You are on page 1of 8

A temporally ordered cascade of regulatory genes

Recent result indicate that about half of the genes that control pattern formation in Drosophila
including maternal-effect genes, gap genes, pair-rule genes, segment-polarity genes, and homeotic
genes, encode transacting, promoter-selective regulatory genes. As was mentioned earliet, the gap
gene buncbback (bb) is not expressed in bicoid (bcd) embryos. Recently the bcd protein has been
shown to promote transcription in vitro from the bb promoter. Indeed the bcd protein binds to the
bb promoter in sequence-specific maner (binding site TCCTAATCC). Other Drosophilla pattern
–determining genes that have been shown to encode proteins with sequence-specific binding
properties are antennapedia (antp), engrailed (en), abdominal-B (abd-Br), even-skipped (eve),
fusbi terazu (zen). In some cases, the gene-products bind to the same promoter sequence for
example the proteins encoded by TCAATTAAAT. Interestingly some of these proteins also bind
to other related sequence. In most cases they stimulated transcription however in other cases they
repress transcription.

Sebuah jajaran gen pengatur yang dipesan secara temporal

Hasil terbaru menunjukkan bahwa sekitar setengah dari gen yang mengontrol pembentukan pola
di Drosophila termasuk gen efek-ibu, gen gap, gen pasangan-aturan, gen polaritas-segmen, dan
gen homeotik, mengkodekan transacting, gen pengatur-selektif regulator. Seperti disebutkan
sebelumnya, gen gap buncbback (bb) tidak diekspresikan dalam embrio bicoid (bcd). Baru-baru
ini protein bcd telah terbukti mempromosikan transkripsi in vitro dari promotor bb. Memang
protein bcd mengikat promotor bb secara berurutan-maner tertentu (mengikat situs
TCCTAATCC). Pola Drosophilla lainnya - gen pengatur yang telah ditunjukkan untuk mengkode
protein dengan sifat pengikatan sekuensial adalah antennapedia (antp), terukir (en), perut-B (abd-
Br), bahkan-dilewati (malam), fusbi terazu (zen) ). Dalam beberapa kasus, produk gen berikatan
dengan urutan promotor yang sama misalnya protein yang dikodekan oleh TCAATTAAAT.
Menariknya beberapa protein ini juga mengikat ke urutan terkait lainnya. Dalam kebanyakan kasus
mereka merangsang transkripsi tetapi dalam kasus lain mereka menekan transkripsi.

In the sequence of event in anterior-posterior segmentation in Drosophila embryos there are many
examples where a gene of a class expressed early produces a sequence-specific transcription factor
that control the expression of the regulator gene that acts later in the pathway. Show some of the
known transcriptional regulators that are part of thes regulatory cascade. It same likely that other
genes that control pattern formation in Drosophila will be show to be part of this regulatory cascade
in the future. If the transcription of regulatory genes in a morphogenetic pathway requires the
concerted action of two or more sequence-specific transacting regulators, one can easily visualize
how complex patterns of gene expression could result

Dalam urutan kejadian dalam segmentasi anterior-posterior pada embrio Drosophila terdapat
banyak contoh di mana gen dari suatu kelas yang diekspresikan secara dini menghasilkan faktor
transkripsi urutan-spesifik yang mengontrol ekspresi gen pengatur yang bertindak kemudian di
jalur tersebut. Tunjukkan beberapa regulator transkripsi yang dikenal yang merupakan bagian dari
riam peraturan. Hal yang sama mungkin bahwa gen-gen lain yang mengendalikan pembentukan
pola di Drosophila akan diperlihatkan untuk menjadi bagian dari rangkaian regulasi ini di masa
depan. Jika transkripsi gen pengatur dalam jalur morfogenetik membutuhkan tindakan terpadu dari
dua atau lebih regulator bertransaksi spesifik-urutan, seseorang dapat dengan mudah
memvisualisasikan bagaimana pola kompleks ekspresi gen dapat menghasilkan

The bitborax complex

The bitborax complex (BX-C) includes a variety of homeotic mutations that affect the second and
third segment of the thorax and all the abdominal segment. BX-C contains three complementation
groups: Ubx, abd-A and Abd-B each containing several distinct types of homeotic mutants.
Mutations in the Ubx region of BX-C affect the thoracic region; those in abd-A and Abd-B alter
abdominal segment. The mutation in abd-A and Abd-B are called infraabdominals: iab-2, iab-3,
iab-4 to iab-8. Interestingly the mutations are present on the chromosome in the same order as the
order of the abdominal segment of the fly that they influence. Initially it was thought tht each
infraabdominal mutation might correspond to a gene and that the abdominal region produced
would depend on the iab gene-product present. For example segment A1 would form if no iab
protein was present, A2 would require the product of the iab-2 gene, A3 would require iab-2 and
iab-3 protein and abdomen segment A8 would form only if the product of all the infraabdominal
genes (iab-2-iab-8) were present. This model was eliminated when it became clear that iab-2, iab-
3 and so on were not separate genes and that most of these mutations were cisacting (not trans-
acting).
Kompleks bitborax

Kompleks bitborax (BX-C) mencakup berbagai mutasi rumahan yang memengaruhi segmen kedua
dan ketiga dari rongga dada dan semua segmen perut. BX-C berisi tiga kelompok komplementasi:
Ubx, abd-A dan Abd-B masing-masing mengandung beberapa jenis mutan rumahan yang berbeda.
Mutasi di wilayah Ubx BX-C mempengaruhi daerah toraks; mereka yang di Abd-A dan Abd-B
mengubah segmen perut. Mutasi pada abd-A dan Abd-B disebut infraabdominal: iab-2, iab-3, iab-
4 hingga iab-8. Menariknya mutasi hadir pada kromosom dalam urutan yang sama dengan urutan
segmen perut lalat yang mereka pengaruhi. Awalnya diperkirakan bahwa setiap mutasi
infraabdominal mungkin berhubungan dengan gen dan bahwa daerah perut yang dihasilkan akan
bergantung pada produk gen-produk iab. Misalnya segmen A1 akan terbentuk jika tidak ada
protein iab yang hadir, A2 akan membutuhkan produk gen iab-2, A3 akan membutuhkan protein
iab-2 dan iab-3 dan segmen perut A8 akan terbentuk hanya jika produk dari semua infraabdominal
gen (iab-2-iab-8) hadir. Model ini dihilangkan ketika menjadi jelas bahwa iab-2, iab-3 dan
seterusnya tidak gen terpisah dan bahwa sebagian besar mutasi ini adalah cisacting (bukan trans-
acting).

We still do not understand how the BX-C region function but we do know that cis-acting regulation
is one key component. The BX-C region spans over 300.000 nucleotide-pairs on chromosome 3.
BX-C is clearly large enough to contain many genes. However BX-C contains only three
complementation groups. The entire BX-C region has been cloned and much of it has been
sequence. When the BX-C clones were used to study the structure and expression of the BX-C
region, the genes were found to contain huge introns. For example the major transcription unit of
Ubx is shown in fig 15.16. The major primary transcript of the Ubx is over 80.000 nucleotides (80
kb) long. This hude primary transcript is processed and yields two RNAs of size 3.2 and 4.3 kb.
Both of these RNAs contain common sequences from each end of the primary transcript.
Presumbally these two RNAs are produced by alternative patterns of transcript splicing. In any
case it seems clear that the vast majority of primary transcript (about 75 kb) is noncoding and is
spliced out during processing.

Kami masih tidak mengerti bagaimana fungsi region BX-C tetapi kami tahu bahwa regulasi cis-
acting adalah salah satu komponen kunci. Wilayah BX-C menjangkau lebih dari 300.000 pasangan
nukleotida pada kromosom 3. BX-C jelas cukup besar untuk mengandung banyak gen. Namun
BX-C hanya berisi tiga kelompok komplementasi. Seluruh wilayah BX-C telah dikloning dan
sebagian besar telah berurutan. Ketika klon BX-C digunakan untuk mempelajari struktur dan
ekspresi wilayah BX-C, gen-gen itu ditemukan mengandung intron yang sangat besar. Misalnya
unit transkripsi utama Ubx ditunjukkan pada gambar 15.16. Transkrip utama utama dari Ubx
adalah lebih dari 80.000 nukleotida (80 kb) panjang. Transkrip primer ini diproses dan
menghasilkan dua RNA ukuran 3,2 dan 4,3 kb. Kedua RNA ini mengandung urutan umum dari
setiap akhir transkrip primer. Secara tiba-tiba kedua RNA ini diproduksi oleh pola alternatif
penyambungan transkrip. Dalam banyak kasus tampak jelas bahwa sebagian besar transkrip primer
(sekitar 75 kb) tidak di-coding dan disebarkan selama pemrosesan.

Many of the classical BX-C homeotic mutations turn out to define cis-acting regulatory regions,
probably binding site for the product ot other regulatory genes. The positions of known cis-acting
sequences defined by either mutations or transposon insertions and or in vitro transcription studies
are shown in fig. 15.16. the Ubx promoter has been analyzed extensively by both in vitro
transcription studies and protein- binding studies fig 15.16c show some of the transcriptional
activator proteins that have been found to bind to specific sequences in the Ubx promoter. Proteins
NTF-1 and GAGA (neurogenic transcription factor-1 and a protein binding to GAGA sequence)
are transcription factors identified by biochemical dissection of transcription in in vitro system.
Yhey are required for efficient transcription of several different genes. The same is true for the
zeste protein the product of the zezte gene in Drosophila. The most interesting binding sites in the
Ubx promoter are the two sequence that bind proteins with homeotic do mains. Homeotic domains
are sequence of 60 amoni acids that are found to be higly concerved among many morphogenetic
genes of Drosophila and other species (see the following section). The Ubx promoter sequence
TAATAATAATAATAA binds the Antp protein and the Ubx protein itself; the latter observation
suggests that Ubx may be in part self-regulating that is the Ubx protein may bind to its own
promoter and perress or stimulate its own synthesis. Many such example of self-regulation or
autoregulation are well documented in prokaryotics system. The TCAATTAAAT sequence of the
Ubx promoter is a binding site for the ftz protein and the eve protein the product of two pair-rule
genes. Thus Ubx appears to be an important component of a morphogenetic regulatory cascade in
Drosophila.
Banyak dari mutasi klasik BX-C yang berubah menjadi mendefinisikan wilayah pengaturan cis-
acting, yang mungkin mengikat situs untuk produk atau gen pengatur lainnya. Posisi dari sekuens
cis-acting yang diketahui baik oleh mutasi atau penyisipan transposon dan atau studi transkripsi in
vitro ditunjukkan pada gambar. 15.16. promotor Ubx telah dianalisis secara luas oleh kedua studi
transkripsi in vitro dan studi pengikatan protein gambar 15.16c menunjukkan beberapa protein
aktivator transkripsi yang telah ditemukan untuk mengikat ke urutan tertentu dalam promotor Ubx.
Protein NTF-1 dan GAGA (neurogenic transcription factor-1 dan protein yang mengikat urutan
GAGA) adalah faktor transkripsi yang diidentifikasi oleh diseksi biokimia transkripsi dalam sistem
in vitro. Anda diminta untuk transkripsi yang efisien dari beberapa gen yang berbeda. Hal yang
sama berlaku untuk protein zeste produk gen zezte di Drosophila. Situs mengikat yang paling
menarik di promotor Ubx adalah dua urutan yang mengikat protein dengan homeotik melakukan
induk. Domain homeotik adalah sekuens 60 asam amoni yang ditemukan dilestarikan secara
berlebihan di antara banyak gen morfogenetik Drosophila dan spesies lain (lihat bagian berikut).
Urutan promoter Ubx TAATAATAATAATAA mengikat protein Antp dan protein Ubx itu
sendiri; Pengamatan yang terakhir menunjukkan bahwa Ubx dapat menjadi bagian yang mengatur
diri sendiri yaitu protein Ubx dapat mengikat promotornya sendiri dan mempengaruhi atau
menstimulasi sintesisnya sendiri. Banyak contoh pengaturan diri atau autoregulasi yang
didokumentasikan dengan baik dalam sistem prokariotik. Urutan TCAATTAAAT dari promotor
Ubx adalah situs yang mengikat untuk protein ftz dan protein malam produk dari dua gen
pasangan-aturan. Jadi Ubx tampaknya menjadi komponen penting dari riam peraturan
morphogenetic di Drosophila.

A second primary transcript is produced from the pbx region of Ubx. It is about 25 kb in leght and
gives rise after processing to two small RNAs of sizes 0.8 and 1.2 kb.the function of these small
RNAs are unknown. Given the cis-acting nature of many of the mutations in BX-C many
geneticists have speculated that there are two important features in regulating the expression of
BX-C: (1) many trans-acting regulatory of transcription (and possibly transcript processing) and
(2) alternative pathways of transcript splicing. Whether these speculations are correct remains
uncertain. What is certain is that we will understand the mechanism of action of these key homeotic
genes in the very near future.
Transkrip utama kedua dihasilkan dari wilayah PBX Ubx. Ini adalah sekitar 25 kb di leght dan
memunculkan setelah pengolahan untuk dua RNA kecil ukuran 0,8 dan 1,2 kb. Fungsi RNA kecil
ini tidak diketahui. Mengingat sifat cis-acting dari banyak mutasi pada BX-C, banyak ahli genetika
yang berspekulasi bahwa ada dua fitur penting dalam mengatur ekspresi BX-C: (1) banyak
peraturan trans-acting transkripsi (dan mungkin pemrosesan transkrip) dan (2) jalur alternatif
penyambungan transkrip. Apakah spekulasi ini benar tetap tidak pasti. Yang pasti adalah kita akan
memahami mekanisme kerja dari gen homeotik kunci ini dalam waktu dekat.

Role of the “Homeobox” domain in regulation of transcription

A striking feature of many homeotic genes and other pattern-determining genes such as the gap
genes and segmentation genes is the presence of a higly conserved region 180 base-pairs in leght.
This conserved structure in many morphogenetic genes has been named the homeobox at least 20
Drosophila genes are known to contain such homeobox regions, which exhibit greater than 70
percent conservation of sequence in most cases. Two segmentation genes engrailed (en) and
invected (inw) contain a somewhat more divergent homeobox with only 45 % sequence
concervation when compared to the antennapedia (antp) group of homeoboxes. In all cases the
homeobox lies within the coding region of the gene and specifies a 60-amino acid segment called
the homeodomain of the polypeptide product.

Peran domain "Homeobox" dalam regulasi transkripsi

Ciri yang mencolok dari banyak gen homeotik dan gen penentu pola lainnya seperti gen celah dan
gen segmentasi adalah keberadaan dari 180 pasangan basa yang dilestarikan secara higly di leght.
Struktur yang diawetkan ini dalam banyak gen morfogenetik telah diberi nama homeoboks
setidaknya 20 gen Drosophila diketahui mengandung daerah homeoboks, yang menunjukkan lebih
dari 70 persen konservasi urutan dalam banyak kasus. Dua gen segmentasi yang diukir (en) dan
diinvasi (inw) mengandung homeobox yang agak berbeda dengan hanya 45% pelestarian urutan
bila dibandingkan dengan antennapedia (antp) kelompok homeoboks. Dalam semua kasus
homeobox terletak di dalam wilayah pengkodean gen dan menentukan segmen asam 60-amino
yang disebut homeodomain dari produk polipeptida.

Once it became clear that many of the homeoboxdomain-containing proteins were transcription
regulators that functioned via sequence-specific binding to DNA cis-control elemnts attention was
directed at the role of the conserved homeodomain regions of the proteins. When in vitro studies
showed that several different homeobox proteins would bind specifically to the same consensus
sequence namely TCAGCACCG researchers began to look for evidence that the homeodomains
of these proteins were directly in volved. Bby using site-specific mutagenesis on cloned genes and
in vitro DNA-binding studies, the homeobox sequence were shown to be essential for DNA-
binding activity. By using recombinant DNA techniques researchers demonstrated that they could
replace the homeobox of one gene with a related homeobox from another gene and produce a
“hybrid” gene that functioned quite normslly. Althougt the mechanism by which homeodomains
allow proteins to bind to DNA in a sequence-specific manner is still the subject of speculation it
seems quite clear that the homeobox sequence of these proteins provide at least in part their
sequence-specific DNA-binding properties.

Setelah menjadi jelas bahwa banyak dari protein yang mengandung homeoboxdomain adalah
regulator transkripsi yang berfungsi melalui pengikatan spesifik sekuen pada kontrol DNA elemnts
perhatian diarahkan pada peran daerah homeodomain yang diawetkan dari protein. Ketika studi in
vitro menunjukkan bahwa beberapa protein homeoboks yang berbeda akan mengikat secara
khusus ke urutan konsensus yang sama yaitu peneliti TCAGCACCG mulai mencari bukti bahwa
homeodomain dari protein ini secara langsung di volved. Bby menggunakan mutagenesis spesifik-
situs pada gen kloning dan dalam penelitian DNA-binding in vitro, sekuen homeoboks terbukti
sangat penting untuk aktivitas pengikatan DNA. Dengan menggunakan teknik DNA rekombinan,
peneliti menunjukkan bahwa mereka dapat mengganti homeoboks satu gen dengan homeoboks
terkait dari gen lain dan menghasilkan gen “hibrida” yang berfungsi cukup normal. Althougt
mekanisme dimana homeodomain memungkinkan protein untuk berikatan dengan DNA secara
berurutan masih menjadi subjek spekulasi tampaknya cukup jelas bahwa urutan homeoboks dari
protein ini memberikan setidaknya sebagian sifat ikatan DNA spesifik-sekuens mereka.

Conserved “Homeobox” sequence in other species

By screening cDNA and genomic libraries of different species with Drosophila homeobox
sequence as hybridization probes, scientists have discovered that these homeobox are present in a
wide range of higher eukaryotes including frogs, mice, honeybees, and humas. U. walldorf, R.
Fleig and W. j. gehring recently isolated seven homeobox-containing genes from the honeybeen
(Apis mellifera) and found that six of the seven genes contained homeoboxs with greater than 90
% sequence identitu with the homologous homeoboxes in D. melanogaster. Two of the homeobox-
containing genes of mice and humans Hox-1 and Hox-2 have homeoboxes with 70 % amino acid
identity with the Antp homoebox of Drosophila. The conservation of these homeobox sequence
among higher animal species suggests that they play important roles probably in regulating some
aspect of morphogenesis. Indeed recent studies have shown that some homeobox-containing
proteins in mammals and in the worm Caenorbabditis elegans are sequence-specific DNA binding
proteins that most likely function as transcriptional activators.

Melestarikan urutan “Homeobox” pada spesies lain

Dengan menyaring cDNA dan perpustakaan genomik spesies yang berbeda dengan urutan
homeoboks Drosophila sebagai probe hibridisasi, para ilmuwan telah menemukan bahwa
homeobox ini hadir dalam berbagai eukariota yang lebih tinggi termasuk katak, tikus, lebah madu,
dan humas. U. walldorf, R. Fleig dan W. j. gehring baru-baru ini mengisolasi tujuh gen yang
mengandung homeobox dari honeybeen (Apis mellifera) dan menemukan bahwa enam dari tujuh
gen mengandung homeobox dengan lebih dari 90% urutan identitu dengan homeobox homolog di
D. melanogaster. Dua dari gen yang mengandung homeobox pada tikus dan manusia Hox-1 dan
Hox-2 memiliki homeoboks dengan 70% identitas asam amino dengan homebox Antp dari
Drosophila. Konservasi urutan homeoboks di antara spesies hewan yang lebih tinggi menunjukkan
bahwa mereka memainkan peran penting mungkin dalam mengatur beberapa aspek morfogenesis.
Memang penelitian terbaru menunjukkan bahwa beberapa protein yang mengandung homeobox
pada mamalia dan cacing Caenorbabditis elegans adalah protein pengikat DNA berurutan spesifik
yang kemungkinan besar berfungsi sebagai aktivator transkripsional.