TUJUAN

1. untuk mengetahui cara memisahkan (mengisolasi) DNA dari jenis-jenis buah yang
dijadikan sebagai sampel
2. untuk mengetahui keaktifan detergen dalam proses isolasi DNA pada sampel buah.
3. untuk mengetahui DNA buah berdaging lunak.
4. Untuk mengetahui kegunaan dari penggunaan etanol dingin dalam sampel
5. Untuk mengetahui metode atau cara mengisolasi DNA dengan cara sederhana

TINJAUAN PUSTAKA

2.1. DNA ((Deoxyribose Nucleic Acid)

DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama) yang
mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap
organisme. DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen
dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida, Molekul DNA ini terikat membentuk
kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun
kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix),
dimana basa nitrogen dan kedua ”benang” polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan
yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida yang
lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup dan
disebut sebagai ”cetak biru kehidupan” karena molekul ini berperan penting sebagai
pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain
(Jamilah, 2005).

DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang terususn helix
Ganda (double helix), yang basa nitrogen dan kedua “benang” polinukleotida saling
berpasangan dalam pasangan yang tetap melali ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang
satu dengan yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sek
makhluk hidup dan disebut sebagai “cetak biru kehidupan” karena molekul ini berperan
penting sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses
metabolisme lain (Agus dan Sjafaraenan, 2014).

Untai ganda DNA tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang terpilin. Kedua rantai
tersebut berikatan dengan adanya ikatan hidrogen antara basa adenin dengan timin sebanyak
dua ikatan dan antara guanin dan sitosin sebanyak tiga ikatan. Spesifisitas pasangan basa
tersebut disebut sebagai komplementaritas Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA.
Proses replikasi ini diperlukan ketika sel akan membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel
gamet, pembelahan diri harus disertai dengan replikasi DNA supaya semua sel turunan
memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya, proses replikasi memanfaatkan fakta
bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu merupakan konjugat dari rantai
pasangannya. Dengan kata lain, dengan mengetahui susunan satu rantai, maka susunan rantai
pasangan dapat dengan mudah dibentuk. Salah satu teori yang paling populer menyatakan
bahwa pada masing-masing DNA baru yang diperoleh pada akhir proses replikasi, satu rantai
tunggal merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya, sedangkan rantai pasangannya
merupakan rantai yang baru disintesis. Rantai tunggal yang diperoleh dari DNA sebelumnya
tersebut bertindak sebagai cetakan untuk membuat rantai pasangannya (Campbell, dkk.,
2010).

DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa diisolasi.
menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan melauli tahapan-tahapan antara lain:
preparasi esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi
DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian
tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa polifenol dan
polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi
DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada masing-masing buah
berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan
menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah.
Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit,
sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit.( Zubaidah 2004)

2.2. ISOLASI DNA

Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau
lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau buffer
lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008).

Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi esktrak sel,
pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat
dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat
memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa polifenol dan polisakarida
dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA
dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada masing-masing buah berbeda,
dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan
isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi
kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit (Agus dan Sjafarenan, 2013).

Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA, hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan
dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan
DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan
membran inti baik dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa
dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan
secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian bahan yang dapat merusak membran sel
dan membran inti, salah satunya adalah deterjen (Istanti, 1999).

Setelah menunggu beberapa saat tahapan selanjutnya yaitu terjadi presipitasi yang
bertujuan mengendapkan protein histon. Presipitasi terjadi pada lapisan atas bukan lapisan
bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air. Ketika
molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika molekul
tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut meraka akan berkumpul atau
menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitasi DNA terlihat seperti serabut-serabut putih
yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada masa
jenis air. Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin dan berasal dari lemari pendingin,
hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol yang digunakan kurang
dingin, maka mengakibatkan pembentukan presipitat kurang sempurna (Istanti, 1999).

PEMBAHASAN

Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai macam
sumber DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan. Upaya untuk
mengeluarkan DNA dari sel dilakukan dengan merusak dinding dan membran sel dan juga
membran inti. Cara yang digunakan untuk merusak membran-membran tersebut sangat
beraneka ragam, misalnya dengan pemblenderan atau penggerusan dengan mortal dan pistil.
Selain perusakan secara fisik, membran dan dinding sel dapat pula dirusak dengan
menggunakan senyawa-senyawa kimia. Perusakan dinding sel dan membran sel pada
praktikum isolasi DNA kali ini dilakukan dengan cara penggerusan. DNA yang didapatkan
dalam pengamatan kali ini adalah DNA yang berupa benang-benang halus.

Praktikum ini dilakukan untuk mengetahui pengaruh buah dan deterjen terhadap
kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi. Buah yang digunakan dalam proses
isolasi DNA ini adalah buah apel, tomat dan kentang. Sedangkan jenis deterjen yang dipakai
adalah deterjen bubuk.Hal pertama yang dilakukan mengupas buah-buahan terlebih dahulu
kemudian diparut atau dihancurkan, tujuan dari penghancuran ini untuk merusak membran
sel, dinding sel dan membran inti sehingga DNA bisa keluar dari sel dan masuk ke larutan,
kemudian sampel buah-buahan ditimbang sebanyak 5 gram dengan menggunakan gelas
beaker. Pada masing-masing sampel ditambahkan 50 ml akuadest selanjutnya ditambahkan
garam dapur, penambahan garam dapur dan deterjen bubuk sebanyak 2,5 gram diaduk
sampel hingga homegen Pada saat pengadukan harus pelan-pelan karena deterjen mudah
sekali berbusa. Busa yang ditimbulkan oleh deterjen akan mengganggu pengamatan, karena
DNA yang berhasil diisolasi nampak tipis, dan dapat dipastikan lapisan DNA tersebut akan
tertutupi jika terdapat banyak buih dan dibiarkan selama 10 menit.

Tujuan dari peanmbahan garam dapur dalam sampel adalah untuk memekatkan DNA.
Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan
dengan kutub negative pada ikatan fosfat DNAserta berperan sebagai “lysing buffer”, yakni
menjaga pH larutan agar tetap konstan, sehingga diharapkan tidak terjadi denaturasi DNA .
Saat ion Na+garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul
sedangkan tujuan dari penambahan deterjen pada sampel adalah untuk untuk merusak
membran sel dan membran inti sehingga DNA yang diinginkan dapat dikeluarkan dari dalam
sel, untuk mengurangi kontaminan dan mengurangi browning proses pemberian deterjen ini
disebut dengan proses lisis yaitu proses untuk meluruhkan membran sel pada nukleus.
Deterjen mengandung sodium dodesil sulfat (SDS) yang dapat menyebabkan hilangnya
molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membrane akan rusak dan melisiskan isi
sel.

Setelah sampel homogen dilakukan penyaringan dengan kertas saring, adanya proses
penyaringan dilakukan agar komponen sel selain DNA tidak mengkontaminasi DNA yang
hendak diisolasi. Lalu filtrat diambil sebanyak 5 ml dituang ke dalam tabung reaksi warna
filtrat pada buah apel jingga kemerahan, filtrat pada kentang kuning kehijauan sedangkan
warna filtrat pada tomat jingga muda ditambah etanol 96 % dingin sebanyak 0,6
ml yang berfungsi membantu proses pengendapan terhadap organel-organel yang sudah
keluar dari sel atau memisahkan bagian-bagian yang terurai tersebut berdasarkan berat
molekul. Dan juga untuk mempercepat proses serta untuk meningkatkan konsentrasi
DNA.Ethanol berperan dalam pengumpulan DNA karena sifatnya yang dingin. Kemudian
didapatkan hasil pada apel terdapat benang serabut-serabut halus menggumpal pada
permukaan larutan yang lumayan banyak pada kentang menghasilkan paling sedikit benang
serabut-serabut halus menggumpal pada permukaan sedangkan pada tomat menghasilkan
paling banyak benang serabut serabut halus menggumpal pada permukaan larutan

Kemudian setelah diamati proses timbulnya DNA, meliputi waktu yang diperlukan serta
terbentuknya gumpulandan benang serabut paling banyak adalah tomat, dan yang
menghasilkan gumpulan benang serabut paling sedikit adalah kentang. Hal ini tidak sesuai
dengan teori yang menyatakan bahwa kentang akan menghasilkan gumpalan paling banyak
karena memiliki kadar air lebih sedikit dibandingkan dengan tomat ataupun apel
Kemungkinan terdapat kesalahan pada saat dilakukan penghancuran buah kentang yang
terlalu lama dan terlalu halus sehingga DNA yang didalamnya tercabik-cabik hancur dan
menyebabkan kegagalan pada saat pada isolasi DNA, Karena Semakin sedikit air yang
terkandung dalam buah maka DNA yang akan terpresipitasi akan semakin sedikit.

KESIMPULAN

1. DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan penambahan larutan
deterjen dan etanol serta garam untuk membantu presipitasi DNA.
2. DNA merupakan metode untuk memisahkan DNA dari sel, baik dari inti, mitokondria
maupun kloroplas.Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan merusak
dinding dan membran sel dan juga membran inti.
3. Cara pengisolasian DNA dilakukan dengan cara mekanik dan kimiawi. Cara mekanik
dengan alat-alat yang berfungsi untuk menghancurkan membran sel. Sedangkan
secara kimiawi dengan penambahan-penambahan reagen, yaitu detergent, NaCl,
danalkohol dingin 96%.
4. Tahap-tahap dalam isolasi DNA ada tiga. Tahap pertama dari isolasi DNA adalah
penghancuran dinding sel dengan cara memblender bahan, Tahap kedua isolasi DNA
adalah melisiskan sel dengan menambahkan detergent dan garam ke dalam campuran.
Tahap ketiga adalah pemurnian DNA. Cara ini dilakukan dengan manambahkan
alkohol dingin 96%.
5. Jenis detergen dan buah yang dipakai untuk melakukan isolasi DNA sangat
berpengaruh pada DNA yang dihasilkan.
 DAFTAR PUSTAKA

Agus, Rosana dan Sjafaranain. 2014. Penuntun Praktikum Genetika. Makassar.

Istanti, Biologi Sel. Malang: jurusan Biologi FMIPA UM. 1999.

Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Garam dan Ekstrak Nanas
(Ananas Comusus) terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah sebagai
Topik Praktikum Mata Kuliah Genetika. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Prtogram
Sarjana Biologi.

Neil, Campbell. Biologi. Jakarta : Erlangga. 2010

Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekular. Erlangga. Jakarta.

Zubaidah, Siti. 2004. Identifikasi, Variasi Genetik, Distribusi dan Upaya Eliminasi Bakteri
Penyebab CVPD (Citrus Vein Phloem Degeneration). Desertasi tidak diterbitkan.
Malang: Program Pasca Sarjana Universitas Brawijaya.