vimogeno, - En estas formas inactivas el centro active no puede ser alcanzado por el sustrato, por lo que el enzima es inactive = Se aleanza la forma activa mediante Ia rotura de algunos enlaces peptidicos mediante la accion de algimos enzimas proteoliticos, + Setrata pues de un proceso posttraduccional = En todos Los easos el paso de proenzima a la forma activa del enzima conlleva ‘cambios en la estructura primaria del enzima, debido a fa rotura de algunos enlaces peptidicos, lo que finalmente conlleva cambios anivel de las demas estrusturas. + Bjemplo: = Bl pepsindgeno se encuentra en su forma inaetiva en el estomago, de manera que a pH cide se rompe un enlace peptidico y se forma el enzima activo. «Este tipo de regulacién es covalent e irreversible. REVERSIBLE + Existen formas tanto activas como inactivas del enzima, que pueden ser interconvertidas mediante modificaciones covalentes de sus estrusturas, + Las modificaciones suelen ser llevadas a cabo por otros enzimas. + Ta activacién y In desactivacién en cascada permiten In amplificacién de Ia seal por pequeiia que esta sea Tena} Cncice amma 23Bioguiaice = Una modificacién tipiea suele ser la fosforilacién del enzima, aunque el hecho de tener un enzinia fosforilado no implica que esta sea su forma activa. + Se trata de modificaciones covalentes pero reversibles. ~ _ Existen otro tipo de factores que afectan a la eficiencia catalitiea: + Goenzimas: = Setrata de enzimas de diferentes estructuras y diferentes propiedades cinéticas, que ceatalizan In misma reacei = Otro método de reguiacién es mediante Ia existencia de complejos multienzimaticos, en los que varios enzimas se resmen en una entidad de un orden superior para dar lugar a ‘una estructura Hamada complejo, Estos enzimas tendén que ser de la misma cadena ‘aetabslica Este sistema tiene diversas ventajas: = Menor tiempo de transieion + No seliberan metabolites intermedios. ce | Gon la presencia dean reguladar se regu todo step ee - Ejemplos: Ee + PyiDIL 3E atttye 2 xGsintetase: 72 = Otro método para regular es el conocido como compartimentacién. = Este proceso regula la actividad metabéliea separando el sustrato de los enzimas aque actuaran sobre el + En las vias metabslicas las vias de sintesis y de degradacién estin separadas, de manera que siempre estin separado el enzima y el sustrato. ~ _Existen varios sistemas para permitir el paso del sustrato cuando se le necesite al ugar donde esta el enzima + Sistema lanzadera = Se convierte el sustrato en una sustancia que pueda atravesar Ia membrana, para reconvertito una vez la haya atravesado. = Bjemplo: = Tl Oralacetato (OAA) no puede pasar a través de la membrana mitocondrial a no ser que se transforme, ya sea en malato, citrato o aspartato = Una vezha pasado la membrana, vuelve a transformarse en OAA, + Sistemas de transporte: = Dentro de los sistemas de transporte podemos encontrar como el mas sencillo sl que se conoce como difusién simple, ya que se produce a favor del gradiente = Otro sistema es el que se conoce como Ia difisién facilitada, mediante un ‘ransportador, que en ocasiones puede llegar a saturarse, Este transporte permite el paso de moléeulas polares grandes, sin carga. Siempre es a faver del sradiente, hasta que se iguala concentraciones, No implica ningiin coste de cnergia por parte de la eélula, = Podemos distinguir 3 tipos generales de transporte: = Uniporte: I moléeula en 1 sentido. = Simporte: 2 moléculas en el mismo sentido. + Antiporte: 2 moléculas en sentidos contrarios. Tema 5 Catia canta 4Bioguimcs Aportando energia obtendremos lo que se conoce como transporte activo, que suele ser en contra del gradiente de concentracién, Podemos distinguir 2 tipos de transporte, si este implica gasto de energia, parte de los anteriormente citados: + Transporte activo primasio: Sila energia es spestada directamente por: ~ Hidrolisis de ATP. = Flujo de clectrones en una cadena de cadena de transporte de €. - lw. = Transports activo secundario = Sila energia es creada por um gradiente de concentracién ereado a su ‘vez por un transporte activo primario, de maera que este erea un gradiente que al descargarse permite el paso de otra sustancia, Tena: Meabelame eaargeico 25Bioguiaice ‘Tema 4: Metabolismo energético La eélula sélo puede utilizar la energia libre, que es eapaz. de crear trabajo a temperatura y presiéa constant. ‘La encrgia libre viene de los mutientes, y la eélula Ia transforma en energia quinnica En ma célula a condiciones fisiolégiens encontramos: PCD T=3L0" K + pH=7> [H1'] estandar de bioguimica, ee i ‘A las rencciones exergénieas se las puede Hamar de cuesta abajo, mientras que las cendergénicas son de cuesta arriba. Este hecho hace referencia a la AG. Endotermico y exotémice hacen referencia solo ala temperatura, ‘La AG? da la maxima cantidad de trabajo itil que se puede producir en la reacci constantes. Se define como la pérdida o ganancia de energia en calorias aTyP La AG® es una constante de cada reaccién y nos dice en que direccién y extension se va a producir una reacein hasta Hegar al equilibrio en condiciones estindar. ‘La AG real de una renceidn determinada depende de las concentraciones, de la temperatura y del pEL. Sicmpre tendra sino negativo ¢ ira perdicndo valor hasta llegar a 0 momento en que se habri aleanzado el equilibrio , cuando ya no podra producir mas trabajo, ‘Tanto Ia AG como Ia AG? dan unos valores tedricos, Reacciones acepladas AB AG, Bec AG) APC AG; AG)-AG Reacciones termodinamicamente desfavorables pueden verse favorecidas por reacsiones ‘ermodinamicamente favorables hasta el punto de ser favorables cllas tambien. ATP (Adenosin trifostate) Eslamoléeula capaz.de eaptarIa eneria, EL ATP cs al intermediario entre los procesos que producen energia y los que requieren de ella para su correcto funcionamiento. La energia liberada por los mutrientes es aprovechada para, en una reaccién acoplada, sintetizar el ATP mediante la fosforilacién del ADP. Este ATP puede usarse para muchos procesos vilales: = Contraceién muscular = Biosintesis. = Trabajo osmitico ELATP se encuentra en todas las céhulas vivas. Libera la energia mediante ua proceso de hidrélsis, ATP +H,0 —>ADP+ Pt ELATP fue sislado por ver primera a finales de los aos 20, pero hasta 1940 no se deseubrié su auténtica utilidad, Tema Meabolinna eaerpeico 26Bioguimcs = Hl nuceétdo a pHI=7 esta en forma de ATP* o de ADP* y se acompleja con Mg™ para dar ugar a MgA TP” y MgADP- = LaAG? del ATP es de ~7,3 Keal/mol “Tea 5 Cadena repos 27Bioguiaice ‘Tema $: Cadena respiratoria ‘La cadena respiratoria se resume en: CO, Glucose —F | be BG, Energia Se trata basicamente de un proceso oxidative sceuencial Se-van utlizando un serie de sustancias que van aceptando €. Se consideran equivalentes de reduccin I 0 € En las mitocondrias encontramos un elevado miimero de proteinas transportadoras de electrones que van actuando secuencialmente desde el sustrato hasta el O>, EL flujo de clectrones es ireversible porque se va liberando energia que se usa para sintetizar ATP. Durante la combustidn de los sustrates los electrones son eaptados por el NADH y el FADED. EL paso final del proceso consiste en la reoxidacién de estos enzimas por el oxigeno ‘molecular NADH+H' +0, 3 NAD'+ AG? = nx Fx AB? 52,77 Kealimol FADE: + 40> FAD" + 120 AG)= nx Fx AB?=-47,905 Keal/mol Este proceso directo libera mucha energia ‘La cadena de transporte de electrones esta situada en la membrana mitocondrial interna Los intermediarios estan situados casi todos en 1a misma membrana, siendo casi todos ellos proteinas. El flujo de electrones desde el NADH es el proceso que se denomina cadena respiratoria Para el correcto funcionamiento de la cadena respiratoria son basicas las mitocondtias, de ‘manera que podremos encontrar abundantes mitocondrias en tejidos que requieran un alto grado de enetgia como el tejido adiposo marrén, Las mitocondrias son organnlos amy méviles y elasticos. - Ena membrana mitocondrial externa podemos encontrar porina, que forma poros no especificos, que permiten el paso de sustancias de hasta 10 Kd, = Dela membrana mitocondrialintema cabe decir que: = E175 %de su peso son proteinas. - Espermeable a diversas sustaneias = CO; + 0 = 0 + Esmury impermeable para el resto. = Podemos encontrar una sesie de transportadores que permiten el paso de: - ATP ADP > Py - ow - oR - ATP Tema Caen retona 28Bioguimcs = Enlamatriz:mitocondrial encontramos una sustancia gelatinosa que contiene ~ Enzimas solubles del ciclo de Krebs + Cofactores = Cosustratos + ADN > ARN - Ribosomas + Proteinas = El niimero de erestas que podemos encontrar depende del estado energético de la smitocondsia. ‘Componentes de la cadena - Actian de manera secuencial. + DE piridin dependientes de NAD" o NADP” = Ineorporan los electrones a la eadena respiratoria, de manera que son el primer eanal de entrada = Los equivalentes de reduccién son transferidos al primer complejo situado en la membrana mitocondrial interna, donde podemos encontrar alrededor de 200 DH + EXprimer canal de entrada al C.L es el NADH. = Enel exterior podemos encontrar la LDH, la malatoDHy el gliceraldehido ~3P DH. = Los equivalentes de reduceién son transferidos en direecion al O>. = Otra manera que tienen los equivalentes de entrar es a través del suecinato, tinico enzima del ciclo de Krebs situado en contacto con la cadena respiratoria, o incluso a través de otros enzimas que al desarrollar su funeiOn sintetizan FADE, que de aqui pasa ala Ubiquinona mediante wna protcina transferidova. = Los equivalentes de seduceién de los complejos Ly Il convergen en la Ubiquinona - _ Existe otro método de entrada de eleetrones a la cadena, mediante el ascorbato, proceso que no se da en a mitocondria normal, sino que se da en analogos. = EI flujo de electrones en el interior de la cadena es como ya hemos dicho irreversible de ‘menor potencial redox a mayor. = Componentes del sistema = DH flavin depencientes de FAD" 0 FMN = Ubiquinona, que secibe ademis nombres como eoenzima Q, o simplemente UO = Centos ferrosulfurados = Gitosromes = Encontramos tna serie de flavoproteinas que reciben los electrones del NADH 0 del FADED = Enel complejo Ttienen como grupo prostético FMN. = Las electrones pasan de uno en uno por el FMN, para formar en primer lugar FMNEL y despues dar lugar a FMNEb = Encl complejo I tienen como grupo prostético FAD. = Los electrones pasan de uno en uno por el FAD, para formar en primer lugar ADH, y despues dar lugar 2 FADE “Tea 5 Cadena repens 29Bioguiaice Compleyo El complejo I de la cadena respiratoria es conocido como NADH — UQ reductase ‘iene mas de 16 cadenas polipeptidicas. Podemos encontrar una moléeula de FMN como grupo prostético Hay entre 20 y 26 sttomos de hiesro (Fe) formando de S a 8 centros ferrosuilfurados (Fe ~ 8). Es el complejo mis grande de la cadena respiratoria. La mayor parte del complejo esta situada encarando la matriz. ‘Tiene el centro de union para el NADH mirando tambien en direecién a a matriz. Puede ser inhibido por: = Amital; barbitixico. = _Rolenona; producto vegetal téxico, ‘La Ubiquinona puede estar insertada en el complejo o bien estar libre, Complejo IT Recibe el nombre de Succinato ~ UO —reductasa Esl tinico enzima del ciclo de Krebs que esta unido ala membrana mitocondiial intema Consta de 4 eadenas polipeptidiens. Encontramos 1 citocromo. Hay una molécuila de FAD como grupo prostético. ‘Los 8 itomos de Fe que podemos encontrar forman de 2 a 3 centros Fe ~S, de los cuales ‘uno tiene el centro de union al FAD y otro al suceinato. Centros ferrosulfarados: = Son polipéptidos que contienen Fe ~ S, se trala por lo tanto de proteinas ferrosulfuradas © sulfoféssicas. = Estin asociadas al CLL, al CL, al citocromo D y al citocromo C). = Contiene varios Fe no hemiticos, es decir, que no estin unidos al grupo hemo, sino que se uncn a vatios atomos de aznfre, ya sea formando FesS; 0 FeiSs. + Fekete = E!024V-030V = Hl amplio margen de potencial 1e permite actuar a lo largo de toda Ia cadena respiratoria = Elpotencial del 0; es de 0,82 V, y es el iltimo aceptor. Ubipuainona = Laubiquinona tiene como fimcién recoger los electrones que vienen de los Cy CL = No se trata de una proteina, + Seencuentra en animales, plantas y microorganismos. = Es liposoluble, por lo que puede moverse a través y por el interior de las dobles membranas lipidicas, para conseguir llegar al C.IL = Puede ser seversiblemente reducida o pasar por estados de semireduccién: = UQ (Ubiquinona) > UQH (Semiquinona) > UQH: (Ubiquinol). = Selapuede encontrar libre o asociada a proteinas. = Tiene una cadena lateral isoprenoide, ¢s decir, que deriva del isopreno. = Enmicroorganismos n= 6-8, mientras que en mamiferos n=10 > Qua Tema Cadena reptona 30Bioguimcs Citocromes = Setrata de componentes dea cadena respiratoria, = Podemos encontrar los citocromes: - > - 8 = Son proteinas transportadoras de clectrones, tanto en la fotosintesis como en la cadena espiratoria. - — Contienen un grupo hemo euyo grupo hemo puede ser oxidado o redusido, = Sus formas reducidas no pueden ser oxidadas por el oxigeno molecular, con excepcién del citocromo @;, en In citocromo ¢ oxidasa. Este es por lo tanto el tmico que puede ceder sus clectrones al oxigeno molecular. = Se clasifican segun las eadenas laterales y por la absorcidn que tengan: = Presentan 3 picos: a, f,7. Som las bandas de Soct. + Los S citocromos aetitan de manera secnencial Complejo IIE = Se corioce eomo la Ubiquinona — eitocromo ¢ ~ reduetasa, = También se le llama complejo bes. = Contiene 2 tips distintos de citocromo b: = bo bss6-> Low Bt =-0,03 V = by o bie) > High Bt= 0,05 V = Podemos encontrar tambien el citoeromo . = Contiene centros Fe ~ § . Ks la proteina de Rieske. = Podemos encontrar diferentes subunidades implicadas con la ubiquinona. = Existen ademés de 4 a 6 cadenas polipeptidicas cuya fincién no acaba de estar totalmente lara, = La funei6n del complejo TIT es la de transferir los equivalentes de reduecién desde la UQ hasta el citocromo e. - No se realiza este proceso de manera lineal, sino que los electrones se transfieren mediante l ciclo Q = Este complejo resulta inhibido por Ia antimicina, Citocrome - Es la imien hemoproteina cuyo grupo hemo esti unido covalentemente con Ia proteina = Eshidrosoluble. +H citocromo c puede viajar a través del espacio intermembrana hasta llegar al CY. = Esta situado en la parte extema de la membrana mitocondrial interna, “Tea 5 Cada repens 31