Evolución bacteriana

Por Juan Sebastian Aguilar Mendez

Bacterial evolution of antibiotic hypersensitivity

(Lázár 2013)

En este artículo se busca evaluar la resistencia de la bacteria Escherichia coli usando evolución
experimental sometiendo a la bacteria a diferentes antibióticos. El fenómeno de multiresistencia esta
frecuentemente asociado con la hiperexpresión de los transportadores que reconocen y expulsan
eficazmente al exterior de la célula un amplio rango de compuestos, convirtiéndose en bombas de
expulsión “antidroga” en mecanismos asociados a la resistencia intrínseca a antibióticos. Se comprueba
experimentalmente que aquellas cepas que son resistentes a los aminoglucósidos (Antibióticos que
interrumpen la síntesis proteica en bacterias) son sensibles a otros tipos de antibacterianos. Ensayos de
secuenciación del genoma revela que la resistencia intrínseca hacia los aminoglucósidos tenía otros efectos
a nivel funcional que hacían estas cepas susceptibles a los demás compuestos antibacterianos; estas
mutaciones en el genoma disminuyen la actividad de las bombas de flujo de salida, lo que conlleva a la
sensibilidad de otros antibióticos, este articulo busca evaluar los mecanismos de presión que impulsan la
evolución en bacterias y que compensan en este grupo de microorganismos de la familia
Enterobacteriaceae la sensibilidad a otros antibióticos.

Se demostró experimentalmente bajo condiciones controladas que la evolución de las bacterias

sometidas a diferentes concentraciones de aminoglucósidos con frecuencia tenia altas tasas de adaptación
lo que a su vez mejoraba la resistencia hacia otros compuestos antimicrobianos. Como los autores
esperaban los procesos de selección fueron el transporte de membrana, la síntesis de fosfolípidos, y la
homeostasis celular, a su vez se encontraron altas tasas de mutaciones en genes involucrados en el
mantenimiento electroquímico de membrana, por ende, al mantener un equilibrio desarrollaron una
mejor resistencia; los autores mencionan que estas mutaciones se han encontrado en ambientes clínicos.

Finalmente, los autores mencionan que, aunque se evaluó la tasa de mutaciones en genes involucrados en
la resistencia bacteriana, no se evaluaron la evolución de la resistencia de la adquisición de genes por
transferencia horizontal, como ellos la llaman. Así mismo se desconoce los efectos de usar terapias
combinadas mejoran o entorpecen la resistencia a antibióticos, y se esperan estudios futuros que evalúan
puntualmente que tipos de estrategias se pueden usar para disminuir la problemática de la resistencia de
los microorganismos que ha surgido últimamente a través de los años

Isolated cell behavior drives the evolution of antibiotic resistance (2015)

La concentración mínima inhibitoria (CIM, por sus siglas en inglés) se define como la concentración mínima
de antibióticos que es capaz de detener el crecimiento bacteriano a partir de una densidad celular
estándar; sin embargo, cuando la resistencia a antibióticos esta mediada por la inactivación a nivel
poblacional del antimicrobiano la CIM medida depende principalmente de la densidad celular inicial. En
este artículo se busca demostrar que la resistencia de una célula aislada (scCIM) representa una media
mejor para cuantificar la resistencia a antibióticos. A diferencia del CIM, se encontró en el laboratorio que
el scCIM daba una medida más exacta de la dirección de selección y la concentración de antibióticos en la
cual selección empieza a favorecer nuevos mutantes. Los autores consideran que comprender la
naturaleza de las interacciones cooperativas que se dan a nivel poblacional es esencial para predecir la
dirección en la que evoluciona una comunidad bacteriana a los antibióticos. Para los ensayos
experimentales se usaron una serie de compuestos β- lactámicos, antibióticos derivados de la
penicilina, que contienen compuestos que inhiben la acción de un tipo de enzimas bacterianas
llamadas β-lactámasas, y actúan inhibiendo la síntesis de peptidoglicanos de la pared celular,
importantes en la integridad celular de la bacteria. En ensayos experimentales los autores
pudieron evidenciar que para compuestos β- lactámicos el scCIM predice con una mayor precisión
el comportamiento evolutivo de las poblaciones bacterianas expuestas al antibiótico.

Los autores concluyen que selección está favoreciendo genotipos más aptos a nivel grupal, incluso
a expensas de la aptitud a nivel individual; estos genotipos que ellos denominan “cooperativos”
pueden ser favorecidos como un resultado de la estructura de la población, es decir de como la
comunidad en si está actuando bajo ciertos eventos que efectúan una presión de selección sobre
ellas. Un ejemplo que ellos citan de la estructura a nivel poblacional es la organización espacial
que permite o induce a la competencia entre diferentes subpoblaciones con diferentes genotipos;
en este caso selección actuara sobre los genotipos que son capaces de soportar un CIM más altos
a expensas de un bajo scCIM.

Los autores consideran que los resultados de los estudios son válidos siempre y cuando se
cumplan 3 premisas; la primera, no existe costo exagerado alguno invertido en la resistencia a
antibióticos, la segunda el mecanismo de resistencia es cooperativo, y por ultimo no hay una
dependencia gradual la resistencia. El primer supuesto se demostró en el laboratorio puesto que
se evaluó las mutaciones de una enzima asociada a la resistencia, y se consideraron muy pocas
mutaciones que alteran sus propiedades enzimáticas. El segundo supuesto nos dice que los
efectos globales de la hidrolisis del antibiótico son lo suficientemente fuertes en comparación con
los locales, es decir a nivel de población versus a nivel de individuo, y que por lo tanto la
suposición es válida. El tercer supuesto afirma que del camino del nacimiento de las cepas a su
muerte es repentino en función de la concentración del antibiótico; si bien la transición conlleva
un montón de procesos que hacen de esto algo gradual, el criterio se basa en la comparación del
tiempo que tarda una célula en dividirse y morir con el tiempo la concentración de antibióticos en
descender.

Evolución microbiana, el proceso evolutivo, capitulo14 (Brock 2009)

La evolución implica descendencia con modificación, cambios en la secuencia de DNA genómico

del individuo y la herencia de dicho cambio por la siguiente generación (Brock 2009). EL autor nos
menciona que esta visión darwinista de la evolución hace alusión a las relaciones que tienen los
organismos por su descendencia a partir de un ancestro común. La evolución también implica la
desaparición de vida, con la extinción de aquellos organismos con menor éxito evolutivo (Brock
2009).

Brock nos cuenta que las variaciones en las secuencias de DNA pueden aparecer de distintas
formas; el principal método de evolución son las mutaciones, cambios en la secuencia nucleotídica
del genoma de un organismo, estas se presentan como “errores” en la replicación y son esenciales
para que la vida sea susceptible al cambio y pueda adaptarse por selección natural. Existen otros
procesos como la transferencia horizontal de genes que puede atraer genes desde linajes poco
relacionados lo que aumenta la variabilidad génica lo que puede desembocar en un mejor éxito
evolutivo.

Especiación en procariotas: Brock nos plantea la siguiente pregunta ¿cómo pueden surgir nuevas
especies en organismos procariotas? Y nos plantea un escenario cualquiera; en un hábitat
cualquiera donde una población bacteriana surgió a partir de una sola célula y que ocupa un nicho
especifico, dónde llama un ecotipo a diferentes poblaciones bacterianas que comparten un mismo
recurso ecológico (Un nutriente esencial, por ejemplo), distintos ecotipos pueden coexistir en un
mismo hábitat. Conforme las células que componen la población de cada ecotipo se reproducen
están generando mutaciones aleatorias. Aunque el autor nos sugiere que generalmente estas
mutaciones son silenciosas y no proveen ningún tipo de “beneficio” adicional para el organismo,
cada tiempo puede surgir una modificación en el genoma que le permita a un individuo aumentar
su eficiencia, entonces este se reproducirá mejor que otras de tal modo que su progenie
portadora de la mutación beneficiosa acabará siendo predominante. Con el tiempo esto puede
desembocar en la extinción de microorganismos peor adaptados dentro de esta población.
Repetitivas rondas de mutación y selección en el ecotipo pueden llevar a que gradualmente sean
más diferentes genéticamente de otros ecotipos, finalmente dándole el suficiente tiempo y
suficientes cambios las células de este linaje pueden ser consideradas como especies nuevas
conforme dichas mutaciones le confieran rasgos distintivos.

Hay que tener en cuenta que la selección de cepas con mutaciones beneficiosas puede ser gradual
o puede ser un proceso repentino fruto de algún evento que genere una presión de selección
sobre la población. Sin embargo, hay que considerar que dichos cambios bruscos en el ambiente
pueden no significar ningún efecto sobre los demás ecotipos, puesto que estos no están
compitiendo sobre los mismos recursos.

Otra forma de diferenciarse genéticamente de otros ecotipos puede ser la transferencia horizontal
de genes de células de otros ecotipos, creando una diversidad génica más amplia que
eventualmente dará origen a distintas especies. El autor revela que el análisis de diferentes
secuencias bacterianas ha demostrado que la transferencia horizontal de genes es bastante
frecuente en algunos casos y en otros donde casi no hay evidencia de ello, es decir parece ser que
en unas especies es más frecuente este intercambio interno de genes mientras que en otras
especies no existe. Aunque este proceso ayuda a especiación el autor afirma que el principal
método por el cual aparecen nuevas especies en las bacterias es por mutaciones y selección
periódica, puesto que la transferencia horizontal de genes es poco frecuente en la mayoría de
microorganismos y podría conceder efectos beneficiosos transitorios; los genes transferidos se
pueden perder fácilmente si disminuye la presión selectiva a su favor (Brock 2009)

The guanine and cytosine content of genomic DNA and bacterial evolution

(Muto & Osawa 1986)

El articulo comienza diciéndonos que el contenido genético de guanina y citosina (G+C) de las eubacterias
está relacionado con su filogenia. El contenido de estos nucleótidos en secciones del genoma que se
expresan (genes de RNA estables, genes que codifican para proteínas, etc…) tienden a tener una
correlación lineal positiva del contenido de G+C y su DNA genómico. Estas pendientes de correlación
difieren en varias secciones del genoma, variando en su importancia funcional. Los autores nos dicen que
la evidencia sugiere que la mutación sesgada (llamada presión AXT/ GXC) ha afectado el genoma
bacteriano durante la evolución de tal forma que se puede determinar el contenido G+C de una bacteria
determinada. En este trabajo el papel de la presión AXT/ GXC en la diversificación del DNA bacteriano se ha
discutido desde la perspectiva de la teoría neutral de evolución molecular. Al discutir los hallazgos
evidenciados en la conformación genómica de las bacterias, los autores hacen alusión de una teoría
presentada hace más de 20 años por el biólogo molecular japonés Naboru Sueoka en la cual busca explicar
la diversificación del contenido de G+C del genoma bacteriano; nos dice que la diversificación estará dada
por la tasa de conversión efectiva u (G-C a A-T) y v (A-T a G-C). Esto se relaciona matemáticamente de la
siguiente manera: El contenido G+C en equilibrio (valor p) está dado por v/ (v+u). Cuando u/v es 3.0, 1.0 y
0.33 el contenido de guaninas y citosinas de la bacteria será del 25% (En por ejemplo Mycoplasma
capricolum), 50% (en E. coli) y 75% (Micrococcus luteus) respectivamente. Esta teoría solo considera la
presión de mutación en dos direcciones A-T a G-C y de G-C a A-T por lo tanto los valores de GXC/AXT son
equivalentes a los valores de u/v.

Los autores nos dicen que un porcentaje de los cambios mutacionales están sujetos a restricciones
selectivas, y que mutaciones no nocivas se fijan por más tiempo en el genoma. Sin embargo, las causas por
las cuales se da una presión AXT/ GXC son desconocidas, los autores nos plantean que una posibilidad
puede ser que la metilación y desaminación constante en las bases nitrogenadas conduzcan a la
acumulación de pares A-T en el genoma, una mayor tasa de estas bases nitrogenadas más enzimas que
desaminen o metilen pueden sesgar la presión de mutación.

Se encontró experimentalmente que en bacterias como M. capricolum su estructura genómica es muy

baja en G+C, en la que todas las partes del genoma (genes de RNA estables, genes que codifican para
proteínas, etc.) contribuyen sistemáticamente, pero con un bajo contenido de G+C. Esto también se
encontró en bacterias con alto contenido G+C, como M. luteus en dónde en las que todas la partes del
genoma contribuyen a un alto contenido G+C. Esto nos dice fuertemente que han ocurrido casos de
presión de mutación sesgada en estos organismos de manera uniforme en todo el DNA. Esto nos dice los
autores puede explicarse mejor por el principio de selección negativa de la teoría de la teoría neutral de la
evolución, que nos dice que las partes menos funcionales del genoma han evolucionado más rápidamente
que las más funcionales.

Ecological fitness, genomic islands and bacterial pathogenicity

A Darwinian view of the evolution of microbes

(Kacker & Carniel 2001)

Las estructuras de los genomas bacterianos pueden cambiar rápidamente por métodos como la
transferencia horizontal de genes. Esto puede llevar a la evolución bacteriana por medio de un
proceso conocido como “evolución en saltos cuánticos”. La incorporación de material genético
obtenido a partir de otras células da la formación de “islas genómicas”, fragmentos de DNA con
firmas de elementos genéticos móviles. Estos fragmentos pueden aumentan la aptitud bacteriana
y pueden haber sido seleccionadas positivamente en el genoma, por lo cual pasan a ser llamadas
“islas de aptitud”. En este artículo los autores estudian como las islas de patogenicidad (PAI)
contribuyen a la potencia patógena de las bacterias. Desde un punto de vista darwiniano, todo
organismo vivo es el resultado de las fuerzas impulsoras de la evolución, que incluyen la
plasticidad del genoma y la tasa de generación de fenotipos, así como las presiones selectivas
ejercidas por el ambiente ( Arber 2000 ). La capacidad de cambio, determinada por estos factores,
forma la base del progreso evolutivo (Kacker & Carniel 2001).

Existen distintos métodos de transferencia horizontal de genes; conjugación, transducción, y

transformación. Los dos primeros requieren transportadores de genes específicos como virus o
plásmidos. La mayoría de genes centrales codifican para proteínas y enzimas que desempeñan
papeles importantes en la función ecológica bacteriana, estas exhiben contenido muy alto de G+C.
Por otro lado, los genes transferibles mantienen este alto contenido de G+C aunque no son
necesarios para el crecimiento bacteriano, pero si pueden conferir ventajas adaptativas bajo
condiciones particulares.

Las PAI hacen parte del acervo genético flexible (material genético transferible). Con frecuencia
suelen tener secuencias víricas o plasmídicas. La ventaja evolutiva de estas islas genómicas es que
una gran cantidad de genes pueden moverse e incorporarse en bloque en el genoma del
organismo receptor, lo que puede llevar a cambios dramáticos en el comportamiento del
organismo, puesto que estas islas pueden llevar genes de alta importancia biológica, lo que en
ultimas dará una “evolución en saltos cuánticos” (Groisman & Ochman 1996, Finlay & Falkow
1997). El progreso de la evolución está determinado por un aumento en la aptitud del
organismo. La condición física, en este contexto, se considera un conjunto de propiedades que
mejoran la supervivencia, propagación y / o transmisión de un organismo dentro de un nicho
ecológico específico ( Preston et al ., 1998 ). Las leyes darwinianas ("supervivencia del más apto")
son válidas para el desarrollo de los eucariotas, así como para los procariotas ( Arber, 2000 ). Por lo
llevar una isla genómica puede mejorar la adaptabilidad bacteriana y proporcionar una ventaja
selectiva en condiciones ambientales específicas.

Los PAI representan un subconjunto de islas genómicas. Sin embargo, en este caso estas
contribuyen directa o indirectamente la potencia patogénica de las bacterias. Como las leyes
darwinianas son válidas para la generación de PAI, esta debería contribuirá la aptitud bacteriana
en el contexto de aumentar su supervivencia y transmisión a nuevos huéspedes. Mas
generalmente la transmisión microbiana mejorada está asociada directamente con la acción de
factores de patogenicidad como toxina o adhesivas que se codifican por PAI, fagos o plásmidos
(Waldor & Mekalanos 1996). La acción de estos factores parecen ser el resultado de acciones
evolutivas directas, puesto que influyen positivamente en la evolución bacteriana.
Molecular evolution in bacteria: Cell division

(Trevors 1999)

El artículo se basa en la premisa de que la evolución molecular se examina con un énfasis de

autoensamblaje de células capaces de realizar división celular y de crecimiento primitivo durante
la evolución molecular temprana. Además, este trabajo evalúa la posibilidad de que algún tipo de
estructura de encapsulación diera origen a las rutas bioquímicas y a la maquinaria de ensamblaje
de material genético analizándolo desde una perspectiva evolutiva.

Las bacterias participan en eventos de transferencia horizontal de genes que igualmente están
sujetas a tasas de mutación. El autor nos dice que es posible que a través de la historia estos
procesos se hayan dado tantas veces que el cromosoma bacteriano haya alcanzado un tamaño
limite y su evolución futura sea limitada. Por ejemplo, procesos relacionados con optimización de
rutas metabólicas y aumento en la resistencia de antibióticos.

El autor sugiere que si se remueve de una célula bacteriana moléculas como el ADN o el ARN es
prácticamente imposible que esta pueda subsistir en cualquier condición, por lo tanto, el autor
plantea la posibilidad de que la primera célula capaz de dividirse (seguramente procariota) haya
tenido una maquinaria muy compleja que le haya permitido reproducirse.

Finalmente, el estudio concluye que a medida que se van realizando más investigaciones respecto
al autoensamblaje y la evolución molecular bacteriana la comunidad científica puede vislumbrar
con mayor exactitud el origen de la división celular bacteriana.

Regulatory and metabolic rewiring during laboratory evolution of ethanol tolerance in E. coli (2010)

Este estudio realizado en el 2010 busca una mejor comprensión de las bases genéticas que hacen posibles
los procesos de adaptación en los organismos bacterianos, puesto que esto se ha convertido en uno de los
focos principales de entendimiento en la biología. Sin embargo, esto ha sido un desafío, ya que cambios a
nivel ecológico o en la condición física del organismo pueden representar una perturbación o modificación
de muchas vías metabólicas a la vez. En este artículo se muestra un esquema experimental/computacional
para abordar el problema de como E. coli regula su maquinaria genética para adaptarse a ciertos
ambientes o condiciones ambientales específicas (En este caso a concentraciones de Etanol), y se evaluó a
nivel de un solo locus genético. Posteriormente se usó un algoritmo computacional que reveló la
organización de los loci que contribuían a este proceso de adaptación (Por ejemplo, en osmoregulación y
biogénesis de la pared celular) críticos en la tolerancia al etanol.
Se demostró experimentalmente que un componente muy importante en la adaptación celular para
tolerar concentraciones de etanol fue una ruta metabólica que permitía la degradación de etanol
intracelular, y que se expresaba mucho más en presencia de este compuesto. Por medio de evolución
dirigida y experimental, de la mano con análisis metabólomico de cepas tolerantes al etanol se investigó
que vías de acceso tenía la bacteria para aumentar su adaptabilidad. Sorprendentemente para los autores
las cepas que evolucionaron en el laboratorio de manera controlada, en general están siguiendo vías
adaptativas mostradas por un análisis de muestreo de grano grueso del paisaje del fitness o paisaje físico.

Intengrons: Agents of bacterial evolution

(Mazel 2006)

Este review empieza comentándonos que la resistencia a antibióticos es uno de los ejemplos de
evolución más sorprendentes que se ha observado en bacterias durante las últimas décadas. Que
a medida que se realizaban investigaciones fueron apareciendo cepas no solo resistentes a un solo
fármaco si no que cada vez eran más las poblaciones bacterianas emergentes que eran
multiresistentes a diferentes antibióticos. El autor nos relata que en la década a 1970 se
determinó que uno de los mecanismos era la intervención de elementos genéticos transferibles
(plásmidos) y posteriormente en la década de 1980 se reconoció la importancia de los integrones
como parte de este proceso de transferencia horizontal de genes.

Pero ¿Qué son los integrones? Los integrones son plataformas de ensamblaje que incorporan
secciones codificantes de plásmidos que son transferidos entre organismos y los convierte en
genes funcionales al integrarlos en el genoma bacteriano, asegurando su correcta expresión.
Todos los integrones se pueden dividir en dos subconjuntos diferentes; los móviles que se
encargan de mover segmentos de ADN, y están involucrados en la propagación de genes de
resistencia a antibióticos y los superintegrones que son integrones de varias longitudes de matriz o
casetes de genes.

El reclutamiento de genes exógenos nos relata el autor es el medio más eficiente por el cual las
especies bacterianas pueden sobrevivir a diferentes desafíos ambientales, incluyendo la
exposición a antimicrobianos. Aunque los integrones les proporcionan a las bacterias mecanismos
de captura de genes beneficiosos para resistir antibióticos, el descubrimiento de los
superintegrones y su importancia se extiende más allá de proporcionar resistencia a los
antimicrobianos. El reclutamiento de genes de integrones otorga a las bacterias receptoras nuevas
proteínas y nuevas funciones enzimáticas; lo que a su vez otorga potencialmente una ventaja
evolutiva adaptativa. Finalmente, el autor nos cuenta que los datos experimentales y filogenéticos
sugieren que los superintegrones podrían ser los antecesores de los integrones y deja abierta la
posibilidad de ampliar los esfuerzos investigativos por entender como estos elementos
moleculares les han conferido a través de la evolución bacteriana ventajas adaptativas para resistir
diversos ambientes.
Comparative genome sequencing of Escherichia coli allows observation of bacterial evolution
on a laboratory timescale (2006)

En este estudio se aplicó una resecuenciación a todo el genoma de E. coli para monitorear en
tiempo real la adquisición y fijación de mutaciones que les confirieron una ventaja adaptativa
de crecimiento selectivo a un medio de crecimiento en base de glicerol. Experimentalmente se
pudieron encontrar 13 mutaciones de novo diferentes en 5 cepas de E. coli en un periodo de 44
días. Los autores nos dicen que experimentalmente se obtuvieron pruebas de que dichas
mutaciones ayudaron a una mejora física al crear en el laboratorio cepas mutantes dirigidos al
sitio que tenían tasas de crecimiento exitosas de las cepas evolucionadas.

Los autores del artículo concluyen que la investigación genética orientada en la evolución
experimental puede ser una herramienta para evidenciarlos mecanismos de evolución y las
nuevas conexiones que pueden surgir entre genotipo y fenotipo. Los resultados de este estudio
han demostrado que tan solo dos mutaciones pueden tener cambios marcados en el fenotipo.

Los autores se dieron cuenta de que una cepa wild type de E. coli a pesar de tener la ruta
completa para metabolizar glicerol era pésima sobreviviendo en medios con este compuesto, y
surgió la pregunta del por qué pasaba esto. Una de las explicaciones a las que llegaron es la que
parece ser que la transcripción en estos organismos era ineficiente y que eventualmente la
bacteria encontraría mecanismos (como mutaciones) en los genes que codificaban para la RNA
polimerasa.

Finalmente es de destacar que estos estudios son de gran ayuda para entender varios otros
fenómenos adaptativos, y que trabajos posteriores pueden mostrar si se ve reflejado los
principios básicos de adaptación o existen otras estrategias por las cuales los organismos
pueden tener mayor éxito evolutivo.

Synthetic circuits reveal how mechanisms of gene regulatory networks constrain evolution

(Schaerli & Wagner 2018)

En este estudio se parte bajo el principio de que la variación fenotípica es la materia prima en evolución
darwiniana adaptativa. Esta esta sesgada hacia ciertos fenotipos durante el desarrollo, sin embargo, los
mecanismos moleculares que actúan bajo ese sesgo son aún desconocidos. Las redes genéticas
reguladoras se han propuesto como una posible causa. En este estudio se analizan dos circuitos génicos
reguladores de genes sintéticos en E. coli. Ambos circuitos parentales producen el mismo fenotipo, pero a
través de diferentes mecanismos reguladores.

Las instrucciones para el desarrollo de un organismo están codificadas en redes reguladoras de

genes (GRN, por sus siglas en inglés): redes de factores de transcripción interactivos que controlan
la expresión de genes tanto en el tiempo como en el espacio (Davidson 2006). Los autores
indujeron mutaciones aleatorias en las regiones reguladoras de los GRN, y se analizaron las
distribuciones resultantes de los fenotipos novedosos. Ambas redes produjeron una distribución
no uniforme de fenotipos nuevos. Más interesante aun cada red mutada mostro una amplia gama
de fenotipos y en consecuencia igualmente amplias restricciones hacia otros fenotipos.

Los autores nos cuentan que desde el inicio de la biología evolutiva esta se ha tendido a centrar y
a abusar de la selección natural como principal método de evolución. Esta sin embargo requiere
variación fenotípica y mecanismos moleculares por los cuales las mutaciones en el DNA producen
nuevos fenotipos que pueden resultar adaptativos solo se ha empezado a entender muy
recientemente. Ellos plantean que como se muestra en su estudio, la variación limitada de los
patrones de expresión génica puede explicarse bajo el contexto de cada uno tiene mecanismos de
regulación y están integrados en redes reguladoras. Dado el comportamiento no lineal de estos
sistemas se puede suponer que las restricciones en los fenotipos son inherentes a los sistemas
biológicos. Sin embargo, los autores dejan la posibilidad de estudiar si estos mecanismos pueden
influir en las trayectorias de evolución adaptativa.

Stress‐response balance drives the evolution of a network module and its host genome (2015)

En este estudio se plantea la respuesta genética al estrés de determinado ambiente y las redes que regulan
este mecanismo molecular en la resistencia a los medicamentos. Estas redes a menudo tienen una
compensación inherente; la expresión de estos fenotipos tiene un costo alto si el organismo no está
expuesto a una situación de estrés, pero claramente beneficiosa en situaciones de estrés. Estos
mecanismos pueden emerger rápidamente en microorganismos patógenos y en células cancerígenas,
protegiéndolas del tratamiento con fármacos. Sin embargo, nos comentan los autores este mecanismo de
resistencia al estrés aún no se ha documentado ni se conoce bien.

En este estudio se utilizaron circuitos genéticos sintéticos que modelan experimentalmente la adaptación
de un módulo genético (un módulo de red de respuesta al estrés consiste en un regulador
transcripcional que detecta el estrés) la respuesta a condiciones de estrés y su genoma huésped en tres
escenarios distintos; (I) Las mutaciones dentro del módulo apuntan y eliminan este si solo representa un
costo para la célula y no confiere ningún beneficio, (II) Las mutaciones dentro y fuera del módulo, lo
activan si este es potencialmente beneficioso para la célula y (III) Algunas mutaciones especificas afinan
rápidamente el ruido que existe en el módulo si tiene costos excesivos o poco beneficiosos. En general se
encontró como los mecanismos evolutivos de las redes en respuesta al estrés dependen del ambiente
como lo sugieren la mayoría de teorías evolutivas.

Microbial laboratory evolution in the era of genome‐scale science

(Conrad, Lewis & Palsson 2011)

Los estudios de laboratorio en cuanto a evolución experimental representan una visión biológica optima
de los procesos evolutivos evidenciados en tiempo real. Son bastante útiles para probar teorías evolutivas
y también tienen su aplicación a la ingeniería metabólica y en el campo de la medicina. Los estudios de
evolución experimental o de evolución controlada en él laboratorio están representando la última
tecnología en estudios de evolución puesto que permiten evidenciar las bases genéticas y la expresión de
los mecanismos de adaptación en organismos relativamente fácil de mantener. Este estudio se basa en
tres premisas; 1. La base genética tras los mecanismos de adaptación, 2. La importancia que tienen las
mutaciones en los genes que codifican las regiones reguladoras, 3. La evolución adaptativa como un
proceso de optimización y 4. La dinámica con la que evolucionan los organismos en el laboratorio.

Basados en los hallazgos de la evolución de laboratorio adaptativa (ALE). Los experimentos de ALE
microbiana bajo una variedad de presiones ambientales han demostrado ser bastante
informativos. De manera muy relevante las bases genéticas de la adaptación, se ha demostrado en
este estudio, puede determinarse mediante secuenciación de última generación. La epítasis
observada en las rutas metabólicas bacterianas se observa frecuentemente en los ensayos
realizados en el laboratorio para cepas mutantes, esto puede indicar mecanismos de
compensación para una mutación previa, o un beneficio en pro del alelo que se expresa. También
se pudo evidenciar que los fenotipos expresados en una población que está evolucionando es
probablemente guiado bajo principios de optimalización. Y por último la diversidad en las
poblaciones bacterianas en evolución se ve directamente relacionada con la tasa de mutación en
sus genomas, es decir los efectos de mutaciones beneficiosas para el organismo y el tamaño del
efecto de cuello de botella.

Finalmente, los autores concluyen este articulo mencionando que los estudios de ALE tienen una
amplia gama de aplicaciones, ya sea a nivel investigativo o en campos como la ingeniería
metabólica. Estos estudios comentan los autores pueden servir para simular el desarrollo de
resistencia a antibióticos y poder generar una terapia eficaz. Se espera ver más estudios respecto a
este tipo de evolución en el laboratorio.

REFERENCIAS

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