Mecanismos moleculares de epistasis dentro y

entre genes.

Ben Lehner
Laboratorio Europeo de Biología Molecular-Centro de Regulación Genómica (EMBL-CRG) Biología de Sistemas,
Instituto Catalán de Investigación y Estudios Avanzados (ICREA), Centro de Regulación Genómica y Universidad
Pompeu Fabra (UPF), c / Dr. Aiguader 88, Barcelona 08003 , España.
Las mutaciones "causantes de enfermedades" no causan enfermedades en todas las personas. Una posible
razón importante para esto es que el resultado de una mutación puede depender de otras variantes genéticas
en un genoma. Estas interacciones epistáticas entre mutaciones ocurren tanto dentro como entre las
moléculas, y los estudios en organismos modelo muestran que son extremadamente prevalentes. Sin
embargo, las interacciones epi-estáticas aún son poco entendidas a nivel molecular, y consecuentemente
difíciles de predecir de novo. Aquí proporciono una visión general de nuestra comprensión actual de los
mecanismos moleculares que pueden causar epistasis, y áreas donde se necesita más investigación. Una
comprensión más completa de la epistasis será vital para hacer predicciones precisas sobre los fenotipos de
las personas.

¿Por qué las mutaciones tienen diferentes resultados en diferentes individuos?

Muchas mutaciones, por ejemplo mutaciones "causantes de enfermedades", no tienen los mismos efectos en todas
las personas. Una razón para esto es la influencia del medio ambiente: la dieta, la temperatura, los patógenos y
otros factores de riesgo pueden ser importantes influencias en el resultado. Una posible causa adicional de
variación fenotípica puede ser la variación estocástica molecular o epigenetica entre individuos [1,2]. Sin embargo,
otra influencia importante en el resultado de la mutación es la genética: el fondo genético (o "entorno genético")
puede determinar si una mutación afecta el fenotipo de un individuo o no. Esto no solo es cierto a través de
organismos genéticamente divergentes: una mutación que causa enfermedad en una especie puede no tener ningún
efecto en otra [3-5], sino también dentro de una especie- un gen puede ser esencial, por ejemplo, en una cepa de
levadura pero no en otra cepa de la misma especie [6].
Esta dependencia del resultado de la mutación en el trasfondo genético es, en el sentido más amplio, lo que
significa el término "epistasis" o "interacción genética". El término epistasis fue introducido por primera vez por
Bateson para referirse al enmascaramiento de una mutación por otro [7], pero ha evolucionado para referirse
(simultáneamente) para cubrir un rango de fenómenos relacionados (Cuadro 1). Varias revisiones excelentes han
discutido las definiciones alternativas de epistasis, cómo se detectan las interacciones epistáticas, su prevalencia,
cómo se pueden clasificar, su importancia para la evolución y el uso de epistasis como una herramienta para
comprender la biología [8-11]. Por el contrario, el objetivo de esta revisión es centrarse en la biología molecular
que subyace a la epistasis. ¿Cuáles son los mecanismos moleculares que pueden causar interacciones epistáticas
entre mutaciones? ¿Por qué, a nivel molecular, una mutación en particular tiene un resultado diferente en un
individuo diferente? ¿Podemos predecir qué mutaciones mostrarán interacciones epistáticas y cómo? Aunque se
han logrado algunos avances, nuestro conocimiento de los mecanismos que pueden causar epistasis es aún muy
incompleto, y nuestra capacidad de predecir interacciones de novo es casi inexistente.
Las interacciones epistáticas pueden ser tanto aliviantes (es decir, supresivas, con un resultado mejor de lo
esperado, alternativamente epistasis positiva o antagonista) o agravantes (es decir, mayor gravedad, con un
resultado peor de lo esperado: epistasis negativa o sinérgica). Las interacciones también pueden ocurrir entre
variantes de secuencia en el mismo gen ('epistasis intramolecular') y entre varianzas en diferentes genes ('epistasis
intermolecular'). Por ejemplo, en el caso de posibles mutaciones compensatorias en un bacteriófago, se estima que
aproximadamente el 50% es intramolecular y la mitad intermolecular [12]. En este artículo, primero reviso lo que
se sabe sobre los mecanismos moleculares que pueden subyacer a la epistasis intermolecular, antes de abordar el
problema de las interacciones dentro de la misma molécula. Finalmente, destaco brevemente la dependencia del
contexto de epis-tasis, es decir, la importancia de las interacciones de orden superior.
Epistasis entre genes
Individuos de una especie típicamente difieren en las secuencias de miles de proteínas diferentes, sin mencionar la
variación en las regiones no codificadoras del genoma [13,14]. Como resultado, la consecuencia de una mutación
particular tiene el potencial de ser modificada por la variación en las actividades de miles de proteínas diferentes.
Los experimentos que utilizan mutaciones naturales, modificadas genéticamente y seleccionadas han identificado
numerosos ejemplos de epistasis entre genes que afectan a muchos rasgos fenotípicos diferentes [15-17], incluso
entre variantes genéticas naturales en levadura [18-20], plantas [21], nematodos. [22,23], vuela [24,25], aves [26] y
ratones [27-29], para iluminar algunos.

Por ejemplo, un estudio reciente diseccionó las causas genéticas de la variación en la eficacia de la esporulación (el
programa de desarrollo que conduce a la meiosis) entre una cepa de roble y una cepa de viña de la levadura
Saccharomyces cerevisiae [19]. Casi toda la variación genética fue explicada por cuatro variantes de nucleótidos
que afectan a tres factores de transcripción diferentes. La introducción de los cuatro alelos individualmente y en
combinación en las diferentes cepas revelaron fuertes interacciones epistáticas entre estos polimorfismos; se
descubrió que estas interacciones son importantes para determinar la eficacia de esporulación reducida de la cepa
de la viña [19].

Epistasis generalizada similar también se detectó en un estudio que utilizó miles de niveles de expresión génica
como rasgos cuantitativos [30]. Usando datos de un cruce entre dos cepas de levadura, se estimó que los efectos de
más de la mitad de los loci de rasgos cuantitativos primarios (QTL) que afectan a la expresión génica se modifican
mediante interacciones con loci secundarios. Sorprendentemente, la mayoría de estos loci secundarios tuvieron
efectos individuales demasiado pequeños para ser detectados en un escaneo de todo el genoma [30]. Esto sugiere
que muchas interacciones epistáticas importantes ocurrirán con polimorfismos que podrían no tener una asociación
estadística significativa con una enfermedad o fenotipo en una exploración de todo el genoma. Esta es una lección
extremadamente importante que debe tenerse en cuenta al diseñar estudios de asociación genética humana.
Sin embargo, la mejor evidencia de la naturaleza penetrante de la epistasis (al menos con respecto a las fuertes
mutaciones de pérdida de función que se han estudiado) tal vez se deriva de pantallas genéticas inversas a gran
escala [31,32]. Aquí, los pares de mutaciones (o los tratamientos de interferencia de ARN) se combinan
sistemáticamente, y los efectos sobre la viabilidad o el crecimiento se determinan a continuación [33 - 38]. Las
interacciones negativas y positivas entre millones de diferentes mutaciones de pérdida de función en la levadura se
han cuantificado utilizando este enfoque [34]. Los resultados de estos y similares pantallas en Caenorhabditis
elegans [33, 35] muestran que para casi todas las fuertes mutaciones de pérdida de función, los efectos de la
mutación pueden verse influidos por la perturbación de la actividad de muchos genes adicionales [31,32 ] Cabe
señalar que, hasta la fecha, las mutaciones con efectos más débiles sobre la función de las proteínas han sido menos
investigadas en estos estudios sistemáticos, y queda por establecer si se detectará una epistasis generalizada similar
para estos. Sin embargo, los resultados de los estudios de rasgo cuantitativo sugieren fuertemente que este será el
caso [15,17].
Se han identificado muchos miles de interacciones epistáticas intermoleculares en el laboratorio, pero en la mayoría
de los casos se desconocen los mecanismos molares que provocan estas interacciones. De hecho, debido a que
múltiples mecanismos moleculares pueden ser la base de interacciones epistáticas similares, la detección de una
interacción sola proporciona poca información sobre el mecanismo molecular subyacente [11,39]. Aunque se
necesita mucho más trabajo en este campo, resumo aquí algunas de las interacciones moleculares que podrían
causar interacciones epistáticas entre mutaciones en dos moléculas diferentes (Figura 1).

Mecanismos moleculares de epistasis entre moléculas

Interacciones entre cambios en interfaces de interacción
Quizás el mecanismo molecular más simple que puede causar epistasis entre dos genes es si sus dos productos
proteicos interactúan directamente. Por ejemplo, una mutación en una proteína que afecta una interacción física
puede ser compensada por una mutación en el compañero de interacción. En Salmonella typhimurium, los efectos
perjudiciales de las mutaciones resistentes a los antibióticos en la proteína S12 de la subunidad ribosómica pequeña
pueden compensarse mediante mutaciones en la proteína L19 de la subunidad grande. L19 es una de las pocas
proteínas de subunidades grandes que entra en contacto con la subunidad pequeña [40]. Como segundo ejemplo, las
proteínas codificadas por dos genes que determinan el sexo que interactúan físicamente en especies de
Caenorhabditis, fem-3 y tra-2, solo interactúan físicamente con el compañero de la misma especie debido a la
rápida evolución molecular compensatoria [41]. Cambios similares en el reconocimiento molecular también
podrían ser la base de la epistasis sinérgica, por ejemplo, una mutación solo podría ser perjudicial después de un
cambio en la interfaz de interacción de un compañero de interacción. También se pueden contemplar escenarios
más complejos que implican competencia entre socios de interacción. Por ejemplo, una mutación que aumente la
afinidad de una interacción podría tener un efecto perjudicial en una interacción competitiva a menos que la
afinidad de esa interacción también aumente.
Redundancia funcional
Una segunda causa simple de epistasis negativa es la redundancia funcional. Si dos o más genes realizan una
función molecular común, entonces la pérdida de un gen normalmente solo tendrá un efecto modesto en esa
función. El redun-dancy genético puede surgir fácilmente a través de la duplicación de genes, y es muy probable
que los duplicados de genes tengan interacciones epistáticas negativas fuertes [42-44]. Sin embargo, las primeras
pantallas de interacción genética sistémica revelaron rápidamente que las interacciones entre duplicados solo
representan un pequeño subconjunto de todas las interacciones epistáticas negativas [38,45-47].
Incluso en los casos de interacciones epistáticas entre duplicados, los mecanismos moleculares subyacentes pueden
ser complejos, con una compensación que depende tanto de la redundancia funcional parcial como de las
interacciones reguladoras entre los duplicados [48]. Esto puede dar lugar a lo que se ha denominado "epistasis
mixta" con diferentes conjuntos de genes diana que muestran patrones distintos de cambio de expresión en
mutantes únicos y dobles [49]. La redundancia completa o parcial normalmente solo se observa para un
subconjunto de genes diana, mientras que otros objetivos muestran patrones distintos de cambios de expresión [49].
Se ha propuesto que la epistasis mixta refleja el uso de duplicados para controlar conjuntos de genes aguas abajo
tanto de forma acoplada como desacoplada, dependiendo de las condiciones [49,50].
Interacciones entre vías o módulos funcionales
El concepto de redundancia puede extenderse más allá de genes individuales a vías y módulos moleculares. Por
ejemplo, si en una condición particular, dos vías metabólicas pueden producir el mismo metabolito, entonces la
inactivación de cualquiera de las vías por sí sola tendrá poco efecto sobre la aptitud física [51]. En consonancia con
esto, los genes con funciones moleculares similares normalmente tienen perfiles similares de interacciones
epistáticas, lo que sugiere que un conjunto de semillas de interacciones epistáticas se puede utilizar para predecir
con precisión más interacciones para un gen [34,38,52-57].
Dos preguntas muy abiertas se refieren a por qué determinados caminos o módulos en una célula interactúan
epistáticamente, y en qué medida esto refleja una 'redundancia' (funcional) en la célula. En algunos casos, estas
interacciones podrían reflejar una redundancia subyacente (o "buffering") entre las vías, por ejemplo, entre dos
rutas alternativas para degradar un ARNm [53]. Sin embargo, se detectan muchas interacciones entre procesos
celulares aparentemente no relacionados [38], tales como las interacciones en levadura entre el complejo
oligomérico de Golgi (COG) conservado y la ARN polimerasa II [34,52]. De hecho, se ha sugerido que muchas de
estas interacciones 'entre las vías' son en realidad causadas por las respuestas reguladoras de una célula a la
inhibición de genes, más que por la simple redundancia [58]. Comprender cómo las respuestas regulatorias a una
mutación pueden hacer que otro gen se vuelva esencial (el modelo de "esencialidad inducida" [58]) plantea un
desafío importante (ver más abajo). Sin embargo, independientemente del mecanismo subyacente, la capacidad de
mapear las interacciones epistáticas en las vías funcionales significa que las interacciones adicionales pueden
predecirse fácilmente a partir de un conjunto de interacciones de semillas (Cuadro 2).
Interacciones antagonistas en vías lineales
En contraste con las interacciones negativas, se ha propuesto que la epistasis positiva podría ocurrir con mayor
frecuencia entre genes que funcionan en el mismo complejo molecular no esencial, o en la misma vía o módulo
[34,37,52,59-61]. La base de esta expectativa es la siguiente lógica derivada del metabolismo: si un metabolito
esencial se produce por una ruta metabólica lineal, entonces la inactivación de cualquier gen en esa vía evitará la
producción de ese metabolito. Esto significa que (en una vía estrictamente lineal) la inactivación de un segundo gen
en la ruta no puede tener consecuencias adicionales. Por lo tanto, en las vías lineales, se espera que las mutaciones
nulas interactúen con una fuerte epistasia antagonista (positiva). Se pueden producir interacciones de
enmascaramiento similares en las rutas de transducción de señales, por ejemplo, entre mutaciones con influencias
opuestas sobre la actividad de la ruta. Por ejemplo, la inactivación de una proteína de señalización de flujo
ascendente puede no tener efecto si un efector de flujo descendente se activa constitutivamente. De hecho, esta
epistasis "clásica" (batesoniana) se ha utilizado con mucho éxito para ordenar genes en las vías, a menudo antes de
que estas rutas se caracterizaran bioquímicamente [62].
Sin embargo, aunque la clasificación de las interacciones epistáticas positivas y negativas dentro de los
mecanismos de la vía "dentro" y "entre" es atractiva, en realidad la mayoría de las interacciones genéticas positivas
aún tienen lugar entre diferentes complejos y módulos en lugar de dentro del mismo módulo [34,52 , 63]. Los
mecanismos moleculares que causan estas interacciones no se conocen bien.
Concentradores y buffers genéticos
Aunque la mayoría de los genes tienen pocas interacciones epistáticas negativas fuertes, un subconjunto de genes
interactúa con muchos loci diferentes y con loci que tienen muchas funciones diferentes. Los genes con una gran
cantidad de interacciones se han denominado centros genéticos, amortiguadores o condensadores, y tienen un sesgo
notable en sus funciones moleculares. Por ejemplo, tanto en C. elegans [35] como en levadura [34], muchos de los
genes más conectados en redes de interacción genética funcionan en la regulación de la cromatina. Además, la red
de interacción genética de levadura a escala de genoma reveló que los genes que codifican proteínas que funcionan
en la vía secretora también tienen muchas interacciones genéticas negativas [34]. Los chaperones que promueven el
plegamiento de proteínas y la actividad, como Hsp90, también se pueden clasificar como centros genéticos, ya que
su inactivación aumenta los efectos de muchas variantes de secuencias diferentes en diferentes especies [64-66].
En general, no se entiende por qué ciertos genes se comportan como centros genéticos. Ciertamente, estos genes
tienen el potencial de influir en la actividad de muchas proteínas diferentes, por ejemplo en el caso de las
chaperonas al ayudar al plegamiento de la proteína. Como tendencia general, también existe una fuerte correlación
entre la aptitud de un solo mutante y el número de interacciones epistáticas detectadas para esa mutación
[34,52,67]. Los genes que actúan como centros genéticos también son normalmente importantes para amortiguar el
cambio ambiental y la variación estocástica (es decir, aleatoria) [34,65,68,69]. La capacidad de ciertos genes para
actuar como amortiguadores promiscuos de la variación genética podría, por lo tanto, ser un subproducto de su
importancia para garantizar la resiliencia ambiental y estocástica, también conocida como canalización [68,70].
Dinámica regulatoria y esencialidad inducida
Es posible que muchas interacciones epistáticas entre mutaciones realmente reflejen la dinámica no lineal de las
redes regulatorias. Las interacciones cooperativas [71], la retroalimentación [39] y las complejas redes de
regulación son frecuentes en biología y pueden conducir a respuestas no intuitivas cuando se combinan las
mutaciones [39,72]. Hasta la fecha, pocos estudios han intentado comprender cómo la dinámica regulatoria puede
causar epistasis [73,74]; Se necesita mucho más trabajo para explorar esta idea.

Restricciones físicas
Finalmente, una posible causa de epistasis (tanto dentro como entre moléculas) que a menudo se pasa por alto es
una restricción física, química o de desarrollo en un sistema. Si un rasgo tiene un valor máximo o mínimo finito, las
combinaciones de mutaciones pueden tener un efecto menor que la expectativa aditiva, simplemente porque se
alcanza este efecto máximo o mínimo. Intuitivamente, muchos rasgos fenotípicos en biología tienen límites físicos.
Por ejemplo, es poco probable que la combinación de mutaciones múltiples que duplican individualmente el
tamaño de un órgano produzca un aumento ilimitado en el tamaño del órgano simplemente por limitaciones de
espacio.
Epistasis dentro de un gen
Los estudios sistemáticos que utilizan mutaciones modificadas y proyectos de mapeo QTL (por razones técnicas)
han identificado principalmente interacciones epistáticas entre variantes en diferentes genes. La epistasis puede, sin
embargo, también ocurrir entre mutaciones dentro de la misma molécula. Estas interacciones intramoleculares han
sido más estudiadas por investigadores interesados en la ingeniería de proteínas y la evolución [4,75-82]. A
diferencia de la epistasis intermolecular, muchos ejemplos conocidos de epistasis intramolecular implican
mutaciones que se combinan para producir nuevas funciones o aumentar la capacidad física, en lugar de
disminuirla. Como resultado, la mayoría de estas interacciones son compensatorias, mientras que la mayoría de las
interacciones sistemáticamente mapeadas entre moléculas son sinérgicas.
En ambos ARNs [83] y proteínas [75,79,82] los efectos de una mutación pueden depender de mutaciones en otras
posiciones en la misma macromolécula. Por ejemplo, las mutaciones en una enzima pueden tener un pequeño
efecto individual sobre la actividad, pero pueden tener consecuencias dramáticas en combinación [75]. En cuanto a
la epistasis entre moléculas, estas interacciones podrían sesgar las trayectorias evolutivas porque las combinaciones
particulares de mutaciones tienen poca aptitud.
Como ejemplo, un estudio reciente introdujo 168 sustituciones de aminoácidos naturales de Pseudomonas
aeruginosa en el gen leuB de Escherichia coli [78] y se encontró que 63 de estos cambios eran perjudiciales. Todas
estas variantes deben ser compensadas en P. aeruginosa, porque la estructura y la función de la enzima se
conservan. De hecho, para los efectos perjudiciales de una mutación probada, cuatro de las otras sustituciones
proporcionaron una compensación parcial [78].
Junto con las interacciones intermoleculares, la epistasis intramolecular generalizada [12] podría explicar por qué
incluso las proteínas ancestrales continúan divergiendo en secuencia: el conjunto de mutaciones toleradas para
cualquier proteína cambia durante la evolución incluso si la función de esa proteína no cambia por sí misma [ 81].
En cuanto a la epistasis intermolecular, se han propuesto varios mecanismos molares para explicar las interacciones
intramoleculares. Algunos de estos mecanismos dentro de genes son conceptualmente bastante similares a los
mecanismos entre genes (Figura 2).
Mecanismos moleculares de epistasis dentro de un gen
Umbrales de estabilidad
Umbral epistasis es un término que se ha utilizado para describir la situación cuando una proteína tiene un umbral
crítico para la estabilidad, y se requieren múltiples cambios de secuencia para cruzar este umbral [75]. La epistasis
umbral es conceptualmente similar a la redundancia: en una condición particular, una proteína tiene estabilidad
"redundante" y las mutaciones individuales pueden no agotar este margen de estabilidad. Umbral epista-sis se ha
propuesto para explicar interacciones sinérgicas entre mutaciones en la enzima bacteriana de resistencia a
antibióticos b-lactamasa (TEM-1): la proteína tiene estabilidad excesiva o redundante, y se requieren varias
mutaciones para tener un efecto crucial sobre el plegamiento [ 75]. Es interesante especular que, de forma similar a
la redundancia, el umbral de epistasis podría funcionar para garantizar una función proteínica robusta frente al
cambio estocástico o ambiental [68].

Epistasis conformacional
Un segundo tipo de epistasis intramolecular puede surgir en cambios en la conformación de la proteína. Un ejemplo
podría haber ocurrido durante la evolución del receptor de glucocorticoides. Aquí un cambio en la especificidad del
ligando resultó de un par de mutaciones: una de ellas introdujo un residuo que finalmente interactuó con el nuevo
ligando, y la segunda provocó un cambio de conformación que reubicó el primer residuo de modo que es capaz de
contactar al ligando [79]. Tales cambios son altamente epistáticos: el residuo crucial debe ser mutado y
reposicionado para permitir la unión del nuevo ligando. Es razonable prever que muchas mutaciones
potencialmente beneficiosas se basarán de manera similar en los cambios de conformación antes de que puedan
alterar la función de una proteína.
Pleiotropia intramolecular
Otros ejemplos de epistasis ocurren porque las mutaciones pueden tener múltiples efectos diferentes (es decir,
pleiotrópicos) en una proteína. Como se mencionó anteriormente, las mutaciones que alteran la función también
pueden tener el efecto secundario de reducir la estabilidad de la proteína [82,84]. Por ejemplo, la introducción de
un residuo polar en un sitio activo puede alterar los contactos hidrofóbicos y así reducir la estabilidad
termodinámica de una proteína. Tales efectos pleiotrópicos pueden hacer que una mutación beneficiosa sea
perjudicial en ausencia de cambios compensatorios. Este es el caso de las isoformas resistentes a los antibióticos de
TEM-1, donde se requieren sustituciones secundarias lejos del sitio activo para compensar los efectos
desestabilizadores de los cambios en el sitio activo [85]. También se pueden producir compensaciones similares
más allá de los efectos sobre la estabilidad, por ejemplo, las mutaciones podrían ser beneficiosas para una función
de una proteína pero perjudicial para otra y, por lo tanto, requieren cambios compensatorios.
Mutaciones globales supresoras
Del mismo modo que un gen de centro genético puede ser un supresor intermolecular promiscuo de la variación
genética, también lo pueden ser las mutaciones dentro de una molécula. En el caso de la estabilidad de la proteína,
una mutación que aumente la estabilidad podría actuar para suprimir muchas mutaciones diferentes
desestabilizadoras pero que alteran la función. En el caso de TEM-1, se han identificado al menos diez mutaciones
que actúan como supresores "globales" de mutaciones desestabilizadoras [75].
Aditivo para la función, epistático para la aptitud
Es importante tener en cuenta que las combinaciones de mutaciones dentro de un gen pueden afectar aditivamente
la función de la proteína, pero aún así interactuar epistáticamente para alterar la aptitud o un fenotipo [72]. Esto
puede ocurrir en el metabolismo, por ejemplo, como resultado de respuestas no lineales en el flujo metabólico [86].
In vivo, las enzimas no actúan de forma aislada, sino que están cinéticamente unidas a través de sus sustratos y
productos. Como resultado, los cambios en la actividad catalítica en un paso en una ruta pueden amortiguarse
mediante la respuesta de otras enzimas; Por lo tanto, el flujo de la ruta tiende a ser una función cóncava
(hiperbólica) de la actividad enzimática [86]. Por lo tanto, dos duplicaciones sucesivas en la actividad de la enzima
pueden causar un cambio de menos de cuatro veces en el flujo y la aptitud de la vía [87]. Se pueden producir
efectos similares en las redes de señalización y transcripción, de modo que los cambios lineales en la actividad de
una sola proteína no se traducen en aumentos lineales en la aptitud.
Interacciones con regiones reguladoras
También vale la pena señalar que podrían producirse interacciones entre mutaciones codificantes y mutaciones que
afectan regiones reguladoras no codificantes. Por ejemplo, una mutación que reduzca la actividad podría no tener
efecto si una segunda mutación da como resultado una mayor expresión de proteína [88,89]. Este es el caso de las
mutaciones de resistencia a antibióticos en la isoleucil-ARNt sintetasa de Salmonella enterica que reducen la tasa
de crecimiento: tanto la amplificación del gen como las mutaciones que mejoran el promotor compensan este costo
de la aptitud [89]. En general, las interacciones epistáticas con variantes reguladoras se han explorado mucho
menos experimentalmente, pero merecen atención.
Efectos de orden superior: las interacciones epistáticas dependen tanto del entorno como del contexto
genético
Los mecanismos moleculares que pueden causar interacciones epistáticas son, por lo tanto, diversos, y aún deben
ser explorados completamente en trabajos futuros. Una observación adicional importante es que las interacciones
epistáticas a menudo dependen en gran medida del contexto: la interacción particular entre dos mutaciones puede
depender tanto del entorno como de la variación genética adicional.
Las influencias ambientales en epistasis se han observado en fagos [90], bacterias [91] y levaduras [43,61,92,93].
Por ejemplo, las interacciones entre los polimorfismos que influyen en la eficacia de la esporulación en el cambio
de levadura a través de las condiciones ambientales [94]. Cambios similares, tanto en la magnitud como en la
dirección de la epistasis, se han predicho utilizando el análisis de equilibrio del flujo metabólico [93,95].
Curiosamente, las interacciones específicas para una condición particular podrían, en general, ser más informativas
sobre la biología de esa condición que las interacciones compartidas entre las condiciones, principalmente debido a
interacciones promiscuas con genes altamente conectados que se conservan en condiciones [92]
El alcance y la dirección de la epistasis también pueden depender de los antecedentes genéticos, y este es el caso de
las interacciones que influyen en la esporulación en la levadura [94]. En efecto, por lo tanto, no solo son
importantes las interacciones por pares para determinar la variación fenotípica, sino también lo son las
interacciones de alto nivel que implican múltiples variedades genéticas diferentes y el medio ambiente [38,96]. Lo
que parecen ser interacciones gen-gen en un experimento en particular pueden convertirse en interacciones de
fondo genético-genético-ambiental-genético cuando se realizan experimentos adicionales. La epistasis detectable
en un individuo podría, por lo tanto, diferir sustancialmente de la epistasis detectable a partir de las mediciones del
nivel de población. De nuevo, esto podría complicar seriamente la detección de epistasis en estudios de asociación
humana sin reducir su importancia para los fenotipos de individuos particulares.
De acuerdo con su sensibilidad al contexto, las interacciones epistáticas también parecen evolucionar con bastante
rapidez entre las especies, particularmente en el caso de las interacciones negativas [58,97,98]. Sin embargo,
algunos ejemplos particulares de epistasis, como las interacciones entre genes duplicados, se pueden preservar
durante extensos períodos evolutivos [99]. Las interacciones genéticas positivas dentro de complejos proteicos o
módulos altamente conservados también pueden conservarse en todas las especies [97,98] porque estos complejos
están en sí mismos altamente conservados.
Uno de los ejemplos más llamativos de la importancia de las interacciones de orden superior se describió en una
comparación de la esencialidad genética entre dos cepas de levadura de S. cerevisiae. Al construir una biblioteca
sistemática de deleción de genes, se identificaron 44 genes que son esenciales para la viabilidad del aislado
Sigma1278b de S. cerevisiae pero no de la cepa estándar S288c. Sorprendentemente, el análisis genético reveló que
en 13/18 casos probados las diferencias en la esencialidad se vieron influidas por al menos cuatro loci diferentes en
el genoma [6]. Por lo tanto, en lugar de ser el resultado de una interacción epistática binaria, la mayoría de los
cambios en la esencialidad genética resultan de una epistasis multigénica compleja que involucra al menos cinco
loci diferentes. Será importante establecer con qué frecuencia estas interacciones de orden superior dan cuenta de la
variación fenotípica entre individuos en poblaciones naturales.
Observaciones finales
Se ha argumentado que la variación fenotípica en una población podría, en muchos casos, ser explicada por
modelos genéticos puramente aditivos [100]. Sin embargo, esta es solo una posibilidad teórica [101], y contradice
tanto la importancia demostrada de la epistasis en enfermedades humanas en particular [102-105] como la epistasis
generalizada que se ha detectado en organismos modelo y se destaca aquí. También es algo inconsistente con los
patrones de evolución de la secuencia [79,81,106] e inconsistente con nuestro entendimiento de la biología
molecular y la abundancia de interacciones reguladoras no lineales [86]. En pocas palabras, aunque son muy
difíciles de predecir y detectar en poblaciones humanas debido a la falta de poder estadístico [8,9], a partir de lo
que se entiende actualmente sobre la arquitectura genética y la biología, las interacciones epistáticas entre
mutaciones probablemente sean fundamentales para nos hace únicos, tanto en salud como en enfermedad.
Expresiones de gratitud
Nuestra investigación está financiada por un Consejo Europeo de Investigación Starting Grant, Grant BFU2008-
00365 del Ministerio de Ciencia e Innovación (MICINN), ICREA, Age`ncia de Gestió d'Ajuts Universitaris i de
Recerca (AGAUR), el Área de Investigación Europea de Biología de Sistemas (ERASysBio +), el Programa de
Biología de Sistemas EMBL-CRG y el Programa de Jóvenes Investigadores de la Organización Europea de
Biología Molecular. Doy las gracias a Fyodor Kondrashov, a tres árbitros y al editor por sus útiles comentarios y
sugerencias, particularmente a un árbitro por señalar la importancia de las limitaciones físicas.

Cuadro 1. Definición de epistasis

El término epistasis tiene una pluralidad de significados [10, 11], pero fue utilizado por primera vez por Bateson
para describir el enmascaramiento de los efectos de una variante genética por otro [7]. Este es todavía el sentido en
el que muchos genetistas usan el término [62]. Más tarde, R.A. Fisher usó el término "epistacidad" para referirse a
cualquier desviación estadística de la combinación aditiva de dos loci [107], pero la epistasis ahora se adopta en la
literatura de genética de poblaciones para reemplazar este término. Al referirse a la aptitud, esta es probablemente
la definición más útil para la teoría de la evolución. Las comunidades de biología y genómica de sistemas tienden a
usar la palabra en un sentido similar, pero a menudo se refieren a fenotipos en lugar de aptitud y cuantifican la
desviación contra un único genotipo de referencia en lugar de la desviación promedio de todos los genotipos en una
población [11]. Además, el fenotipo 'esperado' (por ejemplo, el crecimiento) a menudo se define empíricamente
usando datos del gran número de combinaciones de mutaciones ensayadas [34,37]. Esta comunidad también tiende
a usar el término "interacción genética" indistintamente con epistasis. Para la genética humana, donde estamos
interesados en el resultado particular de una mutación en un individuo en particular (es decir, paciente), esta última
definición es quizás la más útil. Todos estos significados sutilmente diferentes de la palabra todavía están en amplio
uso, y esto puede crear problemas al traducir los resultados entre los campos [10, 11]. En este artículo utilizo
"epistasis" en su sentido más amplio para referirme a la dependencia del resultado de una mutación en el trasfondo
genético.
Figura 1. Mecanismos moleculares de epistasis entre genes. Las interacciones epistáticas (líneas discontinuas
rojas) entre mutaciones en diferentes genes pueden ser causadas por diversos mecanismos moleculares
subyacentes. (a) Si dos genes codifican proteínas que interactúan físicamente, entonces una mutación en la interfaz
de interacción de una proteína (A) podría ser compensada por una mutación complementaria en la interfaz del
compañero de interacción (B). (b) Si dos genes, por ejemplo dos duplicados ancestrales (A1 y A2), realizan una
función común, entonces la pérdida de un gen puede ser compensada por la actividad continuada del segundo gen.
Ambos genes deben ser inactivados para perder la función, lo que resulta en una fuerte epistasis negativa. (c)
Muchas interacciones epistáticas identificadas en la levadura están enriquecidas entre distintos módulos celulares
(o vías o complejos), lo que sugiere que estos módulos se amortiguan entre sí o trabajan juntos, aunque en la
mayoría de los casos el mecanismo molecular preciso no está claro. (d) En una ruta molecular lineal, tal como la
ruta metabólica mostrada aquí que convierte un sustrato S1 en un producto esencial P, la inactivación de cualquier
gen en la ruta dará como resultado una falla en la producción del producto. Como resultado, las mutaciones de
inactivación adicionales en la ruta no tendrán ningún efecto adicional, dando como resultado una epistasis positiva.
(e) En las redes de interacción genética a escala del genoma, un subconjunto de genes "hub" o "buffer" (nodos
negros) tiene muchas interacciones epistáticas con genes con funciones diversas (otros nodos). Los ejemplos
incluyen chaperones que promueven el plegamiento o la actividad de muchas proteínas y complejos de
remodelación de la cromatina que influyen en la expresión de muchos loci o limitan los efectos de la variación
estocástica y ambiental. (f) Muchas interacciones epistáticas también podrían ser causadas por dinámicas
regulatorias no lineales. Por ejemplo, la retroalimentación en las redes reguladoras de genes puede dar como
resultado resultados no triviales cuando se combinan las mutaciones. Aquí los nodos son genes y las flechas
representan interacciones reguladoras. (g) Finalmente, las combinaciones de mutaciones podrían tener resultados
menores a los esperados debido a restricciones físicas, químicas o de desarrollo en un sistema. Por ejemplo, dos
mutaciones (1 y 2) que solo aumentan el tamaño de un órgano (cuadrado rojo) dentro de un animal (cuadrado
negro) tienen aquí menos efecto aditivo esperado en combinación debido a las restricciones de tamaño impuestas
por el animal.
Recuadro 2. Predicción de interacciones epistáticas entre genes
La mayoría de los métodos para predecir epistasis se han centrado en analizar posibles interacciones sinérgicas
entre diferentes genes, o solo han predicho la presencia o ausencia de una interacción, y no su dirección o fuerza.
Muchos enfoques se basan en el principio de que los genes funcionalmente relacionados tienen perfiles similares de
interacciones epistáticas [38,53,108]. Esto significa que se pueden predecir nuevas interacciones a partir de un
conjunto de interacciones "semilla": los genes altamente conectados por interacciones físicas o funcionales con un
conjunto de semillas también deberían interactuar epistáticamente con un gen de interés dentro de ese conjunto. Las
interacciones utilizadas para hacer predicciones de esta manera pueden ser físicas [55,56], genéticas [109] o
"funcionales" (es decir, predecir la participación en un proceso común: las interacciones funcionales se pueden
inferir utilizando muchos tipos de datos diferentes [54] ) Las interacciones epistáticas también se enriquecen entre
los genes relacionados funcionalmente, y la relación funcional también se puede utilizar para predecir nuevas
interacciones [38,110]. También se han predicho interacciones para las enzimas metabólicas utilizando el análisis
de balance de flujo [51,93]. Un estudio reciente tuvo como objetivo la meta más ambiciosa de predecir
interacciones epistáticas de una red reguladora de genes. El estudio empleó la descomposición matricial de los
cambios en la expresión génica en mutantes simples y dobles y las interacciones moleculares existentes de muchos
conjuntos de datos diferentes para inferir una red reguladora de genes lineal para la respuesta de crecimiento
filamentoso de la levadura [73]. Con base en esta red, fue posible predecir con éxito si 13 nuevas combinaciones de
doble mutante daban como resultado un fenotipo de filamentación mejorado o reducido. En 6/13 casos, también se
predijeron correctamente los fenotipos relativos de las cepas de tipo salvaje, mutante único y doble mutante. Serán
necesarios más esfuerzos en esta dirección, incluido el uso de modelos reguladores dinámicos y modelos que
permitan la retroalimentación, para predecir con precisión las interacciones epistáticas cuantitativas.

Figura 2. Mecanismos moleculares de epistasis dentro de un gen. La epistasis también puede ocurrir entre
mutaciones en el mismo gen o locus. (a) Por ejemplo, los efectos umbral en la estabilidad de la proteína pueden
causar interacciones epistáticas negativas. Si una proteína tiene 'redundancia' en su estabilidad, significa que las
mutaciones solo tienen un efecto perjudicial si reducen la estabilidad por debajo de un umbral crítico (línea roja),
entonces dos mutaciones solas (1 y 2) podrían tener poco efecto, pero en combinación ( 1; 2) ser muy perjudicial.
(b) La epistasis sinérgica también puede ocurrir cuando se requiere un cambio de conformación para una mutación
beneficiosa (o perjudicial) para realizar su efecto sobre la función de la proteína. Aquí una mutación beneficiosa
(asterisco rojo) no tiene efecto hasta que una segunda mutación que causa un cambio de conformación permite que
el residuo mutado se ponga en contacto con un nuevo sustrato (cuadro discontinuo). (c) Es probable que muchas
mutaciones tengan efectos pleiotrópicos (es decir, múltiples) sobre la actividad de la proteína. Por ejemplo, una
mutación podría tener un efecto beneficioso para una función pero una consecuencia perjudicial para otra y, por lo
tanto, reducir la capacidad física a menos que ocurra un segundo cambio compensatorio. Aquí se muestra el
ejemplo de una mutación potencialmente beneficiosa (asterisco rojo) que reduce la estabilidad de la proteína. La
mutación también desestabiliza la proteína y, por lo tanto, debe ser compensada por una segunda mutación para
realizar sus efectos beneficiosos sobre la forma física. (d) Algunas mutaciones podrían actuar como supresores
globales de mutaciones perjudiciales. Por ejemplo, en el caso de la estabilidad de la proteína, una mutación que
aumente la estabilidad de la proteína (representada por la línea gruesa) podría compensar diversas mutaciones
desestabilizadoras pero potencialmente beneficiosas (indicadas por un asterisco rojo o un cambio de
conformación). (e) Los genes no funcionan de manera aislada, y las mutaciones que causan un aumento lineal en la
actividad de los genes a menudo resultarán en un aumento no lineal de la capacidad física. Aquí, dos mutaciones (1
y 2) que duplican (o reducen a la mitad) la actividad de una enzima no causan un aumento (o disminución) cuatro
veces mayor en el flujo de la ruta metabólica debido a una relación flujo-actividad cóncava. (f) Finalmente, las
interacciones epistáticas también pueden ocurrir entre mutaciones que afectan la secuencia de una proteína o ARN
y mutaciones que afectan la regulación de ese gen. Por ejemplo, una mutación desestabilizadora (asterisco rojo)
podría ser compensada por una mutación en una región reguladora que aumenta la expresión de la proteína (flecha
negra gruesa).