TUGAS BIOTEKNOLOGI PERIKANAN

 Tanggal Pengumpulan :
Kamis, 29 November 2018,
Pukul 13.30 (jam mata kuliah bioteknologi perikanan) atau sebelumnya.

 Uraian Tugas :
1. Membuat desain primer
2. Produk amplicon gen di alignment dengan BLAST_N online
3. Interpretasikan

Tugasnya di ss layarnya per tahapan, terus masukin ke word. Dikumpulin bentuk hardfile yaa..

Oiya, karena jenis ikan banyak banget, dan gen yang bisa diolah juga ada banyak,
diusahakan masing2 kita harus beda. Misalkan ikannya bisa sama, tapi gen yang mau kita kerjain
beda2. Bisa konfirmasi dulu mau ambil ikan apa & gen nya apa, nanti direkap, kalo ada yg sama
wayahnya nanti cari lagi.

 Contoh jenis gen

1. Gen penyandi hormon pertumbuhan growth hormone
2. Gen penyandi hormon pelepas tiroid (thyroid stimulating hormone)
3. adrenocorticotropic
4. prolactin
5. gonadotropin
6. pelepas melanocyt
7. kalsitonin
8. beta actin (actb)
dan banyak lainnya.. search langsung di ncbi nya, banyak gera..

 Format bebas sih kayanyamah, yang penting ada nama, npm, kelas sama nama ikan&gen
yg dipilih
 Tahapan Tugas 1 (Desain Primer)

1. Buka web NCBI (national center for biotechnology information)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov
2. Di paling atas web, All databases ganti jadi nucleotide.

3. Ketik nama spesies ikan, dan kata kunci lain dari gen penyandi yg akan dikerjakan
4. Clik FASTA pada data yang akan digunakan (mending, pilihnya yang bp nya ngga terlalu
banyak, bisi pusing. 1000/2000 an aja paling banyak. Pilihnya juga yang complete, aku lupa
kenapa nya)

5. Sequence yang muncul, di copy.

6. Buka web IDTDNA (integrated DNA technologies)
https://www.idtdna.com
7. Setelah register dll, klik di bagian PrimerQuest Tool
8. Paste sequence yang sudah di copy dari web ncbi
9. Ketik sequence name (sesuaikan sama spesies ikan dan gen yang dipilih). Contoh : CcPro
(Cyprinus carpio Prolactin)

10. Di bagian “Choose Your Design” Klik Show Custom Design Parameters
11. Ubah Amplicon size (min&max) disesuaikan dengan jumlah basepair dari gen yang dipilih.
Contoh : gen growth hormone ikan nila847bp. Amplicon size min 800, max 840.
12. Klik Get Assays
13. Pilih data yang punya basepairs paling panjang, klik view assay detail

Hasilnya jadi gini:

Nanti dibawahnya ada sequence lagi yang udah ditandain sama forward primer & reverse primer.
Yg dicopy mulai dari huruf pertama warna hijau sampai huruf terakhir warna merah.

Tahapan Tugas 2 (Alignment Produk Amplicon)

1. Copy sequence hasil dari PrimerQuest Tool (tugas 1). sequence yang dicopy itu cuman yang
termasuk kedalam amplicon length aja.
2. Buka web NCBI (national center for biotechnology information)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov
3. Disebelah kanan ada daftar “Popular Resources”, klik yang BLAST
4. Karena tadi kita pakenya nucleotide, kita klik Nucleotide BLAST

5. Paste data sequence produk amplicon

6. Masukkan nama spesies ikan yang dipilih
7. Klik BLAST dan tunggu hingga tabel keluar
8. Lihat data identity

Tugas 3
Interpretasikan data yang sudah dibuat.
P.S
Punten pisan kalo ada step yg kelewat atau salah tolong dikoreksi yaa terutama yang tugas 2 dari
step 5 kebawah aku lupa, itu bener apa ngga. Terus, setelah data identitynya keluar, diapain lagi
aku ngga inget juga :’)
Temen2 yang udah paham boleh share ilmunya, yang ngga ngerti sama step diatas atau
ngga kebayang itu gimana, boleh tanya sama yang udah paham ya..
Semangat..