Hijo de Margareta Karoline, nacida en Reischbock, protestante, luego conversa al catolicismo,

y de Karl Deschner, un humilde guardabosque católico en Bamberg. Pasó su infancia y

juventud en los cotos obispales de Wurzburgo y, tras combatir en la Segunda Guerra Mundial,
estudió Derecho, Teología, Filosofía e Historia. En 1956 publicó su primer libro, una novela (La
noche ronda mi casa), que causó gran impacto. Pero súbitamente abandonó la prometedora
carrera literaria que acababa de emprender para consagrarse al estudio crítico
del cristianismo en general y de la Iglesia católica en particular; desde sus primeras obras dio
más de dos mil conferencias.
A partir de entonces, el caudal de sus obras se multiplicó de forma inagotable, con una
erudición y agudeza tales que muchos lo consideran «el mayor de los críticos de la Iglesia en
el siglo XX». En 1970 comenzó su obra más ambiciosa, Historia criminal del cristianismo, que
completó con la publicación del décimo volumen en 2013.
Dada la naturaleza polémica de sus escritos, Deschner no tuvo acceso a becas, subsidios,
patrocinios oficiales o cargos honorarios, apenas la ayuda de algunos amigos generosos y la
adhesión de sus lectores le permitieron continuar con el trabajo monumental de investigación
y desarrollo.
En 1971 fue citado a comparecer ante un tribunal en Núremberg acusado de difamar a la
Iglesia. Ganó el proceso con una sólida argumentación, pero aquella institución reaccionó
rodeando sus obras con un muro de silencio que no se rompió definitivamente hasta los años
ochenta, cuando las obras de Deschner comenzaron a publicarse fuera de Alemania
(Polonia, Suiza, Italia y España, principalmente). El primer tomo de su ambiciosa Historia
criminal del cristianismo fue publicado gracias a la ayuda de su amigo Alfred Schwarz, quien
no sobrevivió a la aparición del mismo en septiembre de 1986; los siguientes aparecieron
gracias al apoyo económico del industrial alemán Herbert Steffen, quien hasta fecha reciente
continuó financiando los trabajos de Deschner.
Como reconocimiento por su obra y esfuerzos por combatir la ignorancia, en 1988 le fue
concedido el prestigioso premio Arno Schmidt, que fue el primero de una amplia lista,
sucediendo en ese honor a Wolfgang Koeppen, Hans Wollschläger y Peter Rühmkorf. En junio
de 1993, como antes que él Walter Jens, Dieter Hildebrandt, Gerhard Zwerenz y Robert
Jungk, recibió el premio Büchner alternativo y en julio del mismo año el Premio Humanista
Internacional. En septiembre de 2001 recibió el premio Fischer y el Ludwig Feuerbach en
noviembre de 2001.