Juan Antonio Suárez Murillo

1.-Defina química supramolecular:

También se puede describir como "química legoTM" en la que cada ladrillo legoTM representa un
bloque de construcción molecular y estos bloques se mantienen unidos por interacciones
intermoleculares, de naturaleza reversible, para formar un agregado supramolecular. Estos enlaces
intermoleculares incluyen interacciones electrostáticas, enlaces de hidrógeno, interacciones π-π,
interacciones de dispersión y efectos hidrofóbicos o solvofóbicos.

2.-¿Qué áreas de la ciencia se ven involucradas en la química supramolecular?

Incide en áreas tradicionales de química orgánica e inorgánica, necesarias para sintetizar los
precursores de una supermolécula, la fisicoquímica, para comprender las propiedades de los
sistemas supramoleculares y la modelización computacional para comprender el comportamiento
supramolecular complejo. Una gran cantidad de bioquímica implica conceptos supramoleculares y,
además, se requiere un grado de conocimiento técnico para aplicar sistemas supramoleculares al
mundo real, como el desarrollo de dispositivos nanotecnológicos.

3.-Indique qué interacciones intermoleculares de tipo iónicas y dipolares pueden ocurrir dentro de
cada especie supramolecular:

Ión-ión, ión-dipolo, dipolo-dipolo. Se basan en la atracción Coulómbica entre cargas opuestas. La

más fuerte de estas interacciones es el ión-ión.

4.-¿Cuál es la interacción no covalente más importante en el diseño de arquitecturas

supramoleculares y por qué?

El enlace de hidrógeno es posiblemente la interacción no covalente más importante en este uso,

debido a su fortaleza y alto grado de direccionalidad. Representa un tipo especial de interacción
dipolo-dipolo entre un donante de protones (D) y un aceptor de protones (A).

5.-¿Qué otras interacciones podemos encontrar en los sistemas supramoleculares?

Hay dos interacciones π principales que se pueden encontrar en los sistemas supramoleculares, a
saber (i) interacciones catión- π y (ii) interacciones π-π. Las interacciones de catión-π son bien
conocidas en el campo de la química organometálica.

Las interacciones de Van der Waals son efectos de dispersión que comprenden dos componentes,
a saber, la interacción de London y la interacción de intercambio y repulsión. Las interacciones de
Van der Waals surgen de las fluctuaciones de la distribución de electrones entre las especies que
están muy cerca la una de la otra. A medida que la nube de electrones se mueve alrededor de la
ubicación momentánea de una molécula, se forma un dipolo instantáneo dentro de la molécula.
Este "parpadeo" de la distribución de electrones (o dipolo) entre dos especies adyacentes alineará
las moléculas de manera que una carga positiva parcial de una especie se verá atraída por una carga
negativa parcial de otra molécula; por lo tanto, los dos dipolos instantáneos se atraen entre sí y
producen una interacción de London.
6.-Mencione algunas de las moléculas creadas a partir de la química orgánica supramolecular:

En 1990 Wang y sus colegas reportaron una red molecular de dos enlaces de hidrógeno basada en
las interacciones secundarias entre el ácido cianúrico y la melamina. Posteriormente, Whitesides y
sus colegas capitalizaron con éxito este descubrimiento construyendo aproximadamente una
nanoestructura globular a partir de ácido cianúrico 1 y derivados de melamina.

Rebek y sus compañeros de trabajo construyeron complejos dímeros estables de subunidades de

bisglicoluril auto-complementarias que muestran la curvatura a lo largo de las moléculas.

Stoddart descubrió que las sales de 4,4'-bispiridinio (paraquats) pasan a través de la cavidad de bis-
p-fenileno-34-corona-10 (BPP34C10) para formar pseudorotaxanos basados principalmente en
enlaces de hidrógeno CH ... O e interacción electrostática entre las unidades de hidroquinol ricas en
electrones π y las unidades de paraquat deficientes en electrones π se erigen como hitos de la
química de los éteres corona complejantes.

El avance más reciente en la síntesis de pseudorotaxano fue demostrado por Sanders y sus colegas
usando bis (nafto) corona éter 20 y diimida 21. Las interacciones donador-aceptor de las unidades
aromáticas neutras facilitan la formación estable de pseudorotaxano 22.

7.- Mencione algunas de las estructuras nanométricas creadas a partir de la química inorgánica
supramolecular:

Sauvage y sus compañeros produjeron una molécula de catenano mediante una síntesis dirigida por
metal usando ligandos orgánicos y iones metálicos. A su vez, la síntesis de un nudo molecular
también fue posible gracias al método de coordinación metal-ligando.

Fujita y sus colegas también han explotado la coordinación del metal en la síntesis de estructuras
de tamaño nanométrico que utilizan diferentes metales como el paladio y el platino. Su logro más
reciente es la síntesis de una nanoestructura macrotricíclica derivada de diez pequeños
componentes moleculares. Se demostró que esta nanocapa atrapa dos moléculas de 4,4'-
dimetilazobenceno en el vacío interno donde se demostró que se dimerizan en la conformación cis.

Stang y sus compañeros de trabajo describieron cuantitativamente la construcción de cuadrados

moleculares bien definidos. Han extendido el concepto de coordinación de metales para generar
muchas estructuras de polígonos de tamaño nanométrico variando la forma y longitud del ligando
orgánico y ángulo de conexión del metal.

8.- Hablando de la química supramolecular de polímeros, mencione algunas de las estructuras

creadas en este apartado.

Recientemente, Zimmerman y sus compañeros de trabajo introdujeron un enfoque de

autoensamblaje para la síntesis de dendrímeros, que garantiza la precisión estructural al tiempo que
elimina los pasos del enfoque convencional de múltiples pasos, es decir, convergente, divergente y
de doble etapa convergente. El dendrímero de autoensamblaje de cuarta generación se ha logrado
obtener en dimensiones de 9nm de diámetro y 2nm de espesor, y su masa molecular casi llega a
35,000 g / mol. Estas especies dendríticas se caracterizaron por osmometría de presión de vapor
(VPO), dispersión de luz láser (LLS) y cromatografía de permeación gel (GPC) debido a su notable
estabilidad en solución.
Ghadiri y sus compañeros de trabajo aplicaron con éxito el conocimiento aprendido de la lámina
plisada-β, formada por enlaces de hidrógeno intermoleculares de las cadenas del polipéptido
vecino, para la construcción de una serie de nanotubos peptídicos cíclicos. Hasta la fecha, se han
construido nanotubos peptídicos cíclicos con un diámetro interno en el intervalo de 0,7 a 1,3 nm.
Además, las propiedades de la superficie externa de estos nanotubos pueden alterarse
introduciendo diferentes grupos de cadenas laterales de aminoácidos, dependiendo de sus
aplicaciones finales.

Swager y sus compañeros sintetizaron politiofenos y poli-(fenilenetileno) que contiene receptores

de éter corona que son capaces de formar polypseudorotaxanos de cadena lateral con paraquat
como materiales sensoriales.

9.-Describa cada categoría de la química supramolecular y su diferencia:

Química host-guest: Comprende el estudio de grandes moléculas "huéspedes" que son capaces de
encerrar moléculas "invitadas" más pequeñas a través de interacciones no covalentes.

Autoensamblaje: Es la asociación espontánea y reversible de dos o más componentes para formar

un agregado más grande, unido de forma no covalente.

10.-¿A qué se refiere el concepto de “binding site”?

Es el sitio de unión de una región de una molécula que tiene el tamaño, la geometría y las
funcionalidades para aceptar y unir una segunda molécula por interacciones no covalentes.

11.-¿Qué es el efecto quelato?

Se genera mediante la observación de que los ligandos multidentados (por extensión, hospeda con
más de un sitio de unión), dan como resultado complejos más estables que los comparables
sistemas que contienen múltiples ligandos no unitarios, resultado de la cooperación entre sitios
interactivos.

12.-¿A qué se refiere el concepto de cooperatividad?

Es cuando dos o más sitios de enlace actúan de manera concertada para producir una interacción
combinada que es más fuerte que cuando los sitios de unión actúan independientemente el uno del
otro. Los sitios están cooperando entre sí. En el caso de atar dos invitados, la cooperación también
representa el efecto sobre la afinidad del anfitrión por un invitado como resultado de la unión del
otro.

13.-¿Cómo se relaciona el efecto quelato con la cooperatividad?

Se puede ejemplificar fácilmente; una especie hospedante con múltiples sitios de unión que están
conectados covalentemente (es decir, que actúa como un "equipo") forma un complejo “host-
guest” más estable que un sistema similar con sitios que no están unidos (por lo tanto, actúan por
separado). Esta cooperación entre sitios es una generalización del efecto quelato en la química de
coordinación.
14.-En complejos supramoleculares ¿De qué forma se puede incrementar su estabilidad?

Ya que los complejos que contienen un ligando quelante, con múltiples sitios de interacción que
están conectados covalentemente, tienen una estabilidad aumentada en comparación con sistemas
similares no quelantes debido a la cooperación entre los sitios. La introducción de un elemento de
preorganización en un anfitrión puede mejorar aún más esta estabilidad.

15.-Describa a qué se refiere “anfitrión preorganizado”, dé un ejemplo:

Un anfitrión preorganizado es uno que tiene una serie de sitios de unión en una geometría bien
definida y complementaria dentro de su estructura y no requiere un cambio conformacional
significativo para unirse a un huésped de la manera más estable posible. Ejemplo: Efecto
macrocíclico; los receptores cíclicos tienen sitios de unión posicionados en una disposición de anillo
cerrado. Como resultado, los sistemas cíclicos están más preorganizados y, por lo tanto, forman más
complejos termodinámicamente estables porque se requiere un cambio conformacional menor al
unirse.

16.-¿Qué es el efecto macrocíclico u cómo es que favorece la unión del huésped a la molécula
macrocíclica anfitriona?

El efecto se refiere a una estabilidad adicional cinética y termodinámica que presentan los ligandos
macrocíclicos en comparación con los ligandos monodentados o polidentados, y su mayor
estabilidad de le atribuye a cambios favorables de entropía y entalpía para el macrocíclo respecto
al ligante lineal.

Los anfitriones macrocíclicos muestran una unión mejorada de invitados debido a factores
entrópicos y entálpicos. Entrópicamente, la unión de un polímero provoca la pérdida de muchos
grados de libertad del sistema, ya que la molécula "floja" se debe rigidizar a medida que se envuelve
alrededor del huésped. Esto disminuye la entropía del sistema, lo que significa que el ΔS de unión
es negativo y el ΔG del proceso de unión se vuelve más positivo y desfavorable. Un huésped
macrocíclico libre no tiene tal libertad conformacional y, por lo tanto, el cambio en la entropía entre
el huésped libre y el que se une es mucho menor y, por lo tanto, más favorable que el de un huésped
y su análogo “podand host”.

17.-¿A qué se refiere el término “podand”?

Un podand está completamente solvatado en solución ya que es flexible y los sitios donantes son
fácilmente accesibles y los macrociclos a menudo no están completamente solvatados ya que las
moléculas de solvente tendrían que estar empaquetadas en estrecha proximidad en el centro del
huésped.

18.-Describa los métodos de síntesis para crear macrocíclos:

Método de alta dilución: se mezclan pequeñas cantidades de reactivos a una velocidad controlada
en un gran volumen de disolvente. Esto asegura que se mantiene una baja concentración reactiva y
que se favorece la formación de macrociclo sobre la polimerización. Ya que una baja concentración
del reactivo de "cadena abierta" tiene una mayor probabilidad de reaccionar consigo mismo para
formar un sistema de anillo cerrado que de reaccionar con otra molécula para formar un polímero.
Uso de especies de plantillas, como los iones metálicos, para inducir la ciclación. La plantilla provoca
la organización de los componentes que reaccionan, que dirige la geometría hacia un producto en
particular. Una desventaja importante de emplear el efecto plantilla es la necesidad de eliminar la
plantilla una vez que se ha formado el macrociclo, sin destruir el producto.

19.-¿Cuál es el ligando macrocíclico más preorganizado?

Los “Spherands”, y además son muy rígidos, Su extrema preorganización se demuestra por la
constante de unión de spherand-6 (2.15) para Li + y Na +, que son superiores a 16 y 14 unidades de
registro, respectivamente, en cloroformo saturado de agua. Esta afinidad representa una
interacción notablemente fuerte con estos iones altamente lábiles y surge, en parte, del hecho de
que las repulsiones entre oxígeno presentes en el anfitrión libre son mejoradas cuando el ión
metálico se inserta en la cavidad del spherand.

20.-Mencione algunas de las estructuras macrocíclicas que contengan enlaces con cationes:

Ligandos biológicos: canales iónicos y siderphores.

Calixarenes.

Bases Schiff.

Spherands, hemispherands, cryptaspherands, heterocrowns y heterocryptands.

Éteres de corona, éteres de lariat y cryptands.

21.-Indique algunos de los tipos de moléculas supramoleculares que se pueden usar como
catalizadores:

Los calix [4] arenos y las ciclodextrinas se han utilizado como moléculas hospedadoras para el
reconocimiento de diversas moléculas huéspedes como consecuencia de su cavidad hidrofóbica
junto con grupos funcionales reactivos, tanto calix [4] arenos como ciclodextrinas, se han usado en
muchas aplicaciones catalíticas. Por otro lado, están los dendrímeros; son polímeros tipo bifurcación
y se han utilizado como nano-reactores. Estas moléculas ramificadas tienen grandes vacíos en su
estructura que pueden incorporar una especie catalítica en el entorno de nanoescala interna del
dendrímero.

22.- ¿Qué estrategia convendría para poder enlazar estructuras supramoleculares con los aniones?

La forma más obvia de unir aniones es diseñar un anfitrión que contenga una carga electrostática
positiva. En la mayoría de los compuestos modernos, la naturaleza no direccional y no selectiva de
las interacciones electrostáticas generalmente se modula mediante interacciones direccionales
adicionales de funcionalidades tales como donantes o aceptores de enlaces de hidrógeno. Tal vez la
clase más común de anión vinculante con anfitrión utiliza más de una interacción no covalente, en
particular, una combinación de interferencia electrostática, acciones y enlaces de hidrógeno. Esto
se logra fácilmente mediante el uso de protonatos de macrociclos y macrobiciclos que contienen
nitrógeno (azacorandos y cryptands).
23.- ¿Qué tipo de receptores se podrían emplear como receptores simultáneos de cationes y
aniones?

Típicamente, más de un ion metálico (catión) se coordina con un ligando particular (a menudo una
base de Schiff o heteroalcano macrocíclico) en una geometría bien definida y la especie aniónica
luego se coordina con el centro metálico, este complejo es conocido como casacade.

Los receptores ditópicos de pares iónicos implican la unión de pares de iones, ya sea como contacto
o por separado los pares de iones con un sitio de unión apartado para el catión y otro sitio para el
anión.

Los receptores de ion híbrido difieren de los dos ejemplos anteriores porque las cargas están ambas
en la misma molécula, lo que hace que la carga global del receptor sea neutra. Se requieren dos
tipos diferentes de subunidades en el diseño del receptor.

Existen receptores simultáneos que pueden unir invitados neutros e iónicos. Estos tipos de
receptores son macrociclos grandes, tales como calixarenos, en los que el ión se une a los grupos
funcionales en el borde inferior del calixareno y la molécula neutra (a menudo disolvente) se
encapsula dentro de la cavidad del cuenco.

24.-Explique como es posible que una molécula anfitriona puede tener un huésped neutro retenido:

Para lograr el reconocimiento de moléculas neutras, el anfitrión debe autoensamblarse alrededor

del huésped neutral o debe estar altamente preorganizado. En general, dichos huéspedes
preorganizados tienen una curvatura permanente para formar una cavidad intrínseca que persiste
en la solución. Este tipo de receptor se denomina genéricamente cavitand. La inclusión del huésped
dentro de la cavidad o hendidura de la cavidad produce un caviplex.

25.-Defina reconocimiento molecular:

Se ha definido como un proceso que implica tanto la unión como la selección de sustrato (s) por
parte de una molécula receptora determinada, así como posiblemente una función específica. La
mera unión no es reconocimiento, aunque a menudo se toma como tal. Se puede decir que el
reconocimiento es vinculante con un propósito, como los receptores son ligandos con un propósito.
Implica un patrón estructuralmente bien definido de interacciones intermoleculares.