Genómica, cartografía del genoma y secuenciación

Conjunto de estrategias y tecnologías empleadas para la

Genómica caracterización molecular del genoma y, en general, el
estudio del genoma de un organismo en su conjunto

2 áreas

GENÓMICA GENÓMICA
ESTRUCTURAL FUNCIONAL

Estudio de las técnicas y estrategias Caracterización del proteoma, es decir, el

necesarias para obtener tanto los mapas
físicos del genoma, posibles a distintos
niveles de resolución, como la secuencia
completa del DNA genómico, o mapa físico
a la resolución máxima, el nucleótido
individual
conjunto de todas las proteínas originadas
por el genoma, bajo los diversos patrones
posibles de expresión génica a proteínas,
modificación y degradación de éstas y
desarrollo de su función, todo ello dentro de
cada tipo de célula, momento celular,
condiciones particulares in vivo, etc.

PROTEÓMICA conjunta de técnicas y estrategias utilizadas para el estudio

del proteoma

La elaboración del mapa, o cartografía, de un genoma, tanto del ser humano

como de otros organismos tres grandes estrategias metodológicas,
complementarias entre sí:
 Cartografía genética
 cartografía física
 secuenciación
MAPAS GENÉTICOS
Los mapas genéticos consistían en una representación gráfica de la ordenación
y ubicación de los genes en cada cromosoma. Se incluyen en estos mapas no
sólo genes, sino también otras regiones del dna,
La característica que define la cartografía genética es el análisis
de la fracción o frecuencia de recombinación, definida como la
probabilidad de que los alelos presentes en dos loci diferentes se
separen o segreguen como consecuencia de la recombinación
meiótica.
MAPAS FÍSICOS

Estos mapas miden de manera directa distancias

físicas (es decir, en pares de bases) entre genes u
otros marcadores de DNA en el genoma

Obtención de mapas físicos a baja resolución

Este nivel cartográfico corresponde a la asignación de cada marcador a un

cromosoma o región cromosómica
 Métodos basados en líneas celulares somáticas híbridas: Consisten
en la búsqueda del marcador en líneas celulares híbridas, preparadas de
tal forma que contienen material genético de dos orígenes diferentes: el
genoma completo de un roedor y una parte del genoma humano que se
quiere cartografiar,

Obtención de mapas mediante ensayos de hibridación con sondas

fluorescentes

MAPAS POR HIBRIDACIÓN IN SITU (FISH) CROMOSÓMICA

 La identidad de los cromosomas se revela por las

técnicas habituales de establecimiento del cariotipo
 El DNA diana (marcador) se manifiesta bajo el
microscopio de fluorescencia como puntos luminosos
dobles, debido a la hibridación de la sonda con las dos
cromátidas

Mapas por citometría de flujo: La identificación del cromosoma en el que se

encuentra cada marcador puede también realizarse si la sonda se hibrida con
muestras que contienen cada una un solo tipo de cromosoma.
Mapas físicos de alta resolución
 Permiten alcanzar una resolución inferior a 1 Mb, incluso hasta llegar a
unos pocos nucleótidos, lo que ya supone el nivel molecular de resolución
MAPA FÍSICO POR HIBRIDACIÓN IN SITU (FISH) DE ALTA RESOLUCIÓN
La baja resolución asequible sobre cromosomas metafásicos puede
aumentarse mediante la hibridación sobre cromosomas menos compactados.

MAPA FÍSICO CON ENZIMAS DE RESTRICCIÓN

 La ventaja de estos planteamientos iniciales es que sirvieron de pauta
para la confección de los actuales mapas físicos del genoma a partir de
fragmentos de DNA originados por enzimas de restricción.
 Un mapa de restricción para una región determinada del genoma está
constituido por una relación ordenada de sitios que pueden cortarse con
enzimas de restricción concretas, con indicación de las distancias entre
ellos (en pb).

MAPAS FÍSICOS DE STS Y EST

Para la construcción de mapas físicos se utilizan marcadores no génicos
 STS (sequence-tagged sites), también llamados ‘‘secuencias de
referencia’’, ‘‘sitios marcados únicos’’ o ‘‘sitios de secuencia marcada’’
  EST (expressed sequence tags), también denominados ‘‘etiquetas
omarcas de secuencias expresadas’’.
En ambos casos, se trata de regiones cortas del genoma (entre 50 y 500 pb)
Mapas de cóntigo: Se denomina así a los mapas que se obtienen mediante el
solapamiento de fragmentos de DNA