Overlapping genes

Nowday it had been known that certain gene is in another gene. This phenomenon is called
overlapping genes. First of all phenomenon of overlapping genes is detected in phage ф x 174.
This phage has single strand chromosomal DNA of 5386 nucleotides that this DNA codes only
1795 amino acids enough for constituting five to six proteins. However this small phage is
precisely able to synthesis 11 protein consisted of more than 2300 amino acids. Comparative study
on DNA nucleotide sequence of the phage as well as on amino acid sequence of pholypeptide
synthesixed then succeed in discovering at least four case of multiplate initiation the evidence of
the overlapping genes. Relative positions of coding sequence of seven polypeptides in phage ф x
174 will be shown in fig 11.

Gen tumpang tindih

Saat itu sudah diketahui bahwa gen tertentu ada di gen lain. Fenomena ini disebut gen yang
tumpang tindih. Pertama-tama fenomena gen yang tumpang tindih terdeteksi dalam fag ф x 174.
Fag ini memiliki DNA untai tunggal genosida dari 5386 nukleotida bahwa DNA ini hanya
mengandung 1795 asam amino yang cukup untuk membentuk lima hingga enam protein. Namun
fag kecil ini justru mampu mensintesis 11 protein yang terdiri dari lebih dari 2300 asam amino.
Studi komparatif pada urutan nukleotida DNA dari fag serta pada urutan asam amino dari
pholypeptide yang disintesis kemudian berhasil menemukan setidaknya empat kasus inisiasi
multiplate bukti dari gen yang tumpang tindih. Posisi relatif dari urutan pengkodean tujuh
polipeptida dalam fasa ф x 174 akan ditunjukkan pada gambar 11.

There are seven overlapping genes (A, A, C, D, E, S and K) illustrated in fig 11 and it is seeb also
that the coding sequences of K and b polypeptides are initiated at different reading flames,
altrought the two coding sequences are also in the sequence coding A polypeptide. Even the K
sequence overlaps too a part of totally within the A sequence even the two sequence end together
at the same nucleotide, but the E sequence is initiated within the sequence specifying D
polypeptide.

Ada tujuh gen tumpang tindih (A, A, C, D, E, S dan K) yang diilustrasikan pada gambar 11 dan
juga seeb bahwa sekuens pengkodean K dan polipeptida b dimulai pada api pembacaan yang
berbeda, melalui dua urutan pengkodean juga dalam urutan pengkodean polipeptida. Bahkan
urutan K tumpang tindih juga bagian dari keseluruhan dalam urutan A bahkan dua urutan berakhir
bersamaan pada nukleotida yang sama, tetapi urutan E dimulai dalam urutan yang menentukan D
polipeptida.

Related to the overlapping genes, there are two reading frame versions. The overlapping genes
may have same reading frames, as well as different reading frame of two mRNA of the two
overlapping will be shown in fig 12.

In connection with the reading frames of those overlapping genes, according to lewin (2000) there
are two versions, as it had been suggested. The first version includes the genes having together a
single reading frame but the second version includes the genes having different reading frames.

Nowdays, the overlapping genes are formed too in phage of GH, SV40, X and in bacteria such as
E. coli, as well as in mitochondrial chromosome. The overlapping genes reported in E. coli are
ampC coding for β lactamase polypeptide and frdC coding for a polypeptide of fumarat reductase.
The ampC gene begins at the part of frdC gene coding for its last genetic code. In this context, the
frdC terminator may have regulatory role on ampC gene transcription.

Terkait dengan gen yang tumpang tindih, ada dua versi bingkai bacaan. Gen yang tumpang tindih
mungkin memiliki bingkai pembacaan yang sama, serta bingkai pembacaan yang berbeda dari dua
mRNA dari dua tumpang tindih akan diperlihatkan dalam gambar 12.

Sehubungan dengan kerangka baca gen yang tumpang tindih, menurut lewin (2000) ada dua versi,
seperti yang telah disarankan. Versi pertama mencakup gen yang memiliki bersama-sama satu
bacaan tunggal tetapi versi kedua mencakup gen-gen yang memiliki bingkai bacaan yang berbeda.

Saat ini, gen yang tumpang tindih terbentuk juga dengan fag GH, SV40, X dan bakteri seperti E.
coli, serta kromosom mitokondria. Gen tumpang tindih yang dilaporkan dalam E. coli adalah
pengkodean ampC untuk β lactamase polypeptide dan frdC coding untuk polipeptida fumarat
reduktase. Gen ampC dimulai pada bagian pengkodean gen frdC untuk kode genetik terakhirnya.
Dalam konteks ini, terminator frdC mungkin memiliki peran pengaturan pada transkripsi gen
ampC.

The overlapping genes are also detected in rats on condition that the occurrence of overlapping
genes is not absolutely same as its occurrence reported. There are two overlapping genes in rats
found in opposite DNA at the same region. Those rats overlapping genes are GnRH
(Gonadothropin relasing hormone) and RH specifying a protein of unknown function expressed in
heart.

Gen yang tumpang tindih juga terdeteksi pada tikus dengan syarat bahwa terjadinya gen yang
tumpang tindih tidak sama persis dengan kejadian yang dilaporkan. Ada dua gen yang tumpang
tindih pada tikus yang ditemukan di DNA yang berseberangan di wilayah yang sama. Tikus yang
tumpang tindih dengan gen adalah GnRH (Gonadothropin relasing hormone) dan RH yang
menentukan protein dari fungsi yang tidak diketahui yang diekspresikan dalam hati.

Based on the overlapping genes occurrence reported, it is realized that those occur specially in
viruses, bacteria, and others having small genime. Thus it is a logic suggestion that the overlapping
genes will optimized the small size of phage DNA. Or the other hands it is also realized that the
occurrence of the overlapping genes have their own risk. Any gene mutation may alter more than
one polypeptide.

Berdasarkan kejadian gen yang tumpang tindih dilaporkan, disadari bahwa itu terjadi khususnya
pada virus, bakteri, dan lainnya yang memiliki genime kecil. Jadi itu adalah saran logika bahwa
gen yang tumpang tindih akan mengoptimalkan ukuran DNA fag yang kecil. Atau tangan lain juga
menyadari bahwa terjadinya gen yang tumpang tindih memiliki risiko sendiri. Setiap mutasi gen
dapat mengubah lebih dari satu polipeptida.