Agronomfa Costarricense 18(1): 103-112. 1994.

Nota Tknica

SISTEMA COMPUTARIZADO PARA LA EVALUACION

Y CONTROL DE LA CONSANGUINIDAD EN UNA POBLACION ANIMAL.

Carlos Boschini *

ABSTRACT

Computarized system Cor evaluating and controlling the consanguinity

oC an animal population. This paper explains a microcomputer software pro-
gram (CONSA) which evaluates the grade of animal consanguinity in a popula-
tion. The system was written in the MUMPS language (Massachussets General
Hospital Utility Multi-Programming System). Its main menu offers different op-
tions for consulting data, maintaining the databaseand calculating the consangui-
nity of an animal or an entire registered population. A databaseinformation mo-
del was created from the Jersey cattle geneological records at the Alfredo Volio
Mata Experimental Station. The calculated values of consanguinity are presented
for each animal included in the study. After each calculation, a global variable in
the program contains the relationship values between the selected animal and its
ancestors, as wel1 as the relationship among the latter. This system requires little
RAM and is very efficient in storing information at a fast speed.

INTRODUCCION En la ganaderia de leche, el mejoramiento

El apareamiento de animales con cierto gra-
do de parentesco es un metodo de reproducci6n
endogamico. Esta forma, tiene la propiedad de
generar individuos homocigotas (Falconer, 1970).
Bajo condiciones de equilibrio, muchas po-
b1aciones silvestres de animales se aparean aI azar
de generaci6n en generaci6n, manteniendo cons-
tanle 1a frecuencia genica de la poblaci6n, 10 cual
implica mantener cierto grado de consanguinidad
en la poblaci6n (Li, 1978). Corrientemente, esto
no ocurre en 1asespecies animales sometidas a la
explotaci6n productiva, donde se presupone los
apareamientos son dirigidos y el manejo de la po-
blaci6n esta controlada por el hombre. Sin embar-
go, el cruzamiento consangufneo controlado y
evaluado es un instrumento especial para la selec-
ci6n de individuos superiores.
II Recibidoparapublicaci6n
el26 deenerode 1994.
* Estaci6nExperime.ntal.Alfredo
Volio Mata,Facultad
de Agro.nomfa,
CostaRica. Umversldad de CostaRica.TresRfos.
genetico basado en el apareamiento de animales
con cierto grado de parentesco ha dado excelen-
tes resultados durante los ultimos anos. La mi-
graci6n de este material genetico, por medio de
la inseminaci6n artificial, practicamente llega
hoy dfa a cualquier rinc6n del mundo. Frecuente-
mente, algunos toros aparecen como progenito-
res en 2 0 mas generaciones y esta sobreposici6n
de material genetico no causa ningun problema
de produccion cuando se conocen las genealo-
gfas de los animales (Falconer, 1970). Sin em-
bargo, la evaluaci6n del grado de consanguinidad
de los animales sobre el rendimiento productivo
de las vacas lecheras recobra un interes especial
por su efecto detrimental (Wright, 1992). Yon
Krosigk et at. (1958) ha reportado que la produc-
ci6n de leche se deprime conforme aumenta el
grado de consanguinidad a raz6n de 24,8 kg de
leche en 305 dfas por cada 1% de consanguini-
dad. Miglior et at. (1982) ha senalado que la pro-
duccion de leche en el ganado Jersey disminiye
35 kg con una consanguinidadmenor a 6,25%,
80 k g entre 625
' Y 125%
" 160 kg entre 125
, Y
 , ",--.

104 AGRONOMlACOSTARRICENSE

-[
18,75% Y 300 kg entre 18,75 y 25% de consan-
guinidad,en cadalactanciade 305 dfas,
gradoLo importante en adelante,
de consanguinidad es conocer
de carlaanimal el
en el ha- { 0 (Desconocido)
(Desconocldo)
.
to y consecuentemente,
sangufneas,
dres con toros
obtener hijas menoscon-
dirigiendo el apareamiento
cuyo grado de
de parentesco sus
sea ma-
bajo y
B
E -c (Desconocido)

mucho mejor si es nulo. (Desconocido)

duo,
El grado de consanguinidad en un indivi-
10que
de alelos, mide
uno es la probabilidad
aportado de
por el semen que
del unypar
toro el
otro aportadopor el 6vulo de la vaca,seanidenU-

cos por descendenciaen la crfa. Este coeficiente

A

C
{ F
-[ 0
G

de consanguinidadse obtiene investigandoretros- (D 'd

pectivamentela genealogfabacialos ancestrosco-
munes de ambos padres de un individuo y calcu-
lando las probabilidadesen carlasegregaci6n.
EI objeuvo del presentetrabajo rue desarro-
lIar un "software" para el manejo y almacena-
miento de informaci6n geneal6gica,y el corres-
pondiente calculo de la consanguinidad en una
poblaci6n animal.
MA TERIALES Y METODOS
Registro geneaIogico
Es un registro de identificaci6nde carlaani-
mal, dondese haceconstar,como mfnimo:
I)EI numero de identificaci6n (numerouni-
co) del animal en un archivo. Se conocecomo nu-
mero de registro del animal. Lo mas deseablees
que el administrador de estos numeros,sea una
Asociaci6n de Criadoresde Animales.
2)EI nombredel animal.
3)La fechade nacimientodel animal.
4)El sexodel animal.
5)La razadel animal.
6)La identificaci6n del padre, que corres-
pondeal numerode registro del padre.
7)La identificaci6n de la madre,que corres-
pondeal numerode registro de la madre.
Cuando el registro es manual se incluye la
identificaci6n de los abuelosmatemosy patemos,
susnombres,fechasde nacimientoy la raza.
Pedigree
. Es el arbol geneal6gico ascendentede un
anImal.
, En la selecci6ndellenguaje se impusieron2
Metodo de Lush (Hudson et al, 1982)
E~ un metodo tabular en que los animales
del pedigree debcn ser numeradosde I a N, de
E -c esconoci 0)
.
(Desconocldo)
modo que los padresdebenprecedera la progenie,
en carla arbol geneal6gico.Esta renumeraci6nes
temporal,y su prop6sito es reconocera carla ani-
mal con un subfndicede fila y columna.Esteme-
todo es usadocomunmentecuandoel numero de
antecesores comuneses muy grande(Tier, 1990).
Metodo de Tier (Tiert 1990)
Estemetodoes una simplificaci6ndel meto-
do tabular, por ello se requiere formar un cuadro
con los animalesordenadosdondelos padresprece-
daDa los hijos. Igualmentesedebeconstruirla ma-
triz de parentesco,aun cuandono se utilicen todos
los elementosde la matriz A. Las ecuacionespara
calcular los elementosde la diagonaly paracalcu-
lar los elementosdel triangulo superiornecesarios
son las mismasque se usanen el metodotabular.
Lo importantees que para calcular un coeficiente
de parentesco0 de consanguinidadno es necesario
obtenertodoslos elementosde la matrizA, sino s6-
lamentelos elementosdirectarnenterelacionados.
Lenguaje y estructura de la basede datos
Se tomaron en cuenta 2 elementos funda-
mentalespara el manejo eficiente de la informa-
ci6n geneal6gica: a)la estructura de almacena-
miento y b)el procesamiento0 calculo.
elementosfundamentalesrelacionadoscon el ma-
nejo eficiente de la informaci6n geneal6gica:a)
que permitiera la cstructura de almacenamiento
 BOSCHINI: SistemacomputarizadopamevaluarconsanguinidlMi
requeridaen forma facil de programary una recu-
peraci6nde la informaci6n muy rapida.y b)que el
procesarnientode la informaci6n fuese muy efi-
ciente en cuanto a lag necesidadesde memoria
RAM (Random AccessMemory). De preferencia
se estudiaron log lenguajesde tercerageneraci6n
PC-compatibles y de facil transportabilidad. El
sistema deberfa COfferen una microcomputadora
XT 0 AT estandarde 640 Kbytesen RAM, con un
disco duro de 30-40 MBytes y con una tarjetama-
dre no mayor a la 80286. Con estasrestricciones
establecidas,la velocidad de respuestaa un caIcu-
10 del valor de consanguinidadse maximiza. pre-
viniendo que la velocidad se degradaproporcio-
nalmente en funci6n de la densidadde genitores
que poseacadaanimal en particular.
Dos lenguajes, Turbo C++ de Borland y
MUMPS de Micronetics, ofrecieron lag facilida-
des requeridas. Se seleccion6MUMPS (Massa-
chusetts General Hospital Utility Multi Pro-
grarnming System) por proveer un sistemaadmi-
nistrador de base de datos. La estructura de la
base de datos es jerarquica, con un almacena-
miento de la informaci6n por carninosmultiples,
Menu
Consulta
. r--
Inclus16n
Con'ecci6n
Exclusi6n
CaIculo individual
CaIculo poblacional
Fig. I. Diagrarna operational del progmma.
105
en forma de arbol balanceado. De esta maDera
log datos permanecenen un arregloordenadopor
llaves de clasificaci6n.Esta estructurapem1iteuna
recuperaci6nextremadarnente rapida.
La basede datosen el presenteproyectorue
indizada por la identificaci6n del animal. conte-
niendocadaregistro el nombre,sexo,fechade na-
cimiento, raza e identificaci6n del padre y de la
madrede cadaanimal. Estos2 ultimos seconstitu-
yen en log punteroscorrespondientes.
Marco operacionaI del sistema
El sistema esta compuesto de 6 m6dulos,
para realizar operacionesde consulta, manteni-
miento de la basede datosy el caIculode log coe-
ficientes de consanguinidad. En la Figura 1 se
muestrael diagrarnaoperacionalcorrespondiente.
Fuente de infomlacion
Se cre6 un modelo mixto de informaci6n
geneal6gicapara la base de datos (Cuadro 1), a
partir de log registrosde ganadoJerseyde la Esta-
ci6n ExperimentalAlfredo Volio Mata. Universi-
dad de CostaRica.
Busca un registro en la base de datos y desplega la
infomlaci6n en pantalla.
Introduce un registro en la base de datos. Veri fica la
inforrnaci6n entnkla.
Muestra la infonnaci6n de un registro. Introduce y graba
J los cambios en la base de datos.
L--J Excluye un registro de la ba.~ de datos.
CaIcula el coeficiente de consanguinidad de un animal.
CaIcula el coeficiente de consanguinidad de cada animal
existente en la base de datos. Produce un aI1:hivo
CONSA. TXT.
106 AGRONOMIA COSTARRICENSE

RESULTADOS Y DISCUSION El Apendice muestrala codificaci6n fuente

El sistemacarre bajo un ambienteMSM, eje-
cutandola rutina principal "CONSA. Al inicio, se
presentaun menude opcionesque dirije el camino
de operaci6nbaciaprocedimientosespecificos(Fi-
gura I) de consulta,administraci6nde la basede
datosy caIculode consanguinidad.Las 4 primeras
opcionesbacenun trabajo sabre animalesindivi-
dualesy una opci6nrealizalos caIculossabretodos
los animalesexistentesen la poblaci6nregistrada.
El mantenimientode la basede datosdebeser pe-
ri6dica, especialmente, la inclusi6n de animales
nuevasen la poblaci6nobjetode estudio.No se re-
comienda excluir animales, a menosque par un
error extraordinariotal cosa sea necesaria.La op-
ci6n de correcci6nperrniteal usuariobacerenmien-
dasparciales0 totalesala informaci6nindividual.
del programa, escrito en MUMPS. En el Cuadra
2, se presentan los valores de consanguinidad,
calculadospara carla uno de los animalesinclui-
dos en la basede datos. Estos resultadosfueron
generadosseleccionandola opci6n 6 (calculo de
consanguinidaden toda la poblaci6n) y un valor
de consanguinidadpara carla animal individual
se obtiene al escogerla opci6n 5. Ambas opcio-
nes, utilizan la rutina "CALCU (ver el Apendice)
para realizar la busquedade los antecesoresde
un animal y el correspondientecalculo de con-
sanguinidad.La variable global "MA TRIZ4 con-
tiene los valores de parentescoentre el animal
seleccionadoy todo los antecesoresregistrados,
as! como el grado de relaci6n entre todos ellos.
Estos resultadosse puedenextraer para prop6si-
tos especfficos de los usuarios, programando la

Cuadro 1. Diseilo e informaci6n de la base de datos ("BDCONSA).

"BDCONSA (Animal = Nombre ISexo INacimiento IRaza IPadre IMadre

"BDCONSA ("()(XX)1")= FRONDOSA IHI 01-01-93111(XXX)2KXXX>3

"BDCONSA ("()(XX)2")= XILO IMI 01-01-91111(XXX)4KXXX>5
"BDCONSA ("()(XX)3")= PALOMA IHI 01-01-91 UI (XXX)4 KXXXXi
"BDCONSA ("(XXM)4")= JOCOSO IMI 01-01-89 UI <XXX>7KXXX)8
"BDCONSA ("()(XX)5")= PACIFICA IHI 01-01-89 UI <XXX>9KXX>IO
"BDCONSA ("00006")= ALEGRIA IHI 01-01-89 UI <XXX>9KXXJIO
"BDCONSA ("(XXX}7")= LYON IMI 01-01-87 UI 00011100012
"BDCONSA ("(XXX)8")= AFRODITA IHI 01-01-87 UI 00013 KXXJ14
"BDCONSA ("(XXX)9")= TORONO IMI 01-01-87 UI 00015 KXXJ16
"BDCONSA ("00010")= ORQUIDEA IHI 01-01-8511100017 KXXJI8
"BDCONSA ("00011")= TRISTAM IMI 01-01-85 UI 00019 KXXJ20
"BDCONSA ("(XX) 12")= REVOLTOSA IHI 01-01-85 U100029100030
"BDCONSA ("(XX)I 3")= LORD CHAMPION IMI 01-01-85 UI 00019 KXXJ20
"BDCONSA ("00014")= NEVADA IHI 01-0185 UI 00021100022
"BDCONSA ("(XX) I 5")= COMMANDO RECORDS IMI 01-01-85 UI 00023 KXXJ24
"BDCONSA ("00016")= PRINCF.sA IHI 01-01-85 UI 00025100026
"BDCONSA ("(XX)IT')= DEACON IMI 01-01-8511100027 KXXJ28
"BDCONSA ("00018")= PUMA IHI 01-01-85 UI 00019 KXXJ20
"BDCONSA ("(XX) 19")= GALLANT IMI 01-01-83 UI 00027 KXXJ28
"BDCONSA ("(XX)20")= PROMESA IHI 01-01-83 UI 00025 KXXJ26
"BDCONSA ("00021")= TRIUMPH IMI 01-01-83 UI 00032 KXX>33
"BDCONSA ("00022")= POppy IHI 01-01-83 UI 00032100033
"BDCONSA ("00023")= SUPREME IMI 01-01-83 UII
"BDCONSA ("00024")= BELLE IHI 01-01-83 UII
"BDCONSA ("00025")= DUNCAN IMI 01-01-81 UII
"BDCONSA ("00026")= KAMMY IHI 01-01-81 UII
"BDCONSA ("OOO2T')= SPARKLE IMI 01-01-81 UII
"BDCONSA ("00028")= FASHION IHI 01-01-811111
"BDCONSA ("00029")= LILAC IHI 01-01-81 UII
"BDCONSA ("(XX)30")= SUNDAE IMI 01-01-81 UII
"BDCONSA ("00032")= SOLDIER IMI 01-01-81 UII
"BDCONSA ("00033")= LIBBY IHI 01-01-811111
 BOSCHINI: Sistema computarizado pam evaluar consanguinidOO 107

Cuadro 2. Grado de consanguinidad calculado ~ tados los animales en el modelo geneal6gico.

Reng1On Animal Nacimiento Fx Padre Madre

I <XXX> I 01-01-93 0,234375 <XXX>2 <XXX>3

2 <XXX>2 01-01-91 0,0625 (XXX)4 <XXX>5
3 <XXX>3 01-01-91 0,0625 (XXX)4 (XXX)6
4 (XXX)4 01-01-89 0,0625 <XXX>7 <XXX>8
5 <XXX>5 01-01-89 0,03125 ()(XX)9 <XX>10
6 (XXX)6 01-01-89 0,03125 ()(XX)9 <XX>10
7 <XXX>7 01-01-87 0,0 <XX>11 <XX>12
8 <XXX>8 01-01-87 0,0 <XX>I3 <XX>14
9 ()(XX)9 01-01-87 0,0 <XX>15 <XX>16
10 <XX> 10 01-01-87 0,125 <XX>17 <XX>18
11 <XX>11 01-01-85 0,0 <XX>19 00)20
12 <XX> 12 01-01-85 0,0 00)29 (XX)30
13 <XX>13 01-01-85 0,0 <XX>19 00)20
14 <XX> 14 01-01-85 0,25 00)21 00)22
15 <XX>15 01-01-85 0,0 00)23 00)24
16 <XX>16 01-01-85 0,0 00)25 00)26
17 <XX>17 01-01-85 0,0 00)27 00)28
18 <XX>18 01-01-85 0,0 <XX>19 00)20
19 <XX>19 01-01-83 0,0 00)27 00)28
20 00)20 01-01-83 0,0 00)25 00)26
21 00)21 01-01-83 0,0 <XX>32 <XX>33
22 00)22 01-01-83 0,0 <XX>32 <XX>33
23 00)23 01-01-83 0,0
24 00)24 01-01-83 0,0
25 00)25 01-01-81 0,0
26 00)26 01-01-81 0,0
27 00)27 01-01-81 0,0
28 00)28 01-01-81 0,0
29 <XX>29 01-01-81 0,0
30 <XX>30 01-01-81 0,0
31 <XX>32 01-01-81 0,0
32 <XX>33 01-01-81 0,0

aplicaci6n correspondiente entre la etiquetas 0 calcular el valor de consanguinidadpara una

V A6 Y V A6+2.
En general,las aplicacionesen el campoge-
netico tienen 2 limitaciones,una en relaci6nal al-
macenamientoy velocidad de recuperaci6nde la
infonnaci6n y otra, en relaci6n a los requerimien-
tos de memoria RAM. La primera rue superada
desdeel principio al escogerellenguaje usadoy la
segunda rue manejadodurante la programaci6n,
utilizando las variables globales del sistema en
fonna temporal. De estamaDera,los requerimien-
tos de memoriaRAM parala matriz de parentesco
entre 4 0 400 antecesoreses la misma,con un pe-
queiio costo en la velocidadde respuesta.Esto va
a permitir que la limitaci6n para la matriz esteda-
da por el espaciolibre en el disco duro.
Otras opciones pueden ser incluidas a
gusto del usuario. A modo de ejemplo, detenni-
oar el grado de parentescoentre un animal y otro
crfa simulandoel apareamientode los padres.Una
opci6n para preparar'certificaciones y distribuir
los animates,por edad 0 clase, en categorfasde
competencia, podria incluirse dentro del menu
principal. For otro lado, la base de datos queda
abiertapara su ampliaci6ncon evaluacionesde ti-
po, producci6n0 cualquier otra medidade interes
particular.
Este "software" es una herramientamuy util
para el manejoy control de la consanguinidadde
los animatesde explotaci6ny para aquellasespe-
cies silvestrescriadasen cautiverio.
RESUMEN
Este trabajo provee un "software" para mi-
crocomputadora con el prop6sito de evaluar el
grado de consanguinidadde los animales en un
108 AGRONOMIA COSTARRICENSE

poblaci6n. EI sistema rue codoficado en ellen- LITERATURA CITADA

guaje MUMPS (Massachusetts General Hospital
Utility Multi Programming System) La opera- FALCO~. D.S.1970}~u~ci6n a 1~ge~ca cuantitativa.
ci6n se inicia con un menu para selecionar opcio- M6X1CO.
Compallla
EditonalContinental
S.A.p.430.
Des de consulta, mantenimiento de la base de da- HUDSON.G.F.S;QUAAS.R.L.; VAN VLECK.L.D. 1982.
tos y el c~lculo de. consanguinidad de un animal Computer algorithmfor the~ursive metIK>d
of calcu-
0 de toda la poblaci6n registrada. Con los regis- lat!nglargenumeratorrelationshipmatrices.J. Dairy
tros geneal6gicos de ganado Jersey de la Esta- Scl.65:2018-2022.
ci6n Experi~ental ~lfredo ~olio Mata se cre6 LI. C.C. 1978.First coursein populationgenetics.California.
un modelo mlxto de mformacl6n para la basede Pacific
Grove.
p.631.
datos. Con cadauno de los animatesincluidos, se
presentanlos valores de consanguinidadcalcula- MIGLIOR.F.; SZKOTNICKI.
B.; BURNSIDE,
E.B.1982.
d d 1 . Analysis of levels of inbreeding depression in Jersey
os. Dentro e programa, una variable global cattle. J. Dairy Sci. 75:1112-1118

contiene, despues de cada c4lculo, los valores de

parentesco entre el animal seleccionado y sus an- TIER.B. 1990.Computinginbreeding
coeficients
quickly.Ge-
tecesores, asl como el grado de relaci6n entre net.Sel.Evol.22:419-430.
ellos. Este sistema tiene un bajo requerimiento VONKROSIGK,C.M.;LUSH.J.L. 1958.Effectof inbreeding
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in Holstein.J.DairySci.41:105-113.
cenamiento de la informaci6n y en la velocidad
de respuesta. WRIGH!. S. 1992.Coefficientsof inbreedingandrelations-
hip. Amer. Natur. 56:330-338.
 BOSCHINI: SistemacomputarilJldoparaevaluarconsanguinidad 100
APENDICE
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