Conceptos Básicos de Biodegradación y

Aplicaciones

Paola Barreto, CH2M

Michaye McMaster, Geosyntec
Carol Mowder, CH2M
James Henderson, DuPont

Junio, 2017 – Lima

Agenda

Conceptos Básicos
Principales Mecanismos de Biodegradación
Oxidación Aeróbica
Cometabolismo Aeróbico
Oxidación Anaeróbica
Declorinación Reductiva
Herramientas Biológicas Moleculares
Tecnologías Innovadoras

2
El Árbol de la Vida
Archae

Bacteria Eukarya

3
Los Microorganismos Están en Todas Partes

Aire
Ambientes
Aire Agua Superficies Extremos

Hay 105 - 107 bacterias en cada

gramo de suelo!

4
Todos Necesitamos…

RESPIRAR COMER
O2 Hamburguesa, ceviche,
etc.

RESPIRAR COMER
O2 Hamburguesa, ceviche,
etc.

5
Retomando la Teoria Darwinista…
Si del cielo te caen limones

6
Retomando la Teoria Darwinista…

Aprende a hacer
limonada!

7
Todos Necesitamos…

RESPIRAR COMER
O2 Hamburguesa, ceviche,
etc.

RESPIRAR COMER
O2 Compuestos organicos
- como azucares, alcoholes
NO3 , Fe+3 , Mn+4
-2 o metano
SO4 Contaminantes
Contaminantes

8
Por Qué Necesitamos Comer y Respirar?

Energía!

9
Cómo Generamos Energía?

Donador de electrones Glicólisis Energía: 2 ATP

Glucosa Piruvato (2 moléculas)

Ciclo de Krebs
2 FADH2 y 6 NADH y CO2 Energía: 2 ATP
Nota: FADH2 y NADH son
moléculas de alta energía

Aceptor de electrones Cadena de Transporte de

O2 Electrones
Energía: 34 ATP
H2O

10
 La Torre de Electrones
Energia Libre Donador de electrones
de Gibbs ORP : es una medida
-0.43 eV CO2/Glucosa
de la tendencia de
-0.42 eV 2H+/H2 especies químicas a
-0.38 eV CO2/Metanol adquirir electrones

-0.32 eV NAD+/NADH Energia Libre de Gibbs: trabajo

-0.28 eV CO2/Acetato disponible. Expresa el grado de
-163 kJ espontaneidad de una reacción
Aceptor de electrones
-0.22 eV SO4-2/H2S
-237 kJ Anaeróbico
+0.20 eV Fe+3/Fe+2
+0.42 eV NO3-/NO2- Anóxico
+0.82 eV O2/H2O Aeróbico

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Principales Mecanismos de Biodegradación
Oxidación Aeróbica
Cometabolismo Aeróbico
Oxidación Anaeróbica
Declorinación Reductiva
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Tecnologías Innovadoras

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Principales Mecanismos de Biodegradación

Aeróbico Anaeróbico

Oxidación Aeróbica Oxidación Anaeróbica

Cometabolismo Declorinación Reductiva

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Oxidación Aeróbica
Cometabolismo Aeróbico
Oxidación Anaeróbica
Declorinación Reductiva
Herramientas Biológicas Moleculares
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Oxidación Aeróbica

Benceno
• Microorganismos ganan energía
y una fuente de carbono
CO2 • Una gran variedad de
microorganismos pueden llevar
+ a cabo estos procesos de
oxidación
H2O
• Actividad tiende a ser ubicua.
O2 Por lo general bioaumentación
no es requerida.
• Actividad puede ser estimulada
con la adición de oxígeno
15
Consideraciones de Diseño - Oxidación Aeróbica

Entrega de oxígeno Radio/área de influencia Solubilidad del oxígeno

Otras demandas que Fouling

16 consumen oxígeno
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Oxidación Aeróbica
Cometabolismo Aeróbico
Oxidación Anaeróbica
Declorinación Reductiva
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 Cometabolismo Aeróbico
• Oxidación fortuita de COVs
Propano por bacterias que crecen
aeróbicamente en ciertos
CO2 donadores de electrones
 Metano, etano, propano, butano
+  Tolueno, fenol
H2O
• Microorganismos no ganan
energía de la
biodegradación fortuita de
O2 TCE CO2 + COVs
H2O +
• Oxígeno = aceptor de
Cl- electrones
• Ocurre para un amplio
18
rango de solventes clorados
Consideraciones de Diseño - Cometabolismo
Aeróbico

Toxicidad de moléculas Relativamente altas tasas de Diferentes enzimas con diferentes

intermedias para las bacterias substrato consumido a capacidades de degradar
cometabólicas contaminante degradado solventes clorados

Necesidad de balancear la entrega de Seguridad (e.g., metano,

19
aire y cometabolito propano)
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Oxidación Aeróbica
Cometabolismo Aeróbico
Oxidación Anaeróbica
Declorinación Reductiva
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 Oxidación Anaeróbica
Tolueno • Microorganismos ganan
CO2 energía y una fuente de
+ carbono
H2O • Contaminante es el donador
de electrones

Mn4+ Mn2+ • Compuestos inorgánicos

diferentes de O2 sirven como
NO3- N2 aceptores de electrones
(e.g., NO-3 , SO4-2)
Fe3+ Fe2+
• Aplica a BTEX/hidrocarburos,
SO42- S2- solventes clorados (1,2-DCA,
DCM)
CO2 + H2 CH4
21
Consideraciones de Diseño - Oxidación Anaeróbica

Adición de compuestos Manipulación de las Fouling (problema menor comparado

regulados (e.g., nitrato) condiciones redox con oxidación aeróbica)

Degradación de compuestos intermedios Presencia de otros aceptores

(e.g., acetato y H2) puede alimentar otros de electrones
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procesos anaeróbicos
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Cometabolismo Aeróbico
Oxidación Anaeróbica
Declorinación Reductiva
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 Declorinación Reductiva
• Es el reemplazo de átomos
Donador de cloro por átomos de
hidrógeno
de H2
electrones • Ocurre bajo condiciones
reductivas
Eteno
• COVs = aceptores de
+ electrones
Cl-
• Compuestos orgánicos
simples o H2 = donadores de
TCE electrones
• Aplica a la mayoría de
solventes clorados
24

24
 Declorinación Reductiva - Microbiología

• Bacterias específicas llevan a cabo estas reacciones

 PCE, TCE, DCE, VC = Dehalococcoides
 TCA, DCA = Dehalobacter

• Estas bacterias no están presentes en todos los sitios

• Por lo general, bioaumentación es requerida
• Actividad puede ser estimulada con la adición de
donadores de electrones

25

25
Declorinación Reductiva - Bioaumentación

• Organismos
pequeños muy
especializados
• Tasas de
crecimiento
bajas
• Sobreviven en
un rango de pH
limitado

Dios mío! No me imaginé que la vida real

fuera así! Debimos quedarnos en el
laboratorio…
26
Declorinación Reductiva – Consideraciones de
Diseño

Concentración Tiempo

Manipulacion de Vida media del donador de electrones Inhibidores potenciales

condiciones redox y generacion de hidrógeno

Presencia de otros aceptores de

27 electrones (e.g. NO-3 , SO4-2)
 Mecanismos de Degradación PCE/TCE
Condiciones Aeróbicas Condiciones Anaeróbicas
Tetracloroeteno
(PCE)
Declorinación
reductiva

cometabolismo Tricloreteno
CO2 (TCE)
Declorinación
reductiva
cometabolismo Oxidación
Dicloroeteno Anaeróbica
CO2 (DCE) CO2
Declorinación
reductiva
Oxidación
cometabolismo
Cloruro de Vinilo Anaeróbica
CO2 (VC) CO2
Declorinación
reductiva

oxidación Eteno
CO2 Etano
28

28
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Oxidación Anaeróbica
Declorinación Reductiva
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29
Cómo Compruebo que hay Procesos de
Biodegradación Activos?

• El potencial para biodegradación

ha sido bien documentado en la
literatura.
• Por lo general es más complicado
comprobar en campo que
procesos de atenuación natural
están ocurriendo.
• Se necesita mayor apoyo de
entes reguladores.

30
 Herramientas Biológicas Moleculares

Necesidad de evaluar atenuación Cómo?

natural y potencial de
bioremediación

Qué son? Qué información obtenemos?

Herramientas que caracterizan
“biomarcadores”: Secuencias específicas
de ácidos nucleicos, péptidos, proteínas
o lípidos.
31
• Tipos de microorganismos presentes.
• Procesos relevantes a atenuación
natural o sistemas de ingeniería.
• Actividad microbiana in-situ.
Dogma Central de Biología Molecular

ADN ARN Proteina

32
 Qué Preguntas Quieres Responder?

ADN y ARN Fosfolípidos

 Los microorganismos claves están  Qué otros grupos de
presentes? microorganismos están presentes?
 Sus genes están siendo expresados?  Cuantificar la población
 Qué otros grupos de microbiana?
microorganismos están presentes?
 Cuantificar la población
microbiana?

Proteínas Isótopos
 Qué tan activos son los  Están siendo degradados los
microorganismos? contaminantes?

33
ADN y ARN: qPCR y Secuenciamiento
Amplificación y
Colecta de muestras Extracción de
Secuenciamiento
ADN/ARN

Groundwater, soil, or Bio-

Trap samplers collected
and shipped overnight on
ice (4c)

Resultados

34
Fosfolípidos: Análisis de PLFA

Colecta de muestras Extracción de Análisis con GC-FID

fosfolípidos

Groundwater, soil, or Bio-

Trap samplers collected
and shipped overnight on
ice (4c)
Resultados

35
Proteinas: Análisis de Proteinas

Colecta de muestras Extracción de Análisis con LC-MS

proteinas

Groundwater, soil, or Bio-

Trap samplers collected
and shipped overnight on
ice (4c)
Resultados

36
Análisis de Isótopos de Compuestos Específicos (CSIA)

12C 13C

Protón Neutrón Electrón

Enlaces
débiles Enlaces
fuertes

37
Análisis de Isótopos de Compuestos Específicos (CSIA)
Biodegradación

Menos 13C
Más 13C

12C

13C

-50 -40 -30 -20 -10 0 10

13C (o/oo)
38
Prueba de Isotopos Estables: SIP

Agregar el trazador Consumo del trazador Análisis con GC-IRMS

enriquecido en 13C por microorganismos y
extracción

Groundwater, soil, or Bio-

Trap samplers collected
and shipped overnight on
ice (4c)

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Agenda

Conceptos Básicos
Principales Mecanismos de Biodegradación
Oxidación Aeróbica
Cometabolismo Aeróbico
Oxidación Anaeróbica
Declorinación Reductiva
Herramientas Biológicas Moleculares
Tecnologías Innovadoras

40
Bioremediaciones Típicas

Bio-sparging Sistemas de inyección y recirculación de

donor de electrones

41 Bioreactores Humedales
Reactor Biogeoquímico Subterráneo (SBGR)

La remoción de
contaminantes
ocurre a través de:

 Remoción física
durante la
excavación
 Declorinación
biótica y abiótica
en el reactor
 Declorinación
biótica y abiótica
en la zona de
influencia del
reactor

42
Reactor Biogeoquímico Subterráneo (SBGR)

Manifold de recirculación de aguas Paneles solares para extracción y

subterráneas bombeo

43
 Reactor Biogeoquímico Subterráneo (SBGR)

Puede ser instalado en áreas con acceso limitado

44
 La naturaleza es sabia

45
 Muchas gracias!
46